微小RNA-346与IDH基因野生型胶质瘤TRIM38基因表达和患者预后的关系

目的 探讨微小RNA (miR)-346与异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因野生型胶质瘤中三基序蛋白质38 (TRIM38)基因表达水平和患者总体生存期(OS)的关系。方法 利用中国胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库的多组学分子数据,比较miR-346在胶质瘤中的表达改变以及与TRIM38基因表达和患者OS的关系;采用细胞转染和双荧光素酶实验检测miR-346与TRIM38基因在胶质瘤细胞中的相互关系。结果 共纳入CGGA中各级别胶质瘤样本198例及对照脑组织样本5例进行比较,发现miR-346表达水平随肿瘤级别的增加而降低(P<0.05),且IDH基因野生型肿瘤表达水平低于IDH基因突变型肿瘤(P<0.05)。Pearson相关性分析发现IH基因野生型胶质瘤中,miR-346与TRIM38基因表达之间呈显著负向相关性(P<0.05)。生存分析显示miR-346低表达组患者的OS与miR-346高表达组患者相比显著缩短(P=0.05),其预后指示能力独立于患者年龄及治疗方案等因素(^均P<0.05),但不独立于肿瘤级别(P>0.05)。细...     

脑胶质瘤患者FAM46A基因表达水平与生存期的相关性研究

目的探讨脑胶质瘤患者FAM46A基因表达水平与生存期的相关性。方法采用对临床样本进行定量PCR和免疫组化染色检测FAM46A基因的表达水平及对该基因与脑胶质瘤患者生存期进行相关性分析。结果脑胶质瘤组及高级别、低级别亚组的FAM46A基因mRNA表达水平显著高于正常对照组(均P0.01)。与正常对照组比较,脑胶质瘤组FAM46A蛋白高表达比率显著升高,低表达比率显著降低(均P0.01)。FAM46A蛋白高表达患者的总生存期和无进展生存期都分别显著低于低表达患者(P=0.033,P=0.042)。结论 FAM46A基因表达在脑胶质瘤组织中存在明显的上调,该基因可以作为预测脑胶质瘤患者生存期的相关因子。     

THBS1 在胶质母细胞瘤中的表达及功能研究

目的 研究THBS1在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达水平及功能。方法 在癌症基因组 图谱计划（TCGA）和中国脑胶质瘤基因组图谱计划（CGGA）_693、CGGA_325 和 CGGA_301 数据集中提取 数据,对基因表达数据进行标准化处理后,分析THBS1在低级别胶质瘤和 GBM 中的表达差异以及与异 柠檬酸脱氢酶（IDH）突变、1p/19q 共缺失状态和生存预后的关系。基于单细胞测序数据、空间转录组数 据,分析THBS1在胶质瘤组织中的主要分布。采用 CellCall 算法和 MAGIC 算法进一步分析THBS1在细 胞相互作用网络之中的功能和THBS1相关基因及其功能,采用 CIBERSORTx 算法分析THBS1与免疫细 胞浸润的关系。结果 THBS1在 GBM 组织中的表达水平高于正常组织,差异有统计学意义（P＜ 0.05）。 在 CGGA 和 TCGA 数据集中,THBS1在 GBM 患者中的表达水平高于低级别胶质瘤,差异有统计学意义 （P＜ 0.01）;THBS1在IDH野生型和非 1p/19q 共缺失型患者中的表达水平分别高于IDH突变型和 1p/19q 共缺失型,差异均有统计学意义（均P＜ 0.01）。在 CGGA_693 和 CGGA_325 数据集中,THBS1基因高表 达患者的生存率低于低表达患者,差异有统计学意义（P＜ 0.01）。单细胞测序数据分析显示,THBS1主 要在胶质瘤组织的单核 / 巨噬细胞中表达。空间转录组数据分析显示,表达THBS1的单核/巨噬细胞在 空间方面与星形胶质细胞、肿瘤细胞、神经元、少突细胞、少突胶质细胞前体细胞存在共定位。THBS1 阴性的单核/巨噬细胞和THBS1阳性的单核 / 巨噬细胞与肿瘤细胞、神经元之间细胞通信的通路活性及 所依赖的配体 - 受体途径不同。功能富集分析显示,THBS1相关基因参与囊泡介导的转运、自噬、DNA 结合转录因子活性的调节等生物过程。在 4 个数据集中,THBS1高表达组的巨噬细胞 M0 丰度高于低表 达组,差异有统计学意义（P＜ 0.05）。结论 THBS1在GBM中高表达,与患者较差的预后相关;THBS1 调控巨噬细胞M0浸润,表达THBS1的单核/巨噬细胞可能调控GBM的微环境,进而调控肿瘤发生。     

