基于数据挖掘分析ASF1B在肺腺癌中的表达及临床意义

目的通过生物信息学方法分析抗沉默功能蛋白1B（ASF1B）在肺腺癌组织中的转录水平表达及其临床意义。方法利用Oncomine、基因表达谱动态分析（GEPIA2）、UALCAN、Kaplan-MeierPlotter、LinkedOmics数据库检索数据,比较ASF1B在常见肿瘤中的表达情况,并分析ASF1B在肺腺癌组织与正常肺组织中的表达水平,及其与临床分期和TP53突变的关系;分析ASF1BmRNA表达水平与细胞周期调控因子表达量的相关性;探索ASF1BmRNA表达与患者预后的相关性;最后检索ASF1B的共表达基因,将相关性最高的前50个基因生成在线热图。结果Oncomine数据库中共收集401项ASF1BmRNA在不同类型肿瘤组织与正常组织中表达比较的研究,其中47项ASF1BmRNA表达差异有统计学意义,有4项研究提示肺腺癌组织中ASF1BmRNA表达水平均高于正常肺组织（均P＜0.05）。进一步分析GEPIA2和UALCAN数据库再次证实ASF1B的高表达,并且与患者的TNM临床分期和TP53突变均有关（均P＜0.05）。ASF1BmRNA表达水平与大部分细胞周期蛋白和细胞周期蛋白依赖性激酶之间存在正相关表达关系。ASF1B高表达与患者的不良预后有关。ASF1B共表达基因分析结果分别显示了正、负相关性最高的前50个基因,初步探讨ASF1B参与肺腺癌进程的潜在分子机制。结论ASF1B在肺腺癌组织中高表达,且初步显示与肺腺癌的发生、发展及预后存在一定相关性,有望成为肺腺癌患者治疗的潜在靶点。     

基于数据挖掘分析FAM64A在肺腺癌中的表达模式和作用机制

目的:基于数据挖掘分析FAM64A在肺腺癌中的表达和作用机制。方法:利用TIMER和GEPIA数据库分析FAM64A在人类恶性肿瘤中的表达;使用GEPIA和UALCAN数据库分析FAM64A表达与肺腺癌患者临床分期的相关性;通过Kaplan-Meier Plotter评估FAM64A表达对肺腺癌患者总体生存率和无复发生存率的影响;通过cBioPortal数据库探索FAM64A在肺腺癌中的遗传突变;通过GEMEMANIA和SDTRING数据库构建FAM64A的相互作用网络;最后鉴定与FAM64A存在相关关系的基因并进行功能富集分析。结果:与正常组织相比,FAM64A在包括肺腺癌在内的多种人类恶性肿瘤中显著高表达。GEPIA和UALCAN数据库分析显示,FAM64A表达越高患者临床分期越晚。Kaplan-Meier生存曲线结果显示,FAM64A表达越高肺腺癌患者的5年总体生存率和无复发生存率越低。此外,相互作用网络结果显示,FAM64A可能与BUB1存在相互作用关系。功能富集分析发现,FAM64A及其共表达基因主要参与细胞周期、DNA复制、RNA转运、同源重组、P53信号通路、氧化磷酸化等...     

跨膜丝氨酸蛋白酶2与肺腺癌和肺鳞癌预后的关系

目的 探讨跨膜丝氨酸蛋白酶2(TMPRSS2)在肺腺癌和肺鳞状细胞癌中的表达及其与预后的关系.方法 使用Oncomine、GEPIA和UALCAN数据库分析TMPRSS2在肺腺癌和肺鳞状细胞癌中的表达水平和启动子的甲基化水平,并使用Kaplan-Meier plotter数据库分析TMPRSS2表达水平对该类患者预后的...     

基于数据库挖掘分析BUB1基因在卵巢癌中的表达及意义

目的探讨BUB1在卵巢癌(Ovarian cancer, OV)中的表达及与预后的关系。方法利用Oncomine数据库挖掘BUB1在各种肿瘤中的表达;通过GEPIA数据库分析BUB1在卵巢癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier数据库分析BUB1在卵巢癌中的预后价值;通过Coexpedia数据库构建BUB1在卵巢癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>13的共表达基因注释。利用WebGestalt对其进行KEGG通路富集分析。按score高低筛选出关键基因,GEPIA进一步分析BUB1与关键基因的相关性。结果 (1)从Oncomine数据库检索出BUB1基因相关研究424项,其中高表达85项,低表达15项。(2)GEPIA分析表明,BUB1在卵巢癌组织中的表达高于正常组织(P<0.05)。(3)Kaplan-Meier数据库分析结果显示,BUB1基因低表达的卵巢癌患者总生存期(HR=1.2,P<0.05)增加。(4)BUB1的共表达基因主要有AURKA、DLGAP5、KIF2C、TPX2、BUB1B、DEPDC1、KIF23、CDCA3、TTK、...     

