浙江省结核分枝杆菌耐药突变特征及其与基因型相关性分析

目的: 评价全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)对浙江省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐药相关基因突变特征及其与基因型相关性的耐药分析和检测效能。方法: 对2018—2019年浙江省第五次结核病耐药监测项目收集的808株MTB菌株进行14种抗结核药物的WGS分析。鉴定菌株的基因型及耐药相关基因突变,并对二者相关性,以及WGS检测异烟肼的药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果与表型药敏试验结果的一致性进行分析。结果: 808株MTB菌株中,153株对11种抗结核药物(异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸)发生了耐药相关基因突变,总突变率为18.9%。主要耐药突变类型分别为katG-315-S/T[异烟肼,60.0%(45/75)]、rpoB-450-S/L[利福平,57.1%(16/28)]、embB-306-M/V[乙胺丁醇,43.8%(7/16)]、rpsL-43-K/R[链霉素,65.5%(36/55)]、gyrA-94-D/G[氟喹诺酮类,36.6%(15/41)]、rrs-1402-C/A(阿米卡星,3/3)、rrs-1402-C/A(卡那霉素,3/4)、rrs-1402-C/A(卷曲霉素,3/3)、inhA-15-C/T[乙硫异烟胺,65.0%(13/20)]、thyA-75-H/N(对氨基水杨酸,7/8)。rpsL基因和katG-315位点在北京基因型中的耐药突变率[均为6.8%(40/586)]均明显高于二者在非北京基因型中的突变率[0.0%(0/222)和3.2%(7/222)],差异均有统计学意义(χ²=15.943,P=0.000;χ²=3.964,P=0.046)。WGS耐药性分析对于异烟肼的检测敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、一致率和Kappa值分别为87.5%(49/56)、98.0%(680/694)、77.8%(49/63)、99.0%(680/687)、97.2%(729/750)和0.808。结论: 浙江省MTB菌株对11种抗结核药物耐药相关基因突变以katG、rpoB、embB、pncA、rpsL、gyrA、rrs、thyA、inhA基因上的突变为主,其中rpsL基因、katG-315和rpsL-43位点突变与北京基因型相关。WGS耐药性分析对于异烟肼具有全面的耐药检测性能,但对个别基因突变位点的检测性能较弱。     

高通量二代测序技术在耐药结核病诊断中的应用

目的 探索新一代高通量二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在耐药结核病诊断中的应用价值。方法 搜集2016—2017年甘肃省结核病耐药基线调查150株临床分离株,排除非结核分枝杆菌(non-tuberculous mycobacteria,NTM)菌株2株,进行比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)及结核分枝杆菌耐药相关基因(包括katG、inhA、embB、rpoB、rpsL、rrs、gyrA和gyrB)的NGS技术检测,剔除测序失败的13株,最后纳入分析菌株135株。以比例法药敏试验结果为参考标准评价二代测序在耐药结核病中的检测效能。 结果 以药敏试验结果为参考标准,NGS技术检测异烟肼、乙胺丁醇、利福平、链霉素、氧氟沙星耐药的敏感度分别为:88.75%(71/80)、85.71%(18/21)、84.72%(61/72)、73.91%(51/69)、68.97%(20/29),特异度分别为100.00%(55/55)、86.84%(99/114)、96.83%(61/63)、 96.97%(64/66)、99.06%(105/106),Kappa值分别为0.87、0.59、0.81、0.71、0.76。异烟肼耐药基因突变主要在katG 315位点上,突变频率为97.18%(69/71);乙胺丁醇耐药基因突变主要在embB 306位点上,突变频率为88.89%(16/18);利福平耐药基因突变主要在耐药决定区,突变频率为93.65%(59/63);链霉素耐药基因突变主要在rpsL 43位点上,突变频率为79.25%(42/53);氧氟沙星耐药基因突变主要在gyrA 94位点上,突变频率为76.19%(16/21)。结论 抗结核药物相关耐药基因NGS利福平、异烟肼、氧氟沙星耐药检测效能较好,能够满足临床结核病诊断需要。乙胺丁醇、链霉素已知耐药位点NGS耐药检测效能一般,需要对其耐药机制进行进一步的研究。     

