HLA-Ⅰ类抗原的组织配型基因芯片的建立及应用

目的:应用基因芯片技术进行北方汉族人群HLA-Ⅰ类抗原中分辨度分型研究,建立稳定的HLA检测芯片.方法:采用寡核苷酸芯片分型方法,依据第十三届国际组织相容性工作会议报告及相关文献,同时考虑遗传的连锁不平衡,及强脊炎、幼年型糖尿病等与HLA密切相关的遗传病等因素,选择了中国人群基因频率较高的等位基因,根据HLA-Ⅰ类不同基因亚型的独特序列,完成了探针的设计与筛选,最后设计了122条探针(HLA-A56条,HLA-B66条)制成基因分型芯片.采用带荧光标记的引物,用合适的PCR方法扩增HLA-Ⅰ类抗原上的多态性区域,产物与芯片上探针杂交.杂交结果经荧光扫描并用特定软件分析判断阳性探针,以此确定样品基因型.结果:所有样本的HLA-Ⅰ类抗原基因分型均获成功.此中分辨度探针可分出598个Ⅰ类抗原等位基因,可检出Ⅰ类抗原特异性57个.结论:基因芯片用于HLA-Ⅰ类抗原分型可行.其分辨率高,特异性强,可用于HLA基因分型、骨髓移植、器官移植的HLA配型、与HLA有密切关系的遗传性疾病的人群筛查.     

HLAⅠ类抗原的基因芯片分型技术研究

目的：采用DNA芯片技术进行汉族人群HLAⅠ类抗原A、B位点的DNA分型研究，并实现将A、B位点的DNA分型集中于一张芯片上，同时完成。方法：根据HLAⅠ类抗原A、B位点不同基因亚型的独特序列设计探针，制成分型芯片；待检测样品经PER反应标记上荧光之后，与探针在芯片上进行杂交，通过对杂交产生的荧光信号值进行分析，确定样品的HLA-A、B基因亚型。将这一方法应用于220份样本的HLAⅠ类DNA分型并将部分样品进行基因测序。结果：所有样本的HLAⅠ类基因芯片分型均获得成功，无假阳性和假阴性出现，80份样本的重复率为100％，总耗时2．5h。分型结果经双盲验证完全符合。可准确分辨出A位点等位基因20个，B位点等位基因41个，实际检出汉族人群A抗原特异性13个、B抗原特异性32个。结论：基因芯片用于HLAⅠ类A、B分型技术可行，其分辨率高、特异性强、重复性好、操作简便快速、结果直观，可以在一张芯片上同时检测HLA-A、B位点，并实现一张芯片多人份，适合于临床应用。     

HLA-DR位点的基因芯片分型与临床应用

目的：建立一种新型的HLA－DR位点的基因分型方法，为HLA－DR的基因分型提供一个较新的思路。方法：利用基因芯片技术HLA不同基因亚型的独特序列设计探讨，制成分型芯片；待检测样品经PCR反应标记上荧光之后，与芯片进行杂交，根据杂交产生的荧光信号值分析确定样品DR位点的基因亚型，将这一方法应用于70份标准DNA和200份医院移植供受者的HLA－DR基因分型并将部分样品进行基因测序。结果：检测结果表明HLA－DR基因分型芯片可准确分辨出DR位点等位基因30大类，耗时3h 。结论：基因芯片用HLA－DR的基因分型，分辨率高，特异性强，重复性好，操作简便，对比常规的PCR－SSP和PCR－SSO方法，HLA－DR基因芯片方法更为直观，并具有集成化优势。可以在一张芯片上同时检测HLAⅠ类的A、B位点，并实现一张芯片多人份，适合于临床应用和骨髓库，脐血库的建立。     

沈阳汉族群体HLAⅠ类基因座PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型研究

目的检测和分析沈阳汉族HLA-A、-B、-Cw位点等位基因的多态性。方法采用聚合酶链反应．寡核苷酸探针杂交分型方法对108名沈阳籍健康献血员进行HLA-A、-B、-Cw等位基因分型。结果检出等位基因HLA-A位点21个，B位点43个，Cw位点23个；所有位点的等位基因频率分布符合Hardy—Weinberg平衡。结论从基因水平分析了HLA Ⅰ类基因的群体分布特征，提供了沈阳汉族群体HLA Ⅰ类基因座更准确的基因频率。     

HLAⅠ、Ⅱ类基因与肾综合征出血热重型与轻型的相关性研究

目的 探讨HLAⅠ、Ⅱ类基因多态性与肾综合征出血热（hemorrhagic fever with renal syndmme，HFRS）患者临床特征的相关性。方法 应用PCR-SSO（polymerase chain reaction using sequencespecific oligonucleotides）基因分型技术对中国北方地区56例汉族HFRS患者HLAⅠ、Ⅱ类基因频率分布进行了检测。结果 HFRS重型组HLA-B35携带率为20％，HLA-B62及HLA-DR11携带率皆为15％．与轻型组比较差异皆具有统计学意义（P〈0．05）。结论 HLAⅠ类基因中HLA-B35、HL4-B62及HLAⅡ类基因中HLA-DR11与中国北方地区汉族人群HFRS患者病情严重性密切相关。     

