甲型H1N1与季节性H1N1流感病毒血凝素基因比较分析

目的分析泰安市2008～2009年度季节性流感与2009年度甲型H1N1流感病原学检测结果 ,比较季节性H1N1与甲型H1N1血凝素基因变异情况。方法选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过RealtimePCR进行病毒检测,用MDCK细胞进行病毒分离,通过RT-PCR扩增血凝素HA1片段的基因并测序,利用生物信息学进行序列分析。结果 2008～2009年共检测鼻咽拭子标本283份,分离出流感病毒33株,分离阳性率为11.67%,其中季节性H1N1亚型31株。2009年5月1日～12月31日,检测鼻咽拭子标本996份,流感核酸检测阳性417份,阳性率为41.86%,其中甲型H1N1337份,季节性H1N1亚型1份。6株季节性H1N1病毒均在多个氨基酸位点上发生变异,与疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)比较,有11个位点发生了突变,其中5个位点位于抗原决定簇上;测序成功的6株甲型H1N1病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区。结论 2008～2009年度季节性H1N1为优势株,甲流暴发后,甲型H1N1成为绝对优势毒株。季节性H1N1分离株有多处氨基酸替换,抗原决定簇B区变异频繁;甲型H1N1病毒分离株的基因有变异,但关键位点第222位仍为D(天冬氨酸),与疫苗株相比抗原决定簇的关键位点变化不大。     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析

目的 了解2009年度甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过实时(RT)-PCR进行病毒分型及甲型H1N1流感病毒检测,对阳性标本采用狗肾细胞(MDCK)进行病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒效价,用血凝抑制实验进行型别鉴定,通过RT-PCR扩增毒株HA1片段的基因并进行序列测定,利用生物信息学技术进行序列分析.结果 共检测咽拭子样本996份,其中核酸检测阳性病例包括甲型H1N1 337份,季节性H1N1亚型1份,季节性H3N2亚型67份,B型12份,流感核酸检测阳性率为41.87％,其中甲型流感核酸检测阳性率为33.84％.分离出甲型H1N1病毒36株,选择18株.测序成功的10株甲型H1N1流感病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区.结论 2009年度分离到的流感病毒株中以甲型H1N1为绝对的优势毒株,毒株的血凝素基因与世界卫生组织(WHO)提供的疫苗株相比有变异,与疫苗株相比,抗原决定簇B区有改变,但关键位点第222位没有变化.     

福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析

目的分离甲型HIN1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real—time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A／Fujian／01／2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60．98％。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A／Swine／Iowa／15／1930（HIN1）存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD—CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。     

上海地区2010年冬季甲型H1N1流行性感冒病毒株变异分析

目的 了解上海地区2010年冬季人群甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒流行株基因及抗原的变异.方法 采集2010年12月至2011年1月间上海地区哨点医院流感样患者咽拭子标本137份,接种犬肾细胞(MDCK),分离流感病毒,直接免疫荧光法(DIF)鉴定流感病毒型,RT-PCR鉴定甲型H1N1,对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因及氨基酸位点变异.结果 共分离到53株人流感病毒,48株为甲型H1N1流感病毒,按简单随机抽样法抽取19株测序.HA进化树分析发现,与2010年6月前分离的甲型H1N1毒株比较,绝大部分不位于同一主干上;HA蛋白的氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生变异.NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,未检测到耐奥司他韦和扎那米韦的变异位点.PB2蛋白第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍是禽源流感病毒特征,但第677位点出现E677G突变.结论 2010年冬季上海地区人群甲型H1N1流感病毒流行株与之前春夏季分离株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和在哺乳动物宿主内的适应性进化.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2017-2019年呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒基因特征分析

目的 了解呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒遗传进化特征及抗原位点、糖基化位点和耐药位点的变异情况,为流感防控提供科学依据。方法 采集2017-2019年呼和浩特市3家哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本进行核酸检测,阳性样本通过MDCK细胞和鸡胚进行病毒分离。随机抽取15株甲型A(H1N1)pdm09流感毒株进行基因测序分析。采用MEGA7.0.14软件、DNASTAR7.0.1软件和NetNGlyc1.0软件进行基因进化树分析、核苷酸同源性分析和糖基化位点分析。结果 呼和浩特市2017-2019年15株甲型A(H1N1)pdm09分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018和A/Michigan/45/2015共同属于6B.1分支。各年度分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.004、0.011和0.013。相较于疫苗株A/California/07/2009和A/Michigan/45/2015,2017年起甲型A(H1N1)pdm09病毒抗原位点变异较大,但与疫苗株A/Brisbane/02/2018相比并未发生抗原漂移现...     

