基于生物信息学方法分析甲酰肽受体1在胶质瘤中的表达及临床意义

目的：分析胶质瘤与正常组织表达差异的基因,筛选和胶质瘤预后相关的关键基因。方法：通过下载GEO（Gene Expression Omnibus）数据库GSE15824原始数据,利用R语言分析正常组织与胶质瘤组织中差异表达的基因,通过生物信息学分析工具（DAVID、String、Cytoscape、oncomine和GEPIA）对差异表达的基因进行生物学功能、蛋白互作网络（PPI）分析及筛选胶质瘤的预后标志物。结果：共筛选出648个差异表达的mRNAs。差异表达mRNAs的生物学功能主要富集于T细胞的激活,调节白细胞的黏附和细胞的迁移。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于PI3K/Akt,MAPK和钙离子信号通路。FPR1在胶质瘤中明显高表达,其表达水平与胶质瘤的预后呈负相关（Log-rank P < 0.01）。结论：通过基因芯片数据库的分析,FPR1在胶质瘤中高表达,且与患者生存预后相关,为进一步分子机制的研究提供了新思路。     

弥漫大B细胞淋巴瘤微小RNA的异常表达及核心基因筛选

目的：寻找弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中异常表达的微小RNA (miRNA)及其核心基因(hub基因)，以期为DLBCL的发病机制研究提供新的靶标。方法：从GEO数据库中选择GSE117063数据集，该数据集包括17例DLBCL患者和14例健康对照的血浆样本，借助GEO2R工具筛选差异表达的miRNA，之后在miRTarBase网站预测miRNA的靶基因，使用DAVID网站对靶基因进行GO基因功能和KEGG通路富集分析。此外，通过蛋白质相互作用(PPI)网络筛选hub基因，构建miRNA-hub基因调控网络。最后，采用GEPIA数据库验证hub基因在DLBCL和正常组织中的表达。结果：与健康对照相比，hsa-miRNA-326在DLBCL样本中表达上调，hsa-miRNA-375表达下调，其调控的靶基因主要富集在HTLV-I感染通路和PI3K/AKT信号通路及基质中的蛋白多糖等通路，7个hub基因(AKT1、CCND1、ERBB2、TP53、MYC、CTNNB1和HSP90AA1)经验证在DLBCL中存在异常表达。结论：miRNA-326和miRNA-375及其靶基因可能在DLBCL的发病机制中发挥重要作用。     

胃癌相关核心基因的生物信息学分析

目的：筛选胃癌相关的核心基因及其与胃癌诊断、预后的关系,为胃癌分子诊断、靶向治疗、预后评判提供研究方向。方法：从基因表达数据库（GEO）下载胃癌相关的mRNA表达谱芯片数据,利用R软件的Limma包分别筛选出胃癌组织中较癌旁组织相比具有显著差异表达的基因（DEGs）,在基因功能注释数据库（DAVID）中对DEGs进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,交互基因检索工具（STRING）及Cytoscape软件的网络分析插件CytoHubba用于构建蛋白互作网络（PPI）并进行可视化分析,筛选出核心基因;利用生存分析工具（KM数据库）分析核心基因与胃癌患者预后的关系,并量化具有预后意义的核心基因的诊断价值,利用GraphPad软件将其可视化。最后用皮尔逊（Pearson）法检验核心基因之间的相关性。结果：在GEO数据库得到的3个基因芯片表达谱中,胃癌组织与正常组织差异表达显著的基因有1 839个,上调基因851个,下调基因988个,三者取交集后,在3个表达谱芯片中均有显著差异表达的基因有66个,上调基因24个,下调基因42个;GO富集分析显示,差异表达基因的功能主要集中在细胞外空间、细胞外外泌体、消化、细胞外基质组织、胶原纤维组织;KEGG富集分析提示,差异表达基因的通路主要涉及蛋白质消化和吸收、胃酸分泌、氮代谢、ECM-受体相互作用、矿物质吸收等;PPI网络中,Cytoscape可视化分析发现10个核心基因的差异表达与胃癌的发生密切相关,KM数据库检索发现,FN1、COL1A1低表达组患者预后更佳,高表达组更差。FN1、COL1A1的AUC分别为0.93、0.90,提示两者均具有较高的诊断价值,两者的相关性分析得出相关系数r=0.59（P < 0.05）,提示COL1A1与FN1两者在胃癌中的表达呈正相关。结论：生物信息分析筛选的核心基因FN1、COL1A1可能成为提示胃癌患者预后、早期诊断、研发胃癌靶向药物的候选标志物或靶点。     

