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1.
雷彩云  刘人杰  田立峰 《湖南中医杂志》2021,37(11):178-183,199
目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考.  相似文献   

2.
目的:灵芝辅助抗癌临床治疗20余年,但是其具体的活性成分及其对肿瘤的调控机制尚不明确。文章采用网络药理学的方法探究灵芝干预肝癌的作用机制,为灵芝进一步作为抗癌治疗和化学预防药物提供科学依据。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台数据库筛选与预测灵芝的活性成分和作用靶点,分别在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB等5个数据库筛选、去重,获取治疗肝癌的相关靶点。利用Venny在线工具获得灵芝与肝癌的共同作用靶点(即灵芝干预肝癌的靶点);基于String数据库进行灵芝-肝癌共同靶点相互作用网络的构建与分析;使用Cytoscape软件构建灵芝干预肝癌的“活性成分-靶点”图。最后利用R软件对共同作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:经筛选与预测,获得灵芝的活性成分13个和作用靶点38个;GO和KEGG富集分析得到41个生物学过程和28条信号通路。结论:通过构建和预测药物、靶点-通路网络证实和预测了灵芝治疗肝癌的分子机制,提示有11个核心靶基因可以作为灵芝治疗肝癌的潜在标志物。  相似文献   

3.
《中成药》2019,(8)
目的基于网络药理学研究左金丸治疗高血压的分子机制。方法通过文献检索及数据库挖掘收集左金丸化学成分,根据药物动力学(ADME)参数筛选其活性物质,采用网络药理学寻找与其相关的潜在作用靶点。检索OMIM、DrugBank、PharmGkb、TTD、GAD数据库中治疗高血压的靶点,通过Cytoscape软件中的关联功能(Merge)将筛选得到的成分、疾病相关作用靶点进行映射挖掘,构建药材-活性成分-关键靶点-疾病网络图,并进行网络拓扑分析。STRING数据库构建蛋白相互作用网络,分析重要靶点。DAVID数据库对靶点进行基因本体(GO)富集分析,以及基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果通过限制口服吸收利用度(OB)、药物相似性(DL)、Caco-2细胞渗透性的数值,共筛选出28种活性成分。左金丸作用于ADRA1B、CHRM5、HTR2A等关键靶点,调控cGMP-PKG信号通路、钙信号通路、血管平滑肌收缩等生物学通路,从而发挥治疗高血压的作用。结论本研究从网络药理学的角度初步揭示了左金丸治疗高血压的分子机制,以期为进一步药效物质基础分析和分子机制研究提供依据。  相似文献   

4.
目的:探讨左金丸的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台、蛋白数据库、疾病数据库,查询左金丸有效化合物、相关靶蛋白和靶基因,构建成分-靶点网络图、靶点-疾病网络图和蛋白互作网络图,并对靶点蛋白进行基因本体生物学过程(GO-BP)和基因组百科全书(KEGG)通路分析和作图。结果:共获取槲皮黄酮、小檗碱等42个有效化合物,经分子在线对接平台筛选后,获取214个靶点、622种相关疾病、10个hub蛋白,包括白细胞介素-6、白细胞介素-10、基质金属蛋白酶-9等;GO-BP富集涉及转录调控、信号通路、物质反应、细胞凋亡等生物过程,KEGG分析涉及癌症、肝病、内分泌等相关信号通路。结论:左金丸作用靶点涉及癌症、肝病、代谢、心血管、炎症等疾病,与癌症尤为相关。  相似文献   