PIGN表达水平对脑胶质瘤治疗的临床意义

目的 探究PIGN在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法 运用生物信息学方法分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)中693例脑胶质瘤患者的相关基因信息及临床资料,运用Kaplan-Meier分析PIGN表达对脑胶质瘤患者生存期的影响;采用多因素Cox风险比例回归模型分析PIGN表达对脑胶质瘤患者的预后影响。结果 CGGA数据库中,PIGN广泛存在于各级别与各病理分型的脑胶质瘤中,且其表达趋势与WHO分级及病理分型无关; PIGN低表达组的脑胶质瘤患者总生存期长于高表达组(P=0.003 7);多因素Cox回归分析表明,PIGN的表达水平,年龄,IDH突变以及1p19q的联合缺失是评估脑胶质瘤患者生存的独立影响因素(HR分别为1.337,1.332,2.225,1.761; P值分别为0.003,0.008,<0.001,<0.001); PIGN低表达组的化疗生存期显著优于高表达组(P=0.034 9),而PIGN表达对放疗患者的生存期无影响(P=0.084 4)。PIGN表达与MAD1表达呈显著负相关(相关系数=0.775,P <0.001)。结论 PIGN表达水平可...     

HER2基因的表达水平在胶质母细胞瘤患者预后评价中的意义

目的研究表明人类表皮生长因子受体2(HER2)基因的异常表达与乳腺癌,胃癌等多种恶性肿瘤的进展相关,然而其与胶质母细胞瘤(GBM)的关系目前尚不清楚。方法利用肿瘤与癌症基因图谱计划(TCGA),脑肿瘤分子数据库(REMBRANT)和基因表达公共数据库(GEO)中GSE7696队列等中的GBM病例资料和芯片数据,通过生存分析和Cox回归分析,研究人类表皮生长因子受体2(HER2)基因的mRNA表达与GBM患者生存时间(OS)的关系。结果在TCGA病例组(N=288)中,HER2基因高表达组患者的预后差于低表达组的患者,其中位OS分别为15.1个月(95%可信区间:13.6~16.6个月)和16.7个月(95%可信区间:13.0~20.5个月),P=0.013;同样地,在另外两个验证组的患者中,HER2基因高表达组的患者预后也差于低表达组,REMBRANT病例组的中位OS分别为12.0个月(95%可信区间:8.1~15.9个月)和17.5个月(95%可信区间:14.0~21.1个月),P=0.002;而GSE7696病例组的中位OS则分别为11.4个月(95%可信区间:9.0~13.7个月)和15.7个月(95%可信区间:14.2~17.2个月),P=0.044;多因素Cox回归分析表明HER2基因的表达分组不是独立的预后因素,其预后评价能力与年龄和MGMT甲基化分组因素有关。结论本研究一方面验证了HER2基因的mRNA表达与GBM患者的临床预后密切相关,另一方面为未来以HER2基因为基础的GBM预后评价方式和个体化治疗策略提供了临床依据。     

