病例对照方法在基因环境交互作用研究中的应用

现代流行病学研究越来越重视基因与环境交互作用，要研究基因环境交互作用，需要有基因型、表现型（患病与否）与环境暴露信息，由于基因型测定需要有尖端技术、设备，而且耗资巨大，不是首选方法，人们往往首先采用替代性方法对研究对象进行基因型分类。病例对照研究是流...     

还原叶酸载体基因多态性与神经管畸形关联的父母-病例对照研究

目的对神经管畸形（NTDs）发病危险和还原叶酸载体基因（RFC1）A80G多态性进行关联研究，为寻找NTDs的遗传易感标志物提供流行病学依据。方法采用RFLP—PCR方法．对104例NTDs儿及其父母和99名正常儿童及其父母的外周血DNA进行RFC1第80位SNP检测，对核心家庭基因型进行病例对照研究，对NTDs杂合子父母G等位基因进行传递不平衡检验（TOT）。结果NTDs儿G等位基因频率高于对照儿，OR值为1．64（95％CI：1．08～2．49）；GG基因型的患儿发生NTDs危险高于AA基因型（OR=2．56，95％CI：1．04～6．36）；TDT结果显示，RFC1等位基因G与NTDs之间存在关联（x^2=5．2364，P〈0．05），携带G等位基因发生NTDs的危险是非携带者的1．56倍（95％CI：1．07～2．28）。结论发现在中国人群中RFC1基因多态性与NTDs存在关联，初步表明该基因G等位基因可能是NTDs发生的遗传易感基因之一。     

基因-环境交互作用研究方法:无对照病例研究

从目前的观点来看 ,可以认为很少有疾病是纯粹由遗传或者环境因素决定的 ,基因 环境交互作用在许多疾病 ,特别是常见的慢性疾病或者是所谓的“复杂性状疾病”(ｃｏｍｐｌｅｘ ｔｒａｉｔｄｉｓｅａｓｅｓ)的发病中 ,具有非常重要的意义[1 ] 。基因 环境交互作用可以理解为遗传因素对环境因素易感性的影响[2 ] 。对于基因 环境交互作用的深入研究 ,有助于了解人群易感性差异的原因 ,进而可以对环境与疾病、基因与疾病的关系有更深入的认识。目前许多对复杂性状疾病病因的遗传流行病学研究得到非常不一致的结论[3] ,没有考虑到基因 环境交…     

不完全病例对照研究基因环境交互作用的估计

目的 介绍不完全病例对照研究中基因与环境交互作用的估计方法.方法 分别导出了logistic模型、对数线性模型在传统病例对照研究、单纯病例研究、不完全病例对照研究中主效应以及基因与环境交互作用效应的极大似然估计,并通过实例分析其应用价值.结果 在传统病例对照研究中,当数据未缺失时,logistic模型与对数线性模型的结果是等价的.当无对照时,单纯病例研究的logistic模型可以估计基因与环境的交互作用.当对照组基因信息缺失但环境信息齐全时,用传统病例对照研究的logistic模型无法得到交互作用的估计;用单纯病例研究的logistic模型可以估计交互作用,但由于没有充分利用环境的信息,故得不到环境主效应的估计;不完全病例对照研究的对数线性模型,可同时得到交互作用和环境主效应的估计.结论 不完全病例对照研究采用对数线性模型既可充分利用对照的环境暴露信息,估计环境的主效应,又可估计基因与环境的交互作用.当基因与环境暴露独立时,其估计值与完全数据是等价的.     

应正确把握遗传研究中有关病例对照研究的前提条件

病例对照研究是目前疾病关联分析中应用较多的方法。遗传研究中的病例对照研究是基于群体中无亲缘关系的病例组与表现型正常的对照组在某个易感候选基因或标记基因出现不同的频率而设计的。如果两组候选基因的差异有统计学意义，可推断候选基因同所研究疾病的易感性有关。正确的病例对照研究应该满足三个前提条件，即研究对象无血缘关系，对照组符合Hardy-Weinberg平衡（Hardy-Weinberg equilibrium，HWE），对照组与病例组匹配。[第一段]     

