基于UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS技术和网络药理学探讨蒲公英改善高脂血症的活性成分及其作用机制

目的 基于超高效液相色谱-线性离子阱串联静电场轨道高分辨质谱（UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS）技术、网络药理学和分子对接探究蒲公英改善高脂血症的有效成分及其作用机制。方法 根据质谱信息结合对照品裂解规律并参考文献指认蒲公英中化学成分；利用STITCH、SwissTargetPredection、TCMSP数据库构建蒲公英的潜在药效成分靶点数据库，通过GeneCards、DrugBank、OMIM、TherapeuticTargetDatabase、PharmGKB获取血脂异常潜在靶点；使用STRING数据库构建关键靶点蛋白相互作用（PPI）网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析；借助Cytoscape软件构建"活性成分-靶点-通路"网络；采用分子对接技术进行虚拟验证。结果 从蒲公英中共鉴别出126个化合物，包括黄酮类58个，有机酸类29个，萜类23个，苯丙素8个，核苷类3个和其他类5个。网络药理学研究表明，蒲公英可能通过槲皮素、异鼠李素、香叶木素、白杨素、芹菜素等成分作用于碳酸酐酶2（CA2）、碳酸酐酶7（CA7）、醛糖还原酶（AKR1B1）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）、蛋白激酶1（Akt1）等核心靶点，来调节脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、流体剪切应力和动脉粥样硬化和晚期糖基化终末产物（AGE）/AGEs受体（RAGE）等信号通路，从而发挥调血脂作用；分子对接验证结果表明，蒲公英改善高脂血症有效成分与疾病靶点蛋白具有较强的结合活性。结论 蒲公英可能通过调控脂质代谢、炎症反应、内质网应激、氧化应激和免疫调节等多方面发挥改善高脂血症的作用。     

基于网络药理学与分子对接的加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎恢复期肺脾气虚证的机制研究

目的 探讨加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期肺脾气虚证的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选中药活性成分和靶点，利用Gendcars、OMIM数据库筛选疾病靶点，STRING平台对靶点进行PPI网络构建，并进行GO和KEGG分析，利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图，然后通过拓扑学参数分析获得加减香砂六君子汤主要活性成分和靶点，最后将主要活性成分与靶点进行分子对接验证。结果 得到槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素等115个活性成分，PTGS2、NOS2、PPARG、PTGS1、MAPK14等48个靶点，主要涉及IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等155条通路。分子对接显示，槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素与3CL水解酶、ACE2、PTGS2具有较好的结合活性，与第七版推荐抗病毒药物结合能相近。结论 加减香砂六君子汤活性成分可通过与3CL水解酶、ACE2、PTGS2结合，调控IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等信号通路来抑制炎症反应，调节机体免疫，减轻肺损伤，促进细胞生长分化和肺血管生成，从而改善患者症状，促进恢复期患者康复，提高机体免疫力，降低疾病复发或再感染的风险。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

