甘草干姜汤的抗胃癌作用及其机制研究

目的: 采用血清药理学方法探究甘草干姜汤(LDGD)的体外抗胃癌作用,并基于网络药理学和分子对接法探讨其抗胃癌机制。方法: 以不同配比的甘草干姜汤灌胃大鼠后以腹主动脉取血方式提取含药血清,利用四甲基噻唑蓝(MTT)法观察甘草、干姜不同配比LDGD大鼠含药血清对人胃腺癌细胞AGS以及人脐静脉血管内皮细胞HUVEC活力的影响;基于网络药理学构建LDGD抗胃癌的“成分-靶点”网络,通过构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)筛选出关键靶点,通过GO功能和KEGG通路富集分析探究LDGD抗胃癌可能涉及的生物学功能和信号通路;通过分子对接分析LDGD中文献报道的8种主要成分甘草苷、异甘草苷、甘草素、异甘草素、甘草酸、6-姜酚、6-姜烯酚、8-姜酚和抗胃癌关键靶点的结合情况。结果: 血清药理学实验中不同配比LDGD灌胃大鼠后提取的30%含药血清对人胃腺癌细胞AGS的细胞活力均产生了显著的抑制作用,而对HUVEC无明显抑制作用;通过网络药理学分析得到LDGD有效化学成分101个,抗胃癌关键靶点为VEGFA、TNF-α、CASP3、MYC;富集分析结果表明,LDGD抗胃癌可能主要通过对凋亡信号、氧化应激、活性氧反应等途径的调节,以及对TNF、p53等信号通路发挥作用;分子对接结果表明,甘草酸、甘草苷与VEGFA对接良好,6-姜酚与TNF-α对接良好,且这3种成分在LDGD中含量相对较高。结论: 甘草干姜汤具有一定抗胃癌活性,其机制可能是通过调节氧化应激,作用于TNF、p53等信号通路,其中甘草酸、甘草苷、6-姜酚可能为关键药效成分。     

基于网络药理学-分子对接技术研究贞芪扶正颗粒治疗大肠癌相关性疲乏的作用机制

目的：探讨贞芪扶正颗粒治疗大肠癌相关性疲乏的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取黄芪、女贞子的主要化学成分及靶点,根据ADME筛选中药活性组分;通过GeneCards、OMIM等数据库获取大肠癌相关性疲乏的主要靶点,利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建蛋白互作网络(PPI)并使用CytoScape 3.7.2中的MCODE插件挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。采用Metascape平台分析“药物-成分-靶点”及其参与的生物过程及通路,然后采用Cytoscape 3.7.2软件构建“贞芪扶正颗粒成分-大肠癌相关性疲乏靶点-通路”网络,最后通过AutoDock Vina1.1.2进行分子对接验证。结果：贞芪扶正颗粒治疗大肠癌相关性疲乏的核心活性成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、β-谷甾醇、毛蕊异黄酮等,核心靶点有 AKT1、JUN、MMP9、VEGFA等,分子对接结果亦证明以上核心成分与核心靶点结合活性较好。贞芪扶正颗粒治疗大肠癌相关性疲乏的生物学通路主要作用于癌症通路、PI3K-AKT信号通路等。结论：贞芪扶正颗粒治疗大肠癌相关性疲乏的机制具有多成分、多靶点、多通路的特点,本研究为进一步研究贞芪扶正颗粒治疗大肠癌相关性疲乏的机制及临床应用提供了依据。     

