长白山地区药用植物龙胆DNA条形码鉴定

目的：基于内转录间隔区2（internal transcribed spacer 2,ITS2）碱基序列,运用DNA条形码鉴定技术对长白山地区药用植物龙胆进行鉴别研究,为龙胆药材的基原植物鉴定和药材的真伪鉴别提供参考。方法：采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）提取法提取龙胆叶片及药材的DNA,对其中特定ITS2碱基序列进行聚合酶链式反应（PCR）扩增,检测后测序,并从GenBank下载同属植物序列,运用SeqMan软件对碱基序列拼接后,采用MEGA 7.0软件对数据进行分析处理及对比,计算Kimura 2-parameter （K2P）遗传距离,建立邻接（NJ）法,进行对比分析。结果：根据NJ聚类树可知,不同种龙胆属植物笔龙胆、三花龙胆、高山龙胆、坚龙胆都自为一支,区分明显,龙胆和条叶龙胆聚在一支未能区分开,同时结合变异位点及K2P遗传距离发现,条叶龙胆和龙胆应用ITS2碱基序列区分时种间差异十分小。吉林省长白山10个不同地区的龙胆种内几乎无差异,经Blast比对确定碱基序列的确为所需要鉴定的品种。结论：运用ITS2碱基序列的DNA分子条形码鉴别方法对龙胆植物及药材进行鉴别有效可行且成功率较高,可以用于龙胆属种间及种内鉴别。     

药用植物DNA条形码研究进展

近10年来,DNA条形码(DNA barcoding)技术飞速发展,已经成为国际上生物学研究的热点之一。该技术在鉴别动物物种上已经得到了广泛的认同和应用,但是在药用植物领域存在极大的挑战,至今还没能得出一个通用的候选序列。候选序列主要有单序列如matK、rbcL等,复合序列如rbcL+trnH-psbA等。现综述DNA条形码在药用植物鉴定中的应用研究,并对常用单序列和复合序列的鉴定应用展开了讨论;同时针对近期提出的以叶绿体全基因组作为"超级条形码"的可行性进行了分析讨论和展望,以期为中药药用植物的快速准确鉴定提供新的研究思路。     

基于ITS条形码的滇鸡血藤及混伪品分子鉴定

目的：基于内转录间隔区（ITS）序列,运用DNA条形码技术对滇鸡血藤药材及其混伪品进行序列比对分析,根据单核苷酸多态性位点构建滇鸡血藤单倍型数据库,建立快速、准确鉴定滇鸡血藤的分子鉴定方法。方法：以滇鸡血藤及其混伪品为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取滇鸡血藤及其混伪品的总DNA,对ITS序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算Kimura2-parameter遗传距离,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果：滇鸡血藤ITS序列片段长度为675 bp,共包括19种单倍型,与其主要混伪品的差异位点为212、223、224 bp,系统发育树显示,ITS序列能够区分滇鸡血藤及其混伪品。结论：ITS条形码可以作为区分鉴定滇鸡血藤及其混伪品的分子条形码,包含19个单倍型的单倍型数据库覆盖了滇鸡血藤全部的单倍型。     

黄芩ITS2条形码数据库构建及其种子的DNA条形码鉴定方法建立

目的:通过构建黄芩核糖体DNA内转录间隔区2(ITS2)条形码数据库,建立黄芩种子DNA条形码鉴定新方法,保障黄芩种子基原准确。方法:收集黄芩对照药材、基原植物、生药材、公共数据库及其常见代用品的ITS2序列,构建黄芩DNA条形码数据库;收集62份市售黄芩种子样品,每份种子获取3~4条ITS2序列,基于BLAST方法、遗传距离法和邻接(NJ)系统发育树法进行物种鉴定。结果:共获得101条黄芩及其代用品的ITS2序列。黄芩的种内序列变异小于种间序列变异,黄芩、甘肃黄芩和粘毛黄芩在NJ系统发育树上分别聚为独立的支,可相互区分。共获得195条黄芩种子的ITS2序列,DNA条形码鉴定结果表明193条为黄芩序列,2条为真菌序列。结论:黄芩ITS2条形码数据库稳定可靠,可满足黄芩种子DNA条形码鉴定的需求。DNA条形码技术可用于黄芩种子的物种鉴定。     

