湖北省采供血HIV-1感染者分子流行病学分析

目的分析湖北省经采供血感染人类免疫缺陷病毒（HIV-1）流行株的亚型特点和流行规律。方法2005年采集湖北省HIV-1感染者抗凝外周血22份,分离外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear cells,PBM-Cs）,提取前病毒DNA,用巢式PCR方法（nested polymerase chain reaction,nested-PCR）扩增HIV-1病毒gag至pol约3kb的核酸序列,并进行序列测定。应用BioEdit软件对序列排列、比对后,使用Clustal X系统进化树分析,确定亚型,并应用Simplot软件进行重组分析。结果通过巢式PCR扩增以序列测定得到17份样品的序列,根据gag-pol基因序列,与HIV-1亚型国际参考株比较,通过系统进行分析,确定湖北省的17个HIV-1毒株与邻近省份河南省的流行株B′亚型十分接近,均属于泰国B′亚型,并且未发现重组株的存在。结论湖北省经采供血感染的HIV-1流行株属于B′亚型,与河南省有偿献血员流行的HIV-1 B′亚型密切相关。     

湖北省HIV-1分子流行病学研究

目的了解湖北省HIV-1基因型分布特征。方法对湖北省HIV-1主要流行区域进行流行病学调查，应用巢式聚合酶链反应对其中102例HIV-1感染者的env基因V3～V4区、gag基因P17/P24区和tat基因第一外显子区进行扩增，对各基因区阳性扩增样本进行序列测定，并对各基因区核苷酸进行序列分析。结果所有目标人群中共存在B^＋、C2种亚型以及CRF08-BC和CRF01-AE2种重组毒株，B^＋亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者以及二者的配偶和性乱人群，主要分布既往有偿献血员集中的地区。CRF08-BC、CRF01-AE重组主要涉及性乱人群，分布于经济发达的城市或地理位置偏南方的地区。C亚型为离散病例，主要涉及静脉毒品注射者。结论湖北省已由既往单一HIv-1 B^＋亚型转变为多种亚型、重组亚型流行的复杂局面，各亚型在省内高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在湖北省有加快流行和进一步复杂化的趋势。     

上海市虹口区HIV-1感染者分子流行病学研究

【目的】分析上海市虹口区新确认未治疗人类免疫缺陷病毒（HIV）-1感染者的HIV-1亚型分布特征,为虹口区建立HIV-1亚型数据库,探索获得性免疫缺陷综合征（AIDS）精准防治策略提供基础数据和思路。【方法】虹口区2016年新确认的HIV-1感染者的血浆样品119份,对HIV-1 RNA pol区基因进行反转录和基因扩增,扩增后进行DNA测序,在Los Alamos2022 HIV-1基因数据库网站上使用HIVBLAST工具进行HIV-1亚型分析,并结合流行病学资料进行分析。【结果】119份样品中,共获得89例pol区基因片段,以CRF07＿BC(38.2%)、CRF01＿AE(36.0%)为主,B亚型占13.5%,并发现新型重组亚型CRF55＿01B和独特重组亚型URF＿0107各2例（2.3%）。【结论】2016年,虹口区HIV-1感染者HIV-1流行亚型以CRF07＿BC和CRF01＿AE为主,新的重组亚型CRF55＿01B和独特重组亚型URF＿0107已在虹口区出现,密切监视其流行趋势十分必要。     

广西HIV-1首次流行的分子流行病学分析

目的　广西自1996年4月起在静脉吸毒者和卖血者中发现HIV感染者,为了解其传染来源和判断其流行趋势,对广西流行的HIV进行分子流行病学分析。方法　选取HIV抗体阳性血清标本44份,分别采用多肽酶免疫法(PEIA)和经逆转录PCR扩增作cDNA序列分析,分别确定其HIV-1基因亚型并加以比较。结果　结果表明广西存在4种HIV-1M组基因亚型,即B’(泰国B亚型)、C、D、E亚型。在静脉吸毒人群和性混乱者中存在HIV-1E亚型流行和C亚型感染者;而在卖血者中发现HIV-1B’和D亚型感染。结论　HIV-1D亚型感染和E亚型流行已在国内出现,E亚型病毒已由东南亚传入流行并将在我国南部形成新的流行区域。提出血清学分型方法可作为HIV-1基因亚型分析的筛选技术推广应用。     

