三叶青种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的对我国三叶青种质资源64个样本的遗传多样性进行分析。方法利用ISSR-PCR技术进行扩增,然后利用POPGENE 32软件及NTSYS软件分析三叶青种质资源64个样本的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从30条引物中筛选出10条条带清晰、重复性好的引物对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。扩增出了83个多态位点,多态百分数为71.43%～100.00%,平均多态百分数为94.31%,引物S17扩增得到的多态位点最多,为11个;引物P6扩增得到的多态位点最少,为5个,10条引物扩增得到的多态位点平均为8.3个;遗传多样性分析显示,平均检测等位基因数(N_a)为1.943 1,平均有效等位基因数(N_e)为1.381 08,64个样本的平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.242 98,平均Shannon多样性指数(I)为0.385 83。64个样本遗传相似系数的变异范围为0.431 8～0.988 6。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在遗传相似性系数为0.715 5处,64份供试材料可分为6组;另外,根据10个ISSR引物的扩增结果,筛选出引物ISSR 20、UBC857和S17扩增的DNA指纹图谱可用于64个三叶青样本种质的鉴定。结论我国三叶青种质资源拥有丰富的遗传多样性和基因的相对稳定性,ISSR分析可揭示我国三叶青种质资源间的亲缘关系,为评价、鉴定和新品种选育提供一定的参考依据。     

69份苦玄参种质SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术对广西苦玄参主产区69份苦玄参种质样本进行遗传多样性及亲缘关系分析,并筛选与苦玄参苷含量相关联的优良种质基因。为苦玄参种质资源评价、遗传进化分析及分子标记辅助育种等提供依据。方法:基于转录组测序技术,开发20对引物进行批量扩增。利用各标记位点的遗传多态信息,分析69份苦玄参种质的遗传多样性及亲缘关系,并通过一元线性和多元逐步回归分析,筛选与苦玄参苷含量相关联的分子标记。结果:20对SSR引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个,高于有效等位基因数(1.9692个),稀有等位基因率为38.2%,等位基因分布不均匀。等位基因多态率范围为0~59%,平均38.24%,各位点多态率差异较大。各位点多态信息含量(PIC)变化范围为0~0.6211,平均0.3780;Shannon多态性信息指数变化范围为0~1.2401,平均0.7590;Nei’s基因多样性指数(Nei)变化范围为0~0.6823,平均0.4409;以上3个指标最高的为P21,最低为P7,各位点遗传多样性存在较大差异。各位点平均观测杂合度为0.3824,低于平均期望杂合度(0.4425),表现为杂合子缺失;平均遗传分化系数Fst为0.3659;基因流Nm平均值为0.4332,种质遗传分化较大,基因流较小。一元线性回归分析和多元逐步回归分析结果表明,与苦玄参苷IA和IB相关的位点各有5个,其中仅有1个位点与2个成分的含量均相关。结论:20个SSR标记位点遗传多样性存在较大的差异,供试69份种质遗传分化大,基因流较小;从供试20个SSR标记中筛选出9个与苦玄参苷含量相关联的标记位点,试验结果可为苦玄参遗传进化分析及良种选育和繁育等提供依据。     

基于SSR分子标记的滇重楼遗传多样性研究

目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB)为100%,多态信息量(PIC)为0.745 6。在居群水平和物种水平上,观测等位基因数(N_a)分别为8.425 0和17.750 0,有效等位基因数(N_e)分别为4.960 9和7.500 7,观测杂合度(H_o)分别为0.295 5和0.294 8,期望杂合度(H_e)分别为0.654 8和0.774 4,Shannon’s信息指数(I)分别为1.520 1和2.038 6。遗传分化系数(F_(st))为0.172 8,基因流(N_m)为1.196 6。利用UPGMA聚类分析,将5个居群分为2类。结论滇重楼遗传多样性水平较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化。对保护和发展滇重楼资源提出若干措施,为滇重楼的保护和科学可持续利用提供参考。     

