基于DNA条形码技术鉴定青海柴达木盆地小型兽类

目的 为弥补传统形态分类方法不足,提高小型兽类现场鉴定成功率和准确性。方法 将采自青海省柴达木盆地总计3目5科12属145只小型兽类进行COI基因序列检测。结果 分析所测全部COI基因序列,种内遗传距离0.01%~2.2%,种间遗传距离10.9%~15.6%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。属间遗传距离16.2%~21.3%,科间遗传距离16.2%~27.0%, NJ树显示同种个体聚为高支持度的单一分支,在14个形态种中共发现17个分子种。讨论 研究结果表明DNA条形码技术能纠正传统形态学鉴定中的错误, 提高动物分类鉴定的准确性。     

基于COI基因的柴达盆地常见寄生蚤种的DNA条形码分析

目的 COI基因对柴达木盆地部分蚤种进行分子生物学鉴定,旨在完善蚤类传统形态分类法的不足。方法 PCR扩增68份蚤类标本的COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对;用MEGA 6软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树。结果 共测得柴达木盆地19种蚤的68条COI基因序列,种内遗传距离0.01%~2.9%,种间遗传距离3%~15.4%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。结论 NJ树显示同一物种形成高支持率的单系,种间分支很明显,表明COI可以作为DNA条形编码基因对柴达木盆地的常见蚤类进行物种鉴定。     

基于COI与18S rRNA基因序列的4种肉食螨DNA条形码研究

目的　基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（COI）与核糖体18S小亚基（18S rRNA）基因序列,分析确定4种肉食螨合适的DNA条形码,从而进一步完善肉食螨DNA条形码数据库。方法　2018年5月—2019年7月于安徽省阜阳、芜湖、铜陵等3市小型面粉作坊采集分离肉食螨样本,经形态学鉴定后,提取单个螨基因组DNA,经PCR扩增、克隆和测序获得COI与18S rRNA基因序列,所获序列进行BLAST比对。结合已报道肉食螨序列,用ClustalX 1.83软件进行多序列比对,基于MEGA X软件进行序列分析并计算遗传距离,采用最大似然法构建系统发育树。结果　马六甲肉食螨、转开肉食螨、鳞翅触足螨分子鉴定结果与形态学一致,而GenBank中缺少网真扇毛螨相关序列。4种肉食螨COI与18S rRNA 基因序列（A + T）分别为69.6%和55.1%,碱基替换数分别为137对和46对。基于COI与18S rRNA基因序列变异位点分析,发现4种肉食螨种间变异位点分别为154 ~ 321个和58 ~ 99个。4种肉食螨COI与18S rRNA基因序列种内遗传距离均≤ 0.020,种间遗传距离分别为0.235 ~ 0.583和0.078 ~ 0.114。基于COI与18S rRNA基因序列的系统发育树显示,4种肉食螨均能各自聚为一支,支持率均达100%,与形态学鉴定结果一致。结论　线粒体COI基因序列作为4种肉食螨DNA条形码优于18S rRNA基因序列,更适用于探索肉食螨的属、种低阶元亲缘关系。     

DNA条形码技术在鼠疫疫区啮齿动物残体鉴定中的应用

目的 应用DNA条形码技术对陕西省鼠疫疫区啮齿动物残体进行宿主分类鉴定,分析DNA条形码技术鉴定方法的可行性.方法 收集外形经形态学鉴定的7个鼠种8个不同部位62份残体样本,提取组织中DNA,经PCR、电泳、测序及结果比对等步骤,分析线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因序列.将COI基因序列利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)运行BLAST程序进行序列同源性比较;利用邻接(NJ)法构建COI基因序列的NJ系统树.结果 除3份毛发外,足部、尾巴、皮毛、肌肉、肋骨、耳朵、眼球均扩增出COI基因,扩增产物片段的大小与预期片段的大小相近(700 bp),且条带单一.DNA测序获得了59份残体标本的COI基因,其中长爪沙鼠、黑线仓鼠、子午沙鼠、三趾跳鼠、小毛足鼠、褐家鼠、五趾跳鼠序列同源性比较显示,COI基因与对应宿主所对应的基因均具有高度的同源性(99.0％,98.1％,99.8％,98.9％,99.5％,99.1％,98.3％).NJ法显示,59份残体标本的COI基因构建出7个序列的NJ系统树,同鼠种不同标本聚为一类.结论 DNA条形码技术能够对鼠疫疫区啮齿动物残体进行物种分类鉴定,鉴定结果可靠.     

