H1N1亚型流感病毒血凝素Th和B细胞表位预测及抗原性分析

目的:应用生物信息学方法预测H1N1亚型流感病毒血凝素Th和B细胞相关抗原表位,并初步分析其抗原性,为研制H1N1亚型流感病毒的表位疫苗奠定基础.方法:依据近年流感病毒流行趋势,从GenBank下载具有代表性的H1N1亚型流感病毒HA蛋白氨基酸序列.进行生物信息学综合分析预测,获得Th和B细胞相关抗原表位,并比较其保守性和特异性.通过Balb/c小鼠H1N1亚型流感病毒阳性血清与表位肽的结合试验,初步鉴定候选表位抗原性.结果:综合多项预测及空间构像模拟结果,我们获得了三条候选Th和B细胞表位,分别为HA_(73～87)、HA_(125～139)、HA_(188～205).候选表位处于H1N1亚型流感HAI蛋白序列上相对保守的区域内,且与目前流行的H1N1亚型流感病毒HA相应区域具有较好的一致性.而不同候选表位在BMB/e小鼠H1N1亚型流感病毒阳性血清反应中显示了不同抗体结合能力,预示了其成为功能表位的可能.结论:所筛选的表位具有成为H1N1亚型流感病毒HA Th和B细胞相关抗原表位的可能.此研究为深入揭示流感病毒感染与免疫机制,H1N1亚型流感功能表位认知及表位疫苗研究奠定了基础.     

H5N1型高致病性禽流感病毒血凝素蛋白及神经氨酸酶的B细胞抗原表位预测

目的预测H5N1亚型高致病性禽流感病毒HA蛋白和NA蛋白的B细胞表位,为基于B细胞表位的预防性疫苗设计提供依据。方法基于HA蛋白和NA蛋白的蛋白质序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案,Karplus方案和Jameson-wolf抗原指数方案,并辅以MAGE蛋白的二级结构柔性区域分析,预测HA蛋白和NA蛋白的B细胞表位。结果分别预测出了6条血凝素蛋白(Hemagglutinin,HA)以及6条神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)B细胞优势表位。结论这些B细胞表位可为禽流感疫苗的研制提供实验依据。     

结核分枝杆菌α晶体蛋白(Rv2031c)的T、B细胞抗原表位在线分析

目的预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白α晶体蛋白(Rv2031c)的抗原表位。方法 BLAST在线分析Rv2031c与人类蛋白的同源性;利用DNAStar软件包中的Protean模块预测其B细胞和T细胞抗原表位;RANKPEP和SYPEPITHI在线预测辅助性T(Th)细胞抗原表位;SYFPEPI、BIMAS和Net CTL方法在线预测细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位。结果 Rv2031c与人类蛋白同源性较低,有8个潜在的B细胞抗原表位,7个候选Th细胞抗原表位和3个候选CTL表位。结论 Rv2031c含有较多潜在的人类B细胞、Th细胞和CTL抗原表位,可作为新的结核病疫苗研发的候选靶蛋白。     

结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位预测

本文应用生物信息学技术预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位,为结核病的诊断和疫苗研发筛选合适的抗原靶位。通过Blast分析发现Rv2004c蛋白与人类蛋白的同源性较低;采用DNAStar软件包中的Protean软件分析其二级结构、亲水性、抗原性、柔韧性及表面可能性,预测该蛋白有10个候选B细胞抗原表位;应用RANKPEP及SYFPEITHI法预测该蛋白有37个候选Th细胞抗原表位,主要位于第200位氨基酸之后,其中HLA-DRB1*0401及HLA-DRB1*0701表型相对的表位数目较多且某些候选表位的主要组织相容性复合体(MHC)限制类型存在交叉重叠;应用SYFPEITHI法、BIMAS法及NetCTL法预测该蛋白有10个候选细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位,其中以HLA-A2限制性表位数目较多、分值较高。由此得出结论:Rv2004c蛋白含有较多潜在的T细胞和B细胞抗原表位,可作为新的结核病诊断试剂和疫苗研发的候选靶蛋白。     