Application of next-generation sequencing technology in the diagnosis of drug-resistant tuberculosis

目的 探索新一代高通量二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在耐药结核病诊断中的应用价值。方法 搜集2016—2017年甘肃省结核病耐药基线调查150株临床分离株,排除非结核分枝杆菌(non-tuberculous mycobacteria,NTM)菌株2株,进行比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)及结核分枝杆菌耐药相关基因(包括katG、inhA、embB、rpoB、rpsL、rrs、gyrA和gyrB)的NGS技术检测,剔除测序失败的13株,最后纳入分析菌株135株。以比例法药敏试验结果为参考标准评价二代测序在耐药结核病中的检测效能。 结果 以药敏试验结果为参考标准,NGS技术检测异烟肼、乙胺丁醇、利福平、链霉素、氧氟沙星耐药的敏感度分别为:88.75%(71/80)、85.71%(18/21)、84.72%(61/72)、73.91%(51/69)、68.97%(20/29),特异度分别为100.00%(55/55)、86.84%(99/114)、96.83%(61/63)、 96.97%(64/66)、99.06%(105/106),Kappa值分别为0.87、0.59、0.81、0.71、0.76。异烟肼耐药基因突变主要在katG 315位点上,突变频率为97.18%(69/71);乙胺丁醇耐药基因突变主要在embB 306位点上,突变频率为88.89%(16/18);利福平耐药基因突变主要在耐药决定区,突变频率为93.65%(59/63);链霉素耐药基因突变主要在rpsL 43位点上,突变频率为79.25%(42/53);氧氟沙星耐药基因突变主要在gyrA 94位点上,突变频率为76.19%(16/21)。结论 抗结核药物相关耐药基因NGS利福平、异烟肼、氧氟沙星耐药检测效能较好,能够满足临床结核病诊断需要。乙胺丁醇、链霉素已知耐药位点NGS耐药检测效能一般,需要对其耐药机制进行进一步的研究。     

MTB对阿米卡星和卡那霉素耐药相关rrs与eis基因突变的研究

本研究搜集了吉林省全部9个地级市结核病医疗机构2014—2017年内1357株结核分枝杆菌分离株。采用比例法进行Am和Km的药物敏感性试验,并对rrs和eis基因进行PCR和测序分析。发现28株同时耐Km和Am,单耐Km者有2株; 其中26株MTB的rrs基因均发生突变,基因突变率为92.86%;6株菌存在eis基因突变,突变率为21.43%。60株对照株未发现基因突变。吉林省MTB对Am和Km存在较高的交叉耐药现象;rrs基因的突变可以作为两者交叉耐药的分子标志,为建立耐Am和(或)Km结核病快速检测技术提供分子基础。     

深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析

目的 利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法 对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果 447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH, 81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP, 59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm, 66.0% (198/300)]、embB-306-M/V[EMB, 35.5% (94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA, 8.9% (11/123)]、gyrA-90-A/V [Ofx, 31.5% (39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1% (25/52)]、rrs-1401-A/G [Cm, 100.0% (27/27)]、rrs-1401-A/G [Km, 84.4% (27/32)]、inhA-15-C/T[Eto, 84.2% (48/57)]、thyA-75-H/N[PAS, 31.3% (10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6% (378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型: 37.0%(140/378)、L2.3型: 61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4% (7/67)、10.4% (7/67)](χ ²值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC-43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ ²=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto) 在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2% (19/231)、61.9%(143/231)、 59.3% (137/231)、15.6% (36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9% (4/140)、49.3% (69/140)、37.9% (53/140)、3.6% (5/140);χ ²值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论 深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。     

