军事医学本体构建的理论问题探讨

军事医学本体构建的理论问题探讨是将本体理论应用于军事医学知识组织的前提,有助于理清军事医学本体构建的相关概念。依据本体所要实现的目标分析军事医学现有术语标准的现状,并剖析军事医学本体构建的难点问题。从军事医学本体构建的相关概念内涵及关系、军事医学本体构建的需求分析、军事医学本体构建的复杂性分析三方面对军事医学本体构建的基本理论问题进行了探讨。     

化工领域设备本体模型构建

简要分析了信息物理融合系统（CPS）,提出了应用本体技术进行CPS中间通信层的语义解析以及语义信息处理。对工程领域本体相关研究进行了综合分析,在此基础上介绍了本体的描述语言、开发工具以及本体建模方法。提出了化工领域设备本体框架OntoCD（Chemical Device Ontology）,并以该框架为基础,采用本体描述语言OWL、本体开发工具Protégé、本体建模方法七步法,构建了化工领域设备本体模型。以苯乙烯化工流程乙苯脱氢塔设备选型为例,验证了应用化工领域设备本体模型进行语义解析的有效性。     

基于本体的神经信息学概念及其关系研究

目的：通过构建神经信息学本体,为神经信息学研究提供良好的信息整合、知识表示、文本挖掘、智能教育和数据共享服务。方法：分析生物医学领域已有的统一医学语言系统、基因本体、癌症本体、解剖学本体、疾病本体和药物本体的结构和内容,对神经信息学领域专业概念及其关系进行了探讨,提出了神经信息学本体的设计原则、标准和规范、构建方式和基本流程,并利用Protégé工具编制本体。结果：构建了基于多层次概念语义网络的、符合网络本体语言（web ontology language,OWL）规范的神经信息学本体。结论：神经信息学本体可以从不同层次的形式化模式上给出神经信息学领域概念和概念之间相互关系的明确定义,形成清晰的神经信息学理论框架,实现对相关领域知识的共同理解。     

糖尿病医案本体库的构建及应用研究

当前中医医案缺少规范统一的形式化描述方法,难以实现有效分析和检索,利用本体技术针对中医糖尿病医案进行分析和描述,通过改进的七步法构建糖尿病医案本体库,在protégé系统中完成了对本体中类实例、属性和关系的定义和实现。糖尿病医案本体库的构建步骤包括:确定本体的专业领域和范畴;复用现有的本体;收集医案书籍,获取糖尿病领域知识;定义糖尿病医案的类、属性及其关系,建立糖尿医案本体;本体的检验;本体的存储。     

中医药领域本体研究现状

对近10年来中医药领域本体研究进行文献调研、筛选和统计,梳理中医药领域现有本体相关研究进展、本体主题分布情况,总结当下中医药本体研究存在的不足,并提出建议,以期为我国中医药领域本体构建与应用提供借鉴。     

生物医学领域本体网络整合工具研究进展

介绍3类国内外生物医学领域本体网络整合工具的研究成果,包括生物医学本体网络整合平台、疾病-药物本体知识发现工具、基因-蛋白质本体集成分析工具,分析其特点及不足,总结本体整合工具开发过程中应该注意的问题,希望能为相关研究者提供借鉴。     

论GFO的基本框架及顶层本体比较研究

介绍顶层本体GFO(general formal ontology,通用形式化本体)的基本概念和框架,及其他3种主流顶层本体——SUMO(推荐上层合并本体)、DOLCE(语言学和认知工程的描述本体)、BFO(基本形式化本体)。并在总体架构和适用范围、对客观世界的理解等方面进行比较,对兼容性、结构化程度和可扩展性、成熟度及开放度等方面进行评估,认为GFO可以满足构建中医药领域本体上层框架的基本要求。     

生物医学相关的本体研究现状

通过调查生物医学相关本体的文献,分析当前本体在生物医学上的研究现状.以共词分析和聚类分析的方式分析出生物医学相关本体的7个研究热点,包括基因表达的信号传导、蛋白质相关研究、本体相关的系统和软件的开发、基因及染色体的相关研究、与本体相关的词表研究、计算生物学和基因组学的方法学研究,基因表达研究.     

本体构建工具Py2ONTO的设计与实现

目的：开发一个简单易用的本体构建工具Py2ONTO,探索人工方式和自动化方式相结合的本体构建方案。方法：通过将Owlready常用的底层函数封装为功能函数,在此基础上设计一个基于CSV模板的自动构建本体的流程,并在代码中提供功能函数的调用,通过BioPortal、MedPortal等本体数据库实现术语映射功能。结果：开发了基于Python的本体建设工具Py2ONTO,该工具可以通过命令行方式及Python脚本调用功能函数方式构建本体。通过该工具构建了两个本体,测试结果证明本文构建的本体满足其术语覆盖度和可推理性评估要求。结论：为本体构建提供了一种较为简单且可靠的选择,有助于科研人员构建高质量的本体。     

经穴治疗领域本体构建实验性研究

本体构建是语义网背景下知识组织的新方法。介绍了经络、穴位治疗领域本体构建的基本方法、流程,借助本体构建软件的检索、推理及可视化展示,检测了本体在语义关系建立、知识组织增值方面的作用,发现本体构建方法在知识组织方面具有范围广、层次深、语义丰富、关联度强等特点,便于知识重组,为科学研究提供新的角度,创造新的价值。     