酪蛋白激酶1α1在脑胶质瘤中的表达及其临床意义

目的 探讨酪蛋白激酶1α1(CSNK1A1)在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法 运用生物信息学方法分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)中325例脑胶质瘤患者的相关基因信息及临床资料。运用Kaplan-Meier分析CSNK1A1表达对脑胶质瘤患者生存期的影响;采用多因素COX风险比例回归模型分析CSNK1A1表达对脑胶质瘤患者预后的影响。结果 CGGA数据库资料分析显示,CSNK1A1表达于各级与各病理分型脑胶质瘤中,各级与各型脑胶质瘤的CSNK1A1表达水平的差异均无统计学意义(均P 0. 05);CSNK1A1低表达组患者的总生存期显著比高表达组长(P 0. 001)。多因素Cox回归分析显示,CSNK1A1表达水平、年龄、IDH突变型以及1p19q的联合缺失是脑胶质瘤患者生存的独立影响因素(HR值0. 374～1. 869; P 0. 05～0. 001);接受放疗患者中,CSNK1A1低表达组的生存期显著比高表达组长(P 0. 001);而化疗患者中CSNK1A1低表达组与高表达组的生存期差异无统计学意义(均P 0. 05)。NFKB1与CSNK1A1的表达水平呈正相关(r=0. 44,P 0. 001)。结论 CSNK1A1低表达脑胶质瘤患者的预后明显好于高表达患者; CSNK1A1表达水平可作为评估脑胶质瘤预后的预测因素。CSNK1A1低表达可能是增强脑胶质瘤放疗敏感性的因素。     

Quaking基因在胶质瘤组织中的表达及临床意义

目的 探究Quaking(QKI)基因在胶质瘤中的表达特征和预后相关性。方法 联合使用中国脑胶质瘤基因组图谱和癌症基因组图谱计划探究QKI表达水平与胶质瘤患者WHO等级、年龄、IDH突变状态和染色体1p19q缺失的关系。然后比较QKI高、低表达组胶质瘤患者的总生存期之间的差异。使用功能富集分析探索QKI在生物学上的功能。应用TIMER分析QKI表达与胶质瘤免疫浸润细胞的关系。结果 QKI在WHOⅣ级胶质瘤患者中的表达水平显著降低(P <0.001); QKI在IDH突变型、染色体1p19q杂合缺失型和年龄≤41岁胶质瘤中的表达水平较高(P <0.001); QKI高表达组的生存时间高于低表达组(P <0.001),多因素COX回归模型分析结果显示,QKI高表达(P=0.038)是胶质瘤患者生存相关的独立影响因子;生物信息学分析结果显示,QKI相关表达基因功能主要富集在RNA剪接、细胞颗粒以及蛋白酶激活等生物学过程,与胶质瘤、Erb B和GnRH信号通路关系密切。在胶质瘤免疫微环境中,QKI与多种免疫浸润细胞关系密切(P <0.05)。结论 QKI被鉴定为与胶质瘤...     

影响胶质母细胞瘤生物学行为的靶基因预测

目的探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用, 以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱, 从而得到差异表达基因;应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络, 然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络, 从而获取靶基因;应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响, 最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因, 包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示, 差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面, 细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等,...     

CREPT在人脑胶质母细胞瘤组织中的表达及其与病人预后的关系

目的 探讨人脑胶质母细胞瘤（GBM）组织肿瘤高表达细胞周期相关蛋白（CREPT）的表达水平及其与病人预后的关系。方法 收集2010年1月至2011年1月手术切除的GBM组织104例和2018年1~12月颅脑损伤内减压术中切除的正常脑组织40例,采用免疫组织化学染色法检测CREPT的表达,根据染色情况将GBM分为高表达组和低表达组。GBM病人术后随访截止时间为2019年4月,记录总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。采用多因素Cox比例回归风险模型分析GBM病人生存预后的影响因素。用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,采用Log-rank检验。结果 GBM组织CREPT高表达率（73.08%,76/104）明显高于正常脑组织（10.00%,4/40;P<0.05）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示CREPT高表达是GBM病人OS和PFS较短的独立影响因素（P<0.05）。低表达组OS和PFS均明显高于高表达组（P<0.05）。结论 人脑GBM组织CREPT呈高表达,与病人不良生存预后和肿瘤进展有关。     

