结核分支杆菌链霉素耐药的快速检测

【目的】探讨用聚合酶链反应 单链构象多态性 (PCR SSCP)方法快速诊断结核分支杆菌链霉素 (Sm)耐药的临床意义。【方法】用PCR SSCP技术检测了 30株Sm敏感的结核分支杆菌临床分离株 ,30株Sm耐药的临床分离株 ,以结核分支杆菌H37RV标准株作对照。先用PCR方法扩增rpsL基因 ,随后用SSCP方法鉴定其扩增产物有无突变。【结果】所有临床分离株均观察到rpsL基因PCR扩增产物。 30株Sm敏感的临床分离株与H37RV标准株呈现一样SSCP泳动条带 ,30株Sm耐药株中 19株有rpsL基因泳动异常 ,提示约有 6 3 %Sm耐药菌株有rpsL基因突变。【结论】本研究提示用SSCP方法容易鉴定出rpsL基因的点突变 ,PCR SSCP技术可作为快速鉴定结核分支杆菌Sm敏感性的有用工具 ,对结核分支杆菌Sm耐药的快速诊断有较大价值。     

实时荧光PCR同时检测金黄色葡萄球菌和大肠杆菌O157：H7

目的建立改良分子信标一双重实时荧光PCR同时检测金黄色葡萄球菌和大肠杆菌0157：H7,应用于细菌性食物中毒的快速诊断。方法根据GeneBank公布的金黄色葡萄球菌nuc基因序列和大肠杆菌O157：H7rfbE基因序列,设计引物和改良分子信标探针,建立改良分子信标一双重实时PCR检测体系。结果双重荧光PCR反应体系检测151株金黄色葡萄球菌和27株大肠杆菌O157：H7,均出现特异的荧光信号,两种细菌检测互不干扰。对8762份大便、食品等标本进行检测,315份标本金黄色葡萄球菌实时荧光PCR阳性,其中286份金黄色葡萄球菌培养阳性;31份标本大肠杆菌O157：H7实时荧光PCR阳性,其中26份大肠杆菌O157：H7培养阳性。从样品处理到检测结果仅需要时间2h～1d。结论改良分子信标-多重实时荧光PCR检测体系快速、灵敏度高,特异性强,可用于金黄色葡萄球菌和大肠杆菌O157：H7食物中毒的快速诊断和肠道传染病的初筛,为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。     

应用插入序列PCR进行大肠杆菌O157:H7基因分型的研究

目的对不同地区、不同宿主大肠杆菌O157：H7分离株进行基因分型。方法应用插入序列PCR方法，对反应体系中dNTPs、引物以及镁离子浓度等反应条件进行优化。扩增产物通过琼脂糖凝胶电泳检测和分析。结果14株不同来源O157：H7分离株根据插入序列PCR图谱可分为A、B、C、D四个基因型。不同地区O157：H7菌株存在不同的基因型；同一地区、毒力基因谱相同的O157：H7菌株基因型也不相同；不同宿主O157：H7菌株也存在相同的基因型。结论插入序列PCR技术用于大肠杆菌O157：H7的基因分型，简便、快速、敏感，对大肠杆菌O157：H7的分子流行病学研究具有重要价值。     

食源致病菌96 微孔板DNA 诊断芯片的研制及在一起食物中毒突发事件中的应用

目的研制能同时检测9种常见食源致病菌的96微孔板DNA诊断芯片。方法针对金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7(Stx1和Stx2)、志贺氏菌、产单核细胞李斯特菌、蜡样芽胞杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、副溶血弧菌、霍乱弧菌等9种最常见的食源性致病菌,首先选择合适的保守基因,设计种特异性的PCR引物(5'端标记生物素)和检测探针,通过参数优化建立一管多重PCR扩增体系;然后按5×5的阵列格式将探针点制到96微孔板的微孔内,通过条件优化建立稳定的PCR产物与固化探针的微孔杂交体系;采用链霉抗生物素蛋白碱性磷酸酶和化学显色底物NBT/BCIP来检测特异性的PCR杂交产物。结果20株标准菌株验证已建立的食源致病菌微孔板DNA诊断芯片,获得比较特异和稳定的实验结果。在一起食物中毒事件中,该芯片在采样后12h内检出金黄色葡萄球菌,与传统的细菌分离培养和生化鉴定的结果相符。结论本研究建立的新型食源致病菌96微孔板DNA诊断芯片具有快速、准确、自动化和高通量等特点,为快速应对食物中毒等突发公共卫生事件提供了非常有价值的检测技术。     

