结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型法分析

目的应用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)方法分析甘肃省结核分枝杆菌临床分离株的分子型别特征。方法用spoligotyping基因分型方法,对甘肃省兰州市肺科医院住院或门诊确诊患者分离的结核分枝杆菌进行分型,采用BioNumerics 4.5软件进行聚类(cluster)分析,对聚类结果与国际间隔寡核苷酸分型数据库(SpolDB4)对比。结果 215株临床分离株被分成3个基因群22种基因型,其中成簇菌株形成11个基因型共204株,独特基因型菌株11株;北京家庭基因型结核分枝杆菌占86.51%(186/215),T4占4.19%(9/215)、H1占1.86%(4/215)、MANU占1.40%(3/215)等基因型;Logistic多元回归分析结果表明,北京家庭基因型与患者性别、年龄、职业、抗结核治疗史、耐药、发病情况和菌种耐药性、来源地等均无关联。结论甘肃省结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,北京家族基因型结核分枝杆菌为该地区主要流行株,其他罕见的基因型结核分枝杆菌也值得重视。     

甘肃省228株结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型研究

目的利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对甘肃省结核分枝杆菌流行株进行分型研究,了解目前甘肃省结核分枝杆菌流行株基因型的基本情况,为甘肃省结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用Spoligo-typing对甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌进行基因分型,结果使用Bionumerics-5.01软件统计、分析,并与SpolDB4数据库进行比对,得出菌株分型结果。结果228株结核分枝杆菌被分为北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily)2大基因群,其中北京家族基因群占88.6%(202/228)。非北京家族基因群为11.4%(26/228),228株结核分枝杆菌构成23个基因簇,其中独立基因型12个。结论北京家族基因群菌株在甘肃省结核分枝杆菌流行株中占据绝对优势地位,对该基因群菌株引发的结核病应给予密切关注并应加强对北京家族基因型菌株生物学特性研究。     

厦门市临床分离的466株结核分枝杆菌基因分型研究

目的 了解厦门市结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群情况,并建立分型数据库。方法 采用实时荧光PCR法对厦门市2013 - 2015年分离到的466株结核分枝杆菌临床分离株进行菌株确认,然后采用间隔区寡核苷酸分型方法（spoligotyping）对其进行基因分型。分型结果与SpolDB4数据库进行比对,并使用Bionumeric6.6.4软件进行基因聚类分析。结果 466株菌均为结核分枝杆菌,基因分型分成96种基因型别,62种数据库中有相应的SIT编号,34种为新的型别。97.64%(455/466)的菌构成了15个基因簇。466株菌属于7个基因家族及未定义家族,排在前三的分别为:Beijing（北京）家族60.09%（280/466）、T家族21.03%(98/466)、H家族5.58%(26/466)。结论 厦门市结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族为主要的流行基因群。     

中国部分地区结核分枝杆菌北京基因型菌株分布初步分析

目的初步了解结核分枝杆菌北京基因型菌株在中国不同地区的分布情况。方法采用间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)方法对1 603株分离自7个省、市、自治区的结核分枝杆菌进行分型分析,确定北京基因型菌株在不同地区所占的比例。结果根据Spoligotyping分型结果及北京基因型菌株的定义,1 603株结核分枝杆菌中1 158株为北京基因型菌株,占72.24%。北京地区北京基因型菌株所占的比例最高为92.59%,其后依次为西藏(90.38%),吉林(89.88%),陕西(80.00%),新疆(65.36%),广西(55.29%),福建(54.50%)。结论北京基因型菌株为主要的流行菌株,但是不同地区北京基因型菌株所占的比例并不相同,北方地区北京基因型菌株的比例高于南方地区。     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

