应用SYBR GreenⅠ荧光聚合酶链反应检测人类白细胞抗原-B27

目的 采用SYBR GreenⅠ荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测人类白细胞抗原一B27(HLA-B27)。方法 对56例风湿科门诊及住院怀疑为强直性脊柱炎(AS)的患者，以HLA-B27的特异引物和内对照β-Globin引物对标本DNA分别进行常规PCR和SYBRGreen Ⅰ荧光PCR检测，并对HLA-B27阳性DNA进行不同倍数稀释后用两种方法进行检测比较。结果 常规PCR检测HLA-B27阳性的样本上具有136bp的条带，所有的阴性和阳性样本都有268bp的β-Globin条带，共有30例患者HLA-B27阳性。SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测结果显示，阴性标本的熔解曲线图上(86．3 0．5)℃处有B-Globin的Tm峰．HLA-B27阳性的样本在熔解曲线上有(90．2 0．6)℃HLA-B27的Tm峰。两种方法结果符合率达100％。即使1：100稀释的。DNA也可用SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测出结果，而常规PCR只有用原倍DNA才能检测出结果。结论 SYBR Green Ⅰ荧光：PCR法快速、准确、敏感、实时、简单和环保的特点是常规PCR法所没有的，完全能够替代常规PCR法，成为检测HLA-B27的新手段。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法。方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性。结果 该法检测的线性范围为6.4×10^1～6.4×10^7拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×10^3拷贝/反应的标本批内变异系数（CV）和日间CV分别为1.6%和2.8%。熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为（80.40±0.18）℃。结论 SYBR Green I实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-1的进一步研究奠定基础。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法.方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果 该法检测的线性范围为6.4×101～6.4×107拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×103拷贝/反应的标本批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.6%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为(80.40±0.18)℃.结论 SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-Ⅰ的进一步研究奠定基础.     

应用SYBR GreenI荧光聚合酶链反应检测人类白细胞抗原-B27

目的采用SYBRGreenI荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测人类白细胞抗原-B27(HLA-B27)。方法对56例风湿科门诊及住院怀疑为强直性脊柱炎(AS)的患者,以HLA-B27的特异引物和内对照β-Globin引物对标本DNA分别进行常规PCR和SYBRGreenI荧光PCR检测,并对HLA-B27阳性DNA进行不同倍数稀释后用两种方法进行检测比较。结果常规PCR检测HLA-B27阳性的样本上具有136bp的条带,所有的阴性和阳性样本都有268bp的β-Globin条带,共有30例患者HLA-B27阳性。SYBRGreenI荧光PCR检测结果显示,阴性标本的熔解曲线图上(86.3±0.5)℃处有β-Globin的Tm峰,HLA-B27阳性的样本在熔解曲线上有(90.2±0.6)℃HLA-B27的Tm峰。两种方法结果符合率达100%。即使1:100稀释的DNA也可用SYBRGreenI荧光PCR检测出结果,而常规PCR只有用原倍DNA才能检测出结果。结论SYBRGreenI荧光PCR法快速、准确、敏感、实时、简单和环保的特点是常规PCR法所没有的,完全能够替代常规PCR法,成为检测HLA-B27的新手段。     

人类SUZ12基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的:建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类SUZ12基因的方法.方法:将SUZ12 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测SUZ12,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为14.2,线性范围为1.42×10~1-1.42×10~8拷贝,相关系数r为-1.00,1.42×10~7拷贝/L标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.8%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(melting temperature,Tm)为(81.37±0.16)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测SUZ12基因,快速有效、灵敏度高、特异性好.     

实时荧光定量PCR检测人类EZH2基因方法的建立

目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类EZH2基因的方法.方法:将EZH2 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测EZH2,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为10,线性范围为101～108拷贝,相关系数r为-1.00,104copies/μl标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.0%和2.7%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(Tm)为(83.42±0.13)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测EZH2基因,具有高敏感性、高特异性和高精确性等优点,可作为进一步研究EZH2的方法.     