免疫磁珠富集-实时荧光PCR检测生畜肉中大肠埃希菌O157∶H7的实验研究

目的 建立免疫磁珠富集(immunomagnetic separation,IMS)-实时荧光PCR(q PCR)技术快速检测肠出血性大肠埃希菌O157∶H7的方法。方法 根据肠出血性大肠埃希菌O157∶H7抗原特异性基因rfb EO157设计引物和Taq Man探针,建立q PCR检测体系;对样品中的O157∶H7大肠埃希菌用出血性大肠O157抗体标记免疫磁珠进行特异性捕获,再利用q PCR技术对磁珠吸附的菌株进行检测。结果 采用IMS-q PCR方法检测,当25 g样本中菌量为100cfu,样品被1∶2稀释时,检测结果呈阳性,检测全过程需时2~3 h。结论 IMS-q PCR检测O157∶H7大肠埃希菌的方法具有灵敏度高、特异性强、快速等优点,可用于大肠埃希菌O157∶H7食物中毒的快速诊断和食品微生物检测,为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。     

黏附素基因iha与尿路致病性大肠杆菌形成生物膜的关系

【目的】分析尿路致病性大肠杆菌（uropathogenicEscherichiaeoli,UPEC）粘附素基因抽a与细菌生物膜形成的关系,探索细菌生物膜形成机制。【方法】采用结晶紫染色法检测临床分离的50株UPEC形成生物膜的能力,分别从生物膜阳性组与阴性组PCR扩增抽a基因,比较两组访a阳性率的差异。【结果】50株UPEC中34株能够形成生物膜。生物膜阳性组与阴性组中iha基因分布率分别为85．29％和56．25％,有显著性差异（P〈0．05）。【结论]UPEC形成生物膜是比较普遍的现象,粘附素基因iha与细菌形成生物膜存在相关性。     

肠出血性大肠杆菌O157∶H7志贺样毒素2B亚基的表达

目的:克隆肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157∶H7 AH07株志贺样毒素2B(Stx2B)亚单位基因,应用原核表达系统制备重组蛋白质。方法:根据靶基因序列设计特异性寡核苷酸引物,采用PCR法克隆EHEC AH07株Stx2B的编码基因stx2b,靶基因经TA克隆后连接到表达载体pET-28a构建重组质粒,阳性重组子转化表达宿主菌E.coliBL-21(DE3)感受态细胞,IPTG诱导目的蛋白表达,应用SDS-PAGE和Western-blot(WB)分析重组蛋白生物活性。结果:PCR扩增stx2b基因约220 bp,成功构建重组质粒pET28a-stx2b,并在原核细胞中得到高效表达,目的蛋白质的相对分子质量约为7500,约占蛋白质总量的40%;WB显示目的蛋白质可与特异性抗体发生特异性反应。结论:成功克隆EHEC O157∶H7stx2b基因,在原核系统获得目的蛋白质的高效表达,为O157∶H7感染机制及疾病诊断和疫苗研究奠定基础。     

肠出血性大肠杆菌O157:H7志贺样毒素2B亚基的表达

目的:克隆肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157:H7 AH07株志贺样毒素2B(Stx2B)亚单位基因,应用原核表达系统制备重组蛋白质.方法:根据靶基因序列设计特异性寡核苷酸引物,采用PCR法克隆EHEC AH07株Stx28的编码基因stx2b,靶基因经TA克隆后连接到表达载体pET-28a构建重组质粒,阳性重组子转化表达宿主菌E. coli BL-21 (DE3)感受态细胞,IPTG诱导目的蛋白表达,应用SDS-PAGE和Western-blot (WB)分析重组蛋白生物活性.结果:PCR扩增stx2b基因约220bp,成功构建重组质粒pET28a-stx2b,并在原核细胞中得到高效表达,目的蛋白质的相对分子质量约为7500,约占蛋白质总量的40%;WB显示目的蛋白质可与特异性抗体发生特异性反应.结论:成功克隆EHEC O157:H7 stx2b基因,在原核系统获得目的蛋白质的高效表达,为O157:H7感染机制及疾病诊断和疫苗研究奠定基础.     