绞股蓝种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

目的研究绞股蓝Gynostemma pentaphyllun种质资源的遗传多样性及亲缘关系。方法采用ISSR分子标记技术对来自全国12个省市不同生态环境的48份绞股蓝种质材料进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果 100条ISSR引物中共筛选出15条扩增条带清晰、稳定性好且多态性明显的引物,48份材料DNA扩增共获得214个位点,其中多态位点206个,多态性比率(PPL)96.26%,平均每条引物扩增位点为14.27个;平均观察等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon多样性信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)分别为1.962 6、1.335 8、0.221 1和0.359 8;种质材料间的遗传相似系数变幅为0.57~0.96,平均为0.72。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.71为界,48份材料聚为4大类。结论绞股蓝种质材料间的遗传多样性较高,种质间的亲缘关系与其地理分布和生态环境并不完全一致。     

基于CDDP标记的重楼属种质资源鉴定及遗传多样性分析

目的研究重楼属植物遗传多样性,并为其种质资源的快速鉴定提供有效方法。方法采用CDDP分子标记方法对13份不同的重楼种质资源的遗传多样性进行分析,并按照CODE128条形码编码规则为重楼属植物进行编码。结果 11条引物共扩增了80个条带,其中多态性条带73个,多态性比率91.25%,等位基因数(Na)为1.912 5,有效等位基因数(Ne)为1.589 6,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.342 3,Shannon信息指数(I)为0.507 0。UPGMA聚类分析表明,重楼属植物遗传多样性丰富。在CDDP分子标记的基础上依据CODE128条形码编码规则为重楼属植物构建了条形码分子身份证。结论重楼属资源遗传多样性丰富,CDDP分子标记可用于重楼属种质资源的鉴定及遗传多样性分析,且构建的条形码分子身份证检测灵敏、快捷,可用于相关科研工作和工业生产中重楼属植物的鉴定。     

SSR标记甘肃栽培党参种质资源的遗传多样性分析

目的:研究甘肃栽培党参的亲缘关系、居群结构及遗传多样性分析。方法:采用SSR分子标记技术对供试材料进行标记,利用POPGEN和NTSYS软件对数据进行整理分析。结果:筛选出16对引物,共扩增出125个条带,多态性条带120个,多态位点百分率(PPB)为96%。平均等位基因数(Na)1.9524,平均有效等位基因数(Ne)1.5078,平均Nei's基因多样性(H)0.3061,平均多态性信息含量(PIC)0.3378,平均Shannon's信息指数(I)0.4658。6个党参居群的总遗传多样度(Ht)为0.3118,居群内遗传多样度(Hs)为0.2655,居群间遗传分化系数(G_(st))为0.1484,基因流(N_m)为2.8685。结论:甘肃党参种质资源具有丰富的遗传多样性,遗传基础较窄,遗传变异主要存在于居群内部。     

基于SSR标记的党参属部分药用植物的遗传多样性和遗传结构评价

目的:采用简单重复序列(SSR)标记技术对来自中国6个省市的党参属4种药用植物进行分析,为党参核心种质资源构建和分子标记辅助育种积累资料。方法:利用10对SSR分子标记引物对党参的遗传多样性和分化程度进行分析,并对党参属的3种药用植物(党参、素花党参、川党参)居群进行聚类分析和遗传结构评价。结果:党参10对SSR引物各位点平均等位基因数(Na)和多态性位点百分率(PPL)分别为4. 1和100%;观察杂合度(Ho),期望杂合度(He),平均杂合度(Ha),Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0. 431 9,0. 486 2,0. 410 3,0. 853 7。党参居群水平上的Na,I,He和Ho分别为1. 9~3. 2,0. 44~0. 90,0. 28~0. 57和0. 27~0. 61;其中甘肃陇西德兴家种居群遗传多样性最丰富。遗传相似度的聚类分析将供试党参、素花党参、川党参和秦岭党参共38个居群划分为3类,秦岭党参居群单独为一类(类群Ⅰ),川党参居群和素花党参居群为第二类(类群Ⅱ),党参居群为第三类(类群Ⅲ)。党参、素花党参、川党参的遗传结构分析分为2个基因池,过渡类型少。结论:党参具有丰富的遗传多样性,这一特性与其迁地引种的历史以及自身生物学特性相关;党参居群间存在较高程度的遗传分化,这可能源于自然地理隔离以及近期人类活动引起的生态环境片段化。本文为党参遗传多样性、遗传结构和资源保护等方面的研究提供了理论依据。     

