基于网络药理学与分子对接技术探讨白花蛇舌草治疗骨肉瘤的信号通路及分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白花蛇舌草治疗骨肉瘤的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)平台,检索白花蛇舌草化学成分和作用靶点,并通过基因卡(GeneCards)、人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)和疾病靶点预测数据库(TTD)获取骨肉瘤相关靶点,预测白花蛇舌草治疗骨肉瘤的共同靶点,构建“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图。通过STRING平台构建靶点蛋白互作网络(PPI),并使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。将相关度最高的前5位靶点和白花蛇舌草的活性成分进行分子对接,对结合能最大的活性成分-靶点构建对接模型。结果 共筛选出白花蛇舌草中8个活性成分,179个对应的靶点。检索得到3 596个骨肉瘤相关靶点,经R语言取交集得到124个共同靶点。“中药-活性成分-靶点-疾病”网络提示,白花蛇舌草的6个活性成分作用于124个靶点基因以治疗骨肉瘤。PPI图中,124个靶点相互作用关系密切,其中AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、TNF等为核心靶点,与活性成分分...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制的网络药理学分析与分子对接预测

目的：对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法：运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果：共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论：决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...     

基于网络药理学、分子对接及分子动力学探讨秦艽-桑枝治疗类风湿关节炎的机制

目的 通过网络药理学及分子对接、分子动力学探讨秦艽-桑枝治疗类风湿关节炎(RA)的活性成分、作用靶点及作用机制.方法 通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索秦艽、桑枝的成分及作用靶点基因;将药对的作用靶点与GeneCards数据库检索所得的疾病靶基因取交集;根据交集结果进行GO功能富集和KEGG通路分析;通过Cy...     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学与分子对接方法探讨昆明山海棠的毒性机制

目的利用网络药理学结合分子对接技术探讨昆明山海棠引起不良反应的毒性机制。方法系统检索昆明山海棠文献,全面筛选其活性成分并汇总相关不良反应,通过中药系统药理学数据库与分析平台、Swiss数据库以及STITCH数据库预测昆明山海棠活性成分-作用靶点,利用美国比较毒理基因组学数据库建立不良反应-作用靶点。合并获得交集基因,将相关毒性潜在靶点导入STRING数据库获取蛋白相互作用,利用DAVID平台进行GO生物功能过程和KEGG代谢通路富集分析。利用Systems Dock平台将昆明山海棠的特征性成分与关键毒性靶点进行分子对接。结果筛选得到21个昆明山海棠的生物活性成分,通过构建毒性蛋白相互作用关系(PPI)网络获取相关毒性靶点47个。对毒性靶点PPI网络的富集分析结果显示,昆明山海棠的毒性靶点可能与p53信号通路、PI3K-Akt信号通路等密切相关。分子对接研究证实昆明山海棠中大多数活性成分与毒性靶点有着较好的结合活性。结论初步验证了昆明山海棠引起不良反应的毒性机制,为进一步开展毒性中药致不良反应的作用机制研究提供了新思路和新方法。     

黄精治疗糖尿病的分子机制

目的:通过网络药理学和生物信息学方法探索黄精治疗糖尿病潜在的分子机制,为药食同源类中药治疗糖尿病的开发研究提供理论依据。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选出黄精发挥治疗作用的活性成分,并检索黄精活性成分的效应靶点,Cytoscape构建黄精活性成分-靶点网络关系图。应用疾病数据库检索与糖尿病发生发展相关的疾病基因靶点。构建黄精活性成分靶点和疾病靶点的蛋白质交互作用关系网络。采用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,运用CytoHubba筛选出黄精治疗糖尿病的潜在关键靶点。结果:TCMSP筛选出黄精发挥治疗作用的活性入血成分12个,经配对分析得到黄精发挥治疗作用的活性成分6个,成分对应的基因靶点190个。运用疾病数据库检索到糖尿病相关疾病靶点基因134个。黄精治疗糖尿病的蛋白关系网络涉及的特征性基因靶点共101个,包含256个作用关系。GO富集分析显示生物学过程涉及细胞分裂、细胞基质黏附、细胞迁移等,分子功能涉及转录辅激活性、蛋白质结合、生长因子活性等;主要分布于细胞表面、细胞质、胞质溶胶、外泌体等位置发挥生理或病理作用。KEGG获得可能发挥作用的信号通路31条,这些信号通路集中在细胞周期、细胞信息传递、癌症信号分子及炎症、免疫应答等区域。CytoHubba工具进行拓扑进一步分析获得黄精治疗糖尿病的关键蛋白靶点10个。结论:黄精可通过黄芩素、谷甾醇等6个活性成分发挥药物治疗作用,其关键作用靶点为IL10、PPARG、CAV1等10个基因,主要分子机制涉及炎症及免疫应答、细胞周期、细胞传递和癌症相关通路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨开郁种玉汤治疗不孕症作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探讨开郁种玉汤治疗不孕症的生物信息学基础及分子机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得开郁种玉汤组方药物的活性成分及靶点蛋白,构建“活性成分-靶点”网络,通过GeneCards数据库获取不孕症相关靶点。将开郁种玉汤与不孕症靶点绘制韦恩图取交集,通过STRING 11.0b数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选关键靶点。利用DAVID 6.8数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,将活性成分进行分子对接验证。结果 筛选出开郁种玉汤58个活性成分,共对应604个靶点,获得开郁种玉汤治疗不孕症相关靶点150个,开郁种玉汤治疗不孕症的关键成分可能为槲皮素、木犀草素、山柰酚等,关键靶点可能为AKT1、TNF、TP53等;开郁种玉汤可能影响与不孕症相关的RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症反应、蛋白结合、酶结合过程等多条生物过程及分子功能,以及PI3K-Akt信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,活性成分与关键靶点对接良好。结论 开郁种玉汤治疗不孕症有多成分、多靶点、多通路的特点,通过抗生殖系统局部炎症、调节氧化应激、...     

