三叶青种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的对我国三叶青种质资源64个样本的遗传多样性进行分析。方法利用ISSR-PCR技术进行扩增,然后利用POPGENE 32软件及NTSYS软件分析三叶青种质资源64个样本的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从30条引物中筛选出10条条带清晰、重复性好的引物对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。扩增出了83个多态位点,多态百分数为71.43%～100.00%,平均多态百分数为94.31%,引物S17扩增得到的多态位点最多,为11个;引物P6扩增得到的多态位点最少,为5个,10条引物扩增得到的多态位点平均为8.3个;遗传多样性分析显示,平均检测等位基因数(N_a)为1.943 1,平均有效等位基因数(N_e)为1.381 08,64个样本的平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.242 98,平均Shannon多样性指数(I)为0.385 83。64个样本遗传相似系数的变异范围为0.431 8～0.988 6。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在遗传相似性系数为0.715 5处,64份供试材料可分为6组;另外,根据10个ISSR引物的扩增结果,筛选出引物ISSR 20、UBC857和S17扩增的DNA指纹图谱可用于64个三叶青样本种质的鉴定。结论我国三叶青种质资源拥有丰富的遗传多样性和基因的相对稳定性,ISSR分析可揭示我国三叶青种质资源间的亲缘关系,为评价、鉴定和新品种选育提供一定的参考依据。     

基于SSR的人参果色种质资源遗传多样性评估北大核心CSCD

该研究基于Illumina Xten平台对人参样本进行浅层测序,利用MISA进行SSR位点的筛选,采用Primer 3软件进行SSR引物设计。对180对引物进行多态性引物筛选,从扩增成功的多态性引物中,再选取峰型清晰、多态性好、易于统计的15对引物,对吉林地区36个不同果色的人参样品的遗传多样性和种质资源进行分析。结果显示红果人参遗传多样性较高,其平均等位基因N;、单倍体遗传多样性h分别为1.031、0.172。NJ聚类分析表明红果人参和黄果人参存在明显的种质混杂,粉果人参单独聚为一支,种质资源较为纯化。STRUCTURE结果表明粉果人参中单一基因型的比例较高,红果人参和黄果人参居群内基因型丰富,存在明显的种质混杂。AMOVA分析揭示了人参的遗传变异主要发生在居群内个体间(61.00%,P<0.001),发生在居群间的较少(39%,P<0.001),居群间均质化明显。粉果人参可能蕴藏着稀有基因型,是优质、高产、多抗等新品种选育以及品种遗传改良的基因来源,也是种质资源可持续开发利用的物质基础。     

赤芝全基因组SSR位点的筛选及种质资源遗传多样性分析

目的:基于赤芝全基因组序列开发SSR标记,研究其种质资源遗传多样性,为赤芝种质资源品种鉴定和分子育种提供理论基础。方法:利用60对SSR引物,对26份不同来源的赤芝菌株进行扩增以筛选出具有多态性的位点;采用毛细管电泳对其进行基因分型,并分析菌株间的遗传多样性。结果:60对引物中,筛选出24个有多态性条带的SSR位点。共扩增出269个多态性条带,平均每个SSR位点增出11.20个多态性条带;检测出150个等位基因,平均检测出6.23种基因型;各引物的多态信息含量(PIC)为0.57～0.91,平均为0.81;遗传一致性和遗传距离变异范围分别为0.28～0.95和0.06～0.73;聚类分析结果分析可以很好的反映出各个菌株间的亲缘关系,在遗传距离系数0.17处可分为4大类,部分来自同一地区的菌株材料分散于各个分支,未体现明显地域性,说明菌株的遗传背景复杂,多态性高。结论:筛选出的24个赤芝SSR位点,可以用于赤芝菌株资源遗传多样性分析,为赤芝优良品种的引种及选育提供理论基础。     

夏枯草种质资源遗传多样性的AFLP分析

目的:通过对8份夏枯草种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性.方法:采用扩增片段长度多态性(AFLP)标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选了32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析了夏枯草种质间的相似度,构建了遗传系统进化树.结果:①SDS法提取的夏枯草基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;②从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;③构建了夏枯草AFLP指纹图谱,将8个夏枯草种质全部区分开来;④通过构建进化树,把8个种质分成3类.结论:夏枯草种质资源有丰富的遗传多样性,某些形态特征差异和基因型存在相关性.     

