cDNA微阵列与寡核苷酸芯片的制备方法

c DNA微阵列和寡核苷酸芯片是常见的合成后点样的 DNA微阵列 ,点样方法主要是通过物理吸附或共价结合的方式将探针固定于载体上。本文总结了近年来国内外文献报道的 c DNA微阵列制备方法 :在多聚赖氨酸包被的玻璃基片表面制备 c DNA微阵列 ;用琼脂糖包被的玻璃基片制备 c DNA微阵列 ;在氨基或醛基修饰的玻璃基片表面制备 c DNA微阵列 ;寡核苷酸芯片的制备方法 :氨基修饰的玻片与 5 `末端带氨基的寡核苷酸探针通过不同的 linker连接 ;硅烷化寡核苷酸直接点样于玻片上制成寡核苷酸微阵列 ;硫代寡核苷酸通过二硫键与巯基修饰的玻片连接 ;水凝胶芯片固定寡核苷酸 ;丙烯酰胺硅烷化的基片与 5′丙烯酰胺修饰的寡核苷酸连接。并展望了基因芯片的应用前景     

交联型丙烯酸酯聚合物分子层用于固定寡核苷酸分子初探

目的探讨在显微玻片上衍生聚合物分子层用于固定寡核苷酸分子的方法，为基因芯片制备和应用提供技术支持。方法利用交联聚合反应，在显微玻片表面衍生丙烯酸酯共聚物分子层，结合基因芯片技术制备寡核苷酸芯片。利用荧光标记的样品和CMT芯片杂交系统对所制备的芯片进行杂交实验，检测寡核苷酸在芯片表面的固定性能，并进行对照实验。结果杂交后的荧光检测表明寡核苷酸在丙烯酸酯共聚物表面上杂交点阵的荧光信号多，信号强度强，杂交点圆润、时一性好。结论利用化学交联法制备的芯片表面能用于寡核苷酸的固定且处理过程简单，为进一步运用到生物芯片制作打下了良好的基础。     

通用型病毒检测芯片在三种人类致病病毒属检测中的应用

目的 研究制备对人类有致病作用的38个属的病毒寡核苷酸（oligo）基因芯片对三种人类致病病毒的检测能力。方法 应用生物信息学软件设计70-mer oligo探针，固定于玻片载体制备成基因芯片。以痘苗病毒天坛株、甲肝病毒、乙肝病毒作为检测样本，提取病毒核酸，经随机引物扩增、荧光标记，用于芯片杂交，清洗和干燥后对芯片进行扫描和数据分析。结果 芯片上oligo探针能与相应病毒的PCR扩增样品杂交，呈现阳性荧光信号。结论 建立的病毒寡核苷酸基因芯片能够检出和区分三种检测病毒，为进行未知病毒的基因芯片筛查方法的建立奠定了基础。     

运用基因芯片技术研究孕妇TORCH感染

本文利用DNA引物和探针设计软件DNAC lub和Prim er 5.0,根据从Genbank中查得的巨细胞病毒(HCMV169)、单纯疱疹病毒(HSV-Ⅰ,Ⅱ)、风疹病毒(RV)和弓形虫(TOX)基因序列分别设计16只寡核苷酸探针,长度30bp左右,合成后用简易手动点样仪M icroCaster按4×4矩阵点在氨基化玻片上,制成基因芯片;将被检测致病微生物DNA和质粒载体DNA用同一种内切酶切割、连接成“杂种”DNA,再利用载体上的通用引物进行PCR扩增和荧光染料标记扩增产物,并将该产物与DNA芯片杂交,用芯片扫描仪GeneTACTMUC4(Genom ic Solutions Inc)进行扫描,利用随机提供的软件GeneTAC IntegratorM icroarray Analysis Software Version3.30进行数据处理和分析。结果用该种方法制备的基因芯片可同时检测5种致病微生物,将用荧光定量PCR检测的阳性标本用基因芯片检测结果基本一致。     

70 mer长寡核苷酸探针芯片制备、标记方法及杂交条件的优化

目的优化长片段寡核苷酸芯片制备、探针标记及杂交条件。方法通过直接标记方法优化芯片的点样浓度、点样后的固定方法。探索两种靶基因标记方法,并优化杂交液及各种杂交条件。结果采用70mer寡核苷酸探针,点样浓度在10μmol/L时就可获得满意的荧光强度。探针点样后37℃水合,然后在3600mJ条件下进行紫外交联固定效果最好。样品采用生物素间接标记较CY3直接标记信号强度强,成本相对低廉。优化出的杂交液成分:50%甲酰胺、5×SSC、0.5%SDS,杂交时间为8h,杂交温度为65℃。结论通过此试验优化了制备病原体长探针寡核苷酸芯片的制备方法,样品标记策略和杂交液及杂交温度,为下一步制备多种病原体的寡核苷酸芯片检测系统奠定了基础。     

