基于AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性检测方法的建立

目的：探讨AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性的实用性。方法：采用AllgloTM 探针实时荧光PCR对IL-1β基因SNP进行基因分型。设计其3954C＆gt;T位点AllgloTM探针序列和PCR扩增引物,按照PCR产物特异性和扩增效率,对退火温度、引物浓度等条件进行优化。结果：结果显示AllgloTM探针实时荧光PCR检测体系最适引物浓度为0.4μM,退化温度为58.9℃两步法PCR。在同一条件体系下,检测100例健康体检者IL-1β基因3954C＆gt;T位点,并进行基因分型,测序验证其分型结果。结论：AllgloTM探针实时荧光PCR检测IL-1β基因SNP是一种值得推广的高通量、低成本、常规化的基因分型方法。     

汉族人群肺结核患者白介素-4基因多态性的研究

目的探讨白介素-4（IL-4）基因启动子区-590C/T位点单核苷酸多态性（SNP）与肺结核病的关系。方法采用序列特异性引物PCR（PCR—SSP）22．测序技术检测深圳地区汉族人群肺结核患者194例及健康对照者195例IL-4启动子-590C/T位点基因多态性。采用直接计数法计算各组基因型频率及等位基因频率,并进行）（2检验。以P〈0．05为具有统计学意义。结果两组人群IL-4启动子区-590C/T位点基因型及等位基因分布频率无明显差异（P〉0．05）。结论IL-4基因启动子区-590C／T位点基因多态性与中国汉族人群肺结核病易感性无关。     

HRM-非标记探针法检测IL-15基因SNPs方法的建立

目的建立用于检测白细胞介素-15(IL-15)基因单核苷酸多态性(SNP)位点的高分辨率熔解曲线(HRM)-非标记探针的方法。方法采用HRM-非标记探针法及小片段扩增法对80名健康儿童IL-15基因4个SNPs位点进行基因分型,采用基因测序法进行验证并同时与小片段扩增法分型结果进行比较。结果 HRM-非标记探针法与基因测序分型结果一致,准确率为100%;未加入温度内标的小片段扩增法不能区分野生纯合子和突变纯和子。结论 HRM-非标记探针法是对已知SNP位点突变研究的一种廉价、简便、准确的基因分型技术,适合于对已知的SNP位点或基因突变进行分型和检测。     

PCR-CTPP在DNA 碱基切除修复基因SNP分型中的应用

目的：分析两对引物‐聚合酶链式反应（PCR‐CTPP）在碱基切除修复（BER）途径基因单核苷酸多态性（SNP）分型中的应用,为发现新的SNP检测方法提供实验依据。方法采用PCR‐CTPP扩增BER途径关键蛋白OGG1、XRCC1及APE14个常见SNP位点OGG1 Ser326Cys、XRCC1 Arg399Gln、APE1 Asp148Glu及‐141T／G（位于启动子区域）的DNA片段,凝胶电泳显像后判读基因型,同时与DNA测序的方式比对各基因位点的准确性。结果 PCR‐CTPP方法基因分型结果与DNA测序得到的基因分型结果完全一致。结论 PCR‐CTPP技术可靠、快速,其广泛应用能够有助于基因SNP的分型研究。     

基于连接酶-琼脂糖凝胶电泳的单核苷酸多态性快速检测方法

目的：研究一种简便、快速、灵敏的单核苷酸多态性（SNP）分型方法,使其能够在简单实验条件下进行常规的临床检测。方法基于连接酶-琼脂糖凝胶电泳技术,设计突变位点的检测探针,通过对检测探针的连接、纯化和通用扩增反应,根据琼脂糖凝胶电泳条带的出现情况判定检测位点的突变类型。以表皮生长因子受体（EGFR）基因的3个 SNP 突变位点 EGFR, c．2573T＞G（L858R）,EGFR,c．2582T＞A（L861Q）和 EGFR,c．2155G＞T（G719C）为检测对象,分别对质粒模板和肺癌血浆循环 DNA 样本进行了检测。结果建立方法操作简便,具有较高的特异性和灵敏度。经过20～30个循环的 PCR 扩增,能够根据扩增条带的有无清晰判断检测位点的基因型。在对不均一样本中混合等位基因检测时,能够最低检测出2．5％的突变型等位基因。本方法和直接测序法分别能够从62例肺癌样本检测出6例和 2例 L858R 位点杂合子突变。结论SNP 突变检测方法适合于在简单实验条件下对不均一样本进行常规突变检测。     