甲型H1N1流感病毒长春株的分离鉴定及其分子进化分析

目的分离目前流行的甲型H1N1流感病毒,对其进行基因序列测定和遗传变异分析,为研究病毒进化、致病性、流行规律及防治提供科学依据。方法采用MDCK细胞、SPF鸡胚和RT-PCR方法对甲型H1N1流感病毒进行分离、鉴定,并进行核苷酸序列测定和分子进化分析。结果从疑似甲型H1N1流感临床标本中分离得到1株甲型H1N1流感病毒,命名为长春株(A/Changchun/01/2009(H1N1)),基因序列及分子进化分析显示该毒株与2009年大流行的甲型H1N1毒株高度同源,属于流行分支2。相对流行分支1(北美流行株A/California/07/2009(H1N1)),PB2、HA、NA分别出现2个、7个和4个氨基酸的差异。结论甲型H1N1流感病毒长春株与2009年大流行的甲型H1N1毒株高度同源,属于流行分支2,与流行分支1相比存在变异。     

甲型H1N1流感病毒基因特征及耐药性研究

目的研究甲型H1N1流感病毒的基因特征和变化规律,为流感疫苗评价提供依据。方法选取2009年6月-2013年4月本院分离出的15株甲型H1N1病毒分离株,提取病毒RNA进行反转录。采用PCR方法扩增15株甲型H1N1流感病毒HA和NA全基因并进行测序分析。利用软件Bioedit和MEGA软件对序列进行拼接,绘制种系发生树,采用邻位相临法构建进化树。结果 15株甲型H1N1流感病毒均为低致病性病毒,对神经氨酸酶抑制剂敏感,对金刚烷胺类呈耐药性。实验毒株HA基因序列与国内和国外毒株同源性为99.1%~99.7%。该地区流感毒株抗原变异程度较大,其中毒株HA发生14个氨基酸点位改变,分别为:A215E,D127E,E235K,E374K,G170E,H138R,L161I,I321V,L191I,P83S,R45K,S185T,S203T和V234I。其中第83位和第321位与国内代表株相同,但是与国外代表株不同。NA发生15个氨基酸点位改变,分别为A20V,N44S,V83M,V106I,E128G,H144Y,I188T,V241I,S247N,N248D,S334N,N369K,N449K,D451G和G454S。其中所有毒株均发生V106I和S247N的变化。结论通过对HA和NA基因序列对比分析,该地区流感疫苗对当地居民有保护作用,但是毒株与疫苗株间发生相对抗原漂移,需要进一步观察毒株变异情况。     

Genotypic Variants of Pandemic H1N1 Influenza A Viruses Isolated from Severe Acute Respiratory Infections in Ukraine during the 2015/16 Influenza Season

Human type A influenza viruses A(H1N1)pdm09 have caused seasonal epidemics of influenza since the 2009–2010 pandemic. A(H1N1)pdm09 viruses had a leading role in the severe epidemic season of 2015/16 in the Northern Hemisphere and caused a high incidence of acute respiratory infection (ARI) in Ukraine. Serious complications of influenza-associated severe ARI (SARI) were observed in the very young and individuals at increased risk, and 391 fatal cases occurred in the 2015/16 epidemic season. We analyzed the genetic changes in the genomes of A(H1N1)pdm09 influenza viruses isolated from SARI cases in Ukraine during the 2015/16 season. The viral hemagglutinin (HA) fell in H1 group 6B.1 for all but four isolates, with known mutations affecting glycosylation, the Sa antigenic site (S162N in all 6B.1 isolates), or virulence (D222G/N in two isolates). Other mutations occurred in antigenic site Ca (A141P and S236P), and a subgroup of four strains were in group 6B.2, with potential alterations to antigenicity in A(H1N1)pdm09 viruses circulating in 2015/16 in Ukraine. A cluster of Ukrainian isolates exhibited novel D2E and N48S mutations in the RNA binding domain, and E125D in the effector domain, of immune evasion nonstructural protein 1 (NS1). The diverse spectrum of amino-acid substitutions in HA, NS1, and other viral proteins including nucleoprotein (NP) and the polymerase complex suggested the concurrent circulation of multiple lineages of A(H1N1)pdm09 influenza viruses in the human population in Ukraine, a country with low vaccination coverage, complicating public health measures against influenza.     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09 流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1) pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据.方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNAST...     

2019年广州市甲型H1N1流感病毒全基因组序列的遗传特征分析

目的 对甲型H1N1流感病毒进行基因组全序列遗传特征分析,为流感的科学防控提供新数据.方法 选取7株2019年广州市甲型H1N1流感病毒进行全基因组序列测定,分析其遗传特征.结果 7株病毒的核苷酸同源性最高为PB2基因(98.8％～99.9％),最低为NA基因(97.3％～99.2％).总体上,不同月份的H1N1流感分...     

