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1.
目的:采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论:土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起...  相似文献   

2.
目的:通过网络药理学方法研究“土茯苓-鸡血藤”药对治疗糖尿病的药理作用机制。方法:通过网络药理学方法筛选“土茯苓-鸡血藤”的活性成分及预测靶点,构建PPI网络图,进行GO功能富集和KEGG通路分析,筛选“土茯苓-鸡血藤”对糖尿病的预测关键活性成分与作用靶点。结果:得到活性成分共66个,其中土茯苓35个、鸡血藤31个;糖尿病预测靶点619个。PPI网络获取糖尿病相关靶点39个,对PPI网络的GO富集及KEGG通路分析结果显示,可能与胰岛素抵抗(Insulin resistance)、2型糖尿病(Type II diabetes mellitus)、糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、HIF-1信号通路(HIF-1 signaling pathway)等通路密切相关。结论:本研究阐明了“土茯苓-鸡血藤”药对治疗糖尿病PPI网络关系,为进一步开展“土茯苓-鸡血藤”药对治疗糖尿病药理作用机制的研究提供了新思路。  相似文献   

3.
目的 运用网络药理学方法筛选"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎(RA)的有效成分和作用靶点,探究其主要成分-核心靶点-疾病的复杂网络关系.方法 通过中药系统药理学平台(TCMSP)收集"土茯苓-金银花"药对的活性成分及作用靶点;通过GeneCards及OMIM、Drugbank数据库收集RA的疾病相关基因,构建"核心成分-核心靶点-核心通路"网络并筛选出"土茯苓-金银花"药对治疗RA的核心靶点,然后进一步行蛋白互作网络分析(PPI)、GO生物功能注释、KEGG通路富集分析.结果 ①在TCMSP数据库初步提取土茯苓化学成分75种,金银花化学成分240种,经ADME筛选后共获得土茯苓15种,金银花23种活性成分,包括紫杉酚、槲皮素、山萘酚、香茅醇、豆甾醇等.土茯苓主要成分作用靶点基因252个,金银花主要成分作用靶点基因352个.②在GeneCards数据库、OMIM的两个数据库、Drugbank数据库检索得到671个RA靶点.③土茯苓、金银花与RA的共同靶点基因55个.PPI网络分析发现JUN、AKT1、IL-10、VEGFA、TNF等可能是"土茯苓-金银花"药对治疗RA的关键靶点.④在DAVID数据库提交基因序列,得到富集分析结果KEGG Pathway 96条信号通路,"土茯苓-金银花"药对治疗RA主要参与的信号通路包括TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.GO富集分析包括生物过程(BP)355条结果,涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、对脂多糖的反应、脂多糖介导的信号通路、平滑肌细胞增殖的正调控、血管生成、细胞对脂多糖的反应、血管新生的正调控、以DNA为模板的转录正调控等;细胞成分(CC)27条结果,分子功能(MF)50条结果,主要涉及酶结合、细胞因子活性、转录因子结合、相同的蛋白质结合、蛋白质结合、序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、蛋白磷酸酶2A结合、转录激活子活性,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性结合、肿瘤坏死因子受体结合等.结论 "土茯苓-金银花"药对的主要活性成分通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等信号通过参与RA发病的炎症反应,从而发挥了缓解RA病情的临床作用.本研究初步探究了"土茯苓-金银花"药对治疗RA的作用靶点和作用通路,为进一步更深入地挖掘其治疗RA的作用机制奠定了基础.  相似文献   