胃癌基因表达谱芯片差异基因的生物信息学分析

目的：筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为寻找有价值的胃癌分子标志物提供依据。方法：从GEO数据库下载5个胃癌基因芯片数据集：GSE35809、GSE54129、GSE79973、GSE66229和GSE51105。合并5个数据集中的样本,去除数据集间的批次效应,对合并后的基因表达数据进行标准化,并通过主成分分析监测数据标准化情况。利用R语言中的limma包筛选胃癌组织和正常组织中表达差异的基因。利用DAVID数据库对胃癌发生发展过程中的差异基因进行功能富集分析,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的相互作用网络并进行可视化。结果：总共筛选出1 205个差异基因,包括480个上调基因,725个下调基因。差异基因的生物学功能主要富集于细胞-细胞信号传导、炎症反应的调节、细胞粘附、细胞凋亡和离子的跨膜转运。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、NF-κB信号通路。通过构建蛋白质相互作用网络筛选出了CENPE、KIF15、MELK、KIF2C、CENPF、KIF11、NUSAP1、UBE2C、TTK、AURKB、DLGAP5、TOP2A等29个Hub基因。结论：通过合并不同数据集,利用生物信息学方法筛选出胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为胃癌的诊疗提供新的候选标志物。     

基于网络药理学的防己黄芪汤治疗乳腺癌机制探讨

目的:对防己黄芪汤进行网络药理学分析，探讨该方治疗乳腺癌的潜在靶点及作用机制。方法:通过TCMSP等数据库建立防己黄芪汤有效成分和靶点数据集，利用GeneCards数据库及OMIM数据库建立乳腺癌相关靶点数据集，并与中药靶点数据相匹配。通过STRING数据库分析关键靶点蛋白间的相互作用关系，并利用生物学信息注释数据库进行靶点基因本体（GO）生物过程分析以及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，运用Cytoscape 3.6.0软件进行活性成分-疾病靶点的网络分析。结果:共发现防己黄芪汤治疗乳腺癌有108个可能的重要靶点，包括IL-6、ALB、CASP3、VEGFA、EGFR等；GO富集分析得到与乳腺癌相关的118个细胞生物学过程（P＜0.05）；KEGG富集分析得到与乳腺癌相关的113条通路（P＜0.05），包括细胞凋亡、TNF信号通路等。体外实验表明防己黄芪汤具有诱导乳腺癌MDA-MB-231细胞凋亡的作用，部分验证了网络药理学的预测结果。结论:防己黄芪汤对乳腺癌的治疗作用可能是多靶点、多途径、多机制的，本研究结果为防己黄芪汤的临床应用提供了更多证据支持。     

紫云英苷通过抑制HIF-1α诱导的糖酵解途径发挥抗卵巢肿细胞作用的研究

目的 探讨紫云英苷在2 D及3 D细胞培养条件下对人卵巢癌OVCAR-8细胞的增殖作用及其可能机制。方法 采用CCK-8试剂盒检测紫云英苷在2 D培养水平对OVCAR-8细胞增殖活力的作用;采用3 D细胞增殖活性检测试剂盒检测紫云英苷在3 D培养水平对OVCAR-8细胞增殖活力的作用;采用划痕实验检测紫云英苷对OVCAR-8细胞迁移能力的作用;采用凋亡试剂盒检测细胞凋亡水平;采用Western blot法在2 D及3 D培养条件下检测紫云英苷对OVCAR-8细胞细胞凋亡相关蛋白Bcl2(B-cell lymphoma 2)、Bax(Bcl-2-associated X protein)和cleaved-caspase-3以及糖酵解相关蛋白Glut(Glucose transporter)1、Glut3、HK2(Hexokinase 2)、PDK(Pyruvate dehydrogenase lipoamide kinase)1、PDK3以及HIF(Hypoxia-inducible factor)-1α的蛋白表达水平的影响;采用ELISA试剂盒检测HK2活性。结果 4~100 μmol/L紫云英苷在2 D培养条件下对OVCAR-8细胞增殖均有抑制作用, 且呈剂量-时间依赖效应关系(P＜0.05);紫云英苷可在3 D培养条件下明显抑制OVCAR-8细胞增殖(P＜0.05);同时, 紫云英苷可明显抑制OVCAR-8细胞迁移能力。此外, 紫云英苷处理后细胞凋亡水平明显增高, 且紫云英苷处理在2 D及3 D培养条件下均可抑制Bcl2、Glut1、Glut3、HK2、PDK1和PDK3蛋白的表达, 增加Bax及cleaved-caspase-3蛋白水平并抑制3 D培养诱导的HIF-1α的蛋白表达, 此外, 紫云英苷在2 D 培养条件下可抑制HK2活性, 均呈一定的剂量依赖效应关系(P＜0.05)。结论 紫云英苷在2 D及3 D培养条件下对卵巢癌OVCAR-8细胞增殖均具有抑制作用。且可能通过抑制HIF-1α诱导的糖酵解通路以及激活线粒体凋亡通路。     

