应用Taq Man荧光PCR定性定量检测炭疽芽孢杆菌

目的　发展一种快速、敏感、特异的检测炭疽芽孢杆菌的方法。方法　应用基于TaqMan荧光探针的实时(real time)PCR技术,针对致病炭疽毒株的两个质粒pXO1、pXO2上的pagA ,cap基因和染色体上的ropB基因设计引物和探针定性、定量检测炭疽芽孢杆菌。构造并应用上述探针的外标对照及pagA的内标对照,采用多重荧光定量PCR技术建立荧光定量方法并发现假阴性;采用UDG抗污染和ROX矫正背景噪音,提高检验能力;用该方法检测炭疽芽孢杆菌疫苗株感染的动物脾脏标本,盲法评价该方法在实际工作的应用。结论　该方法能特异、灵敏、高效地检测炭疽芽孢杆菌,该方法的推广和应用对有效防范炭疽生物恐怖袭击、提高突发事件应对能力、快速诊断具有重要意义。     

应用荧光PCR检测土壤、脏器中的炭疽芽孢杆菌

目的用荧光定量PCR方法检测土壤、动物脏器和血液中炭疽芽孢杆菌,评价并优选目标核酸纯化方法。方法采用TaqMan荧光定量PCR技术,以炭疽芽孢杆菌pagA、rpoB2引物探针和相应外标、内标为手段,比较4种从土壤中检测炭疽菌及3种从感染脏器及血液中检测炭疽菌的方法,探讨环境和组织样品中抑制因素对荧光定量PCR检测的影响,优选并确定纯化检验手段。结果应用NaI裂解glassmilk纯化炭疽菌核酸并用荧光定量PCR检验,检出底限为2·5万拷贝/g土壤(pagA),从血液样本的检出限为1000拷贝/ml。结论荧光定量PCR技术和NaI裂解glassmilk纯化制备模板的联合应用可灵敏、特异地从土壤、血液中检测炭疽芽孢杆菌。     

眼源性蜡样芽孢杆菌vrrA基因型及其与病情和预后关系

目的建立PCR检测眼源性蜡样芽孢杆菌,了解不同vrrA基因型蜡样芽孢杆菌感染与临床病情和预后关系。方法选择vrrA为靶基因设计引物,建立检测蜡样芽胞杆菌PCR。PCR产物用琼脂糖凝胶电泳检测并进行序列测定。采用Clustal 软件对获得的vrrA基因序列进行分型。对不同vrrA基因型蜡样芽胞杆菌感染与眼内炎患者病情严重程度及转归分析与比较。结果所建立的PCR可有效检测眼源性蜡样芽胞杆菌并有较高的敏感性和特异性。5株分离自眼内炎患者标本中的蜡样芽胞杆菌可分为MT1、MT2、MT3三种vrrA基因型,其中MT1、MT2型各2株,MT3型1株。MT1和MT2型蜡样芽胞杆菌感染性眼内炎病情重、预后差,MT3型蜡样芽胞杆菌感染性眼内炎病情较轻、预后较好。结论vrrA基因为靶基因的PCR可用于眼源性蜡样芽孢杆菌快速检测。不同蜡样芽孢杆菌vrrA基因型感染所致的眼内炎病情严重程度及转归有明显差异。     

