基于网络药理学的知柏地黄丸治疗性早熟机制研究

目的:采用网络药理学方法研究知柏地黄丸治疗性早熟的关键靶点和潜在分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以吸收、分布、代谢和排泄(ADME)参数筛选活性化合物,并预测活性成分靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取性早熟相关靶点,两者相互映射得到交集靶点;采用Cytoscape 3.3.0软件构建成分-靶点网络;采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;采用R软件进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共获得知柏地黄丸中与性早熟相关的潜在活性成分63个[槲皮素、山柰素、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素、(S)-氢化小檗碱等],潜在靶点70个[前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、PTGS1、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)、孕酮受体(PGR)、雄激素受体(AR)等],主要涉及信号通路7条,包括色氨酸代谢、类固醇激素生物合成信号通路等。结论:知柏地黄丸通过多成分、多靶点、多途径综合调控性早熟。     

基于网络药理学研究知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟的活性成分及作用机制

目的:基于网络药理学研究知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟(ICPP)的活性成分及作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选知柏地黄丸的有效成分,利用GeenCards、OMIM及MalaCards数据库收集ICPP的疾病靶点,使用韦恩图筛选疾病与有效成分的共同交叉靶点,利用Cytoscape 3.2.1构建知柏地黄丸-有效成分-交叉靶点-ICPP的网络药理学调控网络,并对知柏地黄丸核心成分进行网络拓扑分析,然后利用STRING对交叉靶点进行PPI网络构建,采用R包DOSE、cluster-Profiler 及 pathview对交集靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析.结果:筛选出知柏地黄丸潜在活性成分β-谷甾醇、常春藤皂苷元以及吴茱萸次碱等10个,核心靶点雌激素受体1(ESR1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、细胞色素P4503A4酶(CYP3A4)、雄激素受体(AR)、核受体亚家族3C组成员1(NR3C1)5个,核受体活性、配体激活的转录因子活性、类固醇受体活性等20个GO功能以及内分泌抵抗、雌激素信号通路、乳腺癌等6条KEGG通路.结论:知柏地黄丸通过多成分、多靶点、多通路、多途径的整体调控方式作用于ICPP发挥疗效,为其临床运用提供了科学依据.     

基于网络药理学探讨左金丸的作用机制

目的:探讨左金丸的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台、蛋白数据库、疾病数据库,查询左金丸有效化合物、相关靶蛋白和靶基因,构建成分-靶点网络图、靶点-疾病网络图和蛋白互作网络图,并对靶点蛋白进行基因本体生物学过程(GO-BP)和基因组百科全书(KEGG)通路分析和作图。结果:共获取槲皮黄酮、小檗碱等42个有效化合物,经分子在线对接平台筛选后,获取214个靶点、622种相关疾病、10个hub蛋白,包括白细胞介素-6、白细胞介素-10、基质金属蛋白酶-9等;GO-BP富集涉及转录调控、信号通路、物质反应、细胞凋亡等生物过程,KEGG分析涉及癌症、肝病、内分泌等相关信号通路。结论:左金丸作用靶点涉及癌症、肝病、代谢、心血管、炎症等疾病,与癌症尤为相关。     

基于网络药理学研究巴戟天抗抑郁的分子作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨巴戟天治疗抑郁症的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP数据库)筛选出巴戟天的活性成分和对应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM等数据库筛选出抑郁症的潜在靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-疾病-靶点的可视化网络;以STRING数据库对关建靶点构建蛋白互作网络分析;最后进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从巴戟天中筛选出有效成分20个,得到可作用于抑郁症的靶点22个。GO分析富集得到65个生物学功能,KEGG通路分析富集得到48条信号通路。结论巴戟天通过多靶点、多通路发挥对抑郁症的治疗作用,其作用机制可能与胆碱能突触、神经活性配体-受体相互作用、甲状腺激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等相关。     

