空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18的B细胞抗原表位分析及功能鉴定

目的 从生物信息学角度了解空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18的跨膜结构、B细胞抗原表位及其抗原性、基因序列保守性等特征,并鉴定空肠弯曲菌主要外膜蛋白优势B细胞抗原表位,为后续抗体检测和疫苗研究提供实验依据。方法 使用NCBI/Blast,TMHMM Server V2.0,DNA Star等生物信息学分析软件对空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18进行蛋白跨膜结构预测、线性B细胞抗原表位及其抗原性分析、并对不同空肠弯曲菌OMP18蛋白的氨基酸序列同源性进行比较。采用空肠弯曲菌全菌抗体IgG为一抗,基于ELISA技术对优势线性B细胞抗原表位进行筛选鉴定。结果 生物信息学预测结果表明外膜蛋白OMP18定位于空肠弯曲菌外膜且不存在跨膜结构。蛋白序列保守存在于各空肠弯曲菌株中,序列同源性达95%以上。同时,我们发现该外膜蛋白中存在3个明显的B细胞线性表位,且具有很强的抗原性。ELISA检测鉴定结果表明3个B细胞抗原表位都能有效识别空肠弯曲菌全菌抗体。结论 空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18保守存在于细菌表面,存在3个重要的B细胞线性抗原表位,可用于后续的抗体检测和疫苗开发研究。     

布氏杆菌周质蛋白 EipB优势T-B联合抗原表位预测及其免疫应答特点

目的 利用生物信息学方法预测布氏杆菌周质蛋白(Brucella periplasmic protein, EipB)的理化性质、空间结构以及T、B细胞表位,探讨T、B优势表位肽的免疫效应,为布氏杆菌分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 利用在线网站以及生物信息学相关数据库分析EipB蛋白的理化性质、跨膜结构域,信号肽序列,二级和三级结构、亲/疏水性以及该蛋白的T、B抗原表位。选取抗原性最高的B和T表位(分别位于121-137和95-110)通过血蓝蛋白进行连接,免疫小鼠后,通过ELISA检测IgG、IgM、IgA以及IgE等抗体的产生情况;通过流式细胞术检测T细胞分泌细胞因子的情况。结果 布氏杆菌EipB蛋白是由279个氨基酸组成,呈弱碱性,分子质量为31 kDa,性质较为稳定;该蛋白在26-27氨基酸之间含有一个信号肽序列,在1-30氨基酸之间含有一个跨膜结构域;二级结构中α-螺旋,β-转角,延伸连和无规则卷曲等结构;亲水区域明显;该蛋白含有21条优势B细胞表位肽,这些优势B细胞表位所在氨基酸区段与亲水性较高区域相对应。含有CD₄⁺T细胞表位56...     

空肠弯曲菌AhpC蛋白的克隆表达及抗原性分析

目的构建空肠弯曲菌烷基过氧化氢还原酶（ahpC）基因的原核表达系统,克隆表达AhpC蛋白,用Western blot以及ELISA方法检测表达蛋白的抗原性,为筛选空肠弯曲菌感染后特异性抗体检测试剂的制备奠定基础。方法用PCR方法从中国分离菌株ICDCCJ07001的染色体DNA中扩增出ahpC基因,将目的基因插入表达载体pGEX-4T-1后转化入大肠杆菌E.coliBL21（DE3）,IPTG诱导重组质粒pGEX-ahpC的表达。SDS-PAGE分析表达产物,采用GST标签亲和层析柱纯化表达蛋白。应用兔免疫血清、临床感染者血清以及健康无感染者血清,利用Western blot以及ELISA的方法分析AhpC蛋白的抗原性并初步评价其在ELISA检测方法中的应用。结果 PCR扩增及双酶切鉴定证实重组质粒构建成功。重组表达蛋白经飞行质谱鉴定为空肠弯曲菌AhpC蛋白,Western blot及ELISA检测结果显示AhpC具有特异抗原性。结论成功构建了ahpC重组表达载体pGEX-4T-1/ahpC,并在大肠杆菌中高效表达。空肠弯曲菌AhpC蛋白具有抗原性,可以作为空肠弯曲菌感染后血清抗体检测的特异抗原。     

艰难梭菌TPI蛋白的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法对艰难梭菌TPI蛋白的结构和功能进行分析并预测其优势B细胞以及T细胞抗原表位。方法 在NCBI数据库获取TPI蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam软件分析蛋白的理化性质;通过Signal 6.0 Sercer和TMHMM 2.0 Sercer软件预测蛋白的信号肽及跨膜区;采用SOMPA和SWISS-MODEL软件分析蛋白的二级结构和三级结构;利用软件ABCpred、IEDB和SYFPEITHI预测TPI蛋白的优势T、B细胞表位。结果 TPI蛋白由247个氨基酸组成,理论pI值5.05;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白;不含信号肽序列及跨膜结构域;蛋白的二级结构中α螺旋占52.63%,延伸链占15.38%,β-转角占7.69%,无规卷曲占24.29%;预测该蛋白含有多个优势B细胞及T细胞表位。结论 通过生物学信息的方法预测艰难梭菌TPI蛋白含有多个潜在的B细胞及T细胞抗原表位,为艰难梭菌感染的血清学诊断和亚单位疫苗的研制提供了理论基础。     

