非酒精性脂肪性肝病患者血浆外泌体差异蛋白分析*

目的 筛选非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者血浆外泌体差异蛋白,分析其功能及其生物学过程,为NAFLD患者临床诊断提供参考依据。方法 2020年7月～10月我院诊治的NAFLD患者3例和健康体检者3例,采用串联质谱标签(TMT)标记定量蛋白质组学技术对血浆外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白并进行功能富集分析,了解其参与的生物学过程。结果 经外泌体蛋白质组学分析,共鉴定出蛋白质387种,以倍数上调＞1.2倍或下调＞1.2倍,且P＜0.05为标准筛选出差异表达蛋白34种;健康人比,NAFLD患者上调蛋白25种,下调蛋白9种;生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了脂质的储存和代谢、免疫反应、纤维素形成等生物学过程,并与胰岛素抵抗、炎症反应、细胞损伤等信号通路密切相关。结论 采用TMT标记定量蛋白质组学技术筛选NAFLD患者差异蛋白可能为其诊治提供指引。     

慢加急性肝衰竭不同预后患者血浆外泌体差异蛋白的生物信息学分析

目的筛选不同预后慢加急性肝衰竭(ACLF)患者血浆外泌体中的差异蛋白,分析其功能及生物学过程,为患者临床诊断提供参考依据。方法前瞻性选取2019年7月—10月于首都医科大学附属北京佑安医院住院确诊的ACLF患者10例,随访90 d,患者死亡或肝移植归入肝移植/死亡组(n=5),患者存活归入生存组(n=5),两组一般资料指标比较采用Mann-Whitney U秩和检验。采用非标记(Label-free)定量蛋白质组学技术对血浆外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白并进行功能富集分析,使用R-3.5.1软件对差异蛋白进行层次聚类分析,分析其参与的生物学过程。结果外泌体蛋白质组学分析共鉴定出860种蛋白,以倍数上调>1.2倍或下调>1.2倍且P<0.05的标准筛选出差异表达蛋白116种,与肝移植/死亡组相比,生存组上调蛋白62种、下调蛋白54种。生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了免疫反应、信号转导、囊泡介导的转运、细胞死亡和增殖等生物学过程,并与炎症反应、糖类和氨基酸代谢、肝细胞损伤及再生等信号通路密切相关。结论非标记定量蛋白质组学技术筛选出的差异蛋白可能作为ACLF早期诊断及预后判断的血清学标志物。     

酒精性肝病患者脂代谢相关差异蛋白的定量分析

目的应用串联质谱标记(TMT)技术筛选和鉴定酒精性肝病(ALD)患者肝脏组织中的差异蛋白, 对脂代谢相关蛋白和通路进行分析, 探索其功能及生物学过程。方法收集符合纳入标准的肝脏组织, 筛选出酒精性肝硬化患者样本8例, 正常对照组样本3例。采用TMT技术筛选差异蛋白并进行富集信号通路分析和蛋白质网络互作分析, 探索其参与的生物学过程。结果蛋白质组学分析鉴定出2组资料中有2 741种差异蛋白具有统计学意义(P < 0.05), 以P<0.05且|log2(foldchange)| >1的标准筛选出差异表达蛋白106种, 与对照组相比, ALD组上调蛋白12种, 下调蛋白94种。其中, 与脂代谢相关的上调差异蛋白有2种, 下调差异蛋白有14种。生物信息学分析结果显示这些蛋白在脂代谢中主要参与了脂质转运, 脂肪酶活性的调节, 脂肪酸结合以及胆固醇代谢等生物学过程, 并与过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胆固醇代谢、甘油三酯代谢及脂肪细胞内脂解的调节等脂代谢相关信号通路密切相关。结论 16种脂代谢相关差异蛋白可能是ALD发病机制中的关键蛋白。     