γ-IFN诱导人成神经瘤HLAⅡ类抗原和形态分化

HLA 抗原是位于第6号染色体短臂上的HLA 基因控制的抗原。分为HLA-A、B、C控制的Ⅰ类抗原和HLA-DR、DQ、DP 控制的Ⅱ类抗原。HLA 抗原在神经组织的表达较弱,HLA Ⅰ类抗原在成神经瘤(NB)的表达也很弱,而HLAⅡ类抗原阳性的NB株到目前为止尚未发现。     

人类白细胞抗原-A基因芯片分型研究

目的 探索人类白细胞抗原-A（HLA-A）基因芯片分型，为器官移植临床配型服务。方法 根据中国汉族南方人常见的HLA-A位点基因及其多态性的独特序列，设计并合成48条特异性的寡核苷酸分型探针，将其点在玻片上，制成芯片。基因组DNA通过组间特异性引物扩增，并用荧光素Cy5标记。标记后的产物与结合在芯片上的探针进行杂交，通过荧光扫描仪获得杂交产生的荧光信号值，再经过计算机软件自动分析，确定样品的HLA-A基因亚型。用该方法对120份样本进行HLA-A基因分型。结果 120份待检样本，其中6份因PER无产物，不能分型。1份信号杂乱，不能分型。其余113份样本分型成功。实际检出A抗原特异性结果为A2（含A203）：56；A11（含A1101）：52；A24：33；Al：8；A30（含A3001）：7；A33：21；A26：1；A29：2；A31：3；A68：2；A3：9；A32：1。未检出A＊3002基因型。整个检测耗时约4．5h。芯片检测的重复率为100％。结论 HLA-A基因芯片是一种理想的分型方法，具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少、结果判读容易、一次可作多份样本的优点，适合临床器官移植配型应用。     

华南、华北人群HLA-DQB1等位基因多态性

目的从基因水平调查了中国华南、华北地区人群HLA-DQB1等位基因频率，并研究比较两地区人群HLA-DQB1多态性分布。方法采用深圳益生堂生物企业有限公司研制开发的“HLA-DQB1低分辨率分型基因芯片检测试剂盒”，应用聚合酶链反应．序列特异性引物＋序列特异性寡核苷酸探针芯片检测技术，对700名南方地区的中国人和320名北方地区的中国人进行基因分型。结果鉴定了10个HLA-DQB1等位基因，获得了一组准确、科学的统计数据。结论得到了中国华南、华北地区人群HLA-DQB1等位基因频率差异的数据，证明中国人群HLA-DQB1＊02，05，0601，0602，0603的分布南北差异有统计学意义（P〈0．05），为疾病相关性研究、人文科学研究提供了可靠的遗传学数据。     

中国山东省威海、莱芜地区健康人群HLA-A、B、DRB1等位基因频率多态性调查

目的:分析人类白细胞抗原基因频率在山东省威海、莱芜地区健康人群中的遗传特征及其人群间分布的差异。方法:采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法对300名健康献血者进行HLA-A、B、DRB1分型。结果:共检出14个HLA-A等位基因,34个B等位基因,13个DRB1等位基因。比较威海和莱芜地区HLA人群基因频率差异为威海地区A*32基因频率显著高于莱芜地区(P<0.05),莱芜地区HLA-B*27基因频率显著高于威海地区(P<0.05)。结论:威海、莱芜地区人群很好的体现了中国北方人群的HLA基因型分布特点,同时也具有其自身的特殊性。这些比较数据为寻找HLA相合的无亲缘关系造血干细胞供者提供了重要的遗传学信息。     

乙肝病毒相关性肾炎的HLA基因频率分布

目的探讨乙肝病毒相关性肾炎（HBV-GN）与人类白细胞抗原（HLA）基因系统的相关性。方法应用国际通用的HLA标准微量淋巴细胞毒方法检测HBV-GN患者的HLA-Ⅰ类抗原;利用聚和酶链反应-序列特异性引物技术（PCR-SSP）进行HLA-Ⅱ类基因分型,并与正常人进行比较。结果1.发现HBV-GN患者HLA-A3、A10抗原频率高于正常对照组（A3Pc<0.01,RR=16.33;A10Pc<0.01,RR=10.76）。2.HLA-DRB1*03基因频率在HBV-GN患者组较正常对照组明显增高（DRB1*03Pc<0.01,RR=12.90）,而HLA-DQB1*03基因频率较正常对照组明显降低（DQB1*03Pc<0.001,RR=0.12）。结论提示乙肝病毒相关性肾炎与HLA-A3、A10、DRB1*03正相关,与HLA-DQB1*03负相关。     