辽宁省2008-2010年HIV-1基因亚型分布特征及流行病学分析

HIV-1毒株的感染力较强,是目前HIV流行的主要病毒株和重点研究对象[1].HW-1分为M(main)、O(outlier)和N(non-M-non-O)3个组.其中M组又分为A～K亚型.近年又证实了至少16种各种亚型的重组型CRF 01至CRF016.本研究对59例HIV-1感染者血浆样本进行基因扩增和序列分析并收集相关流行病学资料,结果报道如下. 1.材料与方法: (1)样本来源:选取2008-2011年经病毒载量检测,载量＞1000 copy/ml的59例样本进行HIV蛋白酶(PR)和反转录酶(RT)基因区的扩增和测序.     

湖南省HIV-1分子流行病学研究

目的 了解HIV毒株在湖南省的亚型别特点和流行规律。方法 收集湖南省不同地区40名既往已确认为HIV-1感染者的抗凝全血样品，提取前病毒DNA，用套式聚合酶链反应方法（nested-PCR）扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V3区，并进行序列测定。序列的排列、比较和同源性分析使用威斯康星GCG公司软件完成，确定亚型。结果 通过PCR扩增得到33份样品的结果，依据env区基因序列，与HIV-1各个亚型国际参考株比较，通过系统进化分析，最后确定湖南省样品分属6个亚型，分别为HIV-1B亚型中的泰国B（B’）亚型10份，欧美B亚型3份，流行重组型CRF-BC5份，流行重组型CRF01-AE13份，A亚型1份和D亚型1份。结论 湖南省已存在多种HIV-1亚型，应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测，及时调整防治策略。     

福建省HIV-1病毒基因亚型分布的研究

目的 了解福建省HIV1各亚型的流行情况,帮助分析其传染来源和判断流行趋势.方法 采集福建省检出的13例HIV1感染者的外周血单核细胞(PBMCs),提取核酸后用套式聚合酶链反应技术进行扩增HIV1膜蛋白(env)基因C2V3区目的核酸片段,应用异源双链泳动分析法(HMA)进行HIV1亚型的分析.结果 13份标本PCR扩增均阳性,亚型分析结果表明福建省存在HIV1B亚型和E亚型.结论 HIV1B亚型和E亚型可能是福建省流行的主要亚型,主要经性途径由境外传入,且经性传播途径在人群中流行.异源双链泳动分析法可作为HIV1分子流行病学分析的筛选技术推广应用.     

深圳地区1992--2008年HIV-1分子流行病学研究

目的 了解1992-2008年深圳地区HIV-1亚型的流行特点.方法 抽取1992-2008年深圳地区HIV确认阳性患者血清489份,应用巢式PCR扩增膜蛋白基因(env基因),并对PCR产物进行序列测定和分析.结果 共有464份样本获得分型结果,主要为CRF01 AE亚型(64.4％,299/464),其次是CRF BC( 17.5％,81/464)、B'(14.7％,68/464)和B亚型(2.4％,11/464),还发现C(0.4％,2/464)、A1 (0.2％,1/464)、CRF02_AG(0.2％,1/464)和CRF06_cpx (0.2％,1/464)亚型/重组亚型.CRF01 AE和CRF BC主要流行于异性性传播、同性性传播和静脉吸毒人群,B'亚型主要经异性、同性性传播和血液传播.另外经系统进化分析发现,不同时间段的样本出现明显的时间汇聚现象,并伴随传播途径的聚集以及交叉感染现象;各亚型/重组株样本组内及与标准参考株间的基因离散率随着时间的增加有明显增大趋势.结论 CRF01 AE重组株是深圳地区HⅣ-1的主要流行株,CRF_BC、B、B'、C、A1和CRF02_AG、CRF06_cpx亚型/重组亚型也在深圳地区少量流行,各亚型在流行过程中发生较大变异.     