SYBR GreenⅠ实时PCR检测甲型H1N1与季节性流感病毒方法的建立

目的：建立一种检测甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法。方法：设计针对甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒HA基因的引物,分别进行SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应,同时进行熔解曲线和Tm值分析,并作灵敏度和重复性试验。 结果：结果表明该方法与H5、H7、H9亚型流感病毒及副流感病毒1、2、3型均无交叉反应。构建的荧光定量标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,扩增效率为：95.588%,检测灵敏度为101copies/反应体系,结果重现性好。成功地验证性检验了32份盲样标本。结论：本研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法敏感、不需荧光标记探针、成本低及高通量,能用于人类流感病毒的分型检测。     

人POT1基因实时荧光PCR相对定量法的建立

目的：建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人POT1基因的方法。方法：依据人POT1基因及参照基因TBP基因序列设计引物，以人类乳腺癌细胞系MCF-7总RNA逆转录合成的cDNA为模版，以TBP基因为参照基因，应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测POT1基因的表达。结果：POT1和TBP基因熔解曲线为单峰，无杂峰及二聚体。POT1基因及参照基因TBP基因扩增效率相同（直线斜率0．0171〈0．1）。POT1基因批内变异与批间变异分别为1.3％和2.1％；TBP基因批内变异与批间变异分别为1．2％和2．6％。结论：建立了SYBR Green Ⅰ实时定量检测人类POT1基因的方法，该方法简单快速，经济，灵敏度高，特异性和重复性好，可用于人类POT1基因的定量分析。     

KLK4 mRNA实时荧光定量检测方法研究

应用SYBR Green I作荧光染料，利用磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）作内对照，建立KLK4mRNA的实时荧光定量（FQ—PCR）检测方法。结果建立的FQ—PCR方法扩增GAPDH和KLK4mRNA的效率分别为0．98和0．96；检测GAPDH和KLK4的批内变异系数（CV）分别为0．8％和1．6％，批间CV分别为3．9oA和2．4％；基因扩增产物DNA序列分析及熔解曲线分析表明该方法特异可靠。认为本研究建立的FQ—PCR检测方法简便、特异、重复性好、可信度高，可为KLK4基因表达水平的研究提供基础。     

SYBR GreenⅠ实时PCR用于血小板抗原HPA-2、3基因分型的研究

目的:应用SYBR GreenⅠ实时PCR技术,建立一个血小板抗原HPA-2、3的基因分型方法。方法:应用SYBR GreenⅠ实时PCR,分别扩增样本的HPA-2、3的a和b等位基因。在PCR反应后,依据a和b等位基因Ct值的差值△Ct,使用聚类分析K-means cluster分析法,确定HPA-2、3的基因型。将SYBR GreenⅠ实时PCR的基因分型结果和常规PCR-SSP法进行比较。此外对该法的重复性进行评价。结果:105个血液样本的SYBR GreenⅠ实时PCR基因分型结果和常规PCR-SSP法完全一致。10个血样的2次SYBR GreenⅠ实时PCR基因分型结果是一致的。结论:HPA的SYBR GreenⅠ实时PCR分型方法具有快速、简单、准确、通量高、重复性好等优点,要优于常规的PCR-SSP法。     