胶质母细胞瘤FMOD基因非CpG岛DNA甲基化水平与病人预后的关系

目的 探讨纤调蛋白（FMOD）基因非CpG岛区域DNA甲基化在人脑胶质母细胞瘤（GBM）中的改变模式以及与基因表达、临床预后的关系。方法 检索国癌症基因组图谱计划数据库（TCGA）和国国立卫生院下属基因表达数据库（GEO）下载人脑GBM组织基因表达芯片GSE36278、GSE22891及GSE50923。分析FMOD基因的CpG探针[cg26987645和cg03764585,均来自人类全基因组DNA甲基化芯片（Infinium HumanMethylation 27 k和450 k BeadChips）,均位于非CpG岛区域（www.illumina.com）]β值（与甲基化水平呈正相关）。结果 与非肿瘤组织相比,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值均显著下降,提示GBM组织FMOD基因发生特异性低甲基化。将CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值与mRNA数据进行关联分析发现,DNA甲基化水平与FMOD基因表达水平呈显著负相关（P<0.001）。Cox回归分析显示,随FMOD基因CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值增加,GBM病人生存期显著延长（P<0.05）。FMOD基因非CpG岛cg03764585和cg26987645探针分析显示,非G-CIMP亚型病人甲基化水平较G-CIMP亚型病人明显降低（P<0.05）,而FMOD基因表达水平明显增高（P<0.05）。结论 本文结果提示,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域呈低甲基化表现,与FMOD基因表达和病人生存预后均呈明显负相关。     

脑胶质瘤CHSY1的表达变化及临床意义的生信分析

目的 探讨硫酸软骨素合酶1（CHSY1）在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 从Gliovis下载CHSY1在TCGA、CGGA和Rembrandt数据库中的基因表达数据和对应的临床数据,将CHSY1表达量由低到高排序,前50%为低表达组,后50%为高表达组。利用TIMER在线网站分析CHSY1在脑胶质瘤中的表达与免疫浸润的相关性。结果 胶质瘤组织CHSY1表达水平明显高于正常脑组织（P<0.05）,且与胶质瘤病理分级呈正相关（P<0.05）。多因素Cox回归分析显示CHSY1高表达是胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）,CHSY1高表达组中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。MGMT启动子甲基化组胶质母细胞瘤病人中,CHSY1高表达组中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。CHSY1高表达组胶质瘤病人化疗后中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。TIMER分析发现,胶质母细胞瘤组织CHST1表达水平与树突状细胞的浸润程度呈正相关,低级别胶质瘤组织CHST1表达水平与B细胞、CD8+ T细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞的浸润程度成正比。结论 脑胶质瘤CHSY1呈高表达,与胶质瘤的恶性程度与免疫浸润呈正相关。CHSY1可作为胶质瘤预后和对化疗反应的预测因子。     

脑胶质瘤FBLIM1的表达及临床意义

目的 探讨FBLIM1在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 采用R软件分析UCSC数据库中癌症基因组图谱联合基因型组织表达数据集（TCGA、TARGET、GTEx）中的662例胶质瘤和1 157例正常脑组织的FBLIM1表达水平。利用TCGA数据库698例胶质瘤mRNA-seq及临床数据分析FBLIM1表达与胶质瘤临床特征的关系,用Cox比例回归风险模型分析胶质瘤生存预后的影响因素,采用Kaplan-Meier法分析TCGA数据库及中国脑胶质瘤基因组图谱（CGGA）数据库共计1 975例胶质瘤的FBLIM1表达与生存预后的关系。结果 胶质瘤FBLIM1表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）,且肿瘤WHO分级越高,FBLIM1表达水平越高（P<0.05）;胶质瘤FBLIM1表达与IDH基因状态、1p/19q联合缺失、WHO分级及病人年龄显著相关（P<0.05）;FBLIM1过表达为胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（OR=1.444;95% CI 1.032~2.020;P<0.05）;生存曲线分析显示FBLIM1高表达的胶质瘤病人中位总生存期较低表达病人明显缩短（P<0.05）。结论 胶质瘤FBLIM1呈高表达,与病人生存预后不良相关。     

