胃癌组织miRNA差异表达的初步分析

目的 分析胃癌组织特异性微小RNA（miRNA）表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法 利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-Time PCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431*、miR-550*、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b*和miR-638。Real-Time PCR对其中2个上调（miR-181、miR-19b）和2个下调（miR-134、miR-31）miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论 胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。     

miRNAs在不同亚型胃癌组织中的表达差异分析

目的 选取4种在胃癌组织中异常表达的miRNAs,探讨它们在不同亚型胃癌组织中的表达差异.方法 采用Real-time PCR检测29例肠型胃癌与21例弥漫型胃癌组织及其相应正常胃黏膜组织中miR-27a、miR-494、miR-145和miR-886-3p的表达水平.结果 miR-27a在弥漫型胃癌组织中的表达水平增加2.87倍,在肠型胃癌组织中增加4.64倍,均为高水平表达(P＜0.01),与弥漫型胃癌相比,在肠型胃癌组织中miR-27a的表达更高,差异具有统计学意义(P＜0.01).miR-494在弥漫型胃癌组织中的表达下降了4.39倍,在肠型胃癌组织中则只下降了2.50倍,两者之间差异也有统计学意义(P＜0.01).miR-145在肠型胃癌组织中下调3.28倍(P＜0.01),在弥漫型胃癌组织中只下调2.02倍(P＜0.01).miR-886-3p在肠型胃癌组织中异常高表达,且与弥漫型胃癌组织中表达水平相似.结论 在不同亚型胃癌组织中miRNA表达水平与表达模式存在显著性差异,可能导致胃癌亚型间基因表达水平的不同.     

胃癌组织环状RNA表达谱分析

目的: 研究胃癌组织环状RNA（circular RNAs,circRNAs）表达的变化,以及circRNAs-miRNAs-mRNAs的竞争性内源RNA网络调控的机制。方法: 从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库中选出GSE78092、GPL19978（GSE83521和GSE89143）、GSE100170和STAD（未上传）共5个数据集,分析其差异表达circRNAs,并利用Starbase、TargetScan等数据库进行生物信息学分析。结果： 从胃癌组织与癌旁组织共获得734个差异表达的circ-RNAs,根据P＜0.05、差异表达倍数＞1.5倍筛选得到17个circRNAs。用Starbase数据库分析circRNAs和miRNAs的互作关系,共发现354个靶miRNAs,并利用GEO数据库（GSE23739）验证筛选得到46个miRNAs,利用TargetScan数据库分析其靶向的mRNAs。京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析和基因本体论（gene ontology,GO）分析表明靶基因主要在转录调控、RNA代谢过程、细胞内信号级联和蛋白质定位等方面促进或者抑制胃癌的发生发展。结论： 差异分析表达的17个circRNAs形成circRNAs-miRNAs-mRNAs的竞争性内源RNA网络,可通过调控转录和RNA代谢等过程调节胃癌的发生发展。     

胃癌组织中微小RNA表达水平的定量分析及其意义

目的 了解胃癌组织中微小RNA-421的表达水平及其临床意义.方法 收集41例胃癌组织和12例癌旁组织,提取RNA,用实时定量RT-PCR方法检测微小RNA-421的表达水平,然后分析其表达水平与临床因素的关系.结果 微小RNA-421高表达于70.85%（32/41）的胃癌组织中,它的表达水平与临床病理因素无相关性.结论 微小RNA-421可能参与了胃癌发生的起始过程.     

胃癌淋巴结转移与microRNA表达水平的相关性分析

目的:探究胃癌发生淋巴结转移与microRNA表达水平的相关性,寻找胃癌治疗的潜在靶点.方法:下载公共数据库TCGA胃癌患者的临床病理信息及miRNA表达情况,根据病理是否存在淋巴结转移分为淋巴结转移阳性组和淋巴结转移阴性组.连续变量资料采用独立样本t检验评估2组之间是否存在差异,分类变量资料采用卡方检验评估2组间是否...     

新疆维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因分析

目的 分析研究维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因,筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路。方法 对2017年1-12月新疆维吾尔自治区人民医院的5名维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者胃癌组织和癌旁组织进行基因芯片检测,获取胃癌合并幽门螺旋杆菌感染的基因表达谱,并进行差异表达基因筛选。采用基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解差异基因的功能,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的互作网络进一步筛选调控关键基因,qRT-PCR对挑选的基因进行表达量验证分析。结果 通过比较分析胃癌组织和癌旁组织芯片数据,共筛选出差异表达基因919个（P<0.05,Fold change≥2）,其中上调251个,下调668个。GO分类注释显示,差异基因与胃酸分泌、甲状腺激素代谢、氧化还原酶活性、细胞稳态、磷脂易位、鞘磷脂代谢等生物功能存在密切关联。KEGG通路分析显示,细胞周期、P53信号通路、Nothch信号通路、鞘糖脂生物合成、DNA复制、错配修复、细胞粘附分子、脂肪消化吸收等信号通路可能在胃癌合并幽门螺旋杆菌感染过...     

