2013年贵州省急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的鉴定分析

目的 研究2013年贵州省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的基因型别,并对分离的柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus,CVA4)进行基因特征分析。方法 2013年贵州省共报告15岁以下AFP病例235例,采用RD细胞和L20B细胞对235例AFP病例粪便标本进行病毒分离,对分离到的NPEV进行VP1基因序列测定分型。通过MEGA7.0软件采用邻位相接法(neighbor joining method)构建遗传进化树进行基因特征分析,可靠性通过1 000 bootstrap值评估。结果 235例AFP病例中共检测到24株NPEV(10.2%),有2株无法定型,另外22株共包括12个血清型,其中人类肠道病毒(human enterovirus,HEV)A组包括4个血清型6株,其中3株为CVA4,均属于C2基因亚型;HEV-B组包括7个血清型15株,1株为HEV-C组,未分离到HEV-D组病毒。结论 2013年贵州省AFP病例病原谱包括多种型别的NPEV,其中CVA4基因特征分析表明2013年贵州地区流行的CVA4毒株为C2基因亚型。     

新疆喀什市健康人群及环境污水中肠道病毒检测分析

目的研究肠道病毒在健康人群及环境水体中的分布情况,为指导脊髓灰质炎疫苗衍生病毒(VDPV)事件的调查处理,以及研究水中肠道病毒对公众健康带来的风险提供依据。方法选择新疆喀什市作为监测点,在同一个月份内采集150份健康人群粪便标本及1份污水处理厂入水口水样进行肠道病毒分离和鉴定。结果 150份粪便标本中,检出肠道病毒(EV)15株,阳性率10.0%;环境污水中检出肠道病毒(EV)11株,其中脊髓灰质炎病毒(PV)2株,埃可病毒(ECHOV)9株。结论新疆喀什市健康人群及环境污水中肠道病毒广泛存在,环境污水监测能了解脊髓灰质炎疫苗衍生病毒(VDPV)流行分布范围,有效指导VDPV事件的调查处理,同时也为进一步研究污水中肠道病毒为公众健康带来的风险提供重要的背景信息。     

2011-2014年福建省手足口病相关病原柯萨奇病毒A组4型的分子流行病学分析

目的 分析福建省手足口病患者中柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的流行病学、基因变异及遗传进化等特征.方法 应用细胞培养方法获得病毒分离株,RT-PCR方法进行分子分型及扩增CVA4血清型完整VP1区全长序列,并进行序列变异及遗传进化分析.结果 2011-2014年,从福建省手足口病其它肠道病毒病例标本中分子分型33例CVA4病例,在407例的其它肠道病毒病例中的构成比为8.1％,其中2012年31例,2014年2例.CVA4病例在性别、年龄组分布特征,与一般手足口病流行特征相比,没有特异性.VP1区序列差异比较表明,2011-2014年福建省CVA4分离株之间VP1核苷酸及氨基酸序列相似性分别在92.6％～100％、95.7％～100％;与原型株及国外地方株的核苷酸序列相似性较低,分别为83.7％～85.4％、82.1％～89.1％,氨基酸序列相似性分别为96.1％～99.0％、90.4％～99.6％;与国内地方株核苷酸及氨基酸序列相似性较高,分别为87.9％～99.2％、96.1％～100％.进化树结果表明福建CVA4分离株与原型株及国外代表株的遗传距离远,与国内代表株的遗传距离近.福建CVA4分离株在进化树的分布呈多个分支.结论 CVA4已成为近年来福建省除EV71、CVA16、CVA6、CVA10外导致手足口病的又一重要病原体.福建CVA4分离株与国内地方株同进化共循环,在福建省各个地区同时流行多条亲缘关系接近的传播链.     