HMGB1基因SNP位点实时荧光PCR检测方法的建立

目的建立基于Taq Man探针实时荧光PCR技术的高迁移率族蛋白1(high mobility group box-1 protein,HMGB1)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测方法。方法收集2014年4月在深圳口岸医院体检的健康人群样本20份,选择HMGB1基因上的2个SNP位点设计常规PCR和实时荧光PCR扩增引物和Taq Man探针,采用基因测序和实时荧光PCR方法对样本进行SNP分型。结果实时荧光PCR方法SNP分型结果显示,在20份样本中的HMGB1基因rs1412125位点检测到TT基因型11例,CC基因型1例,TC基因型8例;HMGB1基因rs3742305位点检测到GG基因型15例,GC基因型5例,未发现CC基因型。这一结果与基因测序方法结论完全一致。结论基于Taq Man探针技术的实时荧光PCR方法进行HMGB1基因SNP分型简单、快速、高效,可用于人群大规模样本的SNP筛查,具有广泛应用的价值。     

运用TaqMan探针实时荧光PCR技术检测AKAPIO基因2073A／G单核苷酸多态性

目的建立一套以TaqMan探针实时荧光PCR技术为基础的单核苷酸多态性（SNP）检测平台,并用于AKAPIO基因2073A／GSNP的检测。方法设计一对TaqMan探针加入到PCR反应系统中,并设立阴阳对照,对AKAPIO基因2073A／GSNP进行分型。同时验证部分样本PCR产物的直接测序结果。结果运用TaqMan探针实时荧光PCR技术对AKAPIO基因2073A／GSNP检测结果准确,与PCR产物的直接测序结果完全一致。AKAPIO基因2073A／G多态性分布与性别年龄无关（P〉0．05）。非条件logistic回归分析提示,AKAP10基因2073A／G突变型（AG＋GG）与野生型AA相比增加结直肠癌的发生风险（OR=1．52,95％CI：1．07～2．15。P=0．019）。结论通过合理设计TaqMan探针,设立阴阳性对照,应用TaqMan探针实时荧光PCR技术成功建立起一套SNP检测平台。AKAP10基因2073A／G多态性与结直肠癌发病存在显著相关性。     

用Taqman MGB探针研究中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性

 【目的】了解中国人群肿瘤坏死因子α（the tumour necrosis factor α，TNF-α）基因启动子区多态性。【方法】 随机选取20名深圳地区汉族健康体检者，采用两对引物PCR扩增TNF-α基因启动子区（-1389nt～＋125nt），对PCR产物进行序列分析，寻找单核苷酸多态性位点（single nueleofide polymorphisms，SNPs）。采用Taqman MGB探针建立了-857nt（C／T）位点的实时定量PCR（thereal-time PCR）分型方法，并对中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体共l108份样本进行了基因分型。【结果】在启动子区（-1322nt～＋67at），发现6个SNP位点，即-885（A／G）、-863（C／A）、-646（G／A）、-648（G/A）、-568（G／C）和-857（C/T），其中位点-646nt（G→A）为新发现SNP。-885、-648及-568nt位点碱基虽然与Genbank不同，但测序的20个个体基因分型相同。中国人群-857nt（C／T）位点基因型频率分别为0．79（CC），0．19（CT）和0．02（TT），中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体间无显著性差异。中国人群-857T等位基因频率为0．116，与文献报道的韩国人群相同，但比日本人群低。【结论】中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性可能较保守。采用Taqman MGB探针实时定量PCR技术对SNPs进行基因分型简便、快速及准确，易于自动化，为大规模的疾病相关性研究提供了有效的工具。     

