HPLC法测定北冬虫夏草和常见食用菌中腺苷和虫草素

目的 建立一种HPLC法快速测定北冬虫夏草和几种常见食用菌中腺苷和虫草素的方法。方法 Welch Material XB-C18色谱柱（250 mm×4.6 mm, 5 μm）,以水–甲醇（85︰15）为流动相,体积流量1.0 mL/min,检测波长258 nm,柱温40 ℃。结果 腺苷在0.023 2～0.464 0 μg、虫草素在0.030 0～0.600 0 μg与峰面积线性关系良好,平均加样回收率分别为98.97%、99.15%,RSD分别为1.41%、1.01%。结论 腺苷普遍存在于各种食用菌子实体中,而虫草素是虫草属真菌子实体中的特有活性成分。本法简便快速,为全面评估北冬虫夏草中核苷类成分的质量,推进人工培育北冬虫夏草替代野生冬虫夏草提供检测方法。     

蚕蛹虫草和冬虫夏草中游离氨基酸的比较分析

采用氨基酸自动分析仪测定桑、柞蚕蛹虫草和冬虫夏草中１７种游离氨基酸总量分别为４２５５．７、１６０８．５、１８７５．５ｍｇ／１００ｇ，比王浆高１．９～６．８倍，其中１１种人体必需、半心需氨基酸、１０种药效氨基酸的含量和，分别占总含量的６０．４％、６７．１％、５７．７％与６８．３％、６６．０％、６５．７％，为蛹草代替虫草药用提供了科学数据。     

蚕蛹虫草和冬虫夏草中D—甘露醇的分析

样品乙醇索氏提取液浓缩，纯化，是一白色针晶，熔点166－168℃，红外光谱、定性反应和板、纸层析鉴定结果，均与D－甘露醇标准品一致；定量测定桑、柞蚕蛹虫草和冬虫夏草中D－甘露醇百分含量分别为4．71、5．70、6．49，彼此相近。     

蚕蛹虫草和冬虫夏草中游离氨基酸的比较分析

采用氨基酸自动分析仪测定桑、柞蚕蛹虫草和冬虫夏草中１７种游离氨基酸总量分别为４２５５．７、１６０８．５、１８７５．５ｍｇ／１００ｇ，比王浆高１．９～６．８倍，其中１１种人体必需、半必需氯基酸、１０种药效氨基酸的含量和，分别占总含量的６０．４％、６７．１％、５７．７％与６８．３％、６６．０％、６５．７％，为蛹草代替虫草药用提供了科学数据。     

蚕蛹虫草和冬虫夏草中D—甘露醇的分析

样品乙醇索氏提取液浓缩、纯化,得一白色针晶,熔点166～168℃,红外光谱、定性反应和板、纸层析鉴定结果,均与D—甘露醇标准品一致;定量测定桑、柞蚕蛹虫草和冬虫夏草中D—甘露醇百分含量分别为4.71、5.70、6.49,彼此相近。     

凉山虫草与冬虫夏草中多糖的含量比较研究

目的 比较凉山虫草与冬虫夏草在多糖含量上的差异,为凉山虫草的资源开发利用提供依据.方法 采用苯酚-硫酸法,以葡萄糖为对照品,测定凉山虫草与冬虫夏草中多糖含量.结果 凉山虫草样品多糖含量分别为1.30％、1.44A,冬虫夏草样品多糖含量分别为2.02％、2.27％.结论 凉山虫草中含有丰富的多糖成分,含量低于冬虫夏草.     