福建分离株(FJ96-71)肠道病毒新血清型的鉴定及特征分析

目的对肠道病毒福建分离株FJ96-71进行新血清型鉴定及其特征分析。方法应用传统的血清中和试验及分子生物学方法进行血清型的鉴定,并通过序列比对分析其遗传特征。结果FJ96-71无法被常规用于型别鉴定的血清所中和,且其特异性型中和抗体也无法中和本实验室保存的其它22个血清型分离株病毒,提示FJ96-71可能为一新血清型。全基因组序列分析显示其VP1基因序列与美国分离株USA/OK85-10362(AY556070)核苷酸同源性80.6%(氨基酸同源性95.5%),而与其它血清型的参考株序列同源性均低于69.7%,说明FJ96-71与USA/OK85-10362为同一血清型,即新近拟定的肠道病毒75型(EV75)。针对P1区序列分析结果进一步确证此结果。FJ96-71与USA/OK85-10362在5’非编码区以及P2、P3非结构编码区的差异性说明EV75早已在外界循环且波及范围较广。结论FJ96-71与USA/OK85-10362一样同属于肠道病毒一新血清型—EV75。     

深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析

目的 对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(CVA4)的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法 采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RT-PCR法检测样本总肠道病毒(EV)、人肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVAl6)、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果 引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株(AB268278)、以及台湾2008年分离株(AB571570)核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株(AB571563)、吉林2006年分离株(JQ715709)同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株(GQ253375)同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株(HQ728260),共有6个氨基酸突变位点:N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。     

中缅边境地区不明原因发热病人蚊媒病毒性疾病分子流行病学调查北大核心CSCD

目的了解中缅边境地区不明原因发热病人感染的蚊媒病毒种类,为当地蚊媒传染病防控提供科学依据。方法采用实时荧光RT-PCR法对2014-2015年在瑞丽市采集的1738份登革病毒NS1抗原检测阴性的不明原因发热病人血清进行Dengue virus(DENV)、Chikungunya virus(CHIKV)、Zika virus(ZIKV)、Sindbis virus(SINV)、Banna virus(BAV)、Batai virus(BATV)和Tahyna virus(TAHV)的检测,并将阳性标本接种于C6/36白纹伊蚊细胞进行病毒分离和鉴定,对阳性血清或新分离病毒株提取病毒RNA进行E基因RT-PCR扩增,测序后进行同源性和进化分析。结果从2015年采集的血清标本中检出1份ZIKV阳性,17份DENV阳性(6份DENV-1,6份DENV-2,未分型5份),从2014年采集的标本中检出1份DENV-1阳性。病毒分离得到1株ZIKV,2株DENV-1和2株DENV-2。对新分离ZIKV病毒株进行E基因测序,属于亚洲基因型,与2019年输入云南的缅甸株(2019YNZIKV02)进化关系较近。对2015年DENV阳性血清PCR产物测序,获得3条DENV-1E基因序列(本地病例),均属于基因1型,与2015年缅甸输入株进化关系较近;3条DENV-2均属于亚洲基因型(Asian Genotype),其中2条来源于本地病例序列和1条缅甸病例序列均与2015年缅甸输入的DENV-2亲缘关系较近。结论从中缅边境地区不明原因发热病人血清中检测和分离到ZIKV,并发现登革热漏检病例,提示亟待提高当地临床医生对寨卡病毒病的诊断意识并积极开展寨卡病毒病的常规监测,对疑似登革热病人需采用抗原和DENV、ZIKV病毒核酸检测方法联检以避免漏检。     

1993～1996年美国非脊髓灰质炎肠道病毒感染的监测

在美国,每年约有3千万非脊髓灰质类(非脊灰)肠道病毒感染引起的无菌性脑膜炎、手足口病和非特异性上呼吸道感染等疾病。从93年1月～96年12月,国家公共卫生实验室向CDC报告了3209株非脊灰肠道病毒的分析结果,报告脑水、咽拭子、粪便三阳性的病毒分离结果,从93年的25个降至96年的12个。在93～96年间报告的3209株非脊灰肠道病毒中,埃可病毒(ECHO)9是最常见的血清型(12.7%),其余依次为柯萨奇病毒(Cox)B_5(11.5％)、ECHO30(9.5％)、COXA_9(6.6%)、COXB_2(6.2％)、ECHO6(5.1％)和ECHO11(4.5%);另有67株(3.8％)已知的血清型未列出。分离到病毒最多的标本分别为CSF(25.3%)、鼻咽拭子(17.6％)和粪便(14.1%)。对分离到肠道病毒的患者而言,初步的临床诊断包括无菌性脑膜炎(12.9％)、脑炎(3.7％)、肺炎和呼吸道感染     

