基于网络药理学探讨康莱特注射液治疗肝癌的作用机制

目的:基于网络药理学探讨康莱特注射液治疗肝癌的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选康莱特注射液中的有效成分和其作用靶点,通过GeneCards数据库获取筛选肝癌相关的疾病靶点,整合筛选药物靶点和疾病靶点交集的核心靶点,利用Cytoscape 3.6.1软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络.结合String数据库构...     

蛋白质组学在肝癌研究中的应用

蛋白质组学以细胞组织或器官表达的所有蛋白质为研究对象,通过双向凝胶电泳生物质谱技术及生物信息学等方法,达到分离、鉴定、分析蛋白质的目的.在我国肝癌死亡率高,位居第二,预后差.以蛋白质组学的方法,通过比较肿瘤与正常肝组织之间蛋白质组的表达差异,发现新的肝癌肿瘤标志物,寻找与肝癌发生、发展、转移的相关蛋白,为肝癌治疗提供新的靶点.     

基于网络药理学和分子对接探讨鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学、芯片分析和分子对接方法探究鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药高通量实验和参考指南数据库（HERB）和中国知识资源总库（CNKI）收集鳖甲煎丸活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM和DrugBank数据库收集肝癌疾病靶点,取二者交集靶点作为潜在靶点并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Cytoscape3.7.2软件构建鳖甲煎丸-活性成分-潜在靶点-肝癌网络和蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心成分和核心靶点,结合GEO芯片筛选核心作用靶点,与核心成分进行分子对接验证。结果 筛选得到鳖甲煎丸活性成分152个,治疗肝癌潜在靶点221个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡等生物过程,细胞核、细胞质等细胞组分,蛋白结合、酶结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等分子功能,KEGG富集分析涉及PI3K-Akt、MAPK等信号通路。核心成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素与核心作用靶点MAPK1、MYC、EGFR、FOS对接结合稳定。结论 鳖甲煎丸可能通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路,作用于MAP...     

支气管哮喘的蛋白质组研究进展

总结和分析了近年来利用蛋白质组学技术研究支气管哮喘发病机制和临床诊断的相关文献,以揭示哮喘发病的蛋白生物学机制,为支气管哮喘的机制研究、临床诊断及获取新的治疗靶点研究提供参考依据.     

减味寿胎丸治疗自然流产活性成分和作用机制的网络药理学研究

目的 基于网络药理学,筛选减味寿胎丸(JWSTP)主要活性成分,预测其活性成分的作用靶点,探讨JWSTP治疗自然流产(SA)的作用机制.方法 应用中药系统药理学分析平台筛选JWSTP的活性成分和作用靶点,SA的疾病靶点筛选自GeneCards和OMIM数据库,预测JWSTP治疗SA的潜在靶点;对潜在靶点构建蛋白互作网络...     

基于网络药理学分析土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的:以网络药理学为基础分析土茯苓在银屑病治疗中的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获取土茯苓的活性成分及有关靶标。利用GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选土茯苓活性成分治疗银屑病的潜在靶标。通过Cytoscape软件绘制土茯苓治疗银屑病形成的"成分-靶标-通路-疾病"网络图。利用STRING数据库进行靶点蛋白相关作用网络构建并对关键靶点的生物功能进行注释和通路分析。结果:从土茯苓中筛选与银屑病有关活性成分12个,107个共同靶点、7条生物代谢途径在治疗银屑病的过程中发挥作用。结论:土茯苓在治疗银屑病的过程中通过多个活性成分、作用靶点以及生物代谢途径发挥作用,而非通过某一单一机制发挥作用,其作用机制具有多靶点的特征。     

基于质谱的蛋白质组学技术在系统性红斑狼疮中的应用

<正>系统性红斑狼疮(SLE)是一种常见的自身免疫性疾病,其病因不明,临床表现复杂,诊断困难,治疗受限。蛋白质组学研究通过差异蛋白筛选,可发现隐藏于疾病背后的确切病理机制,找到新的、更加敏感而特异的生物标志物,提供药物治疗新靶点。本文仅就基于质谱的蛋白质组学技术在系统性红斑狼疮患者血液、尿液、唾液等体液检测中的应用作一简单综述。1系统性红斑狼疮系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一     