基于网络药理学和分子对接探讨香加皮防治牙周炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探究香加皮治疗牙周炎的有效成分和作用靶点及其作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）和中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）检索筛选香加皮有效作用成分及靶点,并通过Swiss Target Prediction数据库检索预测成分的作用靶点。应用人类基因信息数据库（GeneCards）和DisGeNET数据库获取牙周炎相关靶点,将药物与疾病靶点进行韦恩分析获得共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“成分-靶点”网络,基因相互作用数据库（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行关键基因筛选以及MCODE聚类分析,利用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建香加皮“药物-成分-靶点-通路”网络,利用分子对接技术验证药物成分与靶点蛋白对接情况。结果 筛选得到香加皮有效...     

基于网络药理学研究鸡血藤治疗骨质疏松的分子作用机制

目的预测鸡血藤在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点。借助GeneCards、 NCBI等数据库检索OP相关基因。应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,应用cytoscape3.8.0中进行中药-成分-疾病-通路-靶点网络图的绘制,并针对关键靶点进行分子对接以验证结果的可靠性。结果化合物靶点关系网络包括24个化合物和对应的88个靶点,其中涉及关键靶点包括ATK1、VEGFA、IL-6、MAPK1等。GO功能富集分析得到1937条生物过程,113项分子功能相关,62项细胞组成相关。在KEGG通路富集筛选得到144条信号通路。分子对接结果显示,筛选出的潜在活性成分与关键靶点之间具有较高的结合活性。结论鸡血藤中活性成分主要通过ATK1、VEGFA、IL-6、MAPK1等靶点调节相关通路来治疗骨质疏松,研究体现了鸡血藤"多成分-多靶点-多途径"的作用特点,为鸡血藤临床应用和进一步开发提供了科学依据。     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学和分子对接研究白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接探索白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索白芍-防风活性成分及作用靶点;利用GeneCards、OMIM、TTD数据库检索疾病相关基因,以Uniprot数据库对相关基因标准化;运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图;用STRING数据分析蛋白相互作用(PPI);应用DAVID数据库对关键靶基因进行GO与KEGG富集分析;用AutoDock和Pymol将核心有效成分β-谷甾醇、山柰酚、汉黄芩素与关键靶标进行分子对接。结果 白芍-防风药对共筛选出33种活性成分,潜在的药物靶标108个,与UC的交集靶点54个。其中山柰酚与UC交集基因数目27个、汉黄芩素27个、β-谷甾醇11个。白芍-防风药对与UC交集的核心靶点26个,主要作用于AKT1、IL6、TP53、MAPK8等基因,涉及NF-κB信号通路、PI3K-Ak信号通路和MAPK信号通路。结论 白芍-防风可能通过山柰酚、β-谷甾醇和汉黄芩素等活性成分作用于多个炎症和免疫相关的分子靶点和信号通路治疗UC。     

