我国6个弓形虫虫株线粒体cox1部分序列的比较分析

目的对采自我国的6个弓形虫虫株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列（pcox1）进行比较分析，并与RH株的相应序列进行比较，研究弓形虫线粒体cox1基因与弓形虫的种群遗传关系。方法应用聚合酶链反应（PCR）扩增弓形虫不同虫株的pcox1，并进行序列分析比较。结果每个虫株都获得599bp的pcox1序列，比较分析表明，弓形虫不同虫株的pcox1序列之间没有差异。结论弓形虫pcox1序列不能作为种群遗传变异研究的标记，也与弓形虫毒力无关。研究结果为进一步研究弓形虫的群体遗传结构奠定了一定的基础。     

三峡库区上、下游血吸虫病流行区钉螺线粒体cox1基因遗传变异研究

目的研究三峡库区上、下游血吸虫病流行区钉螺线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚单位t（c毗1）基因的遗传变异。方法采集三峡库区上游四川、云南及下游安徽、湖北4省共7个地、市的钉螺样本,提取基因组DNA,PCR特异性扩增线粒体cox1基因并测序,用ClustalX（1．81）软件进行多序列比对,MEGA（4．0）软件Kimura2-parameter法计算遗传距离,邻接法（NJ）和最大简约法（MP）构建系统发生树。结果上游与下游不同地域株钉螺间cox1基因差异约为16％．下游地区的肋壳与光壳钉螺cox1基因差异约为3．7％,上游不同地域株钉螺碱基差异约为5．4％。遗传距离显示,上游四川与云南地域株的遗传距离为0．022～0．050,下游安徽与湖北地域株的遗传距离为0．014～0．027,而上游与下游各地区螺群间的遗传距离在0．127～0．138之间,明显大于上游或下游各地区螺群内的遗传距离。进化树结果表明,下游湖北的荆州、石首和安徽的芜湖、宁国钉螺形成一支系,上游四川的绵竹、新都钉螺同属一支系。但两种方法构建的进化树在云南大理钉螺的归属上存在差异,MP法提示大理钉螺从上游的分支中独立出来,单独形成一类。结论上游与下游不同地域株钉螺cox1基因遗传差异较显著,下游肋壳和光壳钉螺种群内遗传变异较小,而上游光壳钉螺种群内遗传变异较大。     

多头带绦虫甘肃分离株分子COⅠ基因部分序列比较分析

应用线粒体DNA中的细胞色素c氧化酶亚基I（COI）基因作为分子标记,对我国甘肃省景泰和平凉地区10个绵羊源脑多头蚴进行分析,与已知带属绦虫种的相应序列进行相似性比较,下载GenBank数据库的带属绦虫COI基因片段序列构建系统进化树,分析其分类及亲缘关系.结果表明,所有多头带绦虫分离株均成功扩增出444 bp的COI基因片段,去除引物序列后多头带绦虫分离株的COI基因片段为396 bp,可以分为4类,共有5个核苷酸变异位点,变异率为0.25%～1.26%.基于COI核苷酸序列的系统进化树表明所有T.multiceps分离株构成一个分支,可分为2个亚群.T.multiceps与T.krabbei 的亲缘关系最近,其次为T.serialis,T.asiatica,T.saginata,与T.ovis等其他带属绦虫关系较远,与T.mustelae关系最远.COI基因序列在种内相对保守,又存在一定的种间差异,可作为带属绦虫分类鉴定研究的分子标记.     

新疆地区克里米亚刚果出血热病毒M片段的遗传分析

目的 为进一步了解克里米亚刚果出血热病毒（CCHFV）M基因的特征，对新疆地区4侏克里米亚刚果出血热病毒分离株亚东璃眼蜱的部分M片段核苷酸序列进行测定及分析。方法 从感染CCHF病毒的鼠脑中提取RNA，应用逆转录聚合酶链反应扩增，测定CCHF病毒的部分M片段核苷酸序列，与GenBank中的已登录的部分CCHF病毒M基因的同源序列进行比较分析和种系进化分析。结果 经测序得到了4株病毒的3962～4385nt位点的424bp核苷酸序列（位点依据IbAr10200的M基因序列），该序列共编码139个氨基酸。前3株病毒序列有相当高的核苷酸同源性（99．5％～99．8％），将所得到的序列与已发表的中国、尼日利亚、巴基斯坦、乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦和俄罗斯病毒株相比，中国株之间的核苷酸同源性为78．1％～99．8％，而非中国株则为42．9％～94．8％。但它们所编码的氨基酸序列变异不大，同源性非常高。系统发生树表明，所有的毒株被分为5个进化支（所比较的M基因长度为3962～4385nt核苷酸），来自新疆南部和东部的YT05099、YL04041和YL05035共处于同一分支。结论 相比于新疆其他分离株，YT05099、YL04041和YL05035的部分M基因特征有极高的相似性。新疆株CCHF病毒M基因与中东和远东病毒株之间有较近的亲缘关系。     