蛋白质组学在肝癌研究中的应用

肝癌是世界上流行最广的恶性肿瘤之一,但发病机制至今仍不明了,且缺乏有效的早期诊断方法和治疗靶点。随着人类基因组计划的实施和推进,生命科学研究已进入了后基因组时代。研究的重点从基因组学转向蛋白质组学(proteomics)。蛋白质组学将成为研究肿瘤及相关疾病的最有效方法之一。本文着重就蛋白质组学在肝癌研究的应用作一综述。     

基于网络药理学的枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的分子机制研究

目的基于网络药理学方法研究枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选与枳实薤白桂枝汤相关的化学成分及其作用靶点;通过OMIM和NCBI数据库获取与冠心病相关的靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。应用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型;利用Cytoscape软件构建"复方-活性成分-作用靶点-疾病"相互作用网络;运用R语言进行KEGG通路和GO功能富集分析。结果经数据库分析共获得了1801个疾病靶点,42个药物作用靶点。对其中26个共同相关靶点(占枳实薤白桂枝汤靶点的62%)进行分析,发现共有119个生物学过程及58条通路被显著富集。结论枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多靶点、多通路的特点。其作用机制可能与调控冠心病发展过程中细胞代谢与凋亡、脂质代谢等过程有关。     

SELDI技术分析体外培养不同肝细胞株差异蛋白的表达

目的: 运用表面增强激光解吸/离子化/飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS) 技术,检测体外培养的肝癌细胞株(HepG2),转染乙肝病毒的肝癌细胞株(HepG2.2.15)与正常肝细胞株(LO2)蛋白质的差异表达,筛选肝细胞癌的标志蛋白,为进一步研究肝癌发病的蛋白质组学机制奠定基础. 方法: 常规培养上述3种细胞,细胞状态良好时收集细胞,裂解细胞后采用 SELDI-TOF-MS技术用WCX2芯片检测HepG2, HepG2.2.15, LO2细胞内蛋白质组学的差异表达. 结果: WCX2芯片共捕获91个蛋白,在Mr 5000～15 000区段,与正常肝细胞株比较,有7个蛋白质在两种肝癌细胞中出现明显变化,其中2个蛋白在肝癌细胞中表达量增高,5个蛋白在肝癌细胞中表达量降低;另外两种肝癌细胞株也有其各自的标志蛋白,9个蛋白分子在HepG2表达量增高,10个蛋白分子在HepG2.2.15表达量增高. 结论: SELDI蛋白芯片技术检测可作为检测肝癌早期生物标记的方法,它简便,敏感性高,重复性好,本文发现的这些组织特异性蛋白生物标记对肝癌的早期诊断有潜在的应用价值,对我们从血清或组织标本中筛选和鉴定不同型别肝癌细胞之间的标志蛋白有重要意义,从而为从蛋白质水平研究肝癌的发病机制及新的治疗靶位的寻找奠定了一定的基础.     

蛋白质组学在中医药抗肝纤维化中的应用

近年来,蛋白质组学已逐渐成为中医认识肝病本质的重要手段。以蛋白质组学技术为研究手段,将肝纤维化与中医证候的研究相结合,分析和评价肝纤维化分级,可使抽象的中医理论具体化,同时在寻找药物作用靶点及中药的药理作用机制方面发挥作用。但中药多成分、多层次、多靶点的特点使得其药效的物质基础不明确,缺乏科学的理论依据和阐述。同时,人体的蛋白质组学特征千变万化,蛋白质组学技术难以掌握,其运用于肝纤维化的方药筛选和中医证候仍处于探索阶段,需在依据证候理论学的前提下,运用功能蛋白质组学的方法来探讨证候,发现并揭示与证候形成相关的所有蛋白质及其特征,最终在整体蛋白质表达水平上阐明证候的本质,来指导临床方药的选择,防治肝病及慢性肝病向肝纤维化、肝硬变的发生、发展。     