刚地弓形虫动力蛋白轻链8a的生物信息学分析

目的通过生物信息学在线程序及软件分析弓形虫动力蛋白轻链8a(TgDLC8a),预测其结构、免疫原性及抗原性。方法利用生物信息学在线软件ProtParam、SOSUI、ProtScale、TMHMM Server v.2.0、SignalP-5.0、TargetP1.1、Coils、SOPMA、NetPhos 3.1Server、SWISS-MODEL、SYFPEITHI及DNAMAN软件、DNAStar软件等分析预测TgDLC8a蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、可溶性、柔韧性、表面可及性、二级结构、蛋白翻译后修饰位点、三级结构及B细胞和T细胞抗原表位。结果 TgDLC8a蛋白含有138个氨基酸,分子式为C723H1128N192O195S11,相对分子质量为15.928 74×10~3,理论等电点为8.69,半衰期为30h,不稳定系数为37.09,脂溶性指数为88.33,总平均亲水性系数为0.025,属于疏水性蛋白;该蛋白有跨膜结构域,无信号肽切割位点,亚细胞定位预测可能是分泌蛋白;二级结构中α螺旋和β折叠分别占41.30%和23.91%,β转角和无规则卷曲分别占5.80%和28.99%;三级结构以二聚体的形式存在。该蛋白含有7个磷酸化修饰位点,其中4个丝氨酸磷酸化位点,2个苏氨酸磷酸化位点,1个酪氨酸磷酸化位点;含有7个B细胞抗原表位,7个CTL细胞抗原表位,11个Th细胞抗原表位。结论生物信息学预测TgDLC8a蛋白具有多个潜在的B细胞抗原表位及CTL细胞和Th细胞抗原表位,具有免疫原性和抗原性,可作为为抗弓形虫病疫苗候选蛋白。     

细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10~3,属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

细粒棘球绦虫抗原Fis1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学的方法分析细粒棘球绦虫Fis1(EgFis1)蛋白的抗原表位,为分子肽疫苗的研发奠定理论基础。方法在NCBI数据库中检所并下载EgFis1蛋白的氨基酸序列;利用EXpasy软件预测蛋白的理化性质;采用SignalP5.0和TMHMM sever 2.0软件预测EgFis1蛋白的信号肽和跨膜结构域;利用SOPMA和SWISS-MODLE预测EgFis1蛋白的二级结构和三级结构;采用IEDB、ABCpred和SYFPEITHI数据库预测EgFis1蛋白的T、B细胞表位。结果细粒棘球绦虫EgFis1是由157个氨基酸组成的等电点为5.86,分子质量单位为16.93ku的蛋白质;不含有信号肽序列,但具有一个跨膜结构域;其二级结构中α-螺旋占比例为48.41%,延伸连占19.11%,β-转角占7.01%,无规则卷曲占25.48%。亲水性较强的区域主要位于12aa-24aa,42aa-52aa,64aa-69aa,81aa-90aa,97aa-105aa,126aa-150aa。Eg-Fis1含有3个优势B细胞表位,7个T细胞表位以及2个T、B联合表位。结论生物信息学方法预测EgFis1蛋白含有4个优势B细胞表位、7个T细胞表位以及2个T、B联合表位,可作为免疫治疗和药物治疗的靶点。     

弓形虫微线蛋白25的生物信息学分析及其互作蛋白预测

目的对弓形虫微线蛋白25(TgMIC25)进行生物信息学分析,并预测其互作蛋白。方法利用ExPASY在线软件对TgMIC25蛋白的理化性质、信号肽、跨膜结构域、结构域、二/三级蛋白结构、蛋白磷酸化位点、互作蛋白进行预测分析;利用SYFPEITHI和IEDB预测其B/T细胞抗原表位,分析其免疫原性。结果 TgMIC25共编码302个氨基酸,相对分子质量为33.194×10~3,理论等电点为4.40。该蛋白无信号肽序列,在242-264 aa处存在一个潜在的跨膜区,主要是由EGF样结构域(Epidermal Growth Factor-like domain)组成,包含48个磷酸化位点,与TgMIC13为互作蛋白,具有多个B、T细胞抗原表位。结论生物信息学方法预测TgMIC25蛋白含有GEF样结构及个B、T细胞抗原表位,并与TgMIC13为互作蛋白,为该蛋白后续试验研究奠定基础。     