长链非编码RNA HCP5通过调控凋亡通路促进三阴性乳腺癌的研究

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)HCP5在三阴性乳腺癌中的作用及其机制。方法 通过qPCR分析HCP5在乳腺癌细胞系和正常乳腺细胞系中的mRNA含量,RNA Scope方法分析HCP5在乳腺组织和癌组织中的表达;通过CCK-8实验和细胞存活/死亡实验分析敲低HCP5对三阴性乳腺癌细胞增殖能力的影响;裸鼠体内实验分析敲低HCP5对三阴性乳腺癌细胞成瘤能力的影响;抗体芯片技术分析敲低HCP5影响凋亡通路中BIRC3和Caspase-3蛋白的表达。结果 与正常乳腺细胞和其他类型乳腺癌细胞相比,HCP5在三阴性乳腺癌细胞系中表达上调(P＜0.05),与正常乳腺组织和其他亚型乳腺癌组织相比,HCP5在三阴性乳腺癌组织中表达上调(P＜0.05);与对照组相比,HCP5敲低组三阴性乳腺癌细胞增殖减少、凋亡增加,且原位移植瘤的生长受到抑制(P＜0.01);敲低HCP5引起凋亡通路中凋亡抑制因子BIRC3表达量降低、Caspase-3表达增加,差异具有统计学意义(P＜0.05),对MAPK信号通路蛋白的影响组间差异无统计学意义。结论 lncRNA HCP5通过调控细胞凋亡途径促进三阴性乳腺癌的恶性进展。     

红松松塔提取物多聚苯丙素-多糖复合物诱导人乳腺癌MCF-7细胞凋亡

目的 研究红松松塔提取物多聚苯丙素-多糖复合物(Polyphenylpropenoid-polysaccharide complex,PPC)诱导人乳腺癌MCF-7细胞凋亡的机制。方法 用体外培养的MCF-7细胞与不同浓度PPC作用不同时间,应用MTT法、荧光染色法、凋亡检测试剂盒、DNA凝胶电泳及Western blot检测PPC对MCF-7细胞增殖的影响和诱导凋亡的作用。结果 PPC可诱导MCF-7细胞发生凋亡。细胞凋亡时Caspase-3和Caspase-9的酶活力升高,Caspase-3前体酶蛋白表达下降;Caspase-3抑制剂(z-DEVE-fmk)可部分抑制PPC诱导的细胞凋亡,并抑制Caspase-3前体酶的活化。结论 PPC通过激活Caspase家族诱导MCF-7细胞凋亡。     

ABL2在肺癌中的作用及机制研究

目的 探究ABL2在肺癌中的作用及其机制。方法 采用Realtime PCR方法检测ABL2在肺癌组织和癌旁组织中的表达情况。然后建立稳定低表达ABL2的肺腺癌A549细胞株;通过MTT、细胞迁移和克隆形成实验检测细胞增殖和迁移能力的变化情况;Western blot检测EMT、凋亡和PI3K/AKT信号通路相关蛋白的表达情况。结果 肺癌组织中ABL2的表达水平明显高于癌旁组织(P＜0.001)。在A549细胞系中沉默ABL2后,与对照组相比,48 h后细胞的迁移能力减弱(P＜0.001),从第3天开始细胞的生长速度开始明显减缓(P＜0.05),15天后形成的平均克隆数也减少(P＜0.01)。Western blot结果显示,沉默ABL2后上皮细胞标志物E-cadherin表达升高(P＜0.001),间质细胞标志物N-cadherin(P＜0.001)、Vimentin(P＜0.01)及Snail(P＜0.001)表达降低。凋亡相关蛋白Bcl-XL表达下降(P＜0.01),BAX表达上调(P＜0.001)。PI3K/AKT信号通路相关蛋白PI3K P110(P＜0.05)、AKT(P＜0.01)和p-AKT(P＜0.05)蛋白的表达都明显降低。结论 沉默ABL2基因能够通过PI3K/AKT信号通路促进细胞凋亡,抑制肺癌细胞的增殖和迁移。     