冬虫夏草与人工蛹虫草的成分比较

高效液相法测定结果表明，人工蛹虫草（北冬虫夏草菌培养体）中虫草素的含量比天然冬虫夏草的含量高。定性分析表明，人工蛹虫草与天然冬虫夏草的成分类似。     

RP-HPLC法测定蛹虫草人工固体培养物中虫草素的含量

目的 建立RP-HPLC法测定蛹虫草人工固体培养菌皮中虫草素的含量.方法 采用pH6.5磷酸盐缓冲液-甲醇(85:15)为流动相,流速为1.0mVmin,检测波长为260nm.结果 蛹虫草人工固体培养物-菌皮中主要成分虫草素在4.03～100.8μg/ml范围内线性关系良好,回归方程为A=39.58C-0.0342.结论 人工固体培养菌皮中虫草素的含量随培养时间发生一定的变化,RP-HPLC法可用于蛹虫草的人工培养物中虫草素的定量测定,为控制人工培养蛹虫草质量提供了简便易行的方法.     

miR-363靶基因预测及生物信息学分析

目的:初步明确hsa-miR-363潜在的生物学功能?方法:首先通过miRbase?UCSC等在线数据库对hsa-miR-363的碱基序列?基因位点及序列保守性进行分析;其次选择miranda?miRDB?PicTar及TargetScan四个在线数据库预测hsa-miR-363的靶基因并取交集,筛选后的靶基因用于后续分析;最后通过基因GO功能注释?富集分析和KEGG信号转导通路富集分析,初步阐明hsa-miR-363靶基因参与调控的细胞功能与信号通路?结果:根据生物信息学分析的结果显示,hsa-miR-363的功能较广泛,其多个潜在靶基因均参与子宫内膜异位症发生?发展过程中的多个生物学进程?结论:hsa-miR-363很可能与子宫内膜异位症的发病机制密切相关,并有可能为临床的靶向治疗提供潜在的新靶点?     

黄粉甲抗冻蛋白基因克隆及生物信息学分析

目的：获得黄粉甲抗冻蛋白基因afpTx及相关生物信息学资料.方法：从黄粉甲幼虫中提取总RNA,通过RT-PCR合成黄粉甲抗冻蛋白基因afpTx的cDNA片段,克隆入载体pMD19-T,进行测序分析.酶切后将其亚克隆入表达载体pET32a（＋）,构建表达质粒pET32a-afpTx,并转化到大肠杆菌DL21后提取质粒,双酶切鉴定.采用MEGA4.0,BioEdit5.0.6软件对本研究克隆的抗冻蛋白基因afpTx进行氨基酸序列同源性变异及进化分析.结果：测序结果afpTx的cDNA长度为336bp;编码112个氨基酸;酶切、电泳结果表明克隆和亚克隆获得成功.抗冻蛋白氨基酸序列相似性分析表明afpTx与GenBank上提交的23条黄粉甲抗冻蛋白的氨基酸序列平均一致性为88%;与11条赤翅甲抗冻蛋白氨基酸序列的平均一致性为67%,2种甲虫的平均一致性为63%.进化树分析结果显示黄粉甲与赤翅甲抗冻蛋白序列是同源序列.赤翅甲的序列趋异度显著大于黄粉甲抗冻蛋白基因序列.结论：成功克隆了本地黄粉甲的afpTx基因,该序列是GenBank上提交的黄粉甲与赤翅甲抗冻蛋白的同源序列.     

宫颈癌相关基因的筛选及生物信息学分析

目的 从分子水平揭示官颈癌的发病机制,为临床诊疗提供新工具.方法 在公共基因芯片数据库GEO中找到宫颈癌的相关基因芯片数据,使用BRB-ArrayTools软件包对其进行统计学分析,找到官颈癌相关基因;利用Panther在线分析软件对这些基因进行生物学分析.结果 在宫颈癌组织共找到37条差异表达基因,上调23条,下调14条.这些基因的功能大致分为细胞骨架结构、转运载体、细胞信号转导、转录调控、细胞粘附、细胞凋亡等.结论 利用生物信息学的方法 能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,官颈癌的发生是由于多种基因表达改变所致,为确定宫颈癌的早期诊断标志与新治疗靶位开辟了新的思路.     

