胃癌组织miRNA差异表达的初步分析

目的 分析胃癌组织特异性微小RNA（miRNA）表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法 利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-Time PCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431*、miR-550*、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b*和miR-638。Real-Time PCR对其中2个上调（miR-181、miR-19b）和2个下调（miR-134、miR-31）miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论 胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。     

结直肠癌患者血浆与组织中微小RNA表达水平的临床研究

目的　探讨结直肠癌（CRC）患者术前、术后血浆微小RNA（miRNA）表达水平变化,以及术前血浆与癌组织miRNA表达水平的相关性。方法　选取2014年6月—2016年8月同济大学附属上海第十人民医院胃肠外科就诊的CRC患者32例,另选取同期体检健康者33例。采集健康者及CRC患者术前、术后1个月外周静脉血,留取CRC患者癌及癌旁组织。通过实时荧光定量聚合酶链反应检测血浆、癌组织与癌旁组织中miR-21、miR-17、miR-145、miR-15b、miR-150表达水平。结果　与健康者比较,CRC患者术前血浆miR-21、miR-17、miR-145、miR-15b表达水平上调（P<0.05）;与术前比较,CRC患者术后1个月血浆miR-21、miR-17、miR-15b表达水平下调（P<0.05）;与癌旁组织比较,CRC患者癌组织中miR-21、miR-17、miR-145、miR-15b表达水平上调,miR-150表达水平下调（P<0.05）。相关性分析显示,CRC患者术前血浆与癌组织miR-21（r=0.516,P=0.002）、miR-15b（r=0.526,P=0.001）表达水平呈正相关。结论　CRC患者血浆和癌组织miR-21、miR-17、miR-145、miR-15b表达水平失调,其中血浆miR-21、miR-15b有望成为CRC新型非侵袭性诊断标志物。     

肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA的表达

目的通过筛选肝细胞癌及癌旁组织中microRNA差异表达谱探讨肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA。方法通过芯片分析临床收集的3例肝细胞癌与癌旁组织样本的miRNA差异表达谱,与miRNA生物信息数据库反向预测的miRNA进行比对,通过实时荧光定量PCR初步确定调控肝癌细胞CDK2基因表达的靶miRNA。利用FUNRICH软件对差异表达的miRNA进行GO富集分析和转录因子分析。结果通过比对芯片结果和反向预测结果筛选出9个miRNA与芯片结果一致,经qRT-PCR验证确定miR-18a-5p、miR-222-3p、miR-200a-3p、miR-375与临床样本的miRNA差异表达谱上/下调一致,其中miR-18a-5p、miR-222-3p表达上调,miR-200a-3p、miR-375表达下调。GO富集分析显示转录因子活性、细胞黏附分子活性、细胞核与胞质、转移酶活性富集程度高;筛选到5个与miRNA结合能力强的转录因子EGR1、SP1、POU2F1、SP4、FOXA1。结论初步确定miR-200a-3p、miR-375为肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA,与CDK...     

转化生长因子β 1 (TGF-β 1)对胃癌细胞microRNA表达谱的影响

 目的 探讨转化生长因子β 1 (transforming growth factor β 1,TGF-β 1)对胃癌细胞BGC823 microRNA (miRNA)表达谱的影响及其意义。方法 应用microRNA芯片检测TGF β1处理胃癌细胞BGC823前后的miRNA表达谱;对miRNA 表达谱进行差异性分析;实时荧光定量RT PCR验证差异表达的miRNA;用生物信息学技术分析差异表达miRNA可能调控的靶基因及其意义。结果 TGF-β1处理胃癌细胞BGC823 24 h 和36 h后,miRNA的表达谱存在6个相同的差异表达miRNA,包括3个(miR-27a,miR-29b 1和 miR-194)表达上调,3个(miR-193b,miR-574 3p和miR-130b)表达下调。实时荧光定量RT-PCR结果与芯片一致。结论 TGF-β 1能够影响胃癌细胞miRNAs的表达,这些上调或下调表达的miRNAs可能参与了胃癌的浸润转移。     

