全球历年人甲型流感病毒H3A1抗原的分子进化研究

目的应用生物信息学数据库和工具，对现有的H3N2亚型人甲型流感病毒全球分离株的H3A1抗原序列进化规律进行分析研究。方法下载NCBI Genbank和流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒H3A1序列，首先用两步聚类法进行样本拆分，随后分类绘制出完整的进化树。结果人H3A1序列呈现出单一主干的进化趋势，随着时间的推移，进化树结构和进化模型相关参数均呈现出一定的变化规律，关键变异株的出现则无明显的地域分布特征。结论人流感病毒H3A1抗原的进化主要是病毒抗原漂移和人类免疫选择相互作用的结果，新变异株的出现并未出现明显的地域倾向性，中国华南地区不应当被认为是H3亚型新变异株的发源地。     

H3N2亚型人甲型流感病毒HA1序列进化正向选择位点研究

目的筛选H3N2亚型人甲型流感病毒红细胞凝聚素（HA1）序列中的正向选择位点,为进一步揭示流感病毒的变异规律。方法从NCBI GenBank和流感数据库中下载甲型流感病毒H3亚型RNA4节段序列,用两步聚类法将全部序列分为6个年代类别,使用固定效应似然比检验模型分别筛选每一类中的正向选择位点,并使用两步聚类法归纳所筛选出位点的正向选择压力变化模式。结果各年代类别筛选出的正向选择位点不完全相同,共有50个位点在进化过程中经历过正向选择,其中有42个位点属于5个抗原决定簇之一,A、B抗原决定簇在各年代均有较多的位点入选,且承受较大的免疫选择压力。50个位点可被归纳为7种变化模式,前6种模式的位点依次在某一个时间段存在正向选择,第7种模式则在多个年代中均存在正向选择。结论分析结果提示流感病毒HA1序列在进化过程中的正向选择位点并非恒定,而是在不同年代中存在更替趋势。抗原决定簇A、B的变异在流感进化过程中起关键作用,8个位于非抗原决定簇正向选择位点有可能是未被识别的抗原决定簇位点。     

甲型流感病毒血凝素基因历史进化规律

目的探讨甲型流感病毒不同亚型血凝素（HA）基因的历史进化演变规律。方法从NCBI数据库中收集到140多个甲型不同亚型流感病毒株,涵盖人、猪、禽三个物种的不同历史时期及不同地区的病毒的HA基因序列。利用PHYLIP软件包对所选序列进行基因进化分析,构建NJ进化树;采用Clustal X软件对与2009年新型甲型H1N1流感病毒聚在同一进化分支的其他猪流感病毒的HA基因的氨基酸序列进行分析。结果人类三种主要亚型H1N1、H2N2和H3N2具有不同的时间分布特征,表现为1957年之前,主要流行株为H1N1亚型,1957-1968年为H2N2亚型,从1968年起主要流行株为H3N2亚型和H1N1亚型共同在人间传播;从20世纪80年代起流感病毒物种间隔离现象逐渐模糊,陆续出现了猪/禽/人病毒混合感染的病例,H5N1亚型流感病毒物种间隔离最弱;2009年新型甲型流感病毒与猪H1N1流感病毒聚在一支,提示2009年波及全球的新型甲型流感病毒为猪H1N1亚型病毒造成的;氨基酸序列分析显示：2009年新型甲型流感病毒HA基因中共有13个特有的氨基酸变异位点,提示这些位点可能参与了猪和人H1N1亚型病毒物种隔离屏障的限制,其功能尚需进一步确定。结论甲型流感病毒亚型间存在相互演化关系,不同物种间病毒混合感染的发生,病毒变异的机会增加。     