本草香对主流烟气暴露大鼠心血管系统蛋白组学的影响研究

目的：比较添加本草香成分香烟与普通香烟暴露后大鼠心脏组织中的差异表达蛋白及其涉及的生物学通路。方法：将24只SD大鼠分为2组：普通香烟烟气暴露组和含本草香成分香烟（金圣4）烟气暴露组,经过3个月主流烟气暴露后取心脏组织,采用串联质谱标记（TMT）定量蛋白质组学研究技术对两组大鼠心脏组织差异表达蛋白进行筛选,利用基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对差异蛋白进行生物信息学分析。结果：筛选出金圣4香烟组大鼠和普通香烟烟气暴露组大鼠心脏组织差异表达1.2倍以上的蛋白43个,差异表达蛋白GO分析结果发现,这些蛋白涉及分子功能、细胞组分及生物学过程3个分类;对金圣4香烟组大鼠心脏组织差异表达蛋白进行KEGG富集分析发现,差异表达蛋白涉及6个生物学通路。结论：本研究寻找到本草香成分香烟与普通香烟暴露后大鼠心脏组织中差异表达蛋白及差异蛋白所涉及的生物学通路,可以为进一步研究本草香的生物学功效提供帮助和研究线索。     

沉默UHRF1对乳腺癌细胞增殖和转移的影响

目的 探讨UHRF1对乳腺癌MDA-MB-231细胞增殖以及侵袭的影响及其相关机制。方法 采用四甲基偶氮唑盐微量酶反应比色法(MTT)检测沉默UHRF1基因后对乳腺癌MDA-MB-231细胞活力的影响;应用克隆形成实验检测沉默UHRF1后对乳腺癌MDA-MB-231细胞存活的影响;吖啶橙-溴乙锭(AO/EB)检测沉默UHRF1后对乳腺癌MDA-MB-231细胞凋亡的影响;Caspase-3活性试剂盒检测沉默UHRF1后乳腺癌细胞Casapse-3活性的变化;Western blot法检测细胞中凋亡相关蛋白Bcl-2、Bax、Bad、p-Bad、XIAP、p53、p21^Cip1/Waf1和p16^INK4a的表达;应用Transwell实验研究沉默UHRF1对MDA-MB-231细胞侵袭能力的影响;Wound Healing实验研究沉默UHRF1后对其迁移能力的影响。结果 沉默UHRF1使乳腺癌MDA-MB-231细胞活力降低;克隆形成实验结果显示沉默UHRF1后MDA-MB-231细胞存活能力降低,AO/EB染色显示沉默UHRF1促进MDA-MB-231细胞凋亡。同时Caspase-3活性实验结果显示沉默UHRF1后乳腺癌MDA-MB-231细胞Caspase-3的活性增加;Western blot结果显示,沉默UHRF1后,能够使凋亡蛋白Bad、XIAP和Bax的表达上调,同时抗凋亡蛋白p-Bad,Bcl-2的表达下调,也使p53,p21Cip1/Waf1,p16^INK4a蛋白表达升高;Transwell以及Wound Healing实验证明沉默UHRF1能够抑制乳腺癌MDA-MB-231细胞侵袭和迁移。结论 沉默UHRF1能够抑制乳腺癌MDA-MB-231细胞活力和存活,并抑制乳腺癌MDA-MB-231的侵袭和迁移。沉默UHRF1通过调控p53,p21Cip1/Waf1,p16^INK4a信号发挥作用。     

Pharmacokinetics of 6-gingerol, 8-gingerol, 10-gingerol, and 6-shogaol and conjugate metabolites in healthy human subjects

