Agilent 2100 Bioanalyzer在基因差异表达研究中的应用

目的观察Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(以下简称Bioanalyzer)在基因差异表达研究中的应用。方法应用限制性显示技术分别从正常和热休克处理后的酿酒酵母细胞中分离出cDNA片段,然后再用Bioanalyzer和传统的琼脂糖凝胶电泳技术对RD-PCR产物进行检测分析。结果Bioanalyzer能更快速、敏感地分离和显示差异表达的基因片段,并且通过对差异片段进行定量比较,发现了数个表达有明显差异的基因片段。结论Bioanalyzer在基因差异表达研究中具有重要的应用价值。     

Agilent 2100 Bioanalyzer在人乳头瘤病毒检测中的应用

目的：探讨Agilent2100Bioanalyzer芯片分析系统（简称Bioanalyzer)在人乳头瘤病毒（HPV）的PCR检测和分组中的应用。方法：先分别进行通用引物介导PCR（GP－PCR）和型特异性引物介导PCR，扩增HPV高保守区（L1区）的共同序列和各型（包括HPV6，11，16和18型）的特型性序列，然后分别用常规的琼脂糖凝胶电泳技术和Bioanalyzer对PCR产物进行检测，并比较两种检测方法的准确度，重复性和灵敏度。结果：Bioanalyzer在确定片段长度时的准确度和重复性比琼脂糖凝胶电泳高，前者的准确度在95％以上，后者仅为85％，Bioanalyzer的检测灵敏度比琼脂糖凝胶电泳高100倍，结论：Bioanalyzer芯片分析系统结合PCR方法可对HPV进行特异，准确，稳定，灵敏的检测和型别鉴定，具有重要的推广价值。     

Agilent 2100 Bioanalyzer在人乳头瘤病毒检测中的应用

目的探讨Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(简称Bioanalyzer)在人乳头瘤病毒(HPV)的PCR检测和分型中的应用。方法先分别进行通用引物介导PCR(GP-PCR)和型特异性引物介导PCR,扩增HPV高保守区(L1区)的共同序列和各型(包括HPV6、11、16和18型)的特异性序列,然后分别用常规的琼脂糖凝胶电泳技术和Bioanalyzer对PCR产物进行检测,并比较两种检测方法的准确度、重复性和灵敏度。结果Bioanalyzer在确定片段长度时的准确度和重复性比琼脂糖凝胶电泳高,前者的准确度在95%以上,后者仅为85%;Bioanalyzer的检测灵敏度比琼脂糖凝胶电泳高100倍。结论Bioanalyzer芯片分析系统结合PCR方法可对HPV进行特异、准确、稳定、灵敏的检测和型别鉴定,具有重要的推广价值。     

应用FDDRT-PCR技术研究低剂量过氧化氢诱导细胞适应性反应的基因差异表达

目的 用荧光差异显示RT-PCR(FDDRT-PCR)技术寻找低剂量的过氧化氢(H2O2)诱导人胚肺成纤维细胞(MRC-5)适应性反应差异表达的基因,为进一步研究低剂量的环境化学污染物(ECPs)诱导机体的生物学效应及其机制提供科学依据.方法 依据H2O2对MRC-5毒性的剂量反应关系,选择低剂量和高剂量,并建立低剂量H2O2诱导MRC-5的适应性反应模型.用乳酸脱氢酶漏出率(LDH%)、Annexin V/PI检测细胞凋亡验证适应性反应模型.然后用FDDRT-PCR寻找不同方式刺激下差异表达的基因,鉴定和验证部分差异表达的基因.结果 MTT获得适应性反应的模型,乳酸脱氢酶漏出率和Annexin V/PI检测细胞凋亡的结果都验证了适应性反应的模型.对不同方式处理的细胞RNA进行FDDRT-PCR,找到60个差异条带.对其中的5个差异条带进行鉴定,发现其中4个已知基因(bcl-2、EIF3S5、NDUFS4、RPS10),1个新基因.荧光定量PCR技术证实5个基因在不同处理组中的表达与荧光差异显示PCR图谱上一致.结论 低剂量H2O2可以诱导MRC-5的适应性反应过程,其中bcl-2、EIF3S5、NDUFS4、RPS10在该过程中起着一定的作用.     

RD—PCR技术在酵母基因表达谱研究中的应用

目的 应用RD－PCR技术分离酵母基因。方法 首先提取酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)总RNA，纯化mRNA，然后，转录成双链cDNA，再用限制性内切酶Sau3AI酶切，在酶切片段上加上接头后，用通用引物U进行第一次PCR扩增，以这一产物为模板用选择性引物（在通用引物的3‘端延伸两个碱基）作第二次PCR扩增。5％PAGE胶分离基因片段，选择单带割胶回收，做第三次PCR扩增，与载体连接，最后进行测序分析。结果 采用这种方法分离得到的基因片段，经Blast检索分析，确为来自酿酒酵母基因的cDNA片段或表达序列标签（EST）。结论 RD－PCR技术可以有效地分离EST，可用于酵母基因表达调控的研究。     