几种甲型H1N1流感病毒SYBRGreenI荧光RT—PCR检测方法的验证

目的比较和验证5种甲型H1N1流感病毒SYBRGreenI荧光RT—PCR检测方法。方法首先使用美国NCBI网站的Primer—BLAST程序验证5种甲型H1N1流感病毒SYBRGreenI荧光RT—PCR检测方法引物的理论特异性,然后使用猪流感H1N1病毒核酸、2009年新甲型H1N1流感病毒核酸、H5N1禽流感核酸、能力验证样品作为试验样品验证方法的实验特异性。结果理论验证结果显示5对来源于文献的引物均适合于猪流感的检测,前3对可用于新型甲型H1Nl流感的检测,但只限于个别来源的毒株,与预期略有差别。实验验证结果显示,方法l可正确检出甲型流感病毒;方法2可正确检出猪流感H1N1亚型病毒、新甲型H1N1流感病毒核酸;方法3检测新甲型H1N1流感核酸时未获得阳性结果;方法4可以正确检测出猪流感H1病毒核酸;方法5可以正确检测出猪流感H1N1病毒核酸,但检测新甲型H1N1流感核酸、禽流感H5N1核酸时也为阳性。结论方法1可用于猪甲型流感和新甲型H1N1流感病毒的初筛;方法2可用于猪流感H1N1亚型病毒和新甲型H1N1流感病毒核酸的初筛;方法3不适合新甲型H1N1流感病毒核酸的检测;方法4可用于猪流感H1亚型的检测;方法5不适合于猪流感H1N1亚型病毒的检测。采用SYBRGreenI荧光RT—PCR方法检测甲型H1N1流感病毒核酸,特异性普遍不十分理想,只能用于初筛检测。     

17例重症甲型H1N1流感患儿的护理体会

1976年美国的"新泽西事件"中,大约500人感染了猪流感H1N1亚型病毒,该病毒与当时猪体内分离的病毒相同,首次证实了在自然条件下,猪流感病毒可由猪传染给人[1].2009年3月,墨西哥和美国等先后发生甲型H1N1流感,其病毒为A型流感病毒,H1N1亚型猪流感病毒毒株,该毒株包含有猪流感、禽流感和人流感3种流感病毒的基因片断,人类普遍易感.     

上海市闵行区甲型H1N1流感病毒株变异分析

目的:了解上海市闵行区人群中甲型H1N1流感病毒株基因特性及抗原变异情况,为甲型H1N1流感防控提供科学依据。方法:采集2009年8月-2011年3月闵行区哨点医院流感样患者鼻咽拭子标本,Real-time RT-PCR鉴定流感病毒亚型,犬肾细胞(MDCK)培养分离流感病毒,血凝抑制试验(HI)确定流感病毒型与亚型。对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因和氨基酸位点变异情况。结果:闵行区于2009年8月-2010年3月发生第一波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例232例,占流感病例总数的54.33%。2010年12月-2011年3月发生第二波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例71例,占流感病例总数的62.83%。HA进化树分析发现,第二波分离的甲型H1N1流感毒株与大多数2009年第一波大流行分离毒株不位于同一主干上,说明HA基因发生了一定程度的变异;HA蛋白氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生了变异。PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点,但第677位点出现E677G突变。结论:2011年冬春季闵行区人群中甲型H1N1流感流行毒株与2009年北美流行株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和适应性进化。     

加拿大1988～1989年流感疫苗的接种情况

加拿大1987～1988年冬季流感的发生有所减少,但仍发生一定的流感流行,其发病率有地区性差异。乙型流感病毒和甲型流感H3N2亚型病毒侵犯所有年龄组,其中以乙型流感病毒为主。近年,甲型流感(H3N2)病毒和乙型流感病毒分离的毒株已显示出与以前流行的毒株相比存在抗原变异。因此,WHO推荐的1988～1989年的流感疫苗应该     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素HA1氨基端的表达及双抗体夹心ELISA法的建立