BACKGROUND: Ginger shows promising anticancer properties. No research has examined the pharmacokinetics of the ginger constituents 6-gingerol, 8-gingerol, 10-gingerol, and 6-shogaol in humans. We conducted a clinical trial with 6-gingerol, 8-gingerol, 10-gingerol, and 6-shogaol, examining the pharmacokinetics and tolerability of these analytes and their conjugate metabolites. METHODS: Human volunteers were given ginger at doses from 100 mg to 2.0 g (N = 27), and blood samples were obtained at 15 minutes to 72 hours after a single p.o. dose. The participants were allocated in a dose-escalation manner starting with 100 mg. There was a total of three participants at each dose except for 1.0 g (N = 6) and 2.0 g (N = 9). RESULTS: No participant had detectable free 6-gingerol, 8-gingerol, 10-gingerol, or 6-shogaol, but 6-gingerol, 8-gingerol, 10-gingerol, and 6-shogaol glucuronides were detected. The 6-gingerol sulfate conjugate was detected above the 1.0-g dose, but there were no detectable 10-gingerol or 6-shogaol sulfates except for one participant with detectable 8-gingerol sulfate. The C(max) and area under the curve values (mean +/- SE) estimated for the 2.0-g dose are 0.85 +/- 0.43, 0.23 +/- 0.16, 0.53 +/- 0.40, and 0.15 +/- 0.12 microg/mL; and 65.6.33 +/- 44.4, 18.1 +/- 20.3, 50.1 +/- 49.3, and 10.9 +/- 13.0 microg x hr/mL for 6-gingerol, 8-gingerol, 10-gingerol, and 6-shogaol. The corresponding t(max) values are 65.6 +/- 44.4, 73.1 +/- 29.4, 75.0 +/- 27.8, and 65.6 +/- 22.6 minutes, and the analytes had elimination half-lives <2 hours. The 8-gingerol, 10-gingerol, and 6-shogaol conjugates were present as either glucuronide or sulfate conjugates, not as mixed conjugates, although 6-gingerol and 10-gingerol were an exception. CONCLUSION: Six-gingerol, 8-gingerol, 10-gingerol, and 6-shogaol are absorbed after p.o. dosing and can be detected as glucuronide and sulfate conjugates.     

甘草干姜汤抗小鼠乳腺癌实验研究

目的：探讨甘草干姜汤(LDGD)对荷乳腺癌小鼠肿瘤生长、免疫器官及肝肾功能的影响。方法：雌性BALB/c小鼠随机分为5组：正常对照组,模型对照组,LDGD低、中、高剂量组(分别为0.1、0.3、0.9 g/kg)。正常对照组小鼠灌胃给予蒸馏水,其他各组小鼠接种乳腺癌4T1细胞后,次日开始LDGD低、中、高剂量组小鼠连续灌胃给药20 d,模型对照组小鼠给予相应体积的蒸馏水。测定各组小鼠的体质量、胸腺系数、脾脏系数、肝脏系数、肾脏系数、血清肝功能、肾功能生化指标及肿瘤体积、质量,HE染色后观察荷瘤小鼠的肿瘤组织病理变化。结果：与模型对照组相比,LDGD高剂量组小鼠肿瘤生长受到明显抑制,抑瘤率为(44.76±0.06)%(P<0.01),中剂量组抑瘤率为(15.68±0.21)%(P<0.05),低剂量组无明显抑瘤作用;肿瘤组织病理切片HE染色结果表明,LDGD高剂量组中肿瘤坏死灶区域显著增多;各剂量组LDGD对小鼠体质量均无明显影响,不同剂量LDGD组的胸腺系数、肝脏系数、肾脏系数均无明显变化,脾脏系数下降;LDGD高剂量组ALP和CRE与正常对照组小鼠的差异有统计学意义(P&...     