广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区序列变异分析

[Objective] To study the genetic variations of V3-V4 and flanking regions of the env gene from the circulating recombinant form （CRF） of human immunodefieiency virus type 1 （HIV-1） in Guangxi. [Methods] 24 samples were collected from the prevailing area of HIV-1 in Guangxi. Fragments of the HIV-1 env gene were amplified by nest-PCR from proviral-DNA templates of HIV-1 infected individuals. The PCR products were then directly sequenced by using ABI 310 DNA SEQUENCER. The sequencesof V3-V4 region and flanking region of the env gene from CRF were carried out amino acid mutations by CLUSTAL. MEGA and dnatools software. [ Results] Of the 24 samples, 21 samples （ 87.5% ） were infected with CRF01-AE. 3 （12.5%） were infected with CRF08-BC. Phylogenetic tree analysis showed that 21 CRF01-AE strains clustered with 97CNGX2F andTHCM240, while 2 CRF08-BC strains were closely related to CRF08-BC.98CN006 and CRF08-BC. 97CNGX6f, and 1 CRF08-BC clustered with C.95IN21068. Nueleotied sequence analysis showed that DNA distances in V3-V4 regions of the env gene of 24 samples were closely related to the normal strains in Guangxi, and majority of amino acid substitution occurred in C3 and V4 regions rather than V3 region. [Conclusions] Majority of genetric variation in V3-V4 regions of the env gene from recombinant form of CRF01-AE occur in the C3 and V4 regions rather than V3 region.     

山东省HIV-1B亚型毒株分子流行病学研究

目的　了解人类免疫缺陷病毒 1型 (HIV -1B)亚型毒株在山东省的流行分布情况和传播规律。方法　采集 17份HIV -1感染者的外周静脉防凝血 ,提取前病毒DNA进行体外扩增 ,获得包膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2 -V3及邻区的核苷酸进行测定和分析。结果　系统树和基因离散率分析发现这 17份血样均为HIV -1B亚型感染 ,且感染毒株距离泰国B亚型代表株RL42最近 ,离散率为 9 16± 3 3 4 ,17毒株之间的离散率为 11 69±4 19。氨基酸序列分析发现 ,V3环顶端 4肽基序呈多态性 ,有 6种形式。结论　HIV -1B亚型在山东省地理分布广 ,并涉及 3类人群两种传播途径 ,且毒株出现较大变异 ,具有广泛传播的潜在危险     

山东省HIV-1感染者分子流行病学研究

目的了解流行于山东省境内艾滋病病毒(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对93例HIV感染者进行详细的流行病学调查，并采集外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B’、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF02-AG和CRF01-AE 4种重组毒株，B’亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者、二者的配偶和性乱人群，分布在山东省10个地市；CRF07-BC、CRF08-BC亚型以吸毒人群为主，分布在5个地市；CRF01-AE和其他亚型则主要为性乱人群，集中在几个经济发达的城市。结论山东省HIV-1亚型众多，各亚型在我省高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

河南省1157份人免疫缺陷病毒1型毒株亚型分析

目的 了解河南省人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株的亚型状况及序列变异、流行特征,分析其传染来源及传播规律,为河南省艾滋病防治策略提供依据.方法 对2005-2006年在河南全省收集的1157例HIV-1感染者抽取静脉血,分离单个核细胞(PBMC),用套式聚合酶链反应(nest-PCR)对单个核细胞中前病毒脱氧核糖核酸(DNA)的膜蛋白(env)基因进行扩增,并对其C2V3区核苷酸序列进行了测定和分析.结果 1157份样本中存在B'、C亚型及BC、AE 2个重组亚型.其在所有分析样本中的比例分别为96.456%(1116/1157)、0.346%(4/1157)、2.593%(30/1157)、0.605%(7/1157).与国内及国际的参考毒株RL42、C.95in21068、07-BC.CN.97.C54A、01AE.TH.90.CM240间的离散率分别为(8.971±3.182)%、(5.109±0.112)%、(3.568 4±0.254)%、(4.775±0.128)%.B'亚型以既往有偿献血人员为主,BC亚型以性传播为主,AE亚型以性传播及既往献血途径为主,C亚型以性传播为主.结论 目前河南省艾滋病感染者中有B'、C亚型及BC、AE两个重组亚型.泰国B'亚型依然占主导地位.在局部地区,非B'亚型有聚集的现象,应引起当地卫生机构的注意,加大对流动人员的检测.     

