SARS冠状病毒M蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的 预测SAR冠状病霉M蛋白的HLA-A*0201限制性CTL表位。方法 联合应用简单基序法和延展基序法。结果 预的测出4个九肽CTL表位。结论通过对SARS冠状病毒M蛋白抗原CTL表位进行预测，从而为SARS冠状病毒M蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索，为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料。     

氨基酸非键作用指数用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量预测研究

目的 预测SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位.方法 从分子的三维空间结构出发,基于静电、立体、疏水这三类与生物活性直接相关的非键作用方式,经主成分分析技术(PCA)得到了一种新的分子结构表达方法--氨基酸非键作用指数.利用该指数结合偏最小二乘(PLS)算法对152个HLA-A*0201限制性CTL表位进行了定量构效关系(QSAR)建模,再使用该模型对SSX-1和SSX-4抗原HLA.A*0201限制性表位进行预测.结果 预测出8个活性值大于7的九肽表位.结论 通过对SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位的预测,从而为SSX-1和SSD-4抗原HLA-A*0201限制性表位的实验探测和鉴定打下了基础.     

基于SCORE函数估算HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性

目的 建立HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性的定量预测方法。方法基于SCORE打分函数,运用定量构效关系的理论和方法研究了HLA-A*0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的定量关系,并建立了SCORE得分与亲和性的定量关系模型,并用外部样本(5个HLA-A*0201限制性CTL表位九肽)作为预测集用于检验模型的预测能力。结果基于SCORE打分函数建立的定量模型具有较好的相关性(r=0．9165,RMS=0．38)和对外部样本的预测能力(rpred=0.9847,RMS=0.135)。结论基于SCORE打分函数,运用定量构效关系研究的理论和方法建立了HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性的定量预测方法,为实验鉴定高亲和性HLA-A*0201限制性CTL表位提供了理论依据。     

HIV-1 pol抗原HLA-A＊0201限制性低亲和性CTL表位预测及改造分析

目的:初步筛选HIV-1 pol抗原的HLA-A*0201 限制性低亲和性CTL表位,预测并初步鉴定修饰后的表位与HLA-A*0201之间亲和性的变化.方法:采用超基序、蛋白酶解、HLA结合力等预测相结合的办法筛选HLA-A*0201限制性低亲和性CTL表位,通过氨基酸置换适当修饰,并以T2细胞检测HLA-A*0201分子与肽的亲和力和稳定性来评价修饰后表位.结果:筛选出的低亲和性CTL候选表位,经修饰后与HLA-A*0201 之间的亲和性均有不同程度的提高.其中,YVSLSFPQI (pol52-60Y1),YVSQIIEQL(pol673-681Y1),YIQKETWEA(pol548-556Y1)HLA-A*0201呈高亲和力结合,同时肽-HLA-A*0201复合物半数解离时间(Dissociation Complex50,DC50)均大于8 h.结论:预测的pol抗原表位经过修饰可能会成为潜在的HLA-A*0201限制性表位.     

尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的预测、筛选及鉴定

目的预测、筛选及合成尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T Lymphocyte,CTL)表位,初步鉴定EWS-FLI1表位肽。方法综合运用BIMAS、SYFPEITHI、Predep和IEDB方案对EWS-FLI1蛋白进行HLA-A~*0201限制性CTL表位的预测,应用多项式方案、量化基序方案对预测的CTL表位进行筛选,并将筛选的CTL表位与HLA-A~*0201分子进行动力学模拟,应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽;通过表位多肽刺激CTL释放颗粒溶素的检测,以及靶细胞杀伤实验验证表位多肽的免疫效应。结果综合预测得出了8个可能的表位肽,进一步筛选确定其中4个肽为候选合成表位,应用分子动力模拟初步验证了4个候选表位肽与HLA-A2.1分子的结合力,合成的各条肽经色谱分析纯度均在98%以上,经质谱分析各肽的分子量测定值与理论值相符,颗粒溶素释放实验及靶细胞杀伤实验证实了筛选的表位均能产生刺激效应,其中,表位肽QIQLWQFLL(EWS-FLI1 304)的刺激效应最为显著。结论综合运用多个方案可提高预测效率,分子动力学模拟可初步验证表位肽与HLA-A~*0201的结合力,所合成的多肽为高纯度肽,通过免疫学实验初步鉴定了EWS-FLI1的表位。     

