基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学的中药治疗慢性阻塞性肺疾病作用机制研究进展＊

慢性阻塞性肺疾病（Chronic Obstructive Pulmonary Disease， COPD）是一种高发病率、高致死率的慢性进行性疾病，对患者的肺功能、生活质量和经济负担产生严重的影响。中医药治疗COPD具有较好的疗效和优势，但作用机制尚未明确，网络药理学作为系统生物学的重要组成部分，通过构建“成分-靶点-通路-疾病”互作网络，从生物网络系统的角度阐释生命体对疾病刺激和药物治疗的反应，其整体性、系统性的理念与中医药“整体观念”、“辨证论治”的特点相一致，与中药“多成分、多靶点、多通路”的协同特征相契合。近年来，网络药理学技术越来越多地被应用于中药治疗COPD药效物质基础与作用机制等方面的研究，揭示了中药在改善炎症反应、氧化应激、蛋白酶/抗蛋白酶失衡、细胞凋亡等方面具有重要意义。但目前的研究仍处于起步阶段，在研究的可靠性、规范性及可验证性等方面存在一些不足。因此，对近年来网络药理学在中药治疗COPD作用机制的研究及其存在的问题进行综述，以期为作用机制的进一步研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-赤芍治疗COPD的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究黄芪-赤芍配伍对治疗慢性阻塞性肺疾病（chronic obstructive pulmonary disease，COPD）的作用机制。方法 利用TCMSP，Pharmmaper数据库，筛选黄芪-赤芍治疗COPD的活性成分和潜在靶点；结合Genecards数据库挖掘的COPD相关靶点，对黄芪-赤芍药对与COPD靶点进行PPI网络构建，交互处理得到黄芪-赤芍药对治疗COPD的关键靶点，并进行GO分析和KEGG通路富集分析；并采用分子对接技术将主要活性成分与TNF-α（肿瘤坏死因子），IL-6（白细胞介素6）等进行分子对接；最后利用A549炎症细胞与人脐静脉内皮细胞缺氧损伤模型进行体外细胞实验对结果加以验证。结果 黄芪-赤芍药对中44个有效成分作用于COPD，核心成分为：槲皮素、山奈酚、丁子香萜、芍药苷、（2R，3R）-4-methoxyl-distylin、二氢异黄酮；黄芪-赤芍药对通过IL6、PTGS2、TNF等113个靶蛋白，调控Ras、PI3KAkt、IL-17等多条信号通路治疗COPD，且分子对接结果显示槲皮素、山奈酚、丁子香萜、芍药苷与IL-6、PTGS2、TNF大分子蛋白有良好的结合性，体外细胞试验证实，槲皮素与山奈酚均能减少IL-8，MMP-9炎症因子的分泌，具有不同程度的抗炎效果；芍药苷有明显的扩血管、抗血栓之效。结论 黄芪-赤芍药对治疗COPD具有多成分、多靶点、多通路、整体调节的作用特点。初步揭示了黄芪-赤芍药对通过抑制炎症反应、调节上皮细胞生长增强保护屏障等预测出黄芪-赤芍药对治疗COPD的潜在作用机制，以期为其活性成分的药效物质基础提供理论研究和思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨补元汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机理

目的：应用网络药理学和分子对接技术探讨补元汤治疗慢性阻塞性肺疾病（Chronic Obstructive Pulmonary Disease,COPD）的作用靶点及分子机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和HERB数据库收集补元汤的化学成分及可能的相关靶点,从GeneCards、TTD、DrugBank及DisGeNET数据库中获得COPD相关靶点,两者取交集获得补元汤治疗COPD的共同靶点;利用Cytoscape 3.8.2建立药物-化学成分-共同靶点-疾病网络图;STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络及提取关键靶点;Metascape数据库通过对关键靶点基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,建立补元汤治疗COPD靶点-信号通路网络;最后通过AutoDockTools 1.5.6软件实现对化学成分和关键靶点分子对接。结果：从补元汤中共获得116个化学成分,预测靶点2 108个,其中与COPD有关靶点为872个,两者共同靶点有122个。槲皮素、豆甾醇、山柰酚等是补元汤主要化学成分,白细胞介素（Inter...     