AP631炭疽噬菌体裂解蜡样芽胞杆菌的发现和鉴定

目的 AP631炭疽噬菌体裂解蜡样芽胞杆菌的发现和鉴定。方法通过革兰氏染色、菌落形态特征、噬菌体裂解试验、青霉素敏感试验、溶血试验、生化试验和蛋白质毒素结晶试验对炭疽疫点现场分离的5株菌进行蜡样芽胞杆菌的鉴定,通过PCR扩增、小白鼠毒力测定试验和MLST基因检测等方法对该5株菌和本实验室保存的3株被AP631炭疽噬菌体裂解的蜡样芽胞杆菌进行毒力和基因测定。结果确定了8株可被AP631炭疽噬菌体不完全裂解的蜡样芽胞杆菌。从疫点采集分离的5株菌青霉素敏感试验阴性,炭疽毒力基因PCR扩增阴性,排除了炭疽芽胞杆菌;蛋白质毒素结晶试验染色试验为阴性,排除了苏云金芽胞杆菌;根据溶血试验和生化反应等一系列鉴别实验鉴定为蜡样芽胞杆菌。8株菌的MLST基因检测发现5株菌有新的等位基因位点或ST型。结论本研究首次证明我国使用的炭疽芽胞杆菌诊断AP631噬菌体可以不完全裂解部分蜡样芽胞杆菌,存在非特异性裂解现象,提示在今后使用噬菌体鉴定炭疽杆菌时,对于外环境分离到的可疑芽胞杆菌,特别要注意关于噬菌体不完全裂解的问题,这将为炭疽诊断标准的正确制订提供新的认识并具有重要的指导意义。     

市售婴幼儿食品蜡样芽胞杆菌污染状况调查

目的 了解甘肃省市售婴幼儿食品蜡样芽胞杆菌污染状况.方法 2018-2020年随机抽取甘肃省14个地(州、市)的百货商场、便利店/零售店、超市和网店等场所在售婴幼儿食品640份,应用平板计数法检测蜡样芽胞杆菌,以荧光PCR方法检测呕吐型基因.结果 640份样本中,蜡样芽胞杆菌总阳性率为15.00％(96/640),其中婴儿配方食品17.98％(41/228)、较大婴儿和幼儿配方食品18.64％(22/118)、婴幼儿谷类辅助食品11.22％(33/294);网店阳性率最高26.04％(25/96),呕吐型蜡样芽胞杆菌阳性率为6.25％(6/96);定量结果大于100 cfu/g的阳性样本占16.67％(16/96).结论 甘肃省市售婴幼儿食品存在蜡样芽胞杆菌污染,有潜在食品安全隐患,建议相关监管部门严格监督检查.     

荧光定量PCR快速检测炭疽芽孢杆菌的实验研究

目的利用LightCycler建立一种简便、特异的实时荧光定量PCR检测方法,用于炭疽芽孢杆菌的快速检测。方法采用SYBR GreenⅠ随机掺入法,利用本实验室建立的实时荧光定量PCR反应体系,根据炭疽芽孢杆菌荚膜和水肿因子设计引物,同时检测两个毒力相关质粒的存在,检测其灵敏度和特异性,并以盲测试验进行验证;在此基础上鉴定14株炭疽芽孢杆菌,并测试该法检测土壤模拟污染标本的灵敏度,实验中设置内对照以排除假阴性结果的存在。结果炭疽杆菌基因组DNA的检测灵敏度可达每反应体系0.53pg,两个克隆株提取质粒的检测限分别为每反应体系12拷贝、140拷贝;检测14株炭疽芽孢杆菌及29株非炭疽芽孢杆菌的PCR扩增结果表明,炭疽芽孢菌DNA均出现特异的扩增结果,29株对照菌的DNA均为阴性;土壤模拟污染标本检测灵敏度可达每反应体系36个芽孢;20次重复实验结果表明其平均值与标准差为14.602±0.640。结论该方法检测炭疽芽孢杆菌具有简便、快捷、灵敏度高和特异性好的特点,为临床诊断、环境监测、卫生防疫等方面,快速检出炭疽芽孢杆菌提供了有利的手段。     

内参照基因在实时荧光定量RT-PCR检测中的应用

目的 建立测定内参照β-actin表达量的实时荧光定量RT-PCR两步法检测方法.方法 根据Genbank 中人β-actin保守区域序列设计荧光PCR适用的引物和探针,构建质粒标准品建立标准曲线用于荧光PCR相对定量,检测荧光PCR方法的特异性和重复性.结果 建立了人β-actin实时荧光RT-PCR检测方法.结论 本实验建立的人β-actin表达实时荧光RT-PCR两步法检测方法特异性和重复性较好,为β-actin作为定量RT-PCR中内参照基因进行人其他功能基因和病原基因表达的定量分析奠定了基础.     