中缅边境地区不明原因发热病人蚊媒病毒性疾病分子流行病学调查

目的了解中缅边境地区不明原因发热病人感染的蚊媒病毒种类,为当地蚊媒传染病防控提供科学依据。方法采用实时荧光RT-PCR法对2014-2015年在瑞丽市采集的1 738份登革病毒NS1抗原检测阴性的不明原因发热病人血清进行Dengue virus(DENV)、Chikungunya virus(CHIKV)、Zika virus(ZIKV)、Sindbis virus(SINV)、Banna virus(BAV)、Batai virus(BATV)和Tahyna virus(TAHV)的检测,并将阳性标本接种于C6/36白纹伊蚊细胞进行病毒分离和鉴定,对阳性血清或新分离病毒株提取病毒RNA进行E基因RT-PCR扩增,测序后进行同源性和进化分析。结果从2015年采集的血清标本中检出1份ZIKV阳性,17份DENV阳性(6份DENV-1,6份DENV-2,未分型5份),从2014年采集的标本中检出1份DENV-1阳性。病毒分离得到1株ZIKV,2株DENV-1和2株DENV-2。对新分离ZIKV病毒株进行E基因测序,属于亚洲基因型,与2019年输入云南的缅甸株(2019YNZIKV02)进化关系较近。对2015年DENV阳性血清PCR产物测序,获得3条DENV-1 E基因序列(本地病例),均属于基因1型,与2015年缅甸输入株进化关系较近;3条DENV-2均属于亚洲基因型(Asian Genotype),其中2条来源于本地病例序列和1条缅甸病例序列均与2015年缅甸输入的DENV-2亲缘关系较近。结论从中缅边境地区不明原因发热病人血清中检测和分离到ZIKV,并发现登革热漏检病例,提示亟待提高当地临床医生对寨卡病毒病的诊断意识并积极开展寨卡病毒病的常规监测,对疑似登革热病人需采用抗原和DENV、ZIKV病毒核酸检测方法联检以避免漏检。     

混合细胞瓶对临床标本中流行性感冒病毒和肠道病毒的分离检测

目的 比较犬肾细胞系(MDCK)、人喉表皮癌细胞(Hep-2)和非洲绿猴肾细胞(Vero)制备的MHV混合细胞与相应单一敏感细胞株对流行性感冒(流感)病毒、肠道病毒的分离结果.方法 流感样患者咽拭子标本接种MHV混合细胞和MDCK细胞,手足口病患儿咽拭子或粪标本接种MHV混合细胞和Vero细胞,观察病毒致细胞病变效应(CPE),采用多重反转录-聚合酶链反应(mRT-PCR)检测甲、乙型流感病毒和肠道病毒.结果 MDCK和Vero细胞的CPE较MHV混合细胞明显.138份流感病毒接种MHV混合细胞,分离出34株流感病毒,分离率为24.6％;MDCK细胞分离出流感病毒39株,分离率为28.3％.MHV混合细胞与MDCK细胞流感病毒分离率比较,差异无统计学意义(x2=1.92,P＞0.05).32株肠道病毒接种MHV混合细胞,分离出肠道病毒9株,分离率为28.1％;Vero细胞分离出12株肠道病毒,分离率为37.5％.MHV混合细胞与Vero细胞肠道病毒分离率比较,差异无统计学意义(x2 =3.00,P＞0.05).结论 MHV混合细胞CPE不如单一细胞易于观察;MHV混合细胞适用于生物性突发公共卫生事件中,可分离培养临床标本中甲型、乙型流感病毒和表现为呼吸道症状的肠道病毒.     