羊口疮病毒E3L蛋白亚细胞定位及生物信息学分析北大核心CSCD

目的 克隆羊口疮病毒020基因,构建其重组真核表达质粒并转染HeLa细胞,分析020基因编码E3L蛋白的亚细胞定位,分析该蛋白生物信息学特征。方法 提取羊口疮病毒基因组,PCR扩增020基因并构建重组真核表达质粒,转染HeLa细胞,采用Western blot检测其在该细胞中的表达,免疫荧光法检测该蛋白的亚细胞定位。利用DNAstar软件分析不同毒株ORFV E3L氨基酸序列特点及其遗传演化关系;利用SOMPA软件分析其二级结构;利用SignalP4.0软件预测信号肽;利用TMHMM2.0软件预测跨膜结构;利用NetPhos 3.1预测磷酸化位点;利用NetNGlyc-1.0预测糖基化位点;应用IDEB和SYFPEITHI预测ORFV E3L蛋白的抗原表位。结果 成功克隆得到ORFV 020基因,全长549 bp,编码183个氨基酸;亚细胞定位显示该蛋白定位于细胞核和细胞质。生物信息学分析ORFV E3L蛋白α螺旋约占40.44%、β折叠约占5.46%、延伸链约占16.94%、无规则卷曲约占37.16%;该蛋白无信号肽和跨膜结构,可能存在15个磷酸化位点,7个N-糖基化位点,5个B细胞线性表位,2个CTL表位,3个Th细胞表位,3个B细胞和CTL联合表位,3个B细胞和Th细胞联合表位。结论 ORFV E3L蛋白定位于细胞核和细胞质,含有多个抗原表位,可能具有免疫原性。该蛋白高度保守,具有成为优势保护性抗原的潜力。为进一步揭示ORFV E3L蛋白的功能奠定基础,为ORFV诊断方法的建立及疫苗的研制提供了理论依据。     

日本血吸虫病诊断分子B细胞表位的预测与鉴定

目的应用生物信息学技术对日本血吸虫病常用诊断分子进行B细胞表位的预测,筛选出具有潜在诊断价值的表位分子,采用基因工程方法制备目的表位的融合蛋白并进行抗原性鉴定.方法将日本血吸虫膜蛋白22 kDa(Sj22)、膜蛋白23 kDa(Sj23)、信号蛋白14-3-3(Sj14-3-3)、谷胱甘肽S转移酶(Sj26)分子的全基因序列输入BioSun软件的工作区,经多参数比较筛选可能的B细胞表位,克隆、表达预测表位,用表达的融合蛋白作为抗原与血吸虫病人血清反应,以筛选和鉴定具有抗原性的表位.结果经预测分析,Sj22的B细胞表位可能在56～62位和127～133位氨基酸区域,Sj23的B细胞表位可能在149～156位和160～167位氨基酸区域,Sj14-3-3的B细胞表位可能在118～225位和130～137位氨基酸区域,Sj26的B细胞表位可能在143～149位和191～197位氨基酸区域.克隆、表达并纯化这8个表位的融合蛋白,经SDS-PAGE和Western blot检测抗原性,筛选出分别来自于Sj22、Sj14-3-3、Sj26的3条具有较强抗原性的表位片段.结论生物信息学技术结合分子生物学方法可用于筛选具有潜在诊断价值的表位.     

日本血吸虫复合B细胞表位抗原的制备和鉴定

目的 制备日本血吸虫复合B细胞表位抗原，并对其抗原性进行鉴定。 方法 用生物信息学软件（BioSun）预测已报告的日本血吸虫Sj22.6、Sj14?鄄3?鄄3、Sj26等3个B细胞表位片段的基因序列（P2、P6、P7），用随机顺序法连接3个片段，克隆入高效融合表达载体pET-32c（+）中，转化大肠埃希菌BL21感受态细胞，经酶切及基因测序鉴定重组子。阳性克隆经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导表达，表达产物用Ni^2＋螯合柱纯化，用蛋白质印迹（Western blotting）分析该表达产物的抗原性。 结果 3个目的表位基因片段按P2-P6-P7和P6-P2-P7的顺序连接为2条复合表位片段（表位间由6个氨基酸组成的柔性接头连接），成功克隆入pET-32c（+）。其重组子均可表达相对分子质量（Mr）约20 400的融合蛋白。亲和层析纯化的融合蛋白经十二烷基磺酸钠?鄄聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）显示为单一条带（Mr 20 400），Western blotting分析显示，这2条重组复合表位蛋白均可被日本血吸虫病患者血清识别，而不与健康者血清反应。 结论 获得2个具有日本血吸虫病诊断潜在价值的复合B细胞表位抗原。     

