基于网络药理学的川芎作用机制研究

目的 探讨中药川芎的可能药理作用机制,为进一步开发作用靶点明确的药物提供依据.方法 利用中药系统药理学分析平台、Cytoscape 3.5.1软件、STRING数据库以及DAVID生物信息学资源数据库分别对川芎的有效化学成分以及靶标蛋白进行分析,并通过化合物及其靶标蛋白的关系构建可视化的网络进行拓扑学分析,进一步分析蛋...     

当归、川芎及其药对的超临界提取物的GC-MS成分分析

采用气相色谱-质谱(GC-MS)和NIST 谱库分析,鉴定了当归、川芎及其药对的超临界CO2提取物中的主要挥发性成分,并做了相关比较.结果表明:当归、川芎的超临界提取物中最主要的挥发油成分均为内酯类化合物,但川芎中挥发油成分的种类和含量明显多于当归.混合的超临界提取物与分别提取物的成分无明显差异,但在成分的含量上有一定的提高.     

基于网络药理学研究半夏治疗功能性消化不良的作用机制

目的 探讨半夏治疗功能性消化不良的作用机制.方法 本研究起止2020年1—2月.通过TCMSP数据库检索得到半夏的活性成分和作用靶点,同时借助UniProt、HCBI和PubMed等数据库,得到药物活性成分靶点对应的基因名.利用Gene Cards和OMIM数据库得到功能性消化不良的相关治疗靶点,将其与半夏活性成分靶点取交集后得到药效靶点.将交集靶点通过STRING 11.0数据库进行蛋白质-蛋白质的相互作用网络分析得到潜在的治疗核心蛋白.最后采用KOBAS 3.0平台和DAVID 6.8数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,研究半夏治疗功能性消化不良靶点的作用机制.结果 筛选得出半夏的13个活性成分和74个活性成分靶点基因以及35个交集基因.通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,半夏治疗功能性消化不良可能与B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)、RACα丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸蛋白酶-9(CASP9)等靶点蛋白相关.GO功能富集分析得到66个GO条目(P<0.05),通过分析我们可以知道半夏治疗功能性消化不良主要与儿茶酚胺结合、内肽酶活性、核受体活性、转录因子活性、凋亡过程中的半胱氨酸型内肽酶活性等功能相关.KEGG信号通路分析得到97条信号通路(P<0.05),通过筛选主要与凋亡-多物种、凋亡-乙型肝炎、大肠癌、肿瘤坏死因子等信号通路相关,我们发现这些通路中均含有B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶(Caspase)、凋亡基因(Bax)等凋亡因子.结论 半夏可以通过多成分、多靶点、多途径共同发挥对功能性消化不良的治疗作用,其中在对凋亡通路上的其因子表达抑制或者增强,最终达到抑制组织细胞的凋亡将可能是半夏治疗功能性消化不良的重要机制之一.     

基于网络药理学的当归 白芍药对作用机制研究

摘 要 目的：运用网络药理学方法研究当归 白芍药对药效成分的分子作用机制,探讨其多成分 多靶点的作用机理。 方法: 依托中药系统药理学分析平台(TCMSP),结合已有研究结果及文献报道,筛选出当归、白芍中主要的药效活性成分及其作用靶点,采用Cytoscape软件构建成分 靶点网络及蛋白 蛋白相互作用(PPI)网络,采用ClueGO及reactome FI对所预测的核心靶点进行基因功能和通路富集分析。 结果: 以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.05为筛选条件,结合已有研究结果,选择当归、白芍中共30个化合物为候选成分进行靶点和通路的筛选,共检索出125个作用靶点,其中在String数据库中分值高于0.9的核心靶点有106个,基因功能涉及脂类代谢、血液循环、DNA转录、细胞内信号调节、腺体发育及氨基酸代谢等方面,核心靶点主要通过影响信号转导、免疫系统、代谢过程、基因表达、神经元系统、程序性细胞死亡等多途径发挥药效作用。 结论: 本研究结果提示了当归 白芍药对的基本药理作用和作用机制,为进一步的实验验证奠定了基础,为阐释其配伍机理及作用机制提供了参考依据。     