基于网络药理学-分子对接探讨黄芪生脉散对糖尿病的作用机制＊

目的 本研究利用网络药理学、分子对接技术，探索黄芪生脉散治疗糖尿病的潜在作用机制，并结合体外细胞实验对相关信号通路进行初步验证。方法 查阅多个数据库和结合文献筛选黄芪生脉散的有效成分和对应靶点及糖尿病相关靶点，通过DAVID数据库进行疾病预测以及治疗机制预测，将黄芪生脉散有效成分与成分靶点构建黄芪生脉散的成分-靶点网络。此外，选取成分-靶点网络中度值较大的15个关键靶点和FDR值排名前10的疾病构建黄芪生脉散治疗疾病-靶点网络。再进一步使用AutoDock vina软件对黄芪生脉散的有效成分和糖尿病关键靶点进行分子对接。最后利用HepG2细胞胰岛素抵抗（IR）模型对黄芪生脉散提取物的石油醚部位、乙酸乙酯部位、正丁醇部位进行降血糖活性验证，并通过Western-blotting实验探究其石油醚部位对PI3K-Akt信号通路的影响。结果 共挖掘到黄芪生脉散54个有效成分，411个潜在成分靶点及279个糖尿病相关靶点。此外，预测到黄芪生脉散治疗疾病182种，其中2型糖尿病（T2DM）与靶点关联性最强（degree值=12），由此推测黄芪生脉散可能在治疗糖尿病方面具有显著作用。另外，PPI网络中degree > 20的靶点有AKT1、PIK3CA、PIK3R1和VEGFA等，推测这些靶点可能为黄芪生脉散治疗糖尿病的关键靶点。同时，分子对接结果显示黄芪生脉散8个有效成分（degree值≥15）与糖尿病关键靶点有较强的结合能力，并且KEGG富集分析发现与糖尿病相关的主要调控通路为PI3K-Akt信号通路。体外细胞实验发现，黄芪生脉散提取物可浓度依赖性的增加HepG2细胞胰岛素抵抗模型对葡萄糖的摄取，比阳性药盐酸二甲双胍的药效更强。Western-blotting实验结果表明，黄芪生脉散石油醚部位可显著改善HepG2细胞IR模型Akt、GSK3β蛋白表达水平的异常升高以及p-Akt和p-GSK3β的异常降低（与IR组相比P<0.05）。结论 黄芪生脉散的活性成分可能通过作用于INSR、AKT1、PIK3CA等多个糖尿病相关靶点，调节PI3K-Akt信号通路，降低胰岛素抵抗从而发挥对糖尿病的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接研究苦参治疗慢性乙型肝炎的作用机制＊

目的 本研究通过网络药理学及分子对接方法研究苦参治疗慢性乙型肝炎的物质基础与分子机制。方法 依据中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选苦参有效化学成分及靶点基因。检索GeneCards数据库及OMIM数据库获取慢性乙型肝炎（CHB）相关靶点基因。采用Cytoscape3.7.2构建苦参治疗CHB的“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析,利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络,通过R 3.6.2进行基因富集分析。依据AutoDock vina将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得苦参治疗CHB的相关活性成分23个,潜在作用靶点97个。网络分析结果提示苦参可能通过作用于IL-6、ESR1、AR、RELA、PPARG和CASP3 6个核心靶点及相关通路以达到治疗CHB的目的。分子对接预测结果提示关键活性成分与核心靶点稳定结合。结论 本研究初步揭示了苦参治疗慢性乙型肝炎多成分、多靶点、多通路的作用机制,为苦参的临床开发提供基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨人参-半夏-白术治疗癫痫病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接研究人参-半夏-白术治疗癫痫病的作用机制。方法：通过中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）查询人参、半夏、白术的有效成分和靶点。将TCMSP数据库获取的成分2D结构,导入PharmMapper数据库获得所有药物的成分靶点。通过PharmGKB、GeneCard、DrugBank、Therapeutic Target Database四个数据库预测疾病靶点。使用Venny 2.1韦恩图获得药物-疾病交集靶点。使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图。使用R语言和Cytoscape软件中的CytoNCA APP获取核心靶点。通过R语言结合R Studio软件进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析。使用Cytoscape软件建立“药物-成分-靶点-通路”的网络关系图。使用Autodock Vina 1.1.2将人参、半夏、白术的核心成分与核心靶点进行分子对接。结果：获得药物核心成分12个,主要为豆甾醇、β-谷甾醇、花生四烯酸酯等。核心靶点24个,主要为白细胞介素（Interleukin,IL）-1β、缺氧诱导因子（...     