纸片扩散确认法与聚合酶链式反应检测超广谱β-內酰胺酶的比较

【目的】分析纸片扩散确认法与聚合酶链式反应（PCR）检测超广谱β-內酰胺酶（ESBL）检出率。【方法】以分离保存的30株多重耐药（MDR）,对3种以上实验所用抗生素耐药）且β-内酰胺酶阳性鲍曼不动杆菌（AB）菌株作为研究对象,对其中15株经纸片扩散确认ESBL＋AB和15株ESBL-AB菌株的分布、药敏、质粒谱及基因型作了比较分析,并对两种方法检出ESBL的阳性率进行比较。【结果】通过纸片扩散确认法检出的ESBL＋AB和ESBL-AB在不同科室间的分布（P〉0.05）、不同标本间的分布（P〉0.05）、对不同抗生素的耐药情况（P〉0.05）及质粒谱都无明显差异,且用聚合酶链式反应在ESBL-AB质粒上也分离到了相同的3种耐药基因,PCR法检测ESBL的阳性率高于纸片扩散确认法（P〈0.001）。【结论】用PCR法检测ESBL更快更敏感,对指导临床合理使用抗生素和降低医院感染率和病死率有重要意义。     

澳门地区产超广谱内酰胺酶大肠埃希菌基因型分析

 【目的】 了解澳门地区医院感染产超广谱β-内酰胺酶(ESBL)大肠埃希菌的临床分布特点和基因型特征。【方法】 收集2007年12月至2008年2月期间从澳门地区两家医院的临床患者中分离到的大肠埃希菌158株,用表型确定试验确定产ESBL大肠埃希菌。应用PCR方法分别扩增产酶菌株的CTX-M-3、CTX-M-9、TEM和SHV等常见的β-内酰胺酶基因,并结合临床分离菌株的分布特点对PCR扩增结果作进一步的分析。【结果】 澳门地区临床分离的158株大肠埃希菌中,有54株产ESBL,产酶率为34.2%。PCR 扩增结果显示,所有产酶菌株均携带TEM基因;其中有47株(87%)同时携带CTX-M-9、TEM两个基因;没有菌株携带CTX-M-3和SHV 基因。产ESBL大肠埃希菌广泛分布于临床各科室,其中普外科占40.7%,内科占27.8%,心脏科占16.7%。标本分布较为集中,尿液占55.6%,分泌物或脓液标本占22.2%,血液和呼吸道标本各占11.1%。【结论】 澳门地区医院感染中,产ESBL大肠埃希菌在临床各科室分布广泛,主要分离自尿液、分泌物或脓液标本;所有菌株均携带TEM基因,并有87%的菌株同时携带CTX-M-9基因。     

检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7的环介导等温扩增和PCR法比较

目的建立基于环介导等温扩增(LAMP)技术的肠出血性大肠埃希菌(EHEC)O157:H7快速简便检测方法,并与PCR进行比较。方法针对EHEC O157:H7保守的rfbE基因序列,设计特异性引物,建立LAMP和PCR检测技术并优化其反应条件,比较这两种检测方法的灵敏度、特异性和对实际样品的检测结果。结果成功建立了LAMP和PCR检测体系,灵敏度检测结果显示,LAMP检测限低至10 cfu/ml,PCR检测限为102cfu/ml,LAMP检测灵敏度高于PCR;对39株近源菌进行检测,结果显示,LAMP法仅7株EHEC O157:H7得到阳性结果,非EHEC O157:H7菌株均为阴性,PCR产物则出现非特异性条带,LAMP法特异性比PCR法高。对于32份猪肉样品的检测,LAMP和PCR与常规检测结果一致,3份样品检测阳性。结论 LAMP检测技术的特异性和灵敏度较PCR高,并且操作简便、检测成本低,耗时短,更有望发展成为快速准确检测EHEC O157:H7的有效手段。     