河南省结核分枝杆菌北京家族基因型及耐药分析

目的了解河南省结核分枝杆菌北京家族基因型的分布、流行特点、与耐药性的相关性。方法 2009年6月-2010年11月在河南省尉氏县结核病防治机构实验室分离培养的165株结核分枝杆菌,采用比例法进行药物敏感性检测,应用RD 105缺失基因检测法和琼脂糖凝胶电泳技术进行北京家族基因型鉴定。结果 164株结核分枝杆菌对4种一线抗结核药物,异烟肼(IN H)、利福平(RFP)、链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB)药敏情况:全部敏感的菌株为126株(76.8%);任意耐药菌株38株(23.2%),其中,单耐药菌株14株(8.5%),多耐药菌株24株(14.6%);结核分支杆菌对4种一线药的耐药率依次为:INH 16.5%(27/164)、SM 15.9%(26/164)、RFP 9.1%(15/164)、EMB 7.3%(12/164)。164株结核分枝杆菌中,北京家族基因型(Beijing fam ily)占89.6%(147/164),17株为非北京家族基因型,占10.4%;147株北京家族基因型菌株中,全部敏感的菌株为111株(75.5%);耐任一种药菌株36株(24.5%),其中耐多药(MDR)菌株13株(8.8%...     

391株结核分枝杆菌基因分型研究和耐药性分析

目的探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)用于安徽省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解安徽省结核分枝杆菌的基因型特征。方法连续收集安徽省胸科医院391株结核分枝杆菌临床分离菌株,进行Spoligotyping,采用Bio Numerics软件进行聚类分析。结果北京家族占86.19%(337/391),非北京家族占13.81%(54/391),54株非北京家族基因型中,T家族36株(包括T1 22株、T2 10株、T3 5株、T4 1株),占9.72%;H(Haarlem)家族4株,占1.02%;另有14株(3.58%)为New Found型,北京家族菌株对一线药物总的耐药率为23.14%(78/337),非北京家族菌株为27.78%(15/54),经卡方检验两者间的差异无统计学意义(P0.05)。结论安徽省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族,北京家族与耐药无明显相关性。     

河南省临床分离的553株结核分枝杆菌基因分型研究

目的了解河南省结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群。方法对河南省各地市分离的553株结核分枝杆菌临床分离株采用间隔区寡核苷酸分型方法(spoligotyping)进行基因分型。分型结果与SITVIT数据库进行比对,并用Bionumeric 7.6软件进行基因聚类分析。结果 553株结核分枝杆菌Spoligotyping分型后与SITVIT数据库比对后得到46种不同的基因型,其中33种型别有对应的SIT编号,剩下的13种未在数据库找到与其匹配的型别。553株菌除了14(2.53%)株菌基因型没有对应的家族用"UN"表示外,余下536株菌分别属于4个不同的家族,其中Beijing家族共481株,占总数的86.98%;其次是T家族共53株,占总数的9.58%;MANU家族2株(0.36%)(MANU2);LAM家族1株(0.18%)(T5RUS1)。结论河南省结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族和T家族为主要的流行基因群。     

江苏省结核分枝杆菌14个VNTRs位点的基因分型研究

目的了解江苏省结核分枝杆菌的VNTRs基因分型,发现江苏省流行的结核分枝杆菌的优势菌株,及不同地区流行菌株的基因型别差异。方法选择结核分枝杆菌基因组中14个具有明显多态性特征的VNTRs位点,对江苏省13个市的235株结核分枝杆菌进行VNTR-PCR扩增,通过聚类分析对菌株进行VNTRs基因分型。结果235株结核分枝杆菌菌株共分为8个基因型(Ⅰ～Ⅷ),其中以Ⅱ型为主要的基因型,占49.4%,其次是Ⅰ和Ⅴ型,分别占总数的22.6%和18.7%。不同地区结核分支杆菌VNTRs基因型别分布有统计学意义(P<0.001),其中V型主要分布在苏北(占90.9%),而Ⅰ型在苏南的分布明显高于苏北。结论江苏省的结核分枝杆菌具有明显的VNTRs多态性,Ⅱ型为江苏全省流行的优势菌株,约占全部菌株的1/2,但不同地区流行菌株的基因型别存在明显差异。     