基于网络药理学的石菖蒲治疗注意缺陷多动障碍作用靶点及信号通路研究

目的采用网络药理学方法筛选石菖蒲治疗注意缺陷多动障碍(ADHD)的作用靶点及相关信号通路,进一步明确其作用机制。方法通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)、TCM Database@Taiwan数据库检索石菖蒲化学成分并筛选作用靶点,从DisGeNET、ADHDgene、TTD及DrugBank数据库检索与ADHD相关的疾病靶点,利用Cytoscape3.2.1软件构建化合物-靶点网络,并筛选核心网络,进一步进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果共筛选出石菖蒲治疗ADHD的化合物65个,与之相对应的作用靶点25个。共涉及信号通路238条,按其生物功能富集分为7组,分别为腺苷酸环化酶-G蛋白偶联受体信号通路、磷脂酶C-G蛋白偶联受体信号通路、单胺类神经递质转运、腺苷酸环化酶活性的调节、胺类物质转运的调控、平滑肌收缩功能及血管活性调节。结论本研究初步验证了石菖蒲治疗ADHD的药理学作用机制,为进一步从细胞生物学层面验证其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学的柴胡疏肝散治疗失眠作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨柴胡疏肝散治疗失眠的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡疏肝散复方中7味中药有效成分和相关靶点;在GeneCard和OMIM数据库检索失眠的疾病靶点;运用Perl语言计算分析中药复方中药物与疾病之间的交集靶点,利用String在线网站构建复方与疾病之间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建KEGG-PPI网络核心蛋白关系图。结果:根据筛选条件共得到柴胡疏肝散有效成分157个,相关作用靶点8488个。PPI网络显示,白细胞介素-6(IL-6)、蛋白激酶B1(Akt1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、Fos、过氧化氢酶(CAT)等很可能为柴胡疏肝散治疗失眠的关键蛋白。GO功能富集分析结果显示,BP涉及1624条目,细胞功能(CC)涉及62条目,分子功能(MF)涉及97条目。KEGG富集结果显示,有103条通路与柴胡疏肝散治疗失眠相关,主要包括糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、前列腺癌通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、内分泌抵抗通路、多巴胺能突触、IL-17信号通路、催乳素信号通路等。结论:通过网络药理学初步阐明了柴胡疏肝散治疗失眠的作用机制,柴胡疏肝散是通过多成分-多靶点-多通路发挥治疗作用。     

基于网络药理学的复方丹参滴丸治疗糖尿病视网膜病变的作用机制研究

目的通过网络药理学方法预测复方丹参滴丸治疗糖尿病视网膜病变的多成分、多靶点、多途径的作用机制。方法基于中药系统药理(TCMSP)数据库,以口服利用度(OB),类药性(DL)筛选复方丹参滴丸中的活性成分。依据反向药效团匹配(PharmMapper)方法预测复方丹参滴丸活性成分靶点;通过GeneCards数据库中与糖尿病视网膜病变相关靶基因对比筛选,通过STRING数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用(PPI)网络并进行网络拓扑学分析,然后借助生物信息学数据库(Metascape)及DAVID数据库对靶点进行GO生物学过程、分子功能、细胞组分分析和KEGG通路分析,Cytoscape3.7.2软件构建并分析复方丹参滴丸"活性成分-靶点-通路"网络。结果发现复方丹参滴丸共有50个活性成分和429个靶点,DR共有821个已知的治疗靶点,将药物靶点与疾病靶点映射后共获得98个共有靶点。PPI蛋白互作网络分析发现ALB、AKT1、MMP9、MAPK1等可能是复方丹参滴丸治疗DR的核心靶点。GO富集分析确定了60个条目,KEGG通路富集分析确定了108条相关信号通路,主要有PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、VEGF信号通路以及HIF-1信号通路等。结论复方丹参滴丸对治疗DR具有多途径、多靶点作用的特点。其可能是通过影响细胞代谢、抗炎、免疫调节、促进血管新生、改善无氧代谢等途径发挥治疗作用,为进一步阐释复方丹参滴丸治疗DR的药理机制提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨银屑Ⅰ号治疗银屑病的作用机制

目的应用网络药理学研究方法预测银屑Ⅰ号药物成分的作用靶点,并与银屑病相关靶点进行映射,拓扑出银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络并进行富集分析,探讨银屑Ⅰ号治疗银屑病可能的作用机制。方法应用中药系统药理学(TCMSP)数据库和分析平台及文献检索挖掘出银屑Ⅰ号药物所对应的成分,通过中药成分靶点(HIT)数据库及Swiss靶点预测数据库检索出成分对应的靶点。在疾病靶点数据库(TTD),Drugbank(DBD)数据库及DisGeNet数据库中获取银屑病对应的靶点。使用Cytoscape构建银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络及核心网络,应用ClueGo对靶点进行GO-BP富集分析及KEGG通路分析。结果筛选出银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络中共42个相关靶点及59个相应化合物,共得出12条主要信号通路,其中血管内皮生长因子(VEGF)信号通路及皮质类固醇反应信号通路在网络中具有串话作用。结论银屑Ⅰ号通过直接或间接作用靶点调控多条信号通路,改善银屑病炎性浸润、角质形成细胞异常分化及异常新生血管生成等病理因素,从而发挥银屑病的治疗作用。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学和分子对接分析厚朴治疗消化性溃疡的作用机制

