应用PCR技术快速检测沙门菌

[目的]建立用于快速和特异检测沙门菌的PCR方法。[方法]将受试菌种按煮沸裂解法提取DNA,针对hns与invA基因序列合成2对PCR引物,对沙门菌标准菌株和其他菌属的菌株进行PCR检测,并用福建省2006—2007年沙门菌临床分离株137株进行验证。[结果]沙门菌标准菌株hns和invA基因均为阳性;137株沙门菌临床分离株hns和invA基因的阳性率分别为100％和99．3％,其他菌属的菌株无特异性条带。[结论]本研究建立的PCR方法可用于检测沙门菌属。     

临床常见沙门菌及其耐药性分析

[目的]了解淅东南沿海地区临床分离的常见沙门菌分布及耐药情况。[方法]采用ATB药敏反应和鉴定系统对395株甲型副伤寒沙门菌、9株伤寒沙门菌及1株猪霍乱沙门菌进行鉴定,对395株甲型副伤寒沙门菌进行药敏试验。[结果]405株沙门菌经鉴定,甲型副伤寒菌395株(97．5％)、伤寒沙门菌9株(2．2％)、猪霍乱沙门菌1株(0．25％)。其中2000年检出109株(26．9％),2001年检出38株(9．4％),2002年检出135株(33．3％),2003年检出115株(28．4％)。[结论]2000-2003年本市临床检出的沙门菌以甲型副伤寒沙门菌为主并呈散发流行。第3代头孢类抗生素仍是目前耐药性较低的药物。     

伤寒、副伤寒沙门菌耐药性以及viaB基因PCR分析

目的了解长沙地区伤寒、副伤寒沙门菌对抗生素的敏感性以及毒力基因的携带情况。方法纸片扩散法检测32株伤寒、副伤寒沙门菌对6种抗生素的敏感性;PCR扩增viaB基因片断进行检测。结果在测定的6种抗生素中,耐药性最高的为萘啶酸,耐药率达37.5%,而敏感性较高的为头孢噻肟和环丙沙星,敏感率分别为100%和93.8％。32株伤寒和副伤寒沙门菌经PCR检测后,有19株伤寒沙门菌在约469bp处,检测到阳性条带,其余1株伤寒以及12株副伤寒沙门菌未检出viaB毒力基因。结论第三代头孢和第三代的喹诺酮类抗生素仍可作为临床治疗伤寒副伤寒的首选药物,但应注意喹诺酮类药物的耐药趋势;Vi毒力基因在伤寒沙门菌中普遍存在,可广泛应用于疫苗制备和伤寒沙门菌的快速检测。     

伤寒与甲型副伤寒沙门菌基因分型与耐药性研究

目的:通过追溯菌株的流行优势型,了解菌株的耐药性,分析流行因素,为查明宁波地区伤寒、副伤寒疫情回升原因提供科学依据。方法:水产品检测采用GB、PCR和mini VIDAS联合检测方法;病人、从业人员检测采用全国临床操作规程或GB方法;菌株鉴定采用VITEK、ATP方法;药物敏感试验采用K-B纸片扩散法;基因分型采用PFGE方法。结果:从11类1500份海产品中检出6株沙门菌,检出率为0.40%,其中甲型副伤寒沙门菌2株,检出率为0.13%,肠炎等沙门菌3株,检出率为0.20%,伤寒沙门菌1株,检出率为0.07%;住院病人及暴发疫情标本中分离到沙门菌593株,其中伤寒沙门菌25株,占4.22%,乙型副伤寒沙门菌1株,占0.17%,甲型副伤寒沙门菌567株,占95.62%;食品、公共场所从业人员检出甲型副伤寒沙门菌2株;病人胆汁中分离到甲型副伤寒沙门菌1株。182株甲型副伤寒沙门菌和3株伤寒沙门菌药敏试验显示,大多数菌株对常用多种抗生素均敏感,其中1株分离于水产品伤寒沙门菌出现多重耐药。14株伤寒沙门菌可分为3个PFGE型,364株甲型副伤寒沙门菌可分为12个PFGE型。结论:宁波地区伤寒、副伤寒疫情回升与食源性有关,同源性试验提示菌株来是同一克隆系的可能性较大,优势流行型为PFGE 2型,且发现宁波地区副伤寒疫情的流行强度与此型细菌相关。检出的伤寒、副伤寒沙门菌对氧哌嗪青霉素、妥布霉素及头孢哌酮等第3代头孢菌素药物显示良好的敏感性,可作为当前预防和治疗的首选药物。伤寒出现多重耐药株,应引起我们的关注。PFGE分型有助于病原的追溯,分析菌株的变迁,为流行病学进一步分析病因提供支持,在确定传播途径等方面具有重要意义。     