基于生物信息学分析FAM110A在乳腺癌中的表达及临床意义

目的 基于多数据库探讨FAM110A在乳腺癌中的表达及临床意义。方法 通过Oncomine数据库和GEPIA网站对FAM110A mRNA表达进行泛癌分析。采用Oncomine数据库和UALCAN数据库对FAM110A在乳腺癌中的表达进行分析。采用GEPIA分析FAM110A表达水平与患者生存预后的关系。基于HPA数据库探讨FAM110A基因在肿瘤组织中的表达情况及定位。采用cBioportal和STRING数据库分析互作蛋白构建共表达分子调控网络。采用DAVID网站对FAM110A的共表达分子进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组(KEGG)富集分析。结果 在乳腺癌中FAM110A的表达显著上升(P <0.05),且与临床分期相关(F=2.84,P <0.05)。FAM110A高表达的乳腺癌患者预后不良(P <0.05)。GO和KEGG富集分析结果显示,FAM110A的共表达基因主要参与DNA转录调控和泛素介导的蛋白质水解等通路。结论 FAM110A在乳腺癌中的表达高于正常组织,高表达患者预后不良,FAM110A的表达与乳腺癌肿瘤分化水平有关。     

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

基于生物信息学方法分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系

目的 应用生物信息学方法分析程序性细胞死亡分子10(PDCD10)基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系。方法 搜索GEPIA数据库中关于PDCD10基因的数据，分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的表达水平及其与患者生存情况的关系。应用UALCAN数据库分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的甲基化水平。应用LinkedOmics数据库分析胰腺导管腺癌组织中与PDCD10基因共表达的基因，并对共表达基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。应用STRING网站绘制PDCD10基因的蛋白-蛋白相互作用网络图。应用TIMER数据库分析PDCD10基因表达水平与胰腺导管腺癌细胞纯度、各类型免疫细胞浸润水平的相关性。结果 胰腺导管腺癌组织中的PDCD10基因表达水平高于正常胰腺组织(P<0.05),病灶组织中PDCD10基因低表达水平的胰腺导管腺癌患者的总体生存率及无病生存率均高于组织中PDCD10基因高表达水平的患者(均P<0.05)。胰腺导管腺癌组织中PDCD10基因甲基化水平高于正常胰腺组织(P<0.0...     

POLE2在肺腺癌组织中表达及其生物信息学分析

目的 利用肿瘤相关数据库探讨DNA聚合酶εB亚基(POLE2)基因在肺腺癌中的表达及其对生存预后的影响.方法 使用GEPIA数据库和Oncomine数据库分析不同肺腺癌数据集中POLE2 mRNA的表达情况,利用Kaplan-Meier Plotter进行POLE2表达水平与肺腺癌病人总生存期的相关性分析.利用cBio...     

基于生物信息学分析SUFU基因在胃癌组织中的表达及意义

目的:多种数据库结合Real-time PCR实验分析SUFU基因在胃癌组织中的表达情况，并探讨其表达差异的临床意义。方法:利用Oncomine数据库分析SUFU基因在胃癌中的表达情况，TGCA数据库在线工具UALCAN分析SUFU基因在正常胃组织和胃癌组织中表达差异及与胃癌临床病理特征的关系，Kaplan-Meier Plotter数据库分析SUFU基因表达与胃癌患者预后的相关性，并收集临床样本，通过PCR实验进行验证。结果:对Oncomine数据库中12项关于胃癌的研究进行Meta分析，SUFU差异表达基因中位数排名为1560.0,P=0.002,其中5项研究显示SUFU在胃癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织。UALCAN同样显示SUFU在胃癌组织中高表达，并且SUFU高表达与患者的年龄及肿瘤分化程度相关：低龄组SUFU表达水平高于高龄组；低分化组中SUFU的表达水平高于高分化组及中分化组(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库显示SUFU表达水平与胃癌患者预后显著相关(P<0.05),SUFU高表达患者总生存率低于低表达患者。PCR实验也验证S...     

