肺炎克雷伯菌脉冲场凝胶电泳及多位点序列分型技术的联合应用

目的 联合使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)及多位点序列分型(MLST)对肺炎克雷伯菌进行分型研究.方法 参照美国疾病预防控制中心及亚太地区PulseNet提供的PFGE相关标准化操作程序,优化相关电泳条件,对某儿童医院于2005-2006年分离到的59株菌分型分析,对其中高度相似性菌株进行MLST分型分析.结果 59株菌经PFGE分型分析,可分成47个PFGE型,19个PFGE群,具有高度相似性的菌株经MLST分型,其型别分别为ST-340、ST-342、ST-343、ST-344、ST-345,其中ST-342、ST-343、ST-344、ST-345为MLST数据库中中国新发现的ST型.结论 具有PFGE高度相似性的肺炎克雷伯菌可以通过MLST进一步确认或区分.     

肺炎克雷伯菌脉冲场凝胶电泳及多位点序列分型技术的联合应用

Objective To type Klebsiella pneumonia through methods including pulse-field gel electrophoresis (PFGE) in combination with multilocus sequence typing. Methods Four selected different Eps, referring to the Standard Operating Procedure of PulseNet China, were used. The single colony of Klebsiella pneumonia was quantified after enriched culture. Embedding organisms in agarose and genome DNA were lysed with Proteinase K and then digested by restriction endonuclease Xba Ⅰ , to produce agarose gel. Fingerprint was obtained through PFGE and bands were marked with their molecular weights and then analyzed by BioNumerics software. Using MLST to analyze the strains that were highly similar, by PFGE typing Results By comparing the four results from each Eps, fk3 (switch time from 6s to 36s,total run time is 18.5 hours) seemed to be better than the others.59 strains of Klebsiella pneumonia were divided into 47 PFGE types and 19 PFGE clusters. The highly similar strains could be typed into ST-340、ST-342、ST-343、ST-344、ST-345 by MLST. Among them, ST-342、 ST-343、 ST-344、 ST-345 types were all new MLST types that were reported in China.Conclusion Highly similar Klebsiella pneumonias typed by PFGE could also be typed by MLST.     

肺炎克雷伯菌脉冲场凝胶电泳及多位点序列分型技术的联合应用

Objective To type Klebsiella pneumonia through methods including pulse-field gel electrophoresis (PFGE) in combination with multilocus sequence typing. Methods Four selected different Eps, referring to the Standard Operating Procedure of PulseNet China, were used. The single colony of Klebsiella pneumonia was quantified after enriched culture. Embedding organisms in agarose and genome DNA were lysed with Proteinase K and then digested by restriction endonuclease Xba Ⅰ , to produce agarose gel. Fingerprint was obtained through PFGE and bands were marked with their molecular weights and then analyzed by BioNumerics software. Using MLST to analyze the strains that were highly similar, by PFGE typing Results By comparing the four results from each Eps, fk3 (switch time from 6s to 36s,total run time is 18.5 hours) seemed to be better than the others.59 strains of Klebsiella pneumonia were divided into 47 PFGE types and 19 PFGE clusters. The highly similar strains could be typed into ST-340、ST-342、ST-343、ST-344、ST-345 by MLST. Among them, ST-342、 ST-343、 ST-344、 ST-345 types were all new MLST types that were reported in China.Conclusion Highly similar Klebsiella pneumonias typed by PFGE could also be typed by MLST.     

脉冲场凝胶电泳对一起肠炎沙门菌食物中毒的分型研究

目的通过实验室检测分析,查明一起疑似群体食物中毒原因。方法采集样品19份(食物7份、病人肛拭子12份),按国家有关标准进行病原分离鉴定,用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对分离的菌株进行同源性分析。结果 19份样本均检出肠炎沙门菌,其生化、血清学试验结果均一致。结论根据病人临床症状、现场流行病学和卫生学调查及实验室检测结果,证实是一起由肠炎沙门菌污染食物引起的中毒。     