GSTM1基因多态性与肺癌易感性的病例对照研究

[目的]探讨谷胱甘肽硫转移酶μ基因(GSTM1)缺失和吸烟、饮酒与肺癌易感性的关系。[方法]采用病例对照研究方法,调查42例病例和103例对照的吸烟、饮酒习惯,应用PCR技术检测GSTM1的基因型。采用lo-gistic回归分析GSTM1基因型与肺癌的关系及其与吸烟量、饮酒的交互作用。[结果]病例组GSTM1缺失率57.1%,对照组55.3%,两组差异无统计学意义,经调整混杂因素后,GSTM1缺失联合重度吸烟(累计吸烟量≥30包×年)的OR值12.841(2.322～71.008),交互作用系数为2.796。GSTM1联合饮酒的OR值10.728(1.270～90.656),交互作用系数为1.651。[结论]GSTM1基因缺失与重度吸烟(累计吸烟量≥30包×年),GSTM1基因缺失与饮酒均对肺癌的发生具有交互作用。     

病例同胞对照设计

目的介绍病例同胞对照设计的研究设计及统计分析方法,并对实际资料进行统计分析.方法以亚甲基四氢叶酸还原酶基因C677T突变与冠心病连锁研究为实例,采用同胞-传递不平衡检验（s-TDT）和同胞组不平衡检验（SDT）等方法进行统计分析.结果采用s-TDT分析,统计量Z=0.27,P〉0.05;采用SDT分析,x^2=0.31,P〉0.05.提示受累子代与非受累子代T等位基因分布差异无统计学意义.结论病例同胞对照设计使用患者同胞作为对照,避免了人群分层现象,可以用来检测基因与疾病之间的关联或连锁.     

不完全病例对照研究中对照组部分基因信息缺失基因-环境交互作用的估计

目的探讨不完全病例对照研究中对照组基因信息部分缺失时基因一环境交互作用的估计。方法在Stata9．0软件上采用MonteCarlo方法模拟不同基因信息缺失比例数据，对缺失数据采用hotdeck多重填补程序后分析和删除缺失值分析结果进行比较。结果缺失数据〈50％时，hotdeck多重填补后分析和删除缺失值分析对环境主效应、基因主效应以及基因-环境交互作用的估计系数接近完全数据的系数，随缺失比例的增加，两种方法的估计方差均增加，但hotdeck多重填补估计方差小于删除缺失值分析。结论不完全病例对照研究中，对照组基因信息缺失比例〈50％时，可以用hotdeck填补方法充分利用已有的信息估计基因-环境的交互作用，提高估计精度。     

肺结核易感性与CD209基因多态性病例对照研究

目的探讨中国汉族人群肺结核发病与CD209基因-336位点多态性的关系,并分析其在肺结核发病中与环境因素的交互作用。方法采用1:1配对病列对照设计,用序列特异性引物-聚合酶链反应(SSP-PCR)技术检测167对病例和对照的CD209基因-336位点的基因型分布;对肺结核相关环境因素进行问卷调查,并进行单因素和多因素条件Logistic回归分析。结果AA、GA和GG基因型在病例组和对照组的分布频率分别为21.0%,42.5%,36.5%和35.3%,45.4%,19.1%。单因素条件Logistic回归分析显示,GG基因型在病例组中频率显著高于对照组(OR=1.768,OR95%CI=1.167~2.679,P=0.007)。调整环境因素后,多因素条件Logistic回归分析显示,GG基因型与肺结核发病仍有关联(OR=1.918,OR95%CI=1.234~2.979,P=0.004);GG和GA基因型与卡介苗接种史(P=0.000)以及与吸烟史(P=0.000)对肺结核发病均有正相乘模型交互作用。结论CD209基因-336位点GG基因型可能是中国汉族人的肺结核易感基因型,GG和GA基因型可能与环境因素存在交互作用。     

