基于ITS2序列鉴定6种假龙胆属及3种近缘属植物

目的：基于ITS2序列建立6种假龙胆属植物的分子鉴定方法。方法：采集6种假龙胆属植物和喉毛花属、花锚属、龙胆属的植物各1种,所有样品进行总DNA提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序,用MEGA 4计算其种间遗传距离,最后利用ITS2序列构建其系统发育树。结果：序列长度为319~334 bp,GC含量为58.9%~66.2%。种与种之间的遗传距离范围为0.051~0.464,通过系统进化树进行的聚类分析可以将6种假龙胆属植物有效地区分开。结论：ITS2可以成功鉴别出6种假龙胆属植物,可以作为假龙胆属植物的分子鉴定方法,具有重要的应用价值。     

石斛属植物rbcL基因序列变异和系统发育初步研究

目的 探讨10种石斛植物叶绿体rbcL基因序列变异和系统发育关系.方法 根据Genebank已经公布的植物rbcL基因序列设计一对引物,用于石斛rbcL基因PCR扩增.基因序列排列用Clustal X软件完成,应用Seqnconverter软件分析序列的长度、GC含量、GpC量、GCskew值等;用Mega 4.1软件分析转换值、颠换值、转换/颠换比;采用最大简约法(maximum parsimony method)获得最大简约系统树;应用自展法(bootstrap)检验系统树,自展次数为1 000次.结果 10种石斛植物叶绿体rbcL基因的长度范围为944～950 bp,其中536 bp为保守位点,466 bp为变异位点,439 bp为具有系统发育信息的信息位点.基因中GC含量为40.61%～41.37%,GpC含量为4.03%～4.78%,GCskew 值为0.043 2～0.082 1.序列转换/颠换比(Si/Sv)为0.9.结论 利用PCR和核酸测序方法可以获得rbcL基因的核苷酸序列,能为石斛植物的系统发育研究提供核苷酸序列方面的资料.     

新疆地区贝母属物种亲缘关系研究

目的:通过分子系统学方法,探讨新疆地区贝母属物种的亲缘关系,为该地区贝母类药材的合理使用提供科学依据。方法:选用mat K、rpl16及ITS片段,利用最大似然法(Maximum likelihood,ML)、最大简约法(Maximum parsimony,MP)、贝叶斯分析法(Bayesian inference,BI),构建贝母类药材的基原物种的系统发育树。结果:伊犁贝母、新疆贝母、托里贝母、裕民贝母、黄花贝母组成新疆贝母群;额敏贝母与东北地区的平贝母构成一群;砂贝母又与额敏贝母和平贝母共同构成一个大支。结论:从分子系统学角度,托里贝母、黄花贝母、裕民贝母与伊贝母药材两基原植物亲缘关系较近,具有作为伊贝母使用的潜在可能。砂贝母、额敏贝母与伊贝母药材两基原植物亲缘关系较远,作为伊贝母使用值得商榷。     

绞股蓝RAPD标记及序列分析

目的利用绞股蓝RAPD标记有效鉴别绞股蓝及其伪品。方法用19条引物对17个绞股蓝样品和一个乌蔹莓样品进行RAPD-PCR扩增,并对绞股蓝DNA特异条带克隆测序及序列分析。结果获得一个绞股蓝RAPD标记。经克隆测序,8个序列高度保守,片段长度在766~770 bp,相似性均在97%以上。结论获得的RAPD标记可以作为合成探针的基础,用于鉴别绞股蓝及其伪品。     

4种绞股蓝属植物总皂甙调血脂作用研究

用４种绞股蓝属植物总皂甙２００、８００ｍｇ／ｋｇ给小鼠灌胃，对ｉｐ ｔｙｌｏｘａｐｏｌ所致急性实验性高脂血症有降ＴＣ和ＬＤＬ－Ｃ作用，作用强弱依次为吸果绞股蓝总甙〉毛果绞股蓝总甙〉毛绞股蓝总甙〉光叶绞股蓝总甙。进一步对吸果绞股蓝总甙进行降脂研究，结果其降低ＴＣ和ＬＤＬ－Ｃ作用较安妥明弱，但却能够增加ＨＤＬ－Ｃ和ＨＤＬ２－Ｃ含量，提高ＨＤＬ２－Ｃ／ＨＤＬ－Ｃ和ＨＤＬ２－Ｃ／ＨＤＬ３－Ｃ比值，此作用优     