江苏农村地区结核杆菌基因分型及耐药性分析

目的 研究江苏省农村地区分离的结核分枝杆菌基因多态性,从而了解菌株基因型与耐药之间的相关性。方法 采用罗氏培养基分离来自结核病患者痰标本中的结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)和比例法进行4种一线抗结核药物的药敏试验。经统计学分析,P<0.05为差异具有统计学意义。结果 547株结核分枝杆菌的Spoligotyping分型结果通过与SpolDB4.0数据库比对后显示,试验菌株被分为18个簇,57个基因型,以北京基因型菌株为主,占79.89%,非北京家族菌株包括T(T1、T2)、U、H、 MANU2、LAM10-CAM和CAS-DELH1等型别,各占11.15%、0.91%、0.37%、0.91%、0.18%和0.18%,以及26个型别(35株菌)为“新型”。药敏试验发现,总耐药率为21.94%,耐多药率为7.68%;单药耐药中,主要以链霉素和异烟肼耐药为主。经χ2检验和Fisher确切概率法分析发现,北京基因型与非北京基因型菌株的耐多药性方面差异具有显著统计学意义。结论 江苏省农村分离的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,北京基因型为主要流行型,并且北京家族菌株与耐多药之间具有一定的相关性。     

Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis isolates from a rural area of Kanpur by spoligotyping and mycobacterial interspersed repetitive units (MIRUs) typing.

Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis isolates has greatly facilitated the understanding of epidemiology of tuberculosis (TB). This study was done to characterize prevalent genotypes of M. tuberculosis on a collection of 97 isolates based on spoligotyping and mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats (MIRU-VNTR) typing in rural area of Kanpur, North India. In this area different types of interventions are being undertaken and follow-up studies are progressing. Predominant spoligotypes prevalent in this region belonged to Central Asian-Delhi family (CAS1_Del) (37%), East African-Indian family (11%), T1 family (8%) and Beijing (4%) family. Highly distinct MIRU-VNTR genotypes were obtained. Significant spoligotypes such as Beijing and CAS1_Del type were further divided into subtypes with MIRU-VNTR. This preliminary study reveals that CAS is the most predominant family in this rural area of Kanpur. If confirmed in other areas, this combined approach of molecular typing can be preferably be used as first line tool for studying linkage and transmission dynamics of TB in India.     

应用Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究

目的 使用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。方法收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株，应用Spoligotyping方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics软件。结果共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌临床分离株，可分为2个基因群，即北京家族（Beijingfamily）或称北京基因型（Bering genotype），非北京家族（non—Beringfamily），分别占89．5％（298／333）和10．5％（35／333），29种基因型。其中22株为独特类型，余311株分为7簇。北京家族菌株中，95．0％（283／298）为典型北京家族，非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为19个基因型，16株为独特的基因型。结论吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。     

70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况，并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株，常规罗氏培养基培养，应用Spoligotyping进行基因分型研究，聚类分析采用BioNumerics软件，统计学分析采用卡方检验。结果70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群，即北京家族（Beijing family）和非北京家族（Non-Beijing family），分别占70％（49／70）和30％（21／70），18种基因型，其中12株为独特类型，剩余58株分为6簇。北京家族菌株中，89．8％（44／49）为典型北京家族（typical Beijing family），非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为13个基因型，9株为独特的基因型。北京家族菌株中表现为全敏感者71．4％（35／49），表现为耐药者为28．6％（14／49）；而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66．7％，表现为耐药者为33．3％，经卡方检验，两者问的差异无统计学意义（X^2=0．158，P〉0．05）。结论北京家族菌株为浙江的流行优势菌株。北京基因犁与耐药无明显相关性。     