4.
目的:采用网络药理学、分子对接技术预测药对"虎杖-土茯苓"治疗痛风性关节炎(gouty arthritis,GA)的潜在机理。方法:利用TCMSP平台检索收集药对化学成分、对应靶点;借助五大疾病数据库获取GA已知靶点;利用Venny 2.1.0得到药对与GA两者间的交集靶点;运用SRTING数据库、CytoHubba插件构建交集靶点PPI网络;采用DAVID平台对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析;最后将筛选出的核心成分、关键靶点进行分子对接。结果:共获得23个化学成分,199个靶点,其中治疗GA的潜在靶点有76个。预测得知核心成分为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇,关键靶点为JUN、TNF、RELA、IL6。GO功能富集分析显示,药对治疗GA的生物功能共287个(生物过程172个、细胞组分42个、分子功能73个);KEGG通路富集共筛选出信号通路共122条。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇与JUN、TNF有良好的结合活力。结论:药对"虎杖-土茯苓"通过槲皮素、木犀草素等成分,作用于JUN、TNF等靶点,在癌症通路、TNF信号通路等通路的参与下,发挥了抗炎、抗凋亡等治疗GA的作用。  相似文献   

5.
目的:运用网络药理学方法探讨黄柏-土茯苓治疗慢性前列腺炎的作用机制。方法:根据药物性质和口服生物利用度,利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集两味药的化合物和有效靶点进行分析,采用Cytoscape 3.9.0构建化合物-靶点网络结构;从GeneCards中获得慢性前列腺炎相关基因的靶点,结合黄柏-土茯苓有效成分对上述靶点进行韦恩分析,并筛选出交集靶点。利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络;在DAVID数据库中进行基因本体(GO)功能富集分析和与京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析。结果:获得活性化合物36个,药物靶点218个,疾病靶点2 204个,交集靶点157个。获得白细胞介素(Interleukin,IL)-4、IL-6、IL-10、C-C基序趋化因子配体2(C-C Motif Chemokine Ligand2,CCL2)、C-X-C基序趋化因子配体(C-X-C Motif Chemokine Ligand,CXCL)2、CXCL10、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等48个关键靶点,KEGG通路富集分析...  相似文献   

6.
目的 运用网络药理学的方法探讨蒺藜治疗银屑病的分子作用机制。方法 采用TCMSP数据库筛选蒺藜的有效成分,并收集其相应的作用靶点;使用GeneCards、OMIM数据库筛选与银屑病相关的基因靶点,并用在线韦恩图平台将蒺藜作用靶点与银屑病基因取交集,获得蒺藜治疗银屑病的靶标基因;利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络和Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-有效成分-靶基因-疾病”相互作用网络,筛选出核心作用靶基因,然后对潜在治疗靶点进行基因GO的富集分析和KEGG的代谢通路富集分析。结果 筛选出蒺藜的有效成分12种。银屑病的靶点有3 866个,其中41个是蒺藜治疗银屑病的核心靶点。“蒺藜-有效成分-靶基因-银屑病”相互作用网络中,其核心作用靶基因包括PTGS2、AKT1、JUN、CASP3、AHR、MAPK8、ESR1和HMOX1;经过GO及KEGG通路分析,共筛选出与银屑病有关的信号通路197条。结论 蒺藜治疗银屑病的主要活性成分为异鼠李素、山柰酚、蒺藜皂苷,其潜在作用机制是止痒、抗炎、修复皮肤屏障、调控细胞的凋亡与增殖过程以及对体内免疫反应的调节作用。  相似文献   

7.
雍晨  鲁璐  汪悦 《辽宁中医杂志》2019,46(9):1926-1930
目的:基于网络药理学研究土茯苓的活性成分及药理作用机制。方法:首先从TCMSP数据库中获取并筛选土茯苓活性成分,提取出相关作用靶点;然后将靶点数据导入CTD数据库分析获取相关疾病;接着,采用DAVID在线分析工具进行KEGG通路分析;最后运用Cytoscape软件构建网络图,并应用Network Analyzer插件进行网络分析,形成系统结果并进行评价。结果:共获得土茯苓的活性成分31个,通过进一步的筛选,确定15个主要活性成分进行进一步研究,提取出作用靶点323个,相关疾病618种,分属于28个疾病种类。发现土茯苓可能通过作用于炎症反应、肿瘤的发生发展及机体的自我保护与调节能力等方面发挥临床疗效,尤其在肿瘤、心血管、消化系统、神经系统及免疫系统等相关疾病治疗中更具优势,并预测肿瘤坏死因子(TNF)可能是其治疗效应的关键靶点,同时推测其主要作用机制可能与pathways in cancer,PI3K-Akt signaling pathway,hepatitis B,proteoglycans in cancer,prostate cancer等信号通路相关。结论:通过网络药理学方法系统性探索了其主要活性成分及药理作用机制,直观阐述了土茯苓的多成分、多靶点、多通路作用机制,为进一步的临床、实验研究及新药研发提供了思路和依据。  相似文献   

