基于网络药理学的济生肾气丸治疗糖尿病肾病的机制研究

目的:采用网络药理学方法预测济生肾气丸治疗糖尿病肾病(DN)的活性成分和作用机制。方法:利用TCMSP平台获得济生肾气丸药物活性成分及基因靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank等数据库获取DN相关的基因靶点,利用Venny 2.1绘制共同靶点韦恩图;采用Cytoscape 3.9软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络;利用STRING构建PPI网络并进行拓扑分析;通过R/BioConductor对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果:共获得济生肾气丸生物活性成分72个,筛选到济生肾气丸治疗DN的潜在靶点167个,核心靶点为AKT1、INS、PTGS2、IL6、CASP3等,主要富集在脂质与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、流体剪切应力、HIF-1等信号通路。结论:济生肾气丸通过抗氧化应激、抗炎、抗凋亡、抗增殖等作用修复DN受损的肾脏微血管系统,保护肾功能。     

金匮肾气丸防治骨质疏松症的机制研究

目的探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI网络信息,导入Cytoscape3.6构建网络图,再用CytoHubba插件中的MCC和Degree算法筛选并获得关键基因;用David对关键基因进行GO生物功能和KEGG通路富集分析,使用Omicshare绘制高级气泡图,通过KEGG数据库找出重要通路并标记关键基因。结果金匮肾气丸活性成分47种,对应196个作用靶标,与骨质疏松症疾病基因有145个交集靶标,筛选得到30个关键基因。GO富集分析结果表明,生物途径主要有药物反应、转录正调控和DNA模板化、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;分子功能主要有酶、相同蛋白、蛋白等的结合;细胞组分为核浆、胞浆、细胞核等。关键基因则主要富集在TNF、MAPK、PI3K-Akt及其他重要信号通路上。结论金匮肾气丸中的槲皮素、豆甾淳、β-谷...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗骨质疏松症的分子机制

目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨骨碎补治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学筛选骨碎补有效成分治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路。方法首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、疾病及相应的靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病共同靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶点基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松症的18个有效成分和98个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、Th17细胞分化信号通路等有关,且白介素-6基因、JUN基因、丝裂原活化蛋白激酶-1基因和表皮细胞生长因子基因可能起着关键性作用。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药现代化研究提供了思路。     

枸杞子治疗骨质疏松症的分子机制

目的 运用网络药理学方法分析枸杞子治疗骨质疏松症的药理学机制。方法 从TCMSP分析平台上获取枸杞子药物的活性成分及潜在的作用靶点,运用Citespace3.7.1软件绘制“有效成分-靶点”网络图;同时分别在OMIM、Drugbank和Genecards三种数据库平台上获取骨质疏松疾病的相关基因,并取并集作为疾病的潜在作用靶点。将枸杞子和骨质疏松疾病的潜在作用靶点取交集,得到中药-疾病共同作用靶点。运用STRING数据分析平台对共同作用靶点进行PPI网络分析,利用cytohubba插件选取前20位显著性基因并取交集即可得到核心基因。对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富分析,而后使用R语言软件对上述的富集结果进行可视化绘图。结果 共筛选获得枸杞子中主要有效成分36个,其中主要核心有效成分有槲皮素、黄豆黄素、β-谷固醇、豆甾醇、谷甾醇α1。活性成分所对应的靶点基因有117个,其中核心基因16个：IL-6、JUN、TNF等。GO富集所得的生物过程主要与调控成骨细胞和破骨细胞的增殖、分化有关。KEGG信号通路富集结果提示,枸杞子治疗骨质疏松疾病作用集中于IL-17、TNF、AGE-RAGE、MAPK等信号通路。结论 枸杞子可能通过多种有效成分、多靶点作用于免疫炎性反应、细胞分化等多方面来发挥抗骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 运用网络药理学的方法探讨青娥丸治疗PMO可能的分子作用机制.方法 运用TCMSP、ETCM、SymMap数据库及文献挖掘获取青娥丸主要活性成分,通过SwissTargetPrediction平台进行成分靶标预测;经GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库获取PMO相关靶点,与成分靶点取交集,获得青娥丸...     