基于ITS序列分析铁皮石斛与近缘类群的亲缘关系

目的:采用分子系统学方法分析铁皮石斛及其近缘种的遗传多样性,为准确进行基源鉴定、阐明属内的种间关系提供分子证据。方法:采集25种40个石斛样品分离提取DNA,PCR扩增ITS区及5.8S rDNA完整序列并测序,用Mega3.1软件进行分子遗传进化分析。采用邻接法和最大简约法分析铁皮石斛亲缘关系构造系统树。结果:对25种石斛类植物的ITS区序列进行分析,两种方法得到的系统树基本一致。ITS序列在石斛种间存在极其显著的差异,铁皮石斛与其它各种石斛均有各自特异性的序列位点。结论:ITS序列作为石斛属植物种间的分子鉴定标记是可行的。     

中国不同地区绞股蓝ITS序列分析

目的 比较中国不同地区绞股蓝的nrDNA ITS碱基序列的差异,以期分析绞股蓝的地理分布与ITS基因型的相关性,为我国不同地区绞股蓝的鉴别提供分子依据.方法 PCR克隆测序,MegAlign(DNASTAR)软件对序列进行对位排列,PAUP4.0b10软件进行系统发育分析,构建最大简约树.结果 绞股蓝ITS区长度为658～659 bp,变异位点为8.48%,信息位点为2.72%.不同地区的样品在碱基的量、信息位点的碱基位置和遗传距离等方面存在一些差异.系统发育分析表明ITS基因型与绞股蓝的地理分布具有一定的相关性,但也有部分不一致,可能主要是因为纹股蓝种内复杂的倍性.结论 ITS序列可作为中国不同地区绞股蓝的一种良好的分子标记,而要确定不同地区的绞股蓝合理的亲缘关系还需要结合其他方面的证据.     

ISSR-PCR鉴别绞股蓝属7种植物

目的 采用ISSR-PCR技术对绞股蓝属(Gynostemma BI.)绞股蓝G.pentaphyllum、五柱绞股蓝G.pentagynum、心籽绞股蓝G.cardiospermum、长梗绞股蓝G.longipes、喙果绞股蓝G.yixingense、疏花绞股蓝G.laxiflorum、广西绞股蓝G.guangxiense 7种药用植物进行DNA分子水平鉴定.方法 CTAB法提取绞股蓝属植物总DNA,以57条ISSR引物进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析.结果 筛选出产物清晰稳定的14条引物,其中引物UBC-873与UBC-895具有较高的多态性条带比率,均可独立区分7种绞股蓝属植物.结论 ISSR-PCR分析可有效区分鉴别常见绞股蓝属植物.     

绞股蓝粗多糖的提取与初步分析

报道了绞股蓝粗多糖的提取与初步分析。绞股蓝粗多糖是从绞股蓝中提取的，其收率为６％。总多糖是由葡萄糖、鼠李糖、木糖、阿拉伯糖、半乳糖等单糖组成，粗多糖中总多糖含量不低于８％。     

贵州绞股蓝属植物资源调查及生态环境的研究

报道了贵州绞股蓝属植物的种类、分布及生态环境。贵州有绞股蓝属植物4种，其中1种为新种，1种为贵州分布新记录。     

羌活不同地理种群ITS序列变异及系统发生分析

利用核糖体rRNA基因内转录间隔区(ITS)序列,对我国羌活31个野生群体的遗传结构进行了分析。经PCR扩增测序,获得长度为634~635 bp的ITS核苷酸序列,其平均G+C量(57.8%)显著高于A+T量。在羌活31个居群402条序列中共检测到31个变异位点,多态位点比例为4.88%,其中,简约信息位点为12个,共有31种单倍型。AMOVA分析结果显示:羌活大部分的遗传变异发生在居群间(57%)。以宽叶羌活为外群构建的NJ树显示:31个单倍型并没有按地理分布形成明显的族群,各地理单元中的单倍型相互混杂,没有明显的地理分化模式。     

鬼针草及其近缘种的分子鉴定和亲缘关系研究

目的 构建鬼针草Bidens pilosa及其与近缘种之间系统发育关系,准确鉴别鬼针草及其近缘种。方法 提取鬼针草及其近缘种DNA,对核基因ITS片段和叶绿体基因psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内、种间Kimura 2-parameter （K2P）遗传距离。采用最近距离、相似性搜索、构建Neighbor-joining（NJ）系统聚类树3种方法进行鉴定分析。结果 ITS和psbA-trnH分子系统树支持鬼针草不同居群样本聚为一单系分支,支持率为79%和87%;其中,鬼针草与白花鬼针草构成一单系分支,金盏银盘与婆婆针构成姐妹群分支,上述两分支ITS和联合数据支持率均为100%;狼把草与柳叶鬼针草、大狼把草构成一单系分支（ITS和联合数据支持率为100%,psbA-trnH数据支持率为96%）。鬼针草及其近缘种种间ITS和psbA-trnH序列的遗传距离为0.007 94～0.128 80和0.005 18～0.074 52,均远大于鬼针草种内遗传距离0～0.001 59和0～0.002 52。结论 鬼针草与白花鬼针草亲缘关系最近,金盏银盘与婆婆针构成姐妹群关系,狼把草与柳叶鬼针草、大狼把草亲缘关系较近。ITS和psbA-trnH序列可以准确鉴别鬼针草及其近缘种。     