沙门菌血清及脉冲场凝胶电泳分型

目的 分析吉林省食品中分离的沙门菌血清型和脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别,探讨吉林省食品中沙门菌污染的同源性。方法 于2011年3月-2012年4月,对从市售生鸡肉和中式凉拌菜中分离出的28株沙门菌进行血清学和PFGE分子分型,采用BioNumerics version 6.0软件分析比较同源性。结果 28株沙门菌血清型分别为15株肠炎沙门菌、4株印弟安纳沙门菌、2株猪伤寒沙门菌、2株亚利桑那菌和5株血清未定型沙门菌;PFGE结果主要分为4个大群,其中1群包括14株,相似度为87.3%~100%;2群包括7株,分为2个亚群,2A亚群包括6株,相似度为91.9%~100%,2B亚群1株,相似度为73.6%; 3群包括3株,相似度为88.9%~100%;4群包括4株,分为2个亚群,4A亚群包括3株,相似度为84.6%~94.7%,4B亚群1株,相似度为72.7%。结论 吉林省食品中沙门菌血清型以肠炎沙门菌为主;PFGE结果显示相同血清型别菌株具有高度同源性。     

江苏省食品中沙门菌的监测及其脉冲场凝胶电泳分型研究

目的:建立脉冲场凝胶电泳(PFGE)细菌分型方法,研究我省不同地区、不同种类食品中分离的沙门菌菌株间的同源关系。方法:对2008年从不同地区不同种类食品中分离出的21株沙门菌进行PFGE分子分型,所得结果用BioNumerics软件进行分析。结果:分离的沙门菌存在多种PFGE型别,扬州的生猪肉中分离的沙门菌存在一定的同源关系,2号、3号与4号菌株有88%同源。但无论是同一地区还是同种食品,都没有发现完全相同的PFGE分子型。结论:与其他分型方法相比,PFGE是一种具有高分辨率,高稳定性和高重复性的全新的细菌分子分型方法。在食品安全事件的处理中,它将成为通过细菌分子分型追踪传染源的快速有效方法。     

伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分型方法研究

目的：运用脉冲场凝胶电泳研究宁波市伤寒沙门菌的分子流行病学。方法：选择XbaⅠ酶对伤寒沙门菌染色体DNA进行酶切，采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱，了解其流行状况。结果：14株伤寒沙门菌，根据电泳图谱分析，可分为3个带型。结论：PFGE具有分辨力高，重复性好的特点，是研究伤寒沙门菌分子流行病学较好的基因分型方法。     

多位点序列分型技术在沙门菌鉴定中的应用研究

目的:探讨多位点序列分型技术(Multilocus sequence typing,MLST)在沙门菌鉴定中的应用。方法:对1株分离自腹泻病人的沙门菌疑似菌株用肠杆菌科鉴定试条API 20E进行生化鉴定并进行血清学鉴定,应用MLST分型方法对该菌株分子分型。结果:API 20E鉴定为沙门菌属,Vi因子血清不凝集,O因子血清A-F O多价不凝集。该菌的MLST型别为ST64型,提示为鸭沙门菌。结论:MLST分子分型技术有助于沙门菌的鉴别。     

沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型在流行病学调查中的应用

沙门菌造成的食物中毒和食源性疾病暴发是全球性的公共卫生问题.对人感染的沙门菌进行血清分型,进一步对同一血清型菌株进行脉冲场凝胶电泳分子分型,可以增强识别食源性疾病暴发的能力,发现暴发病例,掌握流行趋势,追溯感染源头.此文对沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型的研究进展及应用作了综述.     

上海市长宁区2017年肠炎沙门菌多重耐药和分子分型研究

【目的】了解上海市长宁区2017年肠炎沙门菌的分子分型结果及抗菌药物耐药情况。【方法】对2017年上海市长宁区的感染性食源性病原菌监测标本进行沙门菌的分离鉴定、血清分型,检出33株肠炎沙门菌,运用国家致病菌识别网技术手册(2017年)的分子分型方法进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,使用微量肉汤稀释法进行抗菌药物耐药性的测定。【结果】33株肠炎沙门菌共分为11种带型,优势带型集中在Clade1中,共计30株。耐2种及2种以上抗菌药物的有22株,耐6种及6种以上抗菌药物的19株,并出现2株四代头孢全耐药。【结论】长宁区肠炎沙门菌多重耐药现象比较普遍,PFGE型别差异较小,相同PFGE型别的菌株多重耐药表型相近。     

