rRNA基因内转录间隔区测序分析在中草药鉴定中的应用

目的：研究rRNA基因内转录间隔区（internaltranscribded spacer,ITS)PCR扩增及碱基测序分析对中草药进行鉴定的方法，并探讨该方法的科学性及其应用价值。方法：应用PCR－碱基测序法对所提取的植物性中药材DNA中的rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定，以获得不同植物性中药材rRNA基因内转录间隔区扩增产物电泳图谱 和碱基序列，以此作为中药材的分子鉴定标记，结果：不同中草药rRNA基因内转录间隔区电泳条带，碱基序列组成，长度各不同同。 结论：不同植物性药材rRNA基因内转录间隔区可作为分子生物学水平鉴定中草药的靶基因之一。     

rRNA基因内转录间隔区作为遗传标记的应用现状及前景

随着分子生物学技术的不断发展,rRNA基因内转录间隔区(ITS)作为一种遗传标记,已经被广泛应用于微生物菌种分类与鉴定、中药材鉴定和品质评价、植物种质资源鉴定、动物种系发生、遗传多样性与亲缘关系、病原诊断、系统发育研究等不同方面的研究。文章就近年来rRNA基因内转录间隔区的应用现状及前景进行综述。     

小秦艽rRNA基因内转录间隔区测序鉴定的初步研究

目的 :对小秦艽种籽中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行碱基序列测定 ,以期从分子水平建立对秦艽种籽的鉴定标准。方法 :常规提取小秦艽种籽DNA ,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增 ,将扩增产物以四色荧光标记的双脱氧末端终止循环法进行碱基序列测定。结果 :经琼脂糖凝胶电泳证实rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在 ,测序后得到了小秦艽种籽rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。结论 :rRNA基因内转录间隔区的碱基序列可作为分子水平鉴定植物性中药材的又一途径。     

rRNA基因间隔区碱基测序对当归进行鉴定的研究

目的 通过rRNA基因内转录间隔区的碱基序列测定。对当归进行分子水平鉴定。方法 常规提取当归种籽DNA，利用合成的特异性引物对其rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增，将扩增产物进行碱基序列测定。结果 琼脂糖凝胶电泳证实当归种籽中rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在；经测序后得到了当归种籽rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。结论 rRNA基因内转录间隔区的碱基序列测定可做为分子水平鉴定植物性中药材的又一有效途径。     

应用rRNA基因间隔区碱基测序对中药(大黄)进行鉴定

目的：对大黄种子中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增，对于PCR扩增，并对PCR扩增产物进行碱基序列测定，以期从分子水平建立对中草药的鉴定标准，方法：常规提取当归、大黄种子DNA，利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增，将扩增产物以四色荧光标记的双脱氧末端终止循环法进行碱基序列测定。结果：经琼脂糖凝胶电泳证实大黄种子中rRNA基因内转录间隔区PRC基因内转录间隔区的完整碱基序列。RRNA基因内转录间隔区的碱基序列可作为分子水平鉴定植物中药材的又一有效途径。     

应用rRNA基因间隔区碱基测序对中药(大黄)进行鉴定

目的:对大黄种子中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增,对于PCR扩增,并对PCR扩增产物进行碱基序列测定,以期从分子水平建立对中草药的鉴定标准。方法:常规提取当归、大黄种子DNA,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增,将扩增产物以四色荧光标记的双脱氧末端终止循环法进行碱基序列测定。结果:经琼脂糖凝胶电泳证实大黄种子中rRNA基因内转录间隔区PRC基因内转录间隔区的完整碱基序列。RRNA基因内转录间隔区的碱基序列可作为分子水平鉴定植物中药材的又一有效途径。     

不同种群蒲公英的内转录间隔区（ITS）序列及其亲缘关系分析

 目的对20个不同种源蒲公英样品内转录间隔区（ITS）序列进行序列测定与分析,分析其遗传关系。方法用特异引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后,用PCR产物直接测序法测序。用DNASRTAR软件分析测序结果。结果各样品的内转录间隔区序列总长为711bp,ITS1、5.8S、ITS2序列长度分别为225、262、226bp。5.8S区较为保守,ITS1和ITS2碱基频率差异显著。结论内转录间隔区序列分析技术可用于蒲公英不同种群的亲缘关系分析。     

基于ITS区多态性研制用于柴胡属植物来源生药鉴定的寡核苷酸DNA芯片

 目的 常用生药柴胡正品为柴胡属植物柴胡及狭叶柴胡的干燥根。当前,同属多种植物也做柴胡内转录间隔区使用。仅凭生药性状及显微特征难以进行真伪鉴别。在本实验中,笔者针对6种不同柴胡属植物来源的柴胡生药,基于其内转录间隔区（ITS1）区多态性研制了用于其鉴别的DNA芯片。方法 将设计的特异性寡核苷酸探针点印于基质上制备芯片;从待检测样品中提取基因组DNA,扩增ITS1片段,并以荧光标记后,与芯片杂交。结果 在与其相应的探针位置即可出现信号;每种不同来源的柴胡有其特异的杂交谱图。结论 研制的DNA芯片可为柴胡类生药的鉴定提供可靠便利的途径。
     