河南省人免疫缺陷病毒1型流行现状研究

目的 了解河南省人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株的亚型状况及序列变异、流行特征,分析其传播来源和传播规律.方法 对2006-2007年在河南省采集的1287例HIV-1感染者抽取静脉血,用巢式聚合酶链反应(nest-PCR)对单个核细胞中前病毒脱氧核糖核酸的env基因和gag基因进行扩增,并测定和分析核苷酸序列.结果 1287份样本中存在B'、C亚型及BC、AE两个重组亚型,其在所有分析样本中的比例分别为95.882%(1234/1287)、0.466%(6/1287)、2.875%(37/1287)、0.777%(10/1287).与国内及国际的参考毒株RL42、C.95in21068、07-BC.CN.97.C54A、01AE.TH.90.CM240间的离散率分别为(9.327±0.245)%、(5.214±0.183)%、(6.278±0.194)%、(5.332±0.1 58)%.结论 目前河南省艾滋病感染者中有B'、C亚型及BC、AE两个重组亚型.泰国B'亚型依然占主导地位.B'亚型以既往有偿献血人员为主,BC亚型以性传播为主,AE亚型以性传播及既往献血途径为主,C亚型以性传播为主.     

中国部分地区HIV-1流行株基因型分布与母婴传播

目的 了解中国部分地区艾滋病病毒(HIV)-1主要流行区的病毒基因型分布特征及其对母婴传播的影响。方法 通过巢式聚合酶链反应对来自全国11个省(区)的HIV-1阳性病例(包括母婴病例)的gag基因和env基因的部分区域进行扩增并测序,采用DNA分析软件进行系统树和距离等分析。结果 共完成gag基因p17测序60例,env基因C2-V4区测序69例。新疆自治区和河南地区的流行株均很单一,前者为C亚型,河南省及周边地区为泰国B亚型(B'),云南地区主要为C和E亚型,而在北京和上海地区有A、B、C、E等多种不同亚型。新疆的病毒株与云南地区的C亚型极为相似,来源相似。在32对母婴病例中,主要为B和C亚型,E亚型1例,未定型2例。B亚型母亲的母婴传播率(50.0％)较明显地高于C亚型(26.7％),但差异无统计学意义。结论 中国部分地区HIV-1的亚型分布具有明显的地域特性,亚型对母婴传播的影响尚不清楚。     

浙江省2009年随访HIV/AIDS的分子流行病学研究

目的分析2009年浙江省随访艾滋病病毒感染者戊滋病患者(HIV/AIDS)分子流行病学特征。方法以浙江省各地市为单位随机抽样确定303例研究对象,收集个案信息、采集样本并提取基因组DNA,用巢式PCR扩增gdg基因片段,测序并进行生物信息学分析。结果序列成功获得率为74.3% (225/303 )。存在7种亚型,分别为CRFO1_AE (58.7% ), CRF07_BC(13.8%),CRF08_BC(9.8%),B''(15.1%>,C(l.8%>,G(o.4%)和未定义Bc重组(新型独特重组型,0.4% ) o HIV BLAST分析显示,毒株同源性最高的报告地涉及国内辽宁、广西、云南、河南等10个省(区)和泰国、越南、印度、南非和利比亚5个国家。CRFO1_AE系统进化树分为4簇,同性传播感染者序列聚集于簇1,但与异性传播感染者混合并存。结论浙江省HIV毒株的多样性和复杂性进一步增加。以流行重组型占显著优势,存在新型独特重组型和新型别,同性传播与异性传播感染者呈交叉渗透趋势。     

云南瑞丽静脉药瘾人群HIV1感染者毒株env基因V3区序列测定研究

为了解云南瑞丽静脉药瘾人群HIV1感染者毒株的分子流行病学特征 ,运用套式聚合酶链反应 (nestedPCR)对来自云南静脉药瘾人群的 16株HIV1env基因V3区进行扩增 ,并对扩增片段进行DNA序列测定和分析。结果显示 ,与本地区共享序列相比 ,16株HIV1膜蛋白V3区氨基酸序列的株间变异为 0 %～ 2 3% ,平均为 7%。HIV1云南株膜蛋白V3区氨基酸共享序列与HIV1SF2株及美欧株共享序列同源性在 90 %以上 ,而与海地、日本及非洲等地的代表毒株同源性较低。结果表明 ,在进化上这16株HIV1毒株间有非常密切的关系。这一地区的流行毒株在这一时期以美欧株、HIV1SF2株及其衍生株为主。     

