高龄孕妇胎儿基因组拷贝数变异发生率研究

目的探讨应用基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术检测高龄孕妇羊水中基因组拷贝数变异(CNV)的发生率。方法收集2018年1月1日至12月31日因年龄高风险在哈尔滨医科大学附属第一医院应用羊膜腔穿刺术进行产前诊断的孕妇羊水标本247例。对胎儿羊水细胞进行G显带染色体核型分析的同时应用CNV-seq检测羊水细胞基因组DNA,统计在羊水染色体核型分析正常的高龄孕妇中CNV的发生率。结果 247例羊水标本中,染色体核型分析和CNV-seq同时检测出染色体非整倍体共计21例,其中21-三体综合征14例,18-三体综合征2例,13-三体综合征1例,性染色体非整倍体4例。染色体核型分析检出性染色体非整倍体1例(为45,XO[3]/46,XX[97]);染色体结构异常9例,其中染色体易位4例,染色体正常变异3例,2例染色体结构异常经CNV-seq检测最终确定异常片段的来源。染色体核型异常总检出率为12.55%(31/247)。在216例染色体核型结果正常的羊水标本中,CNV-seq额外检出明确致病CNV 4例,临床意义未明的染色体微缺失6例(其中1例为父源,1例为母源,其余4例未进行夫妇验证),CNV多态性15例。羊水样本中CNV的总检出率为19.43%(48/247),CNV-seq比染色体核型分析额外增加了6.88%的检出率,其中明确致病的CNV检出率为1.62%(4/247)。结论对进行有创产前诊断的高龄孕妇,在排除了常见的非整倍体异常后也应建议进行CNV检测。     

孤立性胼胝体发育异常胎儿的系列遗传学诊断研究

目的从细胞遗传学、基因组及单基因水平探讨染色体核型分析、染色体微阵列分析(CMA)及全外显子测序(WES)技术在孤立性胼胝体发育异常(CCA)胎儿产前诊断中的应用价值。方法选取2010年1月至2021年4月在广州市妇女儿童医疗中心及清远市人民医院产前诊断中心就诊, 超声及MRI检查诊断为孤立性CCA并行侵入性产前诊断的胎儿。对所有胎儿样本行染色体核型分析和(或)CMA[或拷贝数变异测序(CNV-seq)]检测, 对染色体核型分析和(或)CMA(或CNV-seq)检测结果未见异常的胎儿及其父母样本进一步行WES检测。结果 65例孤立性CCA胎儿中, 行染色体核型分析38例, 检出异常染色体核型3例, 检出率为8%(3/38)。共计49例孤立性CCA胎儿行CMA(或CNV-seq)检测, 检出致病性CNV 6例, 检出率为12%(6/49), 其中, 染色体核型分析结果异常, 进一步行CMA检测的检出率为1/1;染色体核型结果正常, 进一步行CMA(或CNV-seq)检测的检出率为14%(3/21);以CMA检测为一线检测技术的检出率为7%(2/27)。共计25例染色体核型分析和(或)CM...     

胎儿圆锥动脉干畸形的遗传学病因及拷贝数变异测序和全外显子组测序在其中的意义：196例分析

目的探讨胎儿圆锥动脉干畸形(conotruncal defects, CTDs)的遗传学病因及拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)和全外显子组测序(whole exome sequencing, WES)在其遗传学病因检测中的意义。方法回顾性纳入2017年6月至2021年12月于首都医科大学附属北京安贞医院行超声心动图检查诊断为CTDs的胎儿196例。对其小家系(胎儿及其父母)先行CNV-seq筛查染色体异常[非整倍体及拷贝数变异(copy number variation, CNV)], 未检出染色体异常的病例行WES。总结不同分型CTDs的遗传学异常(非整倍体+CNV+单核苷酸变异)以及CNV-seq和WES的检出异常情况, 采用χ2检验进行统计学分析。结果 CNV-seq检出54例胎儿染色体异常(27.6%, 54/196), 包括非整倍体14例(7.1%, 14/196), CNV 39例(19.9%, 39/196), 非整倍体合并CNV 1例。CNV-seq未检出异常的142例接受WES, 检出13例致病性或可...     