基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症的潜在机制

目的基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的潜在机制。方法根据TCMSP数据库、Swiss Target Prediction数据库和Uniprot数据库得到柚皮苷的结构及其靶点,利用Gene Cards、OMIM数据库获取OP相关靶点,将交集靶点输入到STRING数据库以获取蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)信息,借助Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络、"柚皮苷-交集靶标-骨质疏松"网络,并使用Cytoscape 3.7.2软件、R软件进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果筛选得到柚皮苷105个作用靶标,其中与OP相关靶标44个,GO功能富集分析获得607个结果(P0.05),KEGG通路富集分析获得43个结果,其中相关信号通路有11条(P0.05),涉及p53、IL-17、NF-κB、Estrogen、Prolactin等信号通路。结论柚皮苷可能通过多靶点、多通路调节炎症反应、细胞周期和激素代谢来治疗OP。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松的分子机制研究

目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点,探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物,通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点,建立药物-疾病靶标交互作用网络,筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点,富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物,筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点,通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能,其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点.方法 利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别.通过GeneCards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点.而后使用David软件对青...     

基于网络药理学的“淫羊藿-熟地黄”配伍治疗骨质疏松症作用机制研究

目的基于网络药理学方法探究"淫羊藿-熟地黄"药对治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的分子机制。方法BATMAN-TCM数据库收集"淫羊藿-熟地"药对化学成分及对应靶点; Gene Cards、OMIM数据库收集OP靶蛋白; Venny 2.1. 0在线工具找出映射,绘制韦恩图; STRING 11.0数据库建立蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI); cluster Profiler R包对所得共有靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析; Cytoscape3.7. 2软件构建相关数据分析网络。结果获得"淫羊藿-熟地黄"药对中13个主要化学成分和134个蛋白靶点,OP相关基因3 231个,映射后获得药物与疾病共有靶点57个,PPI分析显示前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、雄激素受体(AR)、雌激素受体(ESR1)等可能是"淫羊藿-熟地黄"药对治疗OP的核心靶点。GO富集分析包含血液循环、细胞钙离子稳态、G蛋白偶联胺受体活性等生物功能。KEGG通路富集分析主要包括神经活性配体-受体相互作用、类固醇激素的合成、c AMP信号通路等11条相关信号通路。结论 "淫羊藿-熟地黄"配伍通过多途径、多靶点发挥治疗OP的作用。     

网络药理学在中药治疗骨质疏松症中的应用

随着人类平均寿命的延长,骨质疏松症在老年人群中的发病率逐年升高,严重影响老年人的身心健康。传统中药历史悠久,药效确切且毒性较小,因此多用于治疗骨质疏松症。不过中药成分复杂,作用机制不明是一个巨大的挑战。新学科概念网络药理学的兴起正好解决了这个问题,将网络药理学的思想和方法应用于中药药理研究,在分子网络调控的背景下研究中药的作用机制已成为一种新的趋势,是进一步推动骨质疏松防治工作发展的主要途径。本文将就网络药理学在中药治疗骨质疏松症中的应用作一综述。     

基于网络药理学研究杜仲治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的基于网络药理学研究杜仲治疗骨质疏松性骨折的分子作用机制。方法利用TCMSP计算系统生物学实验室、Gene Cards数据库,分别对杜仲的有效成分、杜仲的治疗靶点和骨质疏松性骨折的靶标进行筛选,然后利用R语言软件对杜仲治疗靶点与骨质疏松性骨折疾病靶标进行取交集,得到中药-疾病靶标,再利用Cytoscape技术对杜仲的多组分、多靶点、多通路、多疾病网络进行可视化研究,构建中药-疾病-成分-靶标的调控网络,然后通过构建杜仲与骨质疏松性骨折靶标的相互作用网络图以及柱状图,从而筛选得到其关键核心的靶标。最后对核心靶标进行GO和KEGG分析。结果筛选得到杜仲治疗骨质疏松性骨折19个有效成分,59个中药-疾病靶标,杜仲-骨质疏松性骨折靶标涉及的GO功能富集的结果包括核受体的活动、转录因子活性、类固醇激素受体活性等。杜仲-骨质疏松性骨折靶标涉及的KEGG信号通路富集分析的结果主要包括:细胞凋亡信号通路、内分泌抵抗、p53信号通路、MAPK信号通路、NF-kappaB信号通路、PI3K-Akt信号通等。结论杜仲治疗骨质疏松性骨折的作用机制是杜仲中所含有的多个有效成分调节骨质疏松骨折愈合过程中的多个相关的基因,进而介导了骨折愈合过程中的多条信号通路,经与相关文献报道信息整合发现,杜仲治疗骨质疏松性骨折的调控信号通路主要为细胞凋亡、PI3K-Akt、MAPK、p53、NF-kappaB等信号通路,这些通路通过直接或间接调节骨代谢稳态平衡,最终达到治疗骨质疏松性骨折的目的。