Relationships between A(H1N1)pdm09 influenza infection and infections with other respiratory viruses

Background

A(H1N1)pdm09, a new influenza pandemic virus emerged in 2009. The A(H1N1)pdm09 infection had several unique characteristics which included rapid transmissibility and high morbidity in obese individuals, pregnant women and individuals suffering from chronic diseases.

Objectives

To study the relationships between A(H1N1)pdm09 influenza infection and infections with other respiratory viruses such as respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumo virus (hMPV), adenovirus and seasonal influenza.

Methods

Samples (nasopharyngeal swabs or aspirates) collected between 2007 until 2012 from patients of various ages that were hospitalized due to respiratory virus infections were analyzed for the presence of various respiratory viruses, using qRT-PCR.

Results

In 2009–2010, when the pandemic influenza A(H1N1)pdm09 first appeared, two major infection peaks were noted and individuals of various ages were infected. Following the decline of the A(H1N1)pdm09 virus infection, the percentages of patients infected with adenovirus and hMPV increased, while infection frequency with RSV B and with seasonal influenza virus decreased. Furthermore, RSV infections were delayed and very few percentages of patients were co-infected with more than one virus. Interestingly, the A(H1N1)pdm09 virus lost its dominancy when it reappeared in the winter of 2010–2011, and at this time, only the incidence of RSV infections was affected by the A(H1N1)pdm09 virus.

Conclusions

The A(H1N1)pdm09 virus had distinct effects on other respiratory viruses when it first appeared versus later, when it evolved from being a pandemic to a seasonal virus.     

2016-2020年福建省A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因特征分析

目的 分析2016-2020年福建省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的血凝素(Hemagglutinin, HA)基因特征,了解与其他省份和全球范围内时间和空间上的分布差异。方法 选取2016-2020年福建省流感监测网络实验室分离A(H1N1)pdm09流感毒株基因序列测定。基因序列用MEGA、Net NGlyc 1.0 Server分析基因特征。结果 2016-2020年福建省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒HA基因进化树分析与其他省份及国外大部分一致,但仍有少部分不同。HA分支由6B转化为6B.1并演化至6B.1A5A。HA基因变异主要在抗原性决定簇Sa、Ca、Sb。对于不同地区疫苗株匹配度也会有差异。结论 福建省A(H₁N₁)pdm09病毒流行株具有遗传多样性。     

Whole‐genome analysis of influenza A(H1N1)pdm09 viruses isolated in Uganda from 2009 to 2011

We report a whole‐genome analysis of 19 influenza A(H1N1)pdm09 isolates from four Ugandan hospitals between 2009 and 2011. The isolates differed from the vaccine strain A/California/07/2009 by three amino acid substitutions P100S, S220T, and I338V in the hemagglutinin and by two amino acid substitutions V106I and N248D in the neuraminidase proteins with consistent mutations in all gene segments distinguishing isolates from the 2009/2010 to 2010/2011 seasons. Phylogenetic analysis showed low genetic evolution, with genetic distances of 0%–1.3% and 0.1%–1.6% for HA and NA genes, respectively. The amino acid substitutions did not lead to antigenic differences from the reference strains.     

Immunogenicity of influenza A(H1N1)pdm09 vaccine and the associated factors on lowered immune response in patients with hepatitis C

Background Patients with underlying disease represent a high‐risk group for influenza‐associated complications and hospitalization. However, few studies investigated the immunogenicity of influenza vaccine in patients with liver disease. Objective To examine immunogenicity of influenza A(H1N1)pdm09 vaccine in patients with liver disease and to explore the associated factors on lowered immune response. Patients/Methods A single subcutaneous dose of monovalent inactivated unadjuvanted split‐virus influenza A(H1N1)pdm09 vaccination was performed in 80 patients with chronic hepatitis C virus infection at Osaka City University Hospital in Japan. To measure the hemagglutination inhibition antibody titer, serum samples were collected before and 3 weeks after vaccination. Results No serious adverse events were observed. After vaccination, antibody titers ≥1:40 were observed in 56 patients (71%). The corresponding seroconversion proportion was 72%, and the mean fold rise was 10·3. Immune responses were robust regardless of severity of liver disease or existence of probable cirrhosis. However, patients with older age, lower body mass index, or receiving Stronger Neo‐Minophagen C tended to show lower antibody responses to A(H1N1)pdm09 vaccine. In addition, reduced immune responses were observed in patients who had received the 2009/10 seasonal vaccination prior to A(H1N1)pdm09 vaccination. Conclusions Single dose of A(H1N1)pdm09 vaccine achieved a sufficient level of immunity among patients with chronic hepatitis C. Antibody response may be affected by age, body mass index, Stronger Neo‐Minophagen C administration, and recent seasonal influenza vaccination.