统计学筛选电脑预测的人H5N1毒株核蛋白B细胞表位

目的 预测并筛选人禽流感H5N1毒株核蛋白(NP)的B细胞抗原表位.方法 采用DNAStar Lasergene 7.1软件,进行人禽流感H5N1毒株NP基因核苷酸序列分析.采用Kyte-Doolittle的亲水性方法、Emini方法和Jameson-Wolf抗原指数方法,辅以对NP的二级结构中的柔性区域的分析,采用SPSS13.0进行聚类、相关和四分位数分析,建立一种统计学筛选程序,预测H5N1病毒NP的B细胞表位,并对毒株A/GD/01/06(H5N1)的NP变异进行评价.结果 预测并筛选最有可能的B细胞表位为位于NP的N端317～326、452～457、467～473、367～370、491～498、375～378、171～177、48～53、245～250、76～104肽段等.A/GD/01/06(H5N1)的NP通过氨基酸第370位(N370S)位点置换,增加一个糖基化位点(NES368-370)并改变NP的特性.结论 用多参数预测并统计学筛选H5N1毒株NP的B细胞表位,可以为分子免疫学研究和药物筛选提供依据.A/GD/01/06(H5N1)毒株NP氨基酸第370位(N370S)位点置换改变其抗原性,但抗原表位大小未变(SNEN367-370).     

H7N9流感病毒HA、NA蛋白的抗原表位预测及其与HLA-Ⅱ类等位基因的相关性分析

目的:分析H7N9流感病毒的HA、NA蛋白的抗原表位;预测H7N9流感病毒相关的HLA-Ⅱ类等位基因及易感人群。方法:软件分析HA、NA的同源性、B细胞表位、T细胞表位以及与HA、NA结合力强的HLA-Ⅱ类等位基因;并根据该等位基因在亚洲不同地域的基因频率,预测H7N9的易感人群。结果:H7N9流感病毒株之间氨基酸序列相对保守;HA具有10个B细胞表位和15个T细胞表位;NA有12个B细胞表位和9个T细胞表位;HLA等位基因DRB1*0701与HA、NA具有强结合力,在新疆、哈尔滨、山东、辽宁、北京、石家庄、天津等多个中国北方地区人群中的基因频率较高,高于广东、云南、台湾地区、日本和韩国。结论:预测了HA、NA的抗原性表位,为H7N9流感病毒的疫苗研究提供了理论基础;HLA-DRB1*0701与H7N9流感病毒高度相关;H7N9流感病毒在新疆、哈尔滨、山东、辽宁、北京、石家庄、天津地区更易传播。     

密码子的鸡体偏嗜性优化增强H5亚型禽流感HA基因的表达水平和免疫原性

目的用鸡偏嗜性密码子替换H5亚型禽流感病毒A／Goose／GuangDong／1／96（H5N1）[GD／1／96（H5N1）]的保护性免疫原HA基因的密码子,优化和构建了基因optiHA5,以提高H5亚型禽流感DNA疫苗的表达水平和免疫保护效果。方法利用寡核苷酸合成、重叠延伸PCR法及限制酶切法构建了密码子优化的HA基因（optiA5）,并将其插入表达载体pCI构建了DNA疫苗质粒pCIoptiHA5;将pCIoptiHA5和表达GD／1／96（H5N1）HA基因的质粒pCIHA5通过问接免疫荧光法和Western—blot分析检测转染293T细胞后瞬时表达的HA抗原蛋白;随之将pCIoptiHA5及pCIHA5分别以100μg和10μg剂量一次免疫3周龄SPF鸡,4周后用100LD50的HPAIV GD／1／96（H5N1）鼻腔途径进行攻击。结果间接免疫荧光法和Western-blot分析表明基因optiHA5表达水平显著高于野生型HA基因;免疫SPF鸡后,100μg pCIoptiHA5可形成75％的免疫保护,100μg pCIHA5可形成50％的免疫保护;10μg pCIoptiHA5可形成对免疫鸡75％的部分免疫保护,而10μg pCIHA5则基本不能形成免疫保护;pCIoptiHA5诱导的HI抗体水平远远高于pCIHA5。结论试验结果表明,HA基因密码子的优化可显著提高HA基因体外表达水平和H5亚型禽流感DNA疫苗诱导的保护性抗体免疫反应水平,提高免疫原性,增强免疫保护效果。     