人类白细胞抗原HLA-B/DR座位间基因重组一家系

目的 了解一家系人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)复合体HLA-B/DR座位间的基因重组.方法 采集拟进行造血干细胞移植的1例急性淋巴细胞白血病患者(男,16岁)及其父母和3个姐姐的外周血标本,首先对其HLA Ⅰ、Ⅱ类A、B、DRB13个位点采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide,PCR-SSO)和聚合酶链反应-序列特异性引物技术(polymerase chain reaction sequence specific primer,PCR-SSP)进行低分辨基因分型,然后用基于测序的分型方法(sequencing-based typing,SBT)进行高分辨基因分型,再进行遗传家系分析研究,确定HLA基因重组相关位点.结果 HLA高分辨基因分型的结果证实患者的2条单倍型分别为A*3101-B*1301-DRB1*0701和A*3303-B*4403-DRB1*1302;其父亲的2条单倍型为A*3001-B*1302-DRB1*0701和A*3101-B*1301-DRB1*1501.从遗传家系分析显示,患者所携有的父源A*3101-B*1301单倍体是源自父亲的1条染色单体,而DRB1*0701则源自父亲的另1条染色单体,这表明父亲的2条染色单体在减数分裂时HLA-B和-DRB1基因座位间发生了交换,重组后的单倍型又完整地遗传给了患者.结论 发现了1个中国汉族人群HLA-B/DR基因座位间的基因重组家系.     

HLA-A、B、DRB1等位基因多态性与中国南方鼻咽癌的相关性研究

目的：探讨南方人群中鼻咽癌（NPC）易感性与HLA多态性之间的关联。方法：应用聚合酶链反应／序列特异性引物（PCR-SSP）方法对35例NPC患者及60例正常对照进行HLA-A、HLA-B及DRBI基因分型。结果：NPC患者的HLA-A＊02、HLA-B＊58及HLA-DRBI＊03基因位点的频率高于正常对照组，HLA-B＊40基因位点的频率低于正常对照组。结论：HLA-A＊02、HLA—B＊58及HLA—DRB1＊03可能是NPC的易感性基因，HLA-B＊40可能是NPC的保护性基因。     

西藏门巴族人群HLA-A、B和DRB1基因座多态性

目的 分析西藏门巴族HLA-A、B和DRB1 3个基因座的遗传特征，并研究其民族起源。方法应用序列特异性寡核苷酸探针反向斑点杂交技术对西藏自治区门巴族居住区47名门巴族无关个体HLA-A、B和DRB1基因座进行分型。对门巴族和我国其他11个群体(民族)的HLA-DRB1基因频率采用Neighbor-Joining(NJ)方法进行聚类分析。结果 在西藏门巴族人群中HLA-A基因座共检出23个等位基因，其中HLA-A*1101，A*2402，A*02011，A*0206基因最常见；HLA-B基因座共检出39个等位基因，其中HLA-B*3802，B*4001，B*4002，B*51011基因最常见；HLA-DRB1基因座共检出33个等位基因，其中HLA-DRB1*12021，DRB1*0403，DRB1*0701，DRB1*1201基因最常见，频率最高的等位基因分别是HLA-A*1101(0．2128)，HLA-B*3802(0．1064)和HLA-DRB1*12021(0．0851)。结论 西藏门巴族人群HLA基因座具有高度遗传多态性，聚类分析门巴族与西藏藏族遗传关系较近。     

HLA-A, -B及-DRB1等位基因的多态性与白血病易感性的关联

目的:探讨甘肃汉族人群中白血病的易感性与HLA基因多态性之间的关联。方法:采用序列特异性寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSO),对57例白血病患者和45例健康对照组进行HLA-A、-B及-DRB1基因分型。结果:在等位基因HLA-A、-B及-DRB1中,白血病患者的HLA-A01、-B38及-DR15基因的基因频率高于正常对照组(P<0.05),而HLA-A11及-DR03基因的基因频率明显下降(P<0.05)。结论:甘肃省汉族人群基因HLA-A01、-B38及-DR15对白血病具有遗传易感作用;而基因HLA-A11和-DR03对白血病具有遗传拮抗作用。     

人类白细胞抗原新等位基因HLA-A*31∶22的序列分析及确认

目的 序列分析及确认一例中国人群中的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)基因分型法、PCR产物测序法和组特异性引物测序法,通过软件分析该样本DNA基因序列及与最相近HLA等位基因序列的差异.结果 PCR-SSOP结果显示该样本HLA-A基因座的反应格局与已知HLA-A等位基因均不一致;DNA序列分析显示,在所检测的第2～4外显子中,该样本HLA-A基因座序列与所有已知HLA-A等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因A*31∶01∶02的差异只在外显子2区域中产生了nt 245 A—C一个碱基取代,并导致相应的82位密码子由GAG→GCG,编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala).结论 该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*31∶22.     