引起食物中毒和传染病疫情的沙门菌群分布及耐药性分析

[目的]了解深圳龙岗地区沙门菌的流行特点和耐药情况。[方法]对从本地区2003～2007年食物中毒和伤寒,副伤寒疫情中分离的67株沙门菌进行纸片扩散法（K-B法）药敏实验。[结果]沙门菌主要流行菌群为D群,以引起食物中毒最常见,食物中毒占总暴发疫情的40.30%,51.85%食物中毒由肠炎沙门菌引起;沙门菌对氟哌酸,氯霉素,氨基糖苷类及第3代头孢类抗生素完全敏感,对青霉素,苯唑西林完全耐药,头孢氨苄的耐药率高达41.79%,对氨苄西林,羧苄西林,哌拉西林,四环素和复方新诺明的耐药率达到了37.31%,37.31%,25.37%,25.37%和2.99%;非伤寒沙门菌对羧苄西林,氨苄西林,强力霉素,四环素,哌拉西林,美满霉素的耐药率显著性的高于伤寒和副伤寒沙门菌;沙门菌多重耐药率为13.00%。[结论]沙门菌引起的暴发疫情在逐年增加,其对除四环素,氨苄西林,羧苄西林,哌拉西林和复方新诺明外其他常用抗生素都敏感,非伤寒沙门菌的耐药性在显著增加。     

fliC基因在快速分型鉴定伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的应用

目的:探讨沙门菌1相鞭毛蛋白抗原fliC基因在快速分型鉴定伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的应用。方法:根据伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌1相鞭毛蛋白fliC-d和fliC-a基因以及菌体抗原rfbS基因的核酸序列,设计针对fliC-d、fliC-a及rfbS基因的3对特异性引物,采用多重PCR法进行检测。结果:实验结果显示,伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌分别在750 bp和329 bp处扩增出2条特异性目的条带,在258 bp处扩增出1条相同条带,非伤寒沙门菌株和甲型副伤寒沙门菌株均为阴性。结论:fliC基因检测可用于伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的分型鉴定,而rfbS基因则无助于分型鉴定。     

上海市鼠伤寒沙门菌流行特征及分子分型研究

[目的]研究上海市2006—2007年鼠伤寒沙门菌腹泻病例株的分子流行病学特征。[方法]追溯2002—2007年食品中分离的鼠伤寒沙门菌来源,比较鼠伤寒沙门菌食源株与腹泻株的抗生素耐药性;对全球沙门菌监测(GSS)病例和食品中分离的鼠伤寒沙门菌进行血清、耐药表型和脉冲凝胶电泳(PFGE)分子分型。[结果]经培养确认的鼠伤寒沙门菌腹泻病例数,在2006—2007年本市非伤寒沙门菌型病例构成中仅次于肠炎沙门菌,食品菌株多源于禽(64.4%)和畜肉制品(17.8%),其多重耐药菌株显著高于腹泻株(P0.05)。PFGE将7株食品株和44株腹泻株分为23种带型,优势型为1型(8株)、2型(6株)、29型(4株)、49型(8株)和6型(4株),与食源菌株完全匹配的仅有49型、6型共7个病例(15.9%,7/44)。PFGE-1型腹泻株在2006和2007年分别为2例和6例,2型分别为4例和2例。[结论]上海市鼠伤寒沙门菌腹泻病例存在高度散发和分散爆发的流行特征,没有与本地食品菌株相匹配的优势克隆型分别是PFGE 2型和1型,与市售生鲜类肉食品污染株之间的遗传同源性低。推测传染源可能由输入性传染源对食品等媒介形成二次污染所致。建议加强流行病学调查,以揭示潜在的传染源和传播途径。     

