结核分枝杆菌clpP2抗原表位预测与分析

【摘要】 目的 预测结核分枝杆菌酪蛋白酶蛋白水解亚基单位2（clpP2）的抗原表位,为结核病疫苗、药物研制等提供新的靶点。方法 以clpP2蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件DNA Star预测二级结构;运用SWISS-MODEL在线软件进行同源建模;运用VaxiPred软件综合预测T 细胞抗原表位,用ABCpred、COBEPro和BepiPredPred 软件综合预测其B 细胞抗原表位;采用DNA Star Protean、SignalP、TMHMM在线软件和NCBI数据库分析其免疫学相关信息。结果 clpP2蛋白结构丰富,含有较多潜在细胞毒性T细胞和辅助T细胞表位; 也含有较多的B细胞线性和构象优势表位,这些区域亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。结论 clpP2蛋白具有诱导免疫应答的潜能,可以作为结核监测、治疗、预防的新靶点。     

结核分枝杆菌耐药相关药物外排抗原HLA-A2限制性细胞毒性T淋巴细胞表位预测

目的:预测结核分枝杆菌( MTB)耐药相关药物外排抗原(Rv1634、Rv2846c、Rv2937、Rv2686c、Rv2687c 及Rv3065)的HLA-A2限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位.方法:通过NCBI数据库获取目的蛋白的氨基酸序列,运用BLAST分析它们与人类蛋白的同源性,利用SYFPEITHI、B...     

结核分枝杆菌RD12区T细胞表位分布情况预测及分析

目的预测并分析结核分枝杆菌（MTB）RD12区4个抗原的CD4^＋T和CD8^＋T细胞表位分布情况。方法在NCBI数据库上查询并获得各个抗原的氨基酸序列,用Blast分析其与MTB复合群及人类蛋白的同源性。利用SYFPEITHI、NETCTL、BIMAS和NetMHC数据库预测并分析MTB的RDl2区抗原CD8^＋T细胞表位的分布情况;利用NetMHC数据库预测并分析MTB的RD12区抗原的CD4^＋T细胞表位的分布情况。然后,综合CD4与CD8表位预测,筛选出优势表位肽段。结果通过预测与分析,初步筛选出MTB的RD12区4个抗原的CD8^＋T细胞候选表位16个;CD4^＋T细胞的强结合候选表位234个,弱结合候选表位505个,综合CD4与CD8表位预测并分析,最终筛选出13个优势表位肽段。结论预测出来的T细胞候选表位将为结核病的特异性诊断及新的抗结核多表位疫苗的研究奠定基础。     

结核分枝杆菌CFP21抗原的HLA-A*0201/*03限制性细胞毒T淋巴细胞表位预测

目的:探寻结核分枝杆菌CFP21抗原的同时针对HLA-A*0201/*03型别的广谱细胞毒T淋巴细胞(CTL)表位。方法:对结核分枝杆菌CFP21抗原的HLA-A*0201候选肽,利用在线数据库预测HLA-A*03限制性的天然表位肽,通过氨基酸置换适当修饰获得对应的改造肽。通过T2A3细胞结合力实验筛选候选肽,用于细胞毒活性实验。结果:在线数据库预测共获得4条母体肽和3条改造肽。结合力实验显示,改造肽p134-1Y2L、p134-1Y2L9L和母体肽p134与HLA-A*03分子均具有较高的结合力。改造肽p134-1Y2L9L和母体肽p134均能诱导CTL反应,但p134诱导出的CTL对靶细胞具有更强的杀伤效应。结论:p134(AVADHVAAV)是同时针对HLA-A*0201/*03型别的广谱CTL表位。     

结核分枝杆菌Rv2608抗原的多肽预测及实验验证

【摘要】目的寻找结核分枝杆菌抗原Rv2608的T细胞反应多肽,以用于结核病治疗或辅助治疗。方法采用生物信息学方法预测Rv2608的T细胞表位,筛选表位集中、亲和力较强、理化性质稳定的长链多肽,进行化学合成,应用酶联免疫斑点技术检测多肽刺激活动性结核病患者免疫细胞分泌IFN-γ的能力。结果预测并筛选出Rv2608长链多肽4条,ELISPOT结果表明4条多肽可以激活部分活动性结核病患者的免疫细胞,其中Rv2608p3的免疫激活效率最高。结论软件预测与初步鉴定结果具有一致性,Rv2608p3可用于结核病治疗性疫苗的进一步研究。     

