微阵列比较基因组杂交检测复杂染色体重排胎儿隐藏的基因组拷贝数变化

目的：检测复杂染色体重排断裂点区域是否隐藏有亚显微拷贝数变化,确定重排的复杂性,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性.方法：应用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和多色荧光原位杂交诊断为平衡复杂染色体重排（46,XX.t（4;5;15）（4pter→4q23：：15q23→15qter;4qter→4q23：：5p15→5qter;15pter→15q23：：）dn）的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析.结果：微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在3个亚显微拷贝数变化：dup（5）（q13.2）（69274233-70622915,～1.35Mb）,del（15）（q11.2）（18657188-20080135,～1.42Mb）和del（18）（p11.31-p11.23）（7069849-7567290,～0.49Mb）,均定位于重排断裂点（4q23,5p15和15p23）以外的区域,与断裂点不相关.结论：被传统细胞遗传分析技术诊断为平衡染色体重排的病例会隐藏有亚显微拷贝数变化,且这些拷贝数变化并非一定定位于重排断裂点区域;对于检测和定位亚显微拷贝数变化,微阵列比较基因组杂交是一个非常强大和有效的工具.     

微阵列比较基因组杂交技术在出生缺陷新生儿中的应用研究

目的:探讨微阵列比较基因组杂交技术在出生缺陷新生儿中的应用价值。方法:选取不明原因的出生缺陷新生儿20例为研究对象,采用微阵列比较基因组杂交技术评估出生缺陷发生的遗传病因。结果:20例患儿经常规染色体检测存在2例(10%)染色体拷贝数变异,但无法明确病因。另经微阵列比较基因组杂交技术检测后,有5例患儿(25%)存在染色体拷贝数变异,4例患儿明确病因,与常规染色体检测结果比较,差异有统计学意义(P<0.05)。其中,1号患儿在chr22q13.31q13.33区域发生3.8 Mb片段缺失,为Phelan-McDermid综合征;2号患儿在chr15q11.2q13.1区域发生约6.2 Mb片段缺失,与Prader-Willi综合征相关;3号患儿在chr11q24.2q25区域发生10.3 Mb片段缺失,为Jacobsen综合征;4号患儿在chr5q32处存在约311 Kb缺失片段,该片段缺失可致Treacher Collins综合征;5号患儿多条染色体发生了大片段纯合子(>3Mb)现象,片段长度总和大约为171.0 Mb,占常染色体基因组片段总长度的6.0%,无明确临床意义。其余患儿染色体拷贝数为正常多态性改变。结论:在常规染色体检测无法确诊的情况下,采用微阵列比较基因组杂交技术进行全基因组的快速扫描可明确部分患儿病因,具有重要的临床意义。     

比较基因组杂交微阵列技术在唐氏综合征血清学筛查结果异常孕妇产前诊断中的应用

目的 探讨比较基因组杂交微阵列(array-based comparative genomic hybridization,a-CGH)技术在唐氏综合征血清学筛查(简称唐筛)结果异常孕妇产前诊断中的应用.方法 选取单纯因唐筛结果异常、并行羊膜腔穿刺取羊水标本进行产前检查诊断的单胎孕妇3578例为研究对象,将其分为3组:...     

比较基因组杂交微阵列技术在高龄孕妇产前诊断胎儿染色体异常中的应用

  目的  探讨比较基因组杂交微阵列（array-based comparative genomic hybridization,a-CGH）技术在高龄孕妇产前诊断胎儿染色体异常中的临床意义。  方法  选取因单纯高龄因素孕期行羊膜腔穿刺采集羊水标本进行产前检查诊断的孕妇3 677例为研究对象,采用CGXTM（8X60K）芯片对采集的羊水标本进行a-CGH检测,并采用Genoglyphix?软件进行分析。  结果  3 677例孕妇羊水标本中,a-CGH分析共检出染色体异常75例,异常率为2.04%,其中非整倍体40例（21-三体22例,18-三体5例,XXY 8例,XYY 3例,X/XX 2例）,占53.33%;致病性拷贝数变异（copy number variations,CNVs）24例（19例为微缺失,5例为微重复,片段大小为323～26 780 kb）,占32.00%;可能致病CNVs 11例（4例为微缺失,7例为微重复,片段大小为358～16 873 kb）,占14.67%。此外,检出不明意义CNVs 31例,占总数的0.84%。高龄孕妇年龄每增长一岁,染色体非整倍体检出率明显增高（P<0.05）,但致病性CNVs检出率在各年龄段差异无统计学意义（P>0.05）。  结论  a-CGH不仅可以检测非整倍体异常,还可以检出微缺失/微重复综合征等染色体拷贝数变异。胎儿染色体非整倍体的发生率与年龄密切相关,但染色体拷贝数变异发生率与年龄无显著相关性。     