肠炎沙门氏菌脉冲场凝胶电泳分型研究

目的　为研究肠炎沙门氏菌菌株间的关系,特建立了分子流行病学研究方法脉冲场凝胶电泳分型方法,并对从食品中分离的肠炎沙门氏菌进行了分型研究。方法　1991～2 0 0 1年间,从河南、黑龙江等省份采集食品样品,分离出肠炎沙门氏菌,挑取单个菌落增菌,用溶菌酶、蛋白酶K和TE缓冲液依次提取菌体DNA后,用限制性内切酶XbaΙ消化胶块,然后在CHEFMapper仪上进行脉冲场凝胶电泳,电泳条件:0 . 5×TBE缓冲液、14℃、1%琼脂糖、脉冲时间5s～4 5s、2 6h、6V cm。应用λ噬菌体DNA作为脉冲场凝胶分子量标准。结果　从鸡肉、牛肉、熟肉及蔬菜中分离出30株肠炎沙门氏菌,其中18株来自河南省,绝大多数菌株(2 2株)分离于2 0 0 1年。对所得菌株进行脉冲场凝胶电泳后,结果显示30株肠炎沙门氏菌分为A、B两个型,两型图谱之间有8个条带的差异。A型菌株有19株,占全部菌株的6 3. 3% ,B型菌株有11株,占36 .7%。A型之内又可以分出2个亚型,其中A1型占78 .9% ,A2亚型与A1亚型相比的差别在于,A2型在5 0kb处有一条带缺失。在菌株分型与采集时间和采集地点之间没有相关性,但所有从鸡肉中分离到的菌株均为A1型,提示了某种有待进一步研究的流行病学趋势。结论　在研究肠炎沙门氏菌不同菌株之间的分子流行病学关系方面,脉冲场凝胶电泳是一种有     

沙门菌脉冲场凝胶电泳分型与血清型的对应关系

目的分析沙门菌脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)与血清分型之间的对应关系.方法选择中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络PulseNet China沙门菌监测数据中鼠伤寒(Typhimurium)、肠炎(Enteritidis)、德尔卑(Derby)、阿贡纳(Agona)及山夫登堡(Senftenberg)前五位常见血清型菌株共1230株,进行PFGE聚类分析,以血清分型作为参照进行比对.确定这5种血清型PFGE优势带型的共有条带.结果1230株菌株中,1149株经PFGE预测的血清型与实际血清型一致,PFGE预测血清型的准确率为93.4%.5种血清型经PFGE预测的血清型阳性预测值多在90.0%以上、阴性预测值均在95.0%以上.结论PFGE聚类对5种常见血清型沙门菌血清分型具有较好的提示及验证作用.     

肠炎沙门菌多位点序列分型技术的研究

目的研究肠炎沙门菌菌株间的分子特征,建立了分子流行病学研究方法——多位点基因序列分型技术(MLST),并对食品中的肠炎沙门菌分离株进行分型研究。方法选择肠炎沙门菌的6个管家基因thrA、purE、sucA、aroC、hemD、dnaN及一个特异性的DNA标记SdfΙ作为目标基因。对上述基因分别进行PCR扩增及产物测序,用sequencer2.0软件对测序结果进行分析、比对核苷酸的差异。同时,将肠炎沙门菌株与GenBank中鼠伤寒沙门菌LT2相应的基因序列进行比较。结果在肠炎沙门菌标准菌株50041和18株食品分离株之间,6个基因PCR产物范围内的近60000个核苷酸序列完全相同,未观察到同一血清型内的基因突变。而与LT2相比,基因产物发生了1到6个点突变。在对SdfΙ的核苷酸序列比较研究中发现,肠炎沙门菌标准菌株与食品中分离株SdfΙ的核苷酸序列与GenBank中该序列的碱基对比,发生了C182T的点突变。即MLST技术揭示了在同一血清型内各菌株管家基因碱基序列的高度保守。结论MLST方法适用于不同血清型沙门菌株间的分型研究,而不适于同一血清型的菌株分型。     