热休克蛋白90α在人胃癌中的表达研究

目的：研究热休克蛋白90α（HSP90α）在人胃癌组织中的表达。方法：应用兔抗人HSP90α多克隆抗体对66例手术及胃镜活检胃癌及非胃癌粘膜病变石蜡标本，用免疫组织化学SP试剂检测HSP90α的表达。结果：HSP90α在胃癌、浅表性胃炎，萎缩性胃炎，萎缩性胃炎伴肠上皮化生和不典型增生组织中的阳性率分别为88％、36％、50％、75％，HSP90α在胃癌，萎缩性胃炎伴肠上皮化生和不典型增生中的阳性率明显主于单纯胃炎病变。在胃癌中的表达率高于萎缩性胃炎伴肠上皮生化和不典型增生（P＜0．01）。结论：HSP90α在人胃癌及癌前病变中表达值明显增高，此现象可能和胃癌的产生和发展有密切关系。     

嗜肺军团菌热休克蛋白60基因在大肠杆菌中的表达

目的 探讨大肠杆菌中表达嗜肺军团菌的热休克蛋白60（HSP60）的表达。方法 利用聚合酶链式反应（PCR）技术扩增嗜肺军团菌HSP60基因，将其定向插入载体pUC18构建重组原核表达质粒，重组质粒转化到大肠杆菌JM109后IPTG诱导表达。并对其表达产物进行SDS-PAGE和Westem-blotting分析。结果 重组质粒在大肠杆菌中成功表达，可被抗军团菌抗血清识别。结论 HSP60基因可在大肠杆菌中表达。并有免疫原性。     

HSP90α、HSP70在喉癌中的表达和临床意义

目的：研究HSP90α、HSP70在喉癌中的表达与预后的关系。方法：用免疫组化方法检测46例喉鳞状细胞癌石蜡包埋标本的HSP90α、HSP70。结果：喉癌鳞状细胞中HSP90α、HSP70阳性率分别为69．56％和67．34％，HSP90α、HSP70的表达与病理分级和预后有关。结论：HSP90α、HSP70可作为判断患者预后的独立指标。     

卵巢癌卡铂耐药相关肿瘤抑制基因差异表达的研究

目的 分析卵巢癌卡铂耐药基因芯片中卡铂耐药细胞系SKOV3-CB较其亲本SKOV3细胞系差异表达下调的肿瘤抑制基因,并验证其差异表达.方法 应用分子生物信息学方法,分析基因芯片中卵巢癌SKOV3-CB细胞系较SKOV3细胞系差异表达下调两倍以上的基因1554条,筛选出肿瘤抑制基因17个,即:RNASET2,VHL,DLG1,COPS2,NOL7,GGNBP2,RBL1,S100A2, PARG1,PERP,TCF3,DNAJA3,PCGF2,ING1,CYLD,RARRES3,RBBP8,应用荧光定量PCR技术对差异表达进行验证.结果 RNASET2,VHL,DLG1,COPS2,NOL7,RBL1,S100A2,PARG1, PERP,TCF3,DNAJA3,ING1,CYLD,RARRES3,RBBP8基因差异表达下调,下调倍数分别为24.47、65.24、10.81、21.30、72.94、5.95、27.13、1.57、 1.32、12.93、46.80、7.57、14.90、14.00、23.98.GGNBP2,PCGF2,DLG1基因差异表达上调,上调倍数分别为5.76、2.19和17.10,基因芯片差异表达结果与real-time PCR所验证表达下降趋势的结果符合率为82.35%,下调两倍以上的基因符合率为64.70%.结论 利用基因芯片技术分析基因差异表达,结合real-time PCR对其检测结果验证是一种有效的方法,多肿瘤抑制基因参与卵巢癌卡铂耐药的机制.     

应用组织芯片技术研究A103和Inhibin α在肾上腺皮质腺瘤中的表达

目的：研究A103及Inhibinα在肾上腺皮质腺瘤中的潜在诊断价值并探讨组织芯片技术应用的可行性．方法：制备肾上腺组织芯片，含79例样本，其中正常肾上腺3例，肾上腺皮质腺瘤66例，肾上腺转移癌5例，嗜铬细胞瘤5例。用免疫组织化学Envision法检测A103及Inhibinα的表达。结果：免疫组织化学染色A103阳性率分别为正常肾上腺皮质100％(3／3)，肾上腺皮质腺瘤90．2％(55／61)，肾上腺转移癌0％(0／4)，嗜铬细胞瘤0％(O／4)；Inhibinα在正常肾上腺皮质中100％表达，阳性部位主要在网状带与束状带内层，肾上腺皮质腺瘤阳性率83.6％(51／61)，肾上腺转移癌O％(O／4)，嗜铬细胞瘤0％(0／4)．结论：A103及Inhibinα的联合应用对于肾上腺皮质腺瘤的诊断及其与其它肿瘤的鉴别诊断有较高价值。     