基因芯片技术在结核分枝杆菌耐药检测中的效果分析

目的 比较基因芯片和比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)在检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药性中的应用效果。方法 选取2013年9月至2016年12月海南医学院第二附属医院598例涂阳肺结核住院患者的痰标本,具有传统药敏结果和基因芯片结果的484例患者纳入分析。采用基因芯片法检测rpoB、katG及inhA基因耐药突变位点及频率,以比例法药敏试验结果为金标准,比较两种方法的符合率。结果 基因芯片和比例法药敏试验检测结核分枝杆菌对利福平的耐药性符合率为93.8%(454/484),对异烟肼的耐药性符合率为89.0%(431/484),对耐多药的符合率为95.5%(462/484)。118株检测到rpoB基因发生突变,优势突变位点为531,占56.8%(67/118);其次突变位点是526,占19.5%(23/118);516突变位点占12.7%(15/118)。97株检测到katG和inhA基因突变,最常见的突变位点是katG315,占82.5%(80/97),inhA均为-15突变类型,占14.4%(14/97)。结论 基因芯片法与比例法具有很好的一致性,可成为筛查结核分枝杆菌对利福平和异烟肼是否耐药的快速有效的方法。     

耐多药和广泛耐药MTB的inhA基因突变与对丙硫异烟胺耐药的相关性分析

目的 了解耐多药(MDR)和广泛耐药(XDR)结核分枝杆菌(MTB)katG和inhA基因突变特征及其与对丙硫异烟胺(PTH)耐药的相关性。方法 选取2016年2月至2017年2月首都医科大学附属北京胸科医院确诊的132例MDR-TB或XDR-TB患者作为研究对象。研究对象临床分离株均培养阳性且鉴定为MTB,具有异烟肼(INH)、利福平(RFP)、左氧氟沙星(Lfx)、阿米卡星(Am)、卷曲霉素(Cm)及PTH的药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果,同时具有katG和inhA突变检测结果。分析MTB临床分离株katG和inhA突变特征及对PTH耐药的相关性。结果 132株临床分离菌株中MDR-MTB有89株(67.4%)、前广泛耐药结核分枝杆菌(pre-XDR-MTB)有26株(19.7%)、XDR-MTB有17株(12.9%)。菌株对PTH的总耐药率为22.7%(30/132),在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB中分别为11.2%(10/89)、30.8%(8/26)、70.6%(12/17)。XDR-MTB对PTH的耐药率明显高于MDR-MTB(χ ²=30.57,P<0.01)和pre-XDR-MTB(χ ²=6.55,P<0.05)。inhA突变率(合并及不合并katG突变)在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB中分别为19.1%(17/89)、23.1%(6/26)、17.6%(3/17)。在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB的PTH耐药株中,只有5/10、4/8、3/12发生inhA基因突变。 结论 从MDR-MTB到XDR-MTB临床分离株,对PTH的耐药率明显增加,inhA基因突变率下降,inhA突变可能不是XDR-MTB对PTH耐药的主要原因,未检测到inhA突变的菌株并不一定对PTH敏感。     