8.
目的:通过网络药理学探讨板蓝根治疗银屑病的物质基础及作用机制。方法:利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库筛选板蓝根活性化合物及其靶标基因;运用Dis Ge NET数据库获取银屑病相关靶向基因,将两者去交集后获得疾病-药物蛋白靶基因;使用String数据库疾病-药物蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;接着,通过Systems Dock网站,将核心基因进行"成分-靶标蛋白"的分子对接验证;最后,借助DAVID在线工具进行核心基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。结果:共收集到板蓝根26个活性化合物,2381个板蓝根靶标基因,691个银屑病靶标基因及124个药物-疾病交集靶基因;在此基础上挖掘出AKT1等20个核心基因,其富集在HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等15条核心通路上。结论:板蓝根通过多成分、多靶点、多通路治疗银屑病,其可能是通过HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等发挥对银屑病的治疗作用。  相似文献   

9.
目的:基于网络药理学和分子对接技术研究赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索赤芍-牡丹皮的化学成分及其相关靶点,利用DisGeNET数据库检索银屑病相关靶点,通过Venny 2.1.0映射得到赤芍-牡丹皮治疗银屑病的交集靶点,利用STRING数据库及Cytoscape3.7.1构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape3.7.1软件构建网络互作图。采用AutoDock4.2.1软件评价主要药效成分与核心靶点的结合作用力。结果:筛选得到赤芍-牡丹皮药对通过11个活性成分作用于70个交集靶点,通过调控细胞的氧化刺激反应和生物刺激反应等生物过程以及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路、辅助性T细胞17(TH17)细胞分化等相关途径共同发挥治疗银屑病作用。分子对接结果表明,赤芍-牡丹皮中槲皮素(Quercetin)、芍药苷(Paeoniflorin)、山柰酚(Kaempferol)、芍药醇(Baicalein)与AKT1、VEGFA、MAPK1、MAPK8、AKT1、JUN、TNF具有较好的结合能力。结论:通过网络药理学和分子对接技术系统地探讨赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制,为后期的实验提供了理论依据。  相似文献   

10.
郭璐  夏道宗  骆叶姣  张晓熙  赵鑫钰 《中草药》2019,50(6):1413-1418
目的运用网络药理学预测土茯苓抗痛风有效成分的作用靶点及通路。方法通过TCMSP数据库和Drugbank数据库获取土茯苓有效成分及作用靶点,并运用Cytoscape软件构建靶点间相互作用网络并进行交联分析,筛选出土茯苓治疗痛风的有效成分及作用靶点,采用MAS3.0生物分子功能系统获取通路的相关信息并制成靶点通路网络模型。结果预测得到土茯苓治疗痛风的有效成分11个和有效靶点39个,并推断其作用机制可能与脂肪细胞因子信号通路、ERbB信号通路,Toll样受体信号通路等有关,且MAPK1、RELA、PTGS2等靶点基因可能起着关键性的作用。结论基于网络药理学探讨了土茯苓治疗痛风多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展土茯苓治疗痛风作用机制研究提供了新的思路和方法。  相似文献   

11.
[目的]通过网络药理学方法分析牡丹皮-赤芍治疗银屑病的有效成分、作用靶点及作用通路,探讨其作用机制.[方法]通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP),检索牡丹皮和赤芍的有效成分以及相应的作用靶点,通过The Human Gene Database(GeneCards)平台检索银屑病的相关靶点,利用ClusterP...  相似文献   