柯萨奇B5病毒所致无菌性脑膜炎暴发的病原学鉴定及基因特征分析

目的 对2009年山东省临沂市起无菌性脑膜炎暴发所分离的病原体进行鉴定,并分析其基因特征.方法 采集无菌性脑膜炎患者脑脊液标本42份,分离病毒;RT-PCR扩增阳性分离物,测定VP1核苷酸序列,与GenBank中其他毒株进行同源性分析,并构建VPI基因亲缘进化树.结果 分离到肠道病毒17株,经肠道病毒组合血清中和试验和分子分型鉴定为柯萨奇B5病毒(CVB5).CVB5分离株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为92.3％～100.0％和98.7％～100.0％,与CVB5原型株(Faulkner株)的核苷酸和氨基酸的同源性分别为81.0％～82.4％和9 6.6％～97.0％.VP1区亲缘进化树分析显示,全球CVB5可分为A、B、C、D共4个基因型,引起本次无菌性脑膜炎暴发的CVB5属于基因型D,但位于不同的传播链中.结论 CVB5是此次临沂市无菌性脑膜炎暴发的病原体,分离株之间有较大的遗传差异,但均属于D基因型.     

云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株。经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸。系统进化和同源性分析表明,13株为基因I型(G-I),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-III(昆明的印度输入性病例)。云南13株G-I可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系。云南13株G-I的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02%-100%和98.78%-100%,它们与6株东南亚G-I参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53%-99.53%和97.33%-100%,与DENV-1原型株US_Hawaii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76%-94.45%和95.86%-96.91%。所有云南株和东南亚参考株与US_Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异。结论云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-I,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源。     

无锡市腹泻病人沙门菌的病原学特征及分子分型研究

目的分析无锡市腹泻人群中分离的沙门菌的流行特征;同时比较主要血清型菌株间的脉冲场凝胶电泳(PFGE)带型差异,为沙门菌感染的防控提供实验数据。方法收集2015年无锡市腹泻病人的粪便标本,分别进行沙门菌的分离鉴定、药敏试验、血清型分型以及PFGE分型分析。结果 756份粪便标本中共分离到32株沙门菌,阳性率为4.23%;检出时间主要集中在5~10月份,感染人群以老年人为主。药敏试验说明无锡地区的沙门菌对氨苄西林的耐药率最高,达56.25%;对环丙沙星和头孢他啶的耐药率最低,均为6.25%。32株沙门菌共鉴定出11种血清型,以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,分别占31.25%和21.88%。对这2种血清型的沙门菌进行PFGE分析,显示肠炎沙门菌所有带型的相似度均在85%以上,鼠伤寒沙门菌的带型各不相同。结论无锡市沙门菌的感染具有明显季节和年龄分布差异性,流行的优势血清型为肠炎沙门菌。无锡市需同时加强对食品和环境中沙门菌的监测。     

福建省2011年病毒性脑炎爆发病原特点及Echo30分子流行病学分析

目的 了解福建省2011年病毒性脑炎爆发的病原特点及福建省近10年Echo30分子流行病学特征。方法 应用细胞培养法获得2011年福建省病毒性脑炎爆发及近10年常规监测病例的肠道病毒株,随机选取有代表性的、经微量血清中和试验或RT-PCR序列分析鉴定为Echo30的病毒株,提取病毒RNA核酸,逆转录为cDNA,分段扩增VP1基因序列全长,测定并分析扩增产物的序列。结果 2011年4月1日～6月2日,福建省泉州市安溪县及德化县、宁德市福安市3个地区爆发了病毒性脑炎病例流行,采集40例爆发病例及1例厦门散发病例的临床标本进行病毒分离,24例爆发及1例散发病例肠道病毒分离阳性,经鉴定均为Echo30;经VP1基因序列分析显示,泉州市两地流行株同源性高（核苷酸与氨基酸同源性分别为99.0％和99.6％）,在遗传树图中处于同一分支下,处于另一分支下的福安市及厦门市流行株两者核苷酸与氨基酸同源性分别为98.5％和100％;两者间核苷酸差异性近9％,3个位点氨基酸出现了变异。Echo30分子流行病学分析显示,2011年泉州流行株非由2005年当地爆发流行株进化而来,而与2008年河南省的分离株及福建省2009年分离株同源性高;近10年福建省Echo30存在多基因、多谱系的同时传播,并在2006年发现了两株第III新基因型病毒。结论 造成2011年福建省病毒性脑炎爆发的病原为Echo30,引起此次流行的至少有两条不同的传播链病毒,其中之一可能从中国河南省外地输入引起。Echo30福建株呈多基因、多谱系分布流行特点。     