弥漫大B细胞淋巴瘤微小RNA的异常表达及核心基因筛选

目的：寻找弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中异常表达的微小RNA (miRNA)及其核心基因(hub基因)，以期为DLBCL的发病机制研究提供新的靶标。方法：从GEO数据库中选择GSE117063数据集，该数据集包括17例DLBCL患者和14例健康对照的血浆样本，借助GEO2R工具筛选差异表达的miRNA，之后在miRTarBase网站预测miRNA的靶基因，使用DAVID网站对靶基因进行GO基因功能和KEGG通路富集分析。此外，通过蛋白质相互作用(PPI)网络筛选hub基因，构建miRNA-hub基因调控网络。最后，采用GEPIA数据库验证hub基因在DLBCL和正常组织中的表达。结果：与健康对照相比，hsa-miRNA-326在DLBCL样本中表达上调，hsa-miRNA-375表达下调，其调控的靶基因主要富集在HTLV-I感染通路和PI3K/AKT信号通路及基质中的蛋白多糖等通路，7个hub基因(AKT1、CCND1、ERBB2、TP53、MYC、CTNNB1和HSP90AA1)经验证在DLBCL中存在异常表达。结论：miRNA-326和miRNA-375及其靶基因可能在DLBCL的发病机制中发挥重要作用。     

PM2.5染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

目的：采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法，分析大气细颗粒物（PM_2.5）染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs，预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法：用50 μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞，以未染毒组作为对照组，处理24 h后提取总RNA样品，Small RNA样品预处理试剂盒构建文库，并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P < 0.05的筛选标准得到差异miRNAs，使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析，利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果：高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱，27个为差异表达的miRNAs，其中7个上调，20个下调。GO和KEGG富集分析发现，这些差异miRNAs主要参与细胞代谢、酶活性调节等生物学过程，聚集于胞内如细胞质、细胞器等，涉及代谢途径、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等与细胞增殖、分化、凋亡及癌症发生等相关的重要信号通路。此外，通过构建相互作用网络图，鉴定了miR-371b-3p、miR-371a-5p、miR-27a-3p、miR-7-5p、miR-372-3p等相互作用数量前11位的核心miRNAs，以及3个核心靶基因（VEGFA、MAPK3、CCR5）。结论：PM_2.5染毒HBE细胞后引起了27个miRNAs的差异表达，涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路及MAPK信号通路等与癌症发生发展相关的重要信号通路，其中筛选了11个核心miRNAs和3个核心基因，为深入研究PM_2.5致癌毒理作用机制提供了实验依据。     

PM2.5染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

目的：采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法,分析大气细颗粒物（PM_2.5）染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs,预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法：用50 μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞,以未染毒组作为对照组,处理24 h后提取总RNA样品,Small RNA样品预处理试剂盒构建文库,并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P < 0.05的筛选标准得到差异miRNAs,使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果：高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱,27个为差异表达的miRNAs,其中7个上调,20个下调。GO和KEGG富集分析发现,这些差异miRNAs主要参与细胞代谢、酶活性调节等生物学过程,聚集于胞内如细胞质、细胞器等,涉及代谢途径、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等与细胞增殖、分化、凋亡及癌症发生等相关的重要信号通路。此外,通过构建相互作用网络图,鉴定了miR-371b-3p、miR-371a-5p、miR-27a-3p、miR-7-5p、miR-372-3p等相互作用数量前11位的核心miRNAs,以及3个核心靶基因（VEGFA、MAPK3、CCR5）。结论：PM_2.5染毒HBE细胞后引起了27个miRNAs的差异表达,涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路及MAPK信号通路等与癌症发生发展相关的重要信号通路,其中筛选了11个核心miRNAs和3个核心基因,为深入研究PM_2.5致癌毒理作用机制提供了实验依据。     