龙生蛭胶囊中“桃仁-红花-川芎”药组治疗脑卒中网络药理学研究

目的预测龙生蛭胶囊中"桃仁-红花-川芎"药组治疗脑卒中的药效物质基础及作用机制。方法利用中医药整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0),将"桃仁-红花-川芎"药组化学信息进行靶标预测,构建与脑卒中相关疾病靶标信息的蛋白互作网络(PPI),采用通路富集分析药组干预疾病的关键靶标,并构建"桃仁-红花-川芎"药组活性成分、关键核心靶标和疾病相关通路的PPI,绘制"中药-活性成分-关键核心靶标-通路"网络图,分析与核心靶标相关的主要成分,并采用分子对接技术对活性成分进行虚拟筛选。结果共预测到活性成分19个,核心网络靶标62个,其中药物靶标27个,疾病靶标35个,疾病与药物共有靶标2个(NR3C1,APP);其药效物质基础主要为生物碱类、挥发油类、黄酮类、有机酸类等成分";桃仁-红花-川芎"药组主要活性物质与细胞外信号调节蛋白激酶2(ERK2)、Janus激酶2(JNK2)形成较好的对接模式与较高的亲和力,具有治疗脑卒中的活性。结论龙生蛭胶囊中"桃仁-红花-川芎"药组通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥脑卒中治疗作用,其作用机制可能与调控ERK2和JNK2等核心靶标有关。     

基于网络药理学的羌活-独活药对抗炎作用机制研究

目的:预测羌活-独活药对抗炎活性成分及其作用机制。方法:根据口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的原则分别筛选羌活、独活的活性成分,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)对羌活、独活的潜在作用靶点进行预测和筛选,然后以"Anti-inflammatory"为关键词在人类基因数据库Genecards中检索炎症相关靶基因,并与羌活、独活中活性成分靶基因映射筛选出共同靶点,再利用Cytoscape 3.5.1软件建立活性成分-靶点网络。将筛选得到的靶点在相互作用基因/蛋白质搜索工具平台STRING V 10.5构建其靶蛋白相互作用(PPI)网络,并进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路和基因本体(GO)富集分析,以研究其抗炎机制。结果:从羌活、独活药对中共筛选得到香豆素、β-谷甾醇、欧前胡素、紫花前胡苷等15个活性成分,作用于转录因子AP-1、磷脂酰肌醇激酶3r亚基、雌激素受体等49个靶点,主要涉及乙型肝炎、细胞凋亡等19条信号通路,参与炎症反应调节、前列腺素类生物合成等47个生物过程。结论:预测了羌活-独活药对活性成分多靶点、多通路、多生物过程的抗炎机制,为其进一步的抗炎机制研究指明了方向。     

昆明山海棠-鸡血藤药对治疗类风湿关节炎作用机制的网络药理学研究

目的:研究昆明山海棠-鸡血藤药对治疗类风湿关节炎的作用机制。方法:通过检索治疗靶点数据库(TTD)、药物银行(DrugBank)和DisGeNET数据库获取类风湿关节炎靶点,并构建靶点互作(PPI)网络筛选关键靶点。以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18、半衰期(HL)≥4 h为指标,借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)获取昆明山海棠-鸡血藤药对的活性成分,并预测其靶点,构建昆明山海棠-鸡血藤药对活性成分-靶点网络;借助Systems Dock Web Site在线平台、Genomics平台筛选昆明山海棠-鸡血藤药对的活性成分和类风湿关节炎的共有靶点,然后利用Cytoscape3.2.1软件中Cluego插件分析共有靶点的京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路。结果:共检索到类风湿关节炎靶点1 956个,其中关键靶点11个[包括白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等];昆明山海棠-鸡血藤药对共筛选出30种活性成分(包括木犀草素、芒柄花黄素、β-谷甾醇、雷公藤甲素等)和229个靶点。昆明山海棠-鸡血藤药对和类风湿关节炎的共有靶点有37个[包括基质金属蛋白2(MMP2)、TNF、VEGFA等];参与的KEGG信号通路有细胞凋亡、IL-17信号通路、Th17细胞分化信号通路、TNF信号通路等。结论:昆明山海棠-鸡血藤药对可能通过MMP2、TNF、VEGFA等靶点作用于细胞凋亡、IL-17信号通路等多条信号通路发挥治疗类风湿关节炎的作用,本研究结果可为进一步研究昆明山海棠-鸡血藤药对治疗类风湿关节炎的作用机制提供参考。     