配对病例对照研究基因与基因交互作用样本量的确定

目的 采用配对病例对照研究探讨基因与基因交互作用所需的样本量。方法 logistic回归分析原理建立两基因与一种疾病相关性模型,以模拟参数值回代计算样本量,计算过程以QUANTO软件完成。结果(1)基因交互作用越大,所需样本量越少;基因型分布频率P_r为35％(相当于显性遗传模型易感基因频率等于0.20、阴性遗传模型易感基因频率等于0.60)时,基因交互作用的样本量最少:如两基因主作用均为2,基因交互作用为2时样本量为700例;基因交互作用为5时样本量为200例。(2)探讨基因主作用与探讨基因交互作用所需的样本量不同。结论 提供了可供查阅的两基因交互作用样本含量值。     

手足口病流行特征与传播规律研究现状

手足口病是由肠道病毒引起的传染病,多发生于5岁以下儿童,可引起手、足、口腔等部位疱疹,少数患儿可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症.个别重症患儿如果病情发展快,可导致死亡.作为全球性传染病,手足口病在多个国家均有过大规模的暴发流行,严重威胁儿童的身心健康,也越来越受到大家的高度关注.此文就手足口病的流行特征与传...     

无锡地区淋病奈瑟菌TEM-1基因分子流行病学研究

目的 调查无锡地区淋病奈瑟菌株TEM-1基因流行情况。方法 参照国外的β-内酰胺酶阳性的淋病奈瑟菌菌株内含TEM-1基因的质粒序列,自行设计淋病奈瑟菌TEM-1基因的半套式聚合酶链反应(heminested PCR)检测方法。并对2002年1～10月自无锡地区分离的195株菌进行检测。结果 195株淋病奈瑟菌临床分离株中有138株为TEM-1基因阳性,阳性率为70.8％。1株无锡地区分离株的TEM-1基因半套式PCR产物,经DNA测序与核酸库登录的β-内酰胺酶阳性的淋病奈瑟菌质粒pFA7序列99％同源。结论 含TEM-1基因的淋病奈瑟菌株是无锡地区的流行株。     

Four year longitudinal study of Mycobacterium tuberculosis complex isolates in a region of North-Eastern Italy

Recent reports have suggested a change of Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity in Western Europe due to an increasing proportion of imported cases of tuberculosis (TB). This study analyzed a total of 705 M. tuberculosis strains isolated from 2006 to 2009 in Veneto, a North-Eastern Italian region, to see the impact of foreign-born cases vs. Italian patients on prevailing TB epidemiology. Strains were genotyped using spoligotyping followed by comparison with international genotyping database SITVIT2. Six spoligotyping clusters with suspected phylogeographical specificity for imported cases, were typed by 15-loci MIRUs for a finer characterization. Overall, 410 (58.16%) strains were isolated from foreign-born patients, while 295 (41.84%) were isolated from Italian patients. Older patients (>70 years, i.e., 46.4% of cases) predominated among Italians while younger age groups prevailed among foreign-born patients. Our results suggest that despite a high proportion of reactivation of latent TB infection in elderly Italian-born patients, active TB transmission between foreign-born and Italian patients may be ongoing, and argue in favor of an increased TB surveillance among immigrants to combat TB epidemic in Italy.     

山东省艾滋病夫妻间传播的病例对照研究

目的 分析山东省HIV夫妻间传播途径及影响因素,为艾滋病防治提供依据.方法 选择山东省1992～2009年12月31日常住山东省内HIV夫妻间传播的感染者为对象,并选取101个单阳家庭作对照进行调查.结果 发生夫妻间传播有90例,其先感染者一方与101例单阳夫妻感染途径比较:x2=3.19,P＞0.05,差异无统计学意义.单因素分析结果显示:文化程度(x2=17.62,P＜0.01),分居情况(x2=5.75,P＜0.05)是夫妻间传播的影响因素;Logistic回归分析结果显示:文化水平低(OR=1.672),同居(OR=2.877)是影响夫妻传播的独立危险因素.结论 加强对HIV感染者相关知识的教育,杜绝无保护性行为是防治HIV夫妻间传播的有效措施.     