整合转录组学与网络药理学探讨黄芪-白术药对治疗慢性阻塞性肺疾病的机制

目的探讨黄芪-白术药对治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的潜在关键机制。方法利用化合物-基因相互作用关系、类药性与口服生物利用度,对来源于TCMID数据库的黄芪-白术药对成分进行筛选,获得治疗COPD的潜在成分,并通过追溯植物来源确定特征成分。潜在成分的靶标来源于COPD转录组中的差异表达基因与候选靶标(已知靶标和预测靶标)的交集。网络拓扑分析确定靶标的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络中的核心靶标。对核心靶点进行功能富集分析以确定靶标的关键机制。通过分子对接验证核心机制。结果筛选出8个改善COPD的潜在中药成分,靶向4个核心靶标(CCL2、IL-1β、NQO1、CYP1B1)。功能富集分析显示核心靶标功能表现在炎症反应、氧化应激反应、血管新生3个方面。分子对接结果显示特征成分(黄芪甲苷、白术内酯Ⅰ)与IL-1β抑制剂穿心莲内酯结合IL-1β的模式相似。结论黄芪-白术药对围绕IL-1β发挥改善炎症反应、氧化应激反应、血管新生的作用,是治疗COPD的潜在关键机制。     

基于网络药理学及Akt1/mTOR自噬通路探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿的作用机制＊

目的 通过网络药理分析及相关的动物实验探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿（Diabetic nephropathy proteinuria，DNP）的作用机制。方法 利用TCMSP数据平台筛选出黄芪中的有效成分和相关靶标，使用GeneCards、OMIM网站数据库在线搜索出DNP的疾病相关靶标，取疾病和药物相同靶标交集，再利用Cytoscape 3.8.2构建药物-效应成分-疾病-靶标相互作用网络，进行拓扑学分析；从Uniprot数据库中获取靶点蛋白的基因名称，利用STRING在线数据库进行靶点蛋白与蛋白互作（Protein-protein interaction，PPI）网络分析；再进行GO功能分析和KEGG通路功能富集分析，推断黄芪减少DNP的机制是否和Akt1/mTOR自噬通路相关，再利用黄芪干预糖尿病肾病动物模型探讨其作用机制是否和预测的一致。结果 黄芪中20种核心化合物有作用靶点174个，DNP相关靶标有1862个，交集靶标有98个，关键效应分子有10个。PPI图显示黄芪发挥效应的目标蛋白主要是AKT1、VEGFA、IL6、CASP3、MAPK1、JUN等。GO分析黄芪药效主要与细胞因子受体结合及其活性、核受体活性、转录因子活性等有关，KEGG分析表明黄芪药效基础主要作用与糖尿病并发症中AGE-RAGE、MAPK、PI3K-Akt等信号通路有关。动物实验显示黄芪能明显改善糖尿病肾病的大鼠的肾功能，尤其改善蛋白尿指标，通过上调足细胞Nephrin蛋白保护了肾小球滤过屏障，减少了蛋白尿的产生（P < 0.05），同时下调了Akt1、总mTOR及其mRNA表达（P < 0.05），从而增强了肾足细胞的自噬活性，也起到减少DNP的作用。结论 网络药理分析显示黄芪可能通过多靶点效应发挥减少DNP作用，潜在的分子机制和Akt1/mTOR自噬通路有关，再经过实验研究说明Akt1/mTOR自噬通路是黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿作用机制之一。     

基于网络药理学与分子对接研究黄芪-附子治疗慢性心力衰竭的机制

目的：采用网络药理学及分子对接研究“黄芪-附子”药对治疗慢性心力衰竭的作用靶点及其相关信号通路,并进一步分析其治疗慢性心力衰竭的潜在机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、Uniprot数据库等获取黄芪-附子药对的活性成分和作用靶点,并在人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）下载慢性心力衰竭的疾病靶点,筛选出二者的共同靶点,利用String数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息,并于Cytoscape 3.8.0构建可视化网络,计算各靶点的Degree值,取其前5位进行分子对接反向验证,进而利用David数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,最后将所有信息输入Cytoscape 3.8.0构建“黄芪附子-活性成分-靶点-通路-疾病”网络。结果：本研究共获得黄芪-附子活性成分41个,慢性心力衰竭靶点13 051个,Degree前5位为AKT1,MAPK1,JUN,TP53,TNF,基于以上信息,构建了PPI网络,该网络主要与转录调控、信号转导、凋亡调控、细胞增殖等生物学过程相关,其KEGG分析主要聚集在HIF-1信号通路,MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路等心力衰竭相关信号通路。结论：黄芪-附子药对可通过AKT1、MAPK1、JUN等多个靶点,通过HIF-1、MAPK等多信号通路对治疗慢性心力衰竭起到积极作用。     