5.
目的:运用网络药理学方法探究左金丸治疗结直肠癌的潜在效应机制。方法:依托中药系统药理学分析平台收集左金丸中黄连和吴茱萸的化学成分和靶点信息,通过疾病基因库收集结直肠癌疾病基因,并通过维恩分析、蛋白互作分析以及Cytoscape的可视化功能,构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络和成分-靶点-通路网络,分析左金丸治疗结直肠癌的效应机制。结果:从左金丸化合物-靶点网络得到234种成分和482个核心靶点(其中活性成分36个,核心靶点72个),结直肠癌基因737个,PPI网络包含50个蛋白,其主要蛋白涉及PIK3CA、AKT1、TP53、HIF-1α、BAX和MYC等。基因GO本体条目283条,涉及核质、细胞凋亡、基因表达调控等方面, KEGG通路58条,主要涉及有癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、结肠癌、膀胱癌、乙型肝炎,以及HIF-1信号通路、PI3K信号通路和FOXO信号通路等,其结果有待进一步的实验验证。结论:结合文献报道和预测分析,左金丸可能的作用机制与以下相关:①调节机体免疫耐受能力,增强宿主免疫抵抗,抑制炎症对肠粘膜的持续性刺激,进而阻止了细胞的异常增生;②通过上调抑癌基因,下调癌症相关因子,促进肿瘤细胞发生凋亡;③降低肿瘤细胞的耐受缺氧环境,促进细胞细胞发生凋亡及上皮间质的转移。  相似文献   

6.
基于入血成分、网络药理学与实验验证研究策略,探讨左金丸治疗抑郁症的作用机制。采用UHPLC-TOF-MS对左金丸含药血清进行定性分析。采用PharmMapper、GeneCards等数据库获取入血成分及疾病相关靶点,取交集后构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心靶点并进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建“化合物-靶点-通路”网络,预测左金丸抗抑郁的作用靶点与信号通路,并构建CUMS抑郁模型小鼠对关键靶点进行验证。结果显示,共鉴定左金丸入血成分21个,主要为生物碱类化合物。化合物-疾病共有靶点155个,PPI网络分析筛选出核心靶点67个。KEGG富集与PPI网络分析发现,左金丸可能通过AMPK/SIRT1、NLRP3、insulin等靶点与通路发挥抗抑郁作用。动物实验结果表明,左金丸可显著改善CUMS抑郁模型小鼠的抑郁样行为,显著降低海马区和血清中IL-1β、IL-6及TNF-α水平,激活AMPK/SIRT1信号,并降低NLRP3的蛋白表达水平。综上可得,左金丸可能主要通过激活小鼠海马区AMPK/SIRT1信号通路,抑制NLRP3激活及神经炎症,从...  相似文献   

7.
张慕垚  谭晓慧  王振飞  耿刚 《河南中医》2021,41(7):1109-1114
目的:采用网络药理学的方法探讨香附治疗肝癌的作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索香附的活性成分及其作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库检索肝癌的相关靶点;应用Cytoscape 3.7.0软件构建香附-活性成分-肝癌-靶点相互作用网络,通过STRING数据库分析绘制靶点与蛋白相互作用的...  相似文献   

8.
李智鹏  张盈  陈慧敏  解进  张厂 《北京中医药》2021,40(9):1041-1048
目的 基于网络药理学探讨左金丸治疗胃食管反流病(GERD)的分子机制.方法 通过文献检索及数据库挖掘搜集左金丸化学成分,根据药物动力学(ADME)参数筛选其活性成分,通过网络药理学寻找与其相关的潜在作用靶点.检索OMIM、DrugBank、GeneCard、TTD数据库中治疗胃食管反流病的靶点,通过Cytoscape软件中的关联功能(Merge)将筛选得到的成分、疾病相关作用靶点进行映射挖掘,构建药物-活性成分-关键靶点-疾病网络图,并进行网络拓扑分析.利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并提取重要靶点模块.利用Metascape数据库对靶点进行基因本体GO富集分析,以及基因组百科全书(KEGG)通路分析.结果 通过限制口服吸收利用度(OB)、药物相似性(DL)的数值,共筛选出32种活性成分.左金丸作用于ACHE、AKT1、EGFR、MAPK、PTGS2、DRD2等关键靶点,调控钙信号通路、趋化因子信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、多巴胺能突触等生物学通路,从而发挥治疗GERD的作用.结论 从网络药理学的角度初步揭示了左金丸治疗GERD的靶点、作用通路等,预测抑制炎症反应、减少氧化应激、阻断一氧化氮合酶(NOS)等途径或为左金丸治疗GERD的潜在机制.  相似文献   