PHF19在肺腺癌中的表达及对免疫微环境的影响

目的：探讨PHD锌指蛋白19(PHF19)在肺腺癌中的表达水平、临床预后、遗传改变、甲基化值、生物学功能和免疫调节作用。方法：基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库肺腺癌的RNA队列数据，通过TIMER数据库、UALCAN数据库分析PHF19在肺腺癌和正常组织之间的表达差异及其表达水平与患者预后之间的关系，cBioPortal数据库、TIMER数据库分析PHF19在肺腺癌中的基因突变情况，UALCAN数据库分析PHF19在肺腺癌中的启动子甲基化水平，LinkedOmics数据库、KEGG数据库进行PHF19共表达基因的富集分析，TIMER数据库探索PHF19在肺腺癌中的表达与免疫浸润水平的相关性。结果：PHF19在肺腺癌组织中的表达上调，其高表达与肺腺癌患者的临床病理分期、淋巴结转移和总生存期缩短显著相关，0.9%的患者出现遗传变异，扩增和错义突变是最常见的突变，TP53突变可导致PHF19高表达，PHF19的启动子甲基化水平在肺腺癌中显著降低，PHF19的功能集中于细胞有丝分裂过程和细胞周期，PHF19表达水平与肿瘤免疫细胞浸润和免疫检查点表达呈显著相关。结论：PHF19可作为肺腺癌预...     

FNDC1在肺腺癌中高表达并与不良预后相关

目的 研究Ⅲ型纤连蛋白结构域1(FNDC1)蛋白在肺腺癌组织中的表达及临床意义。方法 采用GEO数据库及GEPIA预测FNDC1在肺腺癌的表达水平,进一步对92例肺腺癌组织及配对的相邻正常组织进行免疫组化染色,验证FNDC1的表达。分析FNDC1表达与肺腺癌患者临床特征之间的关系,使用Cox生存分析进一步研究其预后价值。结果 GEO数据库及GEPIA结果显示,肺腺癌组织中FNDC1的表达水平高于其配对的正常组织（P<0.05）。Kaplan-Meier生存分析显示,FNDC1蛋白表达量较高的患者的总生存期较短（P=0.035,0.036,0.00029）。免疫组化结果显示,与正常肺组织相比,肺腺癌组织FNDC1蛋白表达水平升高（P<0.001）。FNDC1蛋白的高表达与临床分期（P=0.044）、T分期（P=0.047）、N分期（P=0.003）存在相关性。Cox单变量及多变量回归生存分析结果显示,FNDC1表达水平增加是肺腺癌患者预后不良的独立危险因素（P<0.05）。结论 FNDC1蛋白在肺腺癌患者中高表达且与肺腺癌的发生发展及预后密不可分,有可能成为判断肺腺癌患...     

SIM2基因在膀胱癌组织中的表达及临床意义

目的 利用在线生物信息数据库,组织和细胞水平实验探究SIM2基因在膀胱癌中的表达及涉及的临床意义。方法 通过UALCAN数据库分析SIM2基因在膀胱癌患者和正常膀胱组织中的表达差异,SIM2基因表达与膀胱癌患者淋巴结转移、分期、组织亚型等临床病理参数的关系;GEPIA数据库、HPA数据库、组织芯片和定量PCR技术验证SIM2基因在膀胱癌患者中的mRNA和蛋白表达差异;利用String数据库分析SIM2基因的蛋白相互作用及调控网络;Linked Omics数据库做SIM2相关分子的富集分析;TIMER和TISIDB数据库分析SIM2基因与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系。结果 UALCAN、GEPIA和HPA数据库结果显示,膀胱癌组织中SIM2基因的mRNA和蛋白水平的表达明显高于正常膀胱组织(P<0.05);UALCAN在线工具分析揭示,SIM2的表达与患者的淋巴结转移、病理类型、分期密切相关;免疫组织化学及定量PCR湿实验结果显示,SIM2蛋白和mRNA表达水平在膀胱癌组织中明显升高(P<0.05),但SIM2的表达与膀胱癌患者TNM分期和病理分级无相关性;String在线分...     