基于网络药理学探讨麻黄治疗心力衰竭的作用机制

目的 基于网络药理学探讨麻黄治疗心力衰竭的作用靶点及通路。方法 在TCMSP数据库中筛选麻黄有效成分及作用靶点,通过Uniprot数据库对靶点进行标准化处理。通过GeneCards、OMIM、TTD、Drugbank数据库筛选心力衰竭疾病相关靶点,将药物的作用靶点与疾病靶点进行交集,获得药物-疾病共同靶点,利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析（PPI）,并通过Cytoscape3.8.0软件进行拓扑学分析。最后运用Metascape数据平台、David数据库对共同靶点进行GO及KEGG富集分析得出有关信号通路及生物进程。结果 筛选得到麻黄有效成分23个,用来治疗心力衰竭潜在有效成分为木犀草素、槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇、（+）-儿茶素、草质素、柚皮素、飞燕草素、芫花素和乳白蛋白,槲皮素和山柰酚为重要化学成分。麻黄有效成分与心力衰竭共同核心靶点116个,通过PPI拓扑筛选及网络拓扑学分析显示TNF、MAPK1、TP53、IL-6、MAPK3、RELA等16个靶点为主要作用靶点,AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK、PI3K-Akt、TNF、IL-17、HIF-1以及细胞凋亡通路等为主要信号通路。结论 麻黄治疗心力衰竭是通过多靶点、多通路的作用,主要体现在调节免疫及炎症因子、抗氧化应激、调控细胞凋亡。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肺解毒汤治疗肺纤维化的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术挖掘清肺解毒汤（QFJDT）治疗肺纤维化（PF）的作用机制。方法：通过TCMSP 数据库,获取QFJDT的配方活性成分,利用Swiss Target Prediction数据平台对靶标进行预测。使用 GeneCards数据库收集PF相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。进而使用Cytoscape3.6.1绘制“药物-成分-基因-疾病”网络图、构建蛋白互作网络（PPI）,并筛选出核心靶标。最后对潜在作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,建立成分-靶点-通路网络,并对关键靶点进行核心化合物分子对接。结果：从TCMSP 中获取QFJDT有效活性成分280个,靶点4571个;从GeneCards数据库获取PF相关基因5149个;通过构建“药物-成分-基因-疾病”网络获得QFJDT治疗PF的关键靶点224个;通过GO富集分析发现QFJDT治疗PF与3340个生物过程有关,包括抗氧化反应、对活性氧的反应等。KEGG 富集涉及164条信号通路,表明QFJDT主要通过糖尿病并发症中的AGEs-RAGE信号通路等发挥治疗PF的作用,最后以花生四烯酸5-脂氧合酶靶蛋白与QFJDT中15 个主要活性成分进行分子对接,发现橘皮素、香豆酚C、山奈酚等多个成分均表现出较好的亲和力,表明其与PF已知靶标有直接作用关系。结论：QFJDT包含多个与PF有抑制作用的药效成分,可通过多成分多靶标协同起效的作用机制发挥药效,本文可进一步为研究QFJDT治疗PF的药效物质基础及作用靶点提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点;运用Cytoscape 3.7.1软件构建苍耳子散-活性成分-靶点网络,并筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的核心成分;将苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点导入STRING平台,通过通过Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心靶点。使用DAVID数据库对苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。结果 共收集苍耳子散的活性成分62个,苍耳子散与过敏性鼻炎的共同靶点214个,其中丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等可能为治疗过敏性鼻炎的关键靶点。通过GO富集分析得到苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用基因靶点参与622个生物学过程、62个细胞成分、152个分子功能;KEGG分析得到162条通路,主要与免疫反应、细胞调控和受体等相关通路有关。分子对接证实核心靶点STAT3、MAPK3能自发地与关键成分芫花素、亚油酸乙酯等结合。结论 苍耳子散主要通过芫花素、亚油酸乙酯等与STAT3、MAPK3的结合来参与免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终起到治疗过敏性鼻炎的作用。     

基于网络药理学探讨川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化的作用机制

目的 采用网络药理学方法预测川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化（AS）的药理作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swisstargettion和STITCH数据库筛选川芎嗪与阿魏酸的靶标基因,利用OMIM、Genecards、Drugbank数据库查找AS的相关靶标蛋白,运用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并通过DAVID数据库对核心靶点基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后使用Autoduck分子对接软件对网络药理学结果进行初步的验证。结果 最终筛选出川芎嗪与阿魏酸作用于AS的靶点47个。GO分析得到生物过程（BP）条目170个,细胞组分（CC）条目29个,分子功能（MF）条目47个。KEGG富集分析结果显示有50条通路与AS相关,主要包括低氧诱导因子信号通路、花生四烯酸新陈代谢、脂肪细胞因子信号通路等。VEGFA、TNF、PTGS2、EGFR、MAPK8、TLR4编码的蛋白作为靶点分别与川芎嗪和阿魏酸进行对接,对接结果良好。结论 川芎嗪和阿魏酸主要通过多靶点协作调控多种信号通路共同参与到抑制炎症反应的过程,从而达到治疗AS的目的。     

基于网络药理学和分子对接的四妙凉血颗粒质量控制研究

目的： 通过网络药理学和分子对接筛选四妙凉血颗粒(SMLXC)对急性痛风性关节炎(AGA) 的潜在有效成分,并测定SMLXC中3个成分的含量方法： 通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库,获取 SMLXC中药材的活性成分,同时检索TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH数据库进行靶点预测。 使用OMIM、GeneCards数据库查找AGA疾病靶点,通过Venny 2.1软件筛选成分靶点和疾病靶点的交集作为SMLXC治疗AGA的作用靶点。通过David数据库进行GO和KEGG富集分析。通过靶点网络分析,寻找相关通路的关键靶点。使用Discovery Studio进行分子对接,筛选抗炎核心成分,通过高效液相色谱法测定其中3个成分的含量结果： 筛选出与SMLXC相关的活性化合物102个,药物相关靶点239个;SMLXC 与AGA的共同靶点30个;GO富集分析显示,SMLXC治疗痛风主要与细胞因子的活性调控、炎症反应等 109条生物过程有关;KEGG富集分析显示,SMLXC可能通过TNF、NLRs和TLR等信号通路治疗痛风; 可视化分析显示,PTGS2、MAPK14、MAPK1、IL-6等12个靶点可能是SMLXC治疗AGA的关键靶点;分子对接结果显示,小檗碱、落新妇苷等5个化合物与PTGS2有良好的对接活性。含量测定实验结果表明, SMLXC中含量测定结果由高到低依次为小檗碱(2.0008 mg·g^-1)、落新妇苷(1.6583 mg·g^-1)、山奈酚(1.5428 mg·g^-1)结论： SMLXC通过干预炎症、细胞因子的活性调控等相关通路达到治疗AGA的作用,建立的SMLXC的含量测定方法准确、稳定,为控制SMLXC的质量提供实验依据。     