心脏成纤维细胞和肌成纤维细胞中miRNA的表达差异

目的应用微小RNA(miRNA)芯片技术筛选心脏成纤维细胞(cardiac fibroblasts,CFs)及心脏肌成纤维细胞(cardiac myofibroblasts,CMFs)中差异表达的miRNAs,为寻找与心脏纤维化有关的miRNA提供理论基础.方法体外分离培养小鼠心脏成纤维细胞,常氧培养传代至第2代,然后在37℃、3%O2条件下培养48 h得到心脏肌成纤维细胞.免疫荧光染色鉴定心脏成纤维细胞和心脏肌成纤维细胞,miRNA芯片技术分别检测miRNA在心脏成纤维细胞及心脏肌成纤维细胞中的表达.结果芯片实验数据分析软件V.4.0对芯片数据进行聚类分析,筛选获得80个在心脏成纤维细胞及心脏肌成纤维细胞中差异表达的miRNAs.相对于心脏成纤维细胞,心脏肌成纤维细胞中有55个miRNAs表达显著上调,25个miRNAs表达显著下调.结论心脏成纤维细胞和心脏肌成纤维细胞中存在差异表达的miRNA分子,差异表达可能与心脏纤维化的发生发展有关.     

miRNA在HPV阳性和阴性宫颈癌组织之间的差异分析

目的探讨分析微小RNA（miRNA）在人乳头状瘤病毒（HPV）阳性和阴性宫颈癌组织之间的差异。方法将2011年3月-2013年3月80名宫颈癌患者根据HPV是否阳性分为两组,对照组HPV阴性,观察组HPV阳性。对比组间miRNA含量差异。结果 对照组miR222、miR21和miR221显著低于观察组,miR、miR-10b、miR-15a、miR著高于观察组（P〈0．05）。结论miRNA在HPV感染（阳性）和非HPV感染（阴性）宫颈癌组织中的含量存在明显区别,可用来测定宫颈癌患者是否感染HPV。     

lncRNA与miRNA相互调控作用机制及其在胃癌中的影响

微小RNA(miRNA)是一类通过与mRNA结合从而调控众多编码基因的非编码小RNA。长链非编码RNA(lncRNA)在不同程度上调控基因的表达,包括染色质修饰、转录和转录后处理等,其转录本长度大于200bp。miRNA和lncRNA的相互调控在肿瘤的发生、发展中也发挥重要作用。本文在介绍lncRNA与miRNA相互调控及机制的基础上,总结其对胃癌(gastric cancer,GC)发生、发展的影响。     

结肠癌microRNA表达谱检测及生物信息学分析

目的 探讨miRNA(microRNA,微小RNA)在结肠癌组织中的表达特征及生物学功能.方法 选取临床特征相似的3对结肠癌组织及其配对正常黏膜组织,应用Exiqon miRNA芯片检测miRNA在结肠癌及其配对组织中差异表达情况;3个差异表达的miRNA被选取进行qPCR验证;生物信息学分析差异表达的miRNA及其靶向基因在结肠癌进展中的作用机制.结果 芯片结果显示,在3对结肠癌组织中有201个miRNA出现上调表达,94个下调表达(差异倍数>2),差异有统计学意义(P<0.05).qPCR结果显示,与对照组织比较,选取的3个miRNA中hsa-miR-18b-3p、hsa-miR-31-5p在结肠癌组织中表达上调,hsa-miR-142-3p表达下调,与芯片结果一致,差异有统计学意义(P<0.05).GO及pathway分析显示差异表达的miRNA涉及结肠癌细胞的分化、迁移、定位、增生及RNA、蛋白合成等功能调控,与细胞粘附、结肠癌发生发展等信号途径的激活相关.结论 结肠癌组织中miRNA存在异常表达,可能涉及结肠癌的发生、发展.     