DNA条形码技术在陕西省鼠形动物鉴定中的应用

目的 探究应用DNA条形码技术进行分子生物学鉴定的可行性,弥补形态学鉴定缺陷。方法 结合鼠疫监测工作,使用样方法、5 m夹笼法、夹夜法采集鼠形动物标本,所有标本形态学初步鉴定后基于线粒体细胞色素C氧化酶I亚基基因(COI基因)进行分子鉴定,计算遗传距离,构建系统发育树。结果 获得709只鼠形动物的COI基因序列,隶属于3目10科24属38种。COI基因序列显示种内遗传距离在3.6%以内, 平均为1.4%,种间遗传距离大于5.6%, 种间遗传距离显著大于种内遗传距离,属间、科间遗传距离界限不明显,对多只鼠形动物形态学鉴定结果进行了纠正。系统发育树显示同种个体聚为高支持度的单一分支,发现索氏仓鼠和中国仓鼠2个隐存种。结论 DNA条形码技术可对鼠形动物进行有效的鉴定,但因数据库的不完善,仍需将传统的分类学鉴定方法和现代分子生物学鉴定方法结合,以保证鉴定结果的准确性。     

甘肃黄鼠疫源地鼠疫宿主动物致病性耶尔森菌调查分析

目的 了解甘肃阿拉善黄鼠疫源地内鼠疫宿主动物致病性耶尔森菌感染状况,为探索该疫源地鼠疫流行状态提供依据。方法 2016-2018年现场采集阿拉善黄鼠鼠疫疫源地会宁县、平川区鼠疫宿主动物阿拉善黄鼠及花鼠、大仓鼠、沙土鼠、子午沙鼠、中华鼢鼠、小灰鼠、达乌尔鼠兔、小家鼠、灰仓鼠的回盲部及内容物、舌根部、血清标本,分别进行耶尔森菌分离及鼠疫F1抗体的检测。结果 会宁县共采集阿拉善黄鼠及花鼠、大仓鼠、沙土鼠、子午沙鼠、中华鼢鼠舌根部标本274份,未检出耶尔森菌,回盲部及内容物标本275份,检出1株非致病性小肠结肠炎耶尔森菌,其毒力型别为(ail- ystA- ystB+ yadA- virF- rfbc-),检菌率为0.18%;平川区共采集阿拉善黄鼠及沙土鼠、子午沙鼠、中华鼢鼠、小灰鼠、达乌尔鼠兔、小家鼠、灰仓鼠舌根部标本213份,回盲部及内容物标本219份均未检出耶尔森菌。阿拉善黄鼠血清312份,鼠疫F1抗体结果均为阴性。结论 甘肃黄鼠疫源地鼠类肠道内可能存在耶尔森菌群,检出的小肠结肠炎耶尔森菌的地点与阿拉善黄鼠鼠疫菌的地点一致。     

达乌尔黄鼠对溴敌隆敏感性的测定

目的确立达乌尔黄鼠对溴敌隆的敏感本底(即食毒期),为检测达乌尔黄鼠对溴敌隆抗药性提供科学的理论依据。方法通过摄食试验,以世界卫生组织(WHO)提供的方法,ED95置信上限确立最适宜的灭鼠剂量;通过食毒期与其对应的死亡率,用Litchfield方法计算出达乌尔黄鼠对第2代抗凝血灭鼠剂的敏感本底。结果达乌尔黄鼠对溴敌隆敏感本底测定最适宜的剂量为4.87 mg/kg,食毒期为20 d。测定中动物死亡高峰出现在饲毒后第3～4 d,第10 d全部死亡。结论以0.01%浓度配制毒饵进行敏感性测定,以20 d为食毒期作为标准进行达乌尔黄鼠对溴敌隆的抗药性调查具有实际意义。     