厚朴具有治疗消化性溃疡(peptic ulcer disease, PUD)的作用,但其作用机制仍未阐明。该研究利用网络药理学方法及分子对接技术预测厚朴治疗PUD的作用机制。通过查阅文献和中药药理学系统分析平台(TCMSP)筛选得到15种厚朴治疗PUD的主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测成分的潜在靶点,用Therapeutic Target Database(TTD)、DrugBank、Human Phenotype Ontology(HPO)数据库筛选疾病相关靶点,二者取交集,得到49个潜在作用靶点。利用STRING数据库筛选出置信度最高(得分0.700)的靶点并通过Cytoscape 3.6.1软件建立蛋白-蛋白互作网络图。利用DAVID数据库对潜在靶点进行GO(gene ontology)富集分析及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析。GO富集分析发现,厚朴作用途径大多与核受体活性、配体激活的转录因子活性、G蛋白偶联的乙酰胆碱受体活性等有关。KEGG富集分析发现,厚朴可调节物质代谢、内分泌系统,通过调节p53信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated-receptor, PPAR)信号通路等来发挥作用。通过分子对接技术验证了15种成分与关键靶标(CHRM1、CHRM2、FABP1、mTOR、STAT3)均具有较好的结合活性。该研究表明,厚朴可通过参与细胞代谢,抑制炎症细胞因子,以及调控细胞增殖和凋亡发挥治疗PUD的作用。     

基于网络药理学研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学技术研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点、建立"药对-活性成分-疾病-作用靶点"网络,探讨黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄连-黄柏药对的化学成分,借助人类基因数据库获取溃疡性结肠炎的相关靶点...     

基于网络药理学探讨胡芦巴丸化裁方治疗糖尿病肾病的作用机制

目的利用网络药理学方法探讨胡芦巴丸化裁方治疗糖尿病肾病的作用机制。方法利用TCMSP数据库和BATMAN-TCM数据库筛选得到胡芦巴丸化裁方的有效成分及相关作用靶点,并运用UniProt数据库和SwissTargetPrediction数据库对靶点信息进行矫正和补充;使用GeneCards数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库获得糖尿病肾病的疾病相关靶点;利用在线作图工具Jvenn获得胡芦巴丸化裁方与糖尿病肾病的共同靶点;运用String11.0构建蛋白相互作用(PPI)网络,对网络图中的关键靶蛋白进行筛选和分析;运用cytoscape3.8.0构建"药物—成分—疾病—靶点"网络图,并对主要活性成分进行分析;利用DAVID 6.8数据库对胡芦巴丸化裁方和糖尿病肾病共同靶点进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,对共同靶点的生物过程及主要代谢通路进行讨论。结果经过筛选去重得到胡芦巴丸化裁方的有效活性成分55个,药物作用靶点538个,糖尿病肾病疾病靶点6971个;利用Jvenn取交集得到药物—疾病共同靶点413个;GO富集分析显示这些靶点涉及对药物的反应、对缺氧的反应、炎症反应、信号转导等生物学过程,KEGG富集分析显示共同靶点所富集的通路包括PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、钙离子信号通路、TNF信号通路等。结论胡芦巴丸化裁方对于DKD的治疗具有多成分、多靶点、多通路的特点,有可能是通过胰岛素(INS)、蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、白介素-6(IL-6)等核心靶点对PI3K-Akt信号通路、钙离子信号通路、TNF信号通路等进行调控从而发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨石菖蒲治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制.方法:以"石菖蒲"为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络.利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个...     