军事医学本体概念获取方法研究

目的：研究军事医学本体构建过程中概念的获取方法,解决目前现有军事医学知识组织模式中概念陈旧不完善的问题。方法：在继承传统叙词表等知识组织法的基础上,提出基于文献关键词词频统计的综合集成法获取军事医学本体概念。结果：给出了军事医学本体概念获取方法实施的技术路线,对具体操作过程进行了阐述。结论：基于文献关键词词频统计的综合集成法能够从文献中提取高频词和热点词,对军事医学传统词库加以补充,使之不断更新和完善。     

临床路径本体概念框架构建方法与实证研究

在总结国内外临床路径发展现状和纸质版临床路径管理弊端基础上,提出基于本体的电子化临床路径的概念框架构建方法,并以卫生部《乳腺癌临床路径(2009版)》表单为基础,参考医学专业叙词表、专业教科书及相关诊疗指南对乳腺癌临床路径本体概念框架构建进行实证研究。为临床路径电子管理系统建设提供理论参考,有助于医疗信息资源的开发和利用。     

叙词表概念间语义关系发展研究

目的:促进叙词表的编制与维护工作。方法:梳理国内外叙词表编制标准的演化过程,比较其对概念间语义关系定义的变化,通过实例分析医学和农业领域叙词表中的概念间语义关系,归纳总结概念间语义关系的发展现状。结果:随着叙词表的发展及其在网络环境中的应用,概念间语义关系一方面表现出向本体转化的趋势,另一方面表现出关系细化和语义明确的趋势。结论:在叙词表的新编和更新维护中,应更进一步关注和促进叙词表词间关系的发展。     

基于网络药理学探讨苦黄注射液保肝退黄作用机制

目的 构建苦黄注射液活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能和通路进行分析,探讨苦黄注射液保肝退黄的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php）及相关文献挖掘获取苦黄注射液中苦参、大黄、茵陈、柴胡、大青叶的主要活性成分。利用GeneCard数据库（http://www.genecards.org/）和在线人类孟德尔遗传数据系统（OMIM,http://www.omim.org/）预测和筛选苦黄注射液活性成分对应靶点中与肝炎和黄疸疾病相关靶点。用Cytoscape 3.6.1软件构建活性成分-作用靶点网络,用蛋白质相互作用数据库（STRING,http://string-db.org/）和Cytoscape 3.6.1软件绘制蛋白相互作用网络,用生物学信息注释数据库（DAVID,https://david.ncifcrf.gov/）对靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 筛选得到苦黄注射液活性成分16个,共获得85个作用靶点。网络分析结果表明,苦黄注射液主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激应答的生物过程。靶点通路分析结果显示,苦黄注射液保肝作用的靶点主要涉及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、Toll样受体、p53、神经营养因子等信号通路。结论 苦黄注射液保肝退黄作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节MAPK、Toll样受体、p53、神经营养因子等相关通路发挥作用。     

面向医学学科领域的检索词库构建

分析专业数据库和搜索引擎在进行文献检索时存在的问题及构建医学学科领域检索词库的原因,以教育部科技查新站2014年以来的科技查新报告为数据源,建立经过科技查新和学科专家共同审验通过的检索词库。该词库可应用于科技查新、文献检索教学等领域,还可推广到其他领域。     

面向叙词表编制的生物、医学、农业间学科交叉现象研究

目的：通过研究叙词表覆盖学科的学科交叉现象及交叉程度,优化叙词表专业概念的收录比例,促进叙词表概念关系的构建。方法：基于传统的分类法体系——分类号,统计生物、医学、农业三大学科的文献产出数量及其拥有的多个分类号的文献数量,分析3个学科间的交叉现象及程度。结果：医学领域文献产出数最多,生物与农业两学科的交叉现象最明显。结论：研究与分析文献分类信息、学科交叉现象可以促进叙词表交叉概念的遴选。     

Fkbp51基因敲除小鼠心脏与肝脏RNA表达谱系的分析比较

目的通过分析野生型小鼠(WT)和Fkbp51基因敲除(KO)小鼠心脏与肝RNA表达谱系之间的差异,研究Fkbp51基因在心脏和肝组织代谢通路中的作用。方法利用第二代高通量基因测序技术,对Fkbp51 KO和WT小鼠的心脏和肝进行mRNA表达谱测序,将心脏测序的数据结果用DEGseq进行差异分析,肝脏组织测序结果用BRB-Array Tools进行分析,分别筛选出小鼠心脏和肝的差异基因,利用在线工具DAVID对差异基因进行GO本体分析和KEGG通路分析,利用Bioinfo GP数据库的Venn工具分析两种组织的共差异基因,利用STRING数据库对蛋白质的互作网络进行分析。结果 (1)Fkbp51的缺失导致心脏中血管平滑肌收缩、趋化因子信号、视黄醇信号和MAPK信号等相关通路的mRNA表达发生改变;(2)Fkbp51的缺失导致肝组织中胆固醇合成及代谢、脂类代谢以及氧化还原等相关基因和通路的变化;(3)在心脏和肝组织中,Fkbp51缺失造成了4个共差异基因,其中Rnaset2b、Hmga1和Fkbp51下调,而Cyp2b10在心脏组织中下调,在肝组织中上调。这些蛋白均可与HSP90蛋白相互作用,参与心脏和肝组织中的代谢。结论 Fkbp51在心脏和肝中参与不同的代谢及基因表达调控通路,其作用既是相互独立又是相互联系的。