肠道病毒71型中国分离株基因组3区的分析

目的 测定我国分离的肠道病毒71型(EV71)SHZH98株3C基因的核苷酸序列，进行遗传进化途径的分析。方法 用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增我国分离的EV71-SHZH98株3C基因cDNA，测定PCR产物的核苷酸序列。结果 SHZH98株3C基因为549bp，和已发表的肠道病毒71型3C基因序列比较，SHZH98株与MS株同源性为78．7％，与BrCr株的同源性为76．7％，与台湾分离株POLY、NCKU、TW2086、TW2272株的同源性分别为74．0％、73．8％、71．9％、69．8％。由其核苷酸序列推导的氨基酸序列同源性比较显示与MS的同源性为93．45％，与BrCr、POLY、NCKU、TW2086、TW2272株的同源性分别为89．1％、90．7％、90．2％、84．2％、82．5％。遗传进化分析显示SHZH98株3C片段在亲缘关系上与Coxsackievirus A16 G-10株及欧美分离株MS、BrCr株较密切，而与台湾分离株相差较远。结论 推测EV71病毒中国分离株非结构蛋白的进化途径可能与台湾流行株不同。     

副粘病毒Tianjin株F基因克隆及序列分析

目的探索副粘病毒Tianjin株的来源和种系进化地位。方法以副粘病毒Tianjin株基因组RNA为模板，通过RT-PCR方法获得包括F基因全长的两个质粒克隆，分别进行序列测定。将拼接得到的F基因核苷酸序列及推导出的氨基酸序列与GenBank中公布的15株仙台病毒相应序列进行同源性比较，并构建系统进化树。结果副粘病毒Tianjin株与15株仙台病毒F基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别在85．3％～94．5％和90．4％～95．4％之间。进化树分析表明，Tianjin株与仙台病毒BB1株亲缘关系较近，但仍有一定差距，与其他仙台病毒株关系较远。结论副粘病毒Tianjin株很可能不属于仙台病毒现有的Ohita株、Z株及BB1株所代表的3个进化分支，而是独立于这3个分支之外。     

新成人腹泻轮状病毒J19株NSP1、NSP2和NSP3基因序列分析

目的 克隆新成人腹泻轮状病毒J19株三个非结构蛋白NSP1、NSP2和NSP3基因，并分析其基因序列。方法 利用一种改进的非依赖核酸序列的单引物扩增方法扩增J19株三个基因，克隆到pMD18-T载体中并进行测序。在此基础上，将J19株的NSP1、NSP2和NSP3的蛋白序列与其他轮状病毒蛋白序列进行比较分析和种系进化分析。结果J19株的NSP1、NSP2和NSP3基因为基因5、7和8，它们的全长1307个、1004个和932个核苷酸，编码395个、297个和262个氨基酸。与J19株的NSP1、NSP2和NSP3蛋白序列一致性较高的分别是B组轮状病毒KB63株（26．3％）、WH1株（46．6％）和IDIR株（29．6％）。对J19株的NSP1、NSP2和NSP3的遗传进化分析表明，J19株在进化树上的位置都靠近A、B和C组轮状病毒分支的根部，而且它比较偏向于B组轮状病毒的分支。结论 J19株的NSPI、NSP2和NSP3与其他轮状病毒的相应蛋白序列存在显著差异。J19株NSP1、NSP2、NSP3的蛋白序列比较和遗传进化分析表明新成人腹泻轮状病毒与成人腹泻轮状病毒可能有共同起源；但是新成人腹泻轮状病毒与成人腹泻轮状病毒存在显著差异。     

成人腹泻轮状病毒J19株依赖RNA的RNA聚合酶基因序列分析

目的 进一步了解新的成人腹泻轮状病毒J19株依赖RNA的RNA聚合酶基因特征。方法 利用一种改良的非依赖核酸序列的单引物扩增方法扩增新的成人腹泻轮状病毒J19株的VP1基因，克隆至pMD18-T中并进行测序。利用DNAStar和PHYLIP软件包进行序列之间的比较分析并绘制系统发生树。结果 J19株的VP1基因为基因1，全长3538个核苷酸，编码1167个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明J19株的VP1蛋白序列对B组轮状病毒IDIR株的一致性为55．7％，对A组轮状病毒SA11株和C组轮状病毒Bristol株的一致性分别为20．4％、19．2％。对J19株的VP1蛋白序列的遗传进化分析表明，J19株在系统发生树上的位置是靠近外群蛋白并靠近A、B和C组轮状病毒分支的根部，而且它比较偏向于B组轮状病毒的分支。结论 J19株的VP1蛋白序列与其他轮状病毒的VP1蛋白序列存在显著差异。J19株可能是一个与B组轮状病毒的起源和进化密切相关的毒株之一。     

