16S rRNA基因序列在分析杆菌分类鉴定的研究进展

16S rRNA基因序列高度保守,其核苷酸位点的变化具有种的特异性,用分子生物学技术分析16S rRNA基因,能够将分枝杆菌鉴定到种的水平。本文就用16S rRNA基因进行PCR扩增、DNA直接测序、限制性酶切片段长度多态性（RFLP）分析、DNA探针杂交来鉴定分枝杆菌进行综述。     

16S rRNA及相关技术用于临床细菌鉴定的研究进展

<正>快速、准确地鉴定细菌是临床微生物学最基本的任务,传统的细菌鉴定方法依赖于直接涂片检查、纯培养,从表型特征方面加以鉴定。该方法繁琐、费时,主要又依赖于专业人员的经验和专业知识。随着核酸技术发展,16SrRNA序列测定被用于细菌分型鉴定,还可用于发现和描述新的细菌种类,尤其是表型鉴定难于确定的细菌。随着细菌基因组研究的进展,利用分子生物学对细菌进行鉴定已初步应用于临床,包括16S     

16S rRNA基因序列在分枝杆菌分类鉴定的研究进展

16S rRNA基因序列高度保守,其核苷酸位点的变化具有种的特异性,用分子生物学技术分析16S rRNA基因,能够将分枝杆菌鉴定到种的水平.本文就用16S rRNA基因进行PCR扩增、DNA直接测序、限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析、DNA探针杂交来鉴定分枝杆菌进行综述.     

痰标本中金黄色葡萄球菌的分离鉴定方法研究

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床标本中未知病原菌的诊断提供新的方法思路。方法对1份临床发热伴呼吸道症候群患者的痰标本进行分离培养,获得3种不同的菌落。直接以纯菌落为模板,以通用引物扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序后进行基于局部比对算法的搜索工具比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果3种菌落分别为不易致病的表皮葡萄球菌、龋齿罗特放线菌及致病性的金黄色葡萄球菌,后者继续用特异性引物扩增检测鉴定,确认为金黄色葡萄球菌。结论本研究建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定临床标本中未知病原菌的简便方法。     

54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株(共9种4组)分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株(共41种)分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株（共9种4组）分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株（共41种）分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

人苍白杆菌深圳分离株16S rRNA基因部分核苷酸序列分析

目的对深圳市布吉人民医院分离鉴定的1株人苍白杆菌进行16S rRNA基因的部分核苷酸序列分析,以探讨该菌株在分类学上的准确地位。方法对该菌株进行PCR扩增及16SrRNA基因序列测定,并与人苍白杆菌标准株及羊种布氏杆菌比较。结果3株细菌均可扩增到大小约900bp的16S rRNA基因片段,经核苷酸序列分析比较,发现人苍白杆菌深圳分离株与人苍白杆菌标准株和羊种布氏杆菌具有高度同源性,同源程度大于98%。结论该院分离的人苍白杆菌不仅与购自美国的人苍白杆菌ATCC株有高度同源性,而且与北京保存的羊种布氏菌在遗传学上也具有非常密切的亲缘关系。     

30株苍白杆菌的分离鉴定和药物敏感性分析

目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-GN13药敏鉴定卡进行微量稀释法的药敏实验。结果经生化鉴定和基因测序,17株为人苍白杆菌、10株为中间苍白杆菌、1株为嗜血苍白杆菌、1株疑为苍白杆菌属内未分类的新种、1株为解糖精假苍白杆菌。药敏试验显示对喹诺酮类和亚胺培南的敏感率分别为100%和93.3%;对三代头孢类抗菌药物和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率为93.3%和96.7%;对氨基糖苷类抗菌药物敏感性因菌种而异,人苍白杆菌对阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素的敏感率分别为94.1%、88.2%和94.1%,而中间苍白杆菌为0%、10%和0%,差异具有统计学意义(χ2=14.50,P0.05)。结论临床苍白杆菌感染主要由人苍白杆菌和中间苍白杆菌引起,二者对氨基糖苷类抗菌药物敏感率的差异可用于其种型的区分。     

革兰阴性杆菌16S rRNA甲基化酶耐药研究进展

氨基糖苷类抗生素通过作用于细菌核糖体30S亚基的16S rRNA高度保守的A位点,干扰细菌蛋白质的合成,从而引起细菌死亡。氨基糖苷类抗生素具有杀菌作用,抗菌谱广,较长抗生素后效应等特点,而且还与其他抗菌药物有协同作     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

16S rRNA基因序列分析在感染性心内膜炎瓣膜内病原菌检测中的应用

目的探讨16S rRNA基因序列法在感染性心内膜炎(IE)患者瓣膜赘生物内致病原检测中的应用价值。方法对129例IE患者术中赘生物进行DNA提取、PCR扩增及测序分析,并与传统血培养及赘生物培养进行比较分析。结果配对卡方检验显示16S rRNA基因序列分析法检测阳性率明显高于血培养[83.53%(71/85)vs 28.24%(24/85),P0.05]和赘生物培养[77.5%(100/129)vs 18.6%(24/129),P0.05],可检出苛养菌及立克次体、巴通体、支原体等特殊病原体。结论应用16S rRNA基因序列分析法可提高IE患者瓣膜赘生物致病原的检出率。     