天津地区临床分离结核分枝杆菌分型的初步研究

目的探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征。方法连续收集天津市海河医院2005年8月16日11月25日就诊患者痰培养阳性的结核分枝杆菌100株，采用间隔区寡核苷酸分型（spoligotyping）和多位点可变串联重复序列（VNTR）两种方法进行基因分型，并运用软件对二者的结果进行分析。依据北京分化支的定义，运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌／典型北京家族菌株和非典型北京菌株，Χ^2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系。结果排除污染菌株，共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型，spoligotyping结果91．7％为北京基因型（含3株类北京基因型）结核分枝杆菌（88／96）。VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型。在北京分化支结核分枝杆菌中，W菌／典型北京家族菌株占93．2％（82／88）。两种北京分化支亚群与患者年龄及耐药性之间差异无统计学意义（P〉0．05）。结论天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中，北京基因型呈现较为明显的优势。VNTR的分辨率明显高于spoligotyping。北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均有流行，但以W菌／典型北京家族菌株为主。     

河南省结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型技术的应用研究

目的研究间隔区寡核苷酸序列(Spoligotyping)基因分型技术在河南省结核病分枝杆菌基因分型中的应用,了解河南省基因型种类和分布以及北京家族基因型在河南省的分布特征。方法应用2007年在河南省结核病防治机构实验室分离培养的310株结核分枝杆菌,设计引物,应用PCR和间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对结核分枝杆菌进行分型检测分析,基因分型分析经http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站分析,统计学数据经卡方检验。结果对310株结核分枝杆菌临床分离株的Spoligotyping结果显示分为4个基因群(Beijing和Beijing近似群、T群、Manu群、S群),24个基因型,有267株为北京家族基因型,占86.1%,且北京家族基因型与MDR耐药有相关性;河南省较年轻人群(<60岁)感染的结核分枝杆菌中,北京家族基因型所占比例高于年老组(即>60岁组),北京家族基因型与年轻组的联系强于年老组;北京家族基因型的分布在不同的地区间有差异。结论河南省结核分枝杆菌以北京家族基因型为主要流行型,且与耐药及年龄、地域有相关性,重点监测北京家族基因型。     

青海高原237株结核分枝杆菌大片段基因多态性研究

摘要:目的 通过对青海高原结核分枝杆菌基因组大片段的检测,研究不同RDs（Regions of Difference）的多态性及其分型。方法 收集青海地区分离的结核分枝杆菌临床株237株,采用PCR方法对结核分枝杆菌基因组大片段RD105、RD181、RD150、 RD142及RD239基因的缺失进行检测。结果 237株菌中,根据RD105基因缺失鉴定出“北京家族”菌株220株,占92.83%;非“北京家族”菌株17株,占7.17%。根据RD181基因缺失将“北京家族”菌株分为现代“北京家族”结核分枝杆菌198株,占90.00%;RD181未缺失的古老非典型“北京家族”菌株22株,占10.00%。 RD150、RD142进一步又将现代“北京家族”结核分枝杆菌分为RD150、 RD142单缺失型及RD150与RD142共缺失型。首次发现6株菌缺失RD239基因,为印度-大洋洲系菌株。结论 青海地区结核分枝杆菌RD基因型丰富,主要流行菌株以缺失RD105的“北京家族”菌株为主。     

Molecular diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from patients with pulmonary tuberculosis in Sri Lanka

The strain diversity of 100 Mycobacterium tuberculosis isolates collected over a period of 18 months from tuberculosis (TB) cases in Sri Lanka was studied by spoligotyping. When compared to the international spoligotyping database, 43 spoligotype patterns were identified, of which 20 were previously described. The majority of isolates (72.45%) were clustered into major genetic group 1, and the most common spoligotype pattern belonged to the Beijing (ST1) strain family. All the Beijing strain isolates belonged to more recently evolved sublineages of M. tuberculosis. The characterization of Sri Lankan M. tuberculosis isolates by spoligotyping shows a heterogeneous pattern. The physical separation from the main Indian peninsula may be responsible for the different patterns observed between the two countries. An in-depth field study is needed to understand the spread and the true epidemiology of this infection.