胃癌SGC7901细胞长春新碱耐药性相关miRNA的初步分析

目的 探讨胃癌SGC7901细胞对长春新碱(VCR)化疗药物耐药相关的微小RNA(miRNA),并预测异常表达miRNA的靶基因.方法 体外培养胃癌SGC7901细胞和胃癌VCR耐药细胞SGC7901/VCR;提取总RNA并质检,采用miRNA 8.0微阵列芯片检测分析miRNA表达谱;荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)验证差异表达的miRNA,生物信息学分析软件预测可能调控的靶基因;采用Western blot方法检测靶基因的蛋白表达水平.结果 芯片检测发现,SGC7901和SGC7901/ VCR细胞中63个异常表达的miRNA;其中miR-1267、miR-221、miR-223、miR-200c、miR-99a表达显著性上调;miR-122、miR-1246、miR-302a、miR-195、miR-124表达显著性下调.在胃癌细胞和胃癌组织中验证结果初步显示,miRNA-122和miR-302a可能分别调控靶基因IGF-IR和WDR62.结论 获得的差异表达miRNA,以及预测的靶基因IGF-IR和WDR62可能在胃癌化疗药物VCR耐药中起关键性作用.     

结肠癌血清microRNA 表达谱的检测及临床应用价值

目的 找寻潜在的新型的结肠癌血清microRNA（miRNA）表达谱,探讨其临床应用价值。方法miRNA 微阵列芯片技术检测结肠癌患者和正常人血清中miRNA 表达的差异,并对有差异表达的miRNA 在60 例结肠癌患者血清和60 例正常对照组血清中的表达进行实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证。结果①芯片杂交结果中共有87 种miRNAs 在结肠癌患者血清和正常人血清标本中有差异表达,其中上调表达有39 个,下调表达有48 个。② qRT-PCR 对miRNAs 进行验证,其中miR-31、miR-141、miR-224-3p、miR-576-5p 和miR-4669 这5 个miR 分子在结肠癌症患者中的表达相对于正常对照组差异具有统计学意义（P <0.05）。③ miR-31、miR-141、miR-224-3p、miR-576-5p 和miR-4669 这5 个miR 分子组成的miR- 表达谱诊断结肠癌的效率较高（ROC 曲线下面积为0.992）。结论 临床检测结肠癌患者miR-31、miR-141、miR-224-3p、miR-576-5p 和miR-4669 循环分子标志物表达谱有助于诊断结肠癌,有望成为结肠癌患者临床诊疗评估的重要指标。     

miR －139－5p 在胃癌中的表达及意义

目的：分析miR－139－5p在胃癌中的表达及其与临床病理特征的关系。方法采用逆转录实时定量 PCR 方法检测 miR －139－5p 在胃癌及其癌旁正常组织中的表达量,并分析其与临床病理特征关系。此外检测4株胃癌细胞与正常人胃上皮细胞中 miR －139－5p 的表达。结果与癌旁正常组织比较,miR －139－5p 在胃癌组织中表达下调;有无淋巴结转移以及 TNM 分期间 miR －139－5p 的表达差异有统计学意义（P ＜0．05）;而不同性别、年龄、肿瘤大小以及肿瘤分化程度间 miR －139－5p 的表达差异无统计学意义（P ＞0．05）。 miR －139－5p在胃癌细胞株中表达下调。结论miR －139－5p 在胃癌组织和细胞中表达下调,并与胃癌的淋巴结转移及 TNM分期密切相关,其可能参与了胃癌的转移过程。     

糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析

目的 观察中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织microRNA（miRNA）表达,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测.方法 15只C57小鼠经腹腔一次性注射链脲佐菌素（STZ）建立糖尿病小鼠模型（模型组,n=15）,以10只未建模小鼠作为对照组.建模后8周末,超声心动图检测小鼠心脏功能指标,包括左室射血分数（EF）、左室短轴缩短率（FS）和左心室质量指数（LVWI）.动物处死后留取并制备心肌组织标本,HE染色光学显微镜观察心肌细胞形态,并结合相关软件定量分析心肌细胞面积改变;采用微距阵基因芯片技术筛选糖尿病模型小鼠心肌组织差异表达的miRNA,Real-Time PCR验证结果,并对差异miRNA调控的靶基因进行生物信息学分析.结果 建模8周末,超声心动图检测显示,模型组小鼠EF和FS明显小于对照组,LVWI显著大于对照组;差异均有统计学意义（P〈0.05）.组织学观察发现,模型组小鼠心肌细胞肥大明显.基因芯片检测并经Real-Time PCR验证发现,模型组小鼠心肌组织中有16个差异表达的miRNA,其中miR-195、miR-199a-3p、miR-700、miR-142-3p、miR-24、miR-21、miR-221、miR-499-3p、miR-208a、miR-705表达上调,miR-29a、miR-1、miR-373、miR-143、miR-20a、miR-220b表达下调.生物信息学分析发现,差异miRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关.结论 STZ诱导的中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织miRNA表达谱发生明显改变,提示miRNA可能参与糖尿病心肌损伤过程.     