miR-1224-5p在胶质瘤中的表达及其对胶质瘤细胞增殖的影响

目的探讨miR-1224-5p在胶质瘤中的表达及其对人脑胶质瘤细胞增殖的影响。方法分析中国脑胶质瘤基因组计划(CGGA)数据库中miR-1224-5p在不同级别的胶质瘤组织中的表达数据,并采用原位杂交技术进行组织验证,运用CGGA数据分析miR-1224-5p的表达水平与胶质母细胞瘤患者临床预后的相关性。采用miR-1229-5p寡聚核苷酸转染胶质瘤U251及U87细胞,通过CCK8实验观察上调miR-1224-5p表达后对胶质瘤细胞增殖的影响。结果 miR-1224-5p在人脑胶质瘤组织中的表达随着病理分级的升高而降低。胶质母细胞瘤患者中低表达miR-1224-5p提示预后不良。上调miR-1224-5p表达可以抑制胶质瘤细胞的增殖。结论 miR-1224-5p与胶质瘤的级别和临床预后相关,miR-1224-5p可以抑制胶质瘤细胞的增殖能力。     

CHST2在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨糖磺基转移酶2（CHST2）在人脑胶质瘤中的表达情况及其临床意义。方法 从Gliovis在线网站获取TCGA、CGGA、Rembrandt数据集,分析CHST2表达水平与胶质瘤病理特征、生存预后、免疫细胞浸润的关系。结果 胶质瘤母细胞瘤（GBM）组织CHST2表达水平较低级别胶质瘤（LGG）明显增高（P<0.05）,异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变型胶质瘤CHST2表达水平较野生型明显增高（P<0.05）,1p19q未共缺失胶质瘤CHST2表达水平较未缺失胶质瘤明显增高（P<0.05）。胶质瘤、GBM和LGG病人,O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶（MGMT）启动子甲基化的GBM和LGG病人,以及仅进行化疗的GBM和LGG病人,CHST2高表达组生存时间均显著低于低表达组（P<0.05）。GBM和LGG组织CHST2表达水平与巨噬细胞和树突状细胞的浸润程度呈正相关（P<0.05）。结论 CHST2表达水平与胶质瘤病人生存预后、化疗反应和免疫细胞浸润密切相关。     