甲型H1N1流行性感冒（简称流感）病毒是一种人类最常见的流感病毒之一,2009年引起流感大流行的病毒并非一种全新的流感病毒[1],陆一涵等[2]推测可能是北美地区的H1N4病毒发生了一定程度的变异（包括重组和重排）所致。基因组测序发现,该病毒包含禽流感、猪流感和人流感3种流感病毒的基因片段[3-4],其中血凝素(HA)蛋白来源于猪谱系,一直存在于经典猪流感病毒和三源重排子猪流感病毒中[5]。HA蛋白是流感病毒最主要的表面抗原,与病毒吸附穿膜及宿主对病毒易感性有关[6-8],其变异率较高,常通过突变使病毒逃脱宿主免疫引起新的流感大流行。这种变异主要体现在HA1氨基端球形头部的受体结合部位与抗原决定簇氨基酸的改变,因此甲型H1N1病毒HA1氨基端蛋白的表达是建立特异性检测方法的关键。笔者通过原核表达此次甲型H1N1流感病毒血凝素HA1氨基端蛋白,制备多抗血清,建立了特异性双抗体夹心ELISA检测法。     

甲型H1N1流感的研究进展

甲型H1N1流感病毒是猪流感病毒（swine influenza virus，SIV）的一种新型变异株，它属正黏液病毒科甲型流感病毒属的单股RNA病毒，其与1918年引发人类浩劫的流感病毒对人类的免疫系统造成相似的反应。根据其外部糖蛋白血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）的不同抗原特性可将甲型流感病毒分为多个亚型，     

2008-2012年江西省甲型H3N2流感病毒HA1基因特征及与疫苗株差异分析

目的掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析。结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4%~99.1%、96.6%~98.4%、97.2%~98.4%、96.2%~97.2%和96.6%~98.1%;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4~5个的氨基酸替换。结论2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差。     

Antigenic and molecular heterogeneity in recent swine influenza A(H1N1) virus isolates with possible implications for vaccination policy

In order to explore the occurrence of antigenic drift in swine influenza A(H1N1) viruses and the match between epidemic and vaccine strains, 26 virus isolates from outbreaks of respiratory disease among finishing pigs in the Netherlands in the 1995/1996 season and reference strains from earlier outbreaks were examined using serological and molecular methods. In contrast to swine H3N2 viruses, no significant antigenic drift was observed in swine H1N1 viruses isolated from the late 1980s up to 1996 inclusive. However, a marked antigenic and genetic heterogeneity in haemagglutination inhibition tests and nucleotide sequence analyses was detected among the 26 recent swine H1N1 virus strains. Interestingly, the observed antigenic and molecular variants were not randomly distributed over the farms. This finding indicates independent introductions of different swine H1N1 virus variants at the various farms of the study and points to a marked difference between the epidemiologies of human and swine influenza viruses. The observed heterogeneity may hamper the control of swine influenza by vaccination and indicates that the efficacy of current swine influenza vaccines requires re-evaluation and that the antigenic reactivity of swine influenza viruses should be monitored on a regular basis.     

Antibody responses of swine to type A influenza viruses during the past ten years in Japan

A total of 6346 swine sera collected at an abattoir in the city of Obihiro, Hokkaido during the years 1978-87 were tested for the presence of antibodies to swine and human influenza viruses. A high incidence of antibody to A/New Jersey/8/76 (swine type H1N1) virus was observed throughout the 10 years except for the occasional month and a single long period of 15 months. Antibodies to human H3N2 virus in swine appeared to be related to the epidemics of human influenza which occurred in the study area during the years 1980-3, but unrelated to the epidemics during the years 1984-7. A large number of swine were found to be antibody positive to a human H1N1 virus during the period April to June 1964, and a smaller number, during the period November 1986 to June 1987. Both were in relation to human influenza epidemics. However, there were long periods where human H1N1 antibodies in swine could not be found.     