基于网络药理学探讨“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的重要靶标。方法 通过中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“酸枣仁-当归”药对活性成分及相应靶点;通过GeneCards数据库检索失眠相关靶点;在Cytoscape3.7.2软件中构建“酸枣仁-当归”药对-活性成分-靶点网络图;构建韦恩图得到该药对与疾病的交集靶点。构建蛋白质互作（PPI）网络筛选核心靶点,通过Autodock等软件进行分子对接。借助R studio对交集靶点进行GO富集和KEGG通路分析。结果 得到“酸枣仁-当归”药对有效成分11个,靶点88个,失眠相关靶点1 348个,交集靶点20个,6个核心靶点。分子对接分析发现丁子香萜与MAOB结合能力最强。GO富集和KEGG通路分析得到,肾上腺素能受体信号通路、神经递质受体的活动等,通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触等达到治疗失眠的作用。结论 “酸枣仁-当归”药对可能通过MAOB、ACHE、SLC6A4等靶标调控胆碱能突触、多巴胺能突触、钙信号通路、5-羟色胺能等信号通路来起到多因素共同治疗失眠的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨康艾注射液治疗乳腺癌的作用机制

目的利用网络药理学和分子对接探讨康艾注射液治疗乳腺癌的分子机制。方法该研究起止时间为 2021年 3—6月。资料来源是通过中药系统药理学数据库与分析平台( TCMSP)、 Swiss Target Prediction数据库挖掘康艾注射液的化学成分及靶点,借助 Uniprot数据库进行基因名称校正,在 GeneCards、OMIM数据库中检索乳腺癌疾病的相关靶点,利用 Venny 2.1在线软件获取药物与疾病的共同靶点,由 Cytoscape 3.7.2绘制药物 -成分 -靶点 -疾病网络, STRING数据库在线绘制蛋白互作网络,基于 DAVID数据库对靶点进行基因本体( GO)和京都基因与基因组百科全书( KEGG)富集分析,运用 AutoDock Vina软件对康艾注射液的关键的活性成分和作用靶点进行分子对接验证。结果康艾注射液的 32个有效成分通过调控 125个靶点和 104条通路对乳腺癌产生作用, 4个关键的化合物分别为异鼠李素、槲皮素、山柰酚、氧化苦参碱,可通过肿瘤抑制蛋白( TP53)、消旋 -α丝氨酸 /苏氨酸蛋白激酶( AKT1)、核转录因子激活蛋白 -1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶 1(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)外等关键靶蛋白介导癌症途径、 TNF、低氧诱导因子 -1(HIF-1)、磷脂酰肌醇 -3-激酶 -丝氨酸 /苏氨酸蛋白激酶( PI3K-Akt)、凋亡途径、核苷酸结合寡聚化结构域( NOD)样受体、 T细胞受体等信号通路发挥抗乳腺癌作用。分子对接表明筛选的靶点蛋白与有效活性成分具有较好的结合活性。结论康艾注射液治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,该研究结果为康艾注射液的临床应用及其机制研究提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨清心滋肾汤治疗围绝经期综合征的作用机制