胎儿颈项透明层增厚的产前遗传学诊断及妊娠结局

目的:探讨妊娠早期胎儿颈项透明层(NT)增厚的产前遗传学诊断以及与妊娠结局的关系.方法:收集2017年10月至2019年9月在香港大学深圳医院产前诊断中心因妊娠早期超声提示胎儿NT≥3.0 mm而进行产前诊断的单胎胎儿共90例,其中85例胎儿进行染色体G显带分析及拷贝数变异(CNV)检测,5例终止妊娠后只进行CNV检测...     

CNV-seq技术对1953例自然流产物的染色体数目和拷贝数变异分析

目的 基于染色体拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术对1953例自然流产物进行遗传学检测,探讨流产组织染色体数目异常和拷贝数变异(copy number variation,CNV)在自然流产中的发生情况.方法 回顾性统计分析2014年3月至2019年1...     

270例母血清学筛查高风险孕妇胎儿染色体拷贝数变异测序结果分析

目的:探讨基于高通量测序的基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术在血清学筛查高风险人群产前诊断中的应用价值。方法:选取2018年1月至2021年10月介入性产前诊断病例中血清学筛查高风险孕妇共270例,分为单纯血清学筛查高风险组(A组186例)和血清学筛查高风险合并其他产前诊断指征组(B组84例),分析胎儿染色体拷贝数变异(CNVs)在血清学筛查高风险人群中的检出情况。结果:270例CNV-seq检测均成功,257例同时进行了染色体核型分析,255例培养成功。CNV-seq共检出胎儿CNVs 47例(17.4%),其中致病性基因组拷贝数变异(pCNVs)19例(7.0%)、临床意义不明的CNV(VUS)13例(4.8%)、可能良性及良性15例(5.6%)。结合染色体核型分析结果,均提示致病性异常的有11例;CNV-seq额外检出32例CNV,其中pCNVs7例、VUS 11例,良性和可能良性14例。CNV-seq漏检2例染色体平衡易位、3例染色体多态性。A组与B组相比,pCNVs检出率分别为1.6%(3/186)、19.0%(16/84),差异有统计学意义;VUS检出率分别为4.3...     

先天性泌尿系统畸形胎儿的染色体核型及拷贝数变异产前诊断结果分析

目的:探讨胎儿先天性泌尿系统畸形(CAKUT)遗传学病因及胎儿染色体核型分析和高通量测序拷贝数变异(CNV)检测在产前诊断中的应用。方法:回顾性分析孕中期(孕17～26周)超声检查发现CAKUT胎儿,行介入性产前诊断包括G显带染色体核型分析及CNV的检测结果,并随访妊娠结局。结果:(1)1215例CAKUT胎儿中检出染色体异常193例,检出率15.88%,染色体核型分析与CNV检测一致均异常的共189例,其中染色体非整倍体+CNV异常176例,不平衡易位+CNV异常13例;193例中182例(94.30%)为非孤立CAKUT。(2)仅CNV异常20例,检出率1.65%(20/1215);20例中11例致病变异,9例疑似致病变异(家系调查证实8例新发突变,1例母系来源),其中10例为非孤立CAKUT。临床意义不明变异44例,其中28例家系调查证实25例为双亲之一来源、3例为新发突变。(3)产前诊断非整倍体176例,不平衡易位13例,致病和疑似致病CNV 20例经遗传咨询后孕妇知情选择后均终止妊娠,临床意义不明变异中新发变异因多发异常3例终止妊娠。结论:胎儿CAKUT特别是非孤立CAKUT...     