云南省瑞丽市新型冠状病毒肺炎暴发疫情传播力和控制效果模型分析

目的 针对2021年3月末瑞丽市COVID-19疫情暴发,本研究应用更新方程模拟COVID-19在瑞丽市的传播过程,快速测算其传播的流行病学参数传播序列间隔(SI)、再生数(R)及其在加强防控措施干预下的变化,为边境地区疫情防控策略提供科学依据。方法 收集官方网站公布的2021年3月30日至4月16日瑞丽市的病例信息,用Excel 2019软件进行流行病学分析,使用R 4.0.5软件建立更新方程模型,用马尔可夫链蒙特卡罗算法(MCMC)采样计算各参数值的中位数与95%置信区间,对不同索引病例情况下疫情发展进行预测,研究疫情防控政策执行效果。结果 2021年3月30日至4月16日,瑞丽市累计报告确诊病例90例,无症状感染者43例,共133例,其中19例无症状感染者转为确诊病例,确诊病例和无症状感染者的年龄中位数分别为32、28岁。通过模型得到SI中位数约为5.00(95%CI: 4.22～7.31)天,标准差中位数约为24.67(95%CI: 12.05～27.91)天; 在疫情暴发较早阶段,再生数R约为1.42(95%CI: 1.31～1.80),加强防控措施后1周内,R下降至0.58(95%CI: 0.07～0.72),位于临界值1.0以下; 模型预测4月17日以后,每天新增感染者数量≤1例。结论 在合理推测索引病例的前提下,更新方程模型能较好地拟合疫情数据,其预测瑞丽市的疫情将在短时间内得到控制。瑞丽市的防控措施和经验可为类似边境地区的防疫工作提供有益借鉴。     

佛山市南海区育龄人群地中海贫血分子流行病学调查

目的:调查广东省佛山市南海区育龄人群中α-和β-地中海贫血(地贫)的基因携带率、基因突变类型及其分布特征。方法:于2009年1月1日～2010年4月30日,在南海区计划生育服务站,连续采集参加孕前优生健康检查的11642例新婚待孕夫妇的外周静脉血。以平均红细胞体积(MCV)<80fl为地贫筛查血液学阳性指征。对筛查出的1399例阳性样品进一步进行α珠蛋白基因和β珠蛋白基因型分析。结果:育龄人群中地贫基因总携带率为9.91%,其中α-地贫基因携带率为6.45%,β-地贫基因携带率为3.46%,α-和β-地贫基因双重杂合子检出率为0.33%;检出3种缺失型α-地贫基因的构成比依次为77.60%(-SEA)、15.02%(-α3.7)、7.38%(-α4.2);检出β-地贫基因突变类型11种,基因频率排在前5位的依次为CD41-42(-TTCT,38.21%)、IVS-Ⅱ-654(C→T,22.83%)、-28(A→G,10.17%)、CD17(A→T,4.71%)、CD43(G→T,4.71%),占突变基因的91.07%。结论:本研究描述了佛山市南海区育龄人群常见的α-和β-地贫的发生率和较为详细的基因突变谱,为在本地区人群地贫防治提供依据。     

低频变异关联研究与统计检验

在过去的10年间,基于"常见疾病-常见变异"的假设,全基因组关联研究被广泛应用于疾病和复杂性状的遗传学病因研究中。但是,全基因组关联分析发现的疾病相关常见变异,只能解释疾病小部分的遗传风险,造成"遗传度丢失"。"常见疾病-低频变异"的假设被提出。随着新一代测序技术的发展,低频变异关联研究陆续开展。本文主要对低频变异关联研究的研究设计以及关联分析方法进行综述。     

广西结核病现状及其控制策略研究

目的 分析研究广西的结核病流行现状，探讨流行规律，为研究控制策略提供科学依据。方法 利用广西4次结核病流行病学调查资料和常规疫情报表资料进行分析、归纳、总结。结果 1979—2000年广西结核病标化患病率年均递减率为0．3％，标化涂阳患病率年均递减率为2．8％。调查发现结核病现患病人的未发现率为49．4％．65．2％，现患涂阳病人的未发现率为44．7％-66．7％。2001年涂阳病人治愈率为54．2％，完成治疗率为16．9％，丢失率为14．4％。结论 广西结核病疫情仍然居高不下，涂阳病人发现率和治愈率低是结核病疫情长期得不到有效控制的主要因素。通过世行贷款结核病控制项目的认真落实与实施DOTS策略的5要素，是遏制广西结核病流行的有效措施。