人巨细胞病毒UL148A、UL148B、UL148C、UL148D基因在临床株中的多态性研究

目的研究人巨细胞病毒（human cytomegalovirus，HCMV）UL148A、UL148B、UL148C和UL148D基因序列在临床低传代分离株中的多态性。方法对22株经荧光定量PCR方法（Q-PCR）检测HCMV-DNA为阳性的临床株进行HCMV UL148A、UL148B、UL148C和UL148D基因全序列PCR扩增，并对PCR扩增产物进行序列测定及分析。结果22株临床株序列与Merlin株相比，临床分离株UL148A基因的核苷酸变异率为0．5％-8．3％，氨基酸变异率为1．3％-6．3％；UL148B基因核苷酸变异率为0．5％-4．6％，氨基酸变异率为1．3％-5．0％；UL148C基因核苷酸变异率为0．5％-3．0％，氨基酸变异率为1．3％-3．9％；UL148D基因核苷酸变异率为0．6％-8．5％，氨基酸变异率为1．7％-8．1％。22株HCMV UL148A和UL148D序列均分为3个型。与Merlin株比较，除U96株外，来自未经传代的尿标本中的UL148A、UL148B、UL148C和UL148D基因编码产物含有的翻译后修饰位点均保守。结论UL148C基因无论在核苷酸序列还是在蛋白的氨基酸结构上均较为保守。统计学分析显示HCMV UL148A和UL148D基因呈现一定的相关性。     

基于PNO基因序列分析隐孢子虫种系发育关系

本文以核基因组的功能蛋白丙酮酸∶NADP^＋氧化还原酶（pyruvate∶NADP^＋ oxidoreductase,PNO）编码基因作为研究对象,对本实验室分离保存的隐孢子虫虫株进行扩增测序,用ClustalX 1.81对扩增序列与GenBank相关参考序列进行比对,用Paup4.0程序中邻接法（Neighbor-joining method,NJ）、最大简约法（Parsimony,MP）和最大似然法（Maximum Likelihood,ML）进行聚类分析,以确定不同隐孢子虫分离株之间的遗传进化关系,并以18S rRNA和HSP70基因构僵的基因树作参照,进而评价PNO这一基因座是否适合作为隐孢子虫基因分型和进化关系分析的基因座。结果表明通过PNO构建的进化树将隐孢子虫分为2大类：Cryptosporidium bailey和C.meleagridis处于一个分枝,C.hominis、C.parvum牛基因型和C.parvum鼠基因型处于另一个分枝上。不同隐孢子虫之间的同源性介于95.0%-100%,能有效区分隐孢子虫不同基因型。因此,PNO基因序列也适合作为隐孢子虫分离株种系发育的遗传标记。     

2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析

目的分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对。结论从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT-PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析。结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08最高（97.7%）。结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基因型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性。     

Mitochondrial genetic code in cestodes

The flatworm mitochondrial genetic code, which has been used for all species of the Platyhelminthes, is mainly characterized by AUA codon for isoleucine, AAA codon for asparagine and UAA codon for tyrosine. In eight species of cestodes (Echinococcus multilocularis, Echinococcus granlosus, Taenia solium Taenia saginata, Taenia hydatigena, Taenia crassiceps, Hymenolepis nama and Mesocestoides corti), the cytochrome c oxidase subunit I (COI) genes were partially sequenced to verify this genetic code. Comparison of the COI-encoding nucleotide sequences with those of human, sea urchin, fruit fly, nematode and yeast indicated that the assignments of AUA and AAA codons are adequate for cestodes. In addition, the nucleotide sequences of ATPase subunit 6 (ATP6) gene and its flanking region were compared to examine initiation and stop codons. In the related species of T. solium and T. saginata, the deduced amino acid sequences of ATP6 were homogeneous; however, the conversion of initiation codon AUG into GUG was observed in T. saginata. We also found the similar conversion in T. crassiceps. The C-terminal sequences of putative ATP6 proteins were highly conserved among the eight species and the stop codon UAG was altered to UAA in all Taenia species. The features of the gene-junctional region between NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) and glutamine tRNA (tRNAGln) genes also supported that UAA serves as a stop codon. Based on these results, we propose that the flatworm mitochondrial code should be modified for cestodes, particularly, in an initiating methionine codon (GUG) and a terminating codon (UAA).     