CCT家族基因及CCT4基因在肺腺癌中的表达和预后分析

目的:通过挖掘生物信息数据库,探讨含TCP-1的伴侣蛋白(CCT)家族基因及CCT4基因在肺腺癌中的表达和预后分析.方法:从Linkedomics和UALCAN数据库收集肺腺癌中CCT家族基因的相关信息,分析其在肺腺癌及肺腺癌临床总分期和TNM分期中的表达情况,并分析其与肺腺癌预后的相关性;通过STRING数据库分析C...     

基于数据库探讨NEDD8在头颈鳞癌中的表达及其预后价值

目的通过数据库探讨神经前体细胞表达下调因子8（NEDD8）在头颈鳞癌中的表达及其预后价值。方法利用Oncomine和UALCAN数据库分析NEDD8在头颈鳞癌组织和正常组织中的表达差异;运用GEPIA数据库和Kaplan-MeierPlotter在线分析NEDD8表达与头颈鳞癌患者生存率的关系;采用cBioPortal数据库分析头颈鳞癌患者中NEDD8基因改变情况。进一步通过LinkedOmics数据库寻找NEDD8共表达基因,并进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果NEDD8mRNA在头颈鳞癌中表达水平显著高于正常组织,且与患者临床肿瘤分期、病理肿瘤分级、淋巴转移分期等显著相关（均P＜0.05）。生存曲线分析显示,NEDD8高表达组头颈鳞癌患者总生存率显著低于低表达组（P＜0.05）。NEDD8突变与HNSCC患者生存率无明显关系。NEDD8基因可能参与翻译延伸和蛋白折叠等生物学过程,并在核糖体、蛋白运输和嘧啶代谢通路等方面富集。结论NEDD8基因在头颈鳞癌患者中高表达且提示患者预后较差。NEDD8基因可能是潜在的头颈鳞癌生物标志物和治疗新靶点。     

肺腺癌关键基因的表达及其预后意义

目的肺腺癌是肺癌的的一种常见类型。本文研究肺腺癌的发生发展机制,预测与肿瘤发生发展过程相关的关键基因,并对其预后意义进行研究。方法在本研究中,研究人员由基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)获取数据集(GSE18842,GSE74706,GSE101929),差异表达基在DAVID数据库中进行GO基因功能注释以及KEGG信号通路富集,并在STRING构建的蛋白-蛋白网络模型中筛选关键基因,在Oncomine、GEPIA等数据库研究蛋白相互作用网络中关键基因在肺腺癌患者中的表达分布和预后意义等。结果候选基因为(BUB1B、CDCA8、CDC20、BUB1、KIF20A、AURKB),分析结果显示,与正常细胞相比,候选基因在肺腺癌细胞中表达明显偏高。结论这6个候选基因极有可能参与了肺腺癌的发生发展,作为癌症生物标志物与肺腺癌预后不良有关,希望这些发现为以后肺癌的研究提供参考。     

基于生物信息学分析TGFBI基因在头颈部鳞癌中的表达及其预后意义

目的 探讨转化生长因子β诱导基因(transforming growth factor β-induced gene, TGFBI)在头颈部鳞癌(head and neck squamous carcinoma, HNSC)中的表达及其预后意义。方法 首先通过TIMER2.0数据库分析TGFBI基因在泛癌中的表达水平；并进一步利用UALCAN数据库和GEPIA数据库检索TGFBI基因在HNSC与正常组织中的表达水平，以及TGFBI基因与患者种族、年龄、性别、肿瘤分期、淋巴结转移状况等相关临床特征的关系；通过STRING数据库分析TGFBI基因的互作蛋白，借助DAVID数据库对其与互作蛋白基因进行功能富集分析；最后通过GEPIA数据库分析TGFBI基因在HNSC中的生存意义。结果 发现TGFBI在HNSC中的表达明显高于正常组织(P<0.05),TGFBI高表达的患者总生存期明显低于低表达的患者(P<0.05)。蛋白互作分析发现，FN1、MMP14、ITGA3、ITGAM、ITGAV、ITGB1、ITGB2、ITGB3、TGIF2和TGIF2LX这10个蛋白基因与TGFBI存...     