慢性乙型肝炎与HBV相关慢加急性肝衰竭患者血浆外泌体差异miRNA的生物信息学分析

目的 探讨慢性乙型肝炎(CHB)患者与HBV相关慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)患者血浆外泌体microRNA(miRNA)表达谱差异，分析其功能及生物学过程，以期获得可用于HBV-ACLF临床诊断的参考依据。方法 选取2021年10月—2022年6月青岛市市立医院感染科住院的6例CHB患者及青岛市第六人民医院血液净化中心接受治疗的6例HBV-ACLF患者。运用Illumina高通量测序技术对这些患者的血浆外泌体miRNA进行检测，筛选差异miRNA并进行功能富集分析，分析其参与的生物学过程。检测得到的外泌体差异miRNA以倍数上调>2倍或下调>2倍且P<0.05为标准筛选。计量资料两组间比较采用Mann-Whitney U秩和检验。计数资料两组间比较采用χ²检验。结果 筛选差异miRNA共249种，与CHB组相比，HBV-ACLF组上调miRNA 126种，下调miRNA 123种。生物信息学分析结果显示，这些差异表达miRNA主要参与了性腺发育、调控蛋白质稳定性、细胞对外界刺激反应等生物学过程，并与乙型肝炎、蛋白多糖在癌症中的作用、调节干细...     

类风湿关节炎合并干眼病患者血清中差异蛋白的分析

目的筛选类风湿关节炎(RA)合并干眼病(DED)患者血清中差异蛋白,分析其功能及生物学过程。方法选取RA患者20例纳入对照组,同时选取RA(病程1～20年,平均10年)合并DED患者20例纳入观察组,用非标记(Label-free)定量蛋白质组学技术对两组血清中蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白;通过生物信息学分析差异蛋白功能及参与RA合并DED发病的生物学过程。结果共鉴定到345种蛋白,筛选出13种差异表达蛋白,其中上调蛋白9种、下调蛋白4种。13种差异蛋白在细胞代谢、生物调节、生物学过程中发挥重要作用,并具有分子结合功能,在RA合并DED发病过程中参与氧化应激、免疫和炎症反应、脂类代谢等过程。结论用Label-free定量蛋白质组学技术筛选出的相关血清差异蛋白,可作为诊断为RA合并DED早期血清学标志物。     

急性心肌梗死患者血浆外泌体mRNA表达谱分析

目的 比较分析急性心肌梗死(AMI)患者和非心源性胸痛(NCCP)患者血浆外泌体中mRNA的表达差异,并探讨差异表达mRNA对AMI发生发展可能的影响。方法 入选北京朝阳医院和内蒙古包头市中心医院NCCP患者和AMI患者各15例。提取入选者血浆外泌体及外泌体总RNA,高通量测序技术检测AMI患者和NCCP患者血浆中外泌体信使RNA(mRNA)的表达谱,筛选出AMI患者中差异表达的mRNA。对差异表达mRNA进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果 提取的外泌体为粒径在30~200 nm之间的双层膜小囊泡,表达外泌体标志分子分化簇63(CD63)和热休克蛋白70(HSP70),而不表达甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH),符合外泌体的特征。对入选AMI患者和NCCP患者血浆外泌体中的mRNA表达量进行检测,AMI患者血浆中外泌体转录本数量为64 258条,NCCP患者血浆中外泌体转录本数量为64 374条。其中差异表达的mRNA共1 800条(上调951条,下调849条)。GO和KEGG分析表明上述差异表达的mRNA参与了AMI的生物学调节功能和通路。结论 AMI患者血浆外泌体中mRNA的表达水平与NCCP组比较存在明显的差异,这些差异表达的外泌体mRNA可能在AMI的发生发展过程中发挥重要的作用。     

iTRAQ联合LC-MS/MS技术在肺腺癌血浆生物标志物筛选中的应用

目的应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)联合液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)技术检测正常者及肺腺癌患者血浆中的差异蛋白,从而筛选出潜在的肺腺癌血浆生物标志物,并探讨其临床意义。方法收集10例健康体检者血浆(正常组),10例肺腺癌患者血浆(腺癌组),应用iTRAQ标记联合LC-MS/MS技术对两组血浆进行差异蛋白组学分析。结果质谱共鉴定到蛋白369种,其中差异表达的蛋白有35种;腺癌组较正常组上调的蛋白有21种、下调的蛋白有14种,其中SCGB3A2、SFTPB蛋白表达显著上调。结论筛选出多种与肺腺癌相关的差异蛋白,其中SCGB3A2、SFTPB有望成为潜在的肺腺癌血浆生物标志物,提示iTRAQ联合LC-MS/MS技术可用于肺腺癌血浆肿瘤标志物的筛选。     