非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶12基因在脑胶质瘤中的表达及意义

目的基于中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)和癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库分析非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶12基因(PTPN12)在脑胶质瘤中的表达和意义。方法回顾性分析CGGA数据库(325例)和TCGA数据库(636例)中脑胶质瘤患者的临床资料和RNA测序数据。分析不同世界卫生组织(WHO)肿瘤级别、四分型亚型、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态、O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化状态的患者PTPN12表达量的差异。根据PTPN12的表达量将患者分为PTPN12高表达组和PTPN12低表达组,采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,比较两组患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法判断PTPN12对脑胶质瘤患者的预后作用。进一步通过基因本体(GO)功能富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析获得基因相关的功能以及有关的通路。结果两数据库中,PTPN12的表达量均随脑胶质瘤病理级别的升高而升高(均P<0.01);与IDH突变型比较,IDH野生型中PTPN12表达量升高(均P<0.01);MGMT启动子非甲基化者PTPN12表达量高于MGMT启动子甲基化者(均P<0.01);PTPN12在经典型、间质型、神经元型以及前神经元型中表达量的差异均具有统计学意义,间质型中表达量最高(均P<0.01)。两数据库中,PTPN12高表达者均比低表达者的生存期短(均P<0.01)。两个数据库中,多因素Cox回归分析结果均显示,PTPN12表达量为脑胶质瘤患者生存期的独立影响因素(CGGA数据库中,HR=1.433,95%CI:1.094~1.876,P=0.009;TCGA数据库中,HR=1.588,95%CI:1.018~2.477,P=0.042)。GO分析结果显示,PTPN12表达量正相关的基因更多地富集在增殖、凋亡、黏附、蛋白水解、免疫反应、血管生成、药物反应、缺氧反应、肿瘤细胞G2/M期的转化、肿瘤细胞G1/S期的转化等多个与脑胶质瘤恶性进展相关的功能上。KEGG分析结果显示,与PTPN12表达量呈正相关的基因更多地富集在肿瘤相关通路、PI3K-Akt通路、丝裂原活化蛋白激酶通路、肿瘤坏死因子通路、缺氧诱导因子1通路、p53通路、凋亡通路以及细胞周期通路上。结论不同WHO肿瘤级别的脑胶质瘤患者PTPN12表达量不同,PTPN12表达量可独立用于脑胶质瘤患者的预后判断,且与多个脑胶质瘤恶性进展相关的功能和通路有关。     

胶质母细胞瘤中lncRNA GAS5相关m6A基因的生物信息学分析

目的采用生物信息分析技术探讨胶质母细胞瘤中和长链非编码RNA GAS5相关的m6A基因的筛选及临床特征分析。方法从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据。根据TCGA胶质母细胞瘤患者GAS5基因的表达量做相关性分析,筛选出GAS5相关m6A基因。通过权重基因共表达网络分析(WGCNA)构建加权基因共表达网络,寻找协同表达的基因模块,筛选GAS5共表达的基因。GAS5共表达的基因和GAS5相关m6A基因取交集。CGGA数据库分析筛选出的基因与胶质瘤患者的临床特征及预后之间的关系。结果分析的13个m6A基因中,相关性系数> 0.4,P<0.001,7个基因(HNRNPC、FTO、KIAA1429、ALKBH5、YTHDF2、WTAP、YTHDC2)与GAS5相关,其中HNRNPC、KIAA1429、YTHDF2、WTAP呈正相关,FTO、ALKBH5、YTHDC2呈负相关。通过构建WGCNA网络,筛选GAS5共表达的基因,brown模块共1 292个基因与GAS5相关性最高(cor=0.84,P=1e-200)。HNRNP...     

STK40在脑胶质瘤中的表达及其临床意义的生信分析

目的 探讨丝氨酸/酸酸蛋白激酶40（STK40）在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法 计算机检索GEPIA数据库,运用生物信息学方法分析STK40在胶质瘤组织及正常脑组织中的表达差异;同时,检索CGGA数据库中693例脑胶质瘤的基因信息及临床资料,运用Kaplan-Meier生存曲线分析STK40表达水平与脑胶质瘤生存预后的关系;采用多因素Cox比例回归风险模型分析脑胶质瘤生存预后的影响因素。结果 GEPIA数据库分析显示,胶质母细胞瘤组织STK40表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）。STK40表达水平与胶质瘤病理级别呈正相关,随胶质瘤病理级别增高,STK40表达水平明显增高（P<0.0001）。多因素Cox风险比例回归模型分析结果显示,STK40高表达是脑胶质瘤生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,STK40高表达组中位总生存期较低表达组明显缩短（P<0.0001）;而且STK40高表达明显降低胶质瘤放/化疗的效果（P<0.0001）。Pearson相关性分析显示,ERK下游产物SRF与STK40呈明显正相关（r=0.45;P<0.0001）,JNK下游产物ATF2与STK40表达水平呈明显负相关（r=-0.167;P<0.0001）。结论 胶质瘤STK40呈高表达,与病人生存预后不良有关,其作用机制可能与ERK/MAPK及JNK/MAPK信号通路有关。     