染料法实时荧光聚合酶链反应检测人外周血αβT淋巴细胞克隆的条件优化及初步应用

目的 探讨实时荧光PCR检测人外周血αβT淋巴细胞克隆性扩增的反应条件及在监测慢性乙型肝炎(慢乙肝)患者外周血克隆特异性T淋巴细胞上的初步应用.方法 染料法(SYBR Green Ⅰ)实时荧光PCR对6例健康献血者外周血单个核细胞(PBMC)来源的T淋巴细胞受体β链可变区(TCRBV)基因进行扩增,分别就退火温度、引物浓度、循环数等进行比较研究.优化后PCR检测12例慢乙肝患者PBMC来源的TCRBV的24个基因家族,作PCR产物的熔解曲线峰形图,并分析T淋巴细胞克隆性扩增情况.结果 染料法实时荧光PCR检测 TCRBV基因家族的最佳退火温度为60.6℃,引物终浓度为0.5 μmol/L,循环数为40个,且熔解曲线分析起始温度80℃优于75℃.PCR产物熔解曲线峰形图上发现,慢乙肝患者某些TCRBV基因家族表现为单峰,测序结果表明其为单克隆PCR产物.结论 本研究优化了染料法实时荧光PCR检测TCRBV基因家族方法,熔解曲线峰形图可用于检测人外周血T淋巴细胞的克隆性扩增,并可能用于检测慢乙肝患者外周血克隆特异性T淋巴细胞.     

犬库布病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用北大核心CSCD

目的建立可检测狐狸物种中犬库布病毒(CaKoV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法。方法利用PCR方法扩增狐狸CaKoV的3D基因504bp,将其克隆到pEASY-Blunt载体,构建重组质粒作为阳性质粒,以其为模板建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,验证其灵敏度、特异性和重复性。结果建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法检测目的基因在6.12×10^(1)~6.12×10^(8)拷贝/μl时呈良好的线性关系,相关系数为0.994,斜率为-4.369,灵敏度6.12×10^(1)拷贝/μl。该方法对于CPV、CDV和CCV未出现特异性扩增。所有标准曲线在溶解温度为86.49℃时出现单一的特异峰。使用本方法检测2021年辽宁、山东地区的253份狐狸临床标本,总阳性率为7.91%。结论建立的CaKoV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法敏感、特异,用于狐狸CaKoV感染的快速检测。     

荧光定量PCR用于按蚊体内疟原虫子孢子检测的研究

目的 建立一种用于按蚊体内疟原虫子孢子定量检测和虫种鉴别的荧光定量PCR方法。方法 采用针对4种人体疟原虫18S rRNA基因属特异性保守区的1对引物, 以疟原虫18S rRNA基因重组质粒与按蚊DNA的混合物为模板, 进行反应体系和反应条件优化, 验证方法的特异性, 并通过熔解曲线分析进行虫种鉴别。应用阴性按蚊DNA稀释的间日疟原虫18S rRNA基因重组质粒为模板制作标准曲线, 并分别以质粒DNA和实验室子孢子感染阳性的按蚊DNA为模板分析建立的荧光定量PCR方法的敏感性。在反应体系中加入不同部位、 不同用量按蚊DNA, 以探讨按蚊DNA对检测效果的影响。结果 该方法对按蚊、 人血DNA均无扩增, 对4种疟原虫DNA均有特异性扩增且扩增产物的熔解温度 （Tm） 易于区分, 三日疟原虫、 恶性疟原虫、 卵形疟原虫和间日疟原虫的Tm值分别为71.0、 72.7、 73.9 ℃和75.9 ℃。标准曲线中循环阈值（Ct值） 与模板浓度具有良好的相关性 （相关系数r = -0.99）。最低可以检出含50拷贝的质粒DNA或32倍稀释的子孢子阳性按蚊DNA样本。按蚊DNA对荧光定量PCR反应具有抑制作用。荧光定量PCR的Ct值在实验内和实验间均具有良好的重现性。结论 新建立的SYBR Green I染料荧光定量PCR方法具有较高的敏感性和特异性, 可用于按蚊体内疟原虫子孢子的检测, 并可同时对4种人体疟原虫进行鉴别。     