心力衰竭患者血浆外泌体microRNA检测及其功能分析

目的明确心力衰竭(心衰)患者血浆外泌体microRNA(miRNA)表达谱的差别,寻找其在心衰早期诊断和预后评估中的价值。方法应用外泌体提取试剂盒抽提10例心衰患者及10例非心衰对照者外周血浆外泌体,对血浆外泌体miRNA进行高通量测序,初步筛选差异表达miRNA,并通过实时荧光定量PCR方法验证,分析差异表达miRNA的功能及其与NT-proBNP的相关性。结果 miRNA高通量测序共筛选出24条显著差异表达的血浆外泌体miRNA。其中14条miRNA表达显著上调,10条miRNA表达明显下调。定量PCR验证和高通量测序筛选结果一致。差异表达miRNA的功能涉及炎性反应、细胞凋亡、增值、自噬等。相关性分析提示miR-122-5p与NT-proBNP具有相关性(r=0.537,P=0.015)。结论血浆外泌体来源miRNA可能成为潜在的辅助诊断心力衰竭和评估预后的一类新型生物标志物。     

再灌注治疗对急性心肌梗死患者血浆外泌体微小RNA差异表达的影响

目的 观察冠状动脉再灌注治疗对急性心肌梗死(AMI)患者血浆外泌体微小RNA(miRNA,miR)差异表达的影响。方法 选取2022年10月至11月于深圳市龙岗区第三人民医院确诊的3例老年男性AMI患者,进行冠状动脉再灌注治疗,留取患者入院时、术后2 h和术后24 h静脉血,应用miRNA测序技术筛选3例患者血浆外泌体中共同差异表达miRNA后,对其靶基因进行生信分析,利用定量聚合酶链反应验证其中差异表达的miR-499a-5p。结果 与入院时比较,术后2 h血浆外泌体miRNA有418个上调和406个下调,术后24 h血浆外泌体miRNA有320个上调和225个下调(P<0.05);与术后2 h比较,术后24 h血浆外泌体miRNA有344个上调和350个下调(P<0.05)。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes富集分析显示,差异表达的miRNA富集在磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B、缺氧诱导因子1和血管平滑肌收缩等通路。Gene Ontology富集分析显示,差异表达的miRNA靶基因分子功能方面主要富集于蛋白结合和DNA结合;...     

糖尿病肾病患者血浆动态蛋白质组学研究

目的探讨糖尿病肾病（DN）患者血浆差异蛋白表达情况,为寻找DN敏感血浆蛋白标志物提供依据。方法 4例确诊的DN患者（DN组）和4例健康人群（对照组）作为研究对象,应用荧光差异双向凝胶电泳分析两组血浆蛋白质组差异表达,以上调或下调1.5倍为截断值筛选出差异表达的蛋白质斑点进行质谱分析。结果成功构建DN患者血浆蛋白差异表达双向凝胶电泳图谱,并分析鉴定出6种差异表达蛋白;通过质谱分析和蛋白质数据库（UniProtKB/Swiss-Prot）比对鉴定出6种蛋白质,分别为补体C3、C4、凝溶胶蛋白前体、纤维蛋白原γ、载脂蛋白E和细胞骨架蛋白16。结论荧光差异双向凝胶电泳可鉴定筛选出DN患者与正常人群差异表达的血浆蛋白质,并为进一步筛选DN血浆蛋白标志物提供依据。     

基于同位素标记的相对和绝对定量的糖尿病并发肺结核患者血浆蛋白质组学研究

目的: 比较糖尿病(diabetes mellitus,DM)患者与糖尿病并发肺结核(diabetes mellitus complicated with pulmonary tuberculosis,DM-PTB)患者的血浆蛋白质谱差异,筛选DM-PTB潜在蛋白质生物标志物,为进一步探索DM-PTB的发病机制提供思路。方法: 采用回顾性研究的方法,选取于2017年1月至2018年1月在黑龙江省传染病防治院确诊的DM患者和DM-PTB患者各16例,采用基于同位素标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白质组学技术分析两组间血浆蛋白质谱,以DM-PTB组对DM组蛋白表达量变化倍数>1.2或<0.83且P<0.05为标准筛选差异蛋白,并对差异蛋白进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析等生物信息学分析。结果: 共筛选出275个差异表达蛋白,其中有111个在DM-PTB组上调,有164个在DM-PTB组下调。GO分析显示,差异表达蛋白富集数目最多的生物学过程为细胞过程(92.00%,253/275),定位于细胞器(87.27%,240/275),分子功能为结合(90.55%,249/275)。KEGG代谢通路分析显示,差异表达蛋白共富集到26条代谢通路(错误发现率<0.05),富集数目最多的通路为黏着斑通路(22个蛋白),此外PI3K-Akt信号通路、胆固醇代谢通路、血小板激活通路、吞噬体通路和补体及凝血通路等与糖脂代谢和免疫相关的通路也发生了变化。结论: 本研究通过iTRAQ蛋白质组学方法筛选出了DM-PTB患者的差异表达蛋白,发现这些差异表达蛋白参与了与细胞活动、糖脂代谢和免疫调节相关的信号通路,提示上述通路的变化可能与DM-PTB的发病密切相关。     