2008至2009年北京地区分离的肠道病毒71型全基因组序列分析

目的了解2008至2009年从北京地区手足口病（HFMD）患儿分离到的肠道病毒71型（EV71）全基因组序列特点（未包括多聚腺苷尾）,以探讨基因序列的改变是否与病毒的致病性有关。方法选取首都儿科研究所病毒研究室2008年分离到的5株EV71毒株和2009年分离到的4株EV71毒株,其中4株来源于重症HFMD患儿（伴高热、持续抽搐及意识丧失等中枢神经系统症状）,5株来源于轻症HFMD患儿。设计覆盖病毒全基因组的10对特异性引物,对9株EV71毒株进行RT-PCR扩增、全基因组序列测定和分析。结果 9株EV71毒株的全基因组长度为7406bp或7405bp,部分毒株在5′UTR存在1处1个碱基的缺失。9株EV71毒株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为96.3%～99.4%和98.2%～99.6%,在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为96.9%～99.9%和98.3%～100.0%。重症HFMD来源的4株毒株中有3株在VP2蛋白第144位及3D聚合酶（3Dpol）第140和263位同时出现相同的氨基酸变异（T144S、R140K和I263V）,并且在5′UTR区第208和254位同时出现相同的碱基变异（G208A和A254G）。9株EV71毒株的全基因组与C4亚型毒株具有最高的核苷酸同源性,在VP1区为94.3%～95.5%;在3D及3′UTR区与CV-A16/G10的同源性（84.3%～85.0%和89.0%～91.5%）高于与EV71-B型、A型及C型（C1～3、C5）的同源性。VP1和3D基因的遗传进化分析显示,9株EV71毒株与C4亚型毒株属同一分支。结论 VP2蛋白第144位氨基酸突变（T→S）、3Dpol第140和263位氨基酸突变（R→K和I→V）及5′UTR区第254位碱基突变（A→G）可能与EV71感染后引起的不同临床症状有关。根据VP1核苷酸序列,2008至2009年北京地区流行的EV71属于C4亚型;非结构蛋白基因在EV71进化中可能有一定的作用。     

湖南省日本血吸虫线粒体cox1基因部分序列多态性的研究

目的研究湖南省日本血吸虫不同自然隔离群的线粒体细胞色素c氧化酶亚基1基因（coxl）部分序列（pcoxl）的变异，为阐明我国日本血吸虫的种群遗传结构奠定基础。方法采用聚合酶链反应（PCR）技术对湖南省岳阳君山、汨罗的日本血吸虫的pcoxl片段进行扩增、克隆及序列分析。结果获得480bp的pcoxl序列。经DNAstar软件分析，pcoxl序列有一定的种内差异（0～1．2％）。结论本研究为阐明我国日本血吸虫的种群遗传结构提供了数据。     

Molecular characterization and phylogeny of whipworm nematodes inferred from DNA sequences of cox1 mtDNA and 18S rDNA

A molecular phylogenetic hypothesis is presented for the genus Trichuris based on sequence data from the mitochondrial cytochrome c oxidase 1 (cox1) and ribosomal 18S genes. The taxa consisted of different described species and several host-associated isolates (undescribed taxa) of Trichuris collected from hosts from Spain. Sequence data from mitochondrial cox1 (partial gene) and nuclear 18S near-complete gene were analyzed by maximum likelihood and Bayesian inference methods, as separate and combined datasets, to evaluate phylogenetic relationships among taxa. Phylogenetic results based on 18S ribosomal DNA (rDNA) were robust for relationships among species; cox1 sequences delimited species and revealed phylogeographic variation, but most relationships among Trichuris species were poorly resolved by mitochondrial sequences. The phylogenetic hypotheses for both genes strongly supported monophyly of Trichuris, and distinct genetic lineages corresponding to described species or nematodes associated with certain hosts were recognized based on cox1 sequences. Phylogenetic reconstructions based on concatenated sequences of the two loci, cox1 (mitochondrial DNA (mtDNA)) and 18S rDNA, were congruent with the overall topology inferred from 18S and previously published results based on internal transcribed spacer sequences. Our results demonstrate that the 18S rDNA and cox1 mtDNA genes provide resolution at different levels, but together resolve relationships among geographic populations and species in the genus Trichuris.     