栀子全基因组SSR标记开发及遗传多样性分析

目的 揭示栀子基因组的SSR分布规律,开发SSR标记引物,探究不同栀子居群间的遗传差异。方法 利用MISA软件对栀子全基因组序列进行SSR位点搜索分析,Primer 3.0软件设计SSR引物,然后对引物进行有效性和多态性检测,并利用筛选到的多态性引物对6个居群的57份栀子材料开展遗传多样性分析。结果 栀子基因组共鉴定到232 880个SSR位点,每2.3 kb有1个SSR位点,其中83.02%的SSR位点分布于基因间区域,外显子区域SSR位点最少,单核苷酸为栀子的优势重复基序,占总SSR的64.60%。从设计的SSR引物中挑选80对进行PCR扩增,85%的引物能够扩增成功。利用筛选出的9对高多态性SSR引物,对6个栀子居群进行遗传多样性分析,共检测到64条扩增条带,其中多态性条带62条,居群总遗传多样性(Ht)为0.246,居群内遗传多样性(Hs)为0.210,Nei’s基因分化系数(Gst)为0.146,基因流(Nm)为2.923。聚类分析结果显示,地理位置相邻的重庆、贵州、四川居群聚为一类,福建、浙江、江西居群聚为另一类。结论 基于全基因组序列开发栀子SSR标记是一种高效的途径,可...     

药用菊花种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的 分析药用菊花遗传多样性,为其种质资源评价和合理开发利用提供分子佐证.方法 用ISSR分子标记对不同采集地的31份种源(菊花29份、野菊1份、菊花脑1份)进行遗传关系分析.结果 22个引物共扩增出182个条带,其中149条具有多态性,多态位点百分率为81.87%,有效等位基因数(Ne)为1.348 1,Nei's基因多样性指数(He)为0.219 1,Shannon信息指数(I)为0.345 1.聚类分析和主坐标分析结果 相近,将31份种源大致分为野菊和菊花脑、北方药用菊花、南方药用菊花3个类群.结论 ISSR分子标记适合于药用菊花的品种鉴定和遗传多样性分析.     

应用SCoT标记分析玄参种质资源的遗传多样性

目的:研究玄参种质资源的遗传多样性及亲缘关系。方法:应用目标起始密码子多态性(SCoT)技术对来源于全国各地的48份玄参种质进行遗传多态性分析。遗传距离采用TREECONW软件计算,UPGMA方法构建亲缘关系树状图。结果:28条引物共检测到279个位点,其中214个为多态位点,占76.7%。遗传距离变化范围在0.150 7～0.493 3。聚类结果显示栽培玄参亲缘关系较为复杂:有的种质具明显的地理相关性;有的种质聚类混杂,与地理分布无明显相关性;也有来源于同一地区的种质仅部分聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律。结论:栽培玄参的遗传多样性水平较高,为优良品种的培育提供了丰富的遗传基础。     

利用ISSR标记分析鱼腥草种质资源的遗传多样性

利用ISSR标记对70份鱼腥草种质资源遗传多样性进行检测。结果发现。所有引物扩增产物均具多态性。22个ISSR引物共得以352条扩增DNA片段。平均每个引物可获得16条DNA片段，其中，92.3%的片段具有多态性。每个金矿民性引种能扩增出4-58条DNA片段，平均可扩增出14.8条多态性片段，峨眉蕺菜与蕺菜中染色体数目为36的细胞型间相似程度最高，其平均遗传相似系数GS值达0.618。蕺菜中，除染色体数目为54的细胞型外，其余细胞型的类间GS值几乎均是与染色体数目为36的细胞型间最小。栽培蕺菜类群遗传多样性略高于野生类群。聚类分析表明，利用ISSR技术可将全部供试材料区分开。所有材料共划分为8类。根据ISSR遗传相似系数划分的类群主要同染色体数目有关。也与地理颁上有一定关系。据此认为，鱼腥草和质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异。ISSR标记可作为构建鱼腥草DNA指纹图谱的有效工具之一。鱼腥草药材道地性与环境因素有关。但更大程度上由其遗传因素所决定。本文中还讨论了蕺菜属植物的起源演化。     

金银花种质资源遗传多样性的ISSR 分析

目的：探讨金银花种质资源的遗传多样性,为其育种提供参考。方法：对采自金银花主产区的18 个农家品种及野生忍冬和近缘种灰毡毛忍冬共计36 个样品进行ISSR-PCR 分析,采用NTSYS-pc 软件计算金银花不同农家品种及近缘种间的Jaccard 遗传相似系数,按非加权配对算术平均法（UPGMA）建立所研究类群的系统聚类图。结果：12 条引物共扩增出129 个条带,其中多态带为114 条,占总扩增条带数的88.37%,金银花种质资源具有较丰富的遗传多样性。从聚类分析图可以看出,金银花不同样本首先聚在一起,表明是一自然类群;野生忍冬与栽培品种具有明显的遗传差异;主产区传统品系毛花系列遗传相对较稳定,而鸡爪花系列品种繁杂,遗传变异大;新品种九丰一号已独立成一稳定品种。结论：ISSR 标记可以为金银花的种质资源鉴定、遗传关系分析及栽培育种提供分子生物学依据。     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。     

