SCoT分子标记对不同品种化橘红的亲缘关系分析

目的运用SCoT分子标记技术对广东化州化橘红进行种内品系间的亲缘关系分析研究。方法通过提取化橘红DNA,正交设计寻找化橘红SCoT分子标记最佳PCR反应体系,筛选获得化橘红PCR扩增的SCoT引物,应用NTSYS2.10e软件并采用UPGMA法进行聚类分析。结果发现SCoT引物碱基序列共扩增出81条带,其中多态性条带有44条,种内品系间的相似系数在0.75～1之间,不同品系化橘红分别聚为一类。结论表明SCoT分子标记可以有效运用于化橘红的种内亲缘关系分析和种内品系鉴定研究。     

药用真菌蛹虫草遗传多样性的SCoT分析

目的:研究药用真菌蛹虫草的种质资源遗传多样性。方法:采用非加权平均距离聚类法(UPGMA)结合主坐标分析法(PCoA)对27株不同来源的蛹虫草菌株的SCoT分子标记条带进行研究。结果:从36个引物中筛选出8条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出59条条带,其中55条具有多态性,多态性比率为94.33%,平均多态性条带数为6.875。经NTSYSpc软件分析,27株蛹虫草菌株间的遗传相似系数在0.383~0.933之间,说明SCoT标记能够揭示蛹虫草种质间较高的遗传多样性。通过UPGMA法和PCoA法分析,27株蛹虫草分别分成6组和3组,菌株的遗传多样性与其来源有一定的相关性。结论:SCoT分子标记适用于药用真菌蛹虫草种质资源的多样性研究。     

不同产地丹参药材的ISSR分析与鉴别

目的对不同产地丹参药材的亲缘关系进行分析研究,建立具有鉴别意义的DNA指纹图谱。方法采用ISSR分子标记对丹参药材的基因组DNA进行PCR扩增,利用NTSYS-pc2.1和POPGENE 1.32软件分析不同产地药材间的亲缘关系,构建树系图。结果从66条ISSR引物中筛选出两条具有鉴别意义的多态性引物,在11个不同产地的丹参药材中共得到32位点,1条是单态的,31条是多态的,多态性位点达96.88%,遗传距离在0.1699～1.0678,平均为0.4712。结论不同产地的丹参药材间遗传分化明显,具有丰富的遗传多样性,但是遗传分化与地理关系没有表现出相关性。ISSR标记可以作为不同产地丹参药材鉴别的有效分子标记。     

基于SCoT标记的栽培栀子种质资源遗传多样性研究

目的利用SCoT标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154条谱带,其中多态性条带120条,多态性条带所占的比率(PPL)达78.14%,Nei-Li相似系数(GS)在0.655 8~0.980 5,平均值为0.784 1;聚类结果显示栀子遗传多样性丰富且亲缘关系复杂。结论研究表明SCoT标记技术可以很好地应用于栀子种质资源的遗传多样性分析,研究结果可为栀子育种、分类、保存和利用提供可靠的理论依据。     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。     

基于SCoT标记对壮药材滇桂艾纳香常混淆基原植物假东风草和东风草的鉴别研究

目的从分子水平快速、准确鉴别壮药材滇桂艾纳香的2个常混淆基原植物假东风草Blumeariparia(小花种)和东风草B. megacephala(大花种),研究假东风草(小花种)和东风草(大花种)的亲缘关系。方法采用SCoT分子标记研究,利用23条引物对30个植物样本进行扩增,NTSYS软件进行聚类分析,SPSS20.0软件进行主成分分析,并构建DNA指纹图谱,利用R语言进行Mantel test分析。结果从23条SCoT引物中筛选出多态性较好且条带清晰、重复性高的引物11条,共扩增出213条带,不同引物扩增出的多态性条带数为8～30条,平均为19.0条,多态性比率为98.12%。UPGMA聚类分析结果显示,供试品种间Dice遗传相似系数为0.373～0.849,遗传相似性(genetic similarity coefficients,GS)在0.421处可将30个样本分为3大类,其中第I类为假东风草(小花种),第II类与第III类均为东风草(大花种),主成分分析结果与聚类结果一致。SCoT引物3所构建的指纹图谱多态性好、条带清晰、种间差异明显,可用于2个品种的鉴定。Mantel test分析结果显示遗传距离与地理距离呈显著相关性(r=0.392 9,P=0.01)。结论 SCoT分子标记可以准确地区分开假东风草(小花种)和东风草(大花种)2个物种,为壮药材滇桂艾纳香的鉴别提供了新的方法。     