景天属药用植物DNA条形码研究

目的:评价DNA条形码候选序列对景天属药用植物及其混伪品的鉴别能力,探索景天属药用植物鉴定的新方法.方法:使用ITS2、rbcL、marK和psbA-trnH序列的通用引物对景天属药用植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增效率、种内和种间变异的显著性,以及Barcoding gap,采取BLAST 1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力.结果:ITS2序列在采集的景天属几种药用植物中扩增成功率为100%,其种内种问变异差异、Barcoding Gap较psbA-trnH、rbcL序列具有更明显的优势,而且纳入网上48个样品33个种的数据后鉴定成功率仍达到100%.结论:ITS2序列能够准确鉴定景天属药用植物,并将其与常见混伪品区别开,ITS2可推荐为景天属首选的DNA条形码序列.     

濒危兰科药用植物DNA条形码鉴定

兰科药用植物形态分类困难,此研究采用DNA条形码分子鉴定法从分子水平验证兰科药用植物的传统形态分类。以matK,psbA-trnH和ITS2序列作为DNA条形码对已进行了形态鉴定的49属135种163份兰科药用植物样品进行分子鉴定,经DNA提取,PCR扩增、双向测序及校对拼接后,将得到的序列在GenBank中进行BLAST比对,然后运用MEGA 7.0软件中的Neighbor-joining(NJ)法构建物种系统进化树。结果表明,163份样品均能成功提取DNA;matK,psbA-trnH和ITS2序列的PCR扩增效率分别为100%,100%,98.77%;共获得487条序列,其中345条序列在GenBank数据库中比对到了相应物种的序列,142条为新增序列;运用NJ法构建的兰科药用植物系统进化树中,基于matK序列所构建的物种系统进化树要优于基于psbA-trnH和ITS2序列所构建的系统进化树。matK,psbA-trnH和ITS2序列在鉴定兰科药用植物过程中互为补充,DNA条形码分子鉴定法可用于辅助兰科药用植物的分类鉴定。     

钩吻属植物及其易混品五指毛桃的DNA条形码比较分析

目的：对钩吻属植物钩吻和北美钩吻进行2种DNA条形码的碱基序列分析,结合药食同源品种五指毛桃构建系统进化树,为五指毛桃药材的真伪鉴定提供参考。方法：对钩吻、北美钩吻和五指毛桃样品进行内部转录间隔区2（ITS2）序列和psbA-trnH序列的扩增测序,比对分析2种DNA条形码扩增产物碱基组成、GC含量、差异位点的差异;通过构建Kimura 2-parameter（K2P）双参数模型计算和分析种内、种间遗传距离;基于邻接法构建系统进化树,分析ITS2序列和psbA-trnH序列的鉴定效率。结果：ITS2区和psbA-trnH区序列均可作为钩吻属植物与五指毛桃鉴定的DNA条形码序列。其中psbA-trnH区在钩吻属种间的碱基序列长度、种间变异位点数量均具有显著差异,系统进化树的聚类结果稳定性更强,比ITS2更适用于该属植物样本的鉴别。结论：psbA-trnH序列可作为钩吻和北美钩吻鉴定首选DNA条形码,ITS2序列可作为五指毛桃与钩吻属植物鉴定的首选DNA条形码。     

药用植物DNA条形码鉴定策略及关键技术分析

DNA条形码（DNA barcoding）是近年来生物分类和鉴定的研究热点和方向,其在药用植物鉴定中的成功应用将可能是生药鉴定方法的革命性突破。本文结合具体研究工作就构建药用植物DNA条形码鉴定平台的标准化流程、药用植物DNA条形码鉴定序列的选择、DNA条形码序列校对机制、DNA条形码序列鉴定效率评价方法进行了探讨,并展望了DNA条形码的发展趋势。     

砂仁及其混淆品的ITS2序列鉴定

目的 应用内转录第二间隔区(ITS2)序列及其二级结构对砂仁混淆品进行鉴定.方法应用CLUSTALX1.83 软件进行序列比对,比对后的长度为252 bp.用MEGA 4.1计算种间、种内遗传距离,并构建系统进化树.结果ITS2序列可以将砂仁的三个来源阳春砂Amomum villosum、绿壳砂Amomum villo...     

