基于网络药理学和蛋白模块探讨培土清心颗粒治疗特应性皮炎的作用机制

目的运用网络药理学和蛋白模块方法探讨培土清心颗粒治疗特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)的作用机制。方法基于中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库获取培土清心颗粒化学成分及其对应靶点,通过GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选特应性皮炎疾病靶点。使用String数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络;使用Cytoscape软件绘制培土清心颗粒潜在活性成分-靶点-疾病网络图,使用Network Analyzer工具对网络进行拓扑属性分析;以插件ClusterMaker对靶点进行模块化分解,并使用DAVID数据库进行基因百科全书(KEGG)通路富集分析。结果得到培土清心颗粒治疗特应性皮炎活性成分185个,靶点125个,重要活性成分包括檞皮素、木犀草素、山奈酚、汉黄芩素等;重要靶点包括PTGS2、CXCL8、IL-10、CCL2等;PPI网络模块化分析结果显示,125个靶点主要分为3个模块,KEGG通路富集方面,模块一内靶点KEGG通路主要与特应性皮炎免疫系统、炎症反应相关;模块二内靶点KEGG通路主要与细胞增殖、分化、凋亡相关;模块三内靶点KEGG通路与代谢密切相关。结论培土清心颗粒可能通过抗炎、调节免疫、调控细胞凋亡以及调节氨基酸代谢以达到治疗特应性皮炎的目的。     

龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎可能的分子机制及生物学过程

目的：利用网络药理学探索龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库挖掘龙胆泻肝汤的有效成分和作用靶点,利用CTD数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病的交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,运用Cytoscape 3.7.2构建“疾病-药物-靶点-基因”四维网络,借助DAVID数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最终使用Auto Dock进行分子对接验证。结果：从龙胆泻肝汤中筛选出有效成分195个、作用靶点328个,其中与特应性皮炎疾病密切相关的靶点79个。经筛选,GO功能富集分析得到条目295个,KEGG通路富集分析得到信号通路86条。分子对接结果显示复方活性成分与核心靶点结合程度较好。结论：龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎主要通过槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性化合物作用于白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)、前列素内环氧化物合成酶2(Prostaglandin-endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、丝裂原激活蛋白激酶（Mito...     

石菖蒲-茯苓合用治疗阿尔茨海默症作用机制探讨

目的:基于网络药理学方法探讨石菖蒲-茯苓治疗阿尔茨海默症(AD)的作用机制.方法:采用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction数据库及PubChem数据库筛选、获取石菖蒲-茯苓有效化学成分及对应靶点;通过DisGeNET数据库检索AD疾病的相关作用靶点;利用Draw Venn Diagram数据库将...     

基于网络药理学与分子对接技术探究半夏-夏枯草药对治疗高血压的分子机制

目的 采用网络药理学与分子对接方法,研究半夏-夏枯草药对治疗高血压的具体药效物质与作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选出半夏、夏枯草的活性成分及其对应靶点;在genecards数据库中检索得到高血压的相关基因靶点,并使用Venn工具进行交集比对,筛选出共同靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件绘制化合物-靶点...     

基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎(atopic dermatitis, AD)的作用机制。方法：运用中药网络药理学分析系统(TCM network pharmacology analysis system, TCMNPAS)v1.0获取运脾化湿清肺汤(陈皮、枳壳、桑叶、菊花、金银花、黄芩、土茯苓、白鲜皮、白术、甘草)的活性成分和作用靶点。运用GeneCards数据库、DrugBank数据库检索相关文献获取AD疾病靶点,并借助jvenn平台得到运脾化湿清肺汤与AD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。通过Cytoscape 3.8.0软件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点。采用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络、“...     

基于网络药理学探讨黄柏治疗湿疹的作用机制

目的：运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在Gene Cards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络图;将湿疹与黄柏对应靶点共同导入Venny 2.1.0生成交集靶点,通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,最后利用Metascape数据库进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因及基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：通过筛选得到槲皮素（Quercetin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）等黄柏的关键化合物共25个,潜在靶点200个;通过3个疾病数据库检索共获得湿疹的相关靶点1 364个,导入Venny 2.1.0生成了54个交集靶点。富集分析结果显示：黄柏治疗湿疹主要涉及脂多糖反应（respone to lipopolysaccharide）、白细胞黏附调节（regulation of leukocyte cell-cell adh...     