蚂蟥和水蛭种间遗传变异和系统 关系的ITS序列分析

目的:为了阐明蚂蟥Whitmania pigra,水蛭Hirudo nipponia种间遗传分化系统关系.方法:运用TTS测序分析我国不同地区蚂蟥W.pigra、水蛭H.nipponia核糖体TTS碱基序列差异,用MEGA4.0软件中的MP法构建的分子进化树.结果:蚂蟥和水蛭平均总TTS序列长度在857.2～861.2 bp,其碱基A,T,G,C的平均分别为25.12%,28.28%,17.34%,29.29%.GC含量明显高于AT含量.通过对蚂蟥、水蛭TTS基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在14个群体中有45个位点发生转换.MP系统树将14个种群蚂蟥和水蛭分为两大类群.结论:蚂蟥和水蛭的变异类型可能为种内变异为主.同时发现,基于DNA序列的蚂蟥及水蛭的系统分类结果与分类学的分类结果不完全一致,可能是由TTS序列在进化过程中发生了少量位点的变异,如碱基之间的转换、颠换和缺失等造成的.     

玄参内生真菌分离、鉴定及系统发育分析

分别从武隆产区玄参根、主茎、侧枝、叶片和重庆市区栽培玄参侧枝中分离内生真菌,根据形态学特征和26Sr DNA D1/D2测序结果对其进行鉴定,并进行了种群多样性分析,对优势属炭疽菌属内生真菌构建了系统发育树。试验结果显示:真菌种群多样性指数,武隆玄参叶片主茎=侧枝根,重庆玄参侧枝武隆玄参侧枝。共计分离得到内生真菌58株,绝大部分是各种植物病原菌,其优势属为刺盘孢属Colletotrichum,其中绝大多数是C.gloeosporioides和C.boninense。叶片和子芽可能是内生菌侵染的主要途径;内生菌和病原菌可能相互转化,受环境、基因型等多种因素影响。     

卵叶远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析

目的 解析卵叶远志Polygala sibirica叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。方法 利用CTAB法提取卵叶远志叶片基因组DNA，通过IlluminaHi Seq平台测序，再用Get Cellelle组装叶绿体基因组，通过MEGA11构建邻接法（neighbor-joining,NJ法）系统发育树。结果 卵叶远志的叶绿体基因组全长165192bp,GC含量为36.70%，共编码124个基因，其中包含8个rRNA基因、42个tRNA基因和74个蛋白编码基因；相对同义密码子使用度显示，67.29%的密码子的使用度>1，密码子偏好A、T结尾；共检测到287个简单重复序列（simple sequence repeats,SSR），其中以单核苷酸重复次数最多，占80.61%，单核苷酸主要由A和T组成，这表明在碱基形成过程中A和T被频繁使用；边界分析显示，9种远志属植物叶绿体基因组边界较为稳定，卵叶远志、香港远志P. hongkongensis、远志P. tenuifolia、瓜子金P. japonica和合叶草P. subopposite基因结构存在相似性；变异分析显示，9种远志属...     

碎米桠及其近缘种的分子鉴定和亲缘关系研究

目的 构建碎米桠Isodon rubescens及其与近缘种之间系统发育关系,准确鉴别碎米桠及其近缘种。方法 提取碎米桠及其近缘种DNA,对核基因ITS片段和叶绿体基因psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内、种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离。采用最近距离、相似性搜索、构建Neighbor-joining（NJ）系统聚类树3种方法进行鉴定分析。结果 ITS和psbA-trnH分子系统树支持碎米桠5个居群样本聚为一单系分支,支持率为94%和68%;其中,碎米桠与毛叶香茶菜、香茶菜和内折香茶菜聚在一支,支持率为70%和51%;溪黄草和显脉香茶菜构成姐妹群分支,支持率为81%和63%。碎米桠及其近缘种种间ITS和psbA-trnH序列的K2P遗传距离为0.007 08～0.072 61和0.008 06～0.024 76,均远大于碎米桠种内的遗传距离0～0.001 76和0～0.002 68。结论 碎米桠与毛叶香茶菜、香茶菜和内折香茶菜亲缘关系较近,溪黄草和显脉香茶菜亲缘关系最近。ITS和psbA-trnH序列可以准确鉴别碎米桠及其近缘种。     