12.
目的:通过网络药理学方法探析板蓝根-山豆根-白茅根治疗银屑病的作用机制。方法:应用TCMSP平台检索板蓝根-山豆根-白茅根的化学成分,利用GeneCards等数据库检索银屑病的相关靶点基因,将药物靶点与疾病靶点取交集绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络图,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共获有效成分52种,如β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚等;与银屑病相关靶点90个,其中白细胞介素-6、肿瘤坏死因子、肿瘤蛋白p53、白细胞介素-1β、活化蛋白-1等为核心基因;GO功能富集分析中共确定了614条GO条目,其中生物过程480条、细胞组分52条、分子功能82条;KEGG富集分析中共确定了102条通路,涉及多种癌症通路、肝炎、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸-苏氨酸-激酶(Akt)信号、肿瘤坏死因子信号、丝裂原活化蛋白激酶等信号通路。结论:板蓝根-山豆根-白茅根可通过多种活性成分、多个靶点、多条通路抑制炎症因子的表达及角质细胞增殖、分化而发挥治疗作用。  相似文献   

13.
目的:本文借助计算机网络药理学和分子对接技术预测牡丹皮、丹参治疗银屑病的潜在分子作用机制。方法:首先将中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)平台筛选到的疾病和药对成分靶点取交集,获得交集靶点后进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,利用Cytoscape 3.8.2构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络和“成分-靶点-通路”图,最后使用Schr9dinger Maestro 11.8进行分子对接试验。结果:共得到牡丹皮、丹参治疗银屑病的活性成分58个和靶点95个,主要参与脂多糖应答、炎症反应、营养水平、氧化应激等方面的生物过程,调控白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)、辅助性T17(Th17)细胞分化、缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路。分子对接结果证实主要活性成分和核心靶点亲和力高。结论:牡丹皮-丹参配伍可从多成分、多靶点、多通路治疗银屑病。  相似文献   

14.
目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓抗痛风的作用机制。方法 利用TCMSP、UniProt、OMIM、GeneCards、PharmGkb、DrugBank等数据库预测土茯苓抗痛风的活性成分和推测靶点,进行富集分析以阐明核心靶点的生物学功能和相关途径;同时,利用Cytoscape软件构建了一个“成分靶向通路”网络。结果 经分子对接验证显示主要成分与核心靶点紧密结合,阐明了土茯苓抗痛风的分子机制是通过槲皮素、柚皮素和β-谷甾醇等主要成分,作用于IL1B、CXCL8、PPARG、CCL2、PTGS2、IL6、STAT1靶点和多种途径。结论 土茯苓可能通过多成分、多靶点、多通路发挥抗痛风作用,为今后进一步阐明土茯苓治疗痛风的作用机制、开展实验验证提供依据。  相似文献   

15.
目的 基于网络药理学预测黄连解毒汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的有效成分、靶点和作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选黄连解毒汤的活性成分、作用靶点和UC疾病相关的基因.使用Cytoscape软件构建"药物活性成分-靶点-疾病"网络.通过STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,推测核心...  相似文献   

16.
目的 探讨清热凉血药在名老中医治疗银屑病中的组方规律,分析其潜在作用机制,为银屑病的临床遣方用药和新药开发提供依据。方法 筛选出若干本中医著作中名老中医用清热凉血药治疗银屑病的方剂,运用Microsoft Excel 2010计算中药用药频数,SPSS Clementine 12.0软件的Apriori版块和R软件的arules、arulesViz插件进行关联规则分析。选取核心药物在TCMSP数据库获取有效活性成分,在SwissADME平台进行药动学参数筛选,并将活性成分导入至SWisstargetprediction中预测药物靶点。在Gene Card、TTD、DrugBank、Dis Ge NET、OMIM等疾病数据库中获取银屑病疾病靶点,利用Cytoscape3.8. 2中的BisoGent插件和CytoNCA插件进行核心作用靶点筛选,所得核心靶点利用R软件进行基因功能注释(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。结果 共纳入181个方剂,涉及215种中药,用...  相似文献   