荧光PCR探针熔解曲线法与微孔板法检测MTB耐药性的临床应用比较

目的 分析荧光PCR探针熔解曲线法与微孔板法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)检测结核分枝杆菌(MTB)对抗结核药品耐药性结果的一致性及MTB基因突变与耐药的相关性,为临床诊疗优化提供参考。方法 搜集2019年1—12月分离自西安市胸科医院就诊患者并经鉴定确认的343株MTB临床分离株,菌株均进行了微孔板法药敏试验和荧光PCR探针熔解曲线法检测。以微孔板法药敏试验结果为参照,评价荧光PCR探针熔解曲线法检测MTB对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、莫西沙星和左氧氟沙星耐药性的检测效能,并分析荧光PCR探针熔解曲线法检测的MTB基因突变与微孔板法药敏试验最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)的相关性。结果 以微孔板法药敏试验结果为参照,荧光PCR探针熔解曲线法检测MTB对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、莫西沙星和左氧氟沙星耐药性的敏感度、特异度、Kappa值分别为:96.20%(76/79)、95.28%(242/254)、0.88;93.62%(44/47)、94.58%(279/295)、0.79; 96.88%(62/64)、94.96%(264/278)、0.86;93.33%(14/15)、95.37%(309/324)、0.61;92.31%(24/26)、97.16%(308/317)、0.80;91.18%(31/34)、99.35%(307/309)、0.92。荧光PCR探针熔解曲线法检测结果与微孔板法表型药敏试验检测结果不一致的菌株中,发生异烟肼AhpC启动子区(-44~-30及-15~3位点),利福平rpoB基因507~512位点,链霉素rrs基因905~908位点多位点突变和乙胺丁醇embB基因406位点突变的菌株,表型药敏试验耐药率较低,分别为1/5、1/5、1/10和1/5;而发生异烟肼KatG基因315位点、利福平rpoB基因529~533位点、链霉素rpsL基因43位点突变的菌株,表型药敏试验耐药率较高,分别为92.42%(61/66)、92.31%(36/39)和95.74%(45/47)。结论 荧光PCR探针熔解曲线法与微孔板法药敏试验检测MTB对抗结核药品耐药性结果具有较好的一致性;MTB对异烟肼、利福平、链霉素的耐药与其部分基因突变具有一定相关性。     

MTBDRplus技术快速检测结核分枝杆菌耐多药的临床应用评价

目的 评价线性探针杂交技术(简称MTBDRplus技术)对福州地区耐药结核杆菌的检测效果,并了解该地区耐药结核分枝杆菌的耐药基因特征方法 选取246株临床结核分枝杆菌分离株,以传统罗氏药敏试验为金标准,评价MTBDRplus技术在临床上应用的检测效果,分析耐药基因突变分布频率结果 与传统罗氏药敏试验相比较,MTBDRplus检测利福平(RIF)和异烟肼(INH)耐药性灵敏度分别为91.7%(11/12)和83.3%(15/18),MTBDRplus检测RIF和INH耐药性特异度分别为99.6%(233/234)和95.2%(217/228)。12例rpoB基因存在突变的结核分枝杆菌中,58.3%rpoB基因S531L突变;26例katG和inhA基因存在突变的结核分枝杆菌中,57.7%(15/26)katG基因315突变;存在C15T位点突变的菌株仅9.1%(1/11)为INH耐药菌株结论 MTBDRplus技术是一个敏感、特异的快速诊断耐多药结核病的有效方法,该技术在福州地区具有较好的应用前景。福州市耐药结核分枝杆菌以rpoB S531L和katG S315T突变型为主。建议谨慎判断结核分枝杆菌inhA基因C15T位点突变引起的INH耐药。     

结核分枝杆菌中利福平和异烟肼耐药相关基因突变与耐药水平的相关性研究

目的 探究结核分枝杆菌中利福平和异烟肼耐药基因突变谱的分布,为研发更为精准的耐药分子诊断技术和临床决策提供依据。方法 收集国家耐药监测点新疆维吾尔自治区柯坪县、岳普湖县和疏勒县193株和湖南省怀化市、永顺县、祁东县、桃江县和耒阳市592株结核分枝杆菌。采用微孔板法测定菌株的最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)。根据药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果选取利福平和异烟肼耐药菌株,经CTAB/NaCl法提取核酸后进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),将所得基因组原始序列过滤后上传至TBprofiler分析工具以确定耐药基因型。结果 785株结核分枝杆菌中,124株(15.80%)为利福平和(或)异烟肼耐药,包括利福平耐药74株,异烟肼耐药111株,耐多药61株(7.77%)。97.22%(70/72)利福平耐药菌株检测出rpoB基因位点突变,其中98.57%(69/70)的突变位于利福平耐药决定区(RRDR),1株检测出RRDR区以外的与利福平耐药相关的罕见突变I491F。利福平耐药突变主要位于rpoB 450、rpoB 445及rpoB 435密码子,占81.43%(57/70),其中rpoB S450L突变出现的频率最高(45.71%,32/70), rpoB 450位点突变对应高浓度利福平耐药(MIC≥16μg/ml),rpoB 452 位点突变主要对应低浓度利福平耐药(MIC=2μg/ml)。93.58%(102/109)的异烟肼耐药菌株存在耐药相关基因突变,85.29%(87/102)的异烟肼突变位于katG 315及fabG1启动子区,katG S315T为最常见的耐药突变(57.84%,59/102),主要对应高浓度异烟肼耐药(MIC≥2μg/ml),其次为fabG1(C15T)(16.67%,17/102),主要对应低浓度异烟肼耐药(MIC=0.25~1.00μg/ml)。结论 不同耐药基因突变导致的结核分枝杆菌耐药水平不同。对于利福平,rpoB 452位点突变对应低浓度耐药,rpoB 445和450位点突变对应高浓度耐药;对于异烟肼,发病fabG1-15突变对应低浓度耐药,katG 315突变对应高浓度耐药。     