结核分枝杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3的基因克隆及生物信息学分析

目的 构建结核分枝杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3原核表达载体,获得Hsp 16.3蛋白,并应用生物信息学软件,分析结核分枝杆菌小分子热休克蛋白16.3(Hsp16.3)的多种蛋白质性质,以及获取该基因的相关信息.方法 以结核分枝杆菌H37Rv株基因组DNA为模板,应用PCR方法扩增Hsp 16.3基因,PET28a为载体,构建重组质粒PET28a-Hsp16.3并表达,利用Pmtparam、Protseale、HMMTOP、TMHMM、GOR4、ProtFun 等软件预测和分析结核分枝杆菌小分子热休克蛋白16.3的氨基酸组成、理论等电点、结构域、活性位点、疏水性、跨膜区、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构及系统进化分析.结果 成功构建了Hsp16.3原核表达载体PET28a-Hsp16.3,并在宿主菌BL21(DE3)中表达.推测结核分枝杆菌小分子热休克蛋白16.3白分子式为C716H1131N197O225S4,分子量为16227.2,理论等电点为5.00.该蛋白氨基酸序列中含有α-螺旋(Alpha helix)46处,延伸链(Extended strand)25处,无规则卷曲(Random coil)73处及5个磷酸化位点;4个O-糖基化位点;1个前肽裂解预测位点.结论 Hsp16.3基因克隆入宿主菌中并成功表达;该蛋白推测是一个亲水性不稳定蛋白,无跨膜区,可能参与重要的能量代谢及免疫反应.     

基于生物信息学筛选甲状腺癌关键基因和通路

目的探讨甲状腺癌(TC)发生发展的潜在生物学功能,筛选TC的关键基因和通路。方法从GEO数据库中下载3组基因芯片数据集,分析TC组织与正常组织差异表达基因(DEGs),利用多种在线分析软件对DEGs进行功能富集、通路分析、构建蛋白质互作网络、筛选关键基因,然后采用TCGA数据库对关键基因进行验证及生存分析。结果3组数据集分析得出410个共同DEGs,其中159个基因上调,251个基因下调。DEGs与癌症中的蛋白聚糖、P53信号通路、ECM-受体相互作用、细胞周期等信号通路有密切关系。筛选出14个关键基因,分别是CCNB2、FN1、MMP9、TIMP1、CXCL8、VCAN、EVA1A、LGALS1、KIF15、KIF20A、KIF4A、TOP2A、JUN和SDC2,其中MMP9、SDC2、KIF15和VCAN影响患者生存率,提示可以作为TC的潜在预后标志物。结论利用生物信息学方法筛选出14个关键基因和通路,可能有助于甲状腺癌的早期分子诊断与基因靶向治疗。     

急性淋巴细胞白血病复发相关基因的筛选及生物信息学分析

目的：利用开放性基因芯片数据库筛选急性淋巴细胞白血病复发相关候选基因并对候选基因的表达谱进行生物信息学分析。方法：数据来源于美国加利福尼亚大学分子和细胞生物学系Michael Eisen实验室公布的23例复发与缓解急性淋巴细胞白血病基因表达的芯片检测结果，筛选复发和缓解二组表达水平差异具有统计学意义的基因；利用SAGE和Gene Card进一步分析候选基因的表达谱；根据人类基因组Genbank数据库提供的平台对候选基因进行功能预测分析。结果：共筛选出2条急性淋巴细胞白血病复发相关候选基因。结论：充分利用开放性基因芯片数据库，可以经济、方便和快捷地筛选疾病相关候选基因，并对已知序列的候选基因进行功能预测。     