胃癌组织中碳酸酐酶Ⅸ表达的临床意义及分子机制

目的 探讨胃癌(GC)组织中碳酸酐酶(CAⅨ)的临床意义及其分子机制。方法 采用基因表达谱动态数据分析(GEPIA2)数据库预测GC组织中CAⅨ基因的差异性表达,利用癌症数据分析(UALCAN)数据库分析CAⅨ表达与GC患者临床病理特征的关系,采用Kaplan-Meier Plotter分析CAⅨ对GC的预后价值;收集10例GC患者的癌患组织(GC组)及其癌旁组织标本(对照组),采用免疫组织化学法检测CAⅨ表达;采用交互式基因检索工具(STRING)和可视代综合发现(DAVID)数据库进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析预测CAⅨ的蛋白质互作关系及调控网络。结果 GEPIA2数据库结果显示,与对照组比较,GC组CAⅨ的表达量降低(P<0.05);UALCAN数据库显示,CAⅨ的表达与种族、肿瘤分化等级、幽门螺杆菌感染有相关性(P<0.05);Kaplan-Meier Plotter数据库分析显示,低CAⅨ表达组与高CAⅨ表达组的5年无进展生存期(PFS)相比,差异有统计学意义(P<0.05);临床标本免疫组织化学结果显示,GC组标本中C...     

利用生物信息学分析LMO2在乳腺癌中的表达和功能

目的探讨LMO2在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物学作用。方法通过Oncomine数据库挖掘LMO2在多种肿瘤中的表达水平,并基于基因表达谱数据动态分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库检索LMO2在乳腺癌组织与正常组织中的表达差异。采用KM plotter数据库评估LMO2在乳腺癌中的预后价值。利用Coexpedia数据库构建LMO2在乳腺癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>3的共表达基因注释;通过GEPIA筛选出差异有统计学意义的关键基因,进一步分析LMO2与这些关键基因的相关性,并对这些基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集。结果乳腺癌组织中,LMO2mRNA和蛋白表达较正常乳腺组织均明显下调(P <0.05),LMO2低表达预示着乳腺癌患者更差的预后。LMO2的共表达基因主要有ADGRL4、GIMAP6、PECAM1、TGFBR2、MEF2C、CD93、S1PR1、LHFP、GMFG、A2M、LDB2、KCTD12、PTPRB和CAV1。其生物学功能主要富集于信号传导等方面。其中,表达显著上调的基因有CAV1,显著下...     

m6A阅读器IGF2BP1在胰腺癌中的表达及意义

目的 利用生物信息学分析探讨N⁶-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine, m6A)阅读器胰岛素样生长因子2-mRNA结合蛋白1(IGF2BP1)在胰腺癌组织中的表达情况及其临床意义。方法 从GEO和TCGA两数据库m6A相关基因的差异分析结果中筛选出本研究的目标基因IGF2BP1后,通过HPA、UALCAN网站对IGF2BP1蛋白质水平的表达情况进行分析。利用UALCAN网站分析IGF2BP1的表达与临床病理的关系。通过LinkedOmics网站对IGF2BP1进行共表达分析及GSEA富集分析。STRING网站被用于构建IGF2BP1的蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络。使用Kaplan-Meier Plotter数据库对IGF2BP1及与其有蛋白互作关系的基因进行Kaplan-Meier生存分析。结果 IGF2BP1在胰腺癌组织中高表达且表达水平与胰腺癌患者TP53的突变有关(P<0.05)。共表达分析显示1226个基因与IGF2BP1呈正相关,825个基因与IGF2BP1呈负...     

凋亡诱导因子2在乳腺癌中的表达及其相关作用

目的 利用生物信息学方法分析凋亡诱导因子2(apoptosis-inducing factor 2,AIFM2)在乳腺癌患者肿瘤组织中的表达及作用机制。方法 检索GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、UALCAN数据库中AIFM2的研究信息,分析该基因在乳腺癌中的表达。利用Kaplan-Meier方法分析AIFM2的表达与乳腺癌患者生存及临床病理因素间的关系。同时应用LinkedOmic数据库筛选与AIFM2共同表达的基因,并对靶标基因进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析,并通过肿瘤免疫评估资源(tumor immune estimate resource, TIMER)数据库探究AIFM2表达与肿瘤组织中免疫细胞浸润的相关性。结果 GEPIA数据库分析发现AIFM2基因在乳腺癌组织中的表达显著低于癌旁组织(P<0.05);Kaplan-Meier Plotter数据库生存分析显示AIFM2基因高表达患者组的无复发生存期、总...