二聚体蝎型探针荧光定量PCR快速检测志贺菌方法的建立及初步应用

目的 利用二聚体蝎型荧光探针法,建立一种可广泛应用且敏感、特异的检测志贺菌的荧光定量PCR技术。方法 根据编码志贺菌ipaH基因的核苷酸序列设计引物和荧光探针,采用基因重组技术构建用于志贺菌检测的定量标准品,通过对荧光定量PCR反应体系和反应条件的摸索,建立了检测志贺菌的二聚体蝎型探针定量PCR方法。结果 成功构建了志贺菌重组质粒标准品和志贺菌实时荧光定量PCR方法;通过特异性、敏感性、稳定性和重复性验证,结果表明具有较好的特异性、敏感性、稳定性和重复性;对比分离培养标本,二者符合率为100％;对比TaqMan方法,本方法具有更敏感、省时、成本低的特点。结论 建立了一种以二聚体蝎型荧光探针技术为基础的志贺菌荧光定量PCR检测法,为研制新型的检测试剂盒奠定了基础,可应用于食品卫生监管以及传染病诊断等。     

贵州省2006-2011年炭疽芽胞杆菌检出情况与致病性研究

目的了解贵州省2006—2011年炭疽芽胞杆菌感染和分布情况,为贵州省炭疽疫情的预防控制和炭疽病09分子流行病学研究提供科学依据。方法对来自贵州省2006—2011年不同地区09830份疑似炭疽标本（外环境标本667份、患者标本151份和牲畜标本12份）,采用传统的革兰染色镜检、普通营养琼脂平板和血琼脂平板培养基分离培养炭疽芽胞杆菌,运用青霉素抑制试验和噬菌体裂解试验对可疑炭疽芽胞杆菌菌落进行鉴定。采用Real—time PCR技术检测88株经传统细菌学方法鉴定为炭疽芽胞杆菌菌株pX01质粒上的PA基因和pX02质粒上的CAP基因。结果从830份标本中分离出88株炭疽芽胞杆菌,总检出率为10．60％。2007年分离出炭疽杆菌的阳性标本最多,占36．36％;其次为2009年,占29．55％。阳性标本主要分布在黔西南州,其次为毕节地区和黔南州;册亨县、织金县和望谟县为炭疽杆菌检出数较多的监测县。88株炭疽芽胞杆菌CAP基因均为阳性。除2007年2株炭疽菌株PA基因为阴性外,其余86株PA基因均为阳性。结论贵州省炭疽疫源地面积广大,污染严重;检出的88株炭疽芽胞杆菌中97．73％的菌株同时具有两种毒力质粒,具有强致病性;该研究结果对贵州省炭疽疫情的预防控制及分子流行病学研究具有重要意义。     

铜绿假单胞菌quiP基因实时荧光定量PCR标准质粒的构建

目的：制备用于铜绿假单胞菌PAO1 quiP基因（PA1032）实时荧光定量PCR检测的质粒标准品pMD18-quiP。方法：通过PCR扩增出目的片断,纯化后连接至pMD18-T载体,转化宿主菌E.coli DH5α,获得阳性克隆,通过PCR扩增、双酶切鉴定和测序分析,确认重组质粒完整正确,大量抽提重组质粒,测定其拷贝浓度,10倍稀释成梯度标准品,并进行荧光定量PCR检测分析。结果：quiP基因目的片段成功重组至pMD18-T载体上,获得的重组质粒保持了目的片段的特异性和序列完整性。梯度浓度标准质粒的荧光定量PCR结果显示,循环阈值（Ct）与起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系。结论：成功构建了quiP基因实时荧光定量PCR质粒标准品。     