高通量测序与染色体微阵列分析在308例早期流产中的应用

目的:探讨高通量测序(CNV-seq)与染色体微阵列分析(CMA)在早期自然流产遗传学诊断中的应用价值。方法:选取2016年1月至2019年11月在山东大学齐鲁医院就诊的308例早期自然流产孕妇,取其绒毛组织,提取DNA。155例样本行CMA检测,153例样本行CNV-seq检测。结果:CMA组检测失败率(10.32%)显著高于CNV-seq组(0%),差异有统计学意义(P0.05)。CNV-seq组对染色体异常核型的阳性检出率为53.59%,与CMA组(56.83%)相比,差异无统计学意义(P0.05)。CNV-seq对染色体拷贝数变异(CNVs)的检出率为10.46%,显著高于CMA组(4.32%)(P0.05)。结论:CNV-seq对早期流产组织的染色体异常核型的阳性检出率与CMA相当,但对样本质量和浓度的要求明显较低,且在CNVs的检出率上有明显优势。表明CNV-seq在临床查找早孕期自然流产病因方面有更好的应用前景。     

拷贝数变异测序技术在无创产前筛查高风险且超声表现正常胎儿产前诊断中的价值研究

目的 探讨拷贝数变异测序技术（CNV-seq）在无创产前筛查（NIPT）高风险且超声表现正常胎儿产前诊断中的临床应用价值。方法 选取2019年8月至2021年9月因单纯NIPT高风险且无超声异常到天津医科大学总医院产前诊断中心自愿接受羊膜腔穿刺术的168例孕妇,采集羊水样本,同时进行染色体核型分析和CNV-seq检测,并对所有病例进行随访。结果 168例羊水样本,羊水细胞培养失败3例,染色体核型分析结果异常62例（37.58%）,其中非整倍体异常47例（75.81%）、结构异常9例（14.52%）、嵌合型异常6例（9.68%）。168例羊水样本,CNV-seq检测结果为致病性/可能致病性69例（41.07%）、临床意义不确定性24例（14.29%）、可能良性/良性6例（3.57%）。62例染色体核型分析异常结果中,CNV-seq检测提示致病性变异61例,其中6例染色体核型分析结果为结构异常的病例经CNV-seq检测存在致病性拷贝数变异（CNVs）。CNV-seq检测额外检出8例染色体异常,包括致病性微缺失微重复6例和数目异常2例,将总体染色体异常检出率提高了4.76%。结论 CNV-s...     

全外显子组测序技术在超声指标异常胎儿遗传病中应用价值分析

目的:探讨全外显子组测序(WES)技术在超声指标异常,但染色体核型分析及染色体微阵列(CMA)检测结果阴性胎儿中的临床应用价值。方法:回顾性分析2018年6月至2021年4月在长沙市妇幼保健院产前超声检查中发现超声指标异常胎儿1080例,对胎儿羊水或脐血进行CMA检测和染色体核型分析,并对部分染色体核型分析及CMA结果阴性胎儿进行WES检测,所有变异等级根据美国医学遗传学和基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行分类。结果:1080例胎儿全部经过CMA检测,其中947例同时进行了染色体核型分析,CMA检测到136例拷贝数变异(CNV),检出率12.6%(136/1080),其中85例致病性CNV、51例致病意义未明。染色体核型分析共检出91例阳性,检出率9.6%(91/947),其中非整倍体变异54例,结构变异9例,染色体正常变异28例。另外对18例染色体核型分析和CMA检测阴性样本进行WES检测,结果显示5例(27.8%)致病性基因变异,5例可能致病性基因变异,3例意义未明变异,5例未发现异常。结论:在染色体核型分析和CMA检测未能明确超声指标异常胎儿遗传学病因的情况下,WES有助于提...     

基于低深度测序的无创产前基因检测技术对胎儿染色体拷贝数变异的检测效能评估

目的:探讨低深度测序的无创产前基因检测技术(NIPT)在胎儿染色体拷贝数变异(CNV)中的检测情况及临床意义。方法:抽取2017年9月至2019年5月所选873例孕妇的血浆,通过低深度测序方法对随机重排的样本进行盲法检测,并采用基因拷贝数变异分析算法(FCAPS)鉴定胎儿CNV。对比核型分析及染色体微阵列分析(CMA),评估低深度测序下NIPT对胎儿CNV的检测效能。结果:48例染色体微缺失/微重复(大小约0.1～47 Mb)样本中,与低深度(0.51～1.19X)测序的NIPT检测结果一致的有32例,结果不一致的有16例,另正常样本组有21例假阳性样本。NIPT对CNV总的敏感度和特异度分别为66.67%和97.45%,特别是对2 Mb的CNV,其敏感度和特异度分别高达85.29%和98.18%。结论:基于低深度测序的NIPT对2 Mb的CNV具有高效能。在NIPT中应用优化的检测和信息分析方法进行胎儿CNV的产前筛查是可能的。     