黄精属6种植物的SSR遗传差异分析

黄精属Polygonatum为百合科Liliaceae多年生草本植物,在食品、医药等领域具有广阔的应用前景。该研究通过简单重复序列分子标记(simple sequence repeat,SSR)分析探讨了黄精属6种植物的遗传差异性和群体结构。从我国14个省38个县市共收集60份材料黄精属种质资源,利用49对SSR引物进行遗传差异性和群体结构的分析,结果显示:49对SSR引物共检测到211个等位基因,平均每个标记扩增得到4.306 1个等位基因,变化范围为2~10个;多态性信息含量的变异范围0.031 7~0.731 8,平均为0.309 6;聚类结果分析显示,60份黄精属种质材料在遗传距离阈值为0.26时可聚为4大类,其中大部分具有亲缘关系的同种材料聚为一类,但有6份材料并没有和同种的其他材料聚在一起,显现出种间交叉及地理分布交叉现象。4个地区来源群体间的遗传多样性指数从大到小排列依次为西部地区华中地区华南地区华东地区。群体结构分析表明,当K为4时,60份材料可分为4个类群,且与SSR聚类分析结果有一定的相似性。以上结果表明,黄精属植物遗传多样性丰富,变异幅度大,种的界限相对模糊,互生叶系与轮生叶系的某些植物存在差异减小的现象;西部地区的遗传多样性较其他地区高,可能是我国黄精属植物的起源中心。     

赤芝全基因组SSR位点的筛选及种质资源遗传多样性分析

目的:基于赤芝全基因组序列开发SSR标记,研究其种质资源遗传多样性,为赤芝种质资源品种鉴定和分子育种提供理论基础。方法:利用60对SSR引物,对26份不同来源的赤芝菌株进行扩增以筛选出具有多态性的位点;采用毛细管电泳对其进行基因分型,并分析菌株间的遗传多样性。结果:60对引物中,筛选出24个有多态性条带的SSR位点。共扩增出269个多态性条带,平均每个SSR位点增出11.20个多态性条带;检测出150个等位基因,平均检测出6.23种基因型;各引物的多态信息含量(PIC)为0.57～0.91,平均为0.81;遗传一致性和遗传距离变异范围分别为0.28～0.95和0.06～0.73;聚类分析结果分析可以很好的反映出各个菌株间的亲缘关系,在遗传距离系数0.17处可分为4大类,部分来自同一地区的菌株材料分散于各个分支,未体现明显地域性,说明菌株的遗传背景复杂,多态性高。结论:筛选出的24个赤芝SSR位点,可以用于赤芝菌株资源遗传多样性分析,为赤芝优良品种的引种及选育提供理论基础。     

基于ISSR标记的蕲艾遗传多样性分析

目的 为鉴定蕲艾种质资源并为优质选育和推广奠定基础。方法 利用ISSR分子标记技术对48份蕲艾样品进行扩增,并用PopGen1.32和GenAlEx 6.5等软件进行遗传多样性和聚类分析。结果 通过预实验筛选的11条引物共扩增出184条条带,其中多态性条带184条,多态性条带占比100%。观测等位基因数(Na),有效等位基因(Ne)变化范围分别为1.4728～1.5924和1.2867～1.3977,Nei’s总种群遗传多样性指数(Ht)为0.3521,种群间遗传分化系数(Gst)为0.4187,基因流(Nm)为0.6940,表明蕲艾遗传多样性较高,不同类群间有一定的分化和基因交流。根据UPGAME聚类分析结果,相似性系数为0.73时,48份艾草材料可被分为五个类群,其中类群4(野艾)和类群3(赤艾)的一致度最高,遗传距离最近,而类群2(白艾)和类群1(香艾)的一致度最低且遗传距离最远。结论 ISSR分子标记技术可用于蕲艾遗传多样性和亲缘关系研究,可为蕲艾的鉴定以及资源挖掘提供基础参考。     