基于网络药理学探讨四磨汤治疗慢传输型便秘的作用机制研究

目的:运用网络药理学方法探讨四磨汤治疗慢传输型便秘(STC)的机制及作用靶点.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及TCMID数据库检索四磨汤四味药物所有的有效化合物成分及筛选对应作用靶点,借助GeneCards数据库、DisGeNET数据库查找STC的疾病靶点,使用Venny 2.1.0在线软件作图...     

石菖蒲-郁金配伍治疗癫痫的网络药理学研究

采用网络药理学方法筛选石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点,分析石菖蒲配伍郁金治疗癫痫的作用机制。通过中药系统药理数据库(TCMSP)检索石菖蒲、郁金所有化学成分并筛选作用靶点,构建成分靶点PPI网络。通过PharmGkb数据库检索癫痫相关基因,采用Cytoscape软件绘制疾病靶点PPI网络。利用Cytoscape软件进行网络合并,筛选核心网络,进一步进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,并通过实验研究验证。检索出石菖蒲105个化学成分、郁金222个化学成分,根据OB,DL值筛选出19个化合物作为有效成分候选化合物,其中石菖蒲4个化学成分、郁金15个化学成分。通过TCMSP共检索出88个靶点蛋白,构建成分靶点PPI网络。通过PharmGkb数据库检索出癫痫相关基因29个,建立疾病靶点网络。利用Cytoscape软件及插件进行网络合并和核心网络筛选,共筛选出69个基因。通过GO功能分析和KEGG通路分析,发现抗癫痫作用机制与催乳素信号通路、HTLV-Ⅰ感染信号通路、MAPK信号通路、单纯疱疹感染信号通路有关。通过进一步实验验证发现癫痫大鼠血清泌乳素水平明显升高,癫痫发作24 h大鼠海马CA1区神经元变性、坏死、脱失,部分神经元间隙水肿。石菖蒲配伍郁金的可能机制与催乳素血清水平、MAPK信号通路、HTLV-Ⅰ感染、单纯疱疹感染有关。分析可能与HTLV-Ⅰ病毒、单纯疱疹感染引起病毒性脑炎有关,损伤神经细胞,引起癫痫发作。     

基于网络药理学探讨补虚与活血配伍治疗股骨头坏死的作用机制研究

目的探讨补虚与活血配伍治疗股骨头坏死(ONFH)的潜在作用机制。方法以使用频率最高的当归、熟地黄、续断、杜仲、黄芪和丹参、牛膝、红花、川芎、骨碎补为例,利用中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)筛选补虚药与活血药的有效成分,并收集其对应的预测靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件进行“药物-成分-靶点”网络构建与分析;利用DisGeNET、PharmGKB、CTD、GAD、OMIM、GeneCards、KEGG等数据库检索与ONFH相关作用靶点;借助OmicShare平台筛选补虚药与活血药配伍治疗ONFH的作用靶点;采用STRING数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析,通过DAVID生物信息学资源数据库进行GO分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出补虚药有效成分53个、预测靶点142个,活血药有效成分118个、预测靶点148个;检索出ONFH相关作用靶点1159个,补虚药与活血药预测靶点与疾病ONFH的交集靶点有53个;PPI网络共包含节点52个、边477条,平均节点度值为18,平均介数为0.718;GO分析结果显示,交集靶点生物过程主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录正调控等,细胞组分主要包括细胞核、细胞质等,分子功能主要包括蛋白质结合、金属离子结合等;KEGG通路富集分析结果显示,交集靶点主要与癌症通路、PI3K-Akt信号通路、肺结核、HIF-1信号通路、南美锥虫病等通路有关。结论补虚药与活血药配伍主要通过潜在的“多成分-多靶点-多通路”来发挥作用,并通过不同成分作用于相同靶点、相同通路协同起效来达到治疗ONFH的目的。     

基于网络药理学与分子对接探讨防己—黄芪药对治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 采用网络药理学与分子对接的方法挖掘防己—黄芪药对治疗糖尿病肾病的有效活性成分和作用靶点,分析其可能的作用机制.方法 利用TCMSP数据库检索防己—黄芪的化学成分以及对应的靶点,以口服利用度(oral bioavailability,OB)≥30％、类药性(drug likeness,DL)≥0.18作为筛选条件筛...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨半夏泻心汤治疗胃食管反流病的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨半夏泻心汤治疗胃食管反流病(gastroesophageal reflux disease, GERD)的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索半夏泻心汤组方中药活性成分,并通过Swiss Target Prediction数据库筛选活性成分相关作用靶点。在DisGeNET数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)和GeneCards数据库中检索疾病相关靶点及潜在作用靶点。将潜在作用靶点与其对应的活性成分导入Cytoscape 3.9.0软件构建“半夏泻心汤-活性成分-靶点”网络并进行拓扑分析筛选核心活性成分,构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,拓扑分析筛选关键靶点,并构建关键靶点的PPI网络筛选核心靶点。将关键靶点导入DAVI...     