小头畸形遗传学诊断研究

目的探讨染色体核型分析、染色体微阵列分析(CMA)及全外显子测序(WES)技术在小头畸形遗传学诊断中的价值。方法选取2014年1月至2022年8月在广州医科大学附属第六医院产前诊断门诊就诊, 产前超声检查诊断为小头畸形的胎儿或出生后诊断为小头畸形的患儿共计9例, 行染色体核型分析和(或)CMA检测, 对染色体核型分析和CMA检测结果阴性的患儿进一步行核心家系WES(Trio-WES)检测, 再对致病性拷贝数变异(CNV)片段包含的编码基因进行基因本体(GO)功能注释分析, 将致病性CNV包含的与中枢神经系统发育相关的基因及WES检测发现的致病基因联合进行基因相互作用网络分析。结果 9例小头畸形患儿中, 3例合并其他结构畸形(3/9);诊断时间为孕23周～出生后7岁;诊断时头围18.3～42.5 cm(-7SD～-2SD)。9例小头畸形患儿均行染色体核型分析, 结果均未见异常;8例患儿行CMA检测, 检出异常1例, 异常检出率为1/8;5例行Trio-WES检测, 2例检出可能致病性基因, 致病性检出率为2/5。染色体4p16.3微缺失(为致病性CNV)区域内编码基因的GO富集分析显示,...     

13号染色体长臂拷贝数异常的产前遗传学分析及妊娠结局随访

目的:探索13号染色体长臂拷贝数异常胎儿的产前临床表型及遗传学分析。方法:回顾分析2017年7月1日至2021年7月1日在福建省泉州市妇幼保健院产前诊断中心行羊水/脐血染色体核型及单核苷酸多态性微阵列(SNP-array)检测的产前诊断病例,对遗传学诊断确认13号染色体长臂拷贝数异常的胎儿,进一步行遗传学分析、家系分析及随访妊娠结局。结果:共检出8例13号染色体长臂拷贝数异常胎儿,其中3例为致病性变异,均因亲代染色体结构异常导致;5例为临床意义不明变异(VOUS),其中3例遗传自父亲。除例5胎儿产前超声提示胎儿全身水肿、永存左上腔静脉伴多发超声软指标异常外,其余7例胎儿产前超声未见明显结构异常。结论:联合染色体核型分析及SNP-array检测技术可明确13号染色体长臂拷贝数异常的性质及范围,结合亲代验证情况及超声等辅助检查结果,有利于妊娠结局的选择。     

Noonan综合征家系的产前诊断分析

目的分析Noonan综合征(NS)家系的胎儿超声表现及相关的遗传学病因, 探讨全外显子测序(WES)在NS产前诊断中的应用价值。方法对2020年12月至2022年5月郑州大学第一附属医院收治的3个NS家系中超声检查分别以颈后皮肤皱褶增厚和水囊瘤、胸腔积液、肾盂分离和羊水过多为主要表现的胎儿行全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq), 并应用WES对胎儿及其父母行基因筛查, 疑似致病基因突变位点经PCR及Sanger测序验证。结果 CNV-seq检测提示3个家系的4例胎儿染色体均未见异常, WES分析提示3个家系胎儿分别存在PTPN11基因c.922A>G(p.Asn308Asp)杂合变异、PTPN11基因c.188A>G(p.Tyr63Cys)杂合变异及RAF1基因c.770C>T(p.Ser257Leu)杂合变异。根据美国医学遗传学和基因组学学会指南, 变异评级均为致病性变异, 结合胎儿的异常超声表现, 均明确诊断为NS。结论颈后皮肤皱褶增厚、水囊瘤、肾盂分离、胸腔积液及羊水过多等产前超声异常表现在排除染色体疾病后, 应考虑NS的可能性。NS的临床表现异质性及遗传异...     