2020年昆明市儿童医院非伤寒沙门菌分子分型和β内酰胺类耐药基因特征分析

目的分析2020年昆明市腹泻患儿中分离的非伤寒沙门菌株的分子分型及耐药基因特征,为儿童非伤寒沙门菌感染防治提供参考依据。方法收集2020年1至12月昆明市儿童医院实验室确诊的41例沙门菌感染病例的相关信息,并对分离到的菌株进行血清型分型及脉冲场凝胶电泳分型分析;在此基础上对菌株进行药敏试验及B内酰胺类耐药基因高通量荧光定量PCR检测。结果 2020年昆明市儿童医院确诊的41例沙门菌感染患者主要集中在夏秋季,1岁以下儿童占到了确诊数的44%,男性患儿明显高于女性;在分离的41株沙门菌中,30株为鼠伤寒沙门菌,部分菌株分子分型相似性系数较高;分离的鼠伤寒沙门菌对部分青霉素类及氨基糖苷类抗生素耐药率达到了100%,β内酰胺类耐药基因blaTEM及blaCTX-M3/6、blaOXA1在分析的菌株中携带表达较高。结论鼠伤寒沙门菌是昆明市地区儿童非伤寒沙门菌感染的主要病原体,菌株间较高的同源性提示患者有相同暴露源的可能,携带耐药基因blaTEM及blaCTX-M3/6、blaOXA1是造成菌株多重耐药的主要原因之一。     

2008—2013年北京市17株伤寒和副伤寒沙门菌耐药和分子分型研究

目的分析2008—2013年北京市17株伤寒、副伤寒沙门菌耐药及分子分型。方法对2008-2013年通过对北京市肠道门诊监测系统分离到的17株伤寒、副伤寒沙门菌进行生化鉴定、血清分型并运用纸片法进行药敏检测;利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型。结果 17株伤寒、副伤寒沙门菌对三代头孢菌素类药物头孢他啶敏感率达100%,头孢噻肟和头孢曲松敏感率均为93.75%,对氟喹诺酮类药物环丙沙星敏感率为93.75%,萘啶酸耐药率达31.25%。其中16株伤寒、副伤寒沙门菌可分为15种PFGE带型,带型分布较分散。结论北京市伤寒、副伤寒沙门菌分离株对3代头孢类抗生素及环丙沙星敏感;PFGE分子型别较多,无聚集性。     

食物中毒肠炎沙门菌的生物学特性及分子分型研究

目的:对一起食物中毒分离的肠炎沙门菌进行生物学特性和分子分型研究。方法:菌株分离、生化鉴定和血清型确定参照GB/T4789.4-2008方法进行,用VITEK-32全自动微生物鉴定系统检测菌株药物敏感性,用实时荧光PCR法检测沙门菌invA基因,用PFGE方法进行分子分型。结果:17份样品检出10株肠炎沙门菌;经耐药性分析,菌株对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑啉、头孢他啶等15种抗生素均为100%敏感,对呋喃妥因70%耐药;invA基因阳性率为100%;经PFGE分型,10株源于食物中毒患者和涂抹物样品的肠炎沙门菌带型一致,为相同菌株。结论:invA基因可作为沙门菌病快速诊断基因;PFGE是一种非常实用的分子分型方法,能用于沙门菌食物中毒细菌同源性的分析。     