补阳还五汤治疗腰椎间盘突出症作用机制的网络药理学研究

目的:采用网络药理学方法探讨补阳还五汤治疗腰椎间盘突出症(lumbar disc herniation, LDH)的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)和文献筛选补阳还五汤的活性成分和靶点。利用在线人类孟德尔遗传(online Mendelian inheritance in man, OMIM)数据库、GeneCards数据库、Disgenet数据库检索LDH的靶点,通过与补阳还五汤的靶点取交集,获取补阳还五汤治疗LDH的靶点。利用Cytoscape3.8.0软件构建补阳还五汤治疗LDH的“活性成分-靶点”网络及靶点蛋白互作网络,筛选补阳还五汤治疗LDH的主要活性成分和关键靶点,并进行分子对接。同时利用R软件进行靶点基因GO分析和KEGG分析。结果:从TCMSP和文献中共筛选到补阳还五汤的活性成分47个、靶点265个。从OMIM数据库、GeneCard数据库、Disgenet数据库共检索到L...     

基于网络药理学探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的机制研究

目的 通过网络药理学研究探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制.方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台对黄芪、藿香、金银花的中药活性化合物进行检索、筛选.使用GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎疾病有关靶点,使用Cytoscape软件构建化合物—作用靶点网络关系图,应用STRING数据库...     

当归四逆汤治疗糖尿病周围神经病变靶点预测和机制探讨

目的采用网络药理学方法对当归四逆汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的相关靶点进行预测,并探讨其作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选当归四逆汤有效成分和相关靶点蛋白,通过Drugbank、TTD、Dis GeNET数据库检索并筛选DPN疾病相关靶点,整合筛选出当归四逆汤有效成分与DPN交集靶点,运用Cytoscape3.2.1软件构建当归四逆汤成分-靶点-疾病网络,通过在线分析工具Enrichr对当归四逆汤治疗DPN作用靶点进行GO生物过程和KEGG通路富集分析。结果当归四逆汤中28个活性成分对应作用于152个靶点蛋白,其中32个靶点与DPN相关。富集分析结果显示,该方可能通过作用MAPK级联正向调节等生物过程和糖基化终末产物-受体等信号通路发挥作用。结论当归四逆汤治疗DPN具有多靶点、多途径、整体调节作用特点。     

基于网络药理学的石菖蒲治疗注意缺陷多动障碍作用靶点及信号通路研究

目的采用网络药理学方法筛选石菖蒲治疗注意缺陷多动障碍(ADHD)的作用靶点及相关信号通路,进一步明确其作用机制。方法通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)、TCM Database@Taiwan数据库检索石菖蒲化学成分并筛选作用靶点,从DisGeNET、ADHDgene、TTD及DrugBank数据库检索与ADHD相关的疾病靶点,利用Cytoscape3.2.1软件构建化合物-靶点网络,并筛选核心网络,进一步进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果共筛选出石菖蒲治疗ADHD的化合物65个,与之相对应的作用靶点25个。共涉及信号通路238条,按其生物功能富集分为7组,分别为腺苷酸环化酶-G蛋白偶联受体信号通路、磷脂酶C-G蛋白偶联受体信号通路、单胺类神经递质转运、腺苷酸环化酶活性的调节、胺类物质转运的调控、平滑肌收缩功能及血管活性调节。结论本研究初步验证了石菖蒲治疗ADHD的药理学作用机制,为进一步从细胞生物学层面验证其作用机制奠定了基础。     

药食同源桔梗和百合配伍治疗肺炎的作用机制研究

采用网络药理学方法和体外验证实验,探讨药食同源桔梗、百合配伍治疗肺炎的潜在分子机制.以生物利用度(0B)≥30％、类药性(DL) ≥0.18为条件,在TCMSP数据库筛选桔梗和百合的活性成分,再通过TCMSP,DrugBank等数据库检索活性成分的预测靶点,通过GeneCards和OMIM数据库获得肺炎的潜在靶点.将药...     