9.
目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制.方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TC-MSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点.通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软...  相似文献   

10.
目的基于网络药理学和生物信息学方法探究左金丸抗幽门螺杆菌(Hp)感染的分子网络调控机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索左金丸化学成分,筛选并预测其入血活性成分和作用靶点,检索疾病数据库中与Hp感染相关的作用靶点,构建左金丸成分靶点与疾病靶点的交互网络,获得左金丸抗Hp的特征性基因;通过DAVID6.8数据库对上述特征性基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;利用Cytohubba筛选出左金丸抗Hp感染的关键靶点。结果通过TCMSP筛选、预测得到左金丸32个入血活性成分和197个作用靶点。GO分析共得到199条富集结果,其中生物过程包含炎症反应、RNA信号转录、信号传导等152条,细胞组分包含细胞核、细胞外基质、蛋白复合物等19条,分子功能包含细胞因子活性、DNA结合、ATP结合等28条。KEGG分析结果显示,Jak-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、细胞周期信号通路、Wnt信号通路等65条通路与左金丸抗Hp感染密切相关。经Cytohubba筛选得到CXCL8、IL10、IL4、VEGFA、MMP9等10个关键基因。结论左金丸抗Hp感染具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,可为其活性成分研究和抗Hp药效及机制研究提供依据。  相似文献   

11.
目的:基于网络药理学方法,探究二至丸治疗肝细胞癌(HCC)的可能作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集二至丸成分--女贞子和墨旱莲的候选活性成分及其对应的靶标。利用Uni Prot数据库和人类基因组注释数据库(Genecards)结果相比对,获得二至丸与肝细胞癌重合的潜在靶标基因。使用Cytoscape3.6.0软件构建二至丸的"候选成分-作用靶标"网络。使用omicshare平台将药物靶蛋白和疾病靶点相映射,并绘制Venn图。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与二至丸的活性成分进行分子对接。利用Database for Annotation,Visualization and Integration Discovery(DAVID)生物信息资源数据库,对二至丸的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和GO分类富集分析。结果:共从二至丸中筛选得到21个候选活性成分,包括β-谷甾醇(beta-sitosterol),槲皮素(quercetin),木犀草素(luteolin),去甲蟛蜞菊内酯(demethylwedelolactone),山柰酚(kaempferol)等,和151个作用靶标,包括肿瘤坏死因子(TNF),血管内皮生长因子(VEGF),氨基端激酶(c-JUN),原癌基因(c-MYC),基质金属蛋白酶-9(MMP-9)等,主要涉及乙型肝炎(Hepatitis B),TNF,磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),肿瘤抑制基因p53,Toll样受体家族(Toll-like receptor)等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了二至丸治疗肝细胞癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。  相似文献   

12.
郭璐  夏道宗  骆叶姣  张晓熙  赵鑫钰 《中草药》2019,50(6):1413-1418
目的运用网络药理学预测土茯苓抗痛风有效成分的作用靶点及通路。方法通过TCMSP数据库和Drugbank数据库获取土茯苓有效成分及作用靶点,并运用Cytoscape软件构建靶点间相互作用网络并进行交联分析,筛选出土茯苓治疗痛风的有效成分及作用靶点,采用MAS3.0生物分子功能系统获取通路的相关信息并制成靶点通路网络模型。结果预测得到土茯苓治疗痛风的有效成分11个和有效靶点39个,并推断其作用机制可能与脂肪细胞因子信号通路、ERbB信号通路,Toll样受体信号通路等有关,且MAPK1、RELA、PTGS2等靶点基因可能起着关键性的作用。结论基于网络药理学探讨了土茯苓治疗痛风多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展土茯苓治疗痛风作用机制研究提供了新的思路和方法。  相似文献   