甘肃省鼠疫疫源地蚤类DNA条形码分析

目的将DNA条形码技术应用到蚤类鉴定中,提高甘肃省鼠疫监测质量。方法在甘肃省鼠疫疫源地4个县(区)采集57份蚤类样本,PCR扩增细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段,PCR产物进行测序;序列进行比对,采用Mega 7.0软件计算种内及种间遗传距离,邻接法构建系统发育树。结果共测得4科9属11种57条COI基因序列。发现种内遗传距离为0~1.8%,种间遗传距离为12%~25%;种间遗传距离显著大于种内遗传距离。进化树显示所有蚤类COI序列形成11个单一分支,种间分支明显。结论 DNA条形码能够用于甘肃省鼠疫疫源地蚤类的分子鉴定,克服形态学鉴定方法的缺陷。     

达乌尔黄鼠鼠疫预报模型应用研究

目的研究吉林西北部草原达乌尔黄鼠鼠疫预报模型。方法根据吉林西北部草原1957~2004年鼠疫监测资料,利用神经网络方法,提出达乌尔黄鼠鼠疫流行预测模型。结果神经网络经学习和训练后,输出的分类结果与实际值符合率达93.3%。结论模型验证结果与实际结果相符。     

2013—2022年吉林省鼠疫自然疫源地蚤类种群结构特征分析

目的 研究2013—2022年吉林省达乌尔黄鼠(以下称黄鼠)疫源地蚤种类构成情况，为吉林省鼠疫防控工作提供理论依据。方法 收集2013—2022年吉林省达乌尔黄鼠疫源地全部监测点的媒介调查数据，采用描述流行病学方法，统计分析达乌尔黄鼠疫源地鼠疫媒介种群构成。结果 累计梳检达乌尔黄鼠17 509只、探达乌尔黄鼠洞干20 929个、梳检小型啮齿类动物4 298只，累计获蚤16 747只。在获得的所有蚤类中方形黄鼠蚤为绝对优势种，占85.09%,其次是二齿新蚤，占11.94%,种群组成差异有统计学意义(χ²=7 675.44,P<0.05)。2018—2019年黄鼠体蚤种群数量较高，2020—2022年呈下降趋势；黄鼠洞干蚤年际变化较大，平均蚤指数0.19,2019年后有下降趋势，2022年为0.10;小型鼠染蚤率波动范围为12.22%～19.48%;蚤指数波动范围为0.23～0.43,2017年为最低至0.23。结论 分析显示，吉林省达乌尔黄鼠鼠体蚤和洞干蚤以方形黄鼠蚤为绝对优势种群，其次为二齿新蚤，与以往监测结果接近，种群构成基本没有发生变化。黄鼠体蚤和洞干蚤...     

甘宁黄土高原鼠疫自然疫源地50年防控概述

目的通过对甘宁阿拉善黄鼠鼠疫疫源地50年鼠疫调查及监测材料汇总分析,为该疫源地动物鼠疫监测及预警提供指导。方法收集、整理鼠疫资料,建立甘宁黄土高原黄鼠疫源地1962—2012年鼠疫数据库;黄鼠密度调查采用1日弓形夹法,其他小型啮齿动物调查采用5m夹线法;鼠疫病原学的分离采取剖检鼠类脏器,取肝脾直接压印培养法;鼠体蚤的收集采用梳检法;蚤的细菌学检验采取集组研磨培养法;鼠疫血清学采取间接血凝（IHA）法。结果该疫源地共捕获啮齿动物18种,黄鼠为优势种群;收集蚤类59种（亚种）,方形黄鼠蚤蒙古亚种为优势种群;50年来发生3次动物间鼠疫流行,分离鼠疫菌163株（其中人尸体4株、自然染疫动物135株、寄生蚤24株）,检出阳性血清488份;动物鼠疫流行多发生在5—6月,流行年份黄鼠密度（3．26±1．11）只／hm^2,动物间鼠疫频发区在海原县境内月亮山与南华山草甸草原和山地草原地带。结论海原县境内月亮山与南华山为该疫源地核心区,黄鼠鼠疫终止流行阈值指标为黄鼠密度年均〈0．2只／hm^2,黄鼠密度年均1．11只／hm^2为动物鼠疫流行时的阈值指标,2只／hm^2为动物鼠疫流行的预警指标。     