深圳地区四家医院感染性腹泻来源沙门菌耐药性及分子分型研究

目的分析2012-2016年深圳地区感染性腹泻沙门菌耐药状况及分子型别特征,为沙门菌感染防控提供科学依据。方法收集深圳地区四家医院的137株沙门菌,传统血清学方法鉴定沙门菌血清型,微量肉汤稀释法测定菌株药物敏感性,脉冲场凝胶电泳(PFGE)对鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌作分子同源性分析。结果 137株沙门菌可分为30种菌型,鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌是本地优势菌型。菌株对链霉素、氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸钾耐药最为严重,对青霉素类、头孢类、氨基糖苷类、大环内酯类抗生素的耐药呈逐年增高的趋势。49株鼠伤寒沙门菌经脉冲场凝胶电泳可获得38种带型,相似度65.5%~100%,TY18为优势带型;27株肠炎沙门菌经脉冲场凝胶电泳可获得9种带型,相似度61.8%~100%,EN7为优势带型。结论感染性腹泻来源沙门菌耐药状况比较严重,菌株PFGE带型多样化,呈高度散发,部分带型与其耐药谱之间具有一定的聚集与关联性。     

2014-2020年宁夏沙门菌分子分型与耐药性研究北大核心CSCD

目的分析2014-2020年宁夏食品及病例来源沙门菌耐药情况、流行优势血清型及PFGE型别。方法对2014-2020年各类食品及临床病例中分离培养的188株沙门菌进行血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型和肉汤稀释法药物敏感性实验。结果肠炎沙门菌在食品及病例中均为优势血清型,病例来源分离76株,占49.35%(76/154),食品来源分离18株,占52.94%(18/34),总构成比为50%(94/188)。188株不同来源沙门菌有182株出现不同程度的耐药,176株为多重耐药菌株。其中耐2~4种抗生素101株(55.49%),耐5~8种抗生素52株(28.57%),耐9~12种抗生素23株(6.59%)。将所有分离株经Xbal酶切,脉冲场凝胶电泳后,共获得93条PFGE带型,相似度为42.1%~97.1%,优势带型为NXSM0065型,其次为NXSM0074和NXSM0069,共41株,占所有分离株的21.81%。结论宁夏地区沙门菌流行优势血清型为肠炎沙门菌,病例及食品来源分离株耐药状况普遍较为严重,不同来源,同一血清型PFGE带型同源性较高,且与耐药谱未体现出明显的关联性。     

泰安市感染性腹泻非伤寒沙门菌耐药监测及分型研究

目的分离鉴定泰安市腹泻病沙门菌的血清型分布、耐药性及PFGE分子分型和同源性特点。方法对分离自泰安市腹泻病人的粪便标本中的31株沙门菌进行生化鉴定和血清分型,采用微量肉汤稀释法对其进行16种抗生素敏感试验,利用PFGE进行分子分型及聚类分析。结果 31株沙门菌分属于10种血清型,肠炎沙门菌占35.5%(11/31)为优势血清型;31株沙门菌对头孢西丁和亚胺培南100%敏感,对磺胺异唑的耐药率为77.42%(24/31);31株沙门菌按照100%的相似度可分为17个PFGE型。结论药敏显示所检测样本存在较为严重的多重耐药性,肠炎沙门菌遗传变异在该地区相对较为保守,且存在散发流行的可能,提示应做好肠炎沙门菌传染病的早期预警及防控。     

