人H7N9流感病毒密码子偏爱性及聚类分析

目的分析2013年以来人H7N9流感病毒密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于此分析人H7N9流感病毒之间的进化关系。方法以人H7N9流感病毒的12条蛋白的编码序列为材料,利用CUSP、CodonW、Sigma plot和SPSS等软件对其密码子偏爱性进行统计分析。结果人H7N9流感病毒的各蛋白编码序列的ENC值在47.75-57.37之间,RSCU1且以A/U结尾的密码子占66.6%。中性绘图、ENC绘图及PR2奇偶绘图分析表明,密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。基于密码子偏爱性的聚类分析显示,人H7N9流感病毒的HA、NA、M、PB2、NP等密码子的偏爱性在2016或2017年后发生了较大改变。结论人H7N9偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。2016年以来多种蛋白的密码子偏爱性陆续发生变化,因此需进一步加强对人H7N9流感病毒的监控。     

人H7N9流感病毒密码子偏爱性及聚类分析北大核心CSCD

目的分析2013年以来人H7N9流感病毒密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于此分析人H7N9流感病毒之间的进化关系。方法以人H7N9流感病毒的12条蛋白的编码序列为材料,利用CUSP、CodonW、Sigma plot和SPSS等软件对其密码子偏爱性进行统计分析。结果人H7N9流感病毒的各蛋白编码序列的ENC值在47.75-57.37之间,RSCU>1且以A/U结尾的密码子占66.6%。中性绘图、ENC绘图及PR2奇偶绘图分析表明,密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。基于密码子偏爱性的聚类分析显示,人H7N9流感病毒的HA、NA、M、PB2、NP等密码子的偏爱性在2016或2017年后发生了较大改变。结论人H7N9偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。2016年以来多种蛋白的密码子偏爱性陆续发生变化,因此需进一步加强对人H7N9流感病毒的监控。     

抗药性H7N9流感病毒有高度传播性

新出现的H7N9流感病毒的一个突变能使其对惟一一类对该病毒有活性的药物产生抵抗力，而不会影响其在动物中传播的能力。新研究表明，与季节性流感不同的是，抗药性H7N9病毒能够与非抗药性H7N9病毒同样高效地在动物中复制。     

尼帕病毒密码子偏爱性分析北大核心CSCD

目的了解尼帕病毒(Nipah Virus,NiV)主要蛋白密码子使用偏爱性及其影响因素,寻找最佳病毒蛋白表达系统。方法以人NiV的352条编码序列为材料,使用EMBOSS的子程序CAI和CUSP以及CodonW、SPSS22.0软件统计分析NiV 6个蛋白基因组密码子偏爱性,再用SigmaPlot14.0进行绘图。结果NiV各蛋白基因组ENC值分布在50.34~55.87之间,CAI值为0.678(0.606~0.730)。RSCU>1的密码子中以A/U结尾的约占43.3%。AGA、AGG、ACA、CUU、GUU、UCA为6个蛋白的多基因共有高频密码子。中性绘图分析、ENC-Plot分析和PR2奇偶分析表明自然选择是影响NiV密码子偏爱性的主要因素,同时突变因素也具有一定的作用。将NiV基因密码子使用频率与大肠埃希菌、酵母、人和昆虫杆状病毒表达系统进行比较,显示NiV与酵母密码子使用频率相差最小。结论NiV密码子在使用过程中偏爱A/U结尾,其偏爱性主要受自然选择作用的影响,酵母是最适于其蛋白表达的系统。     

甲型H1N1流感病毒特征

甲型H1N1病毒属于正粘病毒科(0rthomyxoviridae),甲型流感病毒属(Influenza virus A),其遗传物质为RNA。典型病毒颗粒呈球状,直径为80～120 nm,有囊膜。囊膜上有许多放射状排列的突起糖蛋白,分别是血凝素HA、神经氨酸酶NA和M2蛋白。     