坐骨神经缺损1周背根神经节组织中microRNA的表达变化

目的：研究大鼠坐骨神经缺损后背根神经节中microRNA（miRNA）的表达变化。方法：采用miRNA芯片检测神经缺损0 d（对照组）和7 d（实验组）背根神经节组织中miRNA的表达情况,应用Real time Taqman PCR对芯片结果进行验证。结果：实验组与对照组比较发生上调1.4倍和下调〉1%以上的miRNA分别有13个和5个,Real time TaqmanPCR检测的4个miRNA的表达变化与芯片一致（上调：miR-21,miR-221;下调：miR-500,miR-551b）。结论：大鼠坐骨神经缺损1周后背根神经节组织中miRNA的表达谱发生改变。     

miR-143和miR-520d-5p在胃癌组织中的异常表达

目的 应用MicroRNAs （miRNAs）芯片技术筛选胃癌组织中差异表达的miRNAs,研究与胃癌相关的miRNAs.方法 从3对手术切除的胃和相配对的正常胃组织中提取总RNA,miRNA芯片检测miRNA表达情况,然后在47例配对的胃癌和正常胃组织中,用Real-time RT-PCR（Taqman）对部分差异表达miRNA进行验证.结果 芯片结果显示：与配对的正常胃组织相比,有62个miRNAs在胃癌中异常表达,其中42个miRNA高表达,20个miRNA低表达.用Real-time RT-PCR（Taqman）验证显示：miR-143在胃癌组织中表达显著降低（JP=0.002 9）;miR-520d-5p在胃癌组织中表达显著提高（P =0.032）.结论 miR-143和miR-520d-5p可能参与了胃癌的发生过程.     

结肠癌血清microRNA 表达谱的检测及临床应用价值

目的 找寻潜在的新型的结肠癌血清microRNA（miRNA）表达谱,探讨其临床应用价值。方法miRNA 微阵列芯片技术检测结肠癌患者和正常人血清中miRNA 表达的差异,并对有差异表达的miRNA 在60 例结肠癌患者血清和60 例正常对照组血清中的表达进行实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证。结果①芯片杂交结果中共有87 种miRNAs 在结肠癌患者血清和正常人血清标本中有差异表达,其中上调表达有39 个,下调表达有48 个。② qRT-PCR 对miRNAs 进行验证,其中miR-31、miR-141、miR-224-3p、miR-576-5p 和miR-4669 这5 个miR 分子在结肠癌症患者中的表达相对于正常对照组差异具有统计学意义（P <0.05）。③ miR-31、miR-141、miR-224-3p、miR-576-5p 和miR-4669 这5 个miR 分子组成的miR- 表达谱诊断结肠癌的效率较高（ROC 曲线下面积为0.992）。结论 临床检测结肠癌患者miR-31、miR-141、miR-224-3p、miR-576-5p 和miR-4669 循环分子标志物表达谱有助于诊断结肠癌,有望成为结肠癌患者临床诊疗评估的重要指标。     

微阵列芯片分析miR-125b-5p在胃癌中的表达及临床意义

目的: 运用生物信息学技术分析胃癌中microRNA表达特征。方法: 使用R语言软件包分析GEO芯片数据集的两个子集中的miRNA表达量的差异;采用qRT-PCR技术检测本院60例胃癌患者癌组织及20例胃癌手术患者癌旁组织中miR-125b-5p的表达量,统计分析其表达特征与分化程度、TNM分期、性别、年龄、家族史及肿瘤直径之间的关系。结果： miR-125b-5p在GSE93415和GSE99415中的表达均上调,且其在胃癌组织与癌旁胃组织表达量差异具有统计学意义（P<0.05）。使用qRT-PCR验证了miR-125b-5p在胃癌组织中的表达高于癌旁组织的趋势,miR-125b-5p表达量与TNM分期和浸润程度有关（P<0.05）,与年龄、性别、家族史、肿瘤直径和分化程度均无关（P>0.05）;高表达miR-125b-5p的胃癌患者生存期明显缩短。结论： 胃癌组织miR-125b-5p高表达,且与胃癌TNM分期、浸润程度及总生存率有关。     