H3N2 influenza virus transmission from swine to turkeys, United States

In 1998, a novel H3N2 reassortant virus emerged in the United States swine population. We report the interspecies transmission of this virus to turkeys in two geographically distant farms in the United States in 2003. This event is of concern, considering the reassortment capacity of this virus and the susceptibility of turkey to infection by avian influenza viruses. Two H3N2 isolates, A/turkey/NC/16108/03 and A/turkey/MN/764/03, had 98.0% to 99.9% nucleotide sequence identity to each other in all eight gene segments. All protein components of the turkey isolates had 97% to 98% sequence identity to swine H3N2 viruses, thus demonstrating interspecies transmission from pigs to turkeys. The turkey isolates were better adapted to avian hosts than were their closest swine counterparts, which suggests that the viruses had already begun to evolve in the new host. The isolation of swine-like H3N2 influenza viruses from turkeys raises new concerns for the generation of novel viruses that could affect humans.     

Swine-to-Human Transmission of Influenza A(H3N2) Virus at Agricultural Fairs,Ohio, USA, 2012

Agricultural fairs provide an opportunity for bidirectional transmission of influenza A viruses. We sought to determine influenza A virus activity among swine at fairs in the United States. As part of an ongoing active influenza A virus surveillance project, nasal swab samples were collected from exhibition swine at 40 selected Ohio agricultural fairs during 2012. Influenza A(H3N2) virus was isolated from swine at 10 of the fairs. According to a concurrent public health investigation, 7 of the 10 fairs were epidemiologically linked to confirmed human infections with influenza A(H3N2) variant virus. Comparison of genome sequences of the subtype H3N2 isolates recovered from humans and swine from each fair revealed nucleotide identities of >99.7%, confirming zoonotic transmission between swine and humans. All influenza A(H3N2) viruses isolated in this study, regardless of host species or fair, were >99.5% identical, indicating that 1 virus strain was widely circulating among exhibition swine in Ohio during 2012.     

玉林市流行性感冒监测结果分析

目的:了解玉林市流感病毒的流行趋势及主导病毒的交替规律。方法:采集咽拭子标本,应用荧光定量PCR技术检测。结果:2009年4月-2012年3月共检测流感阳性病例396例。2009年-2010年流行期以A(甲型H1N1)亚型流感病毒占优势,2010年-2011年流行期A(H3N2)亚型流感病毒与A(甲型H1N1)亚型流感病毒同时流行,2011年-2012年流行期B型流感病毒占优势。我市流感病毒流行高峰期一般在10月到次年的3月之间。结论:通过不同年份流感实验室监测结果的分析,对了解玉林市流感流行特点、亚型分布具有重要意义。     

江苏省2010-2014年流感流行特征分析

目的 分析江苏省2010-2014年间流感样病例的流行病学特征,揭示流感流行特点并制定防控策略。方法 依据《全国流行性感冒（甲型H1N1流感）监测工作方案》,采集流感哨点医院流感样病例（influenza-like illness,ILI）就诊数,对病例咽拭子进行流感病毒核酸检测和病毒分离,结果录入国家流感网络监测系统,利用Excel 2007和PASW 18.0对数据进行统计分析。结果 2010-2014年间共报告ILI病例123 330例,分离14 238株流感病毒,分离阳性率为11.54%。职业分布以托幼儿童及散居儿童为主。年龄分布以0～4岁组所占比例最大。结论 江苏省流感每年有两个高峰期,分别是1～3月和7～10月。2010-2012年,B型和季节性H3N2是主要流行亚型。2013-2014年,甲型H1N1和季节性H3N2成为主要流行株亚型。     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素蛋白基因进化研究