甲基化芯片检测电离辐射诱导人外周血淋巴细胞DNA甲基化水平的变化

目的：筛选正常人细胞基因组中电离辐射后甲基化水平发生变化的基因,为在其中寻找新型辐射损伤标志物奠定研究基础。方法：⁶⁰Co γ射线照射人外周血全血,照射剂量为0、0.5和2.0 Gy。利用Illumina 450K芯片检测外周血淋巴细胞基因组DNA甲基化水平的变化,筛选甲基化水平差异的基因,利用GO功能富集分析基因的分子功能和参与的生物学途径。结果：0.5和2.0 Gy γ射线照射下人外周血淋巴细胞基因组DNA甲基化水平显著上调的基因有1 311个,显著下调的基因286个。GO功能富集分析表明,按富集度大小排列,差异基因在生物途径水平上排在首位的是“细胞过程”（富集度=5.86）,在细胞定位水平上排在首位的是“细胞”（富集度=7.48）,在分子功能水平上排在首位的是“结合”（富集度=5.27）。进一步细分后得到差异基因显著富集在与转录调控及转录因子活性相关的功能上,与以往的研究结果认为DNA甲基化参与转录调控和基因表达相一致;甲基化水平差异基因还显著富集在核苷连接（GO：0001882）上,并在其中寻找到与DNA修复相关的基因RAD50、RAD54L和INIP,以及与维持染色体结构稳定相关的基因HIST1H4K、SMC1B。结论：正常人外周血淋巴细胞基因甲基化水平受电离辐射影响,可进一步研究将这些与DNA修复、维持染色体结构稳定相关的基因甲基化水平作为辐射损伤标志物的可行性。     

烟气暴露30天对大鼠心脏基因表达谱的影响

目的：利用基因芯片技术研究烟气暴露30 d对大鼠心脏基因表达的影响。方法：6只雄性SD大鼠分为对照组和烟气暴露组。烟气暴露组经主流烟气暴露,对照组不进行干预,30 d后取大鼠心脏,应用基因芯片技术进行差异表达基因筛选,利用基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对差异基因进行生物信息学分析。结果：与对照组比较,烟气暴露组筛选出差异表达2倍以上的基因86个,其中上调表达60个,下调表达26个。差异表达基因富集于292种生物过程,72种细胞成分和96类分子功能以及61个信号通路。主要涉及促分裂原活化蛋白激酶结合、α-βT细胞受体复合物、细胞外渗的正调节、络氨酸代谢等相关基因通路。结论：烟气暴露30 d所致大鼠心脏的异常表达基因与信号通路主要涉及分子结合、细胞周期、信号转导等多个方面。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平，及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料，比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异，统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图；利用DAVID工具对差异基因进行GO分析，采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路；STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）；ASPM表达水平与生存期相关，高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05），是肺腺癌患者预后的独立危险因素，R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个，差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路；Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差，可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平,及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料,比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异,统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图;利用DAVID工具对差异基因进行GO分析,采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路;STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）;ASPM表达水平与生存期相关,高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05）,是肺腺癌患者预后的独立危险因素,R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个,差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路;Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差,可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

基于数据挖掘分析极光激酶A在食管癌中的表达及意义

目的：探讨极光激酶A（AURKA）在食管癌组织中的表达与功能，并分析其对患者生存预后的影响。方法：基于GEPIA及Oncomine数据库检索AURKA在食管癌组织与正常组织中的表达差异；通过STRING网络在线数据库构建有关AURKA的蛋白相互作用（PPI）网络，并将数据导入Cytoscape软件后采用CytoHubba分析插件筛选出核心基因；在GEPIA数据库中，基于TCGA和GTEx数据集分析AURKA与核心基因表达的相关性；采用DAVID网络分析工具对核心基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析；基于R2基因分析可视化平台分析AURKA的表达与食管癌患者生存预后的关系。结果：GEPIA、Oncomine数据库分析显示，AURKA在食管癌组织中的表达较正常组织明显升高（P < 0.05），但与患者肿瘤分期无关（P > 0.05）；AURKA与CDC20（r=0.78）、PLK1（r=0.83）等核心基因的表达呈显著正相关，其生物学功能主要富集于细胞分化、DNA损伤检测点、细胞增殖、负性调控细胞凋亡等；参与细胞周期调控、细胞衰老、P53以及FoxO等信号通路的调节；AURKA高表达组与低表达组患者相比预后较差，差异具有统计学意义（P < 0.05），且核心基因CCNB1、BUB1B、NEK2高表达组患者的生存率也显著低于低表达组（P均 < 0.05）。结论：AURKA在食管癌组织中表达升高，且高表达组患者预后不良；AURKA与CCNB1、NEK2等核心基因共同参与了肿瘤发生相关的功能与通路，AURKA有望成为食管癌患者早期诊断、治疗及判断预后的候选分子靶标。     