三重SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR与ELISA检测弓形虫的比较

目的 选取弓形虫基因组中高度保守的多拷贝基因529 bp重复序列、ITS-1序列和B1基因作为real-timePCR检测的靶基因,建立检测弓形虫的三重SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR的检测方法并且与ELISA检测方法进行比较。方法 将529 bp重复序列、B1基因、ITS-1序列的选定扩增序列进行克隆、测序构建标准品;将构建的3个标准品放在一个体系中进行扩增,进行三重SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR。结果 529 bp、ITS-1和B1的标准曲线的相关系数(R²)均为0.998,并且扩增效率均为96.724%,扩增片段的Tm值分别为 86.5±0.5 ℃ 、78.8±0.5 ℃、83.1±0.5 ℃;构建的三重SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR特异性试验表明,529 bp、ITS-1和B1有特异性的溶解曲线峰值分别是86.2 ℃、78.9 ℃和83.3 ℃,阴性对照无扩增曲线;敏感性试验表明,529 bp、ITS-1和B1序列最低检出限分别为 173copies/μL、123copies/μL、和135 copies/μL;Tm值的批内、批间重复试验的变异系数均小于0.13%;ELISA检测猪弓形虫IgG抗体的阳性率41.72%,ELISA与荧光定量PCR检测核酸阳性符合率为53.44%(P＜0.01)。结论 建立弓形虫三重SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测技术具有高特异性和敏感性,可为临床弓形虫的诊断提供科学依据     

辽宁省炭疽芽胞杆菌MLVA分型研究

目的 了解辽宁地区炭疽芽胞杆菌的流行特征及菌型基因特征。方法 通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandem repeats analysis,MLVA)分型实验,对2001—2011年辽宁省分离到的6株炭疽芽胞杆菌分离株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用BioNumerics 4.0 软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果 聚类分析发现,6株炭疽芽胞杆菌株可分为2个基因型。对于炭疽暴发而言,其可变数目串联重复序列遗传标记具有高度相似性。结论 炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标,在炭疽暴发事件中的病原体溯源上具有重要的意义。     

中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布

目的检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律。方法 PCR扩增,琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等。结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆;11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白。结论结果提示新疆的菌株类型较复杂;本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用。     

2006-2016年贵州省炭疽芽胞杆菌SNR分型分析

目的 对贵州省2006-2016年分离的炭疽芽胞杆菌进行单核苷酸重复序列分型分析(SNR),了解菌株SNR型别特征,为炭疽疫情监测、调查与溯源提供技术手段和科学依据.方法 提取贵州省2006-2016年间不同地区的炭疽芽胞杆菌菌株基因组DNA,应用SNR各位点引物进行PCR扩增,将扩增产物进行毛细管电泳分析获得各位点序...     

2019-2020年宁夏炭疽芽胞杆菌毒力鉴定及基因分型研究

目的 了解宁夏2019-2020年分离的炭疽芽胞杆菌菌株致病力及基因分型特征,为宁夏皮肤炭疽疫情判定与分子溯源提供实验室依据。方法 收集2019-2020年宁夏各地区分离的炭疽芽胞杆菌,对其进行毒力鉴定,并运用MLVA-15和canSNP分型技术进行基因分型研究。结果 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌均为强毒株,MLVA-15分型为同一种群,canSNP分型为A.Br.001/002组。结论 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌致病力较强,且菌株呈现相同的基因分型特征,提示菌株间存在流行病学关联。此研究结果填补了宁夏炭疽芽胞杆菌实验室检测中菌株致病力及基因分型的空白。     