52例先天性心脏病胎儿产前诊断及临床分析

目的通过心脏畸形胎儿产前诊断及临床预后评分评估为先天性心脏病胎儿遗传咨询及临床分析提供更多依据。方法收集2018年4月至2019年10月因胎儿心脏畸形来怀化市妇幼保健院产前诊断中心就诊的52例孕妇临床资料。通过产前诊断获得标本并行染色体核型及CMA检测。结果52例心脏畸形胎儿中染色体核型异常为13.46%(7/52),核型正常的胎儿中有5例检出拷贝数变异(copy number variation,CNV),检出率为9.6%(5/52)。40例染色体核型及微阵列分析均正常的胎儿中,按出生缺陷临床预后评分体系评分。其中0分Ⅰ级正常变异9例,均继续妊娠;1~3分Ⅱ级者共17例,继续妊娠16例;4~6分Ⅲ级者共11例,继续妊娠3例;7~9分Ⅳ级者3例,均引产。40例中继续妊娠28例。结论胎儿先天性心脏病与遗传因素相关,需行产前诊断,排除遗传因素后行临床预后评分评估,对临床分析及围产期管理,改善胎儿预后,提高我国出生人口质量起到重要的作用。     

Xq25微重复智力障碍家系遗传学分析及产前诊断

目的对1例27岁的智力障碍患者及其家系进行临床表现和遗传学分析, 为家系提供遗传咨询和产前诊断。方法采用常规染色体核型分析G显带和微阵列比较基因组杂交(array comparative genomic hybridization, aCGH)技术分析先证者(Ⅲ-1)及家系成员的染色体核型和全基因组拷贝数变异(copy number variation, CNV), 并指导家系中孕妇(先证者之妹, Ⅲ-2)进行产前诊断。结果 G显带结果显示, 该家系成员染色体核型均未见异常。aCGH结果显示先证者(Ⅲ-1)及先证者母亲(Ⅱ-3)、二舅(Ⅱ-2)、妹妹(Ⅲ-2)的X染色体q25区域存在1 533 kb重复, CNV为致病性。Ⅲ-1与Ⅱ-2临床表型为智力障碍、言语不清、特殊面容;Ⅱ-3与Ⅲ-2无异常表型。Ⅲ-2羊水核型和aCGH未见异常, 选择继续妊娠, 足月阴道分娩1男性新生儿(Ⅳ-1)。随访至2022年2月, Ⅳ-1已3岁10个月, 于幼儿园就学, 体格、智力发育未见明显异常。结论 Xq25微重复可能是该家系中先证者出现智力障碍的原因, STAG2可能为Xq25区域关键基因。     

拷贝数变异测序在染色体易位夫妇植入前遗传学诊断中的临床应用

目的探讨拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)用于染色体易位夫妇胚胎植入前诊断的应用价值。 方法回顾性分析2017年1月至2018年12月,在广东省妇幼保健院生殖健康与不孕症科进行植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)的211对染色体易位夫妇患者的临床病例。使用CNV-seq对胚胎染色体进行检测,并对患者一般信息和PGD结果进行分析。 结果1210个胚胎中,被检出837个(79.2%)胚胎存在染色体异常,373个(30.8%)胚胎为整倍体。在241个PGD周期中,68个(27.6%)周期所有胚胎均存在染色体异常,178个(72.4%)周期至少含有一个整倍体胚胎。在176个移植周期中,130个(73.9%)确定临床妊娠,已出生46个健康婴儿,12例发生早期流产。 结论CNV-seq可准确地区分胚胎染色体是否存在异常,避免因胚胎含有染色体异常而被移植,是一种可靠而准确的PGD技术。     