2017—2019年南京市1719株分枝杆菌耐药情况分析

目的 分析南京市分枝杆菌感染患者的人口学特征、疾病特征,以及临床分离株耐药性检测结果。方法 选取2017年1月至2019年12月南京市第二医院收治的1719例经分枝杆菌培养阳性患者作为研究对象,收集其年龄、性别、治疗史及是否并发艾滋病等信息。共分离1719株分枝杆菌,采用PCR-反向斑点杂交法进行菌种鉴定,其中,308株(17.92%)为非结核分枝杆菌(NTM),1411株(82.08%)为结核分枝杆菌(MTB)。采用绝对浓度间接法对菌株进行异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(Sm)、乙胺丁醇(EMB)、卡那霉素(Km)、阿米卡星(Am)、对氨基水杨酸(PAS)、卷曲霉素(Cm)和左氧氟沙星(Lfx)等9种抗结核药品的药物敏感性试验(简称“药敏试验”);采用荧光PCR熔解曲线法进行MTB耐药基因突变分析。结果 308株NTM分离株除对EMB耐药率为40.58%(125/308)外,对其他8种药品的耐药率均达到90.00%以上。MTB感染者中,35~<65岁年龄组耐药率(36.01%,233/647)和耐多药率(16.07%,104/647)均最高;复治患者分离株的耐药率(34.17%,312/913)、耐多药率(14.13%,129/913)和广泛耐药率(2.63%,24/913)均高于初治者分离株[分别为28.31%(141/498)、9.23%(46/498)和0.40%(2/498)],差异均有统计学意义(χ²值分别为5.076、7.099、8.836,P值分别为0.024、0.008、0.003)。1411株MTB分离株对9种抗结核药品的耐药顺位依次为:INH(17.65%,249/1411)>Sm(17.15%,242/1411)>RFP(13.39%,189/1411)>Lfx(10.70%,151/1411)>EMB(6.45%,91/1411)>Am(4.39%,62/1411)>Km(2.41%,34/1411)>PAS(1.84%,26/1411)>Cm(1.20%,17/1411);复治患者分离株对INH(19.39%,177/913)、Sm(18.51%,169/913)、RFP(14.90%,136/913)、EMB(8.00%,73/913)和Km(3.18%,29/913)的耐药率均明显高于初治患者分离株[分别为14.46%(72/498)、14.26%(71/498)、10.64%(53/498)、3.61%(18/498)、1.00%(5/498)],差异均有统计学意义(χ²值分别为5.386、4.130、6.455、10.252、6.466,P值分别为0.020、0.042、0.024、0.001、0.011)。检测耐药MTB对INH、RFP、Sm、EMB、氟喹诺酮类和二线抗结核注射类药品的耐药基因显示,耐药突变分别以katG 315(65.44%,142/217)、rpoB 529~533(66.67%,124/186)、rpsL 43(69.23%,18/26)、embB 306(66.28%,57/86)、gyrA 88~94(100.00%,91/91)和rrs 1401(100.00%,26/26)等位点突变为主,基因型突变与培养得到的表型耐药符合率分别为87.15%(217/249)、98.41%(186/189)、86.67%(26/30)、94.51%(86/91)、100.00%(91/91)、86.67%(26/30)。结论 南京市分枝杆菌感染者以中老年人群为主,耐药情况严重,应普及分枝杆菌菌种鉴定和基线耐药检测,重视耐药患者的分子生物学检查,加强治疗过程中的耐药监测,关注异烟肼和氟喹诺酮类药品的耐药性。     