微阵列比较基因组杂交分析18等臂双着丝粒染色体胎儿全基因组拷贝数变化

目的 了解18q等臂双着丝粒染色体[idic(18)(p11→qter)]胎儿全基因组拷贝数变化的情况,确定idic(18)(p11→qter)的结构和组成,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性.方法 运用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和荧光原位杂交诊断为idlc(18)(p11→qter)的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析.结果 微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在18p11.21→pter缺失、18p11.21→qter复制,断裂点位于12 104 527～12 145 199(距离18p端粒),确定idic(18)(p11→qter)是idic(18)(p11.21→qter).另外,还检测出了21个亚显微拷贝数变化.结论 与传统的细胞遗传分析方法相比,微阵列比较基因组杂交不仅能准确、高分辨率和高通量地检测出基因组拷贝数变化,还能高分辨率地确定拷贝数变化的断裂点.     

肝细胞癌基因组DNA拷贝数变异的性别差异性

目的: 比较男性与女性肝细胞癌（HCC）在基因组DNA拷贝数变异（CNA）方面的差异性。方法: 采用高分辨率微阵列比较基因组杂交技术（array-CGH）,检测 17例女性与46例男性HCC的CNA差异。结果: 染色体片段1q21.3-q22＋（76.5% vs. 37.0%,P = 0.009）、11q11＋（35.3% vs. 0.0%,P = 0.0002）、19q13.31-q13.32＋（23.5% vs. 0.0%,P = 0.004）和16p11.2－（35.3% vs. 6.5%,P = 0.009）发生率女性显著高于男性,而男性则有更高频率的11q11－（63.0% vs. 17.6%,P = 0.002）。进一步统计分析结果显示,11q11＋与19q13.31-q13.32＋（P = 0.042）及16p11.2－（P = 0.033）显著相关,而1q21.3-q22＋与19q13.31-q13.32＋（P = 0.046）显著相关。结论: CNA在性别特异性HCC演进过程中发挥重要作用。     

微阵列比较基因组杂交产前诊断8p23.1重复综合征胎儿的实验研究

-CGH结果进行验证.结果 常规G显带核型分析显示胎儿和父母的核型均正常.array-CGH结果显示8p23.1嗅觉受体/防卫素重复(ORDRs)之间存在大约1.43 Mb的重复(位于10 245 882～11 676 699 bp).实时定量PCR证明array-CGH的结果足准确的.结论 与传统的细胞遗传分析方法相比,array-CGH具有高分辨率、高特异性和高准确性等优点.     

微阵列技术对两种人类肺腺癌细胞系基因组变异的实验研究

目的 对Anip973和AGZY83-a两个细胞系的基因组加以分析,以明确它们中导致肿瘤形成、演进及转移的基因.方法 通过全基因高分辨率微阵列对照基因组杂交(aCGH)技术对这两种细胞系进行评估绘制完整的CNV图谱.结果 对从这两个细胞系获得的基因组DNA进行染料交叉杂交,并未得到可测得的任何遗传物质的获得或缺失；但当细胞系的DNA与正常对照DNA分别进行联合杂交,发现他们具有相同的拷贝变异数的基因图谱,包括39个获得的和60个缺失.共获取9个纯合子缺失片段,其中5个含有重要的肿瘤相关基因.结论 细胞系中的这些纯合子缺失基因可能与肿瘤形成机制相关.     

基因组拷贝数变异测序联合核型分析在产前诊断中的临床应用

目的 探讨基因组拷贝数变异测序（copy number variation sequencing, CNV-seq）联合核型分析在产前诊断中的临床应用价值。方法 选取2019年1月至2021年12月赤峰市妇产医院产前诊断中心就诊的884例孕妇,根据产前诊断指征分为高龄组（n=148）、血清学筛查高风险组（n=95）、无创产前检测高风险组（n=116）、超声结构异常组（n=174）、混合组（n=351）。孕妇羊水样本采用CNV-seq检测和核型分析,比较不同方法染色体异常检出情况。结果 884例孕妇年龄23～43岁,平均（32.6±4.5）岁,孕16～32周。无创产前检测高风险组染色体异常检出率最高（30.17%）,其次为混合组（11.40%）、血清学筛查高风险组（6.32%）和超声结构异常组（5.75%）,高龄组最低（2.03%）。二者联合检出染色体异常98例,检出率为11.09%,其中CNV-seq检出率为10.63%(94/884),核型分析检出率为8.48%(75/884),两者比较差异无统计学意义（P> 0.05）。CNV-seq染色体非整倍体异常检出率为7.35%(65...     

