表浅性与浸润性膀胱癌基因表达谱的比较

目的比较人表浅性与浸润性膀胱癌基因表达谱的差异。方法应用基因芯片技术对表浅性膀胱癌和浸润性膀胱癌的RNA进行检测分析。得到芯片灰度扫描图,通过图像处理软件GenePix Pro 3．0对图像进行分析,得到表达差异基因的相应数据,根据差异基因的类型及膀胱癌的特点分析数据。结果按显著差异基因标准,从13939条基因中筛选出显著差异表达基因：表浅组714条,其中480条下调,234条上调;浸润组470条,其中302条下调,168条上调。在显著差异基因中,下调基因的数量比上调基因多近1倍,免疫相关基因在浸润性膀胱癌中下调最明显。结论浸润性和表浅性膀胱癌的基因表达谱具有许多共同特点,但表浅性膀胱癌的差异表达基因较浸润性膀胱癌更多。免疫相关基因在浸润性膀胱癌中缺失较表浅性膀胱癌严重。     

EBVaGC肿瘤差异表达的基因表达谱芯片筛选

目的应用全基因组表达谱芯片技术,分析EB病毒(EBV)阳性胃癌细胞系与EBV阴性胃癌细胞系基因表达谱差异,筛选EBV相关胃癌(EBVaGC)相关基因。方法采用TRIzol一步法提取3种EBV阳性胃癌细胞系(GT38、PT、SNU-719)和3种EBV阴性胃癌细胞系(SGC7901、HGC-27、MKN-45)总RNA并纯化,逆转录合成cDNA,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的cRNA,与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据扣除本底和归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选差异表达的基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能。将处理前后差异表达倍数>2.0或<0.5,且在不同样本间的具有统计学差异的基因判断为差异表达基因。选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果聚类热图及矩阵图分析显示,EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间表达谱存在明显差异。EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间有322条基因的表达有明显差异,其中与肿瘤相关的基因涉及转录翻译、信号转导、黏附、细胞增殖和凋亡以及免疫应答等多种生物学过程。选取6条差异基因进行验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论 EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系基因表达存在明显差异,提示EBV感染可影响胃癌细胞相关基因的表达,分析这些差异表达基因有助于阐明EBV感染在EBVaGC发生发展中的作用机制,为进一步筛选EBVaGC特异性肿瘤标记物以及进行生物治疗提供理论依据。     

基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的：探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理变化中的应用价值。方法：应用含有４０９６条人类全长基因的ｃＮＤＡ表达谱芯片,对３例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。结果：在３例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因３９８条,其中新基因２８９条,老基因１０９条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因３７条,其中在胰腺癌组织中上调基因２０条,下调基因１７条。结     

Hedgehog及Wnt信号通路交互作用与宫颈癌发生的关系

目的探讨宫颈癌发生的可能机制。方法对2例宫颈癌、2例癌旁组织及1例正常宫颈组织进行人全基因组芯片检测,使用RT-PCR方法验证芯片结果,并分析其中主要的信号传导通路及关键基因、转录因子。结果通过对芯片差异基因筛选及信号通路分析,发现FORKHEAD转录因子家族为差异基因重要调控因子。癌旁组织与正常组织比较中Hedgehog信号通路激活（=0.018,包含7个差异基因）;癌组织和正常组织比较Wnt信号通路出现激活（=0.032,包含7个差异基因）。宫颈癌患者Hedgehog通路中Gli-1表达下调;Wnt信号通路抑制基因SFRP-1基因表达静默,Fra-1基因表达上调。结论Wnt和Hedgehog信号通路差异性激活及两者的信号交互在宫颈癌发生过程中起着重要作用。     

基因芯片技术筛选结直肠癌腹膜转移相关基因

摘要：目的筛选和鉴定结直肠癌腹膜种植转移相关基因。方法收集手术切除3例伴有腹膜种植转移的结直肠腺癌病人原发病灶
和正常黏膜的新鲜组织标本,提取总RNA,经逆转录合成cDNA后经体外扩增合成aRNA,Cy3荧光分子标记后和人类全基因组
表达谱芯片杂交,采用经验贝叶斯方法（P≤0.05）筛选出差异表达基因,并用RT-PCR实验对部分差异表达基因进行验证。结果
满足（P≤0.05）的基因共有105个。其中和正常组织相比,在肿瘤组织表达上调的基因有42个,表达下调的基因有63个。通过生
物信息学分析,在表达上调基因中选择3条（S100P;PRDX1;SLPI）基因进RT-PCR行验证,结果与芯片结果完全相符。结论基
因芯片技术通过筛选结直肠癌腹膜转移过程中发挥关键作用的基因,为寻找结直肠癌腹膜转移的分子标志物提供依据和参考。
     