DNA条形码及ISSR技术对广藿香种质资源的分析

目的采用DNA条形码技术和分子标记技术研究不同产地广藿香的遗传多样性,探讨从基因水平区分不同产地广藿香的方法。方法分别采用DNA条形码技术和ISSR分子标记技术对不同产地的广藿香进行分析。DNA条形码——PCR扩增ITS2和psbA-trnH条形码序列,产物纯化后测序,采用软件CLUSTALX 1.81和MEGA 6.06对序列进行对比分析。ISSR分子标记——采用60条ISSR引物进行试验,筛选出条带清晰、多态性好的ISSR引物进行PCR、电泳及聚类分析。结果 DNA条形码技术分析结果显示不同产地广藿香差异很小;ISSR分子标记技术分析结果显示肇庆和阳春的广藿香亲缘关系较近,湛江广藿香与其他两个产地亲缘关系均较远。结论 ISSR分子标记技术可作为鉴别不同产地广藿香的依据之一。     

白芍种质资源的DNA分子标记研究

目的:采用DNA条形码技术和随机多态性(RAPD)分子标记技术对12个不同品种(系)的白芍种质资源进行遗传多样性研究。方法:采用CTAB法提取白芍叶片基因组DNA,利用ITS2引物和RAPD随机引物对样品进行PCR扩增,对于ITS2-PCR体系,测序后采用相似性搜索(BLAST法)进行鉴定分析;对于RAPD-PCR体系,根据条带数目,应用NTSYS2.10e软件采用UPGMA法进行聚类分析。结果:12个品种的ITS2序列的BLAST结果高度一致,未见碱基位点的变异。RAPD引物碱基序列共扩增出308条带,其中多态性条带有257条,多态百分率为83.4%,各品种(系)间的相似系数在0.558~0.847之间。结论:白芍的各品种间保存着丰富的遗传多样性。     

泽泻种质资源ISSR遗传多样性研究

目的建立泽泻ISSR分子标记的方法,对23份不同产地泽泻的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用ISSR分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对23份泽泻样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从100条ISSR引物中筛选出35条多态性稳定、清晰的引物,在23份泽泻样品中扩增出172个稳定的扩增点,其中122个有多态性,多态位点百分率为70.5%。Nei's基因多样性(He)为0.4196,Shannon's信息指数为0.6081。结论 23个不同产地泽泻品种间多态性较高,但没有呈现明显的地域性差异。     

不同产地玛卡遗传多样性的ISSR分析

目的:从DNA分子水平分析国内外5个不同产地玛卡的遗传多样性,探索其相互之间的亲缘关系。方法:采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对11份不同产地玛卡进行聚类分析。从20条ISSR引物中筛选出8条进行PCR扩增,扩增产物经1.5%琼脂糖凝胶电泳检测,扩增结果进行遗传参数统计分析,用NTSYS软件UPGMA法进行亲缘关系聚类分析,构建聚类图。结果:8条引物共获得51条清晰可辨条带,其中多态性条带22条,平均多态性比率为43.1%。11份玛卡的相似系数在:0.627 5~0.960 8。聚类结果显示,国产与秘鲁原产玛卡明显被分为两大类。在国产9个样品中,云南、西藏、青海聚为一支,新疆产玛卡单独聚成一支。结论:ISSR标记可以区别秘鲁原产与引种的玛卡样品,然而国产玛卡整体遗传变异小,遗传稳定性强。