17.
基于网络药理学的“金银花-连翘”药对作用机制分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的:探讨"金银花-连翘"药对的功效物质基础和配伍机制。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中寻找与金银花及连翘相关的所有化学成分,并寻找与其相关的潜在靶点,采用网络药理学的方法对金银花-连翘的功效物质和配伍机制进行研究。结果:通过口服利用度(OB),类药性(DL)条件筛选得出16个候选活性分子,相应靶点64个,相关疾病166种。其中度值较高的候选化合物分子分别是荷包牡丹碱(37),松脂素单甲基醚(30)等;度值较高的靶点蛋白为SLC6A3,DPP4,AR,NOS2,PTGS2等;度值较高的相关疾病依次是非特异性癌症、阿尔茨海默症、乳癌、痛症、心血管病、炎症等。结论:本研究结果初步验证了金银花-连翘药对的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。  相似文献   

18.
目的:探讨桔梗-甘草药对的功效物质基础和配伍机制。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中寻找与这两味中药相关的所有化学成分。选择口服利用度(OB)≥50%,类药性(DL)≥0.18作为化合物分子的筛选条件。通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)寻找与候选化合物相关的潜在靶点,进而构建药物靶点相互作用的网络图和靶点疾病相互作用网络图。结果:通过OB,DL条件筛选,得出43个候选活性分子,相应靶点有98个,相关疾病有224种。其度值前三的候选化合物分子分别是柚皮素(48),芒柄花黄素(41),shinpterocarpin(36);度值前三的靶点蛋白为PTGS2(32),PPAR-γ(21),ERS1(18);度值较高的相关疾病依次是非特异性癌症、炎症、痛症、乳癌、阿尔茨海默症等。结论:研究结果初步验证了该药对的基本药理学作用和相关机制,并为进一步深入探讨作用机制奠定了良好基础。  相似文献   

19.
目的:运用网络药理学理念和技术研究"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点和药理学作用机制。方法:通过检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出川芎和延胡索的主要成分、靶点信息,采用Cytoscape软件构建活性成分-作用靶点网络,获取的靶点信息,筛选核心靶点。利用DAVID在线分析工具对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析。结果:从"川芎-延胡索"药对中筛选得到58个主要活性成分相关作用于靶点220个,主要涉及在癌症、信号传导、免疫、细胞通讯及凋亡等生物学过程中的多条信号通路。结论:本研究初步揭示了"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点及协同作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供了参考。  相似文献   

20.
目的基于网络药理学方法探讨皮肤解毒汤治疗湿疹作用机制。方法采用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)预测皮肤解毒汤中已知化学成分的作用靶点,用cytoscape软件构建皮肤解毒汤中化合物与其靶点网络,并用DAVID 6.8平台对化合物靶点网络进行基因功能注释分析(GO)和信号通路富集分析(KEGG),揭示皮肤解毒汤治疗湿疹的作用机制。结果 TCMSP平台发现皮肤解毒汤中8个主要化合物作用于133个靶点蛋白,化合物靶点网络解析发现该受体辅激活蛋白2(NCOA2)、一氧化氮合酶(NOS2)、凝血因子Ⅶ(F7)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)是化合物-靶点网络中的关键节点蛋白,同时靶蛋白基因功能注释分析发现,主要与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、蛋白激酶B信号通路的正向调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控、G蛋白偶联乙酰胆碱受体活性、γ-氨基丁酸A受体活性、细胞外配体门控离子通道活性等生物学过程和分子功能有关。信号通路富集分析显示,大多数基因富集到了神经配体—受体相互作用信号通路、钙离子信号通路等。结论本研究应用网络药理学的方法预测出皮肤解毒汤治疗湿疹的可能作用机制,为其进一步研究提供新的思路与线索。  相似文献   

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