山东地区汉族人群中HLA-A、-B、-DRB1等位基因与原因不明卵巢早衰相关性研究

目的探讨HLA-A,-B和-DRB1位点等位基因多态性与原因不明卵巢早衰(premature ovarian failure,POF)的相关性。方法利用毛细管电泳测序技术(Capillary Electrophoresis),对36例汉族原因不明POF患者进行HLA-A,-B,-DRB1基因分型,并以865例山东健康汉族个体造血干细胞分型资料作为对照,分析HLA等位基因频率在两组中的分布差异。结果 POF组中HLA-A*33、HLA-B*07、HLA-B*52和HLA-B*55等位基因频率显著高于对照组(P<0.05)。HLA-A*33的等位基因频率POF组为19.44%,而正常对照组为10.17%,RR=2.18;HLA-B*07的等位基因频率POF组为12.50%,而正常对照组为5.32%,RR=2.65;HLA-B*52的等位基因频率POF组为11.11%,而正常对照组为4.10%,RR=3.06;HLA-B*55的等位基因频率POF组为5.56%,而正常对照组为1.50%,RR=4.23。结论山东汉族人群中HLA-A*33、HLA-B*07、HLA-B*52和HLA-B*55等位基因可能是POF的易感基因。     

人类白细胞抗原新等位基因HLA-A*3020的鉴定及确认

目的 鉴定及确认1名中国人的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序方法,通过软件分析该基因序列及与最相近HLA等位基因序列的差异.结果 PCR-SSOP基因分型结果显示该样品HLA-A谱型为与已知HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型;测序结果显示该样品HLA-A位点第2外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致.软件分析表明该基因序列与序列最相近的等位基因A*300101,在所检测的第1～3外显子中的差异只是在第2外显子区域产生了nt 294 C→A一个碱基替代,并导致相应的密码子98由GAC(D)→GAA(E).结论 该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子专用术语命名委员会正式命名为HLA-A*3020.     

序列分析及确认HLA新等位基因B*55:46

背景：近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。 目的：探索中国人的人类白细胞抗原新等位基因。 方法：应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术,对1名27岁男性汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。 结果与结论：PCR-序列特异性寡核苷酸探针结果显示该样本HLA-B基因座反应格局出现异常提示;基因测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列最相近的等位基因B*55:02:01的差异只是在第3外显子发生了nt 412 A→G一个核苷酸替代,导致第138位密码子由AAC→GAC,相应的编码的天冬酰胺改变为天冬氨酸。将其序列提交国际基因数据库及IMGT/HLA 数据库,证实该HLA等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-B*55:46 (HM989018)。     

我国中部地区HIV感染者HLA Ⅰ类等位基因多态性与病毒载量的相关性研究

目的 分析我国中部地区既往采浆HIV感染者HLA Ⅰ类等位基因多态性及其与病毒载量的相关性.方法 应用PCR-SSP(序列特异性引物)技术对106例HIV感染者进行HLA Ⅰ类基因分型,分析HLA Ⅰ类等位基因多态性和单元型与血浆病毒载量的相关性.利用ELISPOT技术检测Gag蛋白特异性的CTL反应,并分析其与血浆病毒载量的相关性.结果 携带HLA Ⅰ类等位基因纯合子的感染者具有较高的病毒载量(P=0.0098);HLA-A*30、-B*13、-Cw*06、-Cw*14等位基因及A*30/B*13/Cw*06单元型与低病毒载量相关(P=0.0004,0.0103,0.0058,0.0371和0.0006);携带HLA-A*30/B*13/Cw*06单元型的感染者p2p7p1p6蛋白特异性的CTL反应与病毒载量负相关;携带HLA-Cw*14的感染者p17蛋白特异性的CTL反应与病毒载量负相关.结论 我国中部地区既往采浆HIV感染人群HLA-A*30、-B*13、-Cw*06、-Cw*14等位基因及A*30/B*13/Cw*06单元型携带者具有较低的病毒载量,其保护性与Gag蛋白特异性的CTL反应有关.     

新等位基因HLA-B*9526的确认和序列分析

目的 鉴定中国人群中人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*9526,并进行核苷酸序列分析.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现1个反应格局异常的等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出反应格局异常的DNA样本,经过克隆测序得到两个等位基因,分型结果一个为B*5403,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*1507基因序列相比在第3外显子区域中425位碱基发生A→G突变,导致142位编码氨基酸由酪氨酸变成半胱氨酸.结论 一个新的HLA-B等位基因被确认,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9526.