用Taqman MGB探针研究中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性

【目的】了解中国人群肿瘤坏死因子α（the tumour necrosis factor α，TNF-α）基因启动子区多态性。【方法】 随机选取20名深圳地区汉族健康体检者，采用两对引物PCR扩增TNF-α基因启动子区（-1389nt～＋125nt），对PCR产物进行序列分析，寻找单核苷酸多态性位点（single nueleofide polymorphisms，SNPs）。采用Taqman MGB探针建立了-857nt（C／T）位点的实时定量PCR（thereal-time PCR）分型方法，并对中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体共l108份样本进行了基因分型。【结果】在启动子区（-1322nt～＋67at），发现6个SNP位点，即-885（A／G）、-863（C／A）、-646（G／A）、-648（G/A）、-568（G／C）和-857（C/T），其中位点-646nt（G→A）为新发现SNP。-885、-648及-568nt位点碱基虽然与Genbank不同，但测序的20个个体基因分型相同。中国人群-857nt（C／T）位点基因型频率分别为0．79（CC），0．19（CT）和0．02（TT），中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体间无显著性差异。中国人群-857T等位基因频率为0．116，与文献报道的韩国人群相同，但比日本人群低。【结论】中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性可能较保守。采用Taqman MGB探针实时定量PCR技术对SNPs进行基因分型简便、快速及准确，易于自动化，为大规模的疾病相关性研究提供了有效的工具。     

等位基因特异性PCR检测脂联素基因SNP位点方法的建立

目的:建立等位基因特异性PCR检测脂联素基因与2型糖尿病相关SNP位点的方法.方法:针对脂联素基因G531A,G545C,G11963T,T12194G和T13320C 5个SNP位点设计野生型和突变型特异性引物,第一轮PCR的上游引物或下游引物与等位基因特异性引物进行半巢式PCR.在同一SNP位点如果野生型引物出现扩...     

Relationship between Single Nucleotide Polymorphisms in -174G/C and -634C/G Promoter Region of Interleukin-6 and Prostate Cancer

The association between the single nucleotide polymorphisms （SNPs） in -174G/C and -634C/G of interleukin-6 （IL-6） promoter region and prostate cancer was examined in the population of Han people in Hubei region. TaqMan PCR was employed for the gene-typing of -174G/C and -634C/G in promoter region of IL-6 gene to compare the prostate cancer patients and normal controls in terms of genotype frequency, allele frequency and risk of prostate cancer. Enzyme-linked immu- nosorbent assay （ELISA） was used for the detection of IL-6 concentration in peripheral blood of the patients with prostate cancer and the relationship between the IL-6 level and the genotype was studied. Our results showed that in all the subjects, the genotype of genetic locus -174G/C was found to be GG and no CG and CC were observed. There was a significant difference in gene frequency of GG, CG and CC of -634C/G and allele frequency of G and C between prostate cancer patients and normal controls （P〈0.05） and the gene frequency of GG＋CG increased with the clinical stages and pathological grades of prostate cancer. The IL-6 level in GG＋CG group was significantly higher than that in CC group. It was concluded that no SNP in -174G/C IL-6 promoter region was found in the population of Han people in Hubei region. The SNP in -634C/G was, to some extent, associated with the development and progression of prostate cancer. The population with GG＋CG genetype has higher risk for prostate cancer.     