基于数据挖掘分析极光激酶A在食管癌中的表达及意义

目的:探讨极光激酶A(AURKA)在食管癌组织中的表达与功能,并分析其对患者生存预后的影响。方法:基于GEPIA及Oncomine数据库检索AURKA在食管癌组织与正常组织中的表达差异;通过STRING网络在线数据库构建有关AURKA的蛋白相互作用(PPI)网络,并将数据导入Cytoscape软件后采用Cyto Hubba分析插件筛选出核心基因;在GEPIA数据库中,基于TCGA和GTEx数据集分析AURKA与核心基因表达的相关性;采用DAVID网络分析工具对核心基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;基于R2基因分析可视化平台分析AURKA的表达与食管癌患者生存预后的关系。结果:GEPIA、Oncomine数据库分析显示,AURKA在食管癌组织中的表达较正常组织明显升高(P<0.05),但与患者肿瘤分期无关(P>0.05);AURKA与CDC20 (r=0.78)、PLK1 (r=0.83)等核心基因的表达呈显著正相关,其生物学功能主要富集于细胞分化、DNA损伤检测点、细胞增殖、负性调控细胞凋亡等;参与细胞周期调控、细胞衰老、P53以及Fox O等信号通路的调节;AURKA高表达组与低表达组患者相比预后较差,差异具有统计学意义(P<0.05),且核心基因CCNB1、BUB1B、NEK2高表达组患者的生存率也显著低于低表达组(P均<0.05)。结论:AURKA在食管癌组织中表达升高,且高表达组患者预后不良;AURKA与CCNB1、NEK2等核心基因共同参与了肿瘤发生相关的功能与通路,AURKA有望成为食管癌患者早期诊断、治疗及判断预后的候选分子靶标。     

基于数据挖掘分析极光激酶A在食管癌中的表达及意义

目的：探讨极光激酶A（AURKA）在食管癌组织中的表达与功能，并分析其对患者生存预后的影响。方法：基于GEPIA及Oncomine数据库检索AURKA在食管癌组织与正常组织中的表达差异；通过STRING网络在线数据库构建有关AURKA的蛋白相互作用（PPI）网络，并将数据导入Cytoscape软件后采用CytoHubba分析插件筛选出核心基因；在GEPIA数据库中，基于TCGA和GTEx数据集分析AURKA与核心基因表达的相关性；采用DAVID网络分析工具对核心基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析；基于R2基因分析可视化平台分析AURKA的表达与食管癌患者生存预后的关系。结果：GEPIA、Oncomine数据库分析显示，AURKA在食管癌组织中的表达较正常组织明显升高（P < 0.05），但与患者肿瘤分期无关（P > 0.05）；AURKA与CDC20（r=0.78）、PLK1（r=0.83）等核心基因的表达呈显著正相关，其生物学功能主要富集于细胞分化、DNA损伤检测点、细胞增殖、负性调控细胞凋亡等；参与细胞周期调控、细胞衰老、P53以及FoxO等信号通路的调节；AURKA高表达组与低表达组患者相比预后较差，差异具有统计学意义（P < 0.05），且核心基因CCNB1、BUB1B、NEK2高表达组患者的生存率也显著低于低表达组（P均 < 0.05）。结论：AURKA在食管癌组织中表达升高，且高表达组患者预后不良；AURKA与CCNB1、NEK2等核心基因共同参与了肿瘤发生相关的功能与通路，AURKA有望成为食管癌患者早期诊断、治疗及判断预后的候选分子靶标。     

基于生物信息学方法分析甲酰肽受体1在胶质瘤中的表达及临床意义

目的：分析胶质瘤与正常组织表达差异的基因,筛选和胶质瘤预后相关的关键基因。方法：通过下载GEO（Gene Expression Omnibus）数据库GSE15824原始数据,利用R语言分析正常组织与胶质瘤组织中差异表达的基因,通过生物信息学分析工具（DAVID、String、Cytoscape、oncomine和GEPIA）对差异表达的基因进行生物学功能、蛋白互作网络（PPI）分析及筛选胶质瘤的预后标志物。结果：共筛选出648个差异表达的mRNAs。差异表达mRNAs的生物学功能主要富集于T细胞的激活,调节白细胞的黏附和细胞的迁移。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于PI3K/Akt,MAPK和钙离子信号通路。FPR1在胶质瘤中明显高表达,其表达水平与胶质瘤的预后呈负相关（Log-rank P < 0.01）。结论：通过基因芯片数据库的分析,FPR1在胶质瘤中高表达,且与患者生存预后相关,为进一步分子机制的研究提供了新思路。