目的 探讨清心滋肾汤治疗围绝经期综合征（MPS）的作用机制。方法 该研究起止时间为2021年1—6月。运用TCMSP数据库检索清心滋肾汤中各药物的活性成分;通过GeneCards等数据库获取围绝经期综合征疾病靶点,两者取交集后得到清心滋肾汤治疗MPS的预测靶点,接着构建“药物-成分-靶点-疾病”网络以及蛋白互作网络（PPI）和精简核心网络;运用R软件对清心滋肾汤治疗MPS进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组数据库（KEGG）通路富集分析。结果 筛选得到69个主要活性成分,包括木犀草素（Luteolin）、槲皮素（Quercetin）、豆甾醇（Stigmasterol）、谷固醇（Beta-sitosterol）、山柰酚（Kaempferol）、四氢鸭脚木碱（Tetrahydroalstonine）等;54个靶点基因,核心靶点基因包括白细胞介素（IL）-6、IL-1β、雌激素受体-1(ESR1)、人纤溶酶原激活物抑制剂1(SERPINE1)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、补体调节蛋白（CRP）、细胞周期蛋白D1(CCND1)、孕激素受体（PGR）、血红素加氧酶1(H...     

基于网络药理学分析苍术-桂枝治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用机制

目的 网络药理学筛选苍术-桂枝治疗非酒精性脂肪性肝炎的有效成分和靶点。方法 应用TCMSP和Swiss查找苍术、桂枝的活性成分的靶点,通过OMIM和GeneCards数据检索非酒精性脂肪性肝炎的靶点,获取交集靶点,利用Cytoscape 3.6.0构建苍术-桂枝与非酒精性脂肪性肝炎的“药物-成分-疾病-靶点”的网络图,筛选出关键靶点,进行GO和KEGG富集分析,最后利用分子对接验证关键靶点。结果 得到苍术-桂枝有效活性成分16个,交集靶点77个,蛋白互作分析(PPI)得到ACE、APOB、CAT、TP53、EGFR、PPARG等16个核心靶点。KEGG和GO结果显示：主要影响脂质颗粒、细胞外间隙、内质网等10种细胞成分,脂肪酸结合、肝素结合、脂质转运体活性等10种分子功能,作用于炎症反应、胆固醇稳态、胆固醇代谢过程等10种生物过程,主要通过脂质与动脉粥样硬化、胰岛素抵抗、非酒精性脂肪肝等13种通路对非酒精性脂肪性肝炎起作用,分子对接结果证明,16中有效成分与靶点具有较强的结合能。结论 苍术-桂枝改善非酒精性脂肪性肝炎的作用机制可能通过胰岛素抵抗、非酒精性脂肪肝等通路实现的,具有多个靶点...     

基于网络药理学和分子对接技术分析少腹逐瘀汤治疗盆腔炎的作用机制及功效成分含量测定

目的 基于网络药理学和分子对接技术分析少腹逐瘀汤治疗盆腔炎潜在的分子作用机制,并利用HPLC-DAD建立功效物质基础含量的测定方法。方法 根据网络数据平台对少腹逐瘀汤的各味中药成分进行收集和筛选,获得了218种活性成分,得到了199个药物成分的靶点,建立“中药-药物成分-靶点”交互作用网络,筛选出关键功效物质基础。同时查找到2558个盆腔炎相关的治疗靶点,取交集后得97个少腹逐瘀汤和盆腔炎的作用靶点,建立蛋白交互作用网络,筛选出70个核心蛋白,其中包括SRC,MAPK1和HSP90AA1。通过Metascape数据库对交集靶点进行富集分析。采用AutoDock Tools,Pymol等软件对以上过程所得结果进行分析和验证。此外,还对功效成分建立含量测定方法完成对少腹逐瘀汤中功效成分的含量测定。结果 少腹逐瘀汤与盆腔炎的共同生物学过程包括激素的响应、激酶活性的调节等;作用通路主要为癌症通路、脂质代谢与动脉粥样硬化通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接的结果显示功效成分能与核心蛋白稳定的结合,并通过相关的残基进行对接,发生相互作用。结论 该研究为少腹逐瘀汤治疗盆腔炎的作用机制提供了思路,建立的功效成分含量测定方法准确、稳定,为临床应用中质量控制环节提供参考。     