13.
卢可  方刚 《湖南中医杂志》2020,(6):142-147+158
目的:运用网络药理学预测薤白治疗肺癌有效成分的作用靶点及通路。方法:通过TCMSP数据库获取薤白有效成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3. 7. 1软件构建靶点间相互作用网络并进行关联分析,R×64 3. 5. 3软件及相应脚本筛选出薤白治疗肺癌的有效成分及作用靶点,生物信息学技术富集通路及生物过程。结果:预测得到薤白治疗肺癌有效成分11个和有效靶点30个,并推断其作用机制可能与AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路有关,且JUN、MAPK1、MAPK3等靶点基因可能起着关键性的作用。结论:基于网络药理学探讨了薤白治疗肺癌多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展薤白治疗肺癌作用机制的研究提供了新的思路和方法。  相似文献   

14.
目的基于网络药理学方法,探讨乌梅治疗哮喘的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索乌梅的活性成分和靶标蛋白。运用治疗靶点数据库(TTD)检索哮喘的靶标蛋白。通过Cytoscape软件对二者的靶标蛋白进行交集,得到交集靶标蛋白并在Unitprot数据库查询交集靶标蛋白的基因名称。将交集靶标蛋白输入STRING数据库中构建蛋白相互作用网络。使用DAVID在线分析工具对交集靶标蛋白基因进行GO富集及KEGG通路富集分析。结果从乌梅中筛选出8种活性成分,涉及哮喘的靶标有14个。其治疗机制可能与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、脂肪细胞脂解的调控、cAMP信号通路、利什曼病、胆碱能突触、TNF信号通路、弓形虫病有关。结论乌梅治疗哮喘涉及多种黄酮类、甾醇类化合物,可能与肾上腺素受体、肿瘤坏死因子、趋化因子、白三烯等有关,并涉及神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等通路。  相似文献   

15.
目的:基于网络药理学研究解毒抗癌方治疗原发性肝癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)的主要活性成分与作用机制。方法:首先,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索解毒抗癌方的主要有效成分及关联靶点;通过OMIM和GeneCard数据库检索HCC的主要靶点;通过R语言绘制韦恩图,筛取解毒抗癌方治疗HCC交集靶点;利用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-活性成分-靶点相互作用网络。其次,利用String数据平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(Present Pain Intensity,PPI)网络。最后,使用Bioconductor平台和R语言,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因、基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果:解毒抗癌方治疗HCC的关键成分可能为槲皮素、木犀草素...  相似文献   

16.
宗阳  陈婷  董宏利  居文政 《中草药》2019,50(20):4995-5002
目的探讨四逆散治疗抑郁症的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四逆散中柴胡、白芍、枳实、甘草的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与抑郁症(depression)相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含121个化合物和相应靶点259个,关键靶点涉及PTGS2、CALM1、ESR1、HSP90AA1、AR等。PPI核心网络包含15蛋白,关键蛋白涉及CASP3、CHRM2、CYP3A4等。GO功能富集分析得到GO条目375个(P0.05),其中生物过程(BP)条目307个,细胞组成(CC)条目37个,分子功能(MF)条目31个。KEGG通路富集筛选得到37条信号通路(P0.05),涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、多巴胺信号通路、IL-17信号通路等。结论四逆散中的有效活性成分主要通过作用于CASP3、CHRM2、DRD1等15个关键靶点调节多条信号通路从而发挥抗抑郁作用。  相似文献   