基于网络药理学和分子对接探究黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，并结合分子对接技术探讨黄连、厚朴配伍治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、OMIM及DisGeNET数据库，筛选黄连、厚朴的主要活性成分、作用靶点及溃疡性结肠炎的作用靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件，构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图，借助String数据库平台构建靶点蛋白互作网络。通过DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集以及KEGG信号通路富集分析，并通过Discovery Studio软件对药物活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证，进一步采用TNBS诱导UC大鼠模型观察血清以及结肠组织中细胞因子的表达，对网络药理学预测结果进行实验验证。结果 黄连共筛选潜在活性成分的作用靶点179个，厚朴共筛选潜在活性成分的作用靶点53个，疾病作用靶点有851个，获得共同基因71个，黄连配伍厚朴及疾病共同的作用靶点8个，分别为NOS2、SLC6A4、CHEK1、PPARG、PTGS1、PTGS2、ESR1、HSP90AA1。GO和KEGG富集分析综合结果显示黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、缺氧诱导因子1（HIF-1）等信号通路有关。分子对接结果表明，小檗碱、厚朴酚和和厚朴酚与溃疡性结肠炎的NOS2、PTGS2、HSP90AA1等靶点对接吻合度较好。实验验证结果显示，与模型组相比，黄连厚朴配伍组血清TNF-α含量显著下降（P < 0.01）、TGF-β含量显著升高（P < 0.01），同时，其结肠组织中COX2蛋白表达阳性细胞数量明显下降。结论 本研究初步揭示了黄连配伍厚朴多成分、多靶点、多途径治疗溃疡性结肠炎的潜在机制，为进一步机制研究指明了方面，为溃疡性结肠炎临床干预提供了新的可能。     

基于网络药理学与分子对接探讨“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点,使用Uniport数据库进行基因ID的注释,在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化,在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再利用Metascape基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock4.2.6软件对关键靶点蛋白及有效成分进行分子对接验证。结果：通过筛选,得到黄芪-当归有效成分22个,与AMD相关的关键有效成分14个,黄芪-当归与AMD的共同基因靶点52个;PPI中核心基因依次为CASP3、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1等;GO功能富集得到1 064个条目,生物学过程主要涉及细胞凋亡、对类固醇激素的反应、活性氧代谢、对脂多糖的反应等;KEGG富集分析后得到119条信号通路,与癌症的通路、流体剪切力与动脉粥样硬...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制

目的：借助网络药理学和分子对接技术探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的活性化合物并预测其作用靶点,借助Cytoscape 3.7.2软件构建黄芪活性成分-靶点网络图;以“slow transit contipation”为关键词在OMIM及GeneCards数据库检索慢传输型便秘相关靶点,并与黄芪化合物作用靶点取交集,将共同靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PPI导入Cytoscape 3.7.2进行拓扑分析;利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测其作用机制;通过Swiss Dock在线分子对接工具对关键靶点进行分子对接。结果：黄芪筛选得到20个活性成分,对应作用靶点189个,与慢传输型便秘的共同靶点143个,交集String数据库和Cytoscape 3.7.2拓扑分析度值靠前的靶标为血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)。GO功能富集分析得到生...     

黄芪白术配伍前后黄芪化学成分分析研究

目的:基于HPLC分析黄芪白术配伍前后黄芪化学成分分析研究,阐释中药合理配伍的科学内涵。方法:采用高效液相(HPLC)指纹图谱分析进行线性关系分析以及加样回收率试验考察HPLC的严谨性。HPLC指纹图谱:取黄芪甲苷对照品溶液、缺黄芪阴性对照溶液、黄芪供试品溶液和黄芪白术配伍供试品溶液进行HPLC指纹图谱分析,同时取3个产地黄芪白术分析黄芪化学成分含量。结果:1)在线性关系考察在1.024~10.24μg范围内线性关系良好。2)加样回收率试验结果中平均回收率为99.60%,RSD为2.0%,显示加样回收率试验良好,HPLC严谨性高。3)HPLC指纹图谱分析显示,对照品溶液、黄芪供试品溶液、黄芪白术供试品溶液和缺黄芪阴性对照溶液中,缺黄芪阴性对照溶液无干扰,而黄芪甲苷与其他成分的基线分离良好。4)3个产地均显示黄芪白术配伍后黄芪的化学成分黄芪甲苷的含量有所增加,其中以内蒙古产地的黄芪白术配伍中黄芪甲苷的含量最高。结论:黄芪白术配伍前后黄芪的主要化学成分为黄芪甲苷,其中以内蒙古提供的药材含量最高。