新现HIV-1L亚型的密码子偏爱性研究

目的分析新现HIV-1L亚型密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于密码子偏爱性分析L亚型与其他亚型之间的关系。方法依据HIV-1各亚型的基因编码序列,利用EMBOSS的子程序CUSP、CodonW和SPSS22.0软件对其密码子偏爱性进行统计分析,使用SigmaPlot进行绘图,并用MEGA10.0构建系统进化树,SPSS22.0进行聚类分析。结果 HIV-1L亚型ENc为46.19,和其他型别(43.75～47.97)相当,其RSCU1的密码子中A/U结尾的占约71.8%。中性绘图、ENc-plot及PR2-plot分析表明,包括L亚型在内的HIV-1密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。系统发育分析显示新现L亚型与HIV-1M组C亚型的分离株形成一个分支。基于env和gag编码序列密码子偏爱性的聚类分析均显示L亚型与C亚型聚为一类。不论是系统发育分析还是聚类分析,其结果均表明L亚型与C亚型有着更密切的关系。结论新现L亚型HIV-1偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。此外L亚型密码子偏爱性与流行较为广泛的HIV-1C亚型关系密切,需加强其流行病学监控。     

新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析

目的 分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化,探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern,VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系。方法 从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组编码序列,使用 EMBOSS 子程序CUSP、MEGA 11.0、Codon W等分析软件进行相关密码子偏爱性数据的计算,通过SigmaPlot 14.0、SPSS 22.0等软件进行数据统计分析并绘图。结果 Omicron变异株ENC均值为46.05±7.80,其S、E、ORF1ab、ORF1a蛋白编码基因密码子较其他VOC使用偏性减弱。相比Wuhan-Hu-1,Omicron关键蛋白RSCU与人类基因密码子更接近。基于密码子使用偏性的聚类分析结-果显示,Omicron毒株S、ORF1a蛋白密码子与其他VOC毒株变异最大。结论 新现Omicron变异株S、ORF1ab等关键蛋白的密码子偏爱性减弱,密码子使用模式较Wuhan-Hu-1更接近人类基因,可能是其感染效率增加的原因。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的密码子偏爱性分析

目的 分析SARS-CoV-2密码子使用的偏爱性及不同国家和地区流行株的密码子之间的聚类关系。方法 使用CodonW、EMBOSS、SigmaPlot14.0、SPSS 22.0等软件分析SARS-CoV-2的密码子偏爱性及其影响因素,在此基础上对不同国家毒株的密码子偏爱性进行聚类分析。结果 SARS-CoV-2的各蛋白ENC值在26.60~57.81之间;密码子以A/U结尾(RSCU>1),约占84.98%。ACA、ACU、AGA、AUU、CCU、CUU、GCU、GGU、GUU、UCA、UCU、UUA为多数基因共有的高频密码子,ORF10基因没有偏爱密码子。ENC-Plot、中性分析、PR2绘图分析显示,SARS-CoV-2的各蛋白密码子使用偏爱性受不同因素影响,但是主要因素是自然选择,突变次之。基于密码子偏性的聚类分析发现,来源全球20多个国家和地区的SARS-CoV-2密码子偏爱性有明显差异。部分蛋白的密码子偏爱性聚类分析显示,西班牙、法国、韩国、美国和越南等国家单独聚类。S和ORF1ab的聚类分析显示,中国SARS-CoV-2流行株与美国的流行株的密码子使用偏性分属不同聚类。结论 SARS-CoV-2的密码子使用偏性在发生变化,目前主要受环境选择影响。这种改变可能是病毒的跨物种传播造成的,需对其加强动态监控,并对其密码子偏爱性改变的意义进行深入研究。     

流感病毒H9N2在香港流行

1999年3月,中国香港特别行政区报告,发现5例流行性感冒病例。在这5个病例中,年龄最小的为1岁,最大的已经70余岁,所有病人都有轻微的流感样症状,但未发生并发症。将这些病毒分离物递交给设在英国伦敦的世界卫生组织流感合作中心和建     