单增李斯特菌检测基因芯片的研制与评价

目的 研制快速、特异、灵敏的检测单增李斯特菌的基因芯片.方法 选择gyrB、ISR、16S rRNA、23S rRNA、hlyA、iap和prfA作为单增李斯特菌的检测靶基因,研制一种Oligo探针基因芯片,对18个不同种属来源的已知参考生物样品进行检测和鉴定,并且采用对比试验、重复性试验、灵敏度试验和特异性试验对该芯片进行验证评估.结果 通过对比发现IDT合成的70 mer Oligo芯片探针在芯片打印与芯片检测两个方面较优.比较10、40和80 μmol/L 3个Oligo探针点样浓度,结果 显示10 μmol/L的探针点样浓度已能获得很好的芯片检测结果.单增李斯特菌检测芯片具有较好的重复性;样品检测绝对量下限为0.9 ng DNA左右.结论 Oligo基因芯片可以快速准确地检测单增李斯特菌.     

Dystrophin基因缺失检测微阵列构建及应用中技术优化的研究

目的建立Dystrophin基因缺失检测的DNA微阵列技术，并优化其构建及应用中的关键技术条件。方法提取样品基因组DNA，Klenow法随机引物扩增同时FITC荧光标记，并比较生物素标记法。将FITC荧光标记的核酸点样于不同方法活化处理的玻片上并用不同浓度的盐溶液洗脱，测试对DNA固定效率的影响。以分子克隆法获得的Dystrophin基因18个易缺失外显子cDNA片段为探针、APES和poly-Lys联合处理的玻片为基片，制备简易微阵列。分别与DMD/BMD患者及健康人荧光标记的基因组DNA杂交，检测微阵列的质量和评估结果的可靠性。结果APES和poly-Lys联合处理的玻片对核酸固定效率最高，核酸在洗涤过程中的脱落程度随洗液盐浓度的增加而增大；FITC标记步骤简便，生物素标记相对烦琐，但生物素标记杂交后的荧光强度明显高于FITC标记；微阵列杂交信号信噪比较好，各种对照结果满意，检测结果与PCR一致。结论优化了DNA微阵列构建及应用过程中基片表面活化、探针固定、靶基因DNA扩增标记、杂交条件、杂交信号检测分析等方法，为更好地应用微阵列进行Dystrophin基因诊断奠定基础。     

氧化还原电解脱保护DNA在片合成新方法的探讨

DNA芯片是一种新的高通量DNA分析检测技术。DNA芯片把大量已知序列探针集成在基片上 ,通过与标记的若干靶核苷酸序列杂交 ,可以对生物细胞或组织中大量的基因信息进行检测和分析。DNA芯片的制备方法大致可以分为点样法和在片合成法。本文初步探索了以氧化还原电解脱保护法为特征的电助基因芯片制备方法 ,获得了一些有意义的结果     

氧化还原电解脱保护DNA在片合成新方法的探讨

DNA芯片是一种新的高通量DNA分析检测技术。DNA芯片把大量已知序列探针集成在基片上，通过与标记的若干靶核苷酸序列杂交，可以对生物细胞或组织中大量的基因信息进行检测和分析。DNA芯片的制备方法大致可以分为点样法和在片合成法。本文初步探索了以氧化还原电解脱保护法为特征的电助基因芯片制备方法，获得了一些有意义的结果。     

利用基因芯片技术快速检测结核杆菌耐药性的初步研究

目的:探讨利用基因芯片技术检测结核杆菌的耐药性。方法:结核杆菌耐药性检测基因芯片的制备;临床分离株结核杆菌培养和药敏检测;结核杆菌基因组DNA的制备和结核杆菌耐药基因的聚和酶链反应;基因芯片的杂交、洗涤、检测与分析。结果:临床分离株结核杆菌培养和药敏检测结果:1株为药物敏感株结核杆菌(对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇4种药物均敏感);4株为多耐药株结核杆菌(对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇4种药物均耐药);药敏检测结果与5位患者临床的诊断性治疗的结果完全一致;进一步利用基因芯片技术进行检测, 检测结果与上述结果相符合。结论:利用基因芯片技术检测结核杆菌的耐药性, 准确、快速、高效。     