新疆荒地阿魏遗传多样性的ISSR分析

目的研究新疆荒地阿魏Ferula syreitschikowii种质资源的亲缘关系及遗传多样性。方法以96份新疆荒地阿魏种质资源为材料,从33条ISSR引物中筛选出条带清晰、多态性好的引物15条,进行ISSR分子标记分析。结果共扩增获得292条完整、清晰的谱带,其中多态性条带为289条,多态位点比率为99.01%,表明新疆荒地阿魏种质资源多态性较高,具有较高的遗传多样性。经相关统计软件计算结果分析,平均有效等位基因数为1.725 6,平均Nei’s基因多样性指数为0.404 8,平均Shannon’s信息指数为0.587 9,遗传相似性系数为0.500 0～0.828 7。UPGMA聚类结果显示96份材料分为2个类群13个亚类,能够将不同来源的种质资源区分开来。结论从分子水平上揭示了新疆荒地阿魏地理分布与种质资源间的亲缘关系及较高的遗传多样性,为荒地阿魏品种鉴定提供相关依据。     

川明参种质资源遗传多样性的SRAP分析

目的利用SRAP分子标记技术对川明参Chuanmingshen violaceum种质资源进行遗传多样性研究,为不同来源的川明参亲缘关系及其优良种质资源的筛选提供依据。方法采集5个不同生态区域的63份川明参种质资源,利用SRAP分子标记构建其DNA指纹图谱,从分子水平检测其遗传多样性。结果 37对SRAP引物组合共得到374条扩增条带,其中有283条呈现多态性,占75.67%。供试材料的遗传相似系数的变化范围0.726 7~0.923 9,平均值为0.815 0,整个群体的遗传相似程度差异较大。基于SRAP的聚类分析可将63份材料完全分开,并划分为7类,聚类结果与材料的地理分布有一定关系,来源于阆中和金堂的材料多样性相对较为丰富。结论川明参种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异,SRAP分子标记是评价川明参资源遗传多样性的有效方法。     

基于ISSR和SRAP分子标记的黄精种质遗传多样性研究

目的 研究黄精Polygonati Rhizoma居群遗传多样性,为黄精药材资源保护和新品种培育提供依据。方法 以4个居群22个种源47份黄精种质资源为材料,选用14条ISSR和11对SRAP分子标记进行多态性检测、遗传多样性比较和聚类分析,揭示黄精种质的遗传多样性及地理分布特征。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出186和142条清晰带数,其中多态性条带数分别为185和140,多态性比率（percentage of polymorphic bands,PPB）分别为99.46%和98.59%;遗传多样性分析显示,ISSR和SRAP标记下基因分化系数（G_st）分别为0.279 9和0.231 6,即黄精遗传变异主要发生在种群内,居群间基因流（N_m）分别为1.286 4和1.659 3,遗传相似系数在0.053 3~0.948 1和0.032 8~0.967 7。聚类结果显示,相同黄精药材基原种质聚在一起,ISSR和SRAP标记分别将黄精居群分为5和3大类群,且以ISSR标记的聚类结果更符合实际地域分布。结论 黄精种质遗传多样性丰富,ISSR和SRAP标记可适用于黄精亲缘性鉴定,研究结果可为黄精资源的保护和育种提供一定参考。     