穿心莲治疗肺炎网络药理学分子机制研究

目的采用网络药理学方法研究穿心莲治疗肺炎的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对穿心莲的成分及靶点进行收集,通过比较毒物基因组学数据库(CTD)对肺炎的疾病靶点进行收集,并把收集到的药物靶点与疾病靶点进行匹配;使用Cytoscape建立"药物成分-靶点"网络图和靶点蛋白网络图;基于ClueGO对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;最后,把候选靶点标注于最相关的通路上进行分析。结果通过TCMSP及CTD得到穿心莲治疗肺炎的24种药物成分及71个候选靶点,其中核心靶点45个;GO功能富集分析结果:分子功能(MF)54个、生物学过程(BP)295个及细胞组分(CC)5个,KEGG通路富集分析与筛选后共获得相关通路36条。结论初步分析与预测穿心莲"多成分-多靶点-多通路"治疗肺炎的分子作用机制,为进一步开展其药物成分开发及机制研究提供科学依据。     

基于网络药理学熟地黄治疗帕金森病的作用机制研究

目的基于网络药理学探讨熟地黄治疗帕金森病的作用机制。方法在中药系统药理学数据库与分析平台筛选熟地黄的有效成分,通过UniProt数据库筛选中药作用靶点。在GeneCards数据库和OMIM数据库中检索帕金森病的疾病靶点。将帕金森病相关靶点和熟地黄作用靶点取交集,得到中药-疾病靶点,并绘制韦恩图。构建中药-成分-疾病-靶点调控网络,并建立中药-疾病靶点蛋白相互作用网络、筛选核心基因。对核心靶点进行生物功能和通路分析。结果共获得有效活性成分2个(β-谷甾醇和豆甾醇)和中药靶点26个。获得帕金森病相关靶点7 058个,取交集后得到19个中药-疾病靶点。中药-有效成分-疾病-靶点调控网络显示熟地黄主要通过豆甾醇作用于19个帕金森病的疾病靶点。熟地黄治疗帕金森病的核心基因可能为MAOA、ADRA1B、ADRA1A、MAOB、SLC6A2等。核心靶点涉及65条生物过程,主要包括G蛋白偶联胺受体活性、肾上腺素能受体活性、儿茶酚胺结合、G蛋白偶联神经递质受体活性、神经递质受体活性、乙酰胆碱受体活性、G蛋白偶联、5-羟色胺受体活性等。核心靶点共涉及27条通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用通路、钙信...     

基于网络药理学探讨芎归六君子汤治疗慢性阻塞性肺疾病作用机制

目的 探讨芎归六君子汤治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的作用机制。方法 在TCMSP平台检索芎归六君子汤化学成分及靶标蛋白,以“chronic obstructive pulmonary disease”为关键词,在数据库GeneCards中检索COPD疾病靶点,并取芎归六君子汤靶标蛋白与COPD疾病靶点的交集靶点;再利用交集靶点在String上构建PPI网络,用Cytoscape 3.8.0构建中药-有效成分-靶点网络并筛选核心成分,利用Cytohubba筛选出PPI网络中的核心靶点并进行生物信息学富集分析,使用Autodock Vina对潜在药效物质与关键靶点进行分子对接。结果 在TCMSP平台筛选得到芎归六君子汤有效成分154个,与之对应的靶标蛋白284个;GeneCards数据库搜索得到3 854个COPD疾病靶点,与靶标蛋白交集得到163个潜在治疗靶点;对“中药-有效成分-靶点”网络分析得到10个核心有效成分;经Cytohubba筛选得到核心靶点14个,对核心靶点通过KEGG富集分析得到126条通路,GO富集分析得到635条通路。结论 芎归六君子汤可能通过抑制炎性反应等途径起...     