子宫肉瘤差异表达基因生物信息学分析

目的:筛选子宫肉瘤（uterine carcinosarcoma,UCS）进展相关的核心差异基因（differentially expressed genes,DEGs),探讨其生物学作用并筛选预后相关生物标志物。方法:从美国国立生物数据中心下的 GEO数据库获取包含子宫肉瘤和正常组织的表达数据集GSE64763,使用Limma包筛选差异基因。对筛选得到的差异基因运用ClusterProfiler包进行GO和KEGG分析,并通过蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI)在线平台String和Cytoscape（3.7.2）软件对DEGs分析,筛选核心基因。再基于GEPIA（gene expression profiling interactive analysis)数据库,验证核心基因的表达与预后关系。结果:共筛选出861个DEGs,其中上调DEGs 426个,下调DEGs 435个。富集GO主要生物活性信号15条,主要包括染色质结合、DNA转录活性激活、细胞外基质组成等生物过程。富集KEGG信号15 条,主要包括细胞循环通路、DNA复制通路、p53信号通路。成功筛选出核心基因网络,包含DEGs 10个,均为上调基因。通过GEPIA数据库验证后得到与UCS预后相关的差异基因CENPA。结论:UCS差异表达基因主要集中在染色体结合活性、DNA复制活性、细胞循环通路与p53信号通路等。CENPA基因可能为UCS早期诊断的生物标志物和治疗的潜在靶点。     

PM2.5染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

目的：采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法，分析大气细颗粒物（PM_2.5）染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs，预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法：用50 μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞，以未染毒组作为对照组，处理24 h后提取总RNA样品，Small RNA样品预处理试剂盒构建文库，并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P < 0.05的筛选标准得到差异miRNAs，使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析，利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果：高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱，27个为差异表达的miRNAs，其中7个上调，20个下调。GO和KEGG富集分析发现，这些差异miRNAs主要参与细胞代谢、酶活性调节等生物学过程，聚集于胞内如细胞质、细胞器等，涉及代谢途径、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等与细胞增殖、分化、凋亡及癌症发生等相关的重要信号通路。此外，通过构建相互作用网络图，鉴定了miR-371b-3p、miR-371a-5p、miR-27a-3p、miR-7-5p、miR-372-3p等相互作用数量前11位的核心miRNAs，以及3个核心靶基因（VEGFA、MAPK3、CCR5）。结论：PM_2.5染毒HBE细胞后引起了27个miRNAs的差异表达，涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路及MAPK信号通路等与癌症发生发展相关的重要信号通路，其中筛选了11个核心miRNAs和3个核心基因，为深入研究PM_2.5致癌毒理作用机制提供了实验依据。     

基于数据挖掘分析KIF14与SSK1在卵巢癌组织中的表达及临床意义

目的:应用生物信息学方法挖掘卵巢癌的相关基因,探讨其表达情况及临床意义,为卵巢癌的诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载基因芯片数据集GSE23391、GSE18520和GSE54388,利用其在线分析工具GEO2R筛选卵巢癌的差异表达基因（DEGs）。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建蛋白互作网络和关键基因模块,挖掘卵巢癌靶基因。利用Oncomine在线分析网站,分析癌症公共数据基因组中卵巢癌KIF14及SSK1 mRNA的表达信息,利用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter进行患者生存分析。结果:共筛选出251个DEGs,富集分析显示差异基因在减数分裂、丝氨酸/苏氨酸代谢、启动DNA复制、细胞衰老等方面富集。筛选获得22个DEGs均呈高表达,其中KIF14与SSK1的表达水平与卵巢癌的FIGO分期及总生存率明显相关。结论:本研究通过生物信息学挖掘,发现KIF14与SSK1基因在卵巢癌组织中呈高表达,并且与卵巢癌的预后关系密切,具有指导意义。     