基于网络药理学和分子对接法探讨槲皮素治疗2型糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨槲皮素治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。方法 通过TCMSP和PharmMapper数据库查询槲皮素的作用靶点，Genecards和CTD数据库收集T2DM的相关靶点，求出槲皮素-T2DM交集靶点并利用STRING和DAVID数据库对交集靶点进行通路分析，使用Cytoscape 3.6.1软件进行"靶点-通路"网络的构建，利用Auto Dock Vina进行分子对接预测槲皮素对T2DM作用靶点的结合能。结果 筛选出槲皮素的潜在靶点312个，与T2DM相关的靶点121个，核心靶点6个：NOS3、CYP1B1、NOS2、TGFB1、TTR和CDKN1A。KEGG信号通路30条，涉及toll样受体信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路等。分子对接结果显示，槲皮素与6个核心基因的分子对接亲和力均远小于-20 kJ/mol，结合活性较好。结论 槲皮素治疗T2DM具有多靶点、多通路的作用特点，可能是通过作用于NOS3、CYP1B1、NOS2等核心基因调控toll样受体信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路等发挥作用。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学探讨人参调控铁死亡抗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨人参抗阿尔茨海默病的可能靶标及作用机制.方法 利用TCMSP数据库获取人参活性成分及其所对应的靶标.通过GeneCards数据库获取阿尔茨海默病的治疗靶标.利用Venn在线工具获得人参活性成分和阿尔茨海默病的共同作用靶点.运用Cytoscape软件构建人参、活性成分、靶标间相互作用网络关系图...     

基于网络药理学探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制

目的 通过网络药理学方法筛选金银花-连翘药对中活性成分和IgA肾病靶点,探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制.方法 采用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索金银花、连翘中活性成分及其作用靶点.通过OMIM、NCBI、GeneCards数据库获取IgA肾病相关基因靶点.利用Venny 2.1软件得到中药活性成分...     

基于网络药理学探究黄芪辅助治疗肺结核的作用机制

目的 通过网络药理学方法探究黄芪治疗肺结核的作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选黄芪的活性成分及其作用靶点;借助GeneCard数据库筛选肺结核疾病靶点,并获得交集靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;将交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto ...     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。     

基于网络药理学和分子对接的黄蜀葵花干预糖尿病肾病的作用机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究黄蜀葵花干预糖尿病肾病的多成分、多靶点、多通路作用机制,旨在为其基础研究及临床应用提供依据.方法 通过ETCM、HERB数据库结合文献报道,筛选黄蜀葵花活性成分,并通过PharmMapper数据库预测其潜在靶点,建立靶点数据库.通过Genecards、OMIM、Drugbank、...     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析探讨化橘红防治动脉型肺动脉高压的分子作用机制

目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作（PPI）网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

基于网络药理学的不同方法炮制的何首乌肝毒性机制探讨及实验验证

目的 基于网络药理学及实验验证探讨制首乌肝毒性的机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP v2.0）收集制首乌的活性成分和作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库获取肝损伤相关的靶点。用Venny图筛选获得两者的共同靶标后,利用STRING数据库进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络,并且利用R语言进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。利用体内实验进一步验证何首乌不同炮制品的肝毒性。结果 分别获取制首乌活性成分30个,肝毒性相关靶点527个,制首乌活性成分与肝损伤的共同靶点48个,包括JUN、MAPK1、CYP3A4等。KEGG通路分析筛选了135条相关信号通路,显示非酒精性脂肪肝通路和TNF信号通路等可能在制首乌肝毒性中起关键作用。体内实验表明,炮制后的何首乌肝毒性有效减轻,以九蒸九晒法效果最好。结论 制首乌肝毒性具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,九蒸九晒法制首乌引起肝毒性的程度最轻。