Association of interleukin-6 gene polymorphisms with bone mineral density in Mexican women

BACKGROUND: The interleukin-6 gene (IL-6) stimulates osteoclast development; therefore, it has been implicated in osteoporosis. In this study, the association of osteoporosis with three IL-6 gene markers (a CA dinucleotide repeat and two single nucleotide polymorphisms [SNPs]: G-174C and G-572C) was tested in the Mexican population. METHODS: Population sample was comprised of 70 osteoporotic women, 70 non-osteoporotic women, and 500 subjects from the general population who were genotyped for the IL-6 markers. SNPs were analyzed by real-time PCR using the 5' exonuclease assay, whereas the CA dinucleotide polymorphism was evaluated by PCR and capillary electrophoresis. The allele-phenotype relationship was analyzed with the statistical method STRAT that considered population stratification and the results were adjusted with potential confounders for osteoporosis by a longitudinal multivariate model. RESULTS: We found that the C allele of the G-174C SNP and the A3 allele of the CA polymorphism are associated with increased bone mineral density (BMD) (p<0.0001), whereas the G-572C SNP is not (p=0.19). In concordance, subjects heterozygous for the A3 allele have higher BMD and T score average values (90.75% and -0.87, respectively) than those who did not present any A3 allele (81.4% and -1.45, respectively). Likewise, subjects with the CC genotype of the G-174 SNP have higher BMD (96.5%) and T score average value (-0.33) than those bearing the CG or GG genotype (lumbar BMD, 88.5 and 79.98%, respectively; T score: -1.07 and -1.75, respectively). CONCLUSIONS: The CA repeat and the G-174C SNP of the IL-6 gene may become useful markers for osteoporosis in the Mexican population.     

运用TaqMan探针实时荧光PCR技术检测AKAP10基因2073A/G单核苷酸多态性

目的 建立一套以TaqMan探针实时荧光PCR技术为基础的单核苷酸多态性(SNP)检测平台,并用于AKAP10基因2073A/G SNP的检测. 方法 设计一对TaqMan探针加入到PCR反应系统中,并设立阴阳对照,对AKAP10基因2073A/G SNP进行分型.同时验证部分样本PCR产物的直接测序结果 . 结果 运用TaqMan探针实时荧光PCR技术对AKAP10基因2073A/G SNP检测结果 准确,与PCR产物的直接测序结果 完全一致.AKAP10基因2073A/G多态性分布与性别年龄无关(P>0.05).非条件logistic回归分析提示,AKAP10基因2073A/G突变型(AG+GG)与野生型AA相比增加结直肠癌的发生风险(OR=1.52, 95% CI:1.07～2.15, P=0.019). 结论 通过合理设计TaqMan探针,设立阴阳性对照,应用TaqMan探针实时荧光PCR技术成功建立起一套SNP检测平台.AKAP10基因2073A/G多态性与结直肠癌发病存在显著相关性.     

白细胞介素-1和白细胞介素-10基因多态性与脓毒症发病的相关性研究

目的：探讨脓毒症患者白细胞介素-1（IL-1）和IL—10基因单核苷酸多态性（SNP）的频率分布以及与脓毒症易感性的相关性，观察不同多态性基因型对细胞因子表达的影响。方法：选择2001年10月至2004年12月在该院普通外科住院的181例患者，分为脓毒症组（100例）和全身炎症反应综合症（SIRS）组（81例），以150例健康人群作为对照组。取外周血白细胞提取基凶组DNA，用PCR扩增限制性内切酶长度多态性的方法，检测IL-1基因上＋3953T、IL-10基因上-592A和-1082A，共3个SNP。在诊断为SIRS或脓毒症24h内取外周血单个核细胞提取总RNA，用RT—PCR法检测IL-1和IL-10mRNA的表达；同时取血浆用ELISA法检测细胞因子蛋白表达。结果：SIRS组和脓毒症组中，＋3953T、-592A出现的频率明显高于对照组。在脓毒症早期，IL-1mRNA及蛋白的表达水平在＋3953C／T组明显高于C／C组；而IL-10两个SNP对脓毒症早期的IL-10表达水平，无明显的影响作用。结论：该研究显示，IL-1及，IL-10基因上SNP差异可能是脓毒症患者易感的原因之一。在脓毒症发生机制中，有促炎介质和抑炎因子的共同参与，其表达水平与SIRS及脓毒症的发生和严重程度相关。     