三叶崖爬藤叶绿体基因组的组装与序列分析

目的以药用植物三叶崖爬藤为材料,在利用高通量技术测定DNA序列的基础上,对叶绿体基因组进行组装和序列分析,为进一步开展群体遗传学和多样性研究奠定基础。方法利用HiSeqXTen测定三叶崖爬藤的DNA序列,用NOVOPlasty组装叶绿体基因组,在基因注释的基础上开展序列分析。结果三叶崖爬藤叶绿体基因组的全长为160 189 bp,GC值37.5%,具1个典型的四分区域结构,包括1个大单拷贝区、1对反向重复区和1个小单拷贝区,序列长度分别为88 184、26 519、18 967 bp。三叶崖爬藤的叶绿体基因组共有133个基因,其中编码蛋白基因、rRNA基因与tRNA基因的数量分别为88、8、37个。位于反向重复区和小单拷贝区的ycf1基因3’端发生缺失,是1个假基因。结论三叶崖爬藤的叶绿体基因组的组装和序列分析为后续开展群体遗传学和遗传多样性研究奠定了基础。     

不同产地三叶青中重金属和有机氯类农药残留的分析

目的检测不同产地三叶青Tetrastigmahemsleyanum中重金属元素Pb、Cd、As、Hg、Cu和16种有机氯类农药残留。方法采用ICP-MS法测定不同产地三叶青中5种重金属元素的含量,气相色谱法测定有机氯类农药残留。结果样品中Pb≤4.1677 mg/kg,Cd≤0.194 6 mg/kg,As≤0.455 0 mg/kg,Hg≤0.042 4 mg/kg,Cu≤7.892 5 mg/kg,样品中有机氯农药残留较低。结论三叶青药材重金属和有机氯类农药残留符合《中国药典》限量要求;该方法简便、高效,可作为三叶青的安全性评价。     

三叶青扩展蛋白家族基因全长cDNA的克隆及其生物信息学和表达分析

目的克隆三叶青Tetrastigma hemsleyanum的扩展蛋白家族基因,对其进行器官表达分析,并初步探讨其功能。方法根据Gen Bank中登录的扩展蛋白基因保守区域序列设计1对简并引物,以三叶青球形块根c DNA为模板进行RT-PCR扩增,再结合RACE技术,获得三叶青扩展蛋白基因全长c DNA序列,命名为Th-exp。采用半定量RT-PCR和荧光定量PCR分析Th-exp基因在不同器官中的表达情况。结果克隆获得扩展蛋白家族基因,共782 bp,其中包含630 bp开放阅读框,编码209个氨基酸(Gen Bank登陆号KP693606)。Th-exp编码的蛋白质具有典型的扩展蛋白结构特征,N端含有8个半胱氨酸的结构域,C端含有4个保守的色氨酸结构域,中间含有组氨酸功能域。Blast分析显示,Th-exp与葡萄、醉蝶花中扩展蛋白基因具有相似性。半定量RT-PCR和荧光定量PCR分析表明,Th-exp在三叶青叶、茎、普通细根和球形块根中均有表达,但球形块根中表达强于其他器官。结论克隆得到三叶青扩展蛋白家族基因Th-exp全长c DNA,初步预测其参与了三叶青块根的发育过程。     

基于UPLC-Triple-TOF/MS方法的三叶青化学成分分析

目的建立超高效液相色谱串联三重四级杆飞行时间质谱法(UPLC-Triple-TOF/MS)快速分析三叶青Tetrastigma hemsleyanum的化学成分。方法采用Agilent Eclipse Plus-C18色谱柱(100 mm×4.6 mm,1.8μm),流动相为乙腈(0.1%甲酸)-水(0.1%甲酸),梯度洗脱,体积流量1 m L/min,柱温30℃。采用电喷雾离子源负离子模式,全扫描模式采集样品数据,根据高分辨数据并结合二级质谱信息快速鉴定三叶青的化学成分。结果推测了三叶青中51种化学成分,主要包括黄酮类、酚酸类、磷脂、糖酯类和苯磺酸类等,并对磷脂、糖酯和苯磺酸类化合物的裂解规律进行总结。结论通过UPLC-Triple-TOF/MS联用技术,为定性分析三叶青的化学成分提供了一种快速、高效的定性分析方法。     