结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位的预测及鉴定

目的：预测及鉴定结核杆菌（Mycobacterium tuberculosis，Mtb）抗原Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位，为基于表位的结核疫苗研究提供依据。方法：应用SYFPEITHI数据库预测结核杆菌抗原Ag85C序列中可能存在的HLA-A＊0201限制性T细胞表位，利用T2细胞株分析各预测的抗原肽与HL-A＊0201分子的亲合力，选取高亲合力肽诱导特异性CTL细胞，检测各高亲合力肽刺激其特异性CTL细胞分泌的IFN-γ水平、在体外的CTL增殖反应以及细胞杀伤毒性，逐步鉴定出Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位。结果：SYFPEITHI数据库从Ag85C序列中预测到14条能够结合HLA—A＊0201分子的抗原肽，其中3个抗原肽（170～178aa、317～325aa和144～153aa）显示与T2细胞上HLA-A＊0201分子有高结合力，而抗原肽FLTREMPAWL（144～153aa）能够诱导大多数HLA—A＊0201阳性结核患者及PPD（＋）健康志愿者产生特异性CTL细胞，并分泌大量的IFN-γ，能够诱导CTL体外发生增殖，能够产生特异性杀伤活性。结论：成功鉴定出抗原肽FLTREMPAWL（144～153aa）结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位，可作为结核疫苗设计的候选表位，为进一步研发新型有效的抗结核疫苗奠定了基础。     

结核分枝杆菌抗原及其研究进展

结核病是危害人类健康的最大传染病之一。结核分枝杆菌抗原遗传背景较复杂,且个体差异较大,应用单一抗原和单一的诊断方法无法对结核病进行及时、准确的诊断。近年来国内外学者发现了一些新的结核分枝杆菌菌属抗原和特异性抗原,并逐渐完善了结核病的诊断方法,对结核病的诊断具有重大意义。现就这些抗原的生物学特性及其在结核病诊断中的研究进展进行综述。     

结核分枝杆菌抗原模拟表位肽的筛选及免疫活性鉴定

目的：从噬菌体随机12肽库中筛选结核分枝杆菌模拟抗原表位,并初步研究其免疫活性。方法：以鹿结核阳性血清纯化多克隆抗体IgG作为固相配基筛选噬菌体随机12肽库,按吸附-洗脱-扩增过程进行3轮筛选,随机挑取20个单克隆进行特异性鉴定,将筛选后得到的阳性克隆扩增后免疫BALB/c小鼠作为实验组;以TBS为阴性对照组,BCG为阳性对照组,采用间接ELISA方法检测抗体效价,MTT法检测淋巴细胞增殖能力。每组小鼠免疫3周后再鼻腔接种BCG,3周后无菌取左全肺研磨计算肺脏荷菌量,取右全肺制备病理切片观察肺脏病理变化。结果：经三轮筛选后阳性克隆得到富集,ELISA鉴定20个单克隆中有15个阳性克隆阳性率为75%。免疫后实验组小鼠抗体水平高于BCG组(P<0.01)。小鼠脾淋巴细胞增殖实验,经ConA、LPS、PPD刺激后实验组SI值均高于BCG组,但差异无显著性(P>0.05),与TBS组比较差异有显著性(P<0.01)。实验组、BCG组均观察到少量的淋巴细胞浸润,而TBS组肺泡结构消失,组织发生实变。肺脏荷菌量实验显示实验组肺脏荷菌量［(4.080±0.035)log CFU·mg^-1)］ 低于TBS组［（4.360±0.110)log CFU·mg^-1］　(P<0.01),但高于BCG组荷菌量［(3.980±0.023)log CFU·mg^-1］(P>0.05)。结论：成功筛选得到含有结核分枝杆菌抗原模拟表位的阳性克隆,这些阳性克隆能有效诱导小鼠产生比BCG更高的抗体效价和保护效应,对其进行进一步序列测定和功能分析将有助于结核病疫苗的开发。     

结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位的预测及鉴定

目的:预测及鉴定结核杆菌(Mycobacterium tuberculosis, Mtb)抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位,为基于表位的结核疫苗研究提供依据.方法:应用SYFPEITHI数据库预测结核杆菌抗原Ag85C序列中可能存在的HLA-A*0201限制性T细胞表位,利用T2细胞株分析各预测的抗原肽与HLA-A*0201分子的亲合力,选取高亲合力肽诱导特异性CTL细胞,检测各高亲合力肽刺激其特异性CTL细胞分泌的IFN-γ水平、在体外的CTL增殖反应以及细胞杀伤毒性,逐步鉴定出Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位.结果:SYFPEITHI数据库从Ag85C序列中预测到14条能够结合HLA-A*0201分子的抗原肽,其中3个抗原肽(170～178 aa、317～325 aa和144～153 aa)显示与T2细胞上HLA-A*0201分子有高结合力,而抗原肽FLTREMPAWL(144～153 aa)能够诱导大多数HLA-A*0201阳性结核患者及PPD( )健康志愿者产生特异性CTL细胞,并分泌大量的IFN-γ,能够诱导CTL体外发生增殖,能够产生特异性杀伤活性.结论:成功鉴定出抗原肽FLTREMPAWL(144～153 aa)结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位,可作为结核疫苗设计的候选表位,为进一步研发新型有效的抗结核疫苗奠定了基础.     