小肠结肠炎耶尔森菌在达乌尔黄鼠鼠疫疫源地分布及特征研究

目的了解小肠结肠炎耶尔森菌在达乌尔黄鼠鼠疫疫源地动物中的种间带菌分布情况及其特征,为我国小肠结肠炎耶尔森菌的研究提供科学的参考数据。方法在达乌尔黄鼠鼠疫疫源地内选择牧区、半农半牧区和农区3个不同生态环境,分别采集鼠类、家畜家禽动物的粪便、舌根、咽拭子及肠道内容物等样本,进行小肠结肠炎耶尔森菌的分离、鉴定和毒力基因检测。结果共检测各类样本3 260份,检出小肠结肠炎耶尔森菌65株,总检出率为1.99%;猪的带菌率最高,其携带O∶3/3、O∶5/1A、O∶4/4 3个血清生物型;其中O∶3/3型致病性菌株携带ail、ystA、yadA、VirF、rfbc毒力基因;且在牧区、半农半牧区、农区的样本均可检出阳性菌,以农区最高,检出率为9.95%。结论小肠结肠炎耶尔森菌在内蒙古达乌尔黄鼠鼠疫疫源地中分布较广,以农区为重;猪是致病性小肠结肠炎耶尔森菌的主要携带者。     

兰州市蚤类种属组成及其生态学研究

本文报道了１９６４年１９９２年兰州市蚤类组成，黄鼠体蚤和洞干蚤等重要蚤种的生态学研究。通过比较，间隔２８年重要蚤种的季节消长基本一致。     

内蒙四种啮齿类对当地三型鼠疫菌的选择试验

本文报告了内蒙鼠疫自然疫源地四种鼠对三型鼠疫菌的选择试验。结果表明不同种动物对不同型菌具有不同选择能力。这种选择作用是啮齿类种的遗传特性,是宿主和病原菌相关进化的结果。     

1981～2007年宁夏鼠疫监测与防治对策

目的分析1981～2007年宁夏鼠疫监测资料及鼠疫流行病学特征，提出预防措施和控制对策。方法运用流行病学方法和医学统计方法进行统计、分析与评价。结果27年间，阿拉善黄鼠疫源地宿主密度为0．31～1．80只／公顷，染蚤率为28．07％～66．47％，蚤指数为0．88～3．15，有8个年次监测到鼠间鼠疫的局部流行；长爪沙鼠疫源地宿主密度为0．10～5．90只／公顷，染蚤率为9．57％～57．34％，蚤指数为0．07～1．44，有9个年次监测到动物鼠疫流行。结论宁夏动物鼠疫流行呈周期性、间断性发生。坚持以鼠疫监测、宣传教育、灭鼠灭蚤、区域联防为主的综合防治是预防控制鼠疫的主要措施。     

COI基因DNA条形码技术在福建省蜱类鉴定中的应用

目的 探讨基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA条形码技术应用于福建省蜱类鉴定的可行性。方法 蜱标本经形态学鉴定后提取基因组DNA,PCR扩增COI基因片段,并进行测序和比对,用Kimura-2-parameter模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法构建系统发育树。结果 经形态学鉴定,97只蜱隶属于5属12种,遗传距离计算结果显示,种间遗传距离(14.65%~26.79%)显著大于种内遗传距离(0~7.14%);BLAST同源性比对发现GenBank数据库中尚无越原血蜱(Haemophysalis Yeni)与基刺硬蜱(Ixodes spinicoxalis)的COI基因序列,褐黄血蜱(H.flava)、台岛血蜱(H.formosensis)、豪猪血蜱(H.hystricis)、粒形硬蜱(I.granulatus)、微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)与血红扇头蜱(R.sanguineus)的形态学鉴定与DNA条形码鉴定结果一致,但是,龟形花蜱(Amblyomma testudinarium)、台湾革蜱(Dermacentor taiwanensis)、中华硬蜱(I.sinensis)的形态学鉴定与COI基因DNA条形码鉴定结果不一致;系统发育树显示,同一物种的不同个体均形成高支持率的单系,种间分支很明显。结论 COI基因DNA条形码测定是一种快速准确的蜱类鉴定新兴技术,但现阶段,COI基因DNA条形码技术尚不能完全脱离传统的形态学鉴定而独立进行,两者应有机结合。