基于SSR标记与化学成分构建十堰地区天师栗核心种质库＊

目的 利用筛选出十堰的天师栗中高多态性SSR位点评价天师栗种质资源的遗传多样性，结合有效药用成分含量，构建十堰地区天师栗核心种质库。方法 收集十堰地区114份天师栗种质资源，以七叶树基因组为参考，采用荧光毛细管电泳筛选出高多态性SSR位点，对天师栗种质资源进行遗传多样性分析。利用HPLC测定不同种质干燥娑罗子中七叶皂苷的含量。采用最小距离逐步聚类取样策略（LDSS），根据遗传多样性保留程度初步筛选出核心种质，并对该核心种质与原始种质的遗传多样性参数进行T检验，选择与原种质差异不显著的核心种质为最佳核心种质。结果 筛选出13对高多态性SSR分子标记，遗传多样性评价结果表明十堰地区天师栗种质资源遗传多样性较高，遗传分化较小，存在着较大的基因流，114份种质资源未分为不同的亚群，周家坝和辽叶居群间具有较近的遗传亲缘关系，且周家坝居群娑罗子中的七叶皂苷A及七叶皂苷B含量普遍较高。最终筛选出的核心种质共23份，占总种质资源的20.17%，其中周家坝12份样本、辽叶6份样本、普龄5份样本。结论 将SSR分子标记与主要有效药用成分结合，采用LDSS取样策略构建十堰地区天师栗种质资源核心种质库的方法具有可行性，能够有效的保存与管理天师栗种质资源，也为当地天师栗品种改良、新品种选育研究等提供了研究基础。     

基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

莪术种质资源的RAPD-PCR分析

目的探讨不同品种莪术的亲缘关系和遗传多样性,对其进行分子标记鉴定。方法采用RAPD-PCR标记方法研究来源于不同地域的4个种42个样本的莪术种质资源。采用POPGEN32分析其遗传相似系数和遗传距离,UPGMA方法聚类。结果 90个随机引物中筛选出10个引物,共扩增出83个位点,其中多样性位点64个,占77.5%,遗传距离变化范围0.22~0.58,获得清晰的RAPD-PCR图谱,建立了不同种莪术亲缘关系的树状结构图。结论莪术群体中存在较丰富的遗传多样性,具有明显的遗传分化,这些遗传分化是莪术种质资源筛选的关键,是莪术高效育种和生物技术开发的基础。     

栝楼SRAP引物筛选及遗传多样性分析

目的 分析不同来源栝楼Trichosanthes资源群体的遗传结构和自然亚群间基因漂移分析以及资源的遗传多样性，为栝楼育种奠定基础。方法 从100对相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism,SRAP）引物中筛选出扩增效果好、稳定性高的43对引物对13个来源于3个自然亚群的栝楼资源进行扩增，进行不同亚群间和品种之间的遗传结构和多样性分析。结果 共扩增出691个位点，其中多态性位点百分率达到79.16%，整个群体的多态性信息含量（polymorphic information content,PIC）、观察等位基因数（observing the number of alleles,Na）、有效等位基因数（effective number of alleles,Ne）、香农信息指数（Shannon information index,I）和遗传距离（genetic distance,H）依次为0.495 5、1.791 6、1.374 6、0.359 4和0.231 6,3个自然亚群中其他野生类群的遗传丰富度最高，潜山和合肥自然亚群之...     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。     

不同种源射干遗传多样性与质量分析

目的:对射干遗传多样性和药材质量进行综合评价,为射干种质资源的合理利用和药材优良品种的选育提供理论依据。方法:采用ISSR分子标记法分析射干9个种源的遗传多样性,并采用HPLC法测定各种源次野鸢尾黄素的含量。结果:9个种源射干次野鸢尾黄素的质量分数为0.12%~0.36%;多态位点比率PPB为55.42%~90.36%;种源间遗传分化系数GST与基因流Nm分别为0.204 1,1.951 5。结论:射干次生代谢产物的含量与遗传多样性相关性不大,而是易受生长环境的影响,在品种选育过程中应对种质选取、栽培环境和栽培方法等进行综合考察。