PCR扩增16S rRNA基因检测幽门螺杆菌的特异性研究

为了评估 PCR扩增 1 6S r RNA基因检测幽门螺杆菌的特异性 ,对 Hp和非 Hp临床分离菌株、胃活检组织、胃黏液、大便、淋巴细胞及其它非胃组织进行了 Hp的检测。 49株 Hp均出现 1 0 9bp特异扩增条带 ,而 7株非 Hp菌株为阴性 ;77份胃活检组织中 ,细菌培养阳性 48份 ,PCR阳性 50份 ;550份吞线取样的胃黏液标本 PCR扩增 Hp阳性 2 61份 (47.5% ) ;2 0份淋巴细胞、2 0份大便、5份乳房组织、4份肌肉组织、7份肺组织、2份脾组织和 3份肝组织标本 ,PCR扩增均阴性。结果显示 ,PCR法扩增 1 6S r RNA基因有较高的特异性 ,可用于临床标本 Hp的检测。     

阴沟肠杆菌16SrRNA甲基化酶基因分布

目的：了解湖南邵阳地区耐氨基糖苷类抗菌药物的阴沟肠杆菌中16S rRNA甲基化酶基因分布特点及其与氨基糖苷类抗菌药物耐药性的关系。方法收集2012年8月至2014年5月邵阳地区新宁县人民医院、武岗市人民医院、邵阳县人民医院和邵阳医学高等专科学校附属医院临床样本中分离的241株阴沟肠杆菌,采用API20E进行菌种鉴定,同时用纸片扩散法进行体外药物敏感性试验。采用聚合酶链反应（ PCR）进行armA、npmA、rmtA、rmtB、rmtC和rmtD基因检测,分析耐药基因与耐药表型的关系。结果241株阴沟肠杆菌中200株对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素和奈替米星4种氨基糖苷类抗菌药物耐药,其耐药率分别为41．9％、68．5％、70．1％和63．5％。基因检测结果提示,241株阴沟肠杆菌检出2种16S rRNA甲基化酶基因,分别为armA（96株,39．8％）和rmtB（17株,7．1％）,未检出npmA、rmtA、rmtC和rmtD基因。结论16S rRNA甲基化酶与氨基糖苷类抗菌药物的耐药性有相关性。不同地区分离的对氨基糖苷类药物耐药的阴沟肠杆菌菌株携带16S rRNA甲基化酶的基因型有一定差异,湖南邵阳地区阴沟肠杆菌以携带armA基因为主。     

API法与16S rRNA法鉴定棒状杆菌比较

目的解决API法无法鉴定的棒状杆菌的鉴定问题，比较API法与16S rRNA法鉴定棒状杆菌的不同。方法86株棒状杆菌临床分离株用法国生物梅里埃API Coryne鉴定系统鉴定，经API法鉴定结果无编码的和可信度小于80％的以及两家医院结果不一致的共9株，自行设计引物用16S rRNA鉴定法完成。结果经API法鉴定结果无编码的和可信度小于80％的以及两家医院结果不一致的共9株棒状杆菌用16S rRNA法得以准确鉴定。结论难以用表型鉴定的棒状杆菌用16S rRNA法得以准确鉴定，表型鉴定法的准确性一定程度上受方法学限制。     

Pacemaker infection due to Mycobacterium fortuitum: the role of universal 16S rRNA gene PCR and sequencing

Rapidly growing mycobacteria are a rare cause of pacemaker infection. A low index of suspicion and conventional diagnostic methods may delay diagnosis. We present a review of the literature and report a case of pacemaker infection due to Mycobacterium fortuitum rapidly detected by universal 16S rRNA gene polymerase chain reaction and sequencing.     

Updated multiplex polymerase chain reaction for detection of 16S rRNA methylases: high prevalence among NDM-1 producers

We develop a rapid (<4 h) and reliable multiplex polymerase chain reaction for screening of 16S rRNA methylase genes conferring resistance to aminoglycosides. This study particularly underlined that 16S rRNA methylases are frequently (75%) identified among Enterobacteriaceae isolates producing the carbapenemase NDM-1.     

Simple multiplex real-time PCR for rapid detection of common 16S rRNA methyltransferase genes

We have developed a real-time multiplex PCR assay to detect the three most common 16S rRNA methyltransferase genes (armA, rmtB and rmtC), which encode problematic high-level resistance to all clinically-relevant aminoglycoside antibiotics. All results were consistent with published conventional PCR assays and these genes still appear rare in Australia.