子宫内膜癌淋巴结转移相关基因的生物信息学分析

目的：基于芯片数据分析和生物信息学方法挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的潜在差异表达基因。方法：在GEO数据库中筛选子宫内膜癌淋巴结转移相关的mRNA表达谱芯片数据,分析mRNA表达谱,筛选差异表达基因;通过生物学过程注释、生物信号通路富集、文本挖掘及蛋白/基因相互作用等综合生物信息学方法再次分析,挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的信号通路和基因。结果：在GEO 数据库获得GSE2109、GSE39099 芯片数据,将共同差异表达基因及信号通路富集, 获得8 条与子宫内膜癌淋巴结转移显著相关的信号通路（type I interferon、interferon-gamma-mediated、PI3K-Akt、Rap1、TGF-beta、cGMP-PKG、Wnt、Ras）及调控这些信号通路的14 个差异表达基因,其中11 个基因与宫内膜癌淋巴结转移相关并且形成蛋白相互作用网络。PI3K-Akt 信号通路可能是子宫内膜癌淋巴结转移的重要信号通路,基因VEGFC、IRS1 可能是子宫内膜癌淋巴结转移相关的重要候选基因。结论：通过对芯片数据生物信息学分析,筛选出与子宫内膜癌淋巴结转移相关的8条信号通路及11个差异表达基因。     

基于生物信息数据挖掘对卵巢浆液性癌差异表达基因筛选及分析

目的:利用生物信息学对卵巢浆液性癌的差异表达基因进行筛选及分析,探索浆液性卵巢癌的潜在治疗靶点。方法:从GEO数据库下载卵巢癌数据集GSE10971、GSE54388、GSE14407,用GEO2R筛选差异表达基因,DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,String数据库构建蛋白互作网络,同时利用Cytoscape获取关键基因,GEPIA数据库分析关键基因的表达情况,UCSC Xena对关键基因进行分层聚类分析,并通过cBioPortal分析关键基因的共表达网络。结果:筛选获得114个差异表达基因,包括41个下调基因及73个上调基因。主要涉及调整细胞周期、有丝分裂、染色体分离等细胞学过程,富集于细胞周期、p53信号通路、细胞衰老等信号通路。从差异表达基因筛选出49个关键基因,在卵巢癌中均呈高表达,其中21个基因的表达与卵巢癌分期相关,BIRC5基因的表达与卵巢癌患者的总生存期相关。结论:利用生物信息学对卵巢浆液性癌差异表达基因功能及信号通路的相关研究,为改善卵巢浆液性癌的预后提供了治疗靶点。     

前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的筛选及其临床意义

目的：基于已发表的芯片数据通过生物信息学方法筛选差异表达基因,以发现前列腺癌诊断/预后和耐药相关分子标志物。方法：筛选GEO数据库中已发表的前列腺癌mRNA芯片数据GSE6956和前列腺癌细胞多烯紫杉醇耐药mRNA芯片数据GSE33455进行差异表达分析;通过生物学功能注释、基因通路富集分析、蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）分析等生物信息学方法发现和识别与差异表达基因相关的生物学功能和信号通路;比对TCGA数据库,验证差异表达基因在前列腺癌组织及癌旁组织中的表达,并通过Kaplan-Meier分析差异表达基因对前列腺癌患者生存率的影响;用qPCR方法验证差异表达基因在前列腺癌细胞株PC3及多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中的表达情况。结果：共筛选出227个在前列腺癌和前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞芯片数据中共同差异表达基因。差异表达基因主要富集到了癌症相关通路（Lysosome、Sphingolipid、FoxO、Acute myeloid leukemia）,并主要参与细胞黏附、自噬和胞内蛋白转运等生物学过程。构建PPI网络选取18个连接度最高的基因作为Hub基因。Hub基因和共同差异表达基因中,上调基因CITED2、LRP12和RPL17-C18orf32与前列腺癌患者的不良预后显著相关。qPCR验证显示CITED2在多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中高表达。结论：通过生物信息学方法筛选出在前列腺癌组织和耐药细胞中共同差异表达,且与前列腺癌患者的不良预后密切相关的基因,为前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的研究提供了新的思路。     