IL-17基因启动子区单核苷酸多态性与儿童哮喘的关系

目的探讨IL-17基因启动子区单核苷酸多态性（SNP）与儿童哮喘及患儿血清总IgE水平之间的关系。方法提取287例哮喘患儿和217例健康儿童外周血基因组DNA,采用PCR-LDR技术检测了IL-17基因启动子区的4个SNPs位点（rs4711998、rs8193036、rs3819024和rs2275913）,与GenBank公布的IL-17基因序列（NT₀07952.15 GI:224514668）比较,分析其在两组儿童中的基因型及等位基因频率的分布,以及哮喘患儿血清总IgE水平及其在不同基因型中的差异。结果两组rs4711998位点基因型分布差异有统计学意义（P=0.03）,哮喘组GG纯合子基因频率为9.6%,明显高于健康对照儿童组（4.1%）;rs8193036、rs3819024、rs2275913三个SNP位点的基因型分布在两组间差异无统计学意义。哮喘组血清总IgE水平在4个SNP位点基因型间的分布差异均无统计学意义。结论 IL-17基因启动子区SNP rs4711998可能是儿童哮喘易感位点,其中rs4711998 GG纯合子基因型与哮喘发病密切相关。     

上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性的研究

目的:研究上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性及其分布特征,并与国外数据库进行比较。方法:随机选取190例上海地区汉族个体,对IL-17B基因启动子、外显子及临近的内含子区的PCR产物直接测序,检测基因内SNPs。所得结果与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的SNP数据库(dbSNP)进行比较。结果:在所有研究对象中共发现6个SNPs,主要位于非编码区;6个均为替换型SNPs,其中1个为三态替换型SNP。有5个SNP在dbSNP数据库中已报导,但有11个数据库已报导的SNPs,在本次研究中未能证实。结论:中国汉族人群IL-17B基因多态性的分布与dbSNP数据库中的资料存在差异,为在汉族人群中研究IL-17B基因相关疾病提供可靠数据。     

脂多糖对人单个核细胞白细胞介素-6基因表达的影响

目的：探讨脂多糖(LPS)对人单个核细胞表达白细胞介素-6(IL-6)mRNA的影响。方法：抽取人外周静脉血，经EDTA抗凝，LPS刺激培养，分离单个核细胞并提取总RNA，将总RNA逆转录为cDNA，然后用IL-6引物进行热启动PCR扩增。扩增产物热变性后与IL-6检测探针、捕获探针进行夹心杂交，最后加入亲和素-辣根过氧化物酶及其底物，显色检测杂交信号。IL-6引物及探针用Primer Premier 5．0软件设计。结果：LPS可在转录水平上诱导IL-6 mRNA表达，其作用强度与LPS剂量呈正相关；IL-6 mRNA表达丰度有时间效应，刺激4h后，IL-6 mRNA的表达最高。结论：LPS能显著增强人单个核细胞表达IL-6 mRNA。     

毛细管扩张症突变基因启动子区单核苷酸多态性位点rs189037与广东鼻咽癌相关性研究

目的毛细管扩张症突变(ATM)基因变异与多种肿瘤发生相关,但对ATM基因与鼻咽癌易感性研究报道较少。选择ATM基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)位点rs189037,观察其多态性与广东鼻咽癌发生风险的关系。方法应用PCR方法对176名广东鼻咽癌患者和202名对照人群DNA标本rs189037位点进行扩增、纯化及测序,再进行人群相关性分析。结果 rs189037 G>A,其中杂合型G/A基因型频率在鼻咽癌患者及对照人群中分别为50%(88/176),47.5%(96/202);纯合突变型A/A基因型频率在鼻咽癌患者及对照人群中分别为15.3%(27/176),18.3%(37/202),经统计分析,G/A和A/A这两种基因型在两组间分布无显著性差异(OR=1.022,95%CI=0.668-1.564),进一步行年龄分层及性别分层,各两组间仍无明显差异。结论 ATM基因启动子区rs189037位点多态性在鼻咽癌患者和对照人群中基因型频率差别很小,推测其与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联。