DNA分子标记技术在中草药鉴定中的应用

传统中草药鉴定的主要方法有基源鉴定、显微鉴定、理化鉴定、生物鉴定，然而这些鉴定特征几乎均为生物体的遗传性表现型，不仅受到遗传因素的影响，而且与生物体的生长发育阶段、环境条件、人类活动如引种驯化、加工炮制等有着密切的关系，具有很大的变异性和随意性，难免存在主观性强、重复性和稳定性差等缺点，     

应用5S rRNA基因间隔鉴定川西獐芽菜和同属混淆品种

目的:采用5S rRNA间隔序列分析区分川西獐芽菜和常见同属植物混淆品种抱茎獐芽菜,华北獐芽菜及印度獐牙菜。方法:提取獐芽菜属被测样品的DNA,使用PCR扩增5S rRNA基因间隔片段,测定及比较各品种的序列。结果:川西獐芽菜和其余3种混淆品獐牙菜属植物之间DNA的5S rRNA基因间隔序列不同,差异范围为30.6%~65.0%。结论:5S rRNA基因间隔序列可以作为分子鉴定标记区别川西獐芽菜和同属其他常见混淆品种。该方法为獐芽菜属植物的鉴定提供可靠,简便的参考依据。     

基于ITS2条形码序列的京大戟及其易混品的DNA分子鉴定

目的 对京大戟及其易混品进行DNA分子鉴定,以保证京大戟的用药安全.方法 对京大戟及其18种易混品共29份样品的内转录第二间隔区(ITS2)条形码序列进行分析.对京大戟ITS2序列种内序列变异,京大戟与其易混品间的种间序列差异进行分析比较,并构建京大戟及其易混品的NJ树.结果 京大戟ITS2序列种内变异较小,平均K-2...     

川乌与草乌的ITS序列分析

 目的比较川乌、草乌及市场流通的混淆种类的内转录间隔区(ITS)序列,分析该片段在乌头类药材的DNA分子鉴别中的意义。方法利用PCR扩增和ABI377自动测序。结果川乌、草乌及其混淆种类之间在内转录间隔区(ITS)序列特征、碱基频率和遗传距离等方面都存在一定差异。结论ITS序列可准确鉴定川乌和草乌,以及草乌与其混淆种类,该方法更具简单性和实用性。     

鹰爪花茎和叶中内生真菌的组织化学定位与分子鉴定

目的:研究鹰爪花Artabotrys hexapetalus茎叶的显微结构及其内生真菌在组织内的分布特点及种类鉴定.方法:采用石蜡永久制片法对鹰爪花的显微结构进行研究,细胞化学法确定内生真菌的分布,平板分离法对内生真菌分离培养,通过rDNA中内转录间隔区(ITS)序列进行分类鉴定.结果:鹰爪花茎次生构造由周皮、皮层和维管柱组成,韧皮部纤维成层分布;叶为异面叶,主脉维管束为外韧型,具纤维组成的维管束鞘;茎和叶多个组织有内生菌分布.共分离鉴定18株内生真菌,其中拟茎点霉Phomopsis spp.是鹰爪花内生真菌优势菌群,占分离总数的61.1％,其次为胶孢刺盘孢Colletotrichum gloeosporioides.结论:鹰爪花茎和叶显微特征明显,其内生真菌的分布无明显组织特异性,拟茎点霉为鹰爪花内生真菌的优势种群.     

基于ITS2序列的翻白草与委陵菜分子鉴定

目的 应用DNA条形码技术对翻白草及易混品委陵菜进行分子鉴定,保障药材质量和临床用药安全。方法 提取翻白草及委陵菜的基因组DNA,扩增内转录间隔区2（ITS2）序列并双向测序,所得序列用SeqMan软件校对、拼接;在线双序列比对翻白草对照药材（F_R）及委陵菜对照药材（W_R）的ITS2序列,并预测其二级结构;从GenBank下载部分相关序列,运用MEGA X软件进行多序列比对,分析序列变异位点,计算种内、种间遗传距离,采用邻接法（NJ）构建系统进化树。结果 所有样品均成功扩增出ITS2序列,翻白草和委陵菜的ITS2序列长度均为210 bp。双序列比对结果表明,F_R与W_R的ITS2序列相似性为92.9%,二级结构存在明显差异。多序列分析结果表明,翻白草ITS2序列平均鸟嘌呤（G）+胞嘧啶（C）占比为63.0%,存在2个变异位点,种内遗传距离为0~0.009 6;委陵菜ITS2序列平均G+C占比为64.4%,存在5个变异位点,种内遗传距离为0~0.019 3;种间遗传距离为0.054 8~0.075 8。NJ树结果显示,翻白草、委陵菜聚为不同分支,可明显区分。结论 利用ITS2序列可以准确鉴别翻白草与委陵菜,为保障其安全用药提供了新的技术手段。     