Proteomic analysis of plasma from rheumatoid arthritis patients with mild cognitive impairment

Rheumatoid arthritis (RA) patients may suffer from comorbid neuropsychiatric symptoms including mild cognitive impairment (MCI). Although comorbidity of MCI is common, there are currently no validated plasma biomarkers to aid MCI diagnosis. This study screened plasma from patients with RA with and without comorbid MCI to identify potential biomarkers useful in the differential diagnosis of comorbid MCI. Plasma samples were collected from patients with RA without comorbid MCI, with comorbid MCI, and from healthy controls. Plasma samples were examined by tandem mass tags (TMT) combined with two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (2D-LC-MSMS) to analyze protein expression. Differentially expressed proteins were identified by bioinformatics and validated by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). A total of 746 reliable proteins and 158 differentially expressed proteins were identified. Fourteen patients with RA-MCI showed differential protein expression (six proteins upregulated and eight proteins downregulated) compared with those patients without MCI and with healthy controls. Bioinformatics analysis showed that the differentially expressed proteins were primarily involved in biological processes, such as cell adhesion, coagulation, apoptosis, and body fluid regulation. The results of the ELISA experiments, similar to those of the proteomic analysis, demonstrated that sonic hedgehog (SHH) was upregulated and serum paraoxonase (TTR) was downregulated in patients with RA-MCI. These results indicate that SHH and TTR may be candidate plasma biomarkers that could be used to distinguish patients with RA and comorbid MCI from those without comorbid MCI.     

非小细胞肺癌差异基因的筛选及预后分析

目的利用生物信息学方法分析非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片,筛选差异基因,分析其与预后的关系。方法从GEO数据库下载芯片数据(GSE19804、GSE27262、GSE18842),利用GEO2R软件筛选差异基因,通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行差异基因的功能及通路富集分析,用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,Cytoscape筛选出核心基因。Kaplan-Meier plotter数据库进行预后分析,采用实时荧光定量PCR(QPCR)检测目的基因在NSCLC组织中的表达。结果共筛选出401个差异表达基因,GO分析结果表明差异基因主要参与血管生成、细胞粘附、调节细胞增殖等生物学过程。通过Cytoscape软件筛选出29个核心基因。预后分析显示ASPM低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长。QPCR显示ASPM在NSCLC组织中高表达,差异有统计学意义。结论ASPM在NSCLC组织中高表达,与患者的预后相关,可能是NSCLC潜在的治疗靶点。     

基于非标记定量技术的继发性肺结核患者血浆蛋白质组学研究

目的 研究继发性肺结核患者特异蛋白标志物的血浆蛋白质组学,寻找继发性肺结核特异性蛋白标志物。方法 应用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术检测30例继发性肺结核患者(结核组)和30名健康对照者(对照组)血浆蛋白质谱,结核组某蛋白丰度较对照组差异倍数>2(上调)或<0.5(下调)及两组某蛋白丰度经t检验P<0.05的蛋白被认为是差异蛋白。应用基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)等分析软件对差异蛋白进行生物信息学分析。两组间蛋白平均丰度的差异分析采用t检验,以P<0.05为差异有统计学意义。结果 结核组与对照组比较共发现518个差异表达蛋白,其中有256个差异蛋白表达上调,262个差异蛋白表达下调。生物信息学分析发现差异蛋白的分子功能主要集中在结合(29.79%,406/1363)和蛋白质结合(24.80%,338/1363);参与生物学过程主要为参与细胞过程(14.75%,467/3167)和代谢过程(11.11%,352/3167);差异蛋白的细胞定位分析发现,大部分蛋白定位在细胞内(22.07%,389/1763)及细胞(22.01%,388/1763)。KEGG分析发现背腹轴形成通路及黏着斑形成通路等17个上调通路与1个下调通路在结核组与对照组间具有差异性。结论 结核组患者的血浆蛋白发生了明显的改变,这为探索继发性肺结核发生发展的机制提供了有价值的线索。     