2005年河南省局部地区伤寒副伤寒沙门菌株脉冲场凝胶电泳分型研究

目的 了解河南省伤寒、副伤寒沙门菌主要流行菌型.方法 用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分型,NTSYSpc 2.1软件聚类分析.结果 来自河南省两个监测点的伤寒、副伤寒沙门菌6株分离菌,根据XbaI酶切PFGE基因指纹图谱分析,6株菌出现5个PFGE基因型别:甲、乙副伤寒沙门菌,伤寒沙门菌3个PFGE型别.结论明确了2...     

上海市沙门菌病流行特征分析

[目的]了解上海市沙门菌病发病特征、菌型分布、抗生素耐药情况及初步估计相关的疾病负担。[方法]在上海市4个区的监测点医院采集监测病例的粪便标本进行沙门菌培养，菌株的血清分型及耐药监测，并对病人开展流行病学调查及沙门菌疾病负担估算。[结果]腹泻病人沙门菌阳性率3．13％，监测病例沙门菌阳性率高于非监测病例（X^2=68．212，P〈0．001）；流行季节在7．10月份；73．47％的病例发病前一周有可疑不洁饮食史；本市主要的沙门菌血清型为肠炎、山夫登堡、鼠伤寒和阿伯丁及德比。分离到的沙门菌存在不同程度的耐一种或多种抗生素现象；估计本市每年发生沙门菌病约13561例。[结论]监测结果提示上海市沙门菌病发病水平较高，应加强监测；防制措施上应重视食品安全、健康教育。     

江苏省2012-2015年伤寒/副伤寒沙门菌耐药及分子分型研究

目的 回顾性分析2012-2015年江苏省伤寒/副伤寒沙门菌的耐药表型和分子分型特征。方法 采集江苏省伤寒/副伤寒监测病例的血液和粪便标本,分离培养伤寒/副伤寒沙门菌后进行生化鉴定和血清分型;采用Kirby-Bauer纸片法检测菌株对抗菌药物的敏感性;应用PFGE技术对伤寒和甲型副伤寒沙门菌进行分子分型。结果 134株伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌对萘啶酸的耐药率最高,分别为61.2%和86.7%,其余抗生素的耐药率均低于15.0%。伤寒和甲型副伤寒沙门菌中只耐1种抗生素的菌株最多,多重耐药菌在伤寒沙门菌中占2.6%,而在甲型副伤寒沙门菌中占13.3%。2015年伤寒沙门菌的全敏感菌株构成比较2012年增加了44.3%,同年副伤寒沙门菌中出现了耐5种和6种抗生素的多重耐药株。甲型副伤寒沙门菌可分为8种PFGE型别,多重耐药株与其他菌株条带相似性低,不同型别与耐药谱有对应关系;伤寒沙门菌可分为68种PFGE型别,不同型别间变异度较大,与耐药谱无对应关系。结论 2012-2015年江苏省伤寒/副伤寒沙门菌对抗生素的耐药性总体随时间降低,耐药种类数有所增加。伤寒沙门菌株PFGE带型呈现多样性,无耐药谱对应性;而甲型副伤寒菌株PFGE带型较少,有耐药谱对应性。需要加强重点地区重点型别菌株的监测。     