基于ITS区多态性研制用于柴胡属植物来源生药鉴定的寡核苷酸DNA芯片

 目的 常用生药柴胡正品为柴胡属植物柴胡及狭叶柴胡的干燥根。当前,同属多种植物也做柴胡内转录间隔区使用。仅凭生药性状及显微特征难以进行真伪鉴别。在本实验中,笔者针对6种不同柴胡属植物来源的柴胡生药,基于其内转录间隔区（ITS1）区多态性研制了用于其鉴别的DNA芯片。方法 将设计的特异性寡核苷酸探针点印于基质上制备芯片;从待检测样品中提取基因组DNA,扩增ITS1片段,并以荧光标记后,与芯片杂交。结果 在与其相应的探针位置即可出现信号;每种不同来源的柴胡有其特异的杂交谱图。结论 研制的DNA芯片可为柴胡类生药的鉴定提供可靠便利的途径。
     

基于DNA条形码技术的北柴胡种子分子鉴定

目的:建立基于核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列的北柴胡种子分子鉴定方法,保障北柴胡栽培种子的物种准确。方法:收集北柴胡及主要栽培柴胡属物种种子、市售北柴胡种子样品共59份,探究不同取样量和不同水浴条件对种子DNA提取质量的影响,建立柴胡属种子DNA提取方法;通过聚合酶链式反应(PCR)和双向测序得ITS条形码序列。从GenBank下载34条北柴胡、红柴胡、黑柴胡等主要栽培柴胡属物种ITS序列,丰富北柴胡种子鉴定数据库;利用MEGA-X10. 0. 5进行变异位点分析并构建邻接(NJ)系统发育树,考察ITS序列对北柴胡种子的物种鉴定能力;基于BLAST方法和NJ系统发育树法对市售北柴胡种子进行DNA条形码鉴定。结果:共获得59条北柴胡、红柴胡、三岛柴胡及市售北柴胡种子的ITS序列,北柴胡ITS序列可分为6个单倍型,包含7个变异位点,NJ系统发育树表明北柴胡所有单倍型可形成独立的枝,与所收集样品中其他柴胡属栽培物种可相互区分,具备北柴胡种子物种鉴定能力。基于ITS条形码序列鉴定发现19份市售北柴胡种子中有3份为三岛柴胡,伪品率15. 8%。结论:基于ITS序列的DNA条形码技术可以准确可靠地鉴定北柴胡种子及其易混品,可为我国中药材种子规范化建设提供参考。     

基于DNA条形码技术的新疆民族药材天山堇菜基原研究

目的：明确市售药材天山堇菜的植物基原,为药材鉴定提供方法依据。方法：使用DNA条形码ITS2序列,建立了民族药材天山堇菜及同属126份基原植物的DNA条形码ITS2序列标准数据库,分析市售18份“天山堇菜”药材的基原。结果：成功建立了堇菜属126份植物的ITS2序列数据库,通过此数据库对18份市售药材的鉴定结果表明,8份为天山堇菜（44.4%）,3份为香堇菜（16.7%）,6份为堇菜属植物（33.3%）,1份为非堇菜属植物（5.6%）。结论：市售民族药材天山堇菜来源于多种植物,其中不足一半与标准中基原一致,多数为混伪品,其是否均能作为天山堇菜使用,还有必要结合用药历史考证。     

基于ITS2序列的茄科酸浆属植物的DNA分子鉴定

目的:利用内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列对茄科酸浆属植物进行分子鉴定。方法:对酸浆属与散血丹属植物样本的ITS2序列进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增和测序。为扩大研究范围,从Gen Bank中下载了上述2个属植物样本的ITS2序列。所有序列经Codon Code Aligner V3.0.1软件拼接,DNAMAN软件比对分析,采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建邻接聚类树。从ITS2数据库中获得所测样本及下载序列的ITS2二级结构信息,分析各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:从邻接聚类树分析可知,所有样本被聚为两大支。酸浆属植物自成1支,散血丹属植物为1支,且除极个别样本外,2个属的各物种种内样本可各为1支,表现出单系性;且每2支之间的Bootstrap支持率均很高。结论:ITS2序列在近缘物种间的系统学研究、品种的鉴定方面具有较大的应用潜力,适用于酸浆属植物的分子鉴定。     