人锌转运蛋白8的HLA-A~*0201限制性CTL表位的预测及初步验证

目的预测和初步鉴定1型糖尿病(T1DM)主要自身抗原锌转运蛋白8(ZnT8)的HLA-A*0201限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocytes,CTL)表位,为基于ZnT8抗原表位的特异性免疫治疗奠定基础。方法选取BIMAS预测工具预测该抗原HLA-A*0201限制性结合肽,人工合成待测表位肽,利用T2细胞株测定各肽与HLA-A*0201分子的结合力。利用酶联免疫斑点检测(enzyme-linked immunospotassay,ELISPOT)方法检测候选肽刺激T1DM患者外周血单个核细胞分泌IFN-γ和IL-2的能力,利用标准51Cr释放试验检测特异性CTL诱导活性。结果在所筛选的5个候选CTL表位中,ZnT8(107-115)、ZnT8(115-123)及ZnT8(145-153)与HLA-A*0201分子具有较高的结合荧光强度,可在体外有效诱导抗原特异性CTL的产生,刺激T1DM患者PBMC分泌IFN-γ和IL-2,并对抗原肽负载的T2细胞具有明显的杀伤效应。结论 ZnT8(107-115)、ZnT8(115-123)及ZnT8(145-153)可能是HLA-A*0201限制性CTL表位,为基于人ZnT8抗原表位的特异性免疫治疗奠定理论基础。     

HIV-1 Gag抗原HLA-A*0201限制性低亲和性CTL表位预测及改造分析

初步筛选HIV-1 Gag抗原的HLA-A*0201限制性低亲和性CTL表位,预测并初步鉴定修饰后的表位与HLA-A*0201之间亲和性的变化。采用超基序、蛋白酶解预测等相结合的办法筛选HLA-A*0201限制性低亲和性CTL表位,通过氨基酸置换适当修饰,并以T2细胞株测定肽与HLA-A*0201分子的亲和力和稳定性试验来评价修饰后表位与HLA-A*0201之间亲和性。结果:筛选出3个低亲和性CTL候选表位,经修饰后的表位与HLA-A*0201之间的亲和性均有不同程度的提高。YIYKRWIIL(259-267Y1),YQANFLGKI(429-437Y1)和YTNNPPIPV(249-257Y1)与HLA-A*0201呈高亲和力结合,荧光系数(flurorescene index,FI)分别为2.68、2.54和2.35,同时肽-HLA-A*0201复合物半数解离时间(dissociation complex50,DC50)均大于8h。预测的低亲和力表位经过修饰可能会成为潜在的HLA-A*0201限制性表位。     

慢性白血病抗原CML28 HLA-A*0201限制性CTL表位预测

目的鉴定慢性白血病肿瘤抗原CML28的HIA-A*0201限制性CTL表位。方法 采用超基序和量化基序结合的方法初步预测CM128的HLA-A*0201限制性CTL表位；利用T2细胞亲合力实验初步验证预测结果。结果 在预测的4个候选CTL表位中，ALVDAGVPM和ALDSDGTLV有较高的亲和力，ALFCGVACA和SLLACCLNA仅有低度亲和力。结论ALVDAGVPM与ALDSDGTLV最有可能是慢性白血病肿瘤抗原CML28的HLA-A*0201限制性CTL表位。     

人Ⅱ型胶原的HLA-A~*0201限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的预测和初步鉴定类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)主要自身抗原Ⅱ型胶原(CollagenⅡ,CⅡ)的HLA-A*0201限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocytes,CTL)表位,为基于CⅡ抗原表位的特异性免疫治疗奠定基础。方法选取BIMAS、SYFTEPITHI、IEDB、SVMHC、AntiJen预测工具预测该抗原HLA-A*0201限制性结合肽;人工合成待测表位肽,利用T2细胞株通过直接免疫荧光法测定各肽与HLA-A*0201分子的结合力。利用酶联免疫斑点检测(enzyme-linked immunospotassay,ELISPOT)方法检测候选肽刺激关节滑液单个核细胞(synovial fluid mononuclear cell,SFMC)分泌IFN-γ的能力。结果综合BIMAS、SYFTEPITHI、IEDB、SVMHC、AntiJen预测结果筛选出来可能与HLA-A*0201结合的5条肽。MHC亲和力实验表明,在候选的5条肽中,P1261、P1365及P1399具有与HLA-A*0201分子结合的能力,平均荧光强度分别为:1.35、2.53、1.78。ELISPOT试验结果表明,P1365具有刺激SFMC分泌IFN-γ的能力。结论表位预测结果与初步鉴定结果具有一致性,两者联合应用初步认为P1365是HLA-A*0201限制性CTL表位的可能性最大,为下一步表位鉴定及基于人CⅡ抗原表位的特异性免疫治疗奠定理论基础。     