miRNA expression profile during fluid shear stress-induced osteogenic differentiation in MC3T3-E1 cells

Background Mechanical stress plays an important role in the maintenance of bone homeostasis.Current hypotheses suggest that interstitial fluid flow is an important component of the system by which tissue level strains are amplified in bone.This study aimed to test the hypothesis that the short-term and appropriate fluid shear stress (FSS) is expected to promote the terminal differentiation of pre-osteoblasts and detect the expression profile of microRNAs in the FSS-induced osteogenic differentiation in MC3T3-E1 cells.Methods MC3T3-E1 cells were subjected to 1 hour of FSS at 12 dyn/cm2 using a parallel plate flow system.After FSS treatment,cytoskeleton immunohistochemical staining and microRNAs (miRNAs) were detected immediately.Osteogenic gene expression and immunohistochemical staining for collagen type Ⅰ were tested at the 24th hour after treatment,alkaline phosphatase (ALP) activity assay was performed at 24th,48th,and 72th hours after FSS treatment,and Alizarin Red Staining was checked at day 12.Results One hour of FSS at 12 dyn/cm2 induced actin stress fiber formation and rearrangement,up-regulated osteogenic gene expression,increased ALP activity,promoted synthesis and secretion of type Ⅰ collagen,enhanced nodule formation,and promoted terminal differentiation in MC3T3-E1 cells.During osteogenic differentiation,expression levels of miR-20a,-21,-19b,-34a,-34c,-140,and-200b in FSS-induced cells were significantly down-regulated.Conclusion The short-term and appropriate FSS is sufficient to promote terminal differentiation of pre-osteoblasts and a group of miRNAs may be invovled in FSS-induced pre-osteoblast differentiation.     

miRNA expression profile during fluid shear stress-induced osteogenic differentiation in MC3T3-E1 cells

Objective: To test the hypothesis that the short-term and appropriate fluid shear stress is expected to promote the terminal differentiation of pre-osteoblasts and detect the expression profile of microRNAs in the fluid shear stress-induced osteogenic differentiation in MC3T3-E1. Materials and Methods: MC3T3-E1 cells were subjected to 1 hour of FSS at 12 dyn/cm2 using a parallel plate flow system. After FSS treatment, cytoskeleton immunohistochemical staining and microRNAs were detected immediately, osteogenic genes expression and immunohistochemical staining for collagen type I were tested at the 24th hour, ALP activity assay was measured at the 24th, 48th and 72th hour, alizarin Red Staining was checked at day 12. Results: 1 hour of FSS at 12 dyn/cm2 induced actin stress fiber formation and rearrangement, up-regulated of osteogenic gene expression, increased ALP activity, promoted synthesis and secretion of collagen type I, enhanced nodule formation and promoted the terminal differentiation in MC3T3-E1 cells. During osteogenic differentiation, expression levels of miR-20a, -21, -19b, -34a, -34c, -140 and -200b in FSS-induced cells were significantly down-regulated. Conclusions: The short-term and appropriate fluid shear stress is sufficient to promote the terminal differentiation of pre-osteoblasts and that a group of miRNAs that may play an important role in the FSS-induced pre-osteoblast differentiation.     

MicroRNAs are implicated in the initiation and progression of gastric cancer

Objective Gastric cancer is a genetically heterogeneous disease that progresses via different oncogenes.MicroRNA （miRNA） can regulate oncogene expression at the post-translational level.In this review,we summarize the most commonly altered miRNAs and their possible roles in cancer initiation and progression in gastric cancer.Data sources Most articles were identified by searching PubMed online resources using the key terms of microRNA and gastric cancer.Study selection Mainly original milestone articles and critical reviews written by major pioneer investigators in the field were selected,and the 69 most important articles were cited finally.Results A set of miRNAs are consistently deregulated in gastric cancer,although there is no clear miRNA expression profiles,such as miR-21 and miR-17 （～92 clusters）.These deregulated miRNAs play important roles in promoting cell proliferation,tumor metastasis,and chemotherapeutic resistance in gastric cancer by targeting different oncogenes.Clinical relevance of these deregulated miRNAs is proved to be associated with TNM stages,metastasis,and prognosis of gastric cancer patients.In addition,circulating miRNAs are promising noninvasive biomarkers for gastric cancer.Conclusions miRNAs have produced a novel paradigm in research in gastric cancer.These small molecules play macroroles in gastric cancer initiation and progression.These results will help us improve management of gastric cancer in future.