结核分枝杆菌抗原Lppx和MT0322人T细胞抗原表位的多态性研究

目的 探讨中国结核分枝杆菌抗原Lppx和MT0322的多态性及对其T细胞抗原表位的影响。方法 选取中国多省的173株临床分离株,采用L-J培养基对菌株进行培养,PCR扩增Lppx和MT0322基因序列,Bioedit 软件进行比对,比较其T细胞抗原表位区与非表位区的多态性。最后用Mega5 软件分别计算同义突变率(dS)和非同义突变率(dN)及其比值。结果 在173株菌株中,基因Lppx表现为4个非同义突变和1个同义突变位点,基因MT0322出现了3个非同义突变和1个同义突变位点。其中,有9株菌在Lppx152位的氨基酸和在MT0322的159位分别发生了1个同义突变和1个非同义突变,表现较高的多态性。Lppx有15个T细胞抗原表位中有6个发生了改变,而在MT0322中,2个表位中有1个发生了1个氨基酸的改变。Lppx的dN/dS值为0.19,MT0322的dN/dS值达到了3.69。MT0322的表位区的dN/dS值高于非表位区。结论 结核分枝杆菌基因Lppx和MT0322序列具有多态性,并可能反映了这两个抗原参与了逃避宿主免疫的分化选择。     

结核分枝杆菌分泌性抗原在结核诊断中的研究进展

结核病是由结核分枝杆菌所引起的一种严重危害人民健康的慢性传染病,是目前所知传染病中最致命的传染病.结核病诊断主要依靠细菌学检测、分子生物学检测、免疫学检测和病理诊断,随着近年来全球结核病发病率的上升,目前已有的检测技术灵敏度和特异性较低,尚不能达到理想的诊断率,寻找高效、准确、简便的诊断方法是控制结核病疫情的关键.已经...     

结核分枝杆菌特异性抗原重组蛋白研究进展

结核病是一种由结核分枝杆菌(mysobacterium tubercu-losis,MTB)引起的人畜共患慢性传染病.由于耐药株出现、人类免疫缺陷病毒(HIV)合并MTB感染以及大规模高危人群流动,因而造成全球流行,其发病率、病死率呈上升趋势,已形成全球范围的流行.疫情呈三高一低,即患病率高、病死率高、耐药率高、年递降率低.要控制结核病的发生与流行必须加强对结核病的诊断学研究,目前研究快速、准确、敏感、特异以及简便的诊断方法是有效地控制结核病蔓延的关键.     

结核分枝杆菌感染T细胞斑点试验对淋巴结结核的诊断价值

目的 探讨结核分枝杆菌感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)对淋巴结结核的诊断价值。方法 将2012年7月至2015年10月安徽省胸科医院收治的134例淋巴结肿大患者分为结核组(95例)和非结核组(39例),另取健康对照组28例,采外周血行T-SPOT.TB检测,对比分析3组T-SPOT.TB的阳性率,敏感度及特异度。结果 结核组、非结核组和健康对照组T-SPOT.TB阳性率分别为85.26%、15.38%和3.57%,结核组患者T-SPOT.TB阳性检测率显著高于其他两组。T-SPOT.TB诊断淋巴结结核的敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为85.26%、89.55%、92.05%和81.08%。结论 T-SPOT.TB试验可作为淋巴结结核的重要诊断手段。     

恶性疟细胞毒性T淋巴细胞单表位疫苗抗原递呈细胞模型的建立

目的 构建恶性疟细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T lymphocyte,CTL）单表位疫苗及建立抗原递呈细胞模型。方法 采用中国人群常见的HLAⅠ类分子A11限制的恶性疟（CTL）抗原表位(VTCGNGIQVR),合成其DNA序列并克隆于真核表达载体,构建CTL单表位DNA疫苗。将上述克隆在HLA－A11表型细胞株中进行表达,流式细胞仪检测细胞表面HLAⅠ类分子表达水平。结果 上述CTL单表位DNA疫苗编码的短肽在细胞内的表达明显促进HLA－A11分子在细胞表面的表达,用流式细胞仪测定平均荧光强度可量化表达水平（P＜0.05）。结论 成功构建CTL单表位短肽表达载体,模拟体内环境建立了抗原递呈细胞模型,提示CTL表位在该细胞模型内被内源性加工和递呈,以该表位为基础的疫苗可以为HLA－A11遗传背景的人群提供免疫防护。     