Invasion-related antigens of Campylobacter jejuni

A HEp-2 cell culture model was used to investigate the antigens required for epithelial cell penetration by Campylobacter jejuni. Penetration of HEp-2 epithelial cells by C. jejuni was significantly inhibited (P less than .05) with C. jejuni lysate and a monoclonal antibody (MAb 1B4) in competitive inhibition assays. Immunogold electron microscopy revealed that MAb 1B4 bound to the flagella and cell surface of low-passage (invasive) C. jejuni M 96, whereas only the flagella of high-passage (noninvasive) C. jejuni M 96 were labeled. Western blot analysis revealed that MAb 1B4 identified an epitope on antigens of 64-44 kDa in lysates prepared from invasive and noninvasive isolates. In addition, antigens of 42-38 kDa were recognized in lysates prepared from only invasive C. jejuni strains. Proteinase K and sodium meta-periodate chemical treatment of C. jejuni M 96 lysate changed the mobility of antigens recognized by MAb 1B4. The increase in mobility demonstrated a decrease in size of molecules and suggested that antigens required for HEp-2 cell invasion by Campylobacter species may be glycoprotein in nature.     

布鲁氏菌Omp2b优势T-B联合抗原表位的免疫应答特点研究

目的 通过生物信息技术预测分析Omp2b蛋白的优势B细胞表位和T细胞表位,筛选T-B联合抗原表位,探讨其免疫原性和激发免疫应答的特点,为开发有效的布鲁氏菌疫苗奠定基础.方法 1)利用生物信息学软件ProtParam,SOMPA,SWISS-MODEL,Rasmol,DNAStar,SYFPEITHI和IEDB来分析Om...     

弓形虫微线蛋白16抗原表位区的预测及酵母表面展示

目的应用生物信息学软件预测弓形虫微线蛋白16(TgMIC16)B/T细胞抗原表位并对抗原表位区进行酿酒酵母菌的表面展示。方法利用DNAStar和IEDB对TgMIC16进行B细胞抗原表位预测,利用SYFPEITHI和BIMAS预测其T细胞抗原表位。参照预测结果,采用pCTCON2/EBY100展示系统对抗原表位区进行酵母表面展示,利用间接免疫荧光(IFA)和流式细胞仪检测表达情况。结果 TgMIC16存在潜在的B/T细胞抗原表位且集中在aa343-625区域;该抗原表位区成功展示到酵母细胞表面,最佳诱导时间为24~36h。结论为下一步酵母载体疫苗的研制及疗效评价奠定基础。     

结核分枝杆菌Rv3407蛋白抗原表位的预测

目的预测结核分枝杆菌Rv3407的抗原表位。方法利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3407氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位。结果 Rv3407蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,潜在的B细胞抗原表位较少,可能位于11-26、28-43、50-61、66-74、76-99位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较多,可能位于2-12、22-26、34-37、40-44、56-60、75-79、86-93位氨基酸残基或其附近。结论结核分枝杆菌Rv3407是一个T细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,B细胞抗原表位略少,预测结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与应用奠定了基础。     

结核分枝杆菌Rv3134c蛋白抗原表位的预测

目的 预测结核分枝杆菌Rv3134c的抗原表位,了解其免疫学特性。方法 利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3134c氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位,最后BLAST分析其与人类抗原表位的同源性。结果 Rv3134c蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有较多潜在的B细胞抗原表位,可能位于1-7、30-37、65-81、89-100、111-120、138-148、184-195、209-216、233-238位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较少,可能位于62-76、89-97、185-195、203-213、219-231、248-255位氨基酸残基或其附近。BLAST分析结果显示,其与人类抗原表位的同源性很低。结论 结核分枝杆菌Rv3134c是一个即含有较多B细胞抗原表位又含有较多T细胞抗原表位的蛋白抗原,实验结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与合成肽疫苗奠定了基础。     

Antibody responses and epitope specificities to the Taenia solium cysticercosis vaccines TSOL18 and TSOL45-1A

Taenia solium is a cestode parasite that causes cysticercosis in humans and pigs. This study examined the antibody responses in pigs immunized with the TSOL18 and TSOL45-1A recombinant vaccines against T. solium cysticercosis. Immunization with these proteins induced specific, complement-fixing antibodies against the recombinant antigens that are believed to be associated with vaccine-induced protection against T. solium infection. Sera from immunized pigs were used to define the linear B-cell epitopes of TSOL18 and TSOL45-1A. Prominent reactivity was revealed to one linear epitope on TSOL18 and two linear epitopes on TSOL45-1A. These, and oncosphere antigens from other taeniid cestodes, contain a protein sequence motif suggesting that they may show a tertiary structure similar to the fibronectin type III domain (FnIII). Comparison of the location of linear antigenic epitopes in TSOL18 and TSOL45-1A within the proposed FnIII structure to those within related cestode vaccine antigens reveals conservation in the positioning of the epitopes between oncosphere antigens from different taeniid species.