巢式实时荧光定量聚合酶链反应检测结核分枝杆菌DNA的临床应用

目的探讨巢式实时荧光定量PCR（QNRT-PCR）检测结核分枝杆菌（MTB）DNA的临床价值。方法应用SYBR Green I建立检测结核分枝杆菌MTP64基因的QNRT—PCR方法,分别检测24份肺结核患者痰液,27份结核性胸膜炎患者胸水,以及对照组75份痰液和胸水的MTBDNA含量。结果以培养为金标准,QNRT—PCR敏感性、特异性、阳性预测值（PPV）、阴性预测值（NPV）分别为95．83％、61．54％、69．70％和94．12％,结核性胸膜炎的阳性率为70．37％。三种PCR方法阳性率比较,差异具有统计学意义（P〈0．05）,QNRT—PCR与实时荧光定量PCR拷贝数配对检验差异没有统计学意义（P〉0．05）,QNRT—PCR与实时荧光定量PCR的Cr值配对检验差异具有统计学意义（P〈0．01）。结论QNRT—PCR方法可检测痰液和胸水MTB DNA,对含微量MTB DNA样本的高敏感性在结核病的早期诊断中有重要参考价值。     

SYBRGreenⅠ染料法定量PCR用于人体疟原虫定量检测及虫种鉴别的研究

目的 建立一种可用于疟原虫检测并同时鉴别虫种的荧光定量PCR方法.方法 根据人体疟原虫18SrRNA基因序列特征,在疟原虫种特异性区域两侧的属特异性保守区设计引物,对4种人体疟原虫进行PCR扩增,将得到的扩增产物采用TA克隆法插入pGEM-T载体制备标准质粒,用于制备标准曲线进行定量分析,并进行熔解曲线分析,测定各虫种扩增产物的熔解温度.结果 4种人体疟原虫均能扩增得到特异性片断,荧光定量PCR方法中建立的标准曲线相关关系较好(相关系数r =-1.00),熔解曲线分析结果显示,4种人体疟原虫的熔解温度相差较大,分别为三日疟原虫71.3℃、恶性疟原虫72.8℃、卵形疟原虫74.6℃和间日疟原虫75.8℃.结论 建立的SYBR Green Ⅰ染料法荧光定量PCR技术可同时进行人体疟原虫的定量检测和虫种鉴别.     

改良荧光定量PCR同步检测HBV-DNA含量及其熔解温度

目的通过改进荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的单荧光标记,建立灵敏、特异的HBV-DNA含量及其熔解温度(Tm)的同步检测方法。方法根据荧光标记物质的不同,将FQ-PCR分为TaqMan SYBR GreenI双标记(T S组)、TaqMan探针单标记(T组)和SYBR GreenI染料单标记(S组)三种,同时检测HBV-DNA已知浓度为108.48、105.70、103.70和<1×103.00(copies/ml)的血清中HBV-DNA含量及Tm,每组FQ-PCR检测每份血清时1次做5个平行管。结果T S组检测的HBV-DNA阳性血清均为阳性,其平均含量为108.55±0.32、105.79±0.29、103.81±0.30,与T组的108.49±0.31、105.69±0.30、103.72±0.25copies/ml对应浓度值取10对数比较,无统计学意义(t=0.31、0.54和0.27,P>0.05);与S组的108.41±0.35、105.21±0.34和103.26±0.26copies/ml(不含未检出的两次血清)比较,除高浓度外,中低浓度有统计学意义(t=2.90和2.62,P<0.05)。T S组和S组阳性血清均出现明显熔解曲线,Tm分别为71.8℃、72℃和79.8℃,阴性血清未出现扩增曲线和Tm值。T S组、T组和S组的灵敏度分别为102.70、102.70和103.00copies/ml。结论改良的SYBR GreenI和TaqMan探针双标记的FQ-PCR检测HBV-DNA时,兼有TaqMan探针标记FQ-PCR的灵敏度高、特异性强和SYBR GreenI标记FQ-PCR的Tm分析的优点,能达到同步检测HBV-DNA含量及其Tm的目的,为HBV-DNA含量及其多态性分析,尤其是为HBV-DNA含量及其基因分型同步检测提供了新思路。     