17.
目的:通过网络药理学研究葶苈子治疗骨质疏松症的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台中检索葶苈子的有效成分及相关靶点;在Gene Cards数据库、OMIM数据库中检索骨质疏松症的疾病基因靶点;通过Perl脚本找到葶苈子与骨质疏松症的共同基因,使用String网站构建葶苈子与骨质疏松症之间蛋白质-蛋白质相互作用的关系网络;最后利用R软件对葶苈子与骨质疏松症交集基因进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从葶苈子中筛选出9个有效成分,作用于骨质疏松症127个靶点。蛋白质-蛋白质相互作用网络中的核心蛋白有蛋白激酶B(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、血管内皮生长因子(Vascular Endothelial Growth Factor,VEGF)A、JUN蛋白、IL-1β。基因KEGG富集分析得到与骨质疏松症紧密相关通路主要有晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-晚期糖基化终末产物受体(A...  相似文献   

18.
目的:借助网络药理学方法预测并筛选甘松干预心律失常的重要成分及其作用靶点,探讨甘松对心律失常可能的干预机制。方法:从BATMAN-TCM、ETCM、TCMSP数据库获取甘松化学成分,取交集成分作为甘松重要成分;采用BATMAN-TCM对甘松重要成分进行靶点预测。检索TTD和GeneCards数据库中心律失常疾病相关靶点,将甘松重要成分对应的预测靶点映射到疾病靶点中,利用STRING进行蛋白相互作用(PPI)分析,采用Cytoscape软件构建重要成分-预测靶点网络,借助FunRich软件进行基因富集分析,采用KEGG数据库进行通路分析。结果:获得甘松108个成分,其中重要成分9个,预测靶点198个,甘松治疗心律失常疾病靶点4个,拓展关键靶点蛋白14个。涉及通路包括过氧化酶、心肌细胞肾素能信号、FoxO信号通路、cGMP-PKG信号通路、Rap1信号通路、cAMP信号通路等。结论:对甘松的重要成分和关键作用靶蛋白进行了初步筛选和生物信息学验证,其准确性仍待后续实验验证。  相似文献   

19.
目的:根据网络药理学方法对五苓散治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行研究探讨。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、CTD数据库筛选DKD疾病靶点,利用韦恩图在线平台筛选五苓散治疗DKD交集靶点,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络,基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP得到五苓散的27个有效成分和62个潜在靶点,筛选获得与DKD疾病发生、发展相关的靶点21 153个,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点16个,GO功能富集分析得到条目99个,其中生物过程条目64个、分子功能条目24个、细胞组成条目11个,主要包括过脂质反应、G蛋白偶联受体信号途径、肾上腺素能受体活性、四吡咯结合、胞膜小凹等功能途径;KEGG通路富集分析得出条目61个,主要包括NF-κB信号通路、细胞凋亡、TNF信号通路、雌激素信号途径、IL-17信号通路等通路途径。结论:基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗DKD多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点,预测了五苓散治疗DKD的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。  相似文献   

20.
目的:采用网络药理学的方法,对五苓散(WLS)治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制进行研究探讨。方法:通过在中药系统药理学数据库(TCMSP)平台对五苓散进行活性成分筛选、在Drag Bank数据库进行靶点预测,应用Cytoscape3. 2. 1软件构建成分-靶点网络;在TTD,Drug Bank及Dis Genet数据库中进行检索,获取疾病靶点;构建韦恩图,得到五苓散治疗RA的作用靶点;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;构建五苓散中药-成分-靶点-信号通路网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析。结果:研究显示共挖掘到五苓散中52种成分及297个潜在靶点,RA疾病1 845个相关靶点,得到五苓散-疾病共同靶点49个,共同作用靶点主要富集于322个生物过程和31条信号通路上。结论:五苓散可能是通过调节前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2),转化生长因子-β1(TGF-β1),半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(Caspase-3),转录因子p65(RELA),孕激素受体(PGR)等靶点,调控癌症相关通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,白细胞介素17(IL-17)信号通路,核转录因子-κB(NF-κB)信号通路,Th17细胞分化等通路,从而抑制炎症反应、调节免疫功能及调控细胞凋亡来治疗类风湿关节炎。  相似文献   

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