Analysis of drug-resistance of 1719 mycobacterium strains in Nanjing from 2017 to 2019

目的 分析南京市分枝杆菌感染患者的人口学特征、疾病特征,以及临床分离株耐药性检测结果。方法 选取2017年1月至2019年12月南京市第二医院收治的1719例经分枝杆菌培养阳性患者作为研究对象,收集其年龄、性别、治疗史及是否并发艾滋病等信息。共分离1719株分枝杆菌,采用PCR-反向斑点杂交法进行菌种鉴定,其中,308株(17.92%)为非结核分枝杆菌(NTM),1411株(82.08%)为结核分枝杆菌(MTB)。采用绝对浓度间接法对菌株进行异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(Sm)、乙胺丁醇(EMB)、卡那霉素(Km)、阿米卡星(Am)、对氨基水杨酸(PAS)、卷曲霉素(Cm)和左氧氟沙星(Lfx)等9种抗结核药品的药物敏感性试验(简称“药敏试验”);采用荧光PCR熔解曲线法进行MTB耐药基因突变分析。结果 308株NTM分离株除对EMB耐药率为40.58%(125/308)外,对其他8种药品的耐药率均达到90.00%以上。MTB感染者中,35~<65岁年龄组耐药率(36.01%,233/647)和耐多药率(16.07%,104/647)均最高;复治患者分离株的耐药率(34.17%,312/913)、耐多药率(14.13%,129/913)和广泛耐药率(2.63%,24/913)均高于初治者分离株[分别为28.31%(141/498)、9.23%(46/498)和0.40%(2/498)],差异均有统计学意义(χ²值分别为5.076、7.099、8.836,P值分别为0.024、0.008、0.003)。1411株MTB分离株对9种抗结核药品的耐药顺位依次为:INH(17.65%,249/1411)>Sm(17.15%,242/1411)>RFP(13.39%,189/1411)>Lfx(10.70%,151/1411)>EMB(6.45%,91/1411)>Am(4.39%,62/1411)>Km(2.41%,34/1411)>PAS(1.84%,26/1411)>Cm(1.20%,17/1411);复治患者分离株对INH(19.39%,177/913)、Sm(18.51%,169/913)、RFP(14.90%,136/913)、EMB(8.00%,73/913)和Km(3.18%,29/913)的耐药率均明显高于初治患者分离株[分别为14.46%(72/498)、14.26%(71/498)、10.64%(53/498)、3.61%(18/498)、1.00%(5/498)],差异均有统计学意义(χ²值分别为5.386、4.130、6.455、10.252、6.466,P值分别为0.020、0.042、0.024、0.001、0.011)。检测耐药MTB对INH、RFP、Sm、EMB、氟喹诺酮类和二线抗结核注射类药品的耐药基因显示,耐药突变分别以katG 315(65.44%,142/217)、rpoB 529~533(66.67%,124/186)、rpsL 43(69.23%,18/26)、embB 306(66.28%,57/86)、gyrA 88~94(100.00%,91/91)和rrs 1401(100.00%,26/26)等位点突变为主,基因型突变与培养得到的表型耐药符合率分别为87.15%(217/249)、98.41%(186/189)、86.67%(26/30)、94.51%(86/91)、100.00%(91/91)、86.67%(26/30)。结论 南京市分枝杆菌感染者以中老年人群为主,耐药情况严重,应普及分枝杆菌菌种鉴定和基线耐药检测,重视耐药患者的分子生物学检查,加强治疗过程中的耐药监测,关注异烟肼和氟喹诺酮类药品的耐药性。     