三叶青的蒸腾作用与气孔结构研究

目的 以浙江台州、福建闽侯和顺昌3个产地的1年生三叶青Tetrastigma hemsleyanum叶片为实验材料,研究不同光照强度对三叶青植株的蒸腾作用与气孔结构的影响。方法 采用扫描电镜技术观察不同品种三叶青叶片的气孔结构与变化,并测定在不同光照强度 [0～2 000 μmol/(m²·s)] 条件下叶片的蒸腾速率、气孔导度、水分利用率、净光合速率,寻找三叶青栽培中最适光照强度。结果 三叶青的气孔仅存在于叶片下表皮,呈环绕类型平行分布。相同温度下加重了光照强度,浙江台州产地和福建闽侯产地三叶青的净光合速率、气孔导度以及蒸腾速率随着光照强度增加表现出先升高后下降趋势。同时,福建顺昌产地三叶青的净光合速率、气孔导度以及蒸腾速率均显示上升趋势。福建闽侯产地三叶青的光饱和点为600 μmol/(m²·s),顺昌产地三叶青的光饱和点为1 900 μmol/(m²·s),水分利用率保持较高状态。结论 产地和外界光照强度都是影响三叶青蒸腾作用的重要因素,有利于三叶青的块根生长,促进植株体内黄酮类化合物积累。     

三叶崖爬藤查耳酮异构酶基因克隆与外源诱导表达及酶活性分析

目的 克隆三叶崖爬藤Tetrastigma hemsleyanum查耳酮异构酶（chalcone isomerase,CHI）基因,探究CHI基因对三叶崖爬藤黄酮合成途径的调控作用。方法 分析三叶崖爬藤转录组,获得三叶崖爬藤CHI基因序列,并进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)测定三叶崖爬藤根、茎、块茎、老叶、幼叶及吲哚-3-乙酸（3-indoleacetic acid,IAA）、茉莉酸甲酯（methyl jasmonate,MeJA）、脱落酸（abscisic acid,ABA）、水杨酸（salicylic acid,SA）和酵母提取物（yeast extract,YE）等诱导条件下CHI基因的表达量,利用分光光度法测定黄酮含量和CHI酶活性变化,并对其进行相关性分析。结果 转录组数据分析结果表明,三叶崖爬藤CHI基因全长为1 096 bp(GenBank序号：OQ588006),含有1个长为714 bp的开放阅读框,编码237个氨基酸。三叶崖爬藤CHI蛋白分子式为C1148H1819N285O348S5,等电点（PI）为5.28,相对分子质量为25 340,...     

基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

蛇附子化学成分及抗氧化活性研究

目的研究蛇附子(三叶崖爬藤Tetrastigma hemsleyanum的块根)的化学成分及抗氧化活性。方法采用多种色谱技术对其进行分离纯化,应用1H-NMR、13C-NMR、MS、HR-MS等波谱学方法进行结构鉴定;利用DPPH法进行抗氧化活性测定。结果从蛇附子80%甲醇提取物中分离得到14个化合物,分别鉴定为山柰酚(1)、槲皮素(2)、水杨酸(3)、苯甲酸(4)、氧化白藜芦醇(5)、儿茶素(6)、表儿茶素(7)、表没食子儿茶素(8)、原花青素B2(9)、原花青素B1(10)、绿原酸(11)、原儿茶醛(12)、对羟基苯甲酸(13)、原儿茶酸(14);其中化合物2、8、9、10、12抗氧化活性IC50值分别为14.15、14.19、15.99、12.4、15.98μmol/L,优于阳性药维生素C(IC50值为23.0μmol/L)。结论化合物4~12均系首次从该植物中分离,得到蛇附子中除了黄酮类成分外,也富含较多的有机酸类成分;并且化合物2、8、9、10、12抗氧化活性良好。     

怀玉山产三叶青叶绿体基因组特征及其系统进化关系

目的 解析怀玉山产三叶青Tetrastigmahemsleyanum叶绿体基因组信息序列特征和确定其在崖爬藤属的系统位置。方法 用Illumina高通量测序平台Nova Seq6000进行测序获得怀玉山产三叶青叶绿体基因组序列,借助Ge Seq、t RNAscan-SE、MISA、VISTA tools、DNADna SP6.0、JSHYCloud、CodonW1.4.2、Pasteur Galaxy、mafft 7.0、fasttree 2.1.10等生物信息学工具进行序列分析、密码子偏好分析、崖爬藤属基因组比较分析和系统发育研究。结果 怀玉山产三叶青Tetrastigma hemsleyanum叶绿体基因组为共价闭合双链环状分子,长160 165 bp,包含1个大单拷贝区（large single copy region,LSC）、1个反向重复区a(inverted repeat region a,IRa)、1个反向重复区b(inverted repeat region b,IRb)和1个小单拷贝区（small single copy region,SSC）;怀玉山产三叶青叶绿体基...