网状分枝扩增技术快速检测大肠埃希菌O157∶H7及其他产志贺样毒素大肠埃希菌

目的：建立一种简便、快速、灵敏和特异的检测食品和临床标本中大肠埃希菌O157∶H7及其他产志贺样毒大肠埃希菌(STEC)的方法。方法：设计并合成了检测志贺毒素2(stx2)基因特异的环形探针和捕获探针，确定网状分枝扩增方法（RAM）的灵敏度；含有stx2基因的不同血清型的菌株包括O46∶H38、O22∶H8 、O111∶NM，用于RAM特异度的测定。用RAM检测所有分离的菌株，并进一步对瞬时RAM进行研究。结果：RAM最低能检测10个拷贝的stx2合成靶基因和临床分离的菌株，表明RAM与PCR具有一样的灵敏度。特异度的测定结果表明不同血清型的大肠埃希菌均为stx2阳性，而非致病性大肠埃希菌ATCC23716则为阴性。在32株菌株中，28株细菌含有stx2基因，其余则为阴性， 与PCR检测结果100%一致。瞬时RAM结果也表明最低能检测10个细菌，检测信号的出现依赖于样品的浓度。 结论：RAM的简便和等温扩增特点可替代PCR检测各种标本中大肠埃希菌O157∶H7和STEC。     

改良分子信标实时PCR快速检测大肠杆菌O157：H7

目的建立改良分子信标实时PCR快速检测大肠杆菌O157：H7的快速方法。方法根据GenBank公布O157：H7的rfbE保守序列，设计一对引物和改良分子信标探针，用FAM荧光剂标记探针的5’端，建立改良分子信标实时PCR检测O157：H7的反应体系，应用于食物中毒快速诊断和食品微生物检测。结果共检测11种细菌。只有大肠杆菌O157：H7有荧光信号，其余10种全无荧光信号，且与其他细菌无交叉反应，DNA灵敏度为64fg，菌液灵敏度为59cfu／ml或2cfu／PCR反应体系。应用改良分子信标实时PCR反应体系检测10株O157：H7均出现特异的荧光信号，无干扰。对89份食品样品进行检测，5份O157：H7实时PCR阳性，其余样品为阴性，检测仅需2h。5份阳性样本，经传统方法培养，有3份检出大肠杆菌O157：H7。结论改良分子信标实时PCR检测体系快速、灵敏度高，特异性强，可用于大肠杆菌O157：H7食物中毒的快速诊断和食品微生物检测，为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。     

江苏省徐州市分离的大肠杆菌O157:H7菌株携带志贺毒素2型别的变化

目的 研究我国分离的大肠杆菌O157：H7菌株的志贺毒素型别的变化。方法使用针对志贺毒素2及其变种的引物对进行PCR检测、细菌染色体DNA的PstⅠ酶切后的Southern印迹实验和PCR产物的HaeⅢ、RasⅠ酶切分析,以及：PCR产物克隆后的序列分析方法以及致病性大质粒的PstⅠ酶切分析。结果1999年分离自徐州市的人的5株菌均携带slt1、slt2,而2000年从江苏省徐州市患者分离的10株和蜣螂标本分离的4株共计14株大肠杆菌O157：H7菌株仅携带slt2vha毒素基因,其致病性质粒的限制性酶切图谱与1999年的菌株相比也发生了改变。结论鉴于江苏省徐州市1999年的分离的5菌株全部携带slt1和slt2基因,结果提示该地的优势菌型发生了改变,可能当地大肠杆菌O157：H7感染的流行病学特点有关。针对slt2变异基因而设计的引物及其以此为基础进行的限制性片段长度多态性分析的方法对于研究O157：H7菌株的志贺毒素型别的变化能够满足特异性及灵敏性的要求。     

Multiplex Polymerase Chain Reaction for Rapid Identification of Diarrheagenic Escherichia coli

Despite the fact that diarrhaegenic Escherichia coli (DEC) has been identified as a major etiologic agent of childhood diarrhea which represent a major public health problem in developing countries, only a few studies have been performed in Bangladesh to identify these organisms. To detect DEC in patients with acute diarrhea, a total of 300 stool specimens were tested by multiplex polymerase chain reaction (PCR). The multiplex PCR was designed for the detection of target genes of "eae" for enteropathogenic E. coli (EPEC), "stx" for enterohemorrhagic E. coli (EHEC), "ipaH" for enteroinvasive E. coli (EIEC), "aspU", "CVD432" and "aggR" for enteroaggregative E. coli (EAEC) as well as "elt" and "est" for enterotoxigenic E. coli (ETEC). Out of 300 stool specimens collected from patients with acute diarrhea, the DEC was detected in 18% (54/300) cases. The dominating strain was ETEC (13%, 39/300), followed by EAEC (5%, 15/300) and no EHEC, EIEC and EPEC could be detected. Both heat-stable toxin (ST) and heat-labile toxin (LT) genes of ETEC were detected in 66.68% (26/39) strains and only ST or LT as single gene was detected in 23.07% (9/39) or 10.25% (4/39) strains respectively. The multiplex PCR assay could be used as a rapid as well as efficient diagnostic tool for identification of DEC in the clinical laboratory settings.     