深圳市腹泻患者沙门菌感染状况和耐药性分析

目的 分析2014-2017年深圳地区腹泻患者沙门菌的感染特征和耐药性情况,为沙门菌感染的防控提供科学依据。方法 从深圳市3家哨点医院腹泻门诊收集患者粪便标本,进行沙门菌的分离鉴定、血清分型及药敏试验;对7家医院上送的住院病人分离的沙门菌进行血清分型和药敏试验。结果 4 847份门诊患者的粪便标本中,分离出192株沙门菌,检出率为4.0%。5-10月是沙门菌检出的高峰, 5岁以下儿童和6-17岁是感染的主要人群,检出率分别为6.2%和5.3%。192株沙门菌中鉴定出18种血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌变种和肠炎沙门氏菌是最常见的3种血清型,另有19株未能分型。77株住院病人分离的沙门菌中鉴定出20种血清型,其中肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌变种、甲型副伤寒沙门氏菌占比分别为33.8%、13.0%和11.7%,另有3株未能分型。45株沙门菌对氨苄西林、环丙沙星和左旋氧氟沙星的耐药最为严重,自2015年开始出现对喹诺酮类药物的耐药和多重耐药菌株,10株鼠伤寒沙门氏菌中多重耐药率为50.0%。结论 深圳市腹泻患者的沙门菌感染以17岁以下儿童为主,5-10月份为感染的高峰期,沙门菌的血清型分散,其中肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌变种是主要的血清型,多重耐药自2015年开始日趋严重,临床上应合理规范用药并且加强耐药监测。     

Sequence analysis of E/NS1 gene junction of dengue virus type 2 isolated in Brunei

A preliminary study of dengue infection in Brunei between 2005 and 2006 showed that dengue 2 was the predominant serotype. A total of five DEN-2 isolates were isolated and maintained in the mosquito cell-line, albopictus C6/36. The sequence spanning the envelope and non-structural protein 1 (E/NS1) junction (positions 2311 to 2550) of the isolates were determined and analysed at the amino acid and nucleotide levels. Alignment of the 240 nucleotide sequences among the five isolates showed changes occurring at 7 positions (2.9%) of the region. All but one nucleotide substitution (position 2319, amino acid 742 V --> F) were found at the 3rd position of the codons and were silent mutations. Amino acid homology ranged from 98% to 100%. Sequence divergence of the Brunei isolates varied from 5% to 6.6% compared with dengue-2 prototype New Guinea C strain. Comparison of the Brunei DEN-2 isolates with sixty-five other strains placed them in a cluster containing Indonesian strains isolated in 1973, 1978 and 2004 and Malaysian strains isolated in 1996, 1998 and 1999 in genotype group IV.     

Population snapshot of emergent Streptococcus pneumoniae serotype 19A in the United States, 2005

BACKGROUND: Serotype 19A invasive pneumococcal disease (IPD) increased annually in the United States after the introduction of the 7-valent conjugate vaccine (PCV7). To understand this increase, we characterized serotype 19A isolates recovered during 2005. METHODS: IPD cases during 1998-2005 were identified through population-based surveillance. We performed susceptibility testing and multilocus sequence typing on 528 (95%) of 554 serotype 19A isolates reported in 2005. RESULTS: The incidence of IPD due to serotype 19A increased from 0.8 to 2.5 cases per 100,000 population between 1998 and 2005 (P < .05), whereas the overall incidence of IPD decreased from 24.4 to 13.8 cases per 100,000 population (P < .05). Simultaneously, the incidence of IPD due to penicillin-resistant 19A isolates increased from 6.7% to 35% (P < .0001). Of 151 penicillin-resistant 19A isolates, 111 (73.5%) belonged to the rapidly emerging clonal complex 320, which is related to multidrug-resistant Taiwan(19F)-14. The remaining penicillin-resistant strains were highly related to other clones of PCV7 serotypes or to isolates within major 19A clonal complex 199 (CC199). In 1999, only CC199 and 3 minor clones were apparent among serotype 19A isolates. During 2005, 11 multiple-isolate clonal sets were detected, including capsular switch variants of a serotype 4 clone. CONCLUSIONS: PCV7 ineffectiveness against serotype 19A, antibiotic resistance, clonal expansion and emergence, and capsular switching have contributed to the genetic diversity of 19A and to its emergence as the predominant invasive pneumococcal serotype in the United States.