基于生物信息学分析的结肠癌枢纽基因筛选及调控网络构建

目的:联合多种生物信息学分析方法筛选结肠癌枢纽基因,进一步对枢纽基因进行分析并构建调控网络,以期探索结肠癌的发病机制。方法:从GEO基因芯片数据库筛选结肠癌组织的基因表达数据集,利用在线工具GEO2R筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEG),对差异基因进行Gene Ontolog(GO)分析、KEGG通路分析、蛋白相互作用网络构建等。结果:共纳入2个结肠癌GEO数据集（GSE41258和GSE44076）,筛选出在这2个数据集中有交集的差异表达2倍以上的基因120个,其中表达上调的基因29个,表达下调的基因91个。对上述120个差异表达基因进行KEGG通路分析发现近端小管碳酸氢钠回收、氮素代谢、胰液分泌、PPAR信号通路等与结肠癌的发生密切相关。利用STRING及Cytoscape软件筛选得到包括趋化因子1（CXCL1）、基质金属蛋白酶1 （MMP1）、MMP7等在内的10个调控结肠癌发生的枢纽基因,进一步在TCGA数据库中验证这些基因的表达。结论:通过生物信息学方法有效地筛选出与结肠癌发生密切相关的枢纽基因,为进一步研究其机制提供了理论依据。     

肺腺癌相关基因的生物信息学分析

[摘要] 目的：通过生物信息学分析基因表达谱,获取肺腺癌相关基因及信号通路。方法：从GEO数据库下载GSE40791、GSE68571、GSE43458 和GSE18842 表达数据,将4 个微阵列数据集整合获得肺腺癌相关差异表达基因,利用STRING数据库为差异表达基因构建肺腺癌蛋白-蛋白互相作用网络,并挖掘肺腺癌网络中基因模块及关键基因。通过DAVID对各基因模块进行基因富集分析,发掘基因模块在肺腺癌细胞中所执行的调控功能及模块中关键基因与患者的预后关系。结果：初步筛查获得肺腺癌相关37 个上调基因、120 个下调基因,并成功构建蛋白-蛋白相互作用网络,通过MCODE算法在蛋白-蛋白相互作用网络中构建基因模块以及计算关键基因(KIF14,SEPP1,SPP1,RBP4),最终获得的4 个模块分别参与细胞周期、血凝变化、细胞黏附和细胞代谢的调控。经验证4 个关键基因在肺腺癌和正常组织中有明显表达差异(P<0.05)。生存分析显示KIF14 的表达对肺腺癌的预后有显著影响(P<0.01),SEPP1、SPP1 对患者生存率有显著影响(P<0.05),RBP4 对患者的生存率影响无统计学意义(P>0.05)。结论：通过生物信息方法分析肺腺癌和癌旁正常组织的差异基因表达,最终筛选出3 个差异表达非常显著且对患者预后影响明显的基因,对肺腺癌的诊断和预后治疗提供了新思路,提高肺腺癌机制的研究效率。     

胰腺癌诊断和预后关键生物标志物的筛选鉴定和综合分析CSCD

目的筛选鉴定胰腺癌进展过程的关键基因和途径,并进行综合分析。方法利用GEO2R对胰腺癌基因表达集合GSE15471、GSE16515、GSE28735、GSE62165中差异表达基因(DEGs)进行筛选和识别,运用DAVID数据库进行GO分析和KEGG通路分析。然后应用STRING数据库构建了蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape和GEPIA对Hub基因进行了鉴定。用反转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对这些Hub基因的mRNA水平进行定量分析。结果筛选出181个上调差异表达基因(uDEGs)和64个下调差异表达基因(dDEGs),分析结果显示uDEGs和dDEGs在细胞成分(CC),生物过程(BP)和分子功能(MF)中分别富集,与多条信号通路密切相关。DEGs中degree得分较高的top 25基因。8个基因的差异表达可预测胰腺癌的预后不良。RT-qPCR结果显示这些基因在胰腺癌组织中均有差异表达发生。结论MMP14、MMP1、MET、PLAU、ITGA2、KRT19、COL12A1和ITGA3是与胰腺癌进展有关的关键基因。     

关于前列腺癌放疗敏感性的差异基因及生物学功能的分析:基于GEO数据库

目的:采用生物信息学的方法探讨影响前列腺癌放疗敏感性的差异基因表达及其生物学功能富集与疾病预后的潜在关系.方法:检索并获取GE O数据库中的关于前列腺癌放疗敏感性差异基因表达的数据(GSM3954350、GSM3954351、GSM3954352),GER2工具对差异基因进行筛选和分析,采用Enrichr数据库进行GO...