中药DNA条形码分子鉴定技术的应用与展望

中药材品种广泛,存在多基原的情况,质量差异较大,使临床用药安全性和有效性难以得到保证。因传统中药鉴定方法的局限性,对准确鉴别多基原中药材带来了一定的挑战。为了保证中药临床用药安全有效可控,中药鉴定学已成为最重要的研究课题之一,也是当前中医药事业急需解决的关键技术要求。DNA基因鉴别是从基因层面对中药材进行快速、准确的鉴定,包括DNA分子标记法、核酸探针杂交法和DNA条形码技术,其中DNA条形码技术应用最为广泛。DNA条形码是利用标准的DNA片段对物种进行鉴定的技术,2015年版《中国药典》收载了DNA条形码技术指导原则,建立了动物类采用细胞色素C氧化酶亚基I(COI)序列为主,转录间隔区间(ITS)2为辅;植物类采用ITS2/ITS为主,叶绿体psb A-trn H为辅的中药材鉴定体系。该技术的广泛应用为中药鉴别提供更高效快速的方法,并且有效地应用于多基原中药材的鉴别中,使中药品种混乱现象得到极大改观。文章首先对DNA条形码技术的原理、目的及意义、标准片段的选择进行介绍,着重阐述该技术在中药鉴定中的应用以及存在的局限性,并提出展望,以期为中药材的鉴定研究提供参考。     

山东省黄河三角洲水生耐盐药用植物资源调查与特色药用植物开发利用

对山东省黄河三角洲地区水生和耐盐药用植物种类、分布、种植情况进行调查。该区域有274种耐盐药用植物,其中水生、湿生植物42种,共74科190属。主栽耐盐药材有蛇床子、红花、金银花、皂角、板蓝根等,尚未形成特色药材和产业集群。盐地碱蓬、盐角草、小果白刺、柽柳、益母草、蒲公英、罗布麻等特色资源尚未得到充分开发利用,应在加强野生资源保护的基础上制定合理开发策略。     

Relationship between DNA Barcoding and Chemical Classification of Salvia Medicinal Herbs

Objective To make the identification of medicinal herbs in Salvia L.quickly and accurately.Methods In this work,DNA barcoding and chemical fingerprint were compared for the identification of herbs in Salvia L.First,the nucleotide sequences of the internal transcribed spacer region two amplified from 48 medicinal plants in Salvia L.,and three other groups of medicinal plants in Lamiaceae were sequenced.A molecular phylogeny was constructed using the minimum evolution and maximum parsimony methods according t...     

叶绿体DNA序列分析在药用植物鉴定中的应用

随着DNA测序技术的发展，叶绿体DNA序列分析被广泛应用于药用植物鉴定和品质研究等方面。本文介绍了近年来叶绿体DNA序列分析在植物系统学和药用植物研究中的应用，认为其在药用植物品种鉴定和伪品鉴别、保护种质资源以及扩大新药源等领域有广阔的应用前蒂。     

陕西委陵菜属药用植物资源

目的对陕产委陵菜属植物药资源进行调查,为该类药物的资源利用提供基础研究资料。方法通过调查,结合有关研究文献,对陕产委陵菜属药用植物的种类、生境分布、资源量(多度)、药用部位及功效等进行了初步的归纳整理,编制分种鉴别检索表。结果陕产委陵菜属药用植物约16种,9变种。结论陕产委陵菜属药用植物资源丰富,具有良好的开发研究价值。     

基于福建省中药资源普查的水生药用植物资源多样性分析

基于福建省第四次全国中药资源普查数据及相关资料,确定福建省水生药用植物种类,对其生活型分类、功效、地理成分及药用特点等进行统计分析。结果表明,福建省水生药用植物共59科137属251种,单子叶植物最多,优势科为禾本科和莎草科;水生类型以挺水植物居多,涉及151种;生活型以多年生草本和1年生草本为主,分别占总种数的59.76%和35.86%;科属的地理分布区类型以世界分布、热带分布为主;主要入药部位为全草类、根及根茎类;药性和药味方面,以性平、味甘类中药占比最高;功效方面,以清热药为主,占比达51.59%。福建省地域特色突出,水生药用植物资源较为丰富且多样性程度高,建议充分发挥资源优势,促进资源更新和升值。