野生铁皮石斛rDNA ITS序列分析

目的:测定和分析不同产地野生铁皮石斛样品的rDNA ITS序列,探讨利用ITS序列推测铁皮石斛样品产地来源的可行性。方法:提取总基因组DNA,使用通用引物ITS5F/ITS4R进行PCR扩增,产物经电泳检测、纯化和测序后用Sequin 11.0提交GenBank。用Bioedit 7.0中的Clustal W对GenBank中包括本研究提交的11条在内的所有33条铁皮石斛的ITS序列进行多重序列比对,随后以金钗石斛和密花石豆兰为外群,用邻接法构建NJ系统发育树。结果:从所有测定的ITS序列中选择11条提交GenBank,获得登录号JF803235-JF803245。所有铁皮石斛经比对后共发现645个同源位点,9个信息位点(ITS1区3个,5.8 S区4个,ITS2区2个)。系统发育分析发现,金钗石斛和密花石豆兰位于树的基部,另外32条铁皮石斛共同形成单个大的分支,未发现产地来源与系统树的拓扑结构之间存在对应关系。结论:由于缺乏完善的铁皮石斛标准品及其DNA参考序列的提交标准,同时单个ITS序列仅能提供有限的系统发育信息位点,因此通过ITS序列分析的方法推测铁皮石斛样品的产地来源目前尚不具有可行性。     

中药金钱草及其混淆品的ITS2序列分析与鉴别

目的 通过对常用中药金钱草及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量及其安全用药.方法 采用多聚酶链式反应(PCR)技术,获得内转录第二间隔区(ITS2)基因片段,进行双向测序,运用CodonCode Aligner、MEGA等软件进行序列拼接和分析,构建系统进化树(NJ树).此外,应用Koetschan 等建立的IT...     

刺革菌科4种药用真菌的ITS区序列分析

目的对刺革菌科桦褐孔菌、缝裂木层孔菌、松针层孔菌及鲍姆木层孔菌4种药用真菌rDNA ITS片段进行分析,探讨该片段在中外同类真菌的系统学及鉴别研究意义。方法对这4种药用真菌的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X、Mega3.1等软件对ITS区序列进行分析。结果获得rDNA ITS1、ITS2和5.8SrDNA完整序列,桦褐孔菌、缝裂木层孔菌、松针层孔菌、鲍姆木层孔菌的ITS1序列长度范围为244~324bp,ITS2序列长度范围为229~274bp。以圆瘤孢多孔菌(DQ200923)为外类群,用分子进化遗传分析软件得到了包括这4种药用真菌及GenBank中3个与这4种中3种相应真菌的ITS序列的系统发育树。这一分析结果与来自形态学的鉴别结果相吻合。结论ITS序列可作为这4种药用真菌分子鉴定的依据。     

西洋参根部内生微生物多样性分析

目的：分析西洋参（Panax quinquefolium）根部内生微生物的群落结构,寻找西洋参根部内生真菌和内生细菌的优势菌属,为建立西洋参根部内生微生物库奠定基础。方法：采用PacBio SequelⅡ测序平台,对采自山东文登的6株西洋参根部组织进行内转录间隔区（ITS）和16S测序。结果：西洋参根部内生细菌共鉴定到8门、11纲、23目、27科、53属,其中优势菌属为一种伯克氏菌（unidentified Burkholderiaceae）和一种根瘤菌（unidentified Rhizobiaceae）等。西洋参根部内生真菌共鉴定到9门、23纲、35目、43科、48属,其中优势菌属为一种柔膜菌（unclassified Helotiales）和假裸囊菌属（Pseudogymnoascus）等。根部内生细菌群落结构显示,一种根瘤菌（unidentified Rhizobiaceae）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）和草螺菌属（Herbaspirillum）等固氮菌在西洋参根部具有较高的相对丰度,暗示氮元素对西洋参根系生长发育的重要性。根部内生真菌群落结构显示,山东地区西...     

橐吾属药用植物5S rRNA基因间隔区序列与含HPAs植物的鉴别

目的：对橐吾属Ligularia药用植物的5S rRNA基因间隔区序列进行测定，为含肝毒吡咯里西啶生物碱(HPAs)植物的鉴别提供分子依据。方法：对12种橐吾属植物的5Sr RNA区序列进行PCR扩增、测序，并运用CLUSTAL、MEGA等软件对所测序列进行了排序、对比和分析。结果：建立了12种橐吾属药用植物的5S rRNA区序列数据库，橐吾属植物在该区间具有显著的种间差异，替代数为3～53，变异位点数128个，信息位点数58个。结论：含HPAs的橐吾属植物的5S rRNA区序列具有明显而稳定的特异性鉴别位点，可用作该类型植物鉴别的分子标记。