利用基因芯片技术快速检测结核杆菌耐药性的初步研究

目的：探讨利用基因芯片技术检测结核杆菌的耐药性。方法：结核杆菌耐药性检测基因芯片的制备；临床分离株结核杆菌培养和药敏检测；结核杆菌基因组DNA的制备和结核杆菌耐药基因的聚和酶链反应；基因芯片的杂交、洗涤、检测与分析。结果：临床分离株结核杆菌培养和药敏检测结果：1株为药物敏感株结核杆菌(对异烟肼、利福平、链霉素、乙肤丁醇4种药物均敏感)；4株为多耐药株结核杆菌(对异烟肼、利福平、链霉素、乙肤丁醇4种药物均耐药)；药敏检测结果与5位患者临床的诊断性治疗的结果完全一致；进一步利用基因芯片技术进行检测，检测结果与上述结果相符合。结论：利用基因芯片技术检测结核杆菌的耐药性，准确、快速、高效。     

DNA芯片检测乙型肝炎病毒基因多态性

目的　建立DNA芯片检测乙型肝炎病毒 (hepatitisBvirus,HBV)基因多态性的研究方法并对实验条件进行优化。方法　设计多条寡核苷酸探针 ,在硅烷化芯片的特定位置上 ,用点样仪将探针固定 ,并与PCR扩增的HBV基因相应区段杂交 ,杂交结果影印至硝酸纤维素膜 ,经BCIP NBT避光显色 ,用放大镜观察杂交信号呈暗紫色圆点 ,根据特定位置上杂交信号的有无和与之相应的探针序列来判定基因突变的类型。结果　通过 1次杂交反应可检测HBV前C C区 (nt 1896 1814 )、BCP区 (nt1762 1764)和P区 (nt 52 8 552 )等多个位点的变异 ,与测序分析结果完全一致 ,具有较好的检测灵敏度和重复性。结论　DNA芯片检测HBV基因常见突变位点多态性 ,操作简便易行 ,技术要求不高 ,具有临床推广应用价值 ,而且可以方便地通过向寡核苷酸探针阵列中添加相应探针 ,扩大基因芯片的检测应用范围 ,为临床检测提供了新的方法     

用单克隆抗独特型抗体检测肾综合征出血热（HFRS）病人外周血淋巴细胞表面特异抗原受体的临床意义

用抗独特型抗体(Ab2)检测细胞表面抗原受体是将Ab2作为探针用于免疫学检测而出现的新的研究方法。本文在制备了HFRS病毒抗独特型抗体的基础上应用单克隆抗独特型抗体(1B1)作间接免疫荧光试验，检测了HFRS病人外周血淋巴细胞表面特异抗原受体。首先，采取病人外周肝素抗凝血用淋巴细胞分离液按常规方法分离淋巴细胞，将淋巴细胞用RPMI 1640不完全培养液离心洗一次后弃上清，将沉降细胞重新悬浮后调至0．1ml并加入5％小牛血清．混匀，取约10—30μl加在预置于离心细胞沉淀器的玻片上，800rpm离心5分钟，取下玻片待干燥后加丙酮-福尔马林固定液固定30秒，水洗，吹干。     

基因芯片检测拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中HBV变异技术的建立和应用

目的建立乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片对拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中出现的肝炎病毒P基因区YMDD变异进行快速准确的检测诊断。方法设计特异性寡核苷酸探针阵列,特殊处理芯片载体。用点样法制备乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片。在本院住院治疗患者中选择30例服用拉米夫定后,HBV DNA转阴(<500 copies/ml)168周后又反跳≥5 000 copies/ml的患者进行基因芯片杂交检测分析。同时用PCR直接测序法对上述30例患者血清标本进行双盲HBVDNA聚合酶活性区域测序对照。结果 30例服药后HBVDNA反跳患者中基因芯片测得HBV YMDD变异21例,其中YVDD变异11例。YIDD变异10例。HBVDNA PCR直接序列测定结果,有核苷酸A741变为G,使氨基酸由蛋氨酸552变为缬氨酸(氨基酸基序由YMDD变为YVDD)11例,并有6例核苷酸A669变为C,使氨基酸由亮氨酸528变为蛋氨酸。核苷酸G743变为T,使氨基酸由蛋氨酸552变为异亮氨酸(氨基酸基序由YMDD变为YIDD)10例。其中有3例伴有核苷酸T781变为C,使氨基酸由亮氨酸565变为脯氨酸。标本阳性变异序号与基因芯片检测结果完全一致。结论 乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片可以同时检测YVDD,YIDD变异,同PCR直接测序法比较,准确率达100％,无假阳性。     