基于网络药理学探讨调神攻坚汤治疗肝纤维化的作用机制

目的 基于网络药理学研究方法探讨调神攻坚汤治疗肝纤维化的作用机制。方法 检索 TCMSP 和BATMAN-TCM数据库得到调神攻坚汤的有效活性成分及其相关作用靶点；并与检索OMIM和Genecards数据库得到的肝纤维化疾病作用靶点利用R语言筛选共同靶点；通过STRING数据库构建靶点间的蛋白互作PPI网络，随后利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析；利用 Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-活性成分-疾病”靶点网络图，并经Cytohubba插件的MCC算法筛选出核心蛋白；再将其导入Genecards数据库中获得亚细胞分布。结果 通过筛选共计获得调神攻坚汤有效活性成分166个，作用靶点596个；经匹配后此方剂治疗肝纤维化的潜在靶点为193个；其中核心包括FN1、MMP2、TNF、IL-6、STAT3、CTNNB1等；GO以及KEGG分析显示调神攻坚汤可能通过调控炎症反应、脂质代谢、细胞凋亡等生物学过程治疗肝纤维化，并且涉及HIF-1、Foxo、PPAR等细胞信号转导通路。结论 通过网络药理学方法初步验证调神攻坚汤治疗肝纤维化是一个“多组分-多靶点-多通路”的过程，并预测其潜在作用机制，为后续临床及基础研究提供理论依据。     

基于网络药理学的丹参川芎嗪注射液入血成分治疗脑梗死机制分析

目的 应用网络药理学方法研究丹参川芎嗪注射液入血成分治疗脑梗死的作用机制。方法 通过文献挖掘确定丹参川芎嗪注射液入血成分,在TCMSP、Swiss Target Prediction数据库检索入血成分靶点,通过Gene Cards数据库搜集脑梗死靶点,将两者靶点筛重得到入血成分治疗脑梗死的作用靶点,借助Cytoscape软件构建入血成分-治疗脑梗死靶点网络;应用STRING平台构建入血成分靶点相互作用网络,并导入Cytoscape软件计算拓扑参数,筛选关键靶点;利用DAVID数据库进行KEGG通路富集分析。结果 丹参川芎嗪注射液中丹参素、丹酚酸B、川芎嗪等14种入血成分主要作用于NOS3、VEGFA、IL4、IL2、F2等关键靶点,调控PI3K-Akt信号通路、VEGF信号通路、TNF信号通路、雌激素信号通路和血小板激活等。结论 丹参川芎嗪注射液主要通过改善微循环、抗凝、保护血管内皮细胞等药理作用,发挥治疗脑梗死作用。     

基于网络药理学分析麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子治疗儿童过敏性鼻炎哮喘综合征的作用机制

目的 基于网络药理学分析麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子药对治疗儿童过敏性鼻炎哮喘综合征（CARAS）的多成分、多靶点、多途径作用机制。方法 结合文献报道,利用TCMSP数据库筛选出麻黄、苦杏仁、辛夷、苍耳子的化学成分和潜在靶标;利用GeneCards、OMIM数据库获取CARAS的疾病靶点;通过R软件获取药物-疾病交集靶基因;利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络图并筛选出核心靶点,利用R语言对核心靶基因进行GO富集分析和KEGG通路分析;利用Sytoscape 3.7.2软件可视化化合物-交集靶点网络、关键通路-关键靶点网络。结果 从麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子药对中筛选得到槲皮素、山萘酚、木犀草素等52个活性成分,作用于MAPK1、MAPK3、AKT1、JUN等24个儿童过敏性鼻炎哮喘综合征核心靶点,参与调节DNA结合转录因子活性、活性氧、脂多糖等生物过程,调控AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17等信号通路。结论 揭示了麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子药对多成分、多靶点、多通路治疗CARAS的作用机制。