基于GEO数据库及网络药理学探究杜仲健骨丸治疗股骨头坏死的作用机制研究

目的:利用GEO数据库及网络药理学方法研究杜仲健骨丸治疗股骨头坏死(ONFH)的作用机制。方法:ONFH疾病靶点通过GEO数据库筛选以及DrugBank、PharmGKB、GAD、OMIM、DisGeNET、GeneCards、CTD、KEGG等数据库检索获取;杜仲健骨丸的化学成分通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取,并以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为标准筛选有效成分,通过检索TCMSP数据库并结合经Swiss Target Prediction数据库预测的靶点作为有效成分作用靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集,通过Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”调控网络并进行蛋白互作网络(PPI)构建及拓扑分析,利用R软件进行GO和KEGG富集分析。结果:杜仲健骨丸中主要有槲皮素、山柰酚、黄芩素、木犀草素和异鼠李素等200个有效成分,对应的靶基因1 038个;GEO数据库中筛选共得到差异基因7 375个,各疾病数据库获得疾病相关靶点1 140个;PPI核心网络共包含AKT1、TP53、TNF和IL6等94个蛋白;GO和KEGG富集分析表明杜仲健骨...     

基于网络药理学的“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制研究

目的 基于网络药理学的方法探讨“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制。方法 基于中药系统药理学技术平台筛选“土茯苓-绵萆薢”药对的潜在活性成分,通过检索文献补充绵萆薢活性成分,利用SwissADME数据库根据类药五原则评估各成分的药代动力学参数,筛选绵萆薢有效活性成分。通过SwissTargetPrediction数据库预测绵萆薢有效活性成分的作用靶点。检索GeneCards和OMIM数据库获得的银屑病相关靶点,通过Venny 2.1获得“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的潜在作用靶点,构建活性成分-靶点网络。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,并筛选核心靶点和Hub靶点。应用David数据库和OmicShare tools对关键靶点进行GO富集与KEGG分析,并构建“活性成分-核心靶点-通路”网络,应用分子对接技术对重要成分和重要靶点的相互作用进行验证,系统阐释“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制。结果 共获得“土茯苓-绵萆薢”药对25个潜在活性成分和356个作用靶点,通过与银屑病相关靶点进行映射,获得111个交集靶点。通过构建PPI网络并进一步筛选,获得“土茯...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨独活寄生汤治疗退行性腰椎管狭窄症的分子作用机制

目的 运用网络药理学的研究方法,初步分析独活寄生汤治疗退行性腰椎管狭窄症(DLSS)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索和筛选独活寄生汤方药物的活性成分,同时在GeneCards、OMIM数据库中检索DLSS的靶点。利用Venny平台得到独活寄生汤治疗DLSS的潜在作用靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建独活寄生汤治疗DLSS的“单味药—活性成分—作用靶点”网络和蛋白质相互作用网络(PPI),并通过David数据库对独活寄生汤治疗DLSS的作用靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究独活寄生汤治疗DLSS的作用机制,并通过分子对接来模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况。结果 共探索出独活寄生汤主要涉及1939个有效活性成分及对应292个潜在靶点,DLSS靶点1258个,筛选出共同靶点122个。经PPI互作图显示蛋白ALB、AKT1、IL-6、IL-1B、CASP3等存在较多连线。药物-活性成分-靶点网络图显示,度值较高的活性成分主要涉及柚皮素、芒柄花黄素、甘草查尔酮A、黄芩素等,被影响较多的靶点...     

基于网络药理学方法探索达原饮治疗发热作用机制

目的运用网络药理学方法对达原饮进行分析,探索达原饮治疗发热的相关靶点与通路,明确其作用机制与潜在治疗疾病,为后续研究提供指导。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索达原饮各组成药物的主要化学成分及作用靶点,参考类药五原则并结合口服生物利用度对成分靶点数据进行筛选,通过String数据库检索筛选后的靶点,得到达原饮作用靶点基因,在CTD数据库中检索发热(fever)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到达原饮治疗发热相关靶点;在String数据库中检索达原饮治疗发热相关靶点,得到达原饮治疗发热相关通路;利用Cytoscape3.7.0软件对通路进行模块化分析,选择分值最高者,在WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit中进行可视化分析。结果得到达原饮治疗发热相关靶点432个,相关通路75条,其中特异性疾病相关通路21条,非特异性疾病相关通路54条。结论达原饮治疗发热的作用机制涉及以代谢为中心的多种途径,可能通过多靶点复杂通路的共同干预起效。本研究就达原饮对于癌性发热的治疗补充了数据支持,并推测达原饮治疗神经退行性疾病具有可能性。