推算全球各地近年来分离的甲型H1N1流行性感冒(简称流感)病毒株血凝素(HA)蛋白片段的进化速率和进化分歧时间,从而初步探索流感病毒的起源和传播关系.方法搜集GenBank数据库中2008年以来登录的全球流感病毒H1序列共344条(人源性248条,猪源性84条,禽源性11条,其他1条)及本课题组分离的7条人源性H1序列,按照"分子钟"进化理论和基于markov chain monte carlo(MCMC)算法的Bayesian推断方法估算进化速率和进化分歧时间,并利用后验概率方法构建系统进化树.结果 系统进化树显示,美国人源性、猪源性与禽源性H1序列与部分亚洲猪源性H1序列构成一个主要分支(美国分支);全球其他地区的人源性H1序列构成另一个主要分支(欧亚人分支);而部分中国猪源性、禽源性H1序列与意大利分离的禽源性序列也构成一个分支(欧亚动物分支).全球H1N1和H1N2流感病毒株H1序列930 bp核苷酸序列的年平均进化速率约为2.57×10-3/位点(95%最高后验概率区间:1.96×10-33.03×10-3/位点).其中,欧洲人源性H1序列和中国大陆猪H1序列的起源时间最早,年进化速率分别为6.46×10-3/位点、0.97×10-3/位点;而美国的人源性与猪源性H1序列的起源时间相近,年进化速率则分别为5.86×10-3/位点、5.02×10-3/位点.结论 本次甲型H1N1流感暴发是北美地区H1N1病毒株长期人畜共患性积累的基因变异所致.中国大陆地区并非本次流感疫情病毒株的发源地,尚无证据能够表明北美暴发株属于一个全新的流感病毒变种.     

浙江省近年H_3N_2亚型流行性感冒病毒流行株的血凝素与神经氨酸酶基因与猪型流行性感冒病毒的亲缘关系分析

目的对浙江省近年两次甲3亚型(H3N2)流行性感冒(流感)病毒流行的代表株,与猪型H3N2株流感病毒在主要抗原基因间进行比较分析,探讨二者间的亲缘关系。方法对这两次流行流感病毒代表株的血凝素(Hemagglutinin,HA)与神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因作序列测定,并与同期的人、猪流感毒株的相应基因作同源性与进化树分析。结果浙江省这两次H3N2流感流行中的代表株甲(3A3)/浙江(Zhejiang,ZJ)/10/98、A3/ZJ/6/99、A3/ZJ/8/02与猪流感病毒A3/猪型(SW)/安大略(Ontario,ON)/130/97、A3/SW/香港(Hongkong,HK)/4361/99、A3/SW/HK/74/02在HA1区的同源性,分别为99.1%、99.4%、99.4%;在NA区,A3/ZJ/10/98、A3/ZJ/6/99、A3/ZJ/8/02与猪流感病毒A3/SW/ON/130/97、A3/SW/HK/4361/99、A3/SW/HK/74/02的同源性,分别达到98.2%、99.3%、99.3%。二者之间均呈现出很高的同源性,有的远高于它与同期人流感毒株的同源性,在基...     

Serological studies of influenza viruses in pigs in Great Britain 1991-2.

Samples from a sow serum bank representative of the pig population of Great Britain collected during 1991-2, were examined for antibodies to influenza A, B and C viruses, using viruses which had been isolated from a variety of hosts. For influenza A viruses there was evidence of the continued circulation of classical swine H1N1 virus (26%) seroprevalence), and human H3N2 viruses (39%) which are antigenically most closely-related to A/Port Chalmers/1/73 virus. In addition antibodies were detected to A/swine/England/201635/92 (8%), a strain of H3N2 virus which appears to have arisen by antigenic drift from conventional H3N2 swine strains. Specific antibodies (2%) were detected to an H1N1 virus (A/swine/England/195852/92) related most closely to avian H1N1 strains. In tests with human H1N1 and H3N2 viruses, excluding isolates from pigs, the highest seroprevalence was detected to the prevailing strains from the human population. Serological tests with avian H4 and H10, human H2, equine 1 and 2 influenza A viruses were all negative. Seven pigs seropositive by haemagglutination-inhibition, virus neutralization and immunoblotting assays for antibody to influenza B virus, were randomly distributed geographically suggesting that influenza B viruses may be transmitted to pigs but fail to spread. The seroprevalence to influenza C viruses was 9.9% indicating that these viruses are widespread in pigs. These results provide further evidence that the pig can be infected by a number of influenza viruses, some of which may have significance in the epidemiology of human influenza.