基于液质联用-模式识别方法分析不同产地的绞股蓝皂苷

目的采用LC-MS建立绞股蓝药材的指纹图谱,鉴定其主要色谱峰,并结合变量模式识别方法判别不同产地绞股蓝药材。方法采用Inertsil ODS-SP(250 mm×4.6 mm,5μm)C18色谱柱,以乙腈-0.1%甲酸水为流动相梯度洗脱,检测波长203nm,使用电喷雾离子源(ESI),负离子模式下采集数据。通过聚类分析、主成分分析和对应分析对21批绞股蓝药材进行分析。结果建立了绞股蓝药材指纹图谱,标定出9个共有峰与10个特征峰,并根据质谱信息及文献对照对其中16个色谱峰进行定性分析。并结合多变量分析区分了不同产地绞股蓝,为绞股蓝的质量控制及综合评价奠定了基础。结论液质联用-模式识别方法可用于不同产地绞股蓝的快速鉴别,也可对其特征成分进行靶向分离。     

远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析

目的 解析远志Polygalatenuifolia叶绿体基因组信息序列特征和确定其在远志属的系统位置。方法 获得远志叶绿体基因组序列,借助Ge Seq、Chloroplot、MISA、REPute、Tandem repeats finder、CodonW、Geneious、IRscope、MAFFT7和IQtree2.0.5等生物信息学工具进行序列分析、密码子偏好分析、远志属基因组比较分析和系统发育研究。结果 远志的叶绿体基因组全长165 423 bp,为典型的环状四段式结构;包括1个大单拷贝区（large single copy,LSC;83 699 bp）,1个小单拷贝区（small single copy,SSC;8044 bp）和1对反向重复区（inverted repeats,IRs;36 840 bp）,该基因组共注释到135个基因,包括8个rRNA基因、38个tRNA基因和89个蛋白编码基因。该基因组中共检测到161个SSR位点,223条散在重复序列,90条串联重复序列;亮氨酸（Leu）是远志叶绿体基因组中使用次数最高的氨基酸（10.21%）,同义密码子相对使用频次（RS...     

牛茄子叶绿体全基因组特征及系统发育分析

目的 以牛茄子Solanum capsicoides新鲜叶片为材料,对叶绿体基因组序列进行组装、注释和分析,探究牛茄子的序列特征和同属其他物种的系统发育关系。方法 基于Illumina HiSeq高通量测序,获得牛茄子完整叶绿体基因组序列,利用生物信息学方法进一步对其功能及特征、密码子偏好性、IR区域边界、核苷酸多样性、系统发育关系进行分析。结果 牛茄子叶绿体基因组全长为155 465 bp,为典型的四分体结构,总GC含量为37.85%,其中大单拷贝区、小单拷贝区和反向重复序列的长度分别为88 265、18 462、24 369 bp;共编码131个基因,包括86个蛋白编码基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因。简单重复序列检测表明,叶绿体基因组包括51个SSR位点,其中以A和T组成的单核苷酸重复次数最多,占45.1%。密码子偏好性分析表明,亮氨酸是使用频率最高的氨基酸,AUU是使用次数最多的密码子,密码子偏向使用A/U结尾。属内叶绿体基因组比较分析显示,IR边界区域相对保守,但仍存在部分基因扩张和收缩等现象;核苷酸多样性分析获得了4个高突变热点：trnQ-psbK、psbF-psbE、clpP、ycf1,可作为物种鉴定和遗传多样性研究的潜在特征。系统发育分析显示牛茄子和喀西茄的亲缘关系更近,存在姐妹关系。结论 牛茄子叶绿体基因组的组装和系统发育分析,为茄属植物的分类和群体间遗传多样性的研究提供理论依据。     

紫苏及其变种的分子鉴定和亲缘关系研究

目的 构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var.arguta、白苏P.rutescens与其他变种.方法 提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和sbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内(变种内)种间(变种间)Kimura 2-parameter (K2P)遗传距离.采用最简约法(MP)和邻接法(NJ)构建分子系统树,进行系统发育和鉴定分析.结果 ITS和sbA-trnH MP系统树显示白苏和紫苏的不同地域的样本聚为一单系分支(支持率为100％和93％),紫苏与回回苏构成姐妹群分支(支持率为95％和90％),野生紫苏和耳齿紫苏构成一单系分支(支持率为100％和90％);白苏、紫苏与其他变种间的ITS和sbA-trnH序列遗传距离0.008 21～0.018 18和0.002 38～0.029 31,明显大于白苏与紫苏间遗传距离0～0.001 65和0,大于各变种内遗传距离.结论 白苏和紫苏合并为一个种紫苏;紫苏与回回苏亲缘关系最近,野生紫苏与耳齿紫苏亲缘关系最近;ITS和sbA-trnH序列可以准确鉴别紫苏与其他变种.