2009-2012年一条C4a基因亚型的EV-A71优势传播链在吉林省的持续传播

目的 分析引起吉林省2009-2012年手足口病（hand foot and mouth disease,HFMD）流行的肠道病毒71型的传播链.方法 选择70株2009-2012年分离于吉林省HFMD病例的EV-A71分离株,对VP1编码区基因进行逆转录-聚合酶链反应扩增及RT-PCR产物的序列测定,使用Bioedit软件和MEGA 4.0软件对VP1基因编码区进行同源性、基因亲缘关系分析.结果 吉林省2009-2012年的70株EV-A71分离株均属于C4a基因亚型,91.4％的EV-A71分离株形成1个大的优势传播链,吉林省9个市、州均发现C4a基因亚型的EV-A71优势传播链.结论 2009-2012年一条C4a基因亚型的EV-A71优势传播链在吉林省持续传播,引起吉林省HFMD的暴发流行.     

吉林省2009-2010年引起手足口病流行的肠道病毒71型基因特性的研究

目的分析引起吉林省2009--2010年手足口病（hand foot and mouth disease，HFMD）流行的肠道病毒71型的基因进化特征。方法选择31株2009-2010年分离于吉林省8个地市（州）HFMD病例的EV71代表株，对VP1编码区基因进行逆转录．聚合酶链反应扩增、扩增产物的序列测定，使用Bioedit软件和MEGA4．0软件对VP1基因进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009-2010年的31株EV71分离株均属于C4a基因亚型，3l株EV7t株在VP1区的核苷酸的同源性在94．5％～100％之间，分属于5个分支，其中25株病毒（分离于8个地市）形成一个大的分支，属于绝对优势传播链，其余6株形成4个小分支。结论2009-2010年在吉林省内有多个EV71C4a基因型的传播链同时存在，其中分支1为绝对优势传播链，在8个地市持续传播，引起HFMD的暴发流行。     

2007—2011年长沙地区急性下呼吸道感染住院儿童人偏肺病毒的流行状况

目的了解人偏肺病毒（hMPV）在长沙地区急性下呼吸道感染住院患儿中的流行病学特点。方法收集2007年9月至2011年2月因急性下呼吸道感染在湖南省人民医院儿科医学中心住院儿童的鼻咽抽吸物（nasopharyngealaspirates,NPA）样本2613份,采用逆转录聚合酶链反应法（RT—PCR）检测hMPVM基因,将阳性PCR扩增产物测序并与GenBank中已知的hMPV参考株进行比对、分析。结果2613份标本中hMPV阳性检出数135例,检出率为5．2％,男女之间的检出率比较有统计学差异（x2=8．007,P=0．003）,hMPV阳性检出患儿的年龄以1岁以内多见（63．2％）。hMPV阳性检出率在春季呈现高峰,从检出季节分布显示A2b型主要在冬春季节流行,而B2型主要在春夏季流行。135例hMPV长沙株分为A型和B型两个主要的基因型,其中A2b亚型在2007--2008年为优势流行型别,2009--2010年A2b和B2型共同流行,B2亚型在2011年呈优势流行型别。135例hMPV检出阳性患儿中有66例（48．9％）存在混合病毒感染,其中与HBoV混合检出率最高。结论长沙地区部分儿童的急性下呼吸道感染与hMPV有关,且阳性检出患儿年龄主要集中在1岁以下,男多于女,主要流行季节在春季,A2b型和B2型优势基因型在长沙地区共同流行,与其他病毒混合检出率较高。     

汕头地区医院感染多重耐药铜绿假单胞菌的基因型特征分析

目的了解汕头地区ICU和非ICU医院感染多重耐药铜绿假单胞菌分离株的基因型特征。方法收集汕头地区两家三级甲等医院的医院感染铜绿假单胞菌菌株,对这些菌株的耐药性和基因型进行分析。采用纸片扩散法进行药敏试验,脉冲场凝胶电泳法对多重耐药菌株进行基因分型,电泳结果用BionumericsV4.0软件进行聚类分析。结果共分离到132株铜绿假单胞菌,其中45株分离自ICU,87株来自非ICU病房。132株菌株中,有46株多重耐药菌（耐三种抗菌素或以上）。对46株多重耐药菌（25株来自ICU,21株来自非ICU病房）进行脉冲场凝胶电泳,结果显示来自ICU病房的25株菌株具有较高程度的同源性,而来自非ICU病房的菌株则具有明显的基因多态性。结论交叉感染是ICU多重耐药铜绿假单胞菌医院感染的重要传播途径。