2004～2010年福建省伤寒、副伤寒流行特征分析

[目的]了解福建省伤寒、副伤寒(伤寒)发病规律,掌握流行趋势,为制订伤寒的防治对策提供科学依据。[方法]对2004～2010年福建省伤寒疫情资料进行分析。[结果]2004～2010年福建省累计报告伤寒3 341例,年均发病率为1.33/10万。伤寒发病率(/10万),2004～2010年分别为1.80、1.42、1.51、1.08、1.23、1.18、1.13(P<0.01)。2004～2010年年均发病率(/10万),最高的是宁德市(2.88)、龙岩市(2.80)、厦门市(2.77);男性为1.44,女性为1.22(P<0.01);0～4岁为2.86,5～14岁为1.25,15～34岁为1.31,35～54岁为1.17,55～74岁为1.13,≥75岁为1.19。2004～2010年的3 341例伤寒病人中,5～10月发病的占61.33%;农民占22.96%,学生占15.41%,散居儿童占10.98%。2006年厦门市城区内发生伤寒流行,1月1日至7月31日报告病例190例,分离菌株中主要为甲型副伤寒沙门菌,流行原因为养殖地贝类被污染。其他病例均为散发。2006～2010年累计从伤寒病人分离出伤寒病原菌102株,其中伤寒沙门菌占30.39%,甲型副伤寒沙门菌占53.92%,乙型副伤寒沙门菌占13.73%,丙型副伤寒沙门菌占1.96%。[结论]2004～2010年福建省伤寒发病率维持在较低水平,5岁以下儿童和青壮年为发病的重点人群。     

2008年-2010年上海市部分伤寒副伤寒沙门菌耐药分析及分子分型

目的:了解上海市2008年-2010年伤寒、副伤寒沙门菌的耐药及分子分型特点,初步掌握伤寒、副伤寒沙门菌的分子流行特点,为今后的防制工作提供科学依据。方法:采用WHO推荐的改良K-B纸片法,对18株伤寒、副伤寒沙门菌进行13种抗生素敏感性试验;运用脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)方法对18株伤寒、副伤寒沙门菌进行分子分型及聚类分析。结果:18株伤寒副伤寒沙门菌对利福平100%耐药,对奈啶酸的耐药率为44.4%,其中伤寒沙门菌对奈啶酸的耐药率为37.5%,5株甲型副伤寒沙门菌对奈啶酸100%耐药,乙型副伤寒对奈啶酸无耐药株。所有菌株对其他11种抗生素均敏感;18株伤寒、副伤寒沙门菌共产生16种PGFE带型,有3株甲型副伤寒沙门菌表现为同一PFGE型别。结论:2008年-2010年伤寒、副伤寒沙门菌对抗生素的敏感性较高;甲型副伤寒沙门菌之间有较高的同源性,伤寒沙门菌的PFGE带型比较分散。     

沙门菌属对常用抗菌药物敏感性的变化

目的比较近年来伤寒及甲型副伤寒沙门菌属药物敏感性的变化趋势。方法本研究中自2001-2004年分离的沙门菌属菌株42株,其中伤寒沙门菌属22株,甲型副伤寒沙门菌属20株,集中作菌株的鉴定及抗菌药物敏感性的检测。结果药敏结果显示分离的沙门菌属菌株90.0%对氯霉素敏感,对环丙沙星及左氧氟沙星的敏感率分别为88.2%及96.8%,对酶抑制剂复合制剂呈94.7%~100.0%敏感;伤寒沙门菌属对头孢菌素的敏感性自2001-2004年呈上升趋势,而甲型副伤寒沙门菌属则呈下降趋势。结论根据沙门菌属对抗菌药物敏感率的变化,如对环丙沙星敏感率的下降及对氯霉素敏感性的恢复,对于伤寒、副伤寒的经验抗菌治疗方案需要进一步调整。     

玉溪红塔区212株甲型副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)结果分析

[目的]了解玉溪红塔区甲型副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)基因型和流行优势型,为探讨传播途径、追踪传染源和确定流行范围等提供依据。[方法]利用XbaⅠ酶切染色体DNA进行PFGE分析。[结果]212株甲型副伤寒沙门菌共分为13种PFGE型,其中0002型123株,占58.02%,0003型46株,占21.7%,0001型32株,占15.1%,0007型2株,占0.94%,其余9个型各1株,分别占0.47%。其中优势型为0002型、0003型和0001型,这3种带型的菌株占到分离菌株的94.8%,并在不同月份和绝大部分乡镇中出现。菌株的带型变化在l～3条范围内,表明红塔区甲型副伤寒沙门菌变异不大,有可能是同一克隆系的甲型副伤寒沙门菌。[结论]红塔区甲型副伤寒沙门菌分离株PFGE型别集中,存在同型菌株的广泛流行。另外10种菌型少见,可能与红塔区甲型副伤寒高度散发有关。     