SYBR GreenⅠ染料法定量PCR用于人体疟原虫定量检测及虫种鉴别的研究

目的建立一种可用于疟原虫检测并同时鉴别虫种的荧光定量PCR方法。方法根据人体疟原虫18SrRNA基因序列特征,在疟原虫种特异性区域两侧的属特异性保守区设计引物,对4种人体疟原虫进行PCR扩增,将得到的扩增产物采用TA克隆法插入pGEMT载体制备标准质粒,用于制备标准曲线进行定量分析,并进行熔解曲线分析,测定各虫种扩增产物的熔解温度。结果 4种人体疟原虫均能扩增得到特异性片断,荧光定量PCR方法中建立的标准曲线相关关系较好（相关系数r=-1.00）,熔解曲线分析结果显示,4种人体疟原虫的熔解温度相差较大,分别为三日疟原虫71.3℃、恶性疟原虫72.8℃、卵形疟原虫74.6℃和间日疟原虫75.8℃。结论建立的SYBR GreenI染料法荧光定量PCR技术可同时进行人体疟原虫的定量检测和虫种鉴别。     

贝类中GⅠ、GⅡ诺如病毒快速检测与分群方法的建立

目的建立贝类中GⅠ、GⅡ诺如病毒快速检测与分群方法。方法对比分析6株主要流行的GⅠ、GⅡ诺如病毒及参考诺如病毒的基因序列,筛选保守区域引物,优化建立SYBR Green Ⅰ荧光定量检测与熔解曲线快速分群方法,并对实际样品检测验证。结果引物P289/290可同时检测GⅠ、GⅡ诺如病毒,SYBR Green Ⅰ荧光定量检测方法在病毒浓度10~3～10~9 copies之间呈现良好的线性关系(R~2=0.993,P0.01),熔解曲线Tm值可区分GⅠ和GⅡ不同基因群的诺如病毒(F=7 507.60,P0.05)。120份贝类样品阳性检出率5.83%,其中阳性结果测序鉴定与快速分群方法结论一致。结论该方法成本低、检测快速、分群准确,具有良好重复性,适用于贝类中GⅠ、GⅡ诺如病毒的快速检测与分群。     

SYBR Green荧光定量粪检PCR法检测日本血吸虫感染的敏感性研究

目的建立快速、敏感、特异的检测日本血吸虫感染的SYBR Green荧光定量PCR法,准确评估其敏感性。方法将计数的日本血吸虫虫卵掺人健康水牛粪样中,制备人工阳性粪样。采用改良QIAamp DNA Stool Kit粪样DNA提取方法,提取人工阳性粪样DNA,进行SYBR Green荧光定量PCR,建立Ct值与粪样中克粪虫卵数（EPG）的关系;提取单独（不与牛阴性粪样混合）日本血吸虫虫卵DNA与虫卵生理盐水冲洗液DNA,行定量PCR检测,以对本方法进行严格质量控制。结果每200mg粪样仅含1个虫卵时,荧光定量PCR仍呈阳性,人工阳性粪样EPG的对数与PCR的Ct值存在线性关系。结论SYBR Green荧光定量粪检PCR法检测日本血吸虫虫卵DNA敏感性高,EPG对数与PCR的Ct值存在线性关系。     

肺癌患者血浆MGMT基因异常甲基化检测方法的初步研究和临床意义

目的探讨MGMT(O6-methylguanine-DNA methyltransferase)基因异常甲基化的血浆检测方法和临床意义。方法首先对SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法进行改良设计研究,寻求最佳的实验方法和条件,然后利用改良的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法分别对肺癌患者和正常人的血浆进行异常甲基化MGMT基因检测。结果在反应体系中增加75℃30s这一步骤可有效消除非特异性扩增产物,使测量定量结果更加精确。18例肺癌患者中,鳞癌1例为阳性,占20%;小细胞肺癌1例阳性,占33.33%;腺癌4例阳性,占40%。结论利用改良的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法可以检测到肺癌患者血浆异常甲基化MGMT的存在;肺腺癌阳性率最高,提示不同肿瘤细胞基因表达存在很大差异;同时也为无创伤性诊断肺癌提供了一种具有临床实用价值的方法。