乳腺癌差异表达的MicroRNA的筛选研究

【目的】应用miRNA芯片技术筛选乳腺癌及癌旁组织差异表达的miRNA,发现与乳腺癌相关的miRNA,为进一步阐明其在乳腺癌发病机制中的作用打下基础。【方法】收集8例新鲜的乳腺癌及其癌旁组织,抽提总RNA并分离出小RNA进行Cy3荧光标记,将标记的小RNA在miRNA芯片上进行杂交反应,应用实时定量RT-PCR方法验证miRNAs芯片结果的可靠性。【结果】对芯片数据进行SAM分析,结果筛选获得16个乳腺癌相关miRNAs,相对于癌旁组织,在乳腺癌组织中9个miRNAs表达上调,7个miRNAs表达下调。其中显著上调的有miR-21,miR-365,显著下调的有miR-497,miR-31。【结论】筛选得到乳腺癌miRNA差异表达谱,其可能与乳腺癌的发生发展有关。     

结肠癌组织中miR-451表达的检测与分析

目的 研究结肠癌组织和癌旁组织中miR-451的表达差异.方法 分别使用miRNA芯片和Real-time PCR检测结肠癌组织和癌旁组织中miR-451.结果 miRNA芯片检测发现结肠癌组织中miR-451相对于癌旁组织表达显著上调,并被Real-time PCR所证实.结论 结肠癌组织中miR-451表达上调.     

糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析

目的 观察中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织microRNA（miRNA）表达,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测。方法 15只C57小鼠经腹腔一次性注射链脲佐菌素（STZ）建立糖尿病小鼠模型（模型组,n=15）,以10只未建模小鼠作为对照组。建模后8周末,超声心动图检测小鼠心脏功能指标,包括左室射血分数（EF）、左室短轴缩短率（FS）和左心室质量指数（LVWI）。动物处死后留取并制备心肌组织标本,HE染色光学显微镜观察心肌细胞形态,并结合相关软件定量分析心肌细胞面积改变;采用微距阵基因芯片技术筛选糖尿病模型小鼠心肌组织差异表达的miRNA,Real-Time PCR验证结果,并对差异miRNA调控的靶基因进行生物信息学分析。结果 建模8周末,超声心动图检测显示,模型组小鼠EF和FS明显小于对照组,LVWI显著大于对照组;差异均有统计学意义（P<0.05）。组织学观察发现,模型组小鼠心肌细胞肥大明显。基因芯片检测并经Real-Time PCR验证发现,模型组小鼠心肌组织中有16个差异表达的miRNA,其中miR-195、miR-199a-3p、miR-700、miR-142-3p、miR-24、miR-21、miR-221、miR-499-3p、miR-208a、miR-705表达上调,miR-29a、miR-1、miR-373、miR-143、miR-20a、miR-220b表达下调。生物信息学分析发现,差异miRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关。结论 STZ诱导的中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织miRNA表达谱发生明显改变,提示miRNA可能参与糖尿病心肌损伤过程。     

糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析

目的 观察中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织microRNA（miRNA）表达,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测.方法 15只C57小鼠经腹腔一次性注射链脲佐菌素（STZ）建立糖尿病小鼠模型（模型组,n=15）,以10只未建模小鼠作为对照组.建模后8周末,超声心动图检测小鼠心脏功能指标,包括左室射血分数（EF）、左室短轴缩短率（FS）和左心室质量指数（LVWI）.动物处死后留取并制备心肌组织标本,HE染色光学显微镜观察心肌细胞形态,并结合相关软件定量分析心肌细胞面积改变;采用微距阵基因芯片技术筛选糖尿病模型小鼠心肌组织差异表达的miRNA,Real-Time PCR验证结果,并对差异miRNA调控的靶基因进行生物信息学分析.结果 建模8周末,超声心动图检测显示,模型组小鼠EF和FS明显小于对照组,LVWI显著大于对照组;差异均有统计学意义（P〈0.05）.组织学观察发现,模型组小鼠心肌细胞肥大明显.基因芯片检测并经Real-Time PCR验证发现,模型组小鼠心肌组织中有16个差异表达的miRNA,其中miR-195、miR-199a-3p、miR-700、miR-142-3p、miR-24、miR-21、miR-221、miR-499-3p、miR-208a、miR-705表达上调,miR-29a、miR-1、miR-373、miR-143、miR-20a、miR-220b表达下调.生物信息学分析发现,差异miRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关.结论 STZ诱导的中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织miRNA表达谱发生明显改变,提示miRNA可能参与糖尿病心肌损伤过程.     