MTHFR基因A1298C多态性与神经管畸形的关系

目的:分析神经管畸形患儿核心家庭MTHFR基因第1298位点的多态性分布,探讨其与神经管畸形发生的关系。方法:应用PCR扩增技术,其扩增产物经限制性核酸内切酶MboⅡ消化后,进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,分析MTHFR基因第1298位核苷酸基因型的分布情况。结果:26个核心家庭中(78个成员)未发现突变纯合型。经χ2检验,患儿及其母亲基因型构成与对照组比较,差异均无统计学意义(分别为P>0.30,P>0.90)。患儿父亲杂合突变型低于正常对照(P<0.05)。等位基因频率比较采用u检验,患儿与对照间差异无统计学意义(P>0.50),患儿父母均高于正常对照(P<0.01)。结论:MTHFR基因A1298C多态性与神经管畸形发生无直接关系。     

比较基因组杂交技术的改进及其在产前诊断中的应用

目的改进比较基因组杂交（CGH）技术,为产前诊断胎儿染色体异常提供有益手段。方法选取唐氏综合征筛查结果为高风险、细胞遗传学结果异常的孕妇5例,因胎儿畸形、死胎引产的孕妇11例。缺口平移法标记待测DNA和对照DNA,同时将待测DNA和对照DNA的荧光颜色互换,即进行荧光互换CGH,根据绿红两种信号的比值制作CGH拷贝数核型模式图,以1.0表示平衡比例,荧光强度比（FR）阈值定为1.25和0.75。以细胞遗传学检查检验CGH分析的敏感性和可靠性。结果16例孕妇胎儿样本均成功利用CGH方法进行了分析、确认,结果与细胞遗传学分析一致;1例细胞遗传学诊断为4号染色体的长臂远端部分缺失病例,CGH为4号染色体q32 qter缺失。CGH分析在荧光互换前后FR曲线并不完全互补。结论CGH技术经荧光互换等改进能最大程度的排除在实验过程中可能产生的误差,可作为产前诊断中传统核型分析的有益和必要补充。     

Assessment of comparative genomic hybridization experiment by an in situ synthesized CombiMatrix microarray with Yersinia pestis vaccine strain EV76 DNA

Objective The quality of microarray data influences the accuracy of comparative genomic analyses to a large extent.To ensure that the results obtained by using an in situ synthesized microarray are accurate,data quality is to be assessed by evaluating the melting temperature （Tm） of probes,probability of false synthesis rates,and fragmentation of labeled targets.Methods DNA from the Yersinia pestis vaccine strain EV76 was used for microarray analyses.Microarray results were confirmed by PCR.Statistical and bioinformatics methods were employed to perform microarray data analyses and evaluation.Results Correlation coefficients of the three datasets were above 0.95 after two-time stripping and hybridization with a labeled DNA with the size of fragmentation being 200 bp-2 kb,which showed that the hybridization results were highly reproducible.Correlation coefficients were lower with the values ranging from 0.87 to 0.92 between the datasets generated from hybridization with different sizes of the labeled DNA fragment.For the relationship between Tm and signal intensity,there was a different distribution of Tm in the lowest 300 or 3 000 probes with a range of 70 ℃-72 ℃ and the highest 300 or 3 000 probes with a range of 72 ℃-74 ℃.Conclusion The results of this study suggest that the initial microarray design may affect the accuracy of final analyses and that the probe Tm and the size of the labeled fragment may be the two factors of the greatest importance.     

通过比较基因组杂交研究肝癌中非随机染色体畸变

目的:研究肝癌发生和发展过程中非随机染色体畸变情况。方法:采用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)分析25例肝癌标本。结果:4q、8p、16q、17p、13q和6q区域的缺失以及8q、1q、6p和17q区域的扩增为肝癌的特征性变化。结论:非随机改变区域存在的相关基因与肝癌发生有关。