贵州省伤寒副伤寒高发地区综合防治

目的对伤寒副伤寒高发区开展综合防治,以摸索贫困地区伤寒副伤寒防制经验,为开展大规模的防治工作提供科学依据。方法通过建立发热患者监测,以及时发现患者,在干预区实施对传染病规范管理,对重点水源消毒管理,开展健康教育等措施,以降低伤寒副伤寒发病率。结果主动搜索疑似伤寒副伤寒发现率0.08%,主动发热就诊病例监测,疑似伤寒副伤寒病例发现率0.33%;对3 664例发热就诊病例采血319例作伤寒沙门菌培养,检出伤寒沙门菌12株,伤寒副伤寒阳性率3.76%。干预区伤寒副伤寒发病率比对照区下降60.06%%,比干预前发病率下降71.2%。结论开展就诊发热病例监测,及时采血培养,是早期发现伤寒副伤寒传染源的关键,采取规范治疗传染源,切断传播途径,保护易感人群综合性防治措施控制疫情。     

多重实时PCR检测沙门菌、志贺菌和致泻性大肠埃希菌

目的 建立多重实时荧光PCR检测沙门菌侵袭蛋白A基因（invA）、肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）不耐热肠毒素基因（elt）、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌侵袭力基因（ipaH）的方法。方法 优化多重实时荧光PCR的反应条件,检测系列10倍稀释的阳性菌DNA提取物。90份腹泻患者粪便样品经缓冲蛋白胨水（buffered peptone water,BP）增菌6h后进行多重实时荧光PCR检测,并对阳性标本进行菌株分离和鉴定。结果 多重实时PCR方法最低可以检测到10CFU／μl的福氏2aF301株、10。CFU／μl的鼠伤寒沙门菌和ETEC44815株。检测腹泻患者粪便样品,elt基因阳性率为14．4％（13／90）,ipaH基因阳性率为5．6％（5／90）;并从阳性样品中分离到3株elt基因阳性大肠埃希菌和4株ipaH基因阳性大肠埃希菌。整个检测过程可在10h内完成,其中包括BP增菌6h。结论 建立了同时检测invA、elt、ipaH毒力基因的多重实时荧光PCR方法,具有高度的特异性,可用于沙门菌、肠产毒性大肠埃希菌、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌菌株的毒力基因鉴定及临床腹泻粪便标本的快速筛检。     

河南省2009-2011年伤寒副伤寒沙门菌分子分型与耐药研究

目的 分析2009-2011年河南省伤寒副伤寒沙门菌临床分离株耐药状况与PFGE分型特征。方法 根据PulseNet公布的伤寒副伤寒沙门菌PFGE分型操作规程与美国临床实验室标准协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案,对2009-2011年分离自河南省监测哨点医院78株伤寒副伤寒沙门菌进行抗生素药敏测试与PFGE分子分型。结果 78株伤寒副伤寒沙门菌对8类13种抗生素均有不同程度的耐药,62株为多重耐药菌株(79.5%),其中耐2～3种4株(5.1%),耐5～8种41株(52.6%),耐9～10种14株(17.9%),耐11～12种3株(3.8%);菌株对头孢类、喹诺酮类等5类抗生素耐药率总体呈上升趋势。经XbaⅠ酶切与PFGE后,获得14种带型,每种带型包含菌株数1～47株不等,相似度为66.03%～100.00%。结论 2000-2011年河南省临床分离的伤寒副伤寒沙门菌耐药状况普遍比较严重,PFGE带型呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性和聚集性。