复发性流产染色体异常及影响因素分析

目的探讨复发性流产染色体异常及影响因素。方法选取2015年1月至2017年11月在郑州大学第二附属医院就诊的复发性流产患者73例,其中52例清宫术后新鲜绒毛组织同时行G显带染色体核型分析和高通量测序(NGS)检测;21例因自然流产或药物流产后绒毛组织行NGS检测,其父母均行外周血染色体核型分析。结果 (1)52例清宫术后绒毛染色体核型正常37例,数目异常15例;NGS检测正常14例(26.9%),数目异常7例,数目异常且存在拷贝数变异(CNV)7例,仅存在CNV10 Mb的重复或缺失24例;1例染色体核型分析为45,XO,NGS结果为正常。21例自然流产后绒毛仅行NGS患者中,数目异常5例,CNV10 Mb的重复或缺失2例,正常14例。73例患者中,父方染色体均正常,母方染色体异常4例(5.5%),其中2例染色体平衡易位者胚胎染色体分别为14-三体合并CNV和7-三体,1例染色体平衡易位和1例10号染色体长臂内倒位者胚胎染色体正常。(2)73例患者中,年龄≥35岁者绒毛染色体异常发生率(76.7%,23/30)高于年龄35岁者(53.5%,23/43)(P=0.044)。自然流产3次者绒毛染色体异常发生率(73.3%,33/45)高于自然流产≥4次者(46.4%,13/28)(P=0.021);排除胚胎染色体异常因素后,自然流产≥4次者自身免疫抗体阳性率(60.0%,9/15)高于自然流产3次者(8.3%,1/12)(P=0.006)。结论高通量测序技术可检测染色体微粒缺失,高龄是引起复发性流产胚胎染色体异常的高危因素,自然流产≥4次者自身免疫抗体阳性率增加。     

胎儿脉络丛囊肿的产前诊断及预后评估

目的:探讨脉络丛囊肿胎儿的产前诊断策略和妊娠结局情况,为临床遗传咨询及优生优育提供依据。方法:回顾分析2015年1月至2019年6月因胎儿脉络丛囊肿接受介入性产前诊断的151例单胎病例,所有病例均行染色体微阵列分析(CMA)检测及常规G显带染色体核型分析,并定期复查胎儿的发育情况,随访妊娠结局及胎儿出生后的生长发育情况。结果:151例脉络丛囊肿胎儿中检出明确致病性染色体异常12例(7.95%,12/151)。染色体非整倍体9例,其中18三体6例,21三体2例,性染色体异常(47,XYY)1例;拷贝数变异3例;可能致病性拷贝数变异1例及意义不明确异常3例。151例脉络丛囊肿胎儿进行电话随访,最终随访到139例,失访12例。随访到的胎儿中19例引产,出生的胎儿脉络丛囊肿多于孕28周前消失。结论:脉络丛囊肿胎儿染色体异常的风险增高,高龄或合并其他超声异常尤其是结构异常时,染色体异常的风险增加;对脉络丛囊肿胎儿进行产前诊断排除染色体异常及结构畸形后,脉络丛囊肿胎儿预后良好。     

2例胎儿15号小额外标记染色体产前遗传学分析

目的:探讨染色体微阵列分析(CMA)诊断15q小额外标记染色体胎儿的临床价值。方法:获得2例高危孕妇的胎儿羊水或脐血细胞及其双亲外周血细胞,通过CMA和G显带染色体核型分析检测胎儿及其父母的染色体结构。结果:胎儿1:羊水细胞G显带核型分析结果为47,XX,+mar,CMA结果为arr15q11.2(22770421-23288350)×4,其父外周血细胞G显带核型分析结果为47,XY,+mar,母亲外周血染色体核型结果及CMA检测结果未见明显异常。胎儿2:脐血染色体G显带分析结果为47,XX,+mar,CMA结果为arr15q11.2q13.3(22770421-32439524)×4,其父母外周血染色体核型结果及CMA分析结果未见明显异常。结论:通过CMA检测和G显带核型分析结果显示,胎儿1存在15q11.2区域的四拷贝重复变异,经鉴定此携带小额外标记染色体为健康人群多态性。胎儿2存在15q11.2q13.3四拷贝重复小额外标记染色体,确诊为15q11.2q13.3微重复四倍体综合征,出生后可能引起较严重的异常表型。本文对两例15号染色体微重复胎儿进行了产前诊断,明确了胎儿基因型与表型的对应关系,为临床产前诊断和遗传咨询提供可靠的依据。