TaqMan探针实时荧光定量PCR快速检测土拉弗朗西斯菌

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量PCR方法(FQ-PCR),快速检测土拉弗朗西斯菌。方法 针对土拉弗朗西斯菌的外膜蛋白fopA基因,利用Primer 5.0设计引物及TaqMan探针,人工合成fopA基因保守片段,克隆到载体作为阳性标准品,进行荧光定量检测,制作定量标准曲线,并以合成fopA基因为模板,PF、PR 为引物,研究其灵敏度、特异性和准确性。结果 构建了含fopA基因的重组质粒,以不同浓度的重组质粒制作标准曲线,在103~107拷贝数之间有较好的线性关系。灵敏度试验表明,该方法可检测到30.6个拷贝数的重组质粒,比普通PCR灵敏度高;特异性试验表明,能选择性检测土拉弗朗西斯菌,而与其他病原菌无交叉反应,与普通菌落PCR结果一致;重复性试验表明,拷贝数为3.06×106样品5次平行试验,标准差为0.201,变异系数为0.88%。结论 本研究建立了TaqMan探针FQ-PCR快速检测技术,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可用于快速、实时、定量检测土拉弗朗西斯菌,为快速检测生物战剂级微生物建立了一种人工合成特异基因TaqMan探针实时荧光定量PCR新方法。     

2018-2019年宁夏皮肤炭疽流行特征及实验室检出情况分析

目的 了解2018-2019年宁夏皮肤炭疽疫情的流行特征及炭疽芽胞杆菌检出情况,为宁夏皮肤炭疽防控工作提供科学依据.方法 使用描述性流行病学方法分析2018-2019年宁夏皮肤炭疽疫情的三间分布规律,采集疑似病例样本进行炭疽芽胞杆菌分离培养及Real-time PCR检测.结果 2018-2019年共报告皮肤炭疽病例4...     

实时荧光定量PCR方法检测幼兔粪便双歧杆菌的实验研究

目的:应用实时荧光定量PCR技术对实验幼兔粪便内双歧杆菌进行定量分析．方法:依据双歧杆菌16S rDNA序列设计属特异性引物,以常规PCR产物经克隆后的质粒 DNA为标准品,经光谱定量、梯度稀释后制备标准曲线．抽提正常对照组和双歧杆菌喂饲组幼兔粪便内的细菌基因组DNA,用实时荧光定量PCR技术定量分析样品中双歧杆菌数量．结果:两组幼兔粪便内双歧杆菌测定结果均成阳性,双歧杆菌喂饲组0．05 g湿粪内菌量的对数值较对照组显著升高(6．37±0．58 vs 5．18 ±0．98,P=0．004)．结论:实时荧光定量PCR方法可正确定量实验兔粪便内双歧杆菌数量．     

序列特异性引物联合RT-PCR在LRRK2基因多态性分型中的应用

目的建立帕金森病(PD)相关基因LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的新检测方法。方法设计序列特异性引物,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对已知基因型的标准品进行分型检验;检测100例未知基因型的PD样品,并用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)的方法对待检样品基因型进行验证。结果标准品分型结果完全正确,待检的100例样品分型结果与PCR-RLFP分型结果完全吻合。结论序列特异性引物联合实时荧光定量PCR可成功实现对LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的基因型分型。     

蜡样芽胞杆菌溶血性肠毒素的提取及生物学活性分析

蜡样芽胞杆菌是国内引起细菌性食物中毒的常见细菌之一, 提取其溶血性肠毒素有助于阐明它的发病机理,有可能制备诊断试剂, 从而达到预防和控制蜡样芽胞杆菌食物中毒的目的。从国内引起食物中毒的１００ 株蜡样芽胞杆菌中,选出试验用菌株。从培养后的上清液中, 经过盐析、离子交换柱层析、制备性凝胶电泳提取蜡样芽胞杆菌溶血素。溶血素由 Ｂ、 Ｌ１ 和 Ｌ２ ３ 种成份组成, 分子量分别为３５ 、３６ 和４５ｋ Ｄａ ３ 种成份的协同作用在血琼脂上引起靶状溶血, 使兔皮肤血管通透性增加, 兔小肠肠段结扎产生积液反应, Ｖｅｒｏ 细胞形态学改变。提示蜡样芽胞杆菌溶血素具有肠毒素的性质, 试验也证实所提取的溶血素有免疫原性和免疫反应性