甲型H1N1流感病毒基因特征及耐药性研究

目的研究甲型H1N1流感病毒的基因特征和变化规律,为流感疫苗评价提供依据。方法选取2009年6月-2013年4月本院分离出的15株甲型H1N1病毒分离株,提取病毒RNA进行反转录。采用PCR方法扩增15株甲型H1N1流感病毒HA和NA全基因并进行测序分析。利用软件Bioedit和MEGA软件对序列进行拼接,绘制种系发生树,采用邻位相临法构建进化树。结果 15株甲型H1N1流感病毒均为低致病性病毒,对神经氨酸酶抑制剂敏感,对金刚烷胺类呈耐药性。实验毒株HA基因序列与国内和国外毒株同源性为99.1%~99.7%。该地区流感毒株抗原变异程度较大,其中毒株HA发生14个氨基酸点位改变,分别为:A215E,D127E,E235K,E374K,G170E,H138R,L161I,I321V,L191I,P83S,R45K,S185T,S203T和V234I。其中第83位和第321位与国内代表株相同,但是与国外代表株不同。NA发生15个氨基酸点位改变,分别为A20V,N44S,V83M,V106I,E128G,H144Y,I188T,V241I,S247N,N248D,S334N,N369K,N449K,D451G和G454S。其中所有毒株均发生V106I和S247N的变化。结论通过对HA和NA基因序列对比分析,该地区流感疫苗对当地居民有保护作用,但是毒株与疫苗株间发生相对抗原漂移,需要进一步观察毒株变异情况。     

甲型H1N1流感病毒的发病机制

甲型H1N1流感病毒概述：研究表明这种病毒基因组由禽流感、猪流感和人流感病毒基因混合而成，可看作是一种杂交体，是一种新型的甲型H1N1流感病毒，它所引起的流感具有高度传染、传播迅速、易流行的特点。甲型H1N1流感患者为主要传染源，甲型H1N1流感主要通过飞沫或气溶胶经呼吸道传播，也可通过口腔、鼻腔、眼睛等处黏膜直接或间接接触传播，接触患者的呼吸道分泌物、体液和被病毒污染的物品亦可能造成传播。     

H1N1流感病毒性肺炎临床诊治启示

正甲型H1N1流感病毒是世界卫生组织2009年首次宣布的呼吸系统疫情性传染病,该病发病迅速,死亡率高,是威胁人类健康的常见传染病之一[1],曾多次小范围爆发疫情,造成患者死亡。2017年末及2018年开始,全国多数地方相继出现甲型H1N1病毒性肺炎患者,特别是重症肺炎患者,死亡率极高,我院收治多例经流感咽拭子检测及血清抗体检测确诊的H1N1流感并发病毒性肺炎患者,多数患     

2004年泰国流感病毒A(H5N1)人感染病例描述

流感病毒A(H5N1)在东南亚许多地区和国家的禽类中呈地方性流行,人感染病例为数不多,对其特征的描述性资料有限。在泰国,开展全国范围内监视和采取PCR和病毒分离技术对呼吸道标本检测。从2004-01～03-31,对610个报告进行回顾,确定12个确诊病例和21个疑似病例。所有12个确诊病例居住在有鸡异常死亡的村落,9例其家居庭院内有鸡死亡情况,8例报告与死鸡有直接接触。7例年龄<14岁,发热先于气短出现平均5d,淋巴细胞可明显预见ARDS和死亡。在亚洲成百上千的可能性人类流感病毒A(H5N1)病例中,与病禽有直接接触、幼小年龄、肺炎和淋巴细胞减少、…     

甲型H1N1与季节性H1N1流感病毒血凝素基因比较分析

目的分析泰安市2008～2009年度季节性流感与2009年度甲型H1N1流感病原学检测结果 ,比较季节性H1N1与甲型H1N1血凝素基因变异情况。方法选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过RealtimePCR进行病毒检测,用MDCK细胞进行病毒分离,通过RT-PCR扩增血凝素HA1片段的基因并测序,利用生物信息学进行序列分析。结果 2008～2009年共检测鼻咽拭子标本283份,分离出流感病毒33株,分离阳性率为11.67%,其中季节性H1N1亚型31株。2009年5月1日～12月31日,检测鼻咽拭子标本996份,流感核酸检测阳性417份,阳性率为41.86%,其中甲型H1N1337份,季节性H1N1亚型1份。6株季节性H1N1病毒均在多个氨基酸位点上发生变异,与疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)比较,有11个位点发生了突变,其中5个位点位于抗原决定簇上;测序成功的6株甲型H1N1病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区。结论 2008～2009年度季节性H1N1为优势株,甲流暴发后,甲型H1N1成为绝对优势毒株。季节性H1N1分离株有多处氨基酸替换,抗原决定簇B区变异频繁;甲型H1N1病毒分离株的基因有变异,但关键位点第222位仍为D(天冬氨酸),与疫苗株相比抗原决定簇的关键位点变化不大。     