差异显示PCR技术在念珠菌基因表达研究中的应用

目的:探讨差异显示PCR技术(DD-PCR)在念珠菌基因表达研究中的方法学要点.方法:将临床阴道来源的白色念珠菌氟康唑敏感菌株435体外诱导氟康唑耐药性,于诱导80d得到耐药子代435-2,采用长引物差异扩增、银染显示差异条带、反式点杂交预筛选及非放射性法标记探针的改良的DD-PCR,比较435与435-2在有药及无药培养基中的表达差异.结果:在435-2含药培养组中得到较435-2、435无药培养组表达明显增强的片段N2、N3、N12,分别与数据库中白色念珠菌的醇脱氢酶基因ADH1、拓扑异构酶基因TOP2及多药耐药基因CDR1基因有高度同源性;半定量RT-PCR中证实了ADH1、CDR1基因在耐药株中的高表达.结论:ADH1、CDR1基因的高表达与白色念珠菌氟康唑耐药性形成相关,ADH1可能是新的耐药基因;改良的DD-PCR技术降低了假阳性率的产生,使确证步骤更加便捷,在念珠菌研究领域有很好的应用前景.     

应用基因芯片技术筛查肠型胃癌发生发展中差异基因表达的研究(四)

nn分型、Hp感染阳性率和淋巴结转移数目等存在关联;在慢性萎缩性胃炎伴肠上皮化生、慢性萎缩性胃炎伴非典型性增生和肠型胃癌黏膜共同差异基因中聚类分析并结合临床资料分析发现,ALDOB和TFF3表达下调与肠上皮化生具有负相关性,hTERT、COX-2和hMSH2上调和上皮非典型增生具有正相关. 结论基因表达谱芯片能够快速筛选出肠型胃癌发生癌相关基因,有多种基因共同参与肠型胃癌发生的整个过程.     

脑胶质瘤差异表达基因的微矩阵研究

目的 用生物芯片筛选胶质母细胞瘤相关基因。方法 采用一种由包括胶质瘤cDNA文库构建的14 000个基因片段的生物芯片来杂交筛选胶质母细胞瘤的基因并分析其表达谱的变化。结果 经过杂交筛选并与正常脑组织比较,94个基因差异表达超过3倍,298个基因片段超过2倍。一些胶质瘤中上调基因在正常脑组织中几乎没有表达。几个与胶质瘤发生发展相关的新基因被证实。结论 生物芯片结合相关的cDNA文库对大规模快速筛选胶质瘤及其他肿瘤的治疗靶基因具有实际意义。     

IGF2基因在卵巢癌组织中的表达差异分析

目的 分析IGF2 基因在卵巢癌组织中表达及变化。方法 选取2018 年2 月至2019 年4 月中山大学附属第八医院（深圳福田）妇产科收治的72 例卵巢癌患者为对象,根据其IGF2 基因表达情况分为高表达组、低表达组各41 例、31 例,选取同期72 名健康女性为对照组,用免疫组化实验、qRT-PCR 实验、染色实验,分析IGF2 高表达和低表达在患者一般资料中的差异。结果 IGF2 基因的mRNA 表达,检测方法为qRT-PCR,检测显示,在卵巢癌组织细胞中的IGF2 高表达,与正常卵巢组织比较,癌细胞中IGF2 水平较高,差异有统计学意义（P<0.05）;IGF2 蛋白的表达,检测方法为Western-blot,检测显示在正常卵巢组织中IGF2 蛋白表达正常,在癌细胞组织中呈现高表达,差异有统计学意义（P<0.05）。结论 ①IGF2 基因在卵巢癌组织的表达明显高于正常卵巢组织和癌旁组织,且其表达与患者的病理分级显著相关;②IGF2 基因表达与卵巢癌患者生存时间密切相关,是一个重要的不良预后因素。     

Analysis of gene expression in HIMeg cells before and after induced differentiation: Application of mRNA differential display

Drug-induceddifferentiationhasbeenem-ployedintheclinicaltreatmentofleukemiaandseensatisfactoryeffectsofar.Themolecularmechanismsinitializinganddrivingforwardthedifferentiationprocedureareintensivelystudiedinthefieldsofhematologyandoncology.However,becausetherearefewermegakaryocyticleukemiacellmodelsavailable,mostattentionhasbeencon-centratedongranulocytic,erythroidandmonocyticlineage,relativelylessonmegakaryocyticseries.Recently,thissituationbeginstochange,asmoremegakaryocyticleukemiacellshave…     

子宫内膜癌Ⅰ型和Ⅱ型全基因表达谱初步分析

目的 分析子宫内膜癌I型和Ⅱ型全基因表达谱。方法 利用6张Affymetrix全基因组基因芯片，分析两者之间在表达谱上的差异，结合生物信息分析。结果 许多基因明显在雌激素依赖型子宫内膜癌中高表达，其中，一些基因涉及了雌激素依赖型中雌激素的代谢与转化，另外一些基因可能为雌激素调节基因。CYP2C9参与了雌激素酮硫酸盐转化为16-羟基硫酸盐代谢；DDC能与类固醇受体结合，增强类固醇受体的转录活性。结论 某些基因在雌激素依赖型子宫内膜癌中高表达．为进一步研究此类基因在子宫内膜癌发病过程的作用及预后奠定了基础．