广西HIV-1毒株膜蛋白V3环氨基酸变异分析

目的了解广西HIV-01亚型膜蛋白v3环的氨基酸序列特征及变异特点。方法应用nest—PCR对46份来自广西主要流行区的HIV-1重组毒株env基因区进行扩增后，使用ABI 310型测序仪测序，然后应用CLUSTAL、MEGA和dnatools等生物学软件对env基因区V3环及其临近区域的氨基酸序列进行分析。结果46份基因序列，43份为CRF01-AE（93．48％），3份为CRF08-BC（6．52％）；V3环氨基酸序列分析显示，CRF01-AE毒株存在7种类型：GPGQ（74．4％）、GPGR（9．3％）、GPGK（4．7％）、GPGH（4．7％）、GPGA（2．3％）、GRGE（2．3％）和RPGE（2．3％），而CRF08-BC毒株V3顶端四肽为GPGQ；根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况，结果显示：60．47％的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5为辅助受体，39．53％不能对辅助受体的使用做出预测，CRF08-BC重组毒株100％可能使用CCR5。结论目前广西HIV-1的主要流行株是CRF01-AE；V3环序列高度变异，顶端四肽主要是GPGQ，可能为NSI型毒株。     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和亚型分析的研究

目的 将干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和哑型分析。方法采集20例静脉吸毒HIV-1感染者的EDTA抗凝静脉全血2ml，80μl制备干血斑样本。QIAamp Blood Mini试剂盒，10％Chelex 100树脂分别提取全血和干血斑中细胞DNA。HIV-1enu基因Gp41区2对外侧和内侧引物，按照巢式PCR方法，扩增Gp41区，PCR产物用内侧正反向引物测序。MEGA3．0等软件完成序列比对及亚型分析。结果18对符合要求的干血斑和全血样本进入研究。16对经序列分析归为中国流行的BC重组亚型，样本间的基因平均离散率为5．79％，与中国流行的BC重组业型的基因离散率为491％，与C亚型代表序列基因离散率为8．89％，与其他几个国际亚型代表株的基因离散率在15％～20％之间。另2对样本分别归属于泰国B’亚型和欧美B亚型。结论干血斑样本与全血样本HIV-1 DNAPCR产物亚型分析一致，氨基酸序列比对同义和非同义替换比例、位置和类型基本一致，其易采集，便于运输，保存条件和生物危险性低，费用低廉的优点适合作为实验条件较差的偏远地区HIV-1分子流行病学研究的一种样本采集手段。     

广西壮族自治区2008 - 2009年HIV-1流行毒株基因型及其分布

目的了解广西地区目前HIV-1流行毒株的基因型及其分布。方法收集广西地区13个市294名2008-2009年新诊断的HIV感染者血浆标本和背景信息,感染途径主要为异性性传播(86.1%)。采用RT PCR法分别扩增HIV-1 gag,pol全长基因(分别为1584 by和3147 by)及enu:基因的C2V3片段(558 bp),序列编辑后用Genotyping及Mega 5.031具确定病毒的基因型,用Simplot和Recombinant HIV-1 Drawing Tool软件进行病毒基因的重组分析。结果获得全长gag基因序列270条、全长pol基因序列246条、。enu>基因C2V3区序列223条,确定272例标本的基因型。CRFO1_AE占的比例最高(77.6% ),其次为CRF08_BC(10.7%)和CRF07_BC ( 7.4% ),有4例B(B'')亚型,1例G亚型,还有7例未知重组型。性别、民族间病毒基因型分布的差异无统计学意义。7株新型重组毒株有6株以CRF01_AE为母株,嵌人B和/(或)C的片段,还有1株为CRF07_BC和CRF08_BC的二代重组。结论广西地区目前流行的HIV-1毒株以CRFO1_AE为主,并出现以CRFO1_AE为母株嵌人其他毒株基因片段的新型重组毒株,呈现基因组结构复杂化趋势。