人脑胶质瘤基因表达谱芯片的构建和初步验证

目的：构建人脑胶质瘤特异的基因表达谱芯片,促进大规模胶质瘤表达谱的研究。方法：采用389条基因探针,优化基因芯片制作的各个条件：片基、点样液、点样大小、紫外交联、采集信号强度等。使用自制芯片检测20例胶质瘤标本的基因表达谱,并与以前报道的实验结果对比,验证芯片的特异性和灵敏度。结果：构建了针对人脑胶质瘤的基因表达谱芯片,并用于脑胶质瘤的基因表达谱分析,证实本产品可以有效地高通量检测相关基因的表达水平。结论：构建的胶质瘤芯片有望用于胶质瘤基因表达谱分析。     

先兆子痫胎盘中细胞因子信号转导相关基因表达的变化

为探讨细胞因子与先兆子痫病理发生关键事件之间的关系 ,采用基因芯片检测技术观察了细胞因子信号转导相关基因在先兆子痫胎盘组织中的表达。胎盘组织取自我科住院病例 ,正常及先兆子痫患者 (各 3例 )的年龄均限制在 2 4～2 5周岁 ,2组患者的一般情况基本一致。基因芯片购自日本Ｔａｋａｒａ生物技术公司 ,分别点样有约 2 2 0种人类细胞因子相关基因和约 2 2 0种人类环境激素相关基因 ,每枚芯片上还点样有包括 β ａｃｔｉｎ、α2 ｔｕｂｌｉｎ、ＧＡＰＤＨ等在内的看家基因共计5 6点或 4 8点作为内参照。采用一步法从组织抽提总ＲＮＡ ,甲…     

应用基因芯片技术观察2型糖尿病胰岛素抵抗患者的脂肪组织受体及信号转导相关基因的改变

目的 :应用基因芯片技术观察 2型糖尿病胰岛素抵抗患者和正常成人脂肪组织细胞受体及信号转导相关基因的差异表达 ,进一步深入探讨 2型糖尿病胰岛素抵抗的发病机制。方法 :实验组为 2例我院普外科 2型糖尿病胰岛素抵抗患者手术切除的大网膜组织 ,正常对照组标本 2例取自该科手术非糖尿病非胰岛素抵抗患者的大网膜。胰岛素抵抗指数根据空腹静脉血糖与空腹胰岛素比值得出。两组各取组织 5g,进行总RNA抽提及mRNA纯化。将 4 0 0 0个人类受体及信号转导相关基因的PCR产物点样于特殊处理后的玻片上制备基因芯片 ,分别应用荧光cy - 5d -UTP和c…     

三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的 建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态(single nucleotide polyrnorphisms,SNP)分型的方法.方法 丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后,在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合,建成三维凝胶DNA阵列;芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签(Tag1和Tag2)进行杂交;杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配,最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型.结果 3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率,而且可以提供高效的杂交环境;通用序列标签的使用木需对每个位点都标记荧光,使检测成本大幅降低;外加电场使得单碱基错配容易识别,且能显著降低芯片的信噪比.结论 基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作,且高通量、高特异性、低成本,该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中.     

三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的 建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态(single nucleotide polyrnorphisms,SNP)分型的方法.方法 丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后,在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合,建成三维凝胶DNA阵列;芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签(Tag1和Tag2)进行杂交;杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配,最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型.结果 3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率,而且可以提供高效的杂交环境;通用序列标签的使用木需对每个位点都标记荧光,使检测成本大幅降低;外加电场使得单碱基错配容易识别,且能显著降低芯片的信噪比.结论 基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作,且高通量、高特异性、低成本,该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中.     

三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态分型的方法研究

目的 建立三维聚丙烯酰胺凝胶DNA芯片用于大样本单核苷酸多态(single nucleotide polyrnorphisms,SNP)分型的方法.方法 丙烯酰胺基团修饰的PCR产物与丙烯酰胺单体混合后,在丙烯酰胺基团修饰的玻片上点样进行共聚合,建成三维凝胶DNA阵列;芯片与一对特异探针和一对分别标记了Cy3或Cy5的通用序列标签(Tag1和Tag2)进行杂交;杂交后用施加电场的方法去除非特异吸附和错配,最后通过双色荧光共聚焦扫描进行SNP分型.结果 3-D凝胶芯片不但具有很高的固定效率,而且可以提供高效的杂交环境;通用序列标签的使用木需对每个位点都标记荧光,使检测成本大幅降低;外加电场使得单碱基错配容易识别,且能显著降低芯片的信噪比.结论 基于3-D凝胶的基因芯片技术用于大样本SNPs分型简单易操作,且高通量、高特异性、低成本,该方法将可以更广泛地应用于不同需求的DNA检测中.