探针导向重组酶介导等温扩增法检测MTB rpoB基因突变的应用价值

目的建立可快速检测MTB rpoB基因516位点突变的探针导向重组酶介导等温扩增法(probedirected recombinase amplification,PDRA)。方法设计4条探针[1条野生型探针(P-W)及3条突变型探针(P-GGC、P-GTC、P-TAC)]和1条共同的下游引物,分别构建TB-516-W、TB-516-GGC、TB-516-GTC和TB-516-TAC4种检测体系,在39℃条件下恒温扩增40 min。通过阳性阈值时间判定MTB rpoB基因516位点是否发生突变及其突变类型;通过同一探针检测对应的重组质粒确定该检测体系的敏感度;通过不同探针检测某一种重组质粒,根据阳性阈值时间确定该检测体系的特异度。应用建立的PDRA方法检测6株利福平耐药MTB菌株和35份MTB培养阳性的痰标本,并与一代测序结果进行比较。结果 4种检测体系检测对应重组质粒的敏感度为1000拷贝/μl。4种检测体系的特异度良好,探针与靶序列完全匹配时,阳性阈值时间早;探针与靶序列不完全匹配时,阳性阈值时间晚,具有稳定的阳性阈值时间差值,体系TB-516 W,TB-516-GGC,TB-516-GTC和TB-516-TAC的阳性阈值时间差值分别为7.0、5.8、10.0、7.0 min。PDRA检测6株MTB利福平耐药菌株和35份MTB培养阳性痰标本的结果与测序结果一致。结论本研究初步建立了可应用于MTB利福平耐药rpoB基因516位点突变检测的PDRA方法,该方法检测敏感度高,特异度好,具有一定的实验室应用价值。     

应用基因芯片直接检测结核病患者各类标本中利福平和异烟肼耐药的价值

目的 研究结核分枝杆菌(MTB)耐药基因芯片直接检测结核病患者临床标本中利福平和异烟肼耐药相关基因的临床价值。方法 回顾性分析125例通过硝基苯甲酸(PNB)和噻吩-2-羧酸肼(TCH)鉴别培养为MTB的临床标本,其中痰标本90例、支气管灌洗液12例、脓液12例、胸腔积液6例、组织标本3例、腹腔积液和尿液标本各1例,应用绝对浓度法同时进行利福平(RFP)和异烟肼(INH)药物敏感性试验(简称“绝对浓度法药敏试验”),并用基因芯片直接检测临床标本中MTB rpoB、katG和inhA基因型。以绝对浓度法药敏试验为标准,评价基因芯片检测RFP、INH耐药和耐多药(MDR)的敏感度和特异度,并且比较两种检测结果的一致性。结果 在125例结核病患者临床标本中,绝对浓度法药敏试验显示对RFP、INH的耐药率和MDR发生率分别为20.0%(25/125)[其中高耐占88.0%(22/25)、低耐占12.0%(3/25)]、17.6%(22/125)[其中高耐占18.2%(4/22)、低耐占81.8%(18/22)]、16.8%(21/125)。初治和复治结核病患者临床标本中MDR-MTB的检出率分别为7.6%(7/92)和39.4%(13/33)。以绝对浓度法药敏试验为标准,应用基因芯片直接检测临床标本中MTB rpoB、katG和inhA基因型,预示对RFP、INH耐药和MDR的敏感度分别为72.0%(18/25)、63.6%(14/22)和61.9%(13/21),特异度分别为91.0%(91/100)、86.4%(89/103)和89.4%(93/104),两种方法的一致率分别为87.2%(109/125)、82.4%(103/125)和84.8%(106/125)。 结论 应用耐药基因芯片直接检测结核病患者临床标本中MTB对 RFP和INH耐药的相关基因突变具有中等的敏感度和较高的特异度,可快速检出对RFP、INH耐药和MDR-TB患者,为临床早期开展有效化疗提供实验依据。