轮状病毒结构蛋白VP7 HLA-A2.1限制性CTL表位的初步鉴定

目的 预测并初步鉴定轮状病毒Wa株结构蛋白VP7 HLA—A2．1限制性CTL表位。方法 用BIMAS软件预测VP7 HLA—A2．1限制性CTL表位;分子模拟技术对分值最高的4条肽进行分子模建;最后测定候选肽与HLA-A2．1分子的亲和力及结合稳定性。结果 结合BIMAS及分子模拟的预测结果,选择4条肽QLYCDYNLV（132—140）、LLNYILKSV（18—26）、VLMKYDQSL（140—148）及VNWKKWWQV（287—295）作为候选表位肽;4条肽与HLA—A2．1结合的荧光系数（FI）值分别为2．58、3．83、3．19及0．82,肽-HLA-A2．1复合物半数解离时间（DC50）分别为2-4、6-8、8及2h。结论 QLYCDYNLV（132—140）、LLNYILKSV（18—26）及VLMKYDQSL（140—148）为潜在的HLA-A2．1限制性CTL表位。     

骨髓瘤抗原Sp17 HLA-A*0201限制性CTL表位预测及初步鉴定

目的鉴定骨髓瘤抗原Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位。方法采用超基序和量化基序法预测Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位；用T2细胞亲和力实验和稳定性实验对该表位进行初步鉴定。结果超基序和量化基序法预测得出Sp17抗原的4个CTL表位（LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）、KEKEEVAAV（111-119）），亲和力实验结果表明LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有较高亲和力，而KEKEEVAAV（111-119）肽亲和力较低；稳定性实验表明ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）与HLA-A＊0201分子结合稳定性较好。结论ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有可能是骨髓瘤抗原Sa17 HLA-A＊0201限制件CTL表位。     

Prediction of HLA class I-restricted T-cell epitopes of islet autoantigen combined with binding and dissociation assays

Identification of cognate peptides recognized by human leucocyte antigen (HLA)/T cell receptor (TCR) complex provides insight into the pathogenic process of type 1 diabetes (T1D). We hypothesize that HLA-binding assays alone are inadequate metrics for the affinity of peptides. Zinc transporter-8 (ZnT8) has emerged in recent years as a novel, major, human autoantigen. Therefore, we aim to identify the HLA-A2-restricted ZnT8 epitopes using both binding and dissociation assays. HLA class I peptide affinity algorithms were used to predict candidate ZnT8 peptides that bind to HLA-A2. We analyzed 15 reported epitopes of seven β-cell candidate autoantigens and eight predicted candidate ZnT8 peptides using binding and dissociation assays. Using IFN-γ ELISpot assay, we tested peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from recent-onset T1D patients and healthy controls for reactivity to seven reported epitopes and eight candidate ZnT8 peptides directly ex vivo. We found five of seven recently reported epitopes in Chinese T1D patients. Of the eight predicted ZnT8 peptides, ZnT8(153-161) had a strong binding affinity and the lowest dissociation rate to HLA-A*0201. We identified it as a novel HLA-A*0201-restricted T-cell epitope in three of eight T1D patients. We conclude that ZnT8(153-161) is a novel HLA-A*0201-restricted T-cell epitope. We did not observe a significant correlation (P = 0.3, R = - 0.5) between cytotoxic T cell (CTL) response and peptide/HLA*0201 complex stability. However, selection of peptides based on affinity and their dissociation rate may be helpful for the identification of candidate CTL epitopes. Thus, we can minimize the number of experiments for the identification of T-cell epitopes from interesting antigens.     

Prediction of HLA class I-restricted T-cell epitopes of islet autoantigen combined with binding and dissociation assays

Identification of cognate peptides recognized by human leucocyte antigen (HLA)/T cell receptor (TCR) complex provides insight into the pathogenic process of type 1 diabetes (T1D). We hypothesize that HLA-binding assays alone are inadequate metrics for the affinity of peptides. Zinc transporter-8 (ZnT8) has emerged in recent years as a novel, major, human autoantigen. Therefore, we aim to identify the HLA-A2-restricted ZnT8 epitopes using both binding and dissociation assays. HLA class I peptide affinity algorithms were used to predict candidate ZnT8 peptides that bind to HLA-A2. We analyzed 15 reported epitopes of seven β-cell candidate autoantigens and eight predicted candidate ZnT8 peptides using binding and dissociation assays. Using IFN-γ ELISpot assay, we tested peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from recent-onset T1D patients and healthy controls for reactivity to seven reported epitopes and eight candidate ZnT8 peptides directly ex vivo. We found five of seven recently reported epitopes in Chinese T1D patients. Of the eight predicted ZnT8 peptides, ZnT8_153–161 had a strong binding affinity and the lowest dissociation rate to HLA-A*0201. We identified it as a novel HLA-A*0201-restricted T-cell epitope in three of eight T1D patients. We conclude that ZnT8_153–161 is a novel HLA-A*0201-restricted T-cell epitope. We did not observe a significant correlation (P = 0.3, R = ? 0.5) between cytotoxic T cell (CTL) response and peptide/HLA*0201 complex stability. However, selection of peptides based on affinity and their dissociation rate may be helpful for the identification of candidate CTL epitopes. Thus, we can minimize the number of experiments for the identification of T-cell epitopes from interesting antigens.