基于网络药理学和分子对接探讨密蒙花颗粒剂治疗干眼的作用机制

目的运用网络药理学方法和分子对接技术探究密蒙花颗粒剂治疗干眼可能的作用机制。方法通过运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出密蒙花颗粒剂口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的化合物作为候选药效成分,根据TCMSP的"Related Targets"对密蒙花颗粒剂的活性成分的作用靶点进行预测,采用Cytoscape 3.6.0软件构建化合物-靶点网络。通过OMIM、DisGeNET数据库查找干眼相关基因,通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析。通过Venny图将密蒙花颗粒剂活性成分靶点与干眼疾病靶点取交集,得到密蒙花颗粒剂有效活性成分治疗干眼的关键靶点,构建药物-活性成分-关键靶点-疾病网络。使用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集。运用AutoDock vina 1.1.2软件对选取的密蒙花颗粒剂主要活性成分与关键靶点进行分子对接。结果得到密蒙花颗粒剂对应靶点的活性成分46个,预测作用靶点248个,干眼相关基因237个,密蒙花颗粒剂治疗干眼的关键靶点18个,靶点参与的功能主要有细胞增殖调控、基因表达的调控、细胞凋亡、蛋白磷酸化、免疫反应、衰老、调控细胞炎症相关因子等,作用的主要通路为糖尿病、NOD样受体、Toll样受体、MAPK信号通路等。分子对接的结果显示主要活性成分与获得的有效靶点具有较好结合活性。结论密蒙花颗粒剂可能主要通过抑制炎症相关因子和通路,减轻泪腺组织的炎症,从而达到治疗干眼的目的。     

基于网络药理学与分子对接技术分析活血利水方治疗前部缺血性视神经病变急性期的作用机制

目的 运用网络药理学方法,探讨活血利水方治疗前部缺血性视神经病变(Anterior ischemic optic neuropathy, AION)急性期的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索活血利水方有效活性成分和作用靶点,根据文献报道补充未预测到的活性成分的已知靶点;采用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化;采用GeneCards数据库、OMIM数据库获取AION急性期靶点;通过STRING数据库构建活血利水方治疗AION急性期PPI网络,并借助Cytoscape软件筛选关键靶点;DAVID数据库进行功能富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2对关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出活血利水方活性成分159个,筛选的关键靶点主要涉及MAPK14、FOS、MYC、ESR1等。KEGG富集分析显示AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等信号通路可能是活血利水方治疗AION急性期的关键信号通路。分子对接结果显示活血利水方的关键活性成分可以对MA...     

基于网络药理学和分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学和分子对接探究甘草附子汤治疗类风湿关节炎的机制

目的：通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果：中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论：甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。     

基于网络药理学及分子对接探讨乌梅丸治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨乌梅丸改善腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的作用机制。方法 通过中医药系统药理学平台(TCMSP数据库)检索和预测乌梅丸中各药物活性成分及对应靶点,在GeneCard、OMIM等数据库筛选IBS-D靶点,利用相关软件分别构建Venn图、“中药-活性成分-靶点”作用网络及PPI网络,并进行GO、KEGG分析和分子对接及相关结果的可视化。结果 乌梅丸治疗IBS-D的活性成分129个,治疗靶点191个。PPI网络分析得到30个核心靶点,其中包括HSP90AA1、 JUN、RELA、MAPK1、AKT1、ESR1、IL6、FOS、MAPK8、NCOA1等。GO分析显示生物过程有2177条,分子功能有169条,细胞成分有77条。KEGG分析提示IL-17信号通路、TNF信号通路、Toll-like受体信号通路和NF-κB信号通路在乌梅丸治IBS-D过程中起着关键作用。分子对接显示,核心靶点JUN、MAPK1、FOS与部分活性成分结合较为稳定。结论 乌梅丸可能通过活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚与HSP90AA1、JUN、RELA、MAPK1、AKT1、ESR1...     

基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全的作用机制

目的 基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全（POI）的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）,得到药物的有效成分和相关作用靶点;依据Uniprot数据库,找到作用靶点的标准名称;基于Cytoscape软件,得到中药成分-靶点网络图;根据Genecards和OMIM,获得疾病靶点基因;依靠STRING数据库和Cytoscape软件,取得与本病相关的核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;依靠DAVID数据库、Cluego软件,进行GO富集分析和KEGG富集分析,利用PubChem数据库、Uniprot数据库、AutoDock Tools软件、DS ViewerPro软件,对主要成分与关键靶点进行分子对接。结果 根据筛选条件得到补肾安坤汤150个有效成分和1088个成分作用靶点;检索POI靶点基因2718个,并获得补肾安坤汤药物与疾病共同靶点166个;分子对接结果显示,筛选出的主要化合物与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。GO功能富集分析显示主要涉及细胞表面等;KEGG通路富集分析,共富集出228条通路。结论 补肾安坤汤治疗POI的作用机制,体现了中药多...