结核杆菌抗原多表位融合蛋白的重组表达与鉴定

目的:构建含有6个编码结核杆菌抗原HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位基因序列的重组质粒,并在大肠杆菌中诱导表达.方法:选取结核杆菌抗原Rv0309、Rv0173、Ag85A、Ag85C的6个HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位,引入Th表位PADRE及木马肽序列,并以RVKR序列作为接头,合成全基因序列,经 PCR扩增后插入融合表达载体pGEX-4T-1,将重组质粒转入大肠杆菌BL21并以IPTG诱导表达,经SDS-PAGE和Western印迹鉴定重组表达蛋白.结果:成功构建了结核杆菌多表位蛋白的表达质粒,并经IPTG诱导表达了大小约为40 000的融合蛋白.结论:多表位融合蛋白的重组表达为进一步开发新型结核疫苗打下了基础.     

肿瘤抗原MAGE-n HLA-A2限制性细胞毒性T细胞表位的预测及合成鉴定

目的　采用表位重建技术 ,对预测MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位结合活性进行研究。方法　用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法 ,筛选新的MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位作为候选表位。对预测的抗原表位进行多肽合成 ,并用HPLC进行纯化 ,质谱法 (MS)鉴定。候选表位与HLA A2位点的亲和力及结合稳定性用竞争结合抑制实验、T2结合稳定性实验及MHC 肽复合体稳定性实验测定。结果　用表位预测法筛选MAGE n抗原 5个HLA A2限制性CTL表位为候选表位。QLVFGIEVV(15 9 16 7)、IMPKTGFLI(195 2 0 3)和FLIIVLVMI(2 0 1 2 0 9) 3个表位具有较高的HLA A2结合力 (IC50 <15 μM)和结合稳定性 (DT5 0 >6h) ,可作为MAGE n抗原HLA A2限制性CTL候选表位进行进一步研究。结论　表位预测结合表位重建方法可提高肿瘤抗原CTL表位研究的效率。MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位经免疫学鉴定后 ,可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究 ,为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

HIV的抗原表位研究的国内外进展

人类获得性免疫缺陷病毒（HIV）感染后，会刺激人体产生特异性免疫应答反应。其中，以中和抗体为代表的体液免疫应答和以CD8^＋的细胞毒性T淋巴细胞（CTL）及CD4^＋的辅助性T淋巴细胞（HTL）为介导的细胞免疫应答，对控制HIV在体内的复制有重要作用。在上述免疫应答的过程中，病原体自身所携带的抗原表位是刺激机体产生免疫应答的必备条件。同时，抗原表位的变化也是HIV病毒逃逸机体免疫监视的重要机制之一。本文试就HIV抗原表位的国内外的研究状况做一综述。     

CD14的B细胞抗原表位预测

目的预测人CD14抗原的B细胞表位。方法采用生物信息软件和互联网服务器，预测CD14的二级结构，分析CD14表面特性（亲水性、可塑性、可及性和抗原性），再计算平均抗原指数（AI）预测CD14的B细胞抗原表位。结果CD14存在多个潜在的抗原表位，257-271序列（shnslratvnpsapr）的AI（0.04413）明显高于其它序列，305-321序列（sc-nrlnrapqpdelpev）、19-34序列（ttpepcelddedfrc）和115-134序列（ysrlkeltledlkitgtmpp）的AI分别是0.03682、0.03256和0.03025。结论257-271序列（shnslratvnpsapr）是CD14的B细胞优势抗原表位，可用于制备CD14的特异性抗体。     

MUC1抗原的B细胞表位预测

目的预测MUC1抗原的B细胞表位.方法联合运用多种方法对MUC1的二级结构和表面特性,如理化性质、亲水性、可塑性、溶剂可及性及免疫原性等方面进行分析,预测MUC1的抗原表位.结果MUC1存在有多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:1-10,24-54,65-77,84-91,108-134,140-156,159-174,179-196,199-210,220-233,237-265,270-299,316-337,351-362,369-396,411-420,445-502.结论应用多参数预测MUC1抗原的B细胞表位,为进一步研究MUC1结构和功能、构建MUC1突变体和选择表达新型MUC1分子奠定了基础.     

结核分枝杆菌疫苗研究进展

结核病是一种人畜共患的慢性消耗性疾病,发病率和病死率很高.近年来,全球结核病疫情呈上升趋势.结核病再度肆虐与获得性免疫缺陷综合征(艾滋病)的广泛传播、耐药菌株的出现、人群流动增加、城市化发展、社区人口密度增加等因素有关.有关结核病的研究与日俱增,其中有关结核病的免疫学和疫苗的研究是这一领域的热点.近年来由于结核分枝杆菌基因组序列的研究,明确了与疫苗有关的新型结核分枝杆菌抗原.本文就结核分枝杆菌的有效抗原、机体抗结核细胞免疫特点及结核菌疫苗研究的进展作一综述.