基于生物信息学分析的圆锥角膜相关Hub基因及其通路的鉴定

目的：明确圆锥角膜（KC）潜在的目标基因并探讨其潜在的病理机制。方法：从GEO数据库中下载GSE77938的基因芯片数据并进行生物信息学分析。GSE77938数据集包含50个样本,包括25例KC患者和25例正常对照者。采用Cytoscape软件进行GO和KEGG富集分析,并通过Cytoscape软件构建差异表达基因（DEGs）的蛋白相互作用（PPI）网络。结果：在KC中共鉴定出1 547 个DEGs,包括1 103 个上调基因和444 个下调基因。GO分析结果显示,上调的DEGs在生物过程（BP）中的1 220条通路中显著富集、细胞成分（CC）的黑素体的102条通路和分子功能（MF）的102条通路中显著富集。下调DEGs的富集功能在BP、CC和MF中分别为99、64和47个通路。KEGG通路分析显示上调的DEGs富集于72条通路,而下调的DEGs富集于8条通路。从PPI网络中鉴定出Hub基因TNF、JUN、IFNG、PTPRC、ICAM1、FOS、IL6、CXCL8、LCK、CSF2、MMP9、ITGAX、CD40LG和IL10,ClueGO分析发现这些基因涉及GO术语中的6 条显著通路和KEGG中的3 条通路。结论：所鉴定的DEGs和枢纽基因促进了对KC发生的分子机制的理解,其可能作为KC治疗的分子靶点和诊断性生物标志物。     

OBE理念下基因组学与生物信息学分析技术教学改革探索

基因组学与生物信息学分析技术是一门多学科交叉的工具类课程,致力于培养学生获取、分析和利用生物信息数据的能力.文章将成果导向型教学(OBE)理念应用在基础医学专业基因组学与生物信息学分析技术课程教学改革中,在OBE理念指导下进行了课程的重新设计和实施,并对教学改革的实施效果进行了调研.     

应用生物信息学技术筛查绒毛膜癌相关基因

目的 比较和挖掘葡萄胎、绒毛膜癌基因表达谱数据,筛选与绒毛膜癌恶性演进相关的新基因。方法 分别以葡萄胎、绒毛膜癌为检测组,均以正常胎盘绒毛为对照组,在对两组各3例葡萄胎、绒毛膜癌进行基因芯片检测的基础上,对其共表达基因表达谱数据进行分层聚类分析,找到有相似表达趋势的候选基因,应用生物信息学方法,进行电子Northern分析及基因结构功能初步分析,用半定量RT-PCR技术对3个筛选基因进行初步鉴定。结果 在所有3例绒毛膜癌基因表达数据中找到共表达候选基因52条,经聚类分析初步筛选出绒毛膜癌相关基因19条,主要包括dynamin(L07807),zinc finger protein ZNF184(U6656),calmodulin(U12022),carboxypeptidase M(BC022276),kataninp60(AF056022),calcineurin binding protein cabin1(NM_012295),transducin-like enhancer protein(TLE1,M99435)等。结论 通过对基因表达谱数据的分析和挖掘,初步筛选了绒毛膜癌相关基因,为寻找绒毛膜癌发生与演进的关键基因提供了新的线索。     

基于生物信息学方法筛选结直肠癌转移的相关基因

目的：　应用生物信息学对基因芯片数据进行分析,探讨结直肠癌的转移机制,寻找潜在的转移及预后标记物。方法：　从GEO数据库选取GSE41568、GSE68468进行分析,使用R语言limma包筛选结直肠原发癌与转移瘤之间的差异基因,获得2个数据集的共同差异基因;运用clusterProfiler包进行功能富集分析并进行可视化;通过STRING数据库、Cytoscape软件进行蛋白质互作网络分析及关键模块的筛选;使用TCGA数据库的结直肠癌数据对差异基因进行表达分析和生存分析。结果：　共筛选出108个共同差异基因;通过基因富集分析发现,差异基因主要富集在补体及凝血级联等通路及生物学过程中;通过蛋白质互作网络分析发现3个关键模块;基于TCGA数据对共同差异基因分析发现,CLCA1、COLEC11、FCGBP、PDZD2、SERPINA1、SPINK4共6个基因在Ⅰ-Ⅱ和Ⅲ-Ⅳ期结直肠癌的表达有显著差异（P<0.05）,并且与结直肠癌的预后显著相关（P<0.05）。结论：　通过生物信息学筛选出108个共同差异基因及3个关键模块,并得到6个预后相关基因,为研究结直肠癌的转移机制及预后、靶向治疗提供了一定的理论支持。