基于网络药理学的六味地黄丸治疗高血压作用机制探讨

目的:基于网络药理学探索六味地黄丸治疗高血压的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集六味地黄丸的有效化合物,在PharmMapper数据库中预测化合物可能的靶点,与GeneCards数据库中高血压相关靶点相映射,获得六味地黄丸调节高血压的可能作用靶点;对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建、基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,以揭示六味地黄丸治疗高血压可能的作用机制;运用AutoDock进行分子对接验证。结果:共筛选出六味地黄丸中的69个化合物及269个作用靶点,其中作用于高血压的相关靶点有14个;PPI网络显示,血清白蛋白(ALB)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、表皮生长因子受体(EGFR)、肾素(REN)是4个联系最多的靶点,涉及对胆固醇的反应、血小板活化的负调节等生物过程,作用机制与调控黏附分子表达、破骨细胞分化、FoxO信号通路、肾素-血管紧张素系统等生物学通路有关。结论:六味地黄丸治疗高血压的主要成分有茯苓酸、泽泻醇、芍药苷、谷甾醇、豆甾醇等,ALB、NOS3、EGFR、REN是其主要作用靶点。     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-...     

基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选桂枝茯苓丸的...     

溃疡性结肠炎差异表达基因及中药预测的生物信息学分析

通过生物信息学技术分析比较溃疡性结肠炎(UC)患者与健康人的基因芯片数据,初步筛选UC的差异表达基因,进而预测治疗UC的潜在中药药物。从基因表达数据库(GEO)下载GSE36807基因芯片,使用R语言分析得到上调和下调的差异表达基因,通过String数据库、Cytoscape软件及其插件分析得到差异表达基因的核心基因,对核心基因进行基因本体及京都基因与基因组百科全书分析,通过核心基因与医学本体信息检索平台(Coremine Medical)相互映射,筛选治疗UC的中药。筛选出648个差异表达基因,包括251个下调基因和397个上调基因。上调差异表达基因共得出15个核心基因,包括CXCL8,IL1B,MMP9,CXCL1,CXCL10,CXCL9,CXCL2,CXCL5,TIMP1,CXCL11,STAT1,LCN2,IL1RN,MMP1,IDO1;其生物过程与通路主要富集在白细胞介素、趋化因子配体和细胞因子、趋化因子介导的信号通路,与炎症反应、防御反应、细胞趋化性、分泌颗粒、IL17信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等密切相关。治疗UC的潜在中药药物有姜黄、黄连、黄芩、石斛、地榆、黄柏、白及、苍术等。差异表达基因和核心基因的分析促进了对UC发病机制的理解,该研究为UC中药干预的新药开发提供了潜在基因靶标与研发思路。     

基于网络药理学的藏药二十五味肺病丸防治新冠病毒肺炎(COVID-19)可行性分析及机制探讨＊

目的 采用网络药理学方法探究藏药二十五味肺病丸防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19 ）的可行性分析及机制探讨。方法 基于课题组藏药大复方的研究经验，通过文献调研，筛选出二十五味肺病丸专属性、特征性化合物，并通过Chemical book数据库以及TCMSP数据库进行验证，确定二十五味肺病丸有效物质成分。将筛选出的成分通过Swiss Target Prediction数据库进行靶点筛选，进而运用Cytoscape软件构建药物-化合物-靶点（基因）网络进行可视化。运用CTD数据库查询与疾病COVID-19 相关的靶点，找出与二十五味肺病丸共有的靶点，将共有基因导入STRING数据库生成蛋白互作网络，并通过DAVID数据库进行KEGG通路富集分析和GO功能富集分析，预测藏药二十五味肺病丸的作用机制。结果 经筛选藏药二十五味肺病丸中檀香、悬钩木、山柰、红花、獐牙菜、甘草、藏木香、宽筋藤等19种药材被纳入到研究中。药材-化合物-靶点网络包含了19种药材，38个化合物和相应靶点419个。通过CTD数据库查询到COVID-19 疾病相关靶点基因472个，与二十五味肺病丸共有靶点基因77个，分别为ESR1、NOS2、PPARG、PTGS2、PPARA、HMGCR、CYP17A1、NR1H4、TLR9等。通过网络拓扑和蛋白互作网络分析筛选出关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR等。GO功能富集分析得到339条生物过程条目（BP），45条细胞组成条目（CC）和81条分子功能条目（MF）。KEGG通路富集分析筛选得到102条信号通路，包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、甲型流感、胰腺癌、T细胞受体信号通路等。结论 二十五味肺病丸可能通过作用于PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR相关靶点并通过相关肺病通路、炎症通路、免疫通路对COVID-19起到防治作用。