急性阻塞性睡眠呼吸暂停诱发房颤兔模型左心耳蛋白质组学分析

目的 通过蛋白质组学方法筛选急性阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)诱发房颤兔模型组与对照组左心耳组织差异表达蛋白,探讨急性OSA诱发房颤发生的分子生物学机制.方法 12只成年新西兰大白兔随机分成对照组(n=6)和OSA诱发房颤组(n=6),应用TMT相对定量技术筛选差异表达蛋白并行生物信息学分析.结果 以表达倍数变化1.2倍...     

肺结核患者外周血单个核细胞蛋白质差异的表达

目的 应用比较蛋白质组学方法筛选出肺结核患者发病免疫相关蛋白质,为阐明结核病的发病的免疫机制和诊断治疗提供理论依据.方法 收集10例肺结核患者和10名健康志愿者外周血单个核细胞(PBMC),采用双向凝胶电泳分离细胞总蛋白,运用Image Master 2D Elite 5.0图像分析软件识别差异表达的蛋白质点,应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱获取肽质量指纹图谱,检索数据库鉴定差异表达的蛋白质点,并对差异表达的蛋白质用Western blot进行验证.两组间比较采用秩和检验.结果 建立了重复性良好的肺结核患者和健康志愿者PBMC的双向凝胶电泳图谱,找出14个表达量有明显差异的蛋白质点并鉴定出共12种蛋白质,其中冠蛋白1A等10种蛋白在肺结核组中表达上调,普列克底物蛋白(PLEK)和Ras基因抑制蛋白1(RSU1)在肺结核组中表达下调;Western blot法验证PLEK在肺结核组表达下调,与双向凝胶电泳结果一致.结论 对肺结核患者PBMC的比较蛋白质组学研究鉴定出冠蛋白1A、PLEK等12种差异蛋白质,其中PLEK和冠蛋白1A可能通过对单核巨噬细胞吞噬作用的调节在肺结核发病中起着重要作用.     

溃疡性结肠炎血清差异蛋白的筛选研究

目的 应用蛋白质组学寻找溃疡性结肠炎(UC)血清差异蛋白,初步探索UC可能的生物标志物.方法 收集UC患者30例和健康对照者30名的血清标本,双向凝胶电泳(2-DE)分离等量混合血清的蛋白质,运用图像分析软件进行比较和分析,识别差异表达蛋白质.应用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定部分差异蛋白质点.结果 UC组和对照组之间年龄、体重指数、吸烟情况和饮酒量的差异均无统计学意义(P值均＞0.05).初步筛选出UC患者与健康对照者存在明显差异的39个蛋白点,选择其中9个点,经质谱分析发现触珠蛋白、热休克转录因子2、受体酪氨酸激酶、醛脱氢酶、载脂蛋白C-Ⅲ、中心粒旁物质1在UC患者中表达水平升高,角蛋白1、细丝蛋白A结合蛋白1、肌球蛋白3在UC患者中表达水平降低.结论 采用蛋白质组学2-DE和质谱技术,筛选并鉴定出与UC相关的9个血清蛋白质,为提供新的UC生物学行为研究分子标志物奠定基础.     

心力衰竭患者血浆中环状RNA表达谱差异分析

目的探讨心力衰竭患者血浆中环状RNA(circRNA)表达谱的变化。方法应用高通量芯片技术分析3例心力衰竭患者和3例对照血浆中circRNA的表达谱,筛选出差异性表达的circRNA,并进行聚类分析和生物信息学预测。结果芯片检测结果显示血浆circRNA表达谱在心力衰竭患者和疾病对照之间存在差异。其中在心力衰竭患者血浆中高表达的有109种,低表达的有178种(变化>1.2倍且P<0.05)。应用TargetScan和miRanda软件预测每种差异circRNA结合匹配值较高的5个微小RNA(miRNA),其中包括miR-194、miR-204、miR-211,均为在心力衰竭发生发展中起着重要调控作用的miRNA。结论心力衰竭患者与疾病对照比较,血浆circRNA表达谱发生明显变化,这些差异表达的circRNA可能与心力衰竭的发生发展相关。