Comparison of two Salmonella enteritidis phage typing schemes

The comparison of two phage typing schemes for Salmonella enteritidis was performed. A total of 517 strains were phage-typed according to the schemes of Lalko [27] and Ward et al. [21]. Strains were isolated from food-poisoning outbreaks and other common sources in Poland, between 1986–1995. Above 99% of all strains tested were differentiated to the definitive phage type using the Lalko collection of typing phages. Phage types 1 and 7 (PTs 1, 7) were the most isolated. The typing phages of Ward enabled to assign 56.5% of all strains (a total of 14 phage types were presented), 37.1% – reacted with phages without showing any of the designated phage types and 6.4% were untypable. Phage type 8 (PT8) predominated. The majority of Salmonella enteritidis strains from one phage type outbreaks of Lalko presented different types of lytic reactions with the Ward phages. Only the correspondence of Salmonella enteritidis PT7 of Lalko with PT8 of Ward et al. [21] was observed.     

脉冲场凝胶电泳检测一起汤卜逊沙门菌食物中毒

目的:用脉冲场凝胶电泳对一起食物中毒所分离的汤卜逊沙门菌进行同源性分析。方法:对分离的沙门菌进行生化鉴定、血清学分型、药敏试验后,进行PFGE检测并用Bio Numerics软件对PFGE分型图谱进行分析并绘出聚类分析图。结果:此次食物中毒分离到8株沙门菌,其中5株是从病人大便或肛拭分离,1株是从厨房抹布分离,2株是从剩余食物分离。经PFGE分析,病人的5株和剩余羊肉的1株完全相同,牛肉和抹布中的2株有1～2条电泳条带的差异。结论:此次食物中毒是由羊肉携带的汤卜逊沙门菌引起。     

湖北省36株单增李斯特菌脉冲场凝胶电泳分型

目的:了解湖北省各类食品中分离到的单核细胞增生李斯特菌各菌株之间的遗传相关性,了解湖北省Lm基因型的分布情况和分子流行特点。方法:按照标准化的Lm-PGFE方法对所分离到的36株Lm菌株进行脉冲场凝胶电泳分型。结果:36株Lm菌株通过PGFE分成了12个型别,各型别之间不紧密相关。结论:湖北省食品中Lm的污染来源于不同的克隆株,菌型分散,未发现单个基因型菌株流行的迹象。     

广东省食品中单核细胞增多性李斯特菌脉冲场凝胶电泳技术分子分型的研究

目的应用脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）对广东省食品中分离的单核细胞增多性李斯特菌（Lm）进行分子分型,并建立PFGE数据库。方法参照美国PulseNet的Lm PFGE分子分型标准方法进行检测。应用BioNumerics软件对不同食物种类、时间和地点的分离株进行比对,分析菌株之间的相关性。结果107株Lm分成41个PFGE型,型别较为分散;从鸡肉中分离的菌株数最多（37株）,PFGE分型也最多（19个）;冷藏和冷冻食品的分离率较高,其中有26株菌仅存在1-2个电泳条带的差异,相似度极高;韶关和惠州地区分离的Lm存在着地区特异性;随时间变迁,部分菌株仍存在不同程度的相关性。结论广东省食品中分离的Lm在整体上表现出较大的遗传多样性,但部分菌株有不同程度的相关性。     

中国四省甲型副伤寒分离株脉冲场凝胶电泳分析及分型数据库建立

目的对中国4个甲型副伤寒流行省份的分离株进行标准化脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型分析。方法对来自4个省的甲型副伤寒沙门菌利用XbaⅠ酶切染色体DNA进行PFGE分析，利用BioNumerics建立数据库和进行相似性聚类。结果分离自1998-2002年的89株甲型副伤寒分离株共有11种PFGE带型，这些菌株中具有优势带型。有3种带型相似性在96．3％，这3种带型的菌株占到分析菌株的865％，并在不同省份和年度中出现。结论建立了中国甲型副伤寒沙门菌的用于网络监测分析的PFGE技术和数据库，近年中国部分省份的甲型副伤寒沙门菌分离株PFGE型别集中，存在同型菌株的广泛流行。