A study on detecting and identifying enteric pathogens with PCR

Objective To develop a rapid and definite diagnostic test of bacterial enteritis caused by pathogenic enterobacteria, the most frequent etiologic agent of infectious enteritis in the world.Methods A set of conventional PCR assays were applied to detect and identify salmonella, shigella,and E. coli O157:H7 directly from pure culture and fecal samples.The general primers of pathogenic enterobacteria were located on the uidA gene, which were found not only in E. coli nuclear acid, but also in Shigella and salmonella genes.Shigella primer was from ipaH gene whose coded invasive plasmid relative antigen existed both in plasmid and in genome.The primers of salmonella were designed from the 16SrRNA sequence.The primer of E.coli O157:H7 was taken from eaeA gene.Five random primers were selected for RAPD. The detection system included common PCR,semi-nested PCR and RAPD. Results This method was more sensitive, specific and efficient and its processing was rapid and simple. For example, the method could be used to specifically detect and identify salmonella, shigella, and E. coli O157:H7,and its sensitivity ranged from 3 to 50CFU, and its detection time was 4 hours. Conclusion This PCR method, therefore, can serve as a routine and practical protocol for detecting and identifying pathogenic microorganisms from clinical samples.     

四种致泻性大肠埃希氏菌实验室检测研究进展

肠致病性大肠埃希氏菌（EPEC）、肠产肠毒素大肠埃希氏菌（ETEC）、肠侵袭性大肠埃希氏菌（EIEC）、肠出血性大肠埃希氏菌（EHEC）四种致泻性大肠埃希氏菌是引起人体以腹泻症状为主的全球性疾病的常见病原菌,也是我国绝大多数地区引起腹泻的主要病原菌,因此快速准确地检测这四种病原菌对预防和控制由其引起腹泻有着十分重要的作用。本文介绍了这四种致泻性大肠埃希氏菌实验室检测技术的研究进展,主要包括细菌分离培养、免疫学检测、多重PCR、实时荧光PCR等分子生物学方法。     

从大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中检出质粒介导的AmpC DHA-1型β内酰胺酶基因

目的 了解产质粒介导AmpC酶大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的耐药性和基因型.方法 收集2002年1月-2004年5月间我院呼吸科临床标本中分离的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌共110株,用酶提取物三维试验检测AmpC酶;用等电聚焦电泳、耐药质粒电转化试验、聚合酶链反应(PCR)及测序确定AmpC酶基因型.结果 大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中AmpC酶检出率分剐为9.30%和4.48%.药敏试验显示产酶株对头孢西丁全部耐药,对第三代头孢菌素、酶抑制剂、氨曲南、阿米卡星及环丙沙星均有不同程度耐药,对头孢吡肟及亚胺培南较敏感.7株产AmpC酶菌株中有5株通过电转化试验可将头孢西丁耐药性传递给受体菌,经PCR扩增和测序证实为质粒介导DHA-1型AmpC酶.结论 我院临床分离的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中已经出现产质粒介导AmpC酶菌株,其耐药性能够水平传播,给临床抗感染治疗带来重大威胁.     

布鲁菌病半套式PCR检测方法的建立

目的 建立布鲁菌属半套式PCR检测方法。方法根据布鲁菌BCSP-31蛋白基因设计三条引物，扩增目的片段长223bP，通过条件优化，建立了布鲁菌属半套式PCR检测方法。利用所建立的PCR方法对六个种布鲁菌和Y．CenterO：9，S．TyPhi，E．Coli O：157进行检测验证其特异性，通过对活菌计数检测验证其敏感性。结果检测结果表明六个种布鲁菌均可扩出223bP的目的片段，而Y．Center O：9，S．TyPhi和E．Coli O：157不能扩出目的片段。通过对活菌计数最低可检测到20个细菌。结论本研究建立了敏感、特异的布鲁菌病半套式PCR快速检测方法，为布鲁菌的检测和试剂盒的研制奠定了基础。