基于网络药理学探讨"白术-白芍"药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:基于网络药理学,构建"药物-成分-基因-疾病"网络图,探讨中药药对"白术-白芍"治疗溃疡性结肠炎(UC)的关键靶点及作用机制.方法:通过中药系统药理学技术平台,自定义筛选条件:OB≥30％,DL≥0.18,筛选出"白术-白芍"的有效成分及潜在靶点;在Genecards及OMIM数据库中搜集UC的疾病靶点,并制作venny图寻找共同靶点,结合Cytoscape软件构建层次分明的网络图,借助STRING数据库绘制蛋白相互作用(PPI)网络,并对关键靶点进行进行GO及KEGG富集分析.结果:分析共筛选出"白芍-白术"药对主要成分有9种,与溃疡性结肠炎相关的靶点44个,GO富集分析得到74个生物学过程,KEGG富集分析得到121条通路,即药对的主要成分可以直接或通过121条信号通路间接作用于UC的相关受体靶点,从而产生治疗作用.结论:"白术-白芍"药对对难治病UC具有潜在的治疗作用,且该作用具有是靶点多样、通路复杂、层次分明的特点.本次研究实现了中药药物有效成分与疾病基因的有效对接,为中医药在UC治疗作用中提供依据,提高了依据的可信度与科学性.     

基于网络药理学的秦艽-威灵仙药对治疗类风湿关节炎作用机制研究

目的基于网络药理学分析秦艽-威灵仙药对治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法通过TTD和DrugBank数据库检索与RA相关的疾病靶点;基于中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索秦艽-威灵仙药对的成分,并以生物口服利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准筛选活性成分;运用Swiss Target Prediction数据库检索各活性成分的作用靶点,通过映射筛得治疗RA的重要靶点并构建秦艽-威灵仙药对的"活性成分-重要靶点"网络以筛选重要成分和核心靶点;将核心靶点通过STRING数据库建立蛋白互作网络图;利用DAVID平台进行KEGG信号通路及GO生物过程富集以整理重要通路和重要生物过程。结果通过筛选共挖掘出秦艽-威灵仙药对活性成分13个、重要靶点30个、核心靶点12个、生物过程3条及重要信号通路8条。结论初步揭示了秦艽-威灵仙药对治疗RA的药效物质基础,为秦艽-威灵仙药对治疗RA的临床应用及实验研究提供了参考依据。     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗肝癌癌痛的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨芍药甘草汤治疗肝癌癌痛的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选芍药甘草汤的主要活性成分及其对应的作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank数据库检索肝癌、癌痛的相关靶点。使用Venny 2.1.0获取药物活性成分靶点与肝癌、癌痛靶点的交集靶点,通过Cytoscape 3.7.1软件构建药物活性成分-肝癌-癌痛靶点网络并行网络拓扑分析。使用STRING平台对交集靶点进行蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络分析,使用Cytoscape 3.7.1软件筛选关键靶点。利用Metascape平台针对交集靶点进行基因本体论功能富集分析及京都基因和基因组百科全书功能富集分析。结果 共筛选出芍药甘草汤活性成分93种及其对应靶点231个,获得肝癌相关靶点1 498个、癌痛相关靶点1 873个。取交集后获得交集靶点125个,芍药甘草汤作用于肝癌癌痛靶基因的映射率为5.1%。芍药甘草汤中治疗肝癌癌痛的主要活性成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素等;关键靶点有原癌基因JUN、肿瘤坏死因子、信号转导子和转录激活剂3、白细胞介素(IL)-1β、IL-6、IL-...     

基于网络药理学探讨青黄散治疗急性早幼粒细胞白血病的作用机制

目的:通过网络药理学的方法探讨青黄散治疗急性早幼粒细胞白血病(APL)的作用机制。方法:通过中药系统药理学(TCMSP)数据库筛选青黄散有效成分,利用Swiss Target Prediction数据库预测有效成分靶点,在Gene cards等数据库中检索APL相关靶点,构建"药物-成分-疾病-靶点"网络图,构建关键靶点的蛋白-蛋白互相作用(PPI)网络图,并进行基因本体(GO)生物过程和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出10个有效成分,青黄散-APL共同靶点169个,如TP53、GAPDH、MYC、CASP3、MAPK1、EGFR等,GO条目77个,KEGG通路56条,包括癌症、PI3K-Akt、ErbB等信号通路。结论:青黄散主要通过调控细胞凋亡、细胞增殖、DNA转录等生物学过程治疗APL,为青黄散治疗APL提供参考依据。     

基于网络药理学和分子对接分析黄芩治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接探索黄芩治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选黄芩的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库筛选出RA的靶点,利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点,并使用Cytoscap...     

基于网络药理学的人参白虎汤治疗糖尿病药效机制研究

目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。