子宫内膜样腺癌不同激素受体差异基因表达谱分析

目的：探讨子宫内膜样腺癌（内膜癌）雌、孕激素受体不同表达状态的基因表达谱的差异。方法：采用14785条人cDNA表达谱芯片,筛选雌、孕激素受体均阳性,雌、孕激素受体均阴性,雌激素受体阳性、孕激素受体阴性子宫内膜癌的特异性差异基因表达谱。结果：雌、孕激素受体阳性内膜癌差异表达基因571条,其中上调399条、下调172条;雌、孕激素受体阴性内膜癌差异表达基因645条,上调443条、下调202条;雌激素受体阳性、孕激素受体阴性内膜癌则为1125条,上调608条、下调517条。结论：不同激素受体状态有不同的基因表达谱特征,各型受体特异性表达基因可望成为高效的治疗靶点。     

膀胱癌表达谱的全基因组芯片检测及易感标志基因的筛选研究

目的 采用70mer全基因组寡核苷酸基因芯片研究膀胱癌基因表达谱,获得差异基因并筛选出膀胱癌特异的肿瘤易感标志基因.方法 取正常膀胱移行上皮、肌层浸润性(T2以上)膀胱癌组织各10例,抽提mRNA逆转录成cDNA后,再反转录成cRNA并标记后,与70 mer oligo全基因组基因芯片杂交,洗脱,扫描及数据分析,采用Cluster及Trecvicw等统计分析软件比较正常膀胱移行上皮与膀胱癌组织基因表达谱差异,获得差异基因及其表达差异水平.进一步采用Panther数据库检索差异基因在各信号通路中的存在情况,初步阐述浸润性膀胱癌发生的可能的分子机制,筇选出膀胱癌特异的肿瘤标志基因.结果 在19 568个探针的全基因组芯片上,发现膀胱癌基因表达谱共同差异表达基因152个,其中表达上调的基因70个(膀胱癌中上调10倍以上的29个),与肿瘤发生明确相关的基因23个;下调基因81个(膀胱癌中下调10倍以上的16个),与肿瘤发生明确相关的基因17个;通过Panther数据库检索,发现上调基因涉及32条信号通路,下调基因涉及38条信号通路,其中部分信号通路已被证实与肿瘤发生密切相关.结论 采用70met oligo全基因组基因芯片分析膀胱癌基因表达谱,获得的差异表达基因及膀胱癌标志基因,对膀胱癌发生机理阐明、早期诊断以及人群基因易感性预测的前瞻性研究具有重要意义.     

基因芯片技术筛选和鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因

目的筛选CD133+CD200+大肠癌细胞并鉴定其相关基因的表达。方法流式细胞术分选CD133+CD200+和CD133-CD200-
大肠癌细胞,应用Affymetrix 人类全基因组表达谱芯片检测这两群细胞的基因表达谱,初步筛选CD133 +CD200 +与
CD133-CD200-大肠癌细胞之间的差异表达基因,进而寻找与大肠癌干细胞特异性相关的主效基因,最后利用qRT-PCR实验对
部分差异表达基因进行验证,以确定芯片检测结果的可靠性。结果芯片结果显示差异在3倍以上的基因共655个,CD200+细胞
表达上调的基因290 个,表达下调的基因共365 个,通过生物信息学分析和GENEMANIA共表达构建,筛选出3 条（MDM2;
PRKACG;CACNA1G）有特异相关的差异基因进行qRT-PCR验证,结果与芯片结果完全相符。结论基因芯片技术通过筛选和
鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因,建立了特异性大肠癌干细胞基因表达谱,为大肠癌基因靶向治疗及进一步研究提
供依据。
     