流感病毒H3N2亚型HA1基因变异分析

１９９４年流感病毒Ｈ３Ｎ２亚型ＨＡ１基因核苷酸序列分析结果显示，经过２６年进化，共有１１４个核苷酸置换，引起５１个氨基酸变异，变异比例为１５．５％。自１９６８年＂香港流感＂引起人类暴发流行以来，ＨＡ１基因核苷酸置换率４～６个／每年，氨基酸变异２～３个／每年，核苷酸和氨基酸变异速度减慢。１９９４年三株病毒中，广东地区毒株比仙台地区和河北地区毒株多变异２～３个氨基酸；这从分子流行病学角度提示，广东地区流行毒株在目前流感病毒Ｈ３Ｎ２亚型的变异和流行中可能具有重要作用。     

北京市5岁及以上常住人口疫苗接种前新型甲型H1N1流感病毒人群抗体水平分析

目的 了解北京市5岁及以上常住人口接种新型甲型H1N1流感(简称甲型流感)病毒疫苗前的人群抗体水平,为确定防控重点人群提供依据. 方法 2009年10至12月选择未接种疫苗、未明确诊断为甲型流感的北京市常住人口,按照年龄组进行分层,用血凝抑制试验检测新型甲型H1N1流感病毒抗体(简称抗体),使用抗体几何平均滴度进行不同人群的比较. 结果 共监测3499名调查对象,平均抗体水平为1:8.03,阳性率为11.06%(387/3499);5～19岁人群抗体水平和阳性率较高,其抗体水平均>1:8.9,抗体阳性率均>12%. 结论 不同人群抗体水平受该人群疫情流行强度的影响,学生人群抗体水平和阳性率高与学校疫情流行强度高有关;北京市采取的重点人群和全人群的免疫策略正确,但目前人群免疫力尚未达到理想状态,甲型流感仍有可能在北京市流行.     

北京市5岁及以上常住人口疫苗接种前新型甲型H1N1流感病毒人群抗体水平分析

Objective To explore the herd immunity against influenza A(H1N1)in pre-vaccinated residents aged over 5 years.and therefore to provide data for vaccination policies in high risk populations. Methods From October to December 2009,Beijing CDC conducted a serum survey of the hovel influenza A (H1N1) in the local residents,stratified in 10 age groups between 5 years to over 60 years,without H1N1 vaccination history and disease history.Hemagglutination inhibition (HI) assays were performed at Beijing CDC.Statistical significance was determined with geometric mean titer(GMT). Results 3499 serum samples were tested for HI antibody.The average level of HI antibody was 1:8.03.and 11.06%(387/3499)were sero-positive(HI antibody level≥1:40).In the group aged from 5 to 19 years,the level of HI antibody and the sero-positive rate were higber(HI antibody>1:8.9.sero-positive rate>12%). Conclusions The antibody levels in different groups were affected by age specific morbidity,and the higher antibody level of the school-age group was correlated with higher disease intensity in this population.The data showed that the herd immunity in Beijing was under the optimal level,but influenza A(H1N1)would probably become prevalent in the short coming future.     

北京市5岁及以上常住人口疫苗接种前新型甲型H1N1流感病毒人群抗体水平分析

Objective To explore the herd immunity against influenza A(H1N1)in pre-vaccinated residents aged over 5 years.and therefore to provide data for vaccination policies in high risk populations. Methods From October to December 2009,Beijing CDC conducted a serum survey of the hovel influenza A (H1N1) in the local residents,stratified in 10 age groups between 5 years to over 60 years,without H1N1 vaccination history and disease history.Hemagglutination inhibition (HI) assays were performed at Beijing CDC.Statistical significance was determined with geometric mean titer(GMT). Results 3499 serum samples were tested for HI antibody.The average level of HI antibody was 1:8.03.and 11.06%(387/3499)were sero-positive(HI antibody level≥1:40).In the group aged from 5 to 19 years,the level of HI antibody and the sero-positive rate were higber(HI antibody>1:8.9.sero-positive rate>12%). Conclusions The antibody levels in different groups were affected by age specific morbidity,and the higher antibody level of the school-age group was correlated with higher disease intensity in this population.The data showed that the herd immunity in Beijing was under the optimal level,but influenza A(H1N1)would probably become prevalent in the short coming future.