人易感H6N1禽流感病毒血凝素蛋白的B细胞抗原表位预测及进化分析

目的预测人易感H6N1禽流感病毒血凝素蛋白的B细胞抗原表位,并分析其进化特征。方法从GISAID和Gen Bank两大数据库获得人易感H6N1病毒的血凝素蛋白及近缘序列,采用多款预测软件分别预测了其B细胞线性和构象型抗原表位,并分析了这些表位的保守性、适应性和进化特征。结果综合各种因素共预测出4个线性表位(表位A、B、C和D)和2个构象型表位(表位E和F)。表位C和位点41、157、186、187在进化过程中易发生突变,其余表位较为保守,其中表位D最保守;位点157受到强烈的正选择作用,它可能是H6N1病毒逃避宿主免疫系统攻击的一个关键位点。结论人易感H6N1禽流感病毒血凝素蛋白拥有5个保守的B细胞抗原表位(3个线性、2个构象型)和1个正选择作用位点,将为其疫苗的研制、致病机制的理解和病毒防治提供理论基础。     

人易感H6N1禽流感病毒血凝素蛋白的B细胞抗原表位预测及进化分析北大核心CSCD

目的预测人易感H6N1禽流感病毒血凝素蛋白的B细胞抗原表位,并分析其进化特征。方法从GISAID和Gen Bank两大数据库获得人易感H6N1病毒的血凝素蛋白及近缘序列,采用多款预测软件分别预测了其B细胞线性和构象型抗原表位,并分析了这些表位的保守性、适应性和进化特征。结果综合各种因素共预测出4个线性表位(表位A、B、C和D)和2个构象型表位(表位E和F)。表位C和位点41、157、186、187在进化过程中易发生突变,其余表位较为保守,其中表位D最保守;位点157受到强烈的正选择作用,它可能是H6N1病毒逃避宿主免疫系统攻击的一个关键位点。结论人易感H6N1禽流感病毒血凝素蛋白拥有5个保守的B细胞抗原表位(3个线性、2个构象型)和1个正选择作用位点,将为其疫苗的研制、致病机制的理解和病毒防治提供理论基础。     

禽流感病毒感染BALB／c小鼠的动态病理观察

目的将H5N1亚型禽流感病毒（AIV）鼻腔接种BALB／c小鼠,动态观察小鼠每个时期主要器官组织的病理变化。方法将100μlH5N1亚型禽流感病毒原液滴入经麻醉后BALB／c小鼠鼻腔,观察14d,每天取材1次,固定、包埋、切片后HE染色观察各组织病理变化。结果H5N1亚型禽流感病毒感染BALB／c小鼠后,产生一系列与禽流感病毒感染有关的动态病理改变：第1～2天（前驱期）,肺轻微出血、水肿、炎性细胞浸润;第3～7天（发作期）,肺损伤逐渐严重．大量出血、炎性细胞浸润、严重水肿、淤血、肺泡实变塌陷或者气肿;第8～14天（恢复期）,各种损伤逐渐减轻,出血渗出减少,水肿减轻,肺间质出现纤维化而趋于恢复正常。肝、。肾、脑出现病理改变。结论通过动态观察病理,弄清了禽流感病毒每个时期在BALB／c小鼠体内造成的病理损伤。     

Level of functioning of siblings and parents of probands of varying degrees of retardation

A further analysis of already published data supports the position that retardates of low ability level less frequently have retarded siblings, retarded parents, and parents low in occupational level than do retardates higher in ability level. The analysis supports the position that there are two types of retarded individuals, persons retarded as a result of gene or chromosomal anomalies, brain injury, etc., who more frequently occur in the lower-level retardate group, and persons whose retardation represents polygenic segregation, who more frequently occur in the higher-level group.     

Modes of Inheritance of Errors of Refraction

Eighteen families in which both parents had refractions within the range of +4·0 D to −4·0 D and axial lengths seen in emmetropia (22·3-26·0 mm) showed coefficients of correlation of the order 0·5 indicative of polygenic inheritance. Such coefficients were seen for axial length (0·407) and for the cornea (0·487), but not for the lens (which is known to be yoked to the axial length). No such coefficients were seen in 19 families in which one of the parents had axial length outside the emmetropic range (nine families with long axes and 10 with short axes).

The pattern of polygenic inheritance for emmetropia (completely correlated optical components) and errors of refraction up to 4·0 D (inadequately correlated components: correlation ametropia) follows that seen in stature and other measurable characters. In contrast the high refractive errors with their abnormal axial lengths (component ametropia) are—like the extremes in stature—pathological anomalies with monofactorial inheritance.