人工寒潮对RHR外周血白细胞基因表达谱的影响

目的本实验利用基因芯片技术检测人工寒潮对于肾血管性高血压大鼠（RHR）外周血白细胞的基因表达谱变化的影响。方法复制RHR经历ACE处理前后尾静脉取血提取白细胞总RNA,经过荧光标记后与5705条基因的oligoDNA芯片杂交、扫描,ACE处理前后样本对照,数据分析筛选出差异表达的基因。结果本实验RHR外周血白细胞基因在5705条基因中共表达4165条。达到显著差异标准表达（ratio≤0．5或者／〉2）的基因共61条（P〈0．01）,其中上调18,下调43个。其中转运、转录调控,细胞运动和凋亡相关基因组下调;细胞免疫相关的基因有所上调;运输,信号,代谢。发育和分化组有双向改变。结论利用eDNA芯片技术我们初步发现人工寒潮对于RHR外周血白细胞基因表达有一定影响,可能通过抑制蛋白降解、跨膜转运和免疫反应而减弱应激和炎症反应的能力使机体易于感染,以及通过抑制RHR大鼠血管内膜新生和凝血功能而与卒中前状态相关。     

E2F-1过表达对胃癌细胞中癌基因和抑癌基因表达的影响

目的：了解E2F-1过表达对胃癌细胞中癌基因和抑癌基因表达的影响,探讨E2F—1影响胃癌细胞侵袭能力的作用机制。方法：从胃癌细胞MGC-803和MGC803／E2F-1中提取总RNA,纯化mRNA,逆转录将Cy3和Cy5两种荧光素标记到两组逆转录合成的第一链cDNA。与22K人类基因组寡核苷酸芯片进行杂交,采用LuxScan 10K／A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,应用LuxScan3．0图像分析软件对图像处理分析,筛选出差异基因。结果：在21522条基因中,MGC-803／E2F-1和MGC-803细胞差异表达的癌基因和抑癌基因有39条,其中上调基因19条（49%）,下调基因20条（51%）。结论：过表达E2F-1在胃癌细胞MGC803中影响了众多癌基因和抑癌基因的表达变化,表明胃癌侵袭能力的变化是多基因相互作用,多种信号传导途径相互影响的结果。     

基因芯片筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因

目的应用基因芯片技术筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因。方法利用代表人类全基因组的Affymetrix U133 plus 2．0基因表达谱芯片筛查淋巴转移的早期子宫颈鳞癌组织、未转移子宫颈鳞癌组织及正常子宫颈上皮之间的基因表达差异,并进行生物信息学分析。结果与未转移子宫颈鳞癌相比,淋巴转移宫颈癌2倍以上差异表达的基因322条,其中表达上调的基因182条,表达下调的基因140条;4倍以上差异基因37条,其中在淋巴转移组织中上调基因21条,下调基因16条。差异表达基因的功能分类包括：DNA依赖的转录调节基因、发育基因、免疫反应基因、蛋白质水解基因和细胞问信号传导基因等。而三组间两两比较发现,在正常子宫颈与无转移宫颈癌组织中表达无差异的基因中,发现转移组和未转移组表达水平具有2倍以上差异的基因有23条,其中在转移组中,上调基因16条,下调基因7条。与正常子宫颈相比,未转移组中表达上调的基因中有8条基因在转移组表达下调;与正常组相比。未转移组中表达下调的基因中有6条基因在转移组表达上调。在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达上调的基因中,未发现在转移组有进一步表达上调的基因;在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达下调的基因中,也未发现在转移组有进一步表达下调的基因。结论早期子宫颈鳞癌淋巴转移是复杂的多基因作用的结果。本实验初步提供了宫颈癌发生淋巴转移的总体基因表达改变图谱。     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因