靶向肝素酶基因的microRNAs在胃癌中的表达

目的 检测胃癌组织中肝素酶基因(heparanase, HPA)及可能靶向其表达的microRNAs(miRNAs)的表达水平。方法 运用实时定量PCR检测HPA在胃癌组织中的表达变化;根据miRNAs与HPA 3’非翻译区(3’-UTR)序列的结合情况,运用生物信息学方法筛选出可能靶向HPA的miRNAs,并利用实时定量PCR检测这些miRNAs在胃癌组织中的表达水平。结果 HPA在胃癌组织中表达水平较癌旁组织和正常组织高,生物信息学分析显示miR-18b、miR-137、miR-502和miR-299-3p可能结合于HPA的3’-UTR上,抑制其表达,实时定量PCR检测结果显示miR-18b、miR-137、miR-502和miR-299-3p在胃癌组织中的表达都较癌旁组织和正常组织低。结论 HPA在胃癌组织中的高表达,miR-18b、miR-137、miR-502和miR-299-3p在胃癌组织中的低表达说明这些miRNAs可能靶向HPA从而影响胃癌的发生发展。     

胃癌组织中microRNA-144-3p 水平 及与临床病理特点和预后的关系

目的 探讨胃癌组织中microRNA-144-3p（miR-144-3p）水平,以及与临床病理特点和预后 的关系。方法 选取2011 年1 月—2013 年12 月在义乌市中心医院进行手术切除的100 例胃癌患者胃癌组织 及其癌旁组织标本。采用实时荧光定量聚合酶链反应测定胃癌和癌旁组织中miR-144-3p 水平。结果 胃癌 组织中 miR-144-3p 低于癌旁组织（0.53±0.12） VS（ 1.00±0.11）（P <0.05）。不同临床分期、淋巴结转移及 分化程度胃癌患者miR-144-3p 水平比较,差异有统计学意义（P <0.05）;不同年龄和性别胃癌患者miR- 144-3p 水平比较,差异均无统计学意义（P >0.05）。miR-144-3p 高表达者5 年总生存率和无病生存率高于 低表达者（P <0.05）。Cox 多因素分析结果显示,miR-144-3p 低表达[Rl ^ R=3.627（95% CI ：1.514,8.783）]、 临床分期[Rl ^ R=1.627（95% CI ：1.073,4.735）]、淋巴结转移[Rl ^ R=4.025（95% CI ：1.043,8.931）] 及分化程 度[Rl ^ R=2.042（95% CI ：1.098,6.427）] 为影响胃癌预后的危险因素。结论 胃癌组织中miR-144-3p 水平 降低,其与临床分期、淋巴结转移、分化程度及预后关系密切。     

miRNAs在甲状腺乳头状癌中的表达及临床病理意义

目的：探讨甲状腺乳头状癌（PTC）中特征性的miRNA表达谱以及临床病理意义。方法对52例PTC及7例良性甲状腺肿瘤手术切除标本采用基因芯片技术及RNA印迹杂交法检测miRNA的表达,对过表达的miRNA表达水平与PTC临床病理特征之间的关系进行分析。结果（1）用基因芯片技术筛检发现 PTC 组织中5例过表达的 miRNAs（miR-375、miR-34a、miR-146b、miR-222、miR-31）。（2）RNA印迹杂交法验证芯片结果及检测其他miRNAs结果显示：miR-34a、miR-146b、miR-31、miR-21和miR-221在PTC组织中的表达水平较癌旁正常甲状腺组织显著升高（P＜0.05）。MiR-146b和miR-221在PTC组织中的过表达率较良性甲状腺肿瘤组织显著升高（P＜0.01）。PTC患者中包膜侵犯组、淋巴结转移组、TNM分期III- IV期组及AGES系统评分≥5分组miR-221的表达水平均明显高于相应对照组（P＜0.05或0.01）;而男性PTC患者的miR-146b表达水平明显高于女性PTC患者（P＜0.05）。结论 miR-146b、miR-221、miR-21和miR-31的过表达与PTC的发生、发展有关;过表达的miR-221和miR-146b与PTC的预后不良有关。