lncRNA SNHG16在人脑胶质瘤组织中的表达及其与病人预后的关系

目的 探讨长链非编码RNA（lncRNA）SNHG16在人脑胶质瘤组织中的表达及其与病人预后的关系。方法 实时荧光定量PCR检测104例2013年9月至2015年1月本院病理科冻存的胶质瘤组织和2018年4月至2019年1月颅脑损伤内减压术中切除的40例正常脑组织lncRNA SNHG16的相对表达量。以SNHG16表达量的中位数为截断值,将胶质瘤病人分为高表达组和低表达组。随访截止时间为2019年6月,记录总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。结果 胶质瘤组织SNHG16相对表达量明显高于正常脑组织（P<0.001）;高级别胶质瘤组织SNHG16相对表达量明显高于低级别胶质瘤组织（P<0.001）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示,SNHG16高表达是胶质瘤病人OS和PFS缩短的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示高表达组OS（中位数25个月,四分位数18~34个月）和PFS（中位数15个月,四分位数9~18个月）较低表达组（OS中位数35个月,四分位数20~42个月;PFS中位数19个月,四分位数12~20个月）明显缩短（P<0.05）。结论 人脑胶质瘤SNHG16呈高表达,与病人不良生存预后和肿瘤进展有关。     

基于癌症基因组图谱挖掘丙酮酸脱氢酶激酶1在脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的利用癌症基因组图谱(TCGA)分析丙酮酸脱氢酶激酶1(PDK1)在脑胶质瘤中的表达和临床意义。方法回顾性分析TCGA数据库中641例脑胶质瘤患者的临床资料。采用GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/)在线分析网站分析PDK1在脑胶质瘤患者中的表达情况。之后采用Pearson相关分析法创建与PDK1相关的基因列表,再利用STRING在线分析工具对差异基因进行互作网络分析,根据可信度大小筛选出关键蛋白。进一步通过基因本体分析(GO)获得PDK1相关差异基因的功能及与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路的关系。根据PDK1蛋白表达量将所有患者分为PDK1蛋白低表达组(380例)和PDK1蛋白高表达组(261例),采用Kaplan-Meier生存曲线比较两组患者的生存期差异。进一步采用单因素和多因素Cox回归分析法判断PDK1蛋白表达对脑胶质瘤患者预后的作用。结果PDK1蛋白在世界卫生组织(WHO)Ⅳ级胶质瘤中的表达明显高于Ⅱ、Ⅲ级(均P<0.05),且Ⅱ、Ⅲ级间的差异无统计学意义(Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级的蛋白相对表达量分别为7.24±0.60、7.34±0.80、8.86±0.90,P>0.05)。PDK1蛋白高表达组的脑胶质瘤患者累积生存率明显低于低表达组(P<0.05)。Pearson相关分析结果发现,96个基因与PDK1表达密切相关,其中69个为正相关,27个为负相关。GO分析和KEGG通路分析结果显示,PDK1与缺氧微环境、有机环状化合物的反应、有机氮化合物的反应、cAMP反应及HIF-1信号通路密切相关。多因素Cox回归分析结果显示,年龄(HR=1.579,95%CI:1.085~2.299,P=0.017)、WHO分级(HR=12.106,95%CI:6.521~22.474,P<0.001)及放疗(HR=0.502,95%CI:0.325~0.775,P=0.002)为胶质瘤患者生存期的独立影响因素(均P<0.05),可独立用于患者的预后判断。然而,PDK1蛋白表达对并不影响脑胶质瘤患者预后。结论不同WHO分级的脑胶质瘤患者PDK1的表达不同,且主要与缺氧和HIF-1信号通路密切相关。