目的：探讨原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因。方法：选取肝肾阴虚证与非肝肾阴虚证肝癌患者作为研究对象,以肝肾阴虚证肝癌患者为试验组,以非肝肾阴虚证肝癌患者作为对照组;选用全基因组表达谱芯片,研究肝肾阴虚证的基因表达谱,并进行差异表达基因分析,基于GeneOntology（http：／／www．geneontology．org／）和KEGG（http：／／www．genome．jp／kegg／）数据库对差异基因进行功能（geneontology,GO）和通路（pathway）注释,并选取显著性差异基因构建共表达网络图。扩大样本量,运用实时荧光定量聚合酶链反应与蛋白质印迹法分别从mRNA及蛋白层面对显著性差异基因进行验证。结果：肝肾阴虚证组和非肝肾阴虚证组间存在差异基因表达特征图谱,获得差异表达的基因共615个。GO注释后,差异基因表达具有278个显著性功能差异,主要涉及跨膜转运、细胞周期停滞、细胞转录、诱导凋亡等。Pathway标记后,上调差异基因参与显著性信号转导通路16项,下调差异基因参与显著性信号转导通路10项,包括抗原加工与递呈转导通路、代谢途径转导通路、细胞周期转导通路、蛋白质输出转导通路等。用差异基因构建共表达网络图,筛选出3个显著性差异基因（SEC62[SEC62homolog（S．cerevisiae）]、CCNBl[cyclinB1]、BIRC3[baculovirallAPrepeat-containing3]）。扩大样本量进行验证,肝肾阴虚证肝癌患者SEC62、CCNBl、BIRC3基因的mRNA（P〈0．01）和蛋白（P〈0．01）表达水平均显著低于非肝肾阴虚证肝癌患者。结论：本研究从基因组学的角度反映出肝肾阴虚证肝癌患者与非肝肾阴虚证肝癌患者之间存在着差异表达基因,进一步证实了“证”是多基因在mRNA和（或）蛋白质水平发生改变并导致人体偏离正常状态的假说。     

乙型肝炎肝硬化基因表达谱的研究

目的利用寡核苷酸芯片测定乙型肝炎肝硬化基因表达谱,筛选肝硬化差异基因。方法应用含有18 993个已知基因的A ffym etrix U133p lus2.0芯片,对从肝硬化抽提及纯化标记的mRNA进行芯片杂交,用GeneP ix 4 000A荧光激光扫描系统对芯片进行扫描,GeneP ix 3.0分析软件处理杂交信号获取结果。以Northern印迹技术检验芯片分析结果的可靠性。结果芯片分析结果具有可重复性。肝硬化差异表达基因共有118个,上调基因63个,下调基因55个。结论寡核苷酸芯片是筛选肝硬化差异表达基因的有力工具,多基因差异表达参与肝硬化发生。     

雄激素受体干预对包皮成纤维细胞Mafb基因表达的影响

目的：探讨双氢睾酮（dihydrotestosterone,DHT）与氟他胺（flutamide,Flu）对Mafb基因表达的影响。方法：利用原代培养的正常儿童包皮成纤维细胞株,分别采取不同浓度DHT与Flu干预,通过RT-PCR、免疫细胞荧光和Western blot检测Mafb的转录表达情况。结果：在DHT浓度为3.0×10-8 mol/L与3.0×10-6 mol/L干预条件下,Mafb mRNA的表达量分别为0.372±0.003、0.594±0.045,与正常组（0.444±0.007）相比,DHT 3.0×10-6 mol/L组明显上调（P=0.005）,而DHT 3.0×10-8 mol/L组上调差异不明显（P=0.145）;Flu 15 μmol/L干预条件下,Mafb mRNA的表达量为0.221±0.013,与正常组相比,表达量明显下降（P=0.000）。细胞免疫荧光分析表明,与正常对照组相比（0.027±0.006）,DHT 3.0×10-8 mol/L组（0.046±0.004）、3.0×10-6 mol/L组（0.076±0.003）Mafb表达量明显上调（P=0.010,P=0.000）,而Flu组（0.006±0.002）明显下调（P=0.009）。同样Western blot结果显示,较对照组蛋白水平（0.163±0.001）相比,DHT 3.0×10-8 mol /L组（0.146±0.001）上调无统计学差异（P=0.960）,DHT 3.0×10-6 mol/L组（0.598±0.087）Mafb表达量上调差异有统计学意义（P=0.000）,而Flu组（0.066±0.002）明显下调（P=0.040）。结论：在体外培养包皮成纤维细胞株中,Mafb基因的表达受DHT和Flu的调控。Mafb作为雄激素受体下游调控蛋白,可能是雄激素受体信号通路促进尿道发育的重要机制。     

基于GEO数据库的肥厚型心肌病差异表达基因分析

目的 基于基因表达综合（GEO）数据库，采用生物信息学方法挖掘肥厚型心肌病相关的差异表达基因（DEG），为肥厚型心肌病的临床治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选肥厚型心肌病患者和正常对照者的基因数据集芯片GSE68316和GSE148602，应用RStudio软件和GEO数据库基因表达分析工具（GEO2R），以|log2FC|≥1且P <0.05作为筛选标准，筛选数据集中的DEG。选取2个数据集中差异表达最显著的上调和下调基因各10个，分别绘制热图。通过R语言完成关键DEG的基因本体论（GO）以及京都基因和基因组数据库（KEGG）分析。结果 在GSE68316数据集中共筛选出247个DEG，包括125个表达上调的DEG和122个表达下调的DEG；在GSE148602数据集中共筛选出157个DEG，包括44个表达上调的DEG和113个表达下调的DEG。KEGG和GO分析中存在多条通路的富集。结论 通过生物信息学方法，可以有效挖掘肥厚型心肌病DEG，为后续治疗提供新策略。     

肝细胞黏附分子对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响

目的利用Affymetrix基因表达谱芯片探讨肝细胞黏附分子(hepaCAM)对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响及作用的分子机制。方法运用Affymetrix Human plus 2.0全基因组芯片检测膀胱移行癌细胞株EJ细胞腺病毒-绿色荧光蛋白-hepaCAM感染组与腺病毒-绿色荧光蛋白感染组的基因表达谱,用SAM法进行差异基因分析、DAVID软件进行基因本体论分析及wikiPathway分析,并用RT-PCR和Western blot验证芯片结果。结果 hepaCAM能引起EJ细胞系基因表达谱的广泛变化,表达差异超过2倍以上的基因共2469个,其中上调基因1602个、下调基因867个。这些差异表达的基因功能主要涉及细胞周期、细胞增殖调节等方面。用RT-PCR对差异基因DNA修复蛋白,肝脏激酶B1和细胞周期蛋白D1进行验证,结果与基因芯片相符;进一步在3细胞株中用Western blot佐证DNA修复蛋白、肝脏激酶B1变化与芯片结果一致。结论 hepaCAM能够诱导EJ细胞基因表达谱的广泛变化,在基因水平通过多条通路作用于膀胱癌细胞。     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

慢性萎缩性鼻炎鼻黏膜差异表达基因初步分析

目的 筛选慢性萎缩性鼻炎相关基因.方法 3例慢性萎缩性鼻炎患者鼻黏膜组织为实验组,5例正常黏膜组织为对照组,分别提取总RNA,与矩阵排列了4 096条基因的芯片杂交后,ScanArray4000荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,GenePix Pro 3.0图像软件处理分析.结果 筛选出差异表达基因137条.其中表达上调基因41条,下调基因96条.结论 慢性萎缩性鼻炎的发生涉及多个基因组,可能存在复杂炎症网络机制.     

FOLFOX化疗结直肠癌患者CHRDL1基因表达特征及作用机制的生物信息学分析

目的 探讨FOLFOX化疗结直肠癌（CRC）患者CHRDL1基因表达特征及作用机制。方法 利用基因表达汇编数据库下载化疗方案为FOLFOX的CRC患者的基因表达芯片数据集GSE69657，应用R软件筛选出差异基因。利用京都基因和基因组百科全书的基因集分析差异基因可能参与的信号通路，构建蛋白互作网络（PPI），分析差异基因与免疫检查点基因、免疫浸润细胞的关系。结果 分析获得以FOLFOX化疗为基础的CRC患者的差异基因86个，包括表达上调基因62个和表达下调基因24个，其中表达上调基因CHRDL1差异显著。不同肿瘤分期、肿瘤分化程度、淋巴结转移、TP53突变状态的CRC患者CHRDL1基因表达水平比较，差异均有统计学意义（均P<0.05）。CHRDL1基因可能参与的信号通路有11个，主要包括剪接体、磷酸化、切除修复、同源重组、RNA聚合酶、核苷酸切除修复、细胞周期、嘧啶代谢、DNA复制、错配修复、嘌呤代谢等。PPI显示，与CHRDL1基因存在直接互作关系的关键基因有RGMA、